Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007427.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020130_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25349
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.26, T:0.34
Found at i:160 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 145--169 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
135 AGTTTTGAAA
145 TTACTCCCCC
1 TTACTCCCCC
155 TTACTCCCCC
1 TTACTCCCCC
165 TTACT
1 TTACT
170 TTAACATACC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.52, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (10 bp):
TTACTCCCCC
Found at i:452 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 423--461 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
413 CCATTATAAG
*
423 TCCAAAATCCAACAA
1 TCCAAAATCAAACAA
438 TCCACAAATCAAACAA
1 TCCA-AAATCAAACAA
454 TCCAAAAT
1 TCCAAAAT
462 ATCCAAAATG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.36
16 14 0.64
ACGTcount: A:0.54, C:0.31, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (15 bp):
TCCAAAATCAAACAA
Found at i:2460 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2386--2467 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 4.0 Consensus size: 20
2376 AACAGAACCC
*
2386 CAGGGGGGTATCGATTCCC-
1 CAGGGGGGAATCGATTCCCT
* *
2405 CTGTGGGGGAATCGGTTCCCCTT
1 CAG-GGGGGAATCGATT-CCC-T
** *
2428 CAAAGGGGAATCGGTTCCCT
1 CAGGGGGGAATCGATTCCCT
*
2448 CAGGGGGGGATCGATTCCCT
1 CAGGGGGGAATCGATTCCCT
2468 GCACCAAAAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 7
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 28 0.57
21 6 0.12
22 12 0.24
23 1 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.26, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
CAGGGGGGAATCGATTCCCT
Found at i:11879 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11853--11892 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
11843 CCCCCTTTGA
*
11853 AGGGGAACCGATTCCCCCCAC
1 AGGGGAACCGATACCCCCCAC
*
11874 AGGGGAATCGATACCCCCC
1 AGGGGAACCGATACCCCCC
11893 TGGGGTTCTG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.40, G:0.25, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
AGGGGAACCGATACCCCCCAC
Found at i:13742 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13710--13753 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
13700 TTTCAACATT
13710 TTGGATATTT-TGGATTG
1 TTGGAT-TTTGTGGATTG
*
13727 TTTGATTTTGTGGATTG
1 TTGGATTTTGTGGATTG
13744 TTGGATTTTG
1 TTGGATTTTG
13754 GACTTATGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 21 0.88
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.30, T:0.57
Consensus pattern (17 bp):
TTGGATTTTGTGGATTG
Found at i:14034 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 14019--14043 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
14009 GGTATGTTAA
14019 AGTAAGGGGG
1 AGTAAGGGGG
14029 AGTAAGGGGG
1 AGTAAGGGGG
14039 AGTAA
1 AGTAA
14044 TTTCAAAACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.52, T:0.12
Consensus pattern (10 bp):
AGTAAGGGGG
Found at i:14493 original size:74 final size:76
Alignment explanation
Indices: 14337--14543 Score: 278
Period size: 74 Copynumber: 2.8 Consensus size: 76
14327 CAAAGCTAAA
* * * **
14337 AATTCCAGATTGCTCAGAGGGAACCGATTCCCCCCCATAGGAGGAACCGATT-CCCCCTGAATGG
1 AATTCCAGAATGCTCGGAGGGAACCGATT-CCCCCCATAGGAGGAACCGATTCCCCCCTAAACAG
14401 TTTGGCCCCGAG
65 TTTGGCCCCGAG
*
14413 ATTTCCAGAATGCTCGGAGGGAACCGATT-CCCCCATAGGAGGAACCGATTCCCCCCTAAACAGT
1 AATTCCAGAATGCTCGGAGGGAACCGATTCCCCCCATAGGAGGAACCGATTCCCCCCTAAACAGT
* *
14477 TTTGCTCC-AG
66 TTGGCCCCGAG
* * *
14487 AATTCCAGTATGCTCGGAGGGAACCGATTCCCCCCA-AGGGGGTACCGATTCCCCCCT
1 AATTCCAGAATGCTCGGAGGGAACCGATTCCCCCCATAGGAGGAACCGATTCCCCCCT
14544 TGTACAACGG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 12, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
74 69 0.59
75 22 0.19
76 26 0.22
ACGTcount: A:0.24, C:0.32, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (76 bp):
AATTCCAGAATGCTCGGAGGGAACCGATTCCCCCCATAGGAGGAACCGATTCCCCCCTAAACAGT
TTGGCCCCGAG
Found at i:15253 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 15241--15367 Score: 83
Period size: 7 Copynumber: 17.3 Consensus size: 7
15231 TAACTCAACA
15241 CCTAGAC
1 CCTAGAC
*
15248 CCTAGAA
1 CCTAGAC
15255 CCTAGAC
1 CCTAGAC
15262 CCTAGAC
1 CCTAGAC
15269 CCTAGAC
1 CCTAGAC
* *
15276 CATAAACC
1 CCTAGA-C
* *
15284 CCTAAAA
1 CCTAGAC
* *
15291 CATAAAC
1 CCTAGAC
15298 CCTAGAC
1 CCTAGAC
*
15305 CCTAAACC
1 CCTAGA-C
* *
15313 CCTAAAA
1 CCTAGAC
* *
15320 CATAAAC
1 CCTAGAC
*
15327 CCTATAAC
1 CCTA-GAC
15335 CCTAGAC
1 CCTAGAC
15342 CCTAGACCAC
1 CCTAG---AC
15352 CCTAGAC
1 CCTAGAC
15359 CCTAGAC
1 CCTAGAC
15366 CC
1 CC
15368 CGAACCAATT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 16, Indels: 12
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
7 71 0.72
8 20 0.20
10 7 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.40, G:0.08, T:0.14
Consensus pattern (7 bp):
CCTAGAC
Found at i:15294 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 15276--15328 Score: 72
Period size: 15 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
15266 GACCCTAGAC
15276 CATAAACCCCTAAAA
1 CATAAACCCCTAAAA
* *
15291 CATAAA-CCCTAGAC
1 CATAAACCCCTAAAA
*
15305 CCTAAACCCCTAAAA
1 CATAAACCCCTAAAA
15320 CATAAACCC
1 CATAAACCC
15329 TATAACCCTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 2
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.35
15 20 0.65
ACGTcount: A:0.47, C:0.38, G:0.02, T:0.13
Consensus pattern (15 bp):
CATAAACCCCTAAAA
Found at i:15299 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 15267--15330 Score: 119
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
15257 TAGACCCTAG
15267 ACCCTAGACCATAAACCCCTAAAACATAA
1 ACCCTAGACCATAAACCCCTAAAACATAA
*
15296 ACCCTAGACCCTAAACCCCTAAAACATAA
1 ACCCTAGACCATAAACCCCTAAAACATAA
15325 ACCCTA
1 ACCCTA
15331 TAACCCTAGA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 34 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.38, G:0.03, T:0.14
Consensus pattern (29 bp):
ACCCTAGACCATAAACCCCTAAAACATAA
Found at i:15345 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 15267--15343 Score: 109
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
15257 TAGACCCTAG
* *
15267 ACCCTAGACCATAAACCCCTAAAACATAA
1 ACCCTAAACCCTAAACCCCTAAAACATAA
*
15296 ACCCTAGACCCTAAACCCCTAAAACATAA
1 ACCCTAAACCCTAAACCCCTAAAACATAA
*
15325 ACCCTATAACCCTAGACCC
1 ACCCTA-AACCCTAAACCC
15344 TAGACCACCC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
29 34 0.77
30 10 0.23
ACGTcount: A:0.43, C:0.39, G:0.04, T:0.14
Consensus pattern (29 bp):
ACCCTAAACCCTAAACCCCTAAAACATAA
Found at i:15355 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15333--15366 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
15323 AAACCCTATA
15333 ACCCTAGACCCTAGACC
1 ACCCTAGACCCTAGACC
15350 ACCCTAGACCCTAGACC
1 ACCCTAGACCCTAGACC
15367 CCGAACCAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.47, G:0.12, T:0.12
Consensus pattern (17 bp):
ACCCTAGACCCTAGACC
Found at i:17843 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17814--17882 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
17804 TACGGGTATG
17814 TATATCCAACATGAGCATGTTCA
1 TATATCCAACATGAGCATGTTCA
* * *
17837 TATATCCAACATGAACATGTACG
1 TATATCCAACATGAGCATGTTCA
* *
17860 TATATCCATCATGAGCATTTTCA
1 TATATCCAACATGAGCATGTTCA
17883 ACTTTTTTCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 38 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
TATATCCAACATGAGCATGTTCA
Found at i:18311 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18299--21003 Score: 4951
Period size: 7 Copynumber: 393.3 Consensus size: 7
18289 TTTGGGTTTA
18299 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18306 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18313 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18320 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18327 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18334 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18341 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18348 GGGCTTTG
1 GGGC-TTG
18356 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18363 GGGCTT-
1 GGGCTTG
18369 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18376 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18383 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18390 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18397 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18404 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18411 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18418 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18425 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18432 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18439 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18446 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18453 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18460 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18467 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18474 GGGCTT-
1 GGGCTTG
18480 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18487 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18494 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18501 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18508 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18515 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18522 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18529 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18536 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18543 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18550 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18557 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18564 GGG---G
1 GGGCTTG
18568 GGGCTT-
1 GGGCTTG
18574 -GGCTT-
1 GGGCTTG
18579 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18586 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18593 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18600 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18607 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18614 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18621 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18628 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18635 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18642 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18649 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18656 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18663 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18670 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18677 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18684 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18691 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18698 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18705 GGGCTTGGGG
1 GGGCTT---G
