genome.fa.s7394.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007394.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019931_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  330936

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799--845	25	1.9	25	86	4	69	61	19	12	6	1.52
21258--21311	28	1.9	28	100	0	108	25	18	12	42	1.86
25904--25933	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
29729--30428	350	2.0	350	97	0	1328	27	25	10	36	1.89
34251--34619	55	6.7	55	89	0	560	28	21	15	34	1.94
34581--35539	54	18.0	54	82	7	999	22	27	18	31	1.97
34597--35539	108	8.8	108	86	5	1267	22	27	18	31	1.97
34612--35539	162	5.8	161	87	3	1193	22	27	18	31	1.97
39082--39125	19	2.2	21	76	19	58	9	15	15	59	1.61
41077--41224	51	2.9	51	87	2	190	23	27	18	30	1.97
50289--50317	10	2.9	10	100	0	58	20	31	20	27	1.98
53698--53745	12	3.9	12	86	2	51	83	8	8	0	0.82
53698--53740	12	3.6	12	93	0	68	83	6	9	0	0.80
53713--53766	20	2.6	20	82	5	63	74	12	12	0	1.08
59369--59500	52	2.5	52	85	7	176	27	21	11	39	1.88
61132--61156	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
64020--64062	17	2.5	17	82	17	54	2	11	6	79	1.02
64432--64536	36	2.9	36	92	1	167	29	4	34	31	1.78
68551--68655	36	2.9	36	92	1	167	29	4	34	31	1.78
75042--75173	52	2.5	52	85	7	176	27	21	11	39	1.88
76806--76830	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
80004--80108	36	2.9	36	92	1	167	29	4	34	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87405--87456	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
91487--91538	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
93931--93974	19	2.2	21	76	19	58	9	15	15	59	1.61
97882--98013	52	2.5	53	88	2	194	28	21	10	39	1.87
99620--99652	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
106632--106763	52	2.5	53	88	2	194	28	21	10	39	1.87
108326--108365	20	2.0	21	90	5	64	80	12	7	0	0.91
110003--110044	21	2.0	21	85	0	57	23	30	9	35	1.87
114034--114080	11	4.1	11	80	20	60	25	2	36	36	1.68
114034--114080	24	2.0	24	84	15	64	25	2	36	36	1.68
114034--114114	35	2.2	37	86	4	112	28	2	38	30	1.70
122122--122206	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
122119--122223	36	2.9	36	94	1	176	29	36	4	29	1.78
126102--126137	19	1.9	20	88	11	58	22	11	0	66	1.22
126098--126140	19	2.4	17	82	17	52	23	9	0	67	1.19
127896--127980	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
127893--127997	36	2.9	36	94	1	176	29	36	4	29	1.78
133338--133384	16	2.8	16	81	12	51	68	0	17	14	1.22
134021--134085	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
134003--134107	36	2.9	36	94	1	176	29	4	35	30	1.78
145147--145232	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
145129--145233	36	2.9	36	94	1	176	29	4	36	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150826--150905	35	2.2	37	88	4	119	27	3	38	30	1.74
161608--161637	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
166238--166299	24	2.6	25	79	5	65	27	20	19	32	1.97
170223--170279	24	2.4	25	82	5	64	28	22	15	33	1.95
173036--173075	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
177119--177158	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
179602--179674	35	2.0	37	92	5	123	31	34	4	30	1.77
180044--180093	20	2.4	20	80	16	57	80	6	14	0	0.90
180044--180091	24	2.1	22	84	7	60	81	6	12	0	0.87
183437--183504	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
184133--184182	20	2.4	20	80	16	57	80	6	14	0	0.90
184133--184180	24	2.1	22	84	7	60	81	6	12	0	0.87
191299--191352	23	2.2	25	87	6	76	9	18	12	59	1.60
195460--195506	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
195662--195693	12	2.7	12	100	0	64	6	25	0	68	1.12
200638--200717	35	2.2	37	88	4	119	30	38	3	27	1.74
200946--201152	103	2.0	103	96	1	380	28	20	18	32	1.96
201207--201240	12	2.9	11	87	12	50	76	0	23	0	0.79
201262--201308	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
207131--207181	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
210558--210609	10	5.0	10	81	4	50	0	19	1	78	0.84
210556--210610	18	3.0	18	85	15	69	0	20	3	76	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211317--211367	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
221809--221838	14	2.1	14	93	0	51	0	10	10	80	0.92
227861--227930	35	1.9	37	91	5	117	32	4	31	31	1.77
232584--232662	35	2.2	37	90	4	126	27	3	36	31	1.75
233002--233052	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
235515--235563	11	4.3	11	76	19	55	24	4	38	32	1.74
235933--235983	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
237774--237821	25	1.9	25	83	8	62	66	0	18	14	1.25
238861--238911	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
247941--248019	35	2.2	37	90	4	126	27	3	36	31	1.75
248359--248411	19	2.7	19	88	2	70	45	5	15	33	1.69
255524--255573	19	2.6	19	93	0	82	44	6	16	34	1.72
258950--259005	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
258950--259005	18	3.1	18	82	17	71	0	19	1	78	0.84
259715--259765	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
261000--261029	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
263540--263579	19	2.0	20	85	4	55	22	15	0	62	1.32
263851--263902	16	3.1	16	83	8	59	78	1	17	1	0.93
269036--269075	19	2.0	20	85	4	55	22	15	0	62	1.32
269522--269567	18	2.4	19	82	17	60	26	8	0	65	1.21
271308--271359	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
272147--272195	25	1.9	25	83	4	62	48	2	14	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274174--274222	19	2.5	20	78	21	59	67	0	8	24	1.18
274699--274737	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
275072--275114	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
278569--278610	10	4.2	10	82	8	50	2	16	2	78	0.96
278946--278984	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
279320--279362	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
280284--280322	20	2.0	19	85	5	51	43	10	12	33	1.77
280680--280731	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
294842--295108	133	2.0	133	97	0	507	32	14	10	41	1.81
298142--298172	11	2.8	11	100	0	62	38	9	35	16	1.81
298247--298272	10	2.6	10	100	0	52	73	0	26	0	0.84
304597--304635	15	2.8	13	88	11	51	84	5	10	0	0.76
310360--310411	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
314508--314559	19	2.6	21	84	6	72	46	3	11	38	1.59
315444--315503	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
318641--318683	20	2.2	20	87	4	61	46	4	13	34	1.65
318641--318690	19	2.5	20	83	3	66	46	6	14	34	1.69
321979--322037	19	3.1	19	97	2	109	22	15	0	62	1.32
327130--327161	12	2.7	12	100	0	64	6	21	28	43	1.77

Tables:   1

The End!