genome.fa.s7466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007466.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020485_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  207968

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 124 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1058--1092	9	4.0	9	92	7	63	0	11	0	88	0.51
1062--1092	8	3.8	8	91	8	53	0	9	0	90	0.46
1058--1092	17	2.1	17	100	0	70	0	11	0	88	0.51
3452--3485	16	2.1	16	94	0	59	32	2	11	52	1.53
3548--3584	17	2.2	17	86	13	51	81	0	5	13	0.86
6512--6566	3	18.0	3	96	3	101	65	0	0	34	0.93
10992--11375	36	10.7	36	80	1	347	35	16	14	33	1.89
10992--11390	72	5.5	72	80	1	388	36	16	14	33	1.89
10992--11432	108	4.1	107	78	4	314	36	16	14	32	1.89
12230--12333	38	2.7	38	83	1	118	33	23	9	33	1.87
12230--12361	19	6.9	19	74	7	106	34	21	9	34	1.85
12668--12833	85	2.0	84	85	7	228	32	19	17	30	1.95
19417--19740	83	4.0	83	83	4	340	42	3	8	45	1.50
20207--20236	13	2.3	13	94	0	51	0	23	36	40	1.55
25329--25358	13	2.3	13	94	0	51	0	23	36	40	1.55
32940--32979	20	2.1	19	90	4	62	82	5	12	0	0.82
32940--32979	19	2.0	20	85	4	55	82	5	12	0	0.82
33009--33065	6	10.0	6	80	17	52	17	1	10	70	1.24
33009--33064	17	3.3	17	77	20	55	17	1	8	71	1.21
33008--33062	23	2.4	24	76	14	62	18	1	9	70	1.22
33871--33908	20	1.9	20	88	0	58	28	10	7	52	1.64
37822--37869	19	2.5	20	86	3	62	33	14	6	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41784--42106	83	4.0	83	86	5	448	40	5	10	43	1.64
41784--42106	164	2.0	160	86	6	454	40	5	10	43	1.64
44398--44465	35	1.9	35	96	0	127	44	13	8	33	1.74
44552--44587	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
46125--46193	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
51791--51859	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
54051--54392	131	2.6	131	79	2	366	33	9	14	42	1.79
55602--55722	47	2.6	47	81	6	129	33	9	22	34	1.86
58525--58717	98	2.0	99	89	3	300	33	14	19	32	1.92
61227--61773	221	2.4	225	84	6	674	31	16	17	33	1.93
61685--62281	233	2.6	233	91	0	962	30	17	17	33	1.94
62158--62251	42	2.3	41	83	1	116	24	24	20	30	1.98
62150--62263	42	2.7	42	75	5	115	27	23	18	30	1.98
62508--62589	3	28.0	3	92	4	141	34	0	1	64	1.01
64666--65033	131	2.8	131	81	1	425	31	11	14	42	1.81
69167--69362	99	2.0	99	87	2	286	35	17	17	29	1.93
72185--72554	131	2.8	130	80	6	410	32	9	15	42	1.79
74128--74259	60	2.2	60	83	4	160	40	3	21	35	1.69
79848--79879	13	2.4	13	94	5	55	43	0	9	46	1.35
84288--84342	18	3.1	18	97	0	101	27	32	18	21	1.96
87541--87569	14	2.1	14	100	0	58	34	34	24	6	1.82
89804--89855	20	2.5	20	93	3	86	19	23	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91128--91174	18	2.6	18	93	0	85	29	31	21	17	1.96
98509--98550	14	3.1	13	83	10	57	57	16	2	23	1.51
99489--99592	55	1.9	55	97	0	199	28	11	21	38	1.88
102509--102544	18	1.9	19	94	5	65	50	2	19	27	1.62
102879--102994	62	1.9	60	83	3	151	43	7	7	41	1.62
105788--105820	15	2.1	16	88	5	50	21	3	21	54	1.58
106279--106315	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
113041--113182	6	23.7	6	98	0	248	36	33	13	16	1.88
113196--113322	51	2.5	51	81	2	139	43	5	7	44	1.54
113246--113289	20	2.2	20	84	8	54	43	2	9	45	1.48
113284--113340	13	3.9	13	72	24	51	38	7	1	52	1.39
113272--113365	32	3.0	32	87	1	136	39	6	5	48	1.51
113286--113333	19	2.6	18	77	9	51	37	6	2	54	1.38
113353--113393	21	2.0	21	90	0	64	41	9	2	46	1.50
