Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007580.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021625_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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1 CACA
*
5 TTAGTACAATTGCCAT--CACAAAGTACTTCAATATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
*
68 TATGCAAAAAGAACATTGAGAATAAAAAA-GCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
66 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
*
132 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTGAAAAAGAACAAGAGTGTAAAGGGA
131 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACT--CAAAGAACAAGAGTGTAAAGGGA
197 GCATACGAGAGGAGTATGAAGAAAGAGTAATTTC-AAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATG
194 GCATACGAGAGGAGTATGAAG-AAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAA-AATG
* *
261 TGAGAAGAATGAAG-TTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTTCA
257 TGAGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCA
* * *
325 GGTTATTCCAAAGGGCATGCTACTGCAAATTGATGAATCAAATTTGTCCATTGATGTTCCATATG
322 GGTTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATG
390 ATTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCA
387 ATTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCA
455 AAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAAT
452 AAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAAT
* *
520 AAATTCATTTA-T--TGATATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTGTAACT
517 AAATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACT
*
582 TTGCTTTATTTTTCAAAATGATGATTCGATGAAGATGAA-AGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACT
582 TTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACT
* * * * *
646 TGCGCCTTTTTTAATTGGAAGATATGAAGATTAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCAAGAATACAA
647 TGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATTCAA
** *
711 GCCATCTACTTCTCTAATGTCCTTGGCACTGTGATAAAC--GCATTGCTTGATGGGTTTTTAAAT
712 GCCATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAAAT
* **
774 CTTTATTATTCA-TCATCCAGGGGAGATGGAGAATCACG
777 C---ATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
812 TTAGTACAATTGCCATCACAC-AAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAG-AAAACTTTGATGC
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
* *
875 AATGCAAAAAGTACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAAT-AGAATATTGAAGA
66 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
* * *
939 GATTGAGTGTGAAG-AAACCATGGATGTGAGAGTGGAACTAAAAAAGAACAAGAGTGTAAA-GGA
131 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACT--CAAAGAACAAGAGTGTAAAGGGA
* * * *
1002 GCATACGAGAGGAGTTTGAAGAAGAGAAATTTC-AAAGGGACATGAGCATGAGA-AAATAATGAG
194 GCATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAAAATGTG
* *
1065 A-AGAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATTATTTCATTTGATTTGCAG
259 AGA-AGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAG
* ** * * *
1129 GTTATTCCAAAGGCCATGCTATTGCAAATTGACGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTT--GTAAGG
323 GTTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGA
*
1192 TTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGAT-TTCTAAGTACGTTCATTCTATATTCAA
388 TTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAA
*
1256 AGTTCAAACAATATCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATA
453 AGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATA
1321 AATTCATTTATTCATG-AATTGATTATTTCATTTTC-TTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTT
518 AATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTT
* *
1384 TGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGA-GAAGATGAAGCGTTATAAGTCATAGAGCAAGTACTT
583 TGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACTT
* *
1448 GCGCCCTTTTTAATTGGGATATGTGAAGA-GAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATTCAAG
648 GCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATTCAAG
* *
1512 CCATCTACTTCTCGGATATCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGAGTTTTTAAATC
713 CCATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAAATC
1577 ATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
778 ATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
1612 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
* * *
1677 AAAT-C-AAAAGAACACTGAGAGTAAAAATGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAG
66 -TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAG
*
1740 AGATTGAG-GTGAAGAAAACCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAA-AACAAGAAGTGTAAAGGGA
130 AGATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAGAACAAG-AGTGTAAAGGGA
* * *
1803 GCATACGAGAGGATTATGAAGAAGA-TAAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAATAAATGG
194 GCATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGT-AATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAAAATGT
* * *
1867 GAGGAG-ATAAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAG
258 GAGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAG
* *
1931 GTTATTCCAAA-GGCATGCTATTGGAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGATGTTCCATATGA
323 GTTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGA
* * * *
1995 TTTAACATTTTGTATTCCTAAACATGTTCTC-TTGATATTCTAAGTACATTCATTCTACGTTCAA
388 TTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAA
2059 AGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAA-TTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATA
453 AGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATA
2123 AATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTT
518 AATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTT
**
2188 TGCTTTATTTTTCAGAATGATGATAT-GATGAAGAAAAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACT
583 TGCTTTATTTTTCAGAATGATGAT-TCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACT
2252 TGCGCCCTTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTTCCATG-ATTC
647 TGCGCCC-TTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGC-TTCCATGAATTC
*
2316 AAGCTATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGAT-GGTTTTTAA
710 AAGCCATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAA
2380 ATCATTATTCATTCATCCATGGG-GAAAGAGAATCACG
775 ATCATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
* *
2417 TTTGTACAATTTCCATCACACACAAAGTACTTC-A-ATT-ACAACAACTAAAGAAAAACTTTGAT
1 TTAGTACAATTGCCAT--CACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGAT
2479 GC-ATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGA
64 GCTATGCAAAAAGAACATTGAGAGT-AAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGA
*
2543 AGAGATTGA----GAAGAAAATCATGAATGTGAGAATGGAACTCAAAAAGAACAAGAGTGTAAAG
128 AGAGATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTC--AAAGAACAAGAGTGTAAAG
* *
2604 AGAGCATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAACTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAA
191 GGAGCATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAA-AA
*
2669 TGTGAGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTTGTTTGATTTG
255 TGTGAGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTG
* * *
2734 CAGGTTATTGCAAAGGGCATGCTATTGGAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGATGTTCCATA
320 CAGGTTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATA
* * * *
2799 TGATTTAACATTTTGTATTCCTAAACATGTTCTCTTTGATATTCTAAGTACATTCATTCTACGTT
