Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007541.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021126_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
7381 TGGCCCGGGG
* * *
7391 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
7423 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* *
7456 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA-CCG-AT-GG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* *** * *
7486 -TGACCGA-GGCT-CCCGCA--CCAATGGCCCGGGG
1 TTG-CCGATGG-TGACCG-AGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
7517 TTGCCGATGGTGACCGA-GACA-CCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
7548 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
7581 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
7601 TCACGCACAA
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27 2 0.01
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30 8 0.06
31 30 0.21
32 30 0.21
33 62 0.43
34 2 0.01
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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7449 CCTGGGACTG
7459 CCGATGGTGACCGAGGCTCA
1 CCGATGGTGACCGAGGCTCA
7479 CCGATGGTGACCGAGGCTC
1 CCGATGGTGACCGAGGCTC
7498 CCGCACCAAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
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CCGATGGTGACCGAGGCTCA
Found at i:7592 original size:125 final size:126
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Indices: 7369--7604 Score: 456
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7359 CTGTGCGGCA
7369 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
7434 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGATGGTGACCGAGG
7495 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
7559 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAC
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAC
7605 GCACAAGGGC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 1, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
125 66 0.61
126 43 0.39
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCGATGGTGACCGAGG
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Indices: 7683--7766 Score: 118
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
7673 TGGCCCGGGG
* ** *
7683 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCCAGGA
7715 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCG-CCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCCAGGA
7747 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
7767 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 40 0.85
33 7 0.15
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.36, T:0.18
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCCAGGA
Found at i:7923 original size:33 final size:33
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Indices: 7854--7935 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
7844 GCCGGGGTTG
* * * *
7854 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
7886 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
7919 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
7936 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:7925 original size:169 final size:170
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Indices: 7495--8068 Score: 988
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
7485 GTGACCGAGG
7495 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
7559 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA--AGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
7622 TGACCGAGACT-CCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
7661 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
7726 GACCGAGGCCACCCGCC-AGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
7790 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
7830 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
7894 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
7959 TGA-CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
7998 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACC--GACACCCGT-TGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
8060 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
8069 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 12, Indels: 12
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 98 0.25
167 47 0.12
168 136 0.35
169 109 0.28
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:19387 original size:149 final size:142
Alignment explanation
Indices: 19171--19853 Score: 807
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19161 GGGACCCTGC
* * *
19171 CTCCATACGTTAGAGCGCTCGACGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTTTGGAAGCGCTC
1 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
* *
19236 GGCATGCACTCTGTCTCCTCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATTAAGGCACA
66 GGCATGAACTCTGTC-CCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATT-AGG---A
19301 TCTTATTTCACCCGGCCTA
126 --TTATTTCACCCGGCCTA
* *
19320 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGACCAGGTCATCCTGCCTACTTCCCTCTGGAAGCGCTC
1 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
* * *
19385 GGCATGTACTCTGTCTCCTCTGCCTACTCTAAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATTAAGGCACA
66 GGCATGAACTCTGTC-CCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATT-AGG---A
*
19450 TCTTGTTTCACCCGGCCTA
126 --TTATTTCACCCGGCCTA
*
19469 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGACCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
1 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
* * *
19534 GGCATGTACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGTGCTCGGCGTG--A-T---ATTATA
66 GGCATGAACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATTAGGATTATT
* *
19593 ACACCCTGCCTA
131 TCACCCGGCCTA
* * *
19605 CTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAAGTCATCCTGCCTACTCCCCACTGGAAGCGCTC
1 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
* * * * * * *
19670 GGCATGAACTCTATCCCCCTTCCAACTCTTAACGGTGAAGCGCTCGGCGTGAAAATAGGA--A--
66 GGCATGAACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATTAGGATTATT
*
19731 T-ACCCTGCCTA
131 TCACCCGGCCTA
* * * * * *
19742 CCCCATACATTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCGGCCTACT-CCCACTGGAAGCGCTC
1 CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
* * * *
19806 GGCATGAACTCTGT-CCCCTTCCAACTCTTAATGTTGAAGCGCTCGGCG
66 GGCATGAACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCG
19854 AAATTCCTTA
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 36, Indels: 26
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
135 32 0.07
136 147 0.30
137 53 0.11
138 2 0.00
139 1 0.00
140 1 0.00
142 1 0.00
145 1 0.00
146 1 0.00
148 33 0.07
149 220 0.45
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (142 bp):
CTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTCTGGAAGCGCTC
GGCATGAACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGACATTAGGATTATT
TCACCCGGCCTA
Found at i:19709 original size:136 final size:137
Alignment explanation
Indices: 19458--19853 Score: 582
Period size: 136 Copynumber: 2.9 Consensus size: 137
19448 CATCTTGTTT
* * * *
19458 CACCCGGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCTCGGCGTAAGACCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCTC
1 CACCCTGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCAC
* * * * * *
19523 TGGAAGCGCTCGGCATGTACTCTGTCCCCCTGCCTACTCTCAACGTTGAAGTGCTCGGCGTGATA
66 TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTGTCCCCCTTCCAACTCTTAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGAAA
* *
19588 TTA-TAA
131 ATAGGAA
*
19594 CACCCTGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAAGTCATCCTGCCTACTCCCCAC
