genome.fa.s7497.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007497.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00020744_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114217

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1805--1879	3	25.0	3	88	0	105	64	1	4	30	1.20
1796--1879	21	3.9	22	79	11	93	61	1	3	33	1.20
2124--2608	113	4.3	113	87	2	679	29	19	14	36	1.92
2124--2608	226	2.1	226	90	2	749	29	19	14	36	1.92
3345--3904	83	6.8	83	92	4	936	36	22	13	27	1.91
3345--3904	248	2.3	249	95	1	1018	36	22	13	27	1.91
5048--5135	10	8.7	10	76	18	76	0	19	0	80	0.71
5048--5121	18	3.9	19	82	13	91	0	17	0	82	0.67
5048--5138	18	5.2	17	74	17	80	0	18	0	81	0.69
5067--5141	33	2.2	34	83	9	100	0	18	0	81	0.69
17941--18026	3	29.0	3	89	2	129	66	1	2	30	1.12
21833--21903	34	2.0	36	94	5	128	21	15	11	52	1.74
37044--37116	24	3.0	24	87	0	110	50	17	12	19	1.77
37048--37117	12	5.8	12	75	6	61	50	18	14	17	1.79
37046--37154	48	2.3	47	82	6	121	49	15	14	20	1.79
37047--37154	24	4.5	24	71	13	80	49	15	14	20	1.80
41732--41783	26	2.0	26	84	0	68	32	17	21	28	1.96
41740--41783	13	3.4	13	93	0	70	31	15	20	31	1.94
46502--46564	32	2.0	32	84	6	85	31	7	7	52	1.59
46534--46666	33	4.1	32	77	7	126	36	4	8	51	1.52
46534--46654	66	1.9	63	83	8	154	35	4	8	52	1.51
46832--47190	168	2.2	168	82	6	428	39	5	7	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47173--47224	22	2.3	23	76	6	61	44	3	5	46	1.45
52051--52122	25	3.0	25	66	13	60	44	2	5	47	1.41
52161--52205	24	1.9	23	86	4	63	64	4	0	31	1.13
53174--53214	21	2.0	21	85	0	55	24	0	4	70	1.06
53852--53895	21	2.1	21	100	0	88	18	18	9	54	1.69
56825--56861	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
58962--59369	182	2.2	182	79	6	434	39	10	8	40	1.71
62491--62535	15	3.2	15	78	15	51	28	4	2	64	1.25
68433--68486	22	2.5	22	81	0	63	37	3	5	53	1.42
71070--71099	12	2.5	12	94	0	51	10	30	26	33	1.89
71133--71158	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
71108--71188	19	4.6	18	70	22	55	62	1	2	33	1.16
71170--71479	72	4.3	69	74	16	220	47	7	3	41	1.51
71170--71475	38	8.5	36	75	14	206	47	7	3	40	1.51
71337--71513	74	2.4	74	85	6	216	45	6	3	44	1.47
72167--73117	165	5.8	165	89	1	1349	25	21	24	29	1.99
72149--73117	84	11.7	84	75	7	847	24	21	24	29	1.99
75738--75783	20	2.3	20	81	11	67	71	0	2	26	0.97
77076--77246	71	2.4	69	80	14	195	46	7	2	43	1.47
77152--77280	35	3.4	38	78	12	106	47	6	3	42	1.46
77076--77280	36	5.6	35	78	10	146	45	7	3	43	1.48
77614--77686	31	2.4	31	85	0	101	28	12	12	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77639--77878	118	2.0	118	95	4	432	32	9	16	41	1.80
78081--78130	26	2.0	25	96	4	91	44	4	26	26	1.72
78484--78573	31	2.8	32	86	8	130	36	5	1	56	1.30
78492--78592	31	3.5	28	75	13	82	36	5	0	56	1.30
78637--78752	27	4.4	27	68	12	80	55	0	1	43	1.10
78637--78752	55	2.2	51	80	11	119	55	0	1	43	1.10
78682--78726	23	1.9	24	90	4	74	55	0	4	40	1.20
78682--78752	25	2.9	25	80	14	76	54	0	2	42	1.14
80470--80508	12	3.3	12	82	3	53	46	0	0	53	1.00
80473--80533	24	2.7	23	82	12	72	49	0	0	50	1.00
80758--80826	29	2.2	33	85	10	92	40	1	7	50	1.39
81000--81029	14	2.1	14	100	0	60	46	20	6	26	1.75
81279--81331	16	3.2	16	84	12	63	71	5	0	22	1.06
81957--81995	20	2.0	20	94	0	69	43	7	0	48	1.31
82303--82336	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
83997--84022	11	2.4	11	100	0	52	15	46	26	11	1.80
85097--85436	176	1.9	173	82	5	425	25	20	17	36	1.94
85274--85592	136	2.3	135	81	5	363	26	20	17	36	1.94
86562--86694	42	3.2	42	77	3	126	27	24	21	26	1.99
86710--86913	84	2.4	84	87	3	293	32	16	26	25	1.96
86795--87158	144	2.6	143	84	1	491	32	14	26	25	1.95
87167--87230	20	3.1	20	68	16	58	37	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87166--87263	42	2.3	42	94	0	178	36	18	20	24	1.94
88927--89003	28	2.7	27	92	4	109	23	5	32	38	1.77
89623--89730	17	6.6	16	70	24	66	0	24	0	75	0.87
89619--89759	34	4.2	33	74	20	125	1	23	0	74	0.94
89622--89725	9	12.0	9	76	16	80	0	24	0	75	0.87
89634--89694	28	2.1	29	85	14	81	0	21	0	78	0.75
89668--89759	16	5.6	16	75	13	62	2	22	1	73	1.00
91090--91152	20	3.1	21	79	4	67	52	11	17	19	1.74
96419--96666	44	5.6	44	85	3	286	32	21	25	20	1.97
96419--96666	88	2.8	88	81	4	320	32	21	25	20	1.97
96419--96661	132	1.8	132	86	1	353	32	20	25	20	1.97
98341--98444	50	2.1	50	83	7	131	50	7	12	29	1.68
100590--100654	19	3.4	19	87	6	78	81	1	12	4	0.91
100590--100701	10	12.0	9	73	14	86	78	0	16	3	0.94
100658--100696	4	9.8	4	83	10	53	74	0	25	0	0.82
101839--101980	57	2.6	53	79	11	155	31	12	16	39	1.86
102291--102384	42	2.3	42	83	5	111	30	18	20	30	1.96
101867--102427	274	2.0	275	86	3	790	29	16	19	33	1.94
104256--104317	16	3.8	16	77	8	61	19	4	3	72	1.17
108235--108273	18	2.2	18	85	0	51	35	10	25	28	1.89

Tables:   1

The End!