18715 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18722 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18729 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18736 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18743 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18750 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18757 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18764 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18771 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18778 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18785 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18792 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18799 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18806 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18813 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18820 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18827 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18834 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18841 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18848 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18855 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18862 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18869 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18876 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18883 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18890 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18897 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18904 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18911 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18918 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18925 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18932 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18939 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18946 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18953 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18960 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18967 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18974 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18981 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18988 GGGCTTG
1 GGGCTTG
18995 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19002 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19009 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19016 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19023 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19030 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19037 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19044 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19051 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19058 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19065 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19072 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19079 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19086 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19093 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19100 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19107 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19114 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19121 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19128 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19135 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19142 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19149 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19156 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19163 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19170 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19177 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19184 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19191 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19198 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19205 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19212 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19219 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19226 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19233 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19240 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19247 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19254 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19261 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19268 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19274 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19281 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19288 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19295 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19302 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19309 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19316 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19323 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19330 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19337 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19344 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19351 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19358 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19365 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19372 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19379 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19386 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19393 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19400 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19407 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19414 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19421 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19428 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19435 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19442 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19449 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19456 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19463 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19470 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19477 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19484 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19491 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19498 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19505 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19512 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19519 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19526 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19533 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19540 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19547 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19554 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19561 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19568 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19575 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19582 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19589 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19596 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19603 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19610 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19617 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19624 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19631 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19638 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19645 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19652 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19658 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19665 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19672 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19679 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19686 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19693 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19700 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19707 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19714 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19721 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19728 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19735 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19742 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19749 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19756 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19763 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19769 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19776 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19783 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19790 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19797 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19804 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19811 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19818 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19825 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19831 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19838 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19845 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19852 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19859 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19866 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19873 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19880 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19887 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19894 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19901 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19908 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19915 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19922 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19929 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19936 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19943 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19949 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19956 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19963 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19970 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19977 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19984 GGGCTTG
1 GGGCTTG
19991 GGGCTT-
1 GGGCTTG
