genome.fa.s7544.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007544.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021135_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  154132

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5541--5604	30	2.2	30	85	2	94	39	25	6	29	1.80
5616--5668	17	3.1	17	92	7	90	13	24	45	16	1.83
10521--10618	31	3.2	31	77	7	110	48	5	3	42	1.40
10584--10740	74	2.1	74	90	5	253	37	6	7	48	1.57
16308--16358	19	2.7	19	90	0	75	23	31	19	25	1.98
20522--20778	128	2.0	128	93	1	435	29	19	16	33	1.94
34429--34477	25	2.0	25	91	0	80	18	20	42	18	1.89
43907--43943	18	2.0	19	89	5	58	78	2	18	0	0.87
44954--45666	136	5.2	136	81	2	797	34	17	20	27	1.95
59118--59144	12	2.2	12	100	0	54	25	7	40	25	1.82
62342--62622	97	2.9	97	92	0	456	41	21	13	23	1.89
64058--64261	22	9.2	22	73	14	143	43	3	9	43	1.54
64058--64241	46	4.1	44	79	11	187	42	3	9	43	1.55
64215--64265	20	2.6	19	84	9	66	45	1	5	47	1.38
64085--64274	46	4.1	45	79	13	167	43	3	7	45	1.49
64235--64302	28	2.4	28	80	9	66	38	0	4	57	1.19
64286--64337	5	10.4	5	78	14	54	25	1	0	73	0.94
64286--64337	25	2.1	24	86	13	70	25	1	0	73	0.94
65630--65702	15	4.8	15	77	12	69	28	4	1	65	1.19
66346--66393	19	2.5	19	89	3	69	52	25	14	8	1.69
66389--66553	19	9.1	19	73	15	125	13	22	19	44	1.86
66394--66528	33	3.9	33	85	5	135	13	22	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66507--66553	20	2.3	20	75	13	51	14	25	12	46	1.80
68582--68648	21	3.2	21	68	6	55	23	34	20	20	1.97
70005--70040	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
70147--70227	38	2.1	38	90	0	126	45	19	19	14	1.85
70147--70218	19	3.8	19	96	0	126	47	19	20	12	1.82
70223--70353	19	7.7	19	64	23	85	16	23	17	42	1.88
70227--70353	33	3.9	32	85	8	175	16	23	17	42	1.88
70220--70352	66	2.0	66	97	0	248	18	23	17	41	1.90
72846--72899	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
73454--73487	12	2.9	12	86	4	52	35	5	41	17	1.74
73684--73735	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
73720--73811	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
74025--74092	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
74119--74205	19	4.8	19	90	9	139	13	21	17	47	1.82
74119--74215	38	2.8	33	85	14	149	13	21	18	46	1.83
76244--76290	20	2.3	20	85	0	67	36	23	23	17	1.95
76301--76390	14	5.8	14	69	21	63	48	21	16	13	1.80
76284--76388	33	3.2	32	91	1	165	47	20	17	15	1.82
76405--76498	19	5.5	19	71	23	100	13	19	20	46	1.83
76426--76482	14	3.7	14	75	20	60	10	15	22	50	1.74
76407--76498	33	2.8	33	100	0	184	13	18	20	47	1.81
76483--76526	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77019--77061	18	2.4	18	80	0	50	16	18	39	25	1.91
78381--78454	20	3.8	20	81	1	69	43	22	17	16	1.88
78681--78726	22	2.2	21	84	7	58	21	15	43	19	1.87
78688--78731	22	2.0	22	90	0	70	15	15	47	20	1.82
78920--78971	20	2.6	20	90	0	77	23	21	28	26	1.99
78980--79033	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
78902--79036	61	2.2	61	84	2	182	22	17	24	35	1.95
78919--79054	61	2.2	61	80	5	150	22	19	24	33	1.97
79271--79325	18	3.0	19	91	2	78	23	7	0	69	1.14
79281--79325	18	2.5	18	100	0	90	24	6	0	68	1.13
83130--83163	12	2.8	12	100	0	68	17	32	23	26	1.97
87141--87201	16	3.8	16	95	0	113	55	22	13	8	1.64
88275--88325	14	3.9	14	78	19	65	56	19	13	9	1.65
88275--88336	24	2.6	24	89	0	97	54	20	14	9	1.68
88524--88559	17	2.1	17	100	0	72	63	5	0	30	1.17
89859--89884	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
90217--90306	43	2.1	43	85	2	119	25	18	26	28	1.98
92810--92893	9	8.8	9	73	12	60	16	25	28	29	1.97
92810--92867	19	2.9	21	80	10	68	17	25	25	31	1.97
92831--92897	19	3.5	19	86	11	93	14	25	31	28	1.95
92900--92928	12	2.4	12	100	0	58	17	41	24	17	1.90
100062--100127	10	6.8	9	75	16	51	16	27	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100062--100120	20	2.9	21	82	7	77	16	27	25	30	1.97
100083--100133	10	5.3	10	76	23	56	13	31	29	25	1.94
100130--100202	22	3.3	22	92	0	119	21	42	26	9	1.83
100205--100245	7	5.9	7	97	0	73	17	26	26	29	1.97
107177--107207	16	1.9	16	100	0	62	45	6	25	22	1.76
108730--108755	13	2.0	13	100	0	52	38	30	30	0	1.58
108738--108917	43	4.1	43	84	7	252	30	20	38	10	1.85
108738--108915	91	2.0	91	94	2	313	30	20	38	10	1.86
110438--110486	22	2.2	22	89	7	73	32	14	12	40	1.83
111319--111355	18	2.1	18	89	0	56	70	0	0	29	0.88
115181--115801	136	4.6	136	89	0	938	34	19	19	26	1.96
115181--115801	271	2.3	272	89	0	947	34	19	19	26	1.96
117053--117181	44	2.9	45	81	6	156	34	16	20	28	1.94
123349--123417	32	2.2	32	94	0	120	47	8	26	17	1.76
124956--124980	11	2.3	11	100	0	50	36	28	8	28	1.85
126450--126672	41	5.4	43	69	12	162	31	23	17	27	1.97
126489--126704	41	5.2	42	71	13	160	30	24	17	27	1.97
126450--126744	83	3.6	83	86	2	373	30	22	17	28	1.97
136262--136338	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
150187--150269	20	4.0	21	75	7	53	20	25	27	26	1.99

Tables:   1

The End!