114048--114092	21	2.1	21	83	0	54	26	33	17	22	1.96
121527--121552	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
122999--123037	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
123234--123353	43	2.7	46	76	11	131	25	17	30	25	1.97
123192--123459	141	1.9	141	86	4	380	24	19	28	27	1.98
124481--124535	9	6.4	9	84	14	64	9	14	0	76	1.02
124502--124551	16	3.4	14	83	13	57	8	16	0	76	1.02
137458--137487	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146809--146892	29	2.9	29	92	1	134	13	39	28	19	1.89
146896--146963	33	2.1	33	91	5	111	8	41	23	26	1.83
146908--147034	10	11.3	10	67	20	56	9	35	30	24	1.87
146896--146980	33	2.6	33	86	0	107	8	37	27	27	1.85
146967--147028	14	4.0	14	75	22	61	8	30	38	22	1.83
146944--147032	34	2.5	34	87	5	124	10	30	34	24	1.88
150437--150513	38	2.0	39	82	12	97	36	2	5	55	1.36
153337--153367	12	2.6	12	94	0	53	51	25	16	6	1.68
154095--154213	60	2.0	61	81	5	143	35	6	4	53	1.47
154280--154347	18	3.9	18	72	18	63	42	7	4	45	1.52
154270--154401	58	2.4	54	83	10	171	41	6	8	43	1.61
154284--154470	33	5.9	33	82	11	212	42	6	8	42	1.59
154285--154466	58	3.0	58	79	13	211	42	6	8	42	1.60
154408--154555	20	7.4	19	70	15	77	47	2	6	43	1.44
154442--154550	7	16.1	7	75	11	77	49	1	5	43	1.36
154465--154535	27	2.7	27	82	2	99	52	2	4	40	1.36
154596--154662	33	2.1	32	91	2	107	50	4	5	38	1.47
154613--154686	20	3.5	20	77	16	85	52	1	6	39	1.36
154613--154673	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
154626--154675	13	3.8	13	77	17	59	54	2	6	38	1.37
154642--154710	29	2.4	29	80	11	79	53	1	7	37	1.38
154789--154876	11	8.8	10	67	20	51	48	3	2	45	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154839--154876	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
154922--154982	27	2.2	28	88	2	88	39	4	8	47	1.55
154974--155055	2	39.5	2	70	16	51	46	4	2	46	1.37
154975--155033	22	2.8	20	79	18	59	47	6	1	44	1.39
154977--155043	20	3.2	20	80	15	91	44	5	2	46	1.43
154950--155062	42	2.8	40	84	11	151	43	7	2	46	1.44
154948--155055	20	5.4	20	69	18	82	44	5	2	47	1.41
155087--155906	216	3.8	216	93	1	1341	29	12	8	49	1.69
157209--157251	20	2.2	20	95	0	77	25	9	44	20	1.81
159052--159088	2	18.5	2	88	0	56	45	0	2	51	1.15
159306--159370	24	2.8	24	72	4	62	67	1	7	23	1.25
159353--159398	14	3.3	13	82	11	56	67	2	4	26	1.21
159433--159485	19	2.8	19	78	16	65	71	5	5	16	1.25
159470--159498	14	2.1	14	100	0	58	72	6	6	13	1.26
159435--159496	19	3.3	19	72	18	58	72	4	4	17	1.20
160522--161371	45	19.0	45	89	1	1210	31	19	22	26	1.98
163275--163442	75	2.3	74	86	4	239	29	23	18	29	1.98
163525--163571	24	2.0	24	95	0	85	17	17	29	36	1.92
165543--165679	72	1.9	72	95	0	247	33	18	21	25	1.97
167802--167835	12	2.8	12	86	4	50	67	0	8	23	1.18
167814--167856	20	2.2	20	86	0	59	65	6	9	18	1.44
167862--167901	6	5.9	7	83	16	57	55	12	17	15	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170984--171035	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
171088--171152	24	2.8	24	72	4	62	67	1	7	23	1.25
171135--171180	14	3.3	13	82	11	56	67	2	4	26	1.21
171146--171226	25	3.3	26	79	8	89	64	3	6	25	1.34
176782--176833	22	2.4	22	90	3	79	30	7	11	50	1.67
189996--190152	81	1.9	81	88	2	235	17	32	20	29	1.95
190269--190569	55	5.5	54	79	7	284	26	25	20	26	1.99
190276--190480	27	7.4	26	68	18	105	25	27	21	25	1.99
192688--192783	31	3.1	31	96	0	174	30	7	8	54	1.58
194671--194726	28	2.0	28	96	0	103	35	33	10	19	1.87

Tables:   1   2