1 CACCCTGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCAC
* *
19659 TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTATCCCCCTTCCAACTCTTAACGGTGAAGCGCTCGGCGTGAAA
66 TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTGTCCCCCTTCCAACTCTTAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGAAA
19724 ATAGGAA
131 ATAGGAA
* * * * *
19731 TACCCTGCCTACCCCATACATTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCGGCCTACT-CCCAC
1 CACCCTGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCAC
*
19795 TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTGT-CCCCTTCCAACTCTTAATGTTGAAGCGCTCGGCG
66 TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTGTCCCCCTTCCAACTCTTAACGTTGAAGCGCTCGGCG
19854 AAATTCCTTA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 24, Indels: 3
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
135 32 0.14
136 148 0.63
137 55 0.23
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (137 bp):
CACCCTGCCTACTCCACACGTTAGAGCGCCCGGCGTAAGATCAGGTCATCCTGCCTACTCCCCAC
TGGAAGCGCTCGGCATGAACTCTGTCCCCCTTCCAACTCTTAACGTTGAAGCGCTCGGCGTGAAA
ATAGGAA
Found at i:20568 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 20532--20752 Score: 151
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
20522 TGGCCCGGGG
*
20532 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
20564 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
* * * * * *
20597 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TC-TGGGA
* * * *
20630 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGA
*
20670 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
20702 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
20735 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
20753 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 20, Indels: 32
0.75 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 63 0.41
33 58 0.38
34 3 0.02
35 1 0.01
39 3 0.02
40 1 0.01
41 18 0.12
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:20595 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 20532--20754 Score: 195
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
20522 TGGCCCGGGG
* * *
20532 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20564 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
20597 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
20630 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * *
20670 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20702 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20735 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
20755 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 22, Indels: 27
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 53 0.34
33 63 0.41
34 8 0.05
35 4 0.03
36 4 0.03
39 4 0.03
40 1 0.01
41 12 0.08
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:20758 original size:138 final size:137
Alignment explanation
Indices: 20509--20796 Score: 549
Period size: 138 Copynumber: 2.1 Consensus size: 137
20499 TCTGTGCGGC
20509 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
20574 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGG
20639 TGACCGAG
130 TGACCGAG
*
20647 GCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
*
20712 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
20777 GACCGAG
131 GACCGAG
20784 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
20797 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 31 0.21
138 116 0.79
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.15
Consensus pattern (137 bp):
ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
GACCGAG
Found at i:20777 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20532--21227 Score: 993
Period size: 169 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
20522 TGGCCCGGGG
* * * * *
20532 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGC-CTG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* * * * *
20594 GGACTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCACGCA-CAAGGGGC-CTGAT-GGTGACCGAG-GCTCCCG
65 GG---GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA--CGCTCGGATCTGTG--CG-GCACTCCCG
20654 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
122 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
*
20702 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
20766 GGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
66 GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
20831 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
131 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
**
20870 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
*
20935 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGG-TACTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
65 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGAT-CTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
20999 GG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
129 GGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * * *
21039 TTGTCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
*
21104 GGGCCTGATGGTGA-CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
65 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
**
21168 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
130 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
21208 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
21228 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 27, Indels: 27
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 169 0.35
169 192 0.40
170 85 0.17
171 34 0.07
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:20835 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20648--21227 Score: 1013
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
20638 GTGACCGAGG
20648 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
20713 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
20777 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
20816 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
20881 GACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
20946 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
20986 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
21050 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
21115 TGA-CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
21154 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
21219 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
21228 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 16, Indels: 5
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 163 0.41
169 167 0.42
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:20907 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 20838--20922 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
20828 TGGCCCGGGG
* * ** *
20838 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
20870 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
20903 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
20923 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.36
33 30 0.64
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:21080 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 21010--21091 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
21000 GCCGGGGTTG
* * * *
21010 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
21042 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
21075 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
21092 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:21089 original size:306 final size:305
Alignment explanation
Indices: 20479--21058 Score: 868
Period size: 306 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
20469 GCCACGACAG
