genome.fa.s7267.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007267.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019267_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  245752

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4267--4347	24	3.6	23	70	23	73	22	22	23	32	1.98
5879--5922	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
6475--6505	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
7018--7177	65	2.5	63	85	6	205	30	24	18	26	1.98
7149--7197	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
7018--7197	65	2.8	63	79	13	188	29	25	18	26	1.98
12985--13065	24	3.6	23	70	23	73	22	22	23	32	1.98
15197--15230	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15743--15902	65	2.5	63	85	6	205	31	24	18	25	1.98
15874--15922	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
15743--15922	65	2.8	63	79	13	188	30	25	18	26	1.98
21263--21438	90	2.0	90	85	2	237	33	16	26	23	1.96
22390--22480	33	2.8	34	83	6	109	36	23	12	28	1.90
28099--28318	64	3.5	63	88	2	343	45	0	1	52	1.15
28214--28297	40	2.2	37	85	10	107	44	1	1	53	1.16
28092--28379	127	2.3	122	76	17	307	43	1	1	54	1.14
28328--28387	20	3.1	20	77	15	56	38	0	1	60	1.07
28924--28983	31	1.9	31	89	0	93	45	10	5	40	1.60
30332--30364	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
31517--31575	31	2.0	29	86	6	82	28	18	16	35	1.93
31458--31583	67	1.9	67	86	4	184	25	21	17	35	1.95
32453--32601	60	2.5	60	78	13	155	31	19	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32487--32601	60	1.9	61	85	5	162	30	19	13	37	1.89
32484--32858	59	6.3	59	78	7	327	28	22	12	37	1.90
32528--32859	118	2.8	117	83	4	389	28	21	11	37	1.89
32530--32851	177	1.8	178	83	6	429	28	22	10	38	1.88
39140--39424	59	4.8	59	80	6	308	37	9	22	29	1.87
39131--39446	118	2.7	117	81	5	352	37	10	22	29	1.88
39391--39505	60	1.9	61	85	1	160	36	13	20	30	1.90
39597--39777	44	4.1	44	87	2	247	40	7	20	30	1.81
52886--53051	60	2.8	60	75	8	167	34	19	6	39	1.77
53127--53271	59	2.4	60	79	2	157	42	6	19	31	1.76
53415--53451	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
53600--53674	38	2.0	38	85	10	102	46	4	0	49	1.20
53940--54145	104	2.0	104	91	0	331	32	24	18	25	1.97
54310--54347	20	1.9	20	100	0	76	21	10	2	65	1.35
54310--54358	20	2.5	20	90	6	73	22	10	2	65	1.34
55646--55683	14	2.8	14	88	4	51	42	26	0	31	1.56
56337--56365	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
65130--65179	16	3.2	16	74	23	52	54	2	0	44	1.11
68369--68464	50	2.0	49	93	4	167	33	6	8	52	1.57
68369--68448	25	3.3	25	66	27	64	33	5	10	51	1.57
69380--69465	35	2.5	35	84	3	102	41	18	1	38	1.58
69437--69476	21	1.9	21	84	0	53	47	17	0	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69473--69547	35	2.1	35	90	0	114	36	1	18	44	1.59
69524--69595	24	3.0	24	66	28	62	37	5	13	43	1.68
71315--71636	38	8.6	36	82	10	341	43	3	6	46	1.46
71660--71692	3	11.3	3	87	6	50	27	3	0	69	1.03
73192--73238	18	2.7	17	84	15	53	10	12	2	74	1.16
73201--73256	28	2.1	27	90	6	87	12	12	3	71	1.27
73211--73269	28	2.1	27	81	9	66	15	10	3	71	1.26
74642--74705	23	3.0	22	75	8	69	17	15	17	50	1.79
74659--74716	23	2.5	23	80	0	71	13	20	13	51	1.75
82173--82222	22	2.2	24	79	17	61	52	8	0	40	1.31
82176--82224	23	2.2	23	85	10	66	51	8	0	40	1.32
82119--82237	52	2.2	54	82	5	136	50	7	2	39	1.44
83918--84073	65	2.4	65	80	10	185	33	23	15	26	1.95
89871--89949	23	3.6	21	74	6	68	29	21	18	30	1.97
91832--91866	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
