genome.fa.s7565.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007565.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021513_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68608

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--401	192	2.1	193	94	3	713	34	14	18	32	1.91
1849--1930	6	13.7	6	81	0	83	39	6	32	21	1.78
1849--1930	12	6.8	12	84	0	92	39	6	32	21	1.78
1849--1930	18	4.6	18	84	0	110	39	6	32	21	1.78
3103--3136	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
3489--3561	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
3938--4411	175	2.7	179	89	8	731	35	15	16	33	1.90
6853--6910	29	1.9	31	89	6	93	32	5	18	43	1.73
7000--7077	22	4.0	21	73	23	64	23	37	26	12	1.91
7027--7056	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
7018--7077	20	3.2	20	77	22	85	23	40	26	10	1.86
7115--7151	19	1.9	19	100	0	74	13	43	27	16	1.85
7188--7230	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
7256--7295	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
7510--7579	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
8439--8486	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
9751--9810	29	2.0	30	90	6	95	35	6	16	41	1.75
9920--9979	20	3.2	20	75	22	76	23	43	25	8	1.81
10093--10135	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
10163--10202	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
10417--10486	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
11092--11164	23	3.2	23	81	14	96	35	2	20	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11522--11594	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
11953--12012	23	2.6	23	89	0	84	38	5	18	38	1.73
11953--12025	23	3.2	23	77	14	78	35	5	19	39	1.75
10723--13050	431	5.4	431	97	0	4312	39	7	12	40	1.71
12384--12456	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
10723--13050	861	2.7	860	97	0	4340	39	7	12	40	1.71
12814--12886	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
17376--17442	20	3.3	20	79	4	89	41	17	23	16	1.89
17386--17461	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
17372--17461	41	2.2	41	100	0	180	41	17	24	16	1.90
17388--17522	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
17450--17543	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
17731--17773	22	2.0	21	90	4	68	20	46	16	16	1.84
19308--19352	18	2.5	18	85	0	63	26	46	15	11	1.79
19825--19890	19	3.4	19	81	4	78	37	24	22	15	1.92
19879--19936	14	3.9	14	75	16	62	48	25	15	10	1.77
19863--19950	32	2.7	33	91	3	151	46	22	18	12	1.82
19825--19950	19	7.2	19	69	20	76	42	23	19	13	1.87
20983--21036	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
21211--21235	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
23505--23631	33	3.8	33	86	4	193	42	18	22	15	1.89
23508--23638	66	2.0	66	96	0	244	41	18	22	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23631--23673	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
23659--23692	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
23815--23851	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
25209--25275	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
25209--25330	42	2.9	41	80	7	111	23	18	35	22	1.96
27335--27485	39	4.1	37	77	10	157	45	21	21	12	1.84
27335--27485	19	8.1	19	80	10	168	45	21	21	12	1.84
27481--27561	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
28063--28105	20	2.2	20	86	0	59	30	18	25	25	1.98
28071--28147	20	3.8	20	76	10	75	24	15	24	35	1.94
28136--28228	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
28075--28209	41	3.3	41	84	4	148	20	20	21	37	1.94
28136--28228	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
34140--34983	105	8.0	105	93	0	1364	33	25	18	23	1.97
35174--35343	83	2.0	84	84	3	218	30	25	19	24	1.98
39090--39140	18	2.9	18	78	16	54	56	0	1	41	1.10
39080--39126	17	2.5	19	73	16	53	61	0	0	38	0.96
39135--39196	24	2.5	24	84	10	72	54	1	0	43	1.09
39185--39290	12	8.7	12	73	18	85	57	1	0	40	1.09
39134--39290	63	2.6	62	91	7	250	56	1	0	42	1.10
39594--39619	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
39624--39665	17	2.5	17	76	11	50	45	4	7	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44142--44230	20	4.4	20	71	21	60	43	2	3	50	1.31
44168--44235	31	2.2	31	84	7	84	41	2	2	52	1.31
44962--45046	31	2.7	31	80	10	93	55	3	1	40	1.25
46175--46214	21	1.9	21	94	0	71	37	5	15	42	1.68
58087--58133	14	3.5	13	77	11	51	57	0	40	2	1.11
58331--58420	45	2.0	47	84	8	123	36	1	12	50	1.47
58435--58514	39	2.1	37	81	4	88	47	0	10	42	1.37
58583--58616	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
60817--60858	17	2.5	17	80	0	57	57	2	0	40	1.12
60988--61148	14	13.1	13	74	21	120	42	8	1	47	1.42
60986--61394	26	16.3	26	71	13	170	43	8	1	45	1.45
61061--61162	3	35.3	3	70	7	50	41	5	1	50	1.37
61176--61352	87	2.1	84	89	6	268	44	9	2	44	1.48
61317--61352	18	2.0	18	94	0	63	44	8	0	47	1.33
60986--61389	11	33.3	11	69	22	201	44	8	1	45	1.45
61595--61782	49	3.8	49	93	2	324	46	11	0	41	1.44
61639--61671	13	2.4	14	90	5	50	39	15	0	45	1.46
66152--66262	44	2.5	44	89	0	168	32	26	22	18	1.97
66375--66461	26	3.4	25	65	20	63	25	41	14	18	1.89
66356--66462	52	2.1	52	94	0	187	26	41	14	17	1.89
68050--68100	24	2.1	24	85	7	68	33	3	0	62	1.13

Tables:   1

The End!