genome.fa.s7368.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007368.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019762_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  423757

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3191--3217	11	2.5	11	100	0	54	92	7	0	0	0.38
3198--3252	11	4.6	11	82	13	56	74	10	14	0	1.07
8123--8166	11	4.0	11	82	5	54	70	4	11	13	1.31
8123--8164	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
9704--9876	87	2.0	86	94	1	301	30	20	23	26	1.99
10127--10178	22	2.3	23	90	3	79	30	3	34	30	1.76
10144--10215	11	6.2	11	72	22	58	27	4	36	31	1.76
10129--10207	36	2.2	38	80	17	105	31	5	34	29	1.79
10147--10218	36	2.0	36	100	0	144	27	5	36	30	1.80
14632--14717	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
14614--14718	36	2.9	36	94	1	176	29	4	36	29	1.78
16052--16115	15	4.4	14	70	21	51	60	0	21	17	1.35
20370--20402	14	2.4	14	90	10	50	0	21	0	78	0.75
21317--21357	22	2.0	21	85	9	57	21	21	24	31	1.98
28539--28585	24	2.1	22	84	11	60	0	17	8	74	1.05
35286--35341	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
35286--35341	18	3.1	18	82	17	71	0	19	1	78	0.84
37472--37511	9	4.3	9	93	3	62	12	0	42	45	1.42
38254--38286	16	2.1	16	94	0	57	30	12	18	39	1.87
42561--42621	6	9.2	6	73	19	50	3	18	3	75	1.08
42549--42621	35	2.2	32	83	13	87	5	16	4	73	1.17
47710--47752	23	1.9	23	90	4	70	4	11	2	81	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47688--47758	29	2.4	30	81	11	83	7	12	4	76	1.14
57682--57726	11	4.1	11	82	5	56	71	6	8	13	1.31
57682--57723	22	1.9	22	90	9	68	69	7	9	14	1.37
64479--64518	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
66629--66895	133	2.0	133	98	0	516	32	14	10	41	1.81
69264--69331	19	3.7	19	79	13	79	5	17	5	70	1.28
73866--73901	19	1.9	19	94	5	65	11	8	5	75	1.19
85547--85577	12	2.6	12	94	0	53	0	9	12	77	0.99
90551--90596	24	1.9	24	90	0	74	26	17	15	41	1.88
93640--93717	24	3.2	24	90	0	120	29	14	16	39	1.88
94183--94500	159	2.0	158	98	0	609	27	15	14	41	1.87
98242--98300	24	2.5	24	94	0	100	23	20	20	35	1.96
98242--98307	24	2.8	24	90	0	78	25	18	19	36	1.94
102759--102845	24	3.7	24	77	7	88	27	11	16	44	1.81
104411--104462	22	2.4	22	93	3	88	40	5	5	48	1.51
104425--104462	12	3.3	12	78	14	53	44	5	2	47	1.39
108517--108587	24	3.0	24	77	4	72	38	15	21	25	1.92
137785--138128	82	4.2	80	88	3	485	23	18	25	32	1.97
137785--138128	162	2.1	161	87	5	496	23	18	25	32	1.97
139620--139657	11	3.5	11	85	3	51	0	52	0	47	1.00
141284--141343	31	1.9	31	96	0	111	16	21	45	16	1.86
141284--141343	13	4.2	13	78	19	66	16	21	45	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141290--141332	18	2.4	18	100	0	86	16	23	44	16	1.86
141348--141393	9	4.7	10	79	10	51	36	28	19	15	1.92
147164--147198	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
148502--148544	13	3.3	13	93	0	77	13	20	46	18	1.83
156342--156385	7	6.4	7	84	5	63	29	29	25	15	1.96
156341--156379	20	2.0	20	94	0	69	33	28	23	15	1.95
163579--163612	14	2.4	14	90	5	50	11	20	47	20	1.81
163610--163681	9	7.4	9	70	14	54	30	26	26	16	1.97
163610--163682	19	3.8	18	82	12	83	30	26	26	17	1.98
166398--166512	24	4.8	24	89	4	169	40	20	15	24	1.91
166378--166529	72	2.1	71	80	8	182	43	20	13	23	1.86
172393--172640	46	5.4	46	92	2	394	31	20	6	41	1.78
174521--174561	20	2.0	20	85	4	55	34	17	2	46	1.61
178719--178773	28	2.0	28	89	7	85	29	25	0	45	1.54
