genome.fa.s7491.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007491.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020689_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  275112

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 114 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
374--419	20	2.3	20	100	0	92	32	30	15	21	1.94
7637--7675	10	3.9	10	87	9	53	20	35	0	43	1.52
12962--13030	31	2.2	31	84	2	93	30	14	21	33	1.93
17803--17859	22	2.6	22	97	2	107	14	7	31	47	1.70
23779--23953	90	2.0	89	90	1	278	45	6	10	36	1.66
30215--30380	90	1.8	90	89	0	260	44	7	11	36	1.68
30696--30759	21	3.0	21	100	0	128	42	28	0	29	1.56
32078--32216	74	1.9	74	90	0	224	34	17	7	41	1.77
32078--32233	74	2.1	74	85	0	213	31	21	8	39	1.83
32607--32652	20	2.3	20	100	0	92	32	30	15	21	1.94
34784--34852	30	2.3	30	100	0	138	23	24	17	34	1.96
36230--36267	14	2.7	14	91	0	58	26	7	26	39	1.83
36920--36944	9	2.8	9	100	0	50	32	0	8	60	1.26
48930--48977	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
53033--53140	29	3.6	30	74	15	91	43	1	4	50	1.33
55037--55143	24	4.5	24	78	4	108	48	17	14	18	1.81
59832--59981	59	2.5	58	84	4	201	20	12	26	41	1.87
62326--62371	23	1.9	23	82	8	56	19	10	19	50	1.77
65954--66110	29	5.4	29	93	0	260	48	17	5	28	1.70
65943--66156	87	2.5	87	84	0	266	46	16	6	31	1.71
66005--66185	58	3.1	58	80	4	161	46	17	6	28	1.73
70484--70529	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70643--70698	19	2.8	20	83	8	69	57	7	16	19	1.62
70657--70703	19	2.6	18	86	10	60	57	6	14	21	1.60
72918--72982	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
73016--73081	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
74857--74904	19	2.6	19	93	3	80	31	2	10	56	1.45
75023--80100	198	25.9	198	96	2	9189	36	15	16	31	1.90
80399--80433	15	2.3	15	100	0	70	17	51	0	31	1.45
81248--81315	21	3.4	18	69	21	55	36	10	35	17	1.84
81248--81345	6	16.3	6	78	0	61	36	8	34	20	1.82
81259--81348	15	6.2	15	80	7	114	35	7	34	22	1.83
81263--81349	3	29.0	3	77	0	75	35	6	34	22	1.81
81251--81341	42	2.2	42	93	0	155	35	8	35	20	1.84
82803--83146	184	1.9	184	93	0	589	35	13	16	33	1.89
85601--85665	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
85887--85932	21	2.2	21	77	14	51	41	13	6	39	1.70
85950--86012	22	2.8	23	82	4	83	34	6	20	38	1.78
85950--86021	23	3.2	23	78	11	76	33	5	20	40	1.76
93638--93696	29	2.0	29	100	0	118	44	10	15	30	1.79
98268--98353	35	2.5	35	92	3	138	43	19	1	36	1.59
99184--99235	22	2.4	22	100	0	104	63	0	3	32	1.12
99445--99556	35	3.2	35	89	0	170	33	0	23	41	1.60
99851--100249	82	4.8	82	84	2	451	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99851--100250	164	2.4	164	84	2	507	32	17	20	29	1.96
99804--100154	41	8.5	40	71	10	217	33	16	20	29	1.95
100423--100518	19	4.6	20	68	23	63	57	1	4	37	1.25
100565--100612	22	2.2	22	84	0	60	37	6	0	56	1.25
101942--101998	30	1.9	30	96	0	105	35	3	40	21	1.70
113994--114101	29	3.6	30	74	15	91	43	1	4	50	1.33
115994--116100	24	4.5	24	78	0	97	49	17	14	18	1.79
120781--120930	59	2.5	59	84	4	212	19	12	26	41	1.87
123273--123318	23	1.9	23	82	8	56	19	10	19	50	1.77
126899--127087	29	6.6	29	94	1	326	48	17	5	28	1.69
126990--127041	17	3.4	17	65	25	51	51	17	3	26	1.62
126919--127133	87	2.5	86	86	3	281	47	17	5	29	1.70