385 TGATTTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATT
2864 CAAAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAA
450 CAAAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAA
2929 ATAAATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAA
515 ATAAATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAA
**
2994 CTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATAT-GATGAAGAAAAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGT
580 CTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGAT-TCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGT
3058 ACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATT
644 ACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATT
*
3123 CAAGCTATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTA
709 CAAGCCATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTA
*
3188 AATCATTATTCATTCATCCATGGGAGAAGGAGAATCACG
774 AATCATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
*
3227 TTTGTACAATT-CCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAAC-ACAACTAAAG-AAAACTTTGATGC
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
3289 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAG-AGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
66 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
* *
3353 GA-TGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAATGGAACTCAAAAAGAACAAGAGTGTAAAGAGA
131 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTC--AAAGAACAAGAGTGTAAAGGGA
* *
3417 GCATAC-AGAGGA-TATGAAGAAGAGTAACTTCAAAAGGGACATGAGCAT-AGAGAAAATA-GTG
194 GCATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAAAATGTG
*
3478 AGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTTGTTTGATTTGCAGG
259 AGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAGG
*
3543 TTATTGCAAAGGGCATGCTATTGC-AATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGAT
324 TTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGAT
*
3607 TTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAAT
389 TTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAAA
*
3672 GTTCAAACAATCTCAAG-AAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAACAAA-AG
454 GTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATA-
*
3735 AA-TCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATCTTGAATTATCTACTTCTAACTT
518 AATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTT
* *
3799 TGCTTTA-TTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAATTCATAGAGCAAGTTCTT
583 TGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACTT
* *
3863 GCGCCCTTTTTAATTGGGATATGTGAAGAT-AAGTCTTGTGTCGATGTTGCTTCCATGAATTCAA
648 GCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTG-CGATGTTGCTTCCATGAATTCAA
* * *
3927 GCCATCTACTTCTCGGATATCCTTGGCATTGTGAT-AACGAGCATTG--T-ATGGGTTTTTAACT
712 GCCATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAAAT
* *
3988 CATTATACATTCATCCATGGGAGAAGGAGAATCACG
777 CATTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
4024 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAA-AAAAACTTTGAT-C
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
4087 TATGCAAAAAGAACATT--GAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
66 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
4150 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAGAACAAGAGTGTAAA--GAG
131 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTC-AAAGAACAAGAGTGTAAAGGGAG
* *
4213 CATAC--GAGGAGTATGAAGAAGGGTAACTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGTG
195 CATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAA-AATGTG
*
4276 AGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATA-AATTTTGTTTGATTTGCAGG
259 AGAAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAGG
4340 TTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGAT
324 TTATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGAT
*
4405 TTAACATTTGGTATTCCT-AACATGTGCTCTTT--TATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAAT
389 TTAACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAAA
*
4467 GTTCAAACAATCTC-AGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAG-ACCTTAAACAAATGA
454 GTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATAA
* *
4530 ATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATCTTGAAATATCTACTTCTAACTTT
519 ATTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTT
*
4595 GCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAATTCATAGAGCAAGTACTTG
584 GCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACTTG
* * * *
4660 CGCCCTTTTTAATTGGGAGATATTAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTACTTCCAAGATTTCAAGC
649 CGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATTCAAGC
* * *
4725 CATCTACTTCTCGGATGTCCATGGCACTGTGATAAACGAGCATTGTATGATGGG-TTTTAACTCA
714 CATCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAAATCA
*
4789 TTATACATTCATCCATGGGAG-AAGAGAATCACG
779 TTATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
* *
4822 TTAGCACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATT-ACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATTC
1 TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
* *
4886 TTTGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTCGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
66 TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
* *
4951 TATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAA-AA-GAGAGTGT-AAGGGAGC
131 GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAGAACAAGAGTGTAAAGGGAGC
*
5013 ATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTC-AAAGGGACATGAGCATGAGA-AAATAATGTGAG
196 ATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAAAATGTGAG
*
5076 AAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGGAGGTT
261 AAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAGGTT
* *
5141 ATTCCAAAGGCCATGCTATTTCAAA
326 ATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAA
5166 GAGTTTCAAA
Statistics
Matches: 4118, Mismatches: 147, Indels: 186
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
794 21 0.01
795 186 0.05
796 164 0.04
797 196 0.05
798 305 0.07
799 139 0.03
800 281 0.07
801 536 0.13
802 360 0.09
803 266 0.06
804 312 0.08
805 247 0.06
806 165 0.04
807 314 0.08
808 285 0.07
809 254 0.06
810 87 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (812 bp):
TTAGTACAATTGCCATCACACAAAGTACTTCAAGATTAACAACAACTAAAGAAAAACTTTGATGC
TATGCAAAAAGAACATTGAGAGTAAAAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAATATTGAAGA
GATTGAGTGTGAAGAAAATCATGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAGAACAAGAGTGTAAAGGGAGC
ATACGAGAGGAGTATGAAGAAGAGTAATTTCAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAAAATGTGAG
AAGAATGAAGTTTGACCTCTATTAATCAATCTTTTCTTCATATAATTTCGTTTGATTTGCAGGTT
ATTCCAAAGGGCATGCTATTGCAAATTGTTGAATCAAATTTGTCCATTGAAGTTCCATATGATTT
AACATTTGGTATTCCTAAACATGTGCTCTTTGATATTCTAAGTACGTTCATTCTACATTCAAAGT
TCAAACAATCTCAAGAAAGGGAAGTTTCAATGAACCTATCCAATGAGCACCTTAAACAAATAAAT
TCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGC
TTTATTTTTCAGAATGATGATTCGATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTCATAGAGCAAGTACTTGCG
CCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATGAAGTCTTGTGCGATGTTGCTTCCATGAATTCAAGCCA
TCTACTTCTCGGATGTCCTTGGCACTGTGATAAACGAGCATTGCATGATGGGTTTTTAAATCATT
ATTCATTCATCCATGGGAGAAAGAGAATCACG
