genome.fa.s7426.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020128_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276956

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4135--4182	19	2.5	20	90	10	73	33	12	8	45	1.72
10211--10250	19	2.0	20	86	13	57	22	10	0	67	1.20
10703--10755	24	2.2	25	86	3	72	41	11	22	24	1.86
15468--15507	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
15920--15971	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
18745--18816	34	2.2	31	83	13	92	6	16	4	72	1.23
19077--19120	19	2.3	20	88	7	65	65	0	13	20	1.26
19532--19583	19	2.6	21	84	9	72	48	7	11	32	1.68
24750--24799	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
32288--32346	21	2.9	21	79	20	70	3	22	1	72	1.08
33050--33097	19	2.5	20	89	3	71	45	6	12	35	1.67
34655--34863	79	2.6	79	77	3	175	31	18	8	41	1.81
34895--34948	28	1.9	28	100	0	108	25	18	12	42	1.86
36497--36545	22	2.3	22	92	3	82	69	8	6	16	1.33
39269--39322	28	1.9	28	100	0	108	25	18	12	42	1.86
59156--59210	24	2.3	24	70	14	60	7	14	10	67	1.41
64779--64882	36	2.9	35	88	1	145	26	3	37	31	1.75
66297--66337	10	4.0	10	93	6	73	0	19	0	80	0.71
66297--66337	21	2.0	20	95	4	73	0	19	0	80	0.71
66325--66378	23	2.2	24	83	6	65	11	14	11	62	1.53
71115--71165	23	2.1	25	92	7	88	11	15	13	58	1.63
74593--74635	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77209--77266	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
87744--87794	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
88699--88758	30	2.0	31	83	3	77	55	10	8	26	1.61
90955--91023	27	2.6	27	92	0	120	4	15	4	75	1.12
90964--91015	8	5.8	10	79	18	53	3	19	5	71	1.22
90971--91020	14	3.6	14	79	15	68	4	18	6	72	1.22
91365--91403	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
91741--91791	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
102690--102729	20	2.1	19	85	4	53	32	17	10	40	1.83
105549--105656	2	54.5	2	98	1	209	50	0	0	49	1.00
105898--106225	165	2.0	165	97	0	620	38	15	22	23	1.92
110195--110227	14	2.4	14	90	10	50	0	21	0	78	0.75
110221--110292	23	3.2	23	92	3	121	12	15	12	59	1.61
111328--111643	158	2.0	157	93	6	550	38	12	22	26	1.89
113904--113933	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
114703--114761	28	2.1	28	100	0	118	20	15	25	38	1.91
119016--119062	10	5.2	9	78	17	53	0	14	2	82	0.75
119013--119062	26	2.0	25	88	11	75	0	16	2	82	0.77
119225--119275	21	2.5	22	84	9	63	60	0	11	27	1.31
122769--122823	23	2.3	25	81	6	69	9	16	12	61	1.55
126549--126594	23	2.0	23	82	4	56	34	2	30	32	1.70
133510--133614	48	2.2	49	89	1	167	27	38	1	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133562--133636	35	2.1	35	95	0	132	29	37	1	32	1.66
133507--133637	13	11.1	11	69	20	70	27	37	1	33	1.66
134014--134054	21	2.0	21	90	9	66	78	0	19	2	0.87
134265--134304	15	2.6	16	84	4	55	15	15	0	70	1.18
137962--138032	13	5.7	13	75	9	67	26	40	1	30	1.65
138011--138089	35	2.3	35	93	0	140	27	36	1	34	1.65
137944--138067	48	2.6	49	87	3	171	27	34	3	34	1.73
143438--143488	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
144214--144280	5	13.8	5	76	17	70	77	1	19	1	0.92
144219--144288	14	4.2	16	77	22	65	75	1	21	1	0.96
144197--144280	24	3.6	24	77	15	86	77	2	19	1	0.95
144197--144287	13	6.8	13	68	20	55	76	2	19	1	0.95
144197--144287	18	5.2	17	78	13	87	76	2	19	1	0.95
146476--146521	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
