Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007554.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021215_pilon, whole genome shotgun sequence
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99 ATGGCCCGGG
* * *
109 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
141 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
174 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
215 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
247 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
280 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
300 TCACGCACAA
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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78 CTGTGCGGCA
*
88 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
153 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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193 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
258 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
299 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
308 AAGCGGCCTG
Statistics
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0.97 0.03 0.01
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105 18 0.16
106 93 0.84
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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Indices: 384--465 Score: 137
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374 TGGCCCGGGG
* *
384 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
416 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
448 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
466 GCTCACGCAC
Statistics
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32 47 1.00
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
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Indices: 193--768 Score: 1009
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183 GTGACCGAGG
*
193 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
258 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
323 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
362 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
427 GACCGA-GACACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
491 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
530 CTCCCGCACCAATGG---GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
592 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
657 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
695 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
760 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
769 ACGCACACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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542 TGGGGGGTTG
* * * *
552 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
584 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
617 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
634 GCACGCACAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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Indices: 9082--9301 Score: 142
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9072 TGGCCCGGGG
* *
9082 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
9113 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * * *
9146 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGC-C-TGGGA
* * *
9179 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-----GGGA
* * *
9219 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
9251 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
*
9284 TTGCCGATGGGGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
9302 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 20, Indels: 33
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 20 0.13
32 54 0.36
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34 5 0.03
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ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.36, T:0.16
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
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Indices: 9082--9303 Score: 168
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9072 TGGCCCGGGG
* * *
9082 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCT-GGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9113 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
9146 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
9179 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
9219 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9251 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
9284 TTGCCGATGGGGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
9304 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 25, Indels: 28
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 20 0.13
32 44 0.29
33 52 0.34
34 8 0.05
35 4 0.03
36 4 0.03
39 4 0.03
40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.36, T:0.16
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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9056 TGGGCACTCC
*
9066 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
1 CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
*
9131 GCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAG
66 GCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGGGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAG
*
9196 GCTCCCG
131 ACTCCCG
9203 CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
1 CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTGACCGA
*
9268 GGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGGGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGA
65 GGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGGGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGA
9333 GACTCCCG
130 GACTCCCG
9341 CACCAA
1 CACCAA
9347 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 4, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 43 0.31
138 96 0.69
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CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
GCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGGGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAG
ACTCCCG
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Indices: 9197--9778 Score: 981
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9187 GTGACCGAGG
*
9197 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
9262 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGGGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
9326 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
9366 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
9431 GACCGATGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGATGAGCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* * *
9496 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGTGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
9536 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACTGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
9600 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
9665 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
* * *
9705 CTACCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT-TTGTTGTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT-TTGCCGATGG
9769 TGACCGAGGC
65 TGACCGAGGC
9779 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 24, Indels: 5
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 272 0.70
170 114 0.30
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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Indices: 9388--9470 Score: 103
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9378 TGGCCCGGGG
* *
9388 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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* *
9420 TTGCCGATGGTGACCGATGCCACCCGCCTTGGA
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* *
9453 TTGCCGATGATGAGCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
9471 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 18 0.41
33 26 0.59
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
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Indices: 9557--9640 Score: 107
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9547 ATGGCCGGGG
* * *
9557 TTGCCGATGGTGACTGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
* *
9589 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
*
9622 TTACCGATGGTGACCGAGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG
9641 CGCACGCACA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 1
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 16 0.36
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ACGTcount: A:0.17, C:0.27, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
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Indices: 28218--28440 Score: 159
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28208 TGGCCCAGGG
* * * *
28218 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTAGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28250 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* ** * **
28283 TTGCCGATGGTGACCAAGGCTCATGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
28316 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * ** *
28356 TTGCCGATGATGACCGA-GACACCCATCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28388 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28421 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
28441 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 30, Indels: 27
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 50 0.34
33 61 0.41
34 7 0.05
35 4 0.03
36 3 0.02
39 4 0.03
40 1 0.01
41 11 0.07
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:28389 original size:138 final size:137
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Indices: 28199--28482 Score: 496
Period size: 138 Copynumber: 2.1 Consensus size: 137
28189 TGCGGCACTG
* *
28199 CCGCACCAATGGCCCAGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTAGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCAGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTAGGTTTGCCGATGGTGAC
*
28264 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCATGCACAAGGGGCCTGATGGTGAC
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGGTGAC
*
28329 CGAGGCTC
130 CGAGACTC
* *
28337 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCCAGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTAGGTTTGCCGATGGTGAC
*
28402 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
28467 GAGACTC
131 GAGACTC
28474 CCGCACCAA
1 CCGCACCAA
28483 CGCTCAGTTC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 7, Indels: 1
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 31 0.22
138 108 0.78
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.33, T:0.16
Consensus pattern (137 bp):
CCGCACCAATGGCCCAGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTAGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGACC
GAGACTC
Found at i:28521 original size:168 final size:169
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Indices: 28334--28914 Score: 977
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
28324 GTGACCGAGG
* *
28334 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
28399 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
28463 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCAGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
28502 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
28567 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
28632 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
28672 CTCCCGCACCAATGG-CTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
28736 GACCGAGGCCACCCACCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
*
28801 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGACA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
** *
28841 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTACCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
28906 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
28915 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 21, Indels: 4
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 113 0.29
169 161 0.41
170 115 0.30
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:28593 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 28524--28608 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
28514 TGGCCCGGGG
* * *
28524 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
28556 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28589 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
28609 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:28729 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 28687--28775 Score: 106
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
28677 GCACCAATGG
* **
28687 CTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGT
1 CTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGACACCCAC
* *
28719 CTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCAC
1 CTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCAC
* *
28752 CTTGGATTACCGATGGTGACCGAG
1 CTGGGATTGCCGATGGTGACCGAG
28776 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 2
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 23 0.47
33 26 0.53
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (32 bp):
CTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGACACCCAC
Found at i:28775 original size:306 final size:304
Alignment explanation
Indices: 28149--28751 Score: 860
Period size: 306 Copynumber: 2.0 Consensus size: 304
28139 TCGGGGGTTG
* * *
28149 CCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTGCCGCACCAATGGCCC
1 CCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCAGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCC
28214 AGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTAGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
66 AGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTAGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
*
28279 GGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCATGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
131 GGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
* * * * * * *
28344 AATGGCCCGGGGTTGCCGATGATGACCGAGACACCCATCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCC
196 AATAGCCC-GGGTTACCGATGAGGACCCAGACACCAATCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGAC
* *
28409 ACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG
260 ACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCCACAAGGA
*
28454 CCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCAGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 CC-GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCAGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
* *
28519 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
65 CAGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTAGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
* * * *
28584 TTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCA
130 TGGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCA
* * * *
28649 CCAA-AGCTC-GG-TACTG-TGCGGCACTCCCG-CACCAATGGCTGGGGTTGCCGATGGTGACCG
194 CCAATAGCCCGGGTTACCGATGAGG-AC-CCAGACACCAAT--CTGGGGTTGCCGATGGTGACCG
* *
28709 A-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCAC
255 AGGACACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCCAC
28752 CTTGGATTAC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 25, Indels: 14
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 17 0.06
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305 24 0.09
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ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (304 bp):
CCGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCAGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCC
AGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTAGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
GGGATTGCCGATGGTGACCAAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACC
AATAGCCCGGGTTACCGATGAGGACCCAGACACCAATCTGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACA
CCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACCCACAAGGA
Found at i:36766 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36750--36782 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
36740 CGATAATGTC
36750 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
36761 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
36772 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
36783 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:37235 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37172--37362 Score: 190
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
37162 ATGGCCCGGG
* * *
37172 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37204 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
37237 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * *
37278 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCC-CTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC-CTGGGA
37310 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37343 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37363 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 23
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 37 0.28
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34 1 0.01
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37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
41 21 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:37301 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 37151--37370 Score: 395
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
37141 CTGTGCGGCA
* *
37151 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGTG
37216 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
37256 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
37321 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
37362 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
37371 AAGGCCTGAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 4, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
106 92 0.84
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:37508 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37439--37523 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
37429 TGGCCCGGGG
* * *
37439 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
37471 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37504 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37524 TCACGCACGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:37660 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 37256--37821 Score: 950
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
37246 GTGACCGAGG
* *
37256 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* **
37321 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGCCTGATGGTGA
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGCCTGATGGTGA
37386 -C----C-CCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
37417 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
37482 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGGCCTGATGGTG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC-GGGGCCTGATGGTG
* *
37547 ACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
37585 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
37649 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACGGGGCCTGATGGTGA
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGCCTGATGGTGA
37714 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTTCTGTGCGGCA
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGG-TTCTGTGCGGCA
**
37752 CTCCCGCACCAAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACC-AATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
37816 TGACCG
65 TGACCG
37822 GGCACGCACA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 13, Indels: 13
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 112 0.29
162 13 0.03
163 1 0.00
166 39 0.10
167 119 0.31
168 96 0.25
169 2 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACGGGGCCTGATGGTGA
CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:37678 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37609--37690 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
37599 GCCGGGGTTG
* * * *
37609 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
37641 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
37674 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
37691 GCACGCACGG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:50713 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 50677--50860 Score: 154
Period size: 32 Copynumber: 5.4 Consensus size: 32
50667 GCCCGGGTTG
*
50677 CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGC
1 CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGATTGC
* * *
50709 CGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT-GGACTGC
1 CGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGATTGC
* * * * *
50741 CGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTAC
1 CGATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGATTGC
*
50782 CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGC
1 CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGATTGC
* *
50814 CGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGC
1 CGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGATTGC
50847 CGATGGTGACCGAG
1 CGATGGTGACCGAG
50861 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 19, Indels: 24
0.74 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 6 0.05
32 52 0.43
33 38 0.31
35 1 0.01
40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
CGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGATTGC
Found at i:50807 original size:105 final size:104
Alignment explanation
Indices: 50653--50870 Score: 384
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 104
50643 CTGTGCGGCA
*
50653 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
50718 CCGAGGCCACCCGCCT-GGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
50756 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTT-CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
50821 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
64 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
50862 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
50871 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 3, Indels: 3
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
103 18 0.17
104 5 0.05
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106 29 0.27
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (104 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:50841 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 50781--50862 Score: 130
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
50771 CCCGGGGTTA
* * *
50781 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
50813 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
50846 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
50863 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.30
33 32 0.70
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.37, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
Done.