Found at i:6766 original size:676 final size:675
Alignment explanation
Indices: 5175--7153 Score: 2750
Period size: 676 Copynumber: 2.9 Consensus size: 675
5165 AGAGTTTCAA
5175 AGGCACCCACATGAAGAGTTTTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATT
1 AGGCA-CCACATGAAGAG---TTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATT
5240 CAATTCAATGACTTGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGA
62 CAATTCAATGACTTGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGA
*
5305 ATAATGATATGAGCTCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATGATTTACCGATATTGATTC--T-
127 ATAATGATATGAGCTCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATG--TTACCGATCTTGATTCTATA
*
5367 ---CTT---AGTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAG-AGAGAAATATG
190 AAACTTCGCAGTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATG
* * * ** *
5425 TATATTTAAATATGTGTATGGAAGTAATGAAAATGAGAAAACAAAGTTGACGTGGATTGTAAATG
255 TATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAAAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATG
* * *
5490 AAAGAACTTTGCTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTT
320 AAAGAA-TGTG-TGATGATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATGGTGAA-GATGTTTGTGGTT
* * *** *
5555 GGCGTGGAGAATGATAGTAATTCAAAGGGTGGATTGTGAATGTCTAACTATAT-A--TAGGAACC
382 GGCGTGGACAATGATAGTAATTC-AAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATGAGTTAGAAACC
* * * * *
5617 AATAAAATATTAAAGAGGGAATCGAAGTGCTAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGA
446 AACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGA
* * * *
5682 GCAAGGAACCAACGCTATAACAAGATAAAATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-TACCGATA
511 GCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATA
* * * *
5746 CA-TTTCTAATCCAAGAATTAAATGAAAGCAATCTTTGAAAGAGTTTTTATGAAAAAAGTTCTTA
576 GAGTTT-TAATCCAAGAA-TAAATGAAAGCAATATTTCAAAGAGTTTTTATGAAAAAAGATCTTA
*
5810 GTACAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGAGTTGAT
639 GTACAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGAGATGAT
* * *
5847 AGGCACCATATGAAGAG-TTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAAT
1 AGGCACCACATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAAT
* * * * *
5911 TAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTACCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA
66 TCAATGACTTGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA
* * * * *
5976 TGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCAATCTTGATTCTATTAAGA
131 TGATATGAGCTCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATG-TT-ACCGATCTTGATTCTA-TAA-A
* ** * *
6041 ACTTCGCAGTGCATTGATTTTAGACTAAAAATTTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTA
192 ACTTCGCAGTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTA
* *
6106 TATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAA
257 TATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAAAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAA
*
6171 AGAA-GTGTGATGATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATGGT-TA-A-GTTTGTGGTTGGCGT
322 AGAATGTGTGATGATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATGGTGAAGATGTTTGTGGTTGGCGT
6232 GGACAATGATAGTAATTCAATGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATGAGTTAGAAACCAACAA
387 GGACAATGATAGTAATTCAA-GGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATGAGTTAGAAACCAACAA
*
6297 TATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGTAGAGCTAG
451 TATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAG
* * * *
6362 GAACCAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCGACAAGAAACCGATAGAGTT
516 GAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTT
* * * *
6427 TTAATCCAAGAAGTAAAATGAATGCCATTTTTCAAAGAGTTTCTTATGAAAAAA-AT-TTAGTGC
581 TTAATCCAAGAA-T-AAATGAAAGCAATATTTCAAAGAGTTT-TTATGAAAAAAGATCTTAGTAC
* *
6490 AATGTCGTGGAGGTGCCTATTTATAGTA-ATGAT
643 AATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAG-AGATGAT
6523 AGGCACCACATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAAT
1 AGGCACCACATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAAT
* *
6588 TCAATGACTTTTGATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA
66 TCAATGACTTGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA
6653 TGATATGAGCTCGGTTTATGAGTTTCGGATCATATATATG-TACCGATCTTGATTCTAGTAAAAC
131 TGATATGAGCTCGG-TTATGAGTTTCGGATCATATATATGTTACCGATCTTGATTCTA-TAAAAC
* *
6717 AATTCGCAGTACTTTGATTGAAGACTGGAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTA
194 --TTCGCAGTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTA
* * * * *
6782 TATTTAAATATGTTTATGAAGGTAATGGAAATAATACAATGAAGTTCAAGTGGATTGTAAATGAA
257 TATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAAAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAA
*
6847 AGAAGTGTGGTGATAATAGTGGTTGATTGAATGTAAGG-AAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGG
322 AGAA-TGT-GTGATGATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATGGTGAA-GATGTTTGTGGTTGG
*
6911 CGTGGACAATGATAGTAATTCAACGATTGGATTGTG-CCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACC
384 CGTGGACAATGATAGTAATTCAAGGA-TGGATTGTGACCCTCTAAC--TATATGAGTTAGAAACC
* *
6975 AACAATATACTAAAGATAGAATCGAAGTGATGGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGA
446 AACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGA
* * * *
7040 GTTAAGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGCCTTCAAGACCTATAAGAAACCGATA
511 GCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATA
* *
7105 GAGTTCTAATCCAAGAACTAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTTTA
576 GAGTTTTAATCCAAGAA-TAAATGAAAGCAATATTTCAAAGAGTTTTTA
7154 CAATTAAAAT
Statistics
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0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
666 2 0.00
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670 1 0.00
671 13 0.01
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673 2 0.00
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683 153 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (675 bp):
AGGCACCACATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAAT
TCAATGACTTGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA
TGATATGAGCTCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATGTTACCGATCTTGATTCTATAAAACTT
CGCAGTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATT
TAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAAAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAA
TGTGTGATGATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATGGTGAAGATGTTTGTGGTTGGCGTGGAC
AATGATAGTAATTCAAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATGAGTTAGAAACCAACAATATAC
TAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACC
AACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTTTAAT
CCAAGAATAAATGAAAGCAATATTTCAAAGAGTTTTTATGAAAAAAGATCTTAGTACAATGCCAT
GGAGGTGCCTATTTATAGAGATGAT
Found at i:8941 original size:680 final size:682
Alignment explanation
Indices: 7143--10686 Score: 4956
Period size: 673 Copynumber: 5.2 Consensus size: 682
7133 CAATAATTCA
* * * *
7143 AAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGTAATTTAATTCAATTAAATGACTTGT
1 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
* * * *
7208 CATTCTTCTAACCTTTTGATGCTTGCCCATCTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
