genome.fa.s7486.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007486.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020665_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  221202

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60--166	35	2.8	38	83	8	112	43	5	3	46	1.44
60--181	35	3.4	37	79	12	103	45	5	3	45	1.43
892--924	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
2585--2626	21	2.0	21	90	0	66	52	0	0	47	1.00
4178--4241	29	2.2	30	88	2	94	15	9	12	62	1.54
4178--4253	30	2.6	29	87	2	98	15	9	11	63	1.52
9943--10006	32	2.0	32	87	0	92	26	14	29	29	1.95
10208--10430	97	2.3	95	81	6	232	27	18	14	39	1.90
10310--10368	30	1.9	32	89	6	95	28	18	13	38	1.89
10476--10773	135	2.3	129	83	6	350	25	32	17	25	1.97
10987--11051	3	21.7	3	96	0	121	32	1	0	66	1.01
11805--11969	30	5.5	29	75	9	118	21	12	8	58	1.60
11829--11900	29	2.4	30	81	2	83	23	12	4	59	1.50
11920--11981	30	2.1	29	90	3	97	12	9	14	62	1.53
15194--15232	20	2.0	20	90	10	62	76	0	15	7	0.99
15215--15330	23	5.0	22	73	23	78	74	0	18	6	1.09
15194--15327	60	2.2	59	76	18	134	74	0	18	5	1.06
15251--15305	10	5.7	10	83	12	71	72	0	21	5	1.04
15238--15311	28	2.7	28	82	12	91	74	0	20	5	1.01
15946--16047	28	3.6	28	87	0	141	42	33	4	19	1.73
17474--17555	42	2.0	42	87	4	121	21	20	24	32	1.98
17317--18143	277	3.0	278	88	4	1179	29	15	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17804--17882	41	1.9	41	81	0	95	27	22	20	29	1.98
18028--18141	42	2.7	41	84	9	126	26	20	22	30	1.98
19907--19965	17	3.4	17	83	11	75	18	3	1	76	1.02
19909--19972	17	3.8	16	70	22	51	18	3	3	75	1.08
19906--19972	35	2.0	33	85	11	91	17	2	2	76	1.05
24589--24665	3	25.0	3	86	5	82	41	0	0	58	0.98
24589--24663	16	4.8	16	76	12	68	41	0	0	58	0.98
26041--26099	27	2.2	26	84	6	73	42	1	0	55	1.09
26736--26784	24	2.1	23	88	3	71	34	2	2	61	1.19
30080--30111	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
37425--37482	10	5.6	10	84	12	55	84	0	15	0	0.62
37431--37469	14	2.8	14	100	0	78	87	0	12	0	0.55
37423--37481	24	2.6	23	86	7	84	86	0	13	0	0.57
38637--39791	83	13.9	83	94	0	1927	27	13	22	36	1.92
40608--41467	116	7.5	113	91	2	1133	36	13	19	30	1.91
41817--41902	3	28.0	3	85	4	73	44	0	0	55	0.99
42319--42353	13	2.6	14	86	13	56	71	14	14	0	1.15
43288--43346	27	2.2	27	84	6	75	42	0	0	57	0.98
45977--46002	9	2.9	9	100	0	52	69	0	11	19	1.18
62618--62668	20	2.6	20	90	3	77	37	13	5	43	1.69
63004--63084	14	5.9	14	91	4	130	22	40	0	37	1.54
67597--67674	21	3.7	21	68	0	57	24	15	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67682--67748	21	3.0	21	82	6	62	19	20	23	35	1.95
75259--75346	28	3.1	28	85	0	113	25	12	26	36	1.91
75456--75525	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
75801--75872	27	2.6	28	80	10	87	19	15	25	40	1.90
76027--76134	2	54.0	2	100	0	216	50	0	0	50	1.00
79214--79266	10	6.1	10	68	31	50	58	22	11	7	1.57
79218--79294	16	4.8	16	95	0	136	57	23	11	7	1.60
80218--80264	24	2.0	24	95	0	85	55	25	10	8	1.62
80267--80319	20	2.7	20	87	0	79	45	20	13	20	1.84
81467--81496	12	2.6	11	94	5	51	10	0	6	83	0.81
82492--82537	20	2.3	20	88	3	67	36	26	0	36	1.57
85252--85447	29	6.8	29	85	4	220	39	20	5	34	1.76
92599--92746	29	5.1	28	84	8	147	39	21	6	31	1.79
92618--92746	58	2.2	58	82	10	165	38	23	6	31	1.81
94020--94046	14	1.9	14	100	0	54	29	22	22	25	1.99
97014--97085	35	2.1	35	100	0	144	40	5	25	29	1.78