93155--93193	7	5.4	7	87	6	60	25	25	33	15	1.95
93155--93196	22	1.9	22	95	0	75	23	26	33	16	1.96
93155--93193	15	2.7	14	88	4	60	25	25	33	15	1.95
93185--93245	13	4.3	13	77	18	68	14	21	47	16	1.82
93191--93267	18	4.6	18	82	15	101	12	19	50	16	1.77
93185--93263	31	2.5	31	93	0	140	15	20	48	16	1.82
96406--96507	51	2.0	51	98	0	195	34	29	12	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105204--105256	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
114160--114193	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
114733--114766	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
122094--122132	21	1.9	20	94	5	69	48	17	12	20	1.80
126799--126844	24	1.9	24	95	0	83	54	30	0	15	1.41
133372--133444	20	3.6	20	71	10	67	36	24	17	20	1.94
133371--133448	41	1.9	41	89	0	120	34	26	16	21	1.95
136790--136847	19	3.0	19	80	5	80	37	22	22	17	1.93
136790--136842	20	2.7	20	85	2	72	37	24	20	16	1.93
136880--136924	21	2.1	21	91	0	72	31	24	11	33	1.90
143559--143610	20	2.6	20	90	0	86	30	19	17	32	1.95
147452--147490	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
147957--148244	144	2.0	145	96	0	533	32	22	12	31	1.92
160974--161023	20	2.5	20	86	0	73	30	8	32	30	1.86
182042--182261	108	2.0	111	89	4	340	39	11	20	28	1.87
183153--183223	22	3.2	21	67	15	54	47	2	4	45	1.36
183896--183924	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
184402--184438	19	1.9	19	94	0	65	13	29	29	27	1.94
185305--185348	23	1.9	23	95	0	79	15	29	27	27	1.96
187484--187523	20	2.0	20	85	0	53	22	45	15	17	1.85
189934--189979	24	1.9	24	95	0	83	32	10	23	32	1.90
203035--203078	17	2.6	17	96	3	81	29	0	6	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214971--215005	12	3.0	12	91	4	54	51	2	5	40	1.40
220278--220362	44	1.9	45	95	2	154	58	11	16	12	1.62
225681--225777	45	2.1	45	86	1	131	60	8	17	13	1.56
228170--228229	31	1.9	31	100	0	120	46	13	13	26	1.80
228715--228761	16	2.9	16	80	0	58	25	23	12	38	1.90
229011--229054	23	1.9	23	95	0	79	43	2	4	50	1.35
229216--229266	7	7.3	7	86	0	75	13	1	37	47	1.55
229351--229387	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
229741--229812	21	3.4	21	76	3	74	22	1	25	51	1.56
229886--229923	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
229949--230003	20	2.8	20	94	0	92	34	7	7	50	1.58
230361--230432	14	5.1	14	75	0	72	20	0	29	50	1.49
230365--230432	28	2.4	27	87	4	91	20	0	29	50	1.49
230507--230549	15	2.7	16	82	10	61	34	0	11	53	1.37
230930--230997	7	9.7	7	83	0	55	23	0	29	47	1.52
230971--231001	14	2.2	14	94	0	53	19	0	29	51	1.47
231076--231120	13	3.3	13	88	11	72	42	0	6	51	1.28
231144--231201	22	2.4	25	83	11	77	58	0	1	39	1.08
229969--231714	565	3.1	563	90	2	2730	36	8	11	43	1.72
231501--231566	21	3.1	21	82	0	60	27	0	22	50	1.50
231647--231691	13	3.3	13	87	6	63	40	0	8	51	1.33
231647--231696	15	3.4	15	81	13	68	40	2	8	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231672--231735	20	3.0	21	72	11	58	40	7	7	43	1.62
231735--231816	21	3.9	20	76	9	74	23	0	36	40	1.55
231736--231816	14	5.8	14	77	2	83	22	0	37	40	1.54
231865--231911	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
231911--231952	2	21.5	2	87	4	50	42	0	57	0	0.99
232136--232190	19	2.9	19	80	0	74	25	29	0	45	1.54
232135--232217	38	2.2	38	84	0	103	28	24	0	46	1.52
232291--232495	2	106.0	2	64	21	55	44	3	3	48	1.36
232289--232423	28	4.7	27	68	18	78	44	3	2	48	1.35
232294--232453	13	11.8	13	69	22	82	43	3	3	48	1.38

Tables:   1   2