66 CATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
** *
7273 TCTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCGATCCTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGCT
131 GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCGATCGTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGCT
* *
7338 TTGATTTTAGACTGAAAATGTACAAACAATGTTATAAG-AGGGAAATATGTATATTTAAATATGT
196 TTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATGT
7402 -TATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTGA
261 GTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTGA
* *
7466 TGATAGT-GTTTATTGGATGTAACG-AAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACATTGAT
326 TGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGAT
* *
7529 AGTAATTCAAAGGATGGATT-TGGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTA
391 AGTAATTCAAAGGGTGGATTGT-GACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATACTA
* * *
7593 AAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTAGAACGTGACCCACTATCAATAGTAGAGCTGGAACCAAC
455 AAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTGGAACCAAC
* * *
7658 GCTTTAACAAGATGATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAACTGATAGAGTTCTAATCCAA
520 GCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAACCGATAGAGTTCTAATCCAA
* * *
7723 GAACTAAAATGAAAACAATCTTTTAAAGAGTTTATTATGCAAAATTTATTAGTAGAAATGTCGTG
585 GAACTAAAATGAAAGCAATCTTTTAAAGAG--T-TTATGAAAAATTTATTAGTACAAATGTCGTG
*
7788 GTGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
647 GAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
7824 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTG-
1 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
* * * * * *
7888 CAATCTACTTACCCCTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATACGACCTC
66 CATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
* *
7953 GG-TATGAGTTTCGGATCATATATATGATTTACCGA---TG----T--T--G-ACTCTCGCAGTG
131 GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGA-TTGCCGATCGTGATTCTAGTAAGAACT-TCGCAGTG
* *
8005 CTTTGATTGAAGACTGAAAATATACAAACAACGTTATAAG-A--GAAATATGTATATTTAAATAT
194 CTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATAT
* * * * * * * * *
8067 GTGTATGAAAGTAATGAAAATG--AGAAAGCAAAGTTGACGTGGATTATAAATGAAAGAACTGTG
259 GTGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATG--AAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATG
* * * *
8130 CTGATTATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCATGGAGAA
322 GTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAA
*** * *
8195 TGATAGT-ATATCAAAGGGTGGATTGTGAATGTCTAACTATATATGAGTTAGGAAGCAATAATAT
387 TGATAGTAAT-TCAAAGGGTGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATAT
* *
8259 ACTAAAGAGGGAATAGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAA
451 ACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCT-GGAA
* * * * *
8324 CCAACGCTATAATAAGGTAAAATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGTACCGATACAGTTCTAA
515 CCAACGCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAACCGATAGAGTTCTAA
* * *
8389 GCCAAGAACTAAATTGAAAGCAATCTTTTAAAGAG-TTAT-CAAAATTTATTAGTACAAATGTCG
580 TCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATCTTTTAAAGAGTTTATGAAAAATTTATTAGTACAAATGTCG
*
8452 TGGAGTTGCCTATTTATA-TGTTGATAGGCACCATATC
645 TGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
*
8489 AAGAGTTTTTGCAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
1 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
* * *
8554 CATTCTTCTAACCTTTTTATGGTTTCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
66 CATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
*
8619 GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCGTGATTCTAGTAAGAAGTTCGCAGTGC
131 GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTG-CCGATCGTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGC
8684 TTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATG
195 TTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATG
*
8749 TGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGAATTGTAAAT-AAAGAAGTATGGTG
260 TGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTG
* * *
8813 ATGATAGTTGTTGATTGGAT-TTACGAAAATGGTAAAGGATGTTTTGTGGTTGGCGTGGACAATG
325 ATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATG-TTTGTGGTTGGCGTGGACAATG
* *
8877 ATAGTAATTCAAAGGGTGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACT
389 ATAGTAATTCAAAGGGTGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATACT
* * * * *
8942 AAAGATGGAATCGAAGTGATAGCGGGTGGAACGTGACCCACTCGCGATAGTATACCTGGAACCAA
454 AAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTGGAACCAA
*
9007 CGCTATAACAAGATGATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCC
519 CGCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-AACCGATAGAGTTCTAATCC
* * * *
9072 AAAAACTAAAATGAATGCAAT-TTTTCAAAGAGTTTCTTATGAAAAAGTTCTTAGTACAAATGTC
583 AAGAACTAAAATGAAAGCAATCTTTT-AAAGAG--T-TTATGAAAAATTTATTAGTACAAATGTC
* * *
9136 GTGGAGGTGCCTATTTATA--GTTGATAGGAACCACATG
644 GTGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
*
9173 AAGAGTTTTTAC-ATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTTCAATTTAATTCAATTCAATGACTTG
1 AAGAGTTTTTACAATTT-AAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTG
* * * * *
9237 TCAATCTTCTTACCCTTTAATTGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATACGACCT
65 TCATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCT
* * *
9302 CGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATGATT---TATC--GA---T-GT-TG-ACTCTCGCAGTG
130 CGGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCGATCGTGATTCTAGTAAGAACT-TCGCAGTG
* * *
9356 CTTTGATTGAAGACTGAAAATATACAAACAACGTTATAAGAA-AGAAATATGTATATTTAAATAT
194 CTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATAT
* * * * * ** * * * * * *
9420 GTGTATGAAAGTAATGAAAATGAGAAAACAAAGTTGACGTGGATTATAAATGAAAGAACTGTGCT
259 GTGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGT
* * *
9485 GATGATAGTAGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCATGGAGAATG
324 GATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATG
* *** * *
9550 ATAGT-ATATCAAAGGGTAGATTGTGAATGTCTAAC--TATATGAGTTAGGAAGC-ATAATATAC
389 ATAGTAAT-TCAAAGGGTGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATAC
* *
9611 TAAAGAAGGAATAGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACC
453 TAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCT-GGAACC
* * *
9676 AACGCTATAACAAGATAAAATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGTACCGATACAGTTCTAATC
517 AACGCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAACCGATAGAGTTCTAATC
* *
9741 CAAGAAGTAAAATGAAAGCAATCTTTTAATGAGTTTATTATGAAAAAATTTATTAGTACAAATGT
582 CAAGAACTAAAATGAAAGCAATCTTTTAAAGAG--T-TTATG-AAAAATTTATTAGTACAAATGT
9806 CGTGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
643 CGTGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
9846 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
1 AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
* *
9911 CATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
66 CATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
* *
9976 GATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGC
131 GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTG-CCGATCGTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGC
* *