126921--127161	58	4.2	57	86	3	148	48	17	5	28	1.70
137962--138020	29	2.0	29	100	0	118	44	10	15	30	1.79
138032--138389	194	1.8	193	83	2	466	39	12	11	36	1.79
142595--142680	35	2.5	35	92	3	138	43	19	1	36	1.59
143750--143861	35	3.2	35	87	0	161	34	0	22	41	1.60
144113--144299	41	4.5	41	80	12	195	33	17	20	28	1.95
144194--144419	41	5.5	41	67	14	135	31	16	19	31	1.94
144218--144552	163	2.0	164	84	1	431	32	18	18	30	1.95
144156--144552	82	4.8	82	83	2	440	32	17	19	30	1.95
144726--144821	19	4.6	20	68	23	63	57	1	4	37	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144868--144915	22	2.2	22	84	0	60	37	6	0	56	1.25
159061--159168	29	3.6	30	74	15	91	43	1	4	50	1.33
161058--161164	24	4.5	24	81	0	124	47	17	16	17	1.83
161058--161118	12	5.1	12	74	7	52	50	18	14	16	1.78
161058--161166	48	2.3	48	85	0	146	48	17	16	17	1.81
165826--165975	59	2.5	59	84	4	212	19	12	26	41	1.87
168318--168363	23	1.9	23	82	8	56	19	10	19	50	1.77
171932--172092	29	5.6	29	94	0	277	47	18	5	28	1.70
172024--172075	17	3.4	17	65	25	51	51	17	3	26	1.62
171924--172139	87	2.5	87	83	3	265	46	17	6	30	1.71
171932--172138	58	3.6	58	88	2	211	46	17	6	29	1.73
171997--172167	58	3.0	57	81	5	166	47	18	6	27	1.73
179366--179612	29	8.6	29	90	4	383	49	15	5	29	1.67
179515--179566	17	3.4	17	65	25	51	50	15	5	28	1.67
179366--179669	87	3.5	85	85	4	344	48	15	5	30	1.69
180569--180748	59	3.0	59	84	4	218	18	15	25	40	1.90
183695--184144	54	8.5	54	79	8	451	24	24	19	32	1.98
183691--184144	108	4.3	108	79	10	515	23	25	18	32	1.97
183728--184251	156	3.3	152	81	9	488	24	25	17	32	1.97
184023--184144	55	2.2	55	86	1	174	25	25	17	31	1.97
184133--184281	55	3.0	46	80	15	154	26	26	14	32	1.94
184179--184300	55	2.2	55	97	0	226	29	27	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185339--185391	8	6.6	8	81	14	65	15	9	0	75	1.04
195278--195315	16	2.3	16	90	4	58	34	26	13	26	1.93
200459--200500	14	2.9	14	82	6	57	21	35	23	19	1.96
200448--200499	15	3.5	15	81	5	70	23	30	25	21	1.99
205251--205303	27	2.0	27	88	0	79	41	1	16	39	1.60
206689--206730	19	2.2	18	84	16	50	61	2	0	35	1.09
207742--207779	19	2.1	18	90	9	60	44	5	7	42	1.56
207738--207788	19	2.6	19	76	14	59	43	3	7	45	1.51
208135--208166	14	2.3	14	100	0	64	37	12	12	37	1.81
208460--208510	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
208498--208578	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
208666--208735	32	2.2	32	82	10	81	48	0	1	50	1.09
208683--208745	22	3.0	21	81	6	56	49	0	0	50	1.00
208713--208745	11	3.1	11	82	8	50	45	0	0	54	0.99
212176--212387	82	2.6	81	89	4	307	31	24	24	20	1.98
214874--214913	17	2.4	17	95	0	71	27	30	27	15	1.96
216686--216714	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
218406--218441	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
220490--220527	20	1.9	20	100	0	76	21	52	13	13	1.73
221494--221576	3	27.3	3	92	7	141	66	0	1	32	1.00
221736--223004	134	9.5	134	85	1	1605	27	16	25	30	1.97
241481--241515	18	2.0	17	88	5	52	74	17	0	8	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251985--252088	5	20.8	5	77	7	95	71	3	3	21	1.18
252045--252101	26	2.2	26	83	0	69	68	7	8	15	1.37
257725--257765	15	2.7	15	82	10	57	70	0	2	26	0.99
273960--273989	12	2.5	12	94	0	51	43	16	13	26	1.85

Tables:   1

The End!