19997 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20004 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20011 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20018 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20025 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20032 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20039 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20046 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20053 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20060 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20067 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20074 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20081 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20088 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20095 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20102 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20108 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20115 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20122 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20129 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20136 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20143 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20150 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20157 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20163 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20170 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20176 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20183 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20190 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20197 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20204 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20211 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20218 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20225 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20232 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20239 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20246 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20253 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20260 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20266 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20273 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20280 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20287 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20294 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20301 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20308 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20314 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20321 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20327 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20334 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20341 GGGCTTG
1 GGGCTTG
*
20348 GGG--GG
1 GGGCTTG
20353 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20360 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20367 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20374 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20381 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20388 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20394 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20401 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20407 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20414 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20421 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20428 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20435 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20442 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20449 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20456 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20463 GGGC-TG
1 GGGCTTG
20469 GGGCTTTG
1 GGGC-TTG
20477 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20484 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20490 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20497 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20503 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20510 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20517 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20524 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20531 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20538 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20545 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20552 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20559 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20566 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20573 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20580 GGGCTT-
1 GGGCTTG
*
20586 GGG-TTT
1 GGGCTTG
20592 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20598 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20605 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20612 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20619 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20626 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20633 TGGGCTTG
1 -GGGCTTG
20641 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20648 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20655 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20661 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20668 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20675 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20682 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20689 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20695 GGG-TTG
1 GGGCTTG
20701 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20708 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20714 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20721 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20728 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20735 GGGC-T-
1 GGGCTTG
20740 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20747 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20753 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20760 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20767 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20774 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20781 GGGC-TG
1 GGGCTTG
20787 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20793 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20800 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20807 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20813 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20820 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20826 GGG-TT-
1 GGGCTTG
20831 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20837 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20844 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20851 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20858 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20865 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20871 GGGC-TG
1 GGGCTTG
20877 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20884 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20891 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20898 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20905 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20912 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20919 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20926 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20932 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20939 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20946 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20953 GGGCTT-
1 GGGCTTG
20959 GGGCTTG
1 GGGCTTG
20966 GGG-TT-
1 GGGCTTG
20971 GGG-TTG
1 GGGCTTG
20977 GGGCTT-
1 GGGCTTG
*
20983 GGGTTTG
1 GGGCTTG
20990 GGG-TTG
1 GGGCTTG
20996 GGG-TTG
1 GGGCTTG
21002 GG
1 GG
21004 TTTGGGTTTA
Statistics
Matches: 2641, Mismatches: 3, Indels: 109
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.00
5 28 0.01
6 227 0.09
7 2355 0.89
8 20 0.01
10 7 0.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.14, G:0.57, T:0.29
Consensus pattern (7 bp):
GGGCTTG
Found at i:21019 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 21001--25349 Score: 7049
Period size: 7 Copynumber: 642.7 Consensus size: 7
20991 GGTTGGGGTT
21001 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21007 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21014 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
21020 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
21027 GGGGTT-
1 GGGTTTA
21033 GGG-TT-
1 GGGTTTA
21038 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
21044 GGG-TTG
1 GGGTTTA
21050 GGGCTTTA
1 GGG-TTTA
21058 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21064 GGG-TT-
1 GGGTTTA
21069 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21075 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21165 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21213 -GGTTT-
1 GGGTTTA
21218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21260 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21267 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21274 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21281 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21288 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21295 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21302 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21330 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21337 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21344 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21357 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21363 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21370 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21383 GGG-TT-
1 GGGTTTA
21388 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21408 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21414 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21420 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21441 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21447 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21453 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21480 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21486 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21492 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21527 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21534 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21541 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
21596 GGGGTTA
1 GGGTTTA