10041 TTTGATATAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATT
195 TTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATG
*
10106 TGTATGTAGTTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTG
260 TGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTG
* * * *
10171 ATAATAGTGGTTGCTTGGATGTAACGAAAATGGTAAAGGATGTTTGTGGTTGGCGCGGACAATGA
325 ATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGA
* *
10236 TAGTAATTAAAAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATACTA
390 TAGTAATTCAAAGGGTGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATACTA
*
10301 AAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAAAGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTGGAACCAAC
455 AAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTGGAACCAAC
10366 GCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCA
520 GCTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-AACCGATAGAGTTCTAATCCA
* * * *
10431 AGAACTAAAATGAATGAAAT-TTTTCAAAGAGTTTCTTATGAAAAAAGTTCTTAGTACAAATGTC
584 AGAACTAAAATGAAAGCAATCTTTT-AAAGAG--T-TTATG-AAAAATTTATTAGTACAAATGTC
* * * *
10495 ATGGAGGTGCCTATTTATAGAGTTGATAGGCACCACATG
644 GTGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
10534 AAGAGTTTTTAC-ATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGCAA--T--TT-AATTCAATGACTTG
1 AAGAGTTTTTACAATTT-AAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTG
* * *
10593 TCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTCAAAATGGATGAATAATGATATGAGCT
65 TCATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCT
* *
10658 TGGTTATGAGTTTCGGAT--TATATATGATT
130 CGGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATT
10687 TACCGATATT
Statistics
Matches: 2533, Mismatches: 260, Indels: 140
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
665 82 0.03
666 104 0.04
667 55 0.02
668 56 0.02
669 64 0.03
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671 204 0.08
672 66 0.03
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675 1 0.00
676 1 0.00
677 5 0.00
678 49 0.02
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683 100 0.04
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686 3 0.00
687 74 0.03
688 207 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (682 bp):
AAGAGTTTTTACAATTTAAATAAAACAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACTTGT
CATTCTTCTAACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGATCTC
GGTTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCGATCGTGATTCTAGTAAGAACTTCGCAGTGCT
TTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATGT
GTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTATGGTGA
TGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGAT
AGTAATTCAAAGGGTGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAATAATATACTAA
AGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTGGAACCAACG
CTATAACAAGATAATATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAACCGATAGAGTTCTAATCCAAG
AACTAAAATGAAAGCAATCTTTTAAAGAGTTTATGAAAAATTTATTAGTACAAATGTCGTGGAGG
TGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCATATC
Found at i:13736 original size:687 final size:688
Alignment explanation
Indices: 10739--13914 Score: 4636
Period size: 683 Copynumber: 4.7 Consensus size: 688
10729 ATGTACAAAC
* * *
10739 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTT-TGGTTGGCGTGGAGAATGATAATAATTCAAAGG--GTATTG
1 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
*** * * *
10801 TGAATGTCTAACTATATATGAGTTAGGAACCAATAATATACTAAAGAGGGAATCGAAGTGATAGA
66 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
*
10866 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGTTATAACAAGAT-AAATGGA
131 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
* * *
10930 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-TACCGACACAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
196 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
* *
10994 TTTCAATGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATAGAGGTGCCTATTTATAGTG
261 TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
*
11059 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCCCCTAAATGCAATTTAAT
326 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
* * * *
11124 TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCCAACATTTTTATGGTTACCCATGTAGATTGAAAATGGATG
391 TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
* *
11189 AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCACAATCTTGATTCTAT
456 AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
*
11254 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAACAAGGGAAAT
521 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
* *
11319 ATGTATATTTAAATATGTGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
586 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
* * *
11384 ATAAAAGAAGTATGGTGATGATAGTGGTTGAATGGATGT
651 AT-GAAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
* * *
11423 AACGAAAATGGTGAAGGATTTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGAATGGATTG
1 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
* *
11488 TGACCCTCTAA--ATATATGAGTTATAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCAAAGTGATAGA
66 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
* * *
11551 GGGTGGAACATGACCCACTAGCTATAGTAGAGCT-GGAACCAACGCTTTAACAAGATGATAT-G-
131 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
* * * *
11613 -GAAGGCTTCAAGACCTACAAAAAACCGATGGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAATGCAATT
196 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
* * * ** * *
11677 TTTCAAAGAGTTTCTTATGAAAAAAGTTCATAAAACAAATGTCGTGGAGGTGCCTATTTATAGTG
261 TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
* ** *
11742 TTGATAGGCACCACATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAAAAACCTAATTGCAATTTAAT
326 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
* * *
11807 TCAATTCAATGACTTGTTATTTTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
391 TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
* *
11872 AATAATGATATGATCTCGATTTTGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAG
456 AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
11937 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
521 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
* * * *
12002 ATGTGTATTTAAATATGTGTATGTAGGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGTAGTGGATTGTAA
586 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
*
12067 ATGAAAGAAGTGTGGTGATGACAGTGGTTGATTGGATGT
651 ATG-AAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
*
12106 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAATAATTCAAAGGATGGATTG
1 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
*
12171 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCATCAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
66 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
* * *
12236 GGGTGGAACGTGACCCACTCGCTATAGTA-AG-TTGGAACCAACGCTATAACAAGATGATATGGA
131 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
* * * *
12299 TGAAGGCTTTAAGACCTAC-A-AAACCGATGGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAATGCAATT
196 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
* * *
12362 TTTCAAAGAGTTTCTTATG-AAAAAGTTCTTAGTACAAATGTCGTGGAGGTGCCTATTTATAGTG
261 TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
* * * * *