97303--97332	13	2.3	13	94	0	51	20	16	20	43	1.88
99182--99270	46	1.9	46	83	0	115	41	16	14	26	1.87
99246--99313	35	2.0	35	85	2	93	45	13	17	23	1.84
99171--99813	277	2.3	276	82	4	767	35	13	17	33	1.89
102767--102849	3	28.3	3	78	11	75	4	28	0	66	1.12
107022--107059	19	2.0	20	89	5	60	31	18	2	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107123--107198	34	2.3	34	86	4	102	38	21	14	26	1.91
116694--116792	18	6.2	15	73	17	67	75	2	0	22	0.90
116718--116792	6	12.7	6	76	16	68	78	1	0	20	0.82
116694--116792	24	4.1	24	76	15	89	75	2	0	22	0.90
116720--116786	9	7.8	9	79	14	79	77	1	0	20	0.85
118168--118337	89	1.9	89	88	0	259	30	19	18	31	1.96
118086--118477	218	1.8	216	85	2	552	30	19	18	31	1.96
118266--118830	133	4.3	132	82	2	584	30	18	19	31	1.96
118871--119360	39	12.6	39	82	8	498	34	18	17	29	1.94
118963--119100	68	2.0	68	91	0	222	35	15	16	31	1.91
118932--119163	107	2.2	102	90	5	358	34	15	17	31	1.92
119123--119187	24	2.7	24	97	0	121	33	20	20	26	1.96
119510--119565	21	2.7	21	85	0	76	32	16	16	35	1.90
119551--119629	39	2.0	39	87	0	113	36	13	16	32	1.88
125554--125649	9	9.9	9	77	13	68	79	2	0	18	0.84
125557--125650	6	16.8	6	71	20	71	78	2	0	19	0.85
125557--125628	15	4.7	15	85	14	94	79	1	0	19	0.81
125554--125650	24	4.0	24	76	15	92	79	2	0	18	0.83
125557--125644	33	2.8	32	78	18	98	78	2	0	19	0.86
125618--125648	16	1.9	16	100	0	62	77	3	0	19	0.90
127345--127394	19	2.5	20	90	3	75	26	22	22	30	1.99
130278--130324	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130066--130538	182	2.6	182	90	1	709	42	13	16	26	1.86
130459--130506	20	2.3	20	82	3	69	54	10	16	18	1.70
130469--130511	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
132684--132748	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
132782--132847	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
134637--134685	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
134798--135580	200	3.9	200	93	1	1311	36	15	16	31	1.90
137043--137148	6	17.7	6	83	0	86	37	7	33	21	1.82
137060--137149	6	15.0	6	84	0	90	36	6	33	23	1.81
137043--137148	12	8.8	12	88	0	122	37	7	33	21	1.82
138360--138934	183	3.1	183	94	1	974	35	14	16	33	1.89
141782--141852	23	3.2	23	82	8	92	33	5	19	40	1.75
141788--141857	21	3.2	21	76	11	70	32	5	20	41	1.75
142271--142343	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
142756--142820	23	2.8	23	95	0	112	38	3	23	35	1.70
142757--142829	23	3.2	22	90	3	101	35	4	21	38	1.73
141434--143231	977	1.8	977	96	1	3320	41	7	10	40	1.69
141434--143231	489	3.7	489	97	1	3306	41	7	10	40	1.69
160656--160715	28	2.1	28	100	0	120	33	13	11	41	1.80
168823--168865	22	2.0	22	86	9	61	20	16	25	37	1.93
170268--170306	20	2.0	20	95	5	71	43	30	0	25	1.55
173100--173170	20	3.5	20	75	12	65	25	12	22	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173166--173235	20	3.5	20	84	1	97	22	17	25	34	1.96
173161--173235	40	1.9	38	89	5	114	21	17	25	36	1.95
187037--187122	2	43.5	2	74	19	74	41	3	2	52	1.31
187028--187123	6	18.4	5	75	22	51	39	3	2	55	1.28
187408--187920	217	2.4	215	87	3	719	21	24	20	33	1.97
187408--187920	54	9.5	54	89	1	694	21	24	20	33	1.97
189216--189277	22	2.8	22	82	0	79	4	16	1	77	1.02
189216--189270	11	5.1	10	80	12	56	3	12	1	81	0.89
189214--189262	12	3.8	12	84	13	53	2	14	2	81	0.87
198815--198891	25	3.0	25	88	1	118	35	28	7	28	1.85

Tables:   1   2