21603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21617 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21623 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21630 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21637 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21643 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21677 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21683 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21689 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21703 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21709 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21716 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21723 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21730 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21744 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21751 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21758 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21765 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21772 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21778 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21784 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21797 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21804 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21811 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21818 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21825 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21832 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21839 GGGTTT-
1 GGGTTTA
21845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21894 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21907 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21914 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21935 -GGTTTA
1 GGGTTTA
21941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21948 GGG-TTA
1 GGGTTTA
21954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
21996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
22024 GGGTTTTTC
1 GGG--TTTA
22033 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22040 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22047 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22054 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22061 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22068 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22075 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22082 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22089 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22096 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22103 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22110 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
22117 GGG-TTC
1 GGGTTTA
22123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22165 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22172 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
* *
22186 GGTTTTT
1 GGGTTTA
22193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22200 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22207 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22214 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22221 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22228 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22235 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22242 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22249 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22255 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22262 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22269 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22276 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22283 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
22289 GGGGTTA
1 GGGTTTA
22296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22303 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22317 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22323 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22329 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22336 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22343 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22349 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22356 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22363 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22370 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22377 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22391 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22398 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22405 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22412 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22446 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22515 GGGTTT-
1 GGGTTTA
22521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22528 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22534 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22568 --GTTTA
1 GGGTTTA
22573 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22579 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22585 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22591 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22625 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22632 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22659 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22665 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22672 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22685 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22692 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22699 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22706 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22713 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22720 GGG-TT-
1 GGGTTTA
22725 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22738 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22744 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22751 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
22759 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22766 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22773 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22780 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22787 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22794 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22808 GGGTTT-
1 GGGTTTA
22814 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22820 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22827 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22833 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22840 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22847 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22854 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22861 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22868 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22875 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22882 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22889 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22896 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22902 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22909 GGG-TTA
1 GGGTTTA
22915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22922 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22929 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22936 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22943 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22949 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22956 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22963 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22970 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22977 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
22990 -GGTTTA
1 GGGTTTA
22996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23038 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23045 GGGGTT-
1 GGGTTTA
23051 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23058 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23065 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23072 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23079 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23093 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23099 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23106 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23112 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23119 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23126 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23132 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23139 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23145 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23152 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23159 GGGTTT-
1 GGGTTTA
23165 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23178 GGG-TT-
1 GGGTTTA
23183 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23189 GGGTTT-
1 GGGTTTA
23195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23202 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23208 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23215 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23222 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23228 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23235 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23242 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23249 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23256 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23262 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23289 GGGTTTC
1 GGGTTTA
23296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23303 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23310 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23330 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23337 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23344 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23357 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23364 -GGTTT-
1 GGGTTTA
23369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23432 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23501 GGGGTTA
1 GGGTTTA
23508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23515 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23528 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23534 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23541 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23562 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23569 GGGTTTC
1 GGGTTTA
23576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23590 GGGTTTC
1 GGGTTTA
23597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23625 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23659 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23666 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23673 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23680 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23687 GGGTTT-
1 GGGTTTA
23693 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23699 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23712 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