12426 TTGATAGGCACCACATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTGAAATTAAAT
326 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
* * * * *
12491 TCAATTCAATGACATGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
391 TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
** * * ** *
12556 AATAATGATATGAGATCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATGATTTACCGA---T-ATT-GAT
456 AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
* * *
12616 T-----C-TCGCAGTGCTTTTATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGAGAAAT
521 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
* * * ** *
12675 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGAAAATGAGAAAACAAAGTTGACGTGGATTGTAA
586 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
* *
12740 ATGAACGAATTGTGCTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
651 ATGAA-GAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
* * * *
12779 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGCAGAATGATAGTAATTTAAAGGGTGGATTG
1 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
*** * * * * *
12844 TGAATGTCTAAATATATATGAGTTAGGAACCAATAATATACTAAAGAGGGAGTCGAAGTGATAGA
66 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
* * * *
12909 GAGTGGAACATGACCCACTAGCTATAGTAGAGCAAGGAACCAACGCTATAACAAGATAAAATGGA
131 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
* * *
12974 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-TACCGATACAGTTCTAATCCAAGAATTAAAATGAAAGCAATC
196 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
* * * *
13038 TTTCAAAGAGTTTTTTATGCAAAAAGTTCTTAATACAAATGCCATGAAGGTGCCTATTTATAGAG
261 TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
*
13103 TTGATAGGCACAATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
326 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
* *
13168 TCAACTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTACCCATGTAGATTGAAAATGGATG
391 TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
*
13233 AATAATGATATGATCTCGATTATGTGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
456 AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
*
13298 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTTAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
521 TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
* *
13363 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTCTAA
586 ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
13428 ATGAAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
651 ATGAAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
** *
13466 AAGGAAAATGGTTAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
1 AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
*
13531 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGACAGA
66 TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
* * * * **
13596 GGTTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGCAGAGCTAAGAACCAAATCTATAACAAGATGAAATGGA
131 GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
* ** * * *
13661 TGACGAATTCAAGACCAACAAGAAACCGATAGAGTTTTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATA
196 TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
* * * * *
13726 ATTC-AAGAGTTTATTATGC-AAATGGTCTTAGTACAAGTGCCATGGAGGAGCCTATTTATAGTG
261 TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
* * *
13789 TTGATAGGCATCATATGAAGA-TTTATTACAATTAAAATAAATCAATGACCTAAAT-CAAATTTA
326 TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTT-TTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGC-AATTTA
* * * *
13852 ATTTAATTAAATGACTTTTCATTCTTCTTACAC-TTTGATGGTTGTCCATGTAGATTGAAAATG
389 ATTCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAAC-CTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATG
13915 CAAGAAGGGA
Statistics
Matches: 2229, Mismatches: 230, Indels: 64
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
672 2 0.00
673 284 0.13
674 3 0.00
675 46 0.02
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681 4 0.00
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687 264 0.12
688 155 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (688 bp):
AACAAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTG
TGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGA
GGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGA
TGAAGGCTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATC
TTTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTG
TTGATAGGCACCATATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAAT
TCAATTAAATGACTTGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATG
AATAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTAT
TAAGAACTTCGCAGTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAAT
ATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAA
ATGAAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGT
Found at i:14750 original size:571 final size:568
Alignment explanation
Indices: 13117--14825 Score: 1931
Period size: 564 Copynumber: 3.0 Consensus size: 568
13107 TAGGCACAAT
* * * * *
13117 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAACTAAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAATCAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACT
* *
13182 TGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTACCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCCTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* **
13247 CTCGATTATGTGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCTATTAAGAAC-TTCGCA
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATC--ATATATGATTAACCGATCTTGATT-TATTAA-AACATTCGCA
* **
13311 GTGCTTTGATTTTAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
192 GTACTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
*
13376 TATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTCTAAATGAAGAAGTGTG
257 TATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAGAAGTGTG
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322 GTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAAGGAAAATGGTTAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAA
13506 TGATAGTAATTCAAAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATA
387 TGATAGTAATTC-AAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATA
* *
13571 CTAAAGATGGAATCGAAGTGACAGAGGTTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGCAGAGCTAAGAAC
451 CTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGCAGAGCTAAGAAC
*
13636 CAAATCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCAACAAGAAACCG
516 CAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCAACAAGAAACCG
** * * * *
13689 AT--AGAG-TTTTA-ATCCAAGAACTAAAATGAAAGCA-ATAATT-CAAGAGTTT-ATT--ATGC
1 ATGAAGAGTTTTTACATTTAA-AA-T-AAAT-CAATCACCTAATTGC-A-A-TTTAATTCAATTC
* * * * * * * * * * * *** *
13745 AA--A-TGGTC-TTAGTAC-AAGTGCCATGGA-GG-AGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCAT-CA
59 AATGACTTGTCATT-CTTCTAA--CCCTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAAT-GG-ATGAA
* * * * * * * ** *
13802 T-ATGA-A-GAT-T-TATTA-CA-ATTAAAAT-AAATCAATGACCTAAATCAAAT-TTAATTTAA
119 TAATGATATGATCTCGATTATGAGTTTCAGATCATAT--ATGA--TTAA-CCGATCTTGATTT-A
** * * * ** *** * *** ** **
13858 TTAAATGAC-TTTTCA-TTCTTCTTACACTTTGATGGTTGTCCATGTAGATTGAA-AATGCAAGA
178 TTAAA--ACATTCGCAGTAC-T-TT-GA--TTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGA
13920 AGGGAAATATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTG
236 AGGGAAATATGTATATTTAAATATGTGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTG
13985 GATTGTAAATG-A-AAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAAGGAAAATGGTTAAGGAT
301 GATTGTAAATGAAGAAGTGTGGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAAGGAAAATGGTTAAGGAT
* *
14048 GTTTTTTGGTTGGCGTGGATAATGATAGTAATTCAATGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATA
366 G-TTTGTGGTTGGCGTGGACAATGATAGTAATTCAA-GGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATA
14113 TGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCAC
429 TGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCAC
* * *
14178 TAGCTATTGGAGAGCTAGGAACCAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCGA
494 TAGCTATTGCAGAGCTAAGAACCAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCAA
14243 CAAGAAACCG
559 CAAGAAACCG
14253 ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAATCAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAATCAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACT
* *
14318 TGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCCTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* * *
14383 CTCGGTTATGAGTTTCAGATCATATATGATTTACCGATCTTGATTATAGTAAAACAATTCGCAGT
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATGATTAACCGATCTTGATT-TATTAAAAC-ATTCGCAGT
14448 ACTTTGATTGAAGACT-AGAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAAT
194 ACTTTGATTGAAGACTGA-AAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAAT
* ** *
14512 ATGTTTAT-AAAGGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTCAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTGT
258 ATGTGTATGAAA-GTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATG-AAGAAGTGT
* * * * *
14576 GGTGATAATAGTGGTTGATTGAATGTAATGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCATGGACA
321 GGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAAGGAAAATGGTTAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACA
* * *
14641 ATGATAGTAATTCAACGATTGGATTATG-CCCTCTAATTATATATGAGTTAGAAACCAACAATAT
386 ATGATAGTAATTCAAGGA-TGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATAT
* * * * * *
14705 ACTAAAGATAGAATCGAAGTGATGGAGGGTGGAACGTTACCCACTAGCTATAGTAGAGTTAAGAA
450 ACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGCAGAGCTAAGAA
* * ** * *
14770 CCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGCCTTCAAGACCTATAAGAAACCG
515 CCAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCAACAAGAAACCG
14824 AT
1 AT
14826 AGAGTTCTAA
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 151, Indels: 129
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
557 3 0.00
559 4 0.00
560 7 0.01
561 13 0.01
562 14 0.02
563 60 0.07
564 207 0.22
565 91 0.10
566 43 0.05
567 19 0.02
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569 36 0.04
570 101 0.11
571 157 0.17
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573 69 0.07
574 6 0.01
575 5 0.01
576 5 0.01
577 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (568 bp):
ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAATCAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACT
TGTCATTCTTCTAACCCTTTGATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
CTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATGATTAACCGATCTTGATTTATTAAAACATTCGCAGTAC
TTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATATG
TGTATGAAAGTAATGGAAACGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAGAAGTGTGGTGA
TGATAGTGGTTGATTGGATGTAAGGAAAATGGTTAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGAT
AGTAATTCAAGGATGGATTGTGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTAAA
GATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATTGCAGAGCTAAGAACCAAAG
CTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCAAGACCAACAAGAAACCG
Found at i:16269 original size:681 final size:686
Alignment explanation
Indices: 14253--18335 Score: 5918
Period size: 687 Copynumber: 6.0 Consensus size: 686
14243 CAAGAAACCG
* * * *
14253 ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAATCAATCACCTAATTGCAATTTAATTCAATTCAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
* *
14318 TGTCATTCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* * *
14383 CTCGGTTATGAGTTTCAGATCATATATGATT-TACCGATCTTGATTATAGTAAAACAATTCGCAG
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATGATTGT-CCGATCTTGATTCTAGTAAGA-AATTCGCAG
*
14447 TACTTTGATTGAAGACT-AGAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
194 TGCTTTGATTGAAGACTGA-AAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
* * *
14511 TATGTTTATAAAGGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTCAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTGT
258 TATGTGTATAAA-GTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTAT
* * * *
14576 GGTGATAATAGTGGTTGATTGAATGTAATGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCATGGACA
322 GGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACA
* *
14641 ATGATAGTAATTC-AACGATTGGATTATG-CCCTCTAATTATATATGAGTTAGAAACCAACAATA
387 ATGATAGTAATTCAAAGGA-TGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATA
* * * * *
14704 TACTAAAGATAGAATCGAAGTGATGGAGGGTGGAACGTTACCCACTAGCTATAGTAGAGTTAAGA
451 TACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGA
* *
14769 ACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGCCTTCAAGACCTATAAGAAACCGATAGAGTTCT
516 ACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCT
*
14834 AATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTATAA
581 AATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAA
*
14899 ATGCCATGTAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
646 ATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
*
14940 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGTAATTTAATTCAATTAAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
* * *
15005 TGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTACTCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* * * *
15070 CTCGATTATTAGTTTCAGATCATATATATGATTG-CCCATCTTGATTCTATTAAGAAATTTGCAG
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATC--ATATATGATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAGAAATTCGCAG
* * * *
15134 TGCTTTGATTTAAGACTGAAAATCTACAAACAACGTTATAAGAAGGAAAATATGTAAATTTAAAT
194 TGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAAT
*
15199 ATGTGTATAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTATGG
259 ATGTGTATAAAGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTATGG
* *
15264 TTATGATAGTTGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAAT
324 TGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAAT
*
15329 GATAGTAATTCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACTATATAC
389 GATAGTAATTCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATAC
* * *
15394 TAAAGATGGAATCGAAGTGACT-GAGGGTGGAACGTGACCCACTAGATATTGTTGAGCTAGGAAC
454 TAAAGATGGAATCGAAGTGA-TAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAAC
* * * * *
15458 CAAAGCTATAACAAGATGAAATGGATGACA-AATTCGAGACCGACAAGAAACCGATAGAGTTTTA
518 CAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGA-AGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTA
15522 ATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAA
582 ATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAA
* **