20479 CTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTG
**
20544 ACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTG
66 ACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGACTGCCGATGGTG
* *
20609 ACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGC
131 ACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATAGCCC-GGGTTAC
* * * * *
20674 CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGC
195 CGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGATTGC
*
20739 CGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACCGAGA
260 CGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGACCTGATGGTGACCGAGA
*
20785 CTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTG
*
20850 ACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTG
66 ACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGACTGCCGATGGTG
* *
20915 ACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-AGCTC-GG-TAC
131 ACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATAGCCCGGGTTAC
* * * *
20977 TG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGG
195 CGATG-GTG-AC-CCAGACACC--CGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGG
* *
21038 TTTGTCGATGGTGACCGAGGC
255 ATTGCCGATGGTGACCGAGGC
21059 CACCCGCCTT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 19, Indels: 14
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 10 0.04
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305 22 0.09
306 146 0.59
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (305 bp):
CTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTG
ACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGACTGCCGATGGTG
ACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATAGCCCGGGTTACC
GATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGATTGCC
GATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGACCTGATGGTGACCGAGA
Found at i:33706 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 33690--33722 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
33680 CGATAATGTC
33690 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
33701 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
33712 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
33723 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:34148 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 34112--34300 Score: 162
Period size: 32 Copynumber: 5.6 Consensus size: 31
34102 TGGCCCGGGG
* *
34112 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CCCGTCTGGGA
*
34144 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCC-CCGTCTGGGA
* * *
34176 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CCCG------T---CTGGGA
* * *
34217 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CCCGTCTGGGA
*
34249 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCC-CCGTCTGGGA
34281 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
34301 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 17, Indels: 24
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.02
32 99 0.77
33 1 0.01
35 1 0.01
41 25 0.20
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (31 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCGTCTGGGA
Found at i:34228 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 34090--34308 Score: 411
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
34080 CTGTGCGGCA
*
34090 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
34155 GACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
34195 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
34260 GACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
34300 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
34309 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 111 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:34293 original size:137 final size:134
Alignment explanation
Indices: 34041--34477 Score: 476
Period size: 137 Copynumber: 3.2 Consensus size: 134
34031 CGTCGGGGGT
* * *
34041 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCCGTGCGGCACTCCAGCACC-A-CGC
34106 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCC
64 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCC
*
34171 TGGGAC
129 TAGGAC
* *
34177 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACAC
1 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC--GGTT-CCG-TGCG-GCACTCCAG-CAC
* * * * * *
34239 C-CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
59 CACGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACAC-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
*
34302 CA-CGCAC-AAG-C
122 CACCGC-CTAGGAC
* * * * * *
34313 GGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
1 TGCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCCGTGCGGCACTCCAGCACC-A-CG
34378 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCG
63 CCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCG
* *
34443 CCTTGGAT
127 CCTAGGAC
*
34451 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
34478 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 33, Indels: 43
0.76 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
132 3 0.01
133 9 0.04
134 6 0.02
135 2 0.01
136 91 0.37
137 111 0.45
138 6 0.02
139 6 0.02
140 9 0.04
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (134 bp):
TGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCCGTGCGGCACTCCAGCACCACGCCC
GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTA
GGAC
Found at i:34330 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34195--34775 Score: 1015
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
34185 GTGACCGAGG
*
34195 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
34260 GACCGAGGCCA-CCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
34323 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGATTCTGTGCGGCA
34363 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
34428 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* * *
34493 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGATTCTGTGCGGCA
34533 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
34597 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
34662 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGATTCTGTGCGGCA
**
34702 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
34767 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
34776 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 13, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 75 0.19
169 203 0.51
170 119 0.30
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGATTCTGTGCGGCA
Found at i:34454 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 34385--34469 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
34375 TGGCCCGGGG
* * *
34385 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
34417 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
34450 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
34470 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:34597 original size:273 final size:266
Alignment explanation
Indices: 33959--34603 Score: 678
Period size: 273 Copynumber: 2.4 Consensus size: 266
33949 CGACGCTGTG
33959 CGAGGCTCCCGCACCCAGCGCTCGGTTCTGTGCGGTACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCC-
1 CGAGGCTCCCGCA-CCA-CGCTCGG-TCTGTGCGG-ACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCG
* *
34023 -----GA--G-GCACCCGTCGGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTT
62 ATGGTGACCGAGCACCCGTC-AGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTT
34080 CTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTT
126 CTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTT
* *
34145 TGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGG
191 TGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACCAAGGG
*
34210 CCCGGGGTTAC
256 CCCGGGGTGAC
* * * * * **
34221 CGATGG-TGACCGAGACACC-CGTCTGGGT-T-TGCCGATGGTGACCG-AGGCC-ACCGCCTGGG
1 CGA-GGCT--CC-CG-CACCACG-CTCGGTCTGTGCGGA--CT-CCCGCA--CCAATGGCCTGGG
* * * * *
34280 ATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCG--GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCA
55 GTTGCCGATGGTGACCGA-GCACCCG-TC-AGGGTTGCC-GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCA
*
34343 ACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACC
116 ACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACC
* *
34408 CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA
181 CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA
** * *
34473 CGCACACGGGGGCCTGATGGTGAC
245 CGCAC-CAAGGGCCCG-GGGTGAC
*
34497 CGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC-GGGGTTGCCGA
1 CGAGGCTCCCGCACC-ACGCTCGGT-CTGTGCGG-ACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGA
*
34561 TGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
63 TGGTGACCGAG-CACCCGTCAGGG-TTGCCGATGGTGACCGAG
34604 GCCACCCGCC
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 39, Indels: 67
0.74 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
260 1 0.00
261 4 0.01
262 7 0.02
263 21 0.07
264 8 0.03
265 3 0.01
266 2 0.01
269 2 0.01
271 3 0.01
272 9 0.03
273 169 0.55
274 51 0.17
275 11 0.04
276 13 0.04
277 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (266 bp):
CGAGGCTCCCGCACCACGCTCGGTCTGTGCGGACTCCCGCACCAATGGCCTGGGGTTGCCGATGG
TGACCGAGCACCCGTCAGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTG
CGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCG
ATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACCAAGGGCCCGG
GGTGAC
Found at i:34626 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 34557--34638 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
34547 GCCGGGGTTG
* * * *
34557 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
34589 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
34622 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:43095 original size:33 final size:33
Alignment explanation
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Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
43016 ATGGCCGGGG
* * *
43026 TTGCCGATGGTGACCGA-GACA-CCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
43057 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
43090 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
43131 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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43216 TCACGCACAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:43188 original size:106 final size:104
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Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 104
42995 CTGTGCGGCA
*
43005 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
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*
43174 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
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*
43215 CTCACGCAC
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CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:43293 original size:167 final size:166
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Indices: 43109--43680 Score: 938
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 166
43099 GTGACCGAGG
*
43109 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGT
* *
43174 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGCCTGATGGTGA
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAGGGCCTGATGGTGA
*
43239 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
43276 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGT
* * *
43341 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCGCACACGGGGGCCTGATGGTG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC-AGGGCCTGATGGTG
* *
43406 ACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGT-
* *
43506 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
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127 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
43611 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-TTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
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66 ACCGAGG
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Statistics
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAGGGCCTGATGGTGAC
CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:43367 original size:33 final size:33
Alignment explanation
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43288 TGGCCCGGGG
* * *
43298 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
43330 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:51518 original size:11 final size:11
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51492 CGATAATGTC
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1 TCGCCGGAGCA
*
51513 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
51524 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
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11 20 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:51984 original size:33 final size:33
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Indices: 51921--52101 Score: 156
Period size: 33 Copynumber: 5.4 Consensus size: 33
51911 TGGCCCGGGG
* * *
51921 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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* * * *
51986 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
52027 TTACCGAT-G-GACCGA-G-AACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
52056 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
52089 TTGCCGATGGTGA
1 TTGCCGATGGTGA
52102 GGGCACGCAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 18, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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30 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:52074 original size:103 final size:106
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Indices: 51899--52101 Score: 367
Period size: 103 Copynumber: 1.9 Consensus size: 106
51889 CTGTGCGGCA
*
51899 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
51964 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
52005 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGAT-G-GACCGAGA-ACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
52067 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGA
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGA
52102 GGGCACGCAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 2, Indels: 3
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
103 57 0.60
104 8 0.08
105 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:52260 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 52191--52270 Score: 108
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
52181 CCCGGGGTTG
* * *
52191 CGATGGTGACCGA-GACACCGTCTGGGTTTGC
1 CGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGC
*
52222 CGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGC
1 CGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCTGGGATTGC
52255 CGATGGTGACCGAGGC
1 CGATGGTGACCGAGGC
52271 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 13 0.30
32 3 0.07
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ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.36, T:0.19
Consensus pattern (32 bp):
CGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGGATTGC
Found at i:52411 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 52007--52569 Score: 886
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