149103--149154	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
149863--149921	21	2.8	22	79	7	77	74	3	20	1	1.05
153133--153183	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
153892--153965	29	2.6	29	79	12	80	77	1	20	1	0.92
153893--153952	13	4.3	13	72	19	50	78	1	18	1	0.92
153910--153957	5	9.8	5	78	13	55	79	0	18	2	0.84
153893--153964	18	4.2	17	81	12	76	77	1	19	1	0.91
156500--156542	23	1.9	22	85	4	59	69	4	9	16	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158461--158506	11	4.0	12	77	8	51	71	4	8	15	1.26
158461--158503	23	1.9	22	90	4	68	69	4	9	16	1.31
166909--166963	24	2.3	25	81	6	60	29	21	16	32	1.95
168276--168328	24	2.3	24	83	6	65	7	16	15	60	1.57
170804--170855	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
179826--179904	35	2.2	35	84	2	95	30	37	2	29	1.71
182805--182869	33	2.0	32	82	8	78	33	1	32	32	1.67
186760--186824	33	2.0	32	82	8	78	33	1	32	32	1.67
186802--186882	36	2.3	35	82	6	92	24	6	30	38	1.80
190730--190794	33	2.0	32	82	8	78	33	1	32	32	1.67
194695--194759	33	2.0	32	82	8	78	33	1	32	32	1.67
200148--200173	10	2.6	10	100	0	52	92	7	0	0	0.39
205469--205518	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
205463--205518	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
205463--205518	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
211229--211269	12	3.3	12	96	3	73	68	0	17	14	1.22
211230--211285	28	2.2	24	84	12	67	67	0	16	16	1.23
211816--211858	20	2.2	20	87	4	61	48	9	9	32	1.67
215042--215081	18	2.2	18	86	8	55	0	12	7	80	0.91
215263--215291	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
215837--215879	20	2.2	20	87	4	61	48	9	9	32	1.67
218521--218568	24	2.0	23	84	4	60	14	10	14	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218537--218580	14	3.1	14	80	0	61	18	9	11	61	1.55
219331--219387	16	3.6	16	95	0	105	10	12	19	57	1.63
219459--219491	16	2.1	16	94	0	57	9	12	21	57	1.62
233921--233983	26	2.4	26	78	19	69	9	15	4	69	1.32
235155--235223	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
235209--235273	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
235194--235295	36	2.9	36	91	1	152	28	4	34	32	1.79
238999--239046	23	2.1	24	81	14	57	62	0	22	14	1.32
239013--239061	15	3.4	15	81	13	50	63	0	22	14	1.30
239257--239289	17	1.9	17	88	11	50	3	15	3	78	0.99
239630--239706	33	2.3	33	82	8	86	31	1	36	31	1.66
239692--239777	11	7.2	12	74	22	67	29	2	37	31	1.70
239677--239778	36	2.9	36	89	1	161	27	2	36	33	1.72
248344--248376	15	2.3	15	89	5	50	57	0	21	21	1.41
250992--251058	30	2.2	30	97	0	125	38	29	20	10	1.86
257457--257508	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
262224--262275	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
266106--266143	19	2.0	20	89	5	60	36	13	5	44	1.66
267438--269257	907	2.0	909	99	0	3599	27	19	21	31	1.98
269407--269465	6	9.5	6	76	20	50	79	1	18	0	0.81
269422--269458	8	4.9	8	87	12	60	78	0	21	0	0.75
269408--269464	22	2.6	22	84	15	82	78	1	19	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269410--269476	22	2.8	24	80	15	75	76	2	17	2	1.05
269414--269465	19	2.7	19	83	13	63	78	1	19	0	0.84
269408--269464	14	3.9	15	82	17	68	78	1	19	0	0.83
269669--269703	17	2.0	18	88	5	54	14	22	0	62	1.31
273130--273169	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85

Tables:   1

The End!