23721 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23728 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23742 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23756 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23763 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23769 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23776 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23783 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23789 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23809 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23816 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23830 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23837 GGG-TT-
1 GGGTTTA
23842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23863 -GG-TT-
1 GGGTTTA
23867 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23874 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23880 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23900 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23906 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
23913 GGGTTTC
1 GGGTTTA
23920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23927 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23933 -GGTTTA
1 GGGTTTA
23939 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23946 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23953 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23960 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23967 GGG-TTA
1 GGGTTTA
23973 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
23981 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23988 GGGTTTA
1 GGGTTTA
23995 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
24003 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24009 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24016 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24023 GGG-TT-
1 GGGTTTA
24028 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24035 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24042 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24048 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
24055 GGGTTTG
1 GGGTTTA
24062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24083 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24090 GGG-TT-
1 GGGTTTA
24095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24109 -GG-TT-
1 GGGTTTA
24113 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24120 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24127 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
24133 GGGTTTC
1 GGGTTTA
24140 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24147 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24154 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24188 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24195 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
24204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24211 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24217 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24224 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24231 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24238 -GG-TTA
1 GGGTTTA
24243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24250 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24257 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24264 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24270 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
24277 GGGTTTC
1 GGGTTTA
24284 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24291 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24304 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24311 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24325 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
24335 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24342 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24349 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24383 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24389 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24396 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24402 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24409 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24423 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24430 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24437 GGG-TT-
1 GGGTTTA
24442 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24448 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24455 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24462 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24469 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24476 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24483 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24490 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24497 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24504 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24511 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24518 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24525 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24532 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24539 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24546 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24553 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24560 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24567 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24573 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24580 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
24587 GGGTTTT
1 GGGTTTA
24594 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
24602 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24609 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24616 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24622 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
24635 GGGGGGTTA
1 --GGGTTTA
24644 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24651 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24658 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24665 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24672 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24679 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24686 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24693 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24700 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24707 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24714 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24721 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24727 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24734 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24741 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24748 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24755 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24762 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24769 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24776 --GTTT-
1 GGGTTTA
24780 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24786 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
24792 GGGTTTC
1 GGGTTTA
24799 GGG-TTA
1 GGGTTTA
24805 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24812 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24819 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24826 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24833 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
24840 GGGTTGA
1 GGGTTTA
*
24847 GGTTTTA
1 GGGTTTA
*
24854 GGGTTTC
1 GGGTTTA
24861 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24868 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24875 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24882 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24889 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24895 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24902 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24909 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24916 GGG-TT-
1 GGGTTTA
24921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24935 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24942 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
24950 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24957 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24964 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24978 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24985 GGGTTTA
1 GGGTTTA
24992 -GGTTTA
1 GGGTTTA
24998 GGGTTT-
1 GGGTTTA
25004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25011 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
25031 GGGTTTC
1 GGGTTTA
25038 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
25044 TGG--TA
1 GGGTTTA
25049 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25056 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25063 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25070 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
25077 GGGTTTC
1 GGGTTTA
25084 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
25091 GGGTTTC
1 GGGTTTA
25098 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
25105 -GGTTTC
1 GGGTTTA
25111 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25118 GGG-TTA
1 GGGTTTA
25124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25131 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25158 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25185 GGG-TTA
1 GGGTTTA
25191 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
25199 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25205 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
25218 GGAGGGTTA
1 -G-GGTTTA
25227 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25248 GGG-TT-
1 GGGTTTA
25253 -GGTTTA
1 GGGTTTA
25259 GGGTTT-
1 GGGTTTA
25265 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25272 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
25278 GGGGTTA
1 GGGTTTA
25285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25292 -GG-TTA
1 GGGTTTA
25297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25304 GGG-TTA
1 GGGTTTA
25310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25317 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25324 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25331 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25338 GGGTTTA
1 GGGTTTA
25345 GGGTT
1 GGGTT
Statistics
Matches: 4118, Mismatches: 55, Indels: 339
0.91 0.01 0.08
Matches are distributed among these distances:
4 7 0.00
5 91 0.02
6 713 0.17
7 3226 0.78
8 43 0.01
9 31 0.01
10 7 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.43, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Done.