51997 GACCGAGGCT
*
52007 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGAT-G-GACCGAGA-ACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
* * *
52069 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGA--G-GG-CACGCACAAGCGGCCTGATGGTGAC
66 CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
*
52130 CGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
131 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
52167 TCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTG-CGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 -CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
52230 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
65 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACGCACAC-GGGGCCTGATGGT
* *
52295 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA-
128 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
52334 CCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
*
52398 CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACG--CACGGGGCCTGATGGTGA
66 CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACGCACACGGGGCCTGATGGTGA
52461 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
130 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
**
52499 TCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG--TGTTTTTGCCGATGGTG
1 -CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
52562 ACCGAGGC
65 ACCGAGGC
52570 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 13, Indels: 24
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.01
161 23 0.06
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163 1 0.00
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ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCAC
Found at i:52425 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 52356--52437 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
52346 GCCGGGGTTG
* * * *
52356 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
52388 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
52421 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
52438 GCACGCACGG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:65866 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 65850--65882 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
65840 CGATAATGTC
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1 TCGCCGGAGCA
*
65861 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
65872 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
65883 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:66301 original size:32 final size:32
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Indices: 66265--66449 Score: 158
Period size: 31 Copynumber: 5.6 Consensus size: 32
66255 TGGCCCGGGG
* *
66265 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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*
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* * * * *
66330 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCGCACCAATGGCCCGGGG
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* * *
66370 TT-ACGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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* *
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Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
31 33 0.27
32 32 0.26
33 30 0.24
34 4 0.03
37 4 0.03
38 1 0.01
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Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:66395 original size:104 final size:103
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Indices: 66244--66459 Score: 380
Period size: 104 Copynumber: 2.1 Consensus size: 103
66234 CTGTGCGGCA
*
66244 CTCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGACGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
66309 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCA--CGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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1 CTCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGACGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
66413 ACCGAGGCCACGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66451 CTCACGCAC
1 CTC-CGCAC
66460 AAGGGGCCTG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 2, Indels: 4
0.95 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 30 0.28
103 5 0.05
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ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (103 bp):
CTCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGACGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:66571 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 66535--66616 Score: 105
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
66525 TGGCCCGGGG
** *
66535 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCG-CCAGGA
*
66567 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCAGGA
66599 TTGCCGATGGTGA-CGAGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG
66617 CTCACACGGG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 5 0.11
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ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.37, T:0.18
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TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCAGGA
Found at i:66773 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 66701--66779 Score: 97
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
66691 GCCGGGGTTG
* * * *
66701 CCGATGGTGACCGA-GACACCGTCTGGGTTT
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*
66731 GCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCTGGATTA
66763 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
66780 GCACGCACGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
30 13 0.32
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTGGATTA
Found at i:66791 original size:164 final size:167
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Indices: 66351--66913 Score: 941
Period size: 164 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
66341 GACCGAGGCT
*
66351 CCGCACCAATGGCCCGGGGTT-ACGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
66415 CGAGGCCA--CGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG-GAC
66 CGAGGCCACCCGCCT-GGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC-GGGGGCCTGATGGTGAC
* *
66477 CGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
129 CGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
66516 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
66581 CGAGGCCACCCGCCAGGATTGCCGATGGTGA-CGAGGCTCA--CACGGGGGCCTGATGGTGACCG
66 CGAGGCCACCCGCCTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGGCCTGATGGTGACCG
*
66643 AGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTC
131 AGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
66680 CCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTG-CGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
* *
66742 CGAGGCCACCCGCCTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACGGGGGCCTGATGGTGACCG
66 CGAGGCCACCCGCCTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGGCCTGATGGTGACCG
66807 AGGCTCCCGCACC-AAGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
131 AGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
**
66843 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
66908 CGAGGC
66 CGAGGC
66914 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 12, Indels: 19
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 39 0.10
162 21 0.06
163 73 0.19
164 116 0.31
165 32 0.09
166 75 0.20
167 16 0.04
168 4 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGGCCTGATGGTGACCG
AGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
Done.