182903--182939	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
192520--192573	13	4.4	13	86	13	78	16	50	18	14	1.79
192528--192575	23	2.1	23	96	0	87	18	52	18	10	1.74
192545--192584	18	2.2	18	95	0	71	17	47	22	12	1.81
192713--192745	16	2.1	16	100	0	66	30	30	21	18	1.97
204259--204320	31	2.0	31	87	0	88	16	43	22	17	1.87
204280--204331	18	2.9	18	97	0	95	17	48	21	13	1.81
204296--204320	13	1.9	13	100	0	50	16	48	24	12	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204343--204405	29	2.2	29	85	0	81	23	9	25	41	1.85
204467--204498	10	2.8	12	86	13	50	25	28	18	28	1.98
207374--207423	13	3.8	13	82	15	59	14	48	16	22	1.81
207367--207424	26	2.2	26	90	6	91	15	46	18	18	1.84
209903--210018	24	4.8	24	85	4	153	25	15	18	40	1.90
235578--235612	7	5.0	7	92	0	52	20	8	14	57	1.63
235994--236047	21	2.6	21	90	0	81	31	11	16	40	1.84
237763--237856	43	2.2	42	90	1	152	15	9	35	39	1.81
240965--241007	19	2.2	19	83	8	50	37	9	2	51	1.47
242818--242860	19	2.2	19	83	8	50	37	9	2	51	1.47
244668--244710	19	2.2	19	83	8	50	37	9	2	51	1.47
246143--246196	21	2.6	21	96	0	99	31	12	18	37	1.89
247826--247872	20	2.4	19	89	6	76	23	10	12	53	1.70
247863--247973	24	4.6	24	89	4	152	25	14	19	40	1.89
247845--247981	72	1.9	73	84	1	186	25	14	18	40	1.89
248099--248191	43	2.2	43	92	0	150	18	9	34	37	1.83
256927--256970	20	2.3	19	88	4	61	20	22	25	31	1.98
256975--257026	16	3.0	18	83	11	72	19	48	17	15	1.82
257051--257173	29	4.4	28	75	8	106	27	8	22	41	1.82
264208--264258	18	2.9	17	91	5	84	17	47	19	15	1.83
264272--264338	29	2.3	29	86	0	89	20	11	28	38	1.88
267926--267997	24	3.0	24	84	9	103	51	18	11	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267926--268018	47	2.0	48	83	10	120	49	17	13	19	1.79
269221--269290	24	2.9	24	78	0	77	45	17	11	25	1.81
270000--270142	29	5.0	28	70	14	103	39	20	6	32	1.78
270009--270170	86	1.9	85	82	8	204	40	22	7	29	1.81
270178--270214	13	2.9	13	96	4	67	16	24	43	16	1.87
270218--270262	9	4.6	10	86	10	58	33	28	22	15	1.95
270225--270263	11	3.8	11	90	9	57	35	25	20	17	1.95
276502--276571	24	2.9	24	78	0	77	45	17	11	25	1.81
277269--277449	29	6.3	29	75	6	129	42	23	6	28	1.77
277280--277444	85	2.0	84	85	6	226	42	21	5	30	1.75
277472--277504	13	2.5	13	90	0	57	18	24	42	15	1.88
285314--285347	17	1.9	18	88	5	52	55	0	17	26	1.42
290131--290630	250	2.0	250	96	0	919	37	11	21	30	1.89
290572--290897	162	2.0	163	99	0	645	42	12	20	24	1.87
291882--291957	24	3.2	23	79	7	80	26	13	17	43	1.85
291892--291982	24	3.8	24	89	0	110	26	16	17	39	1.91
291892--291999	24	4.5	24	85	0	108	26	13	19	39	1.89
293785--293892	24	4.5	24	87	2	119	43	19	11	25	1.84
297937--298021	24	3.5	24	90	0	116	25	14	18	41	1.88
327803--327832	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
329379--329480	49	2.1	50	92	5	172	29	38	17	14	1.90
349164--349216	18	3.0	18	94	2	90	16	47	22	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356457--356493	13	2.8	14	92	8	60	13	48	18	18	1.80
356522--356602	29	2.8	29	88	3	119	23	11	20	44	1.84
356552--356628	29	2.7	29	85	4	93	23	10	23	42	1.84
356581--356647	29	2.3	29	84	2	82	26	7	22	43	1.80
368359--368410	19	2.7	19	93	0	95	15	28	30	25	1.96
368407--368470	17	3.7	17	93	2	101	18	51	23	6	1.69
368407--368479	5	14.2	5	79	13	60	19	50	24	5	1.68
387654--387692	19	2.1	19	95	0	69	20	51	20	7	1.72
387656--387693	5	7.8	5	82	5	51	21	52	21	5	1.66
387709--387735	14	1.9	14	100	0	54	7	33	22	37	1.82

Tables:   1   2