15587 TGTCATGTTGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
647 TGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
*
15627 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATACAATTTAATTCAATTAAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
* *
15692 TGTCATTCTTCTAACCTTTTGATGGTTGCCCATGTAGATT-AAAATGG-TTAATAATGATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* ** *
15755 ATCGATTATGAGTTTTGGATCATATATCATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAGAAAATTCGCAGT
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATGATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAG-AAATTCGCAGT
* *
15820 GCTTTGATTGAAGACTGGAAATGTACAAAC-A-GTTATAATAAGGGAAATATGTATATTTAAATA
195 GCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATA
* * *
15883 TGTTTATGAAAGTAATGGAAA-AATAGAATGAAGTTCAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTGTGG
260 TGTGTAT-AAAGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTATGG
* * * * *
15947 TGATAATAGTGGTTGATTGAATGTAAGGAAAATAGTGAAGGATGTTTGTGGTTGG-ATGGACAAT
324 TGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAAT
* *
16011 GATAGTAATTCAAAGAATGGATTGTG-CCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATAC
389 GATAGTAATTCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATAC
* * * *
16075 TAAAGATAGAATTGAAGTGATGGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGTTAGGAACC
454 TAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACC
* * *
16140 AACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGCCTTCAAGACTTATAAGAAACCGATAGAGTTCTAAT
519 AACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAAT
* * *
16205 CCAATAACTTAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAAATG
584 CCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAATG
** * *
16270 CCATTTAGGTGCCTATTTATATTGTTAATAGACACCAT
649 CCATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
16308 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAAT-AAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
* * * *
16372 TGTCATTCTTCTAAACTTTTGATAGTTACCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAA-GATATGAT
66 TGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* * *
16436 CTCGATTATGAGTTTCAGAT-ATATATGATTG-CCCATCTTGATTCTATTAAGAAATTCCCA-TG
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATGATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAGAAATTCGCAGTG
* * * *
16498 CTTTGATTTAAGACTGAAAATCTACAAACAACGTTATAAGAAGGAAAATATGTAAATTTAAATAT
196 CTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAATAT
* * *
16563 GTGTATAAAGTAATGGAAATGATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTATGATT
261 GTGTATAAAGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTATGGTG
* * *
16628 CTGATAGTTGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTAGACAATGA
326 ATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACAATGA
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391 TAGTAATTCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATATACTA
* * * *
16758 AAGATGGAATCGAAGTGACAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGATATTGTTGAGCTAGGAACCAA
456 AAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAACCAA
* * * * * * *
16823 AGCTATAACAAGATGAAATGGATGACGAATTCGAGACCGACAAGAAACCAATAGAGTTTTAATCC
521 CGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTAATCC
*
16888 AAGAACTAAAATGAAAGAAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAATGCC
586 AAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAATGCC
*
16953 ATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCAT
651 ATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
*
16989 ATGAAGAG-TTTTACAATTAAAATAAACACAATCACCTAAATGTAATTTAATTCAATTAAATGAC
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAA-ACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGAC
*
17053 TTGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGG
65 TTGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGA
* * *
17118 TCTCGATTATGAGTTTCAGATCATATATATGATTGCCCGATCTTGATTCCAGTAAGAACTTCGCA
130 TCTCGATTATGAGTTTCAGATC--ATATATGATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAGAAATTCGCA
*
17183 GTGCTTTGATTTAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
193 GTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
* * * * * *
17248 TATGTGTATGTAGGCAATGGAAATGATTGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATAAAAGAAGTAT
258 TATGTGTAT-AAAGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTAT
* * *
17313 GGTGATGATAGTTGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTAAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGAACA
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*
17378 ATGATAGTAATTCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAAACAACAATAT
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*
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452 ACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGAA
* * * * *
17507 GCAACACTATAACAAGATGATATGGATGAAGGCATCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTA
517 CCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCTA
* * ** * * *
17572 ATCCAAAAACTAAAATGAATGCAATTTTTCAAAGAGTTTCTTATGAAAAAAGTTCTTAGTACAAA
582 ATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAA
* * * *
17637 TGTCGTGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGGCACCAC
647 TGCCATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
* * * *
17677 ATGAAGAGTTTTTACATTTAAAATAAAACAATCACCTAATTTCAATTTAATTCAATTCAATGACT
1 ATGAAGAGTTTTTACAATTAAAATAAAACAATCACCTAAATGCAATTTAATTCAATTAAATGACT
* * * * *
17742 TGTCAATCTTCTTACCCTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATACGAC
66 TGTCATTCTTCTAACCTTTTAATGGTTGCCCATGTAGATTGAAAATGGATGAATAATGATATGAT
* * * *
17807 CTCGGTTATGAGTTTCGGATCATATATATGATT-TCC---C--GATGC---T--G-ACTCTCGCA
131 CTCGATTATGAGTTTCAGATC--ATATATGATTGTCCGATCTTGATTCTAGTAAGAAAT-TCGCA
* * * * *
17860 GTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATATACAAGCAACATTATAAGAAGAGAAATATATATATTTAAA
193 GTGCTTTGATTGAAGACTGAAAATGTACAAACAACGTTATAAGAAGGGAAATATGTATATTTAAA
* * * * ** * * *
17925 TATGTGTATGAAAGTAATGAAAATGAGAAAACAAAGTTGACGTGGATTGTAAATG-AAGAACTGT
258 TATGTGTAT-AAAGTAATGGAAATAATAGAATGAAGTTGAAGTGGATTGTAAATGAAAGAAGTAT
* * *
17989 GCTGATTATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGAGA
322 GGTGATGATAGTGGTTGATTGGATGTAACGAAAATGGTGAAGGATGTTTGTGGTTGGCGTGGACA
* * *** * *
18054 ATGATAGT-ATATCAAAGGGTGGATTGTGAATGTCTAACTATATATGAGTTAGGAACCAATAATA
387 ATGATAGTAAT-TCAAAGGATGGATTATGACCCTCTAACTATATATGAGTTAGAAACCAACAATA
* * *
18118 TACTAAAGAGGGAATAGAAGTGATAGAGGGTGGAACATGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGA
451 TACTAAAGATGGAATCGAAGTGATAGAGGGTGGAACGTGACCCACTAGCTATAGTAGAGCTAGGA
* * * *
18183 ACCAACGCTATAACAAGAT-AAATGGATGAAGGCTTCAAGACCTACAAG-TACTGATACAGTTCT
516 ACCAACGCTATAACAAGATGAAATGGATGAAGACTTCAAGACCTACAAGAAACCGATAGAGTTCT
* ** * *
18246 AATCCAAGAATTAAAATGAAAGCAATCTTTCAAAGAGTTTTTTATGCAAAAAGTTCTTAGTACAA
581 AATCCAAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAA
*
18311 ATGCCATGGAGGTGCCTAATTATAG
646 ATGCCATGGAGGTGCCTATTTATAG
18336 AGTTTTTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (686 bp):
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AAGAACTAAAATGAAAGCAATAATTCAAAGAGTTTATTATGCAAAAAGGTCTTAGTACAAATGCC
ATGGAGGTGCCTATTTATAGTGTTGATAGACACCAT
Found at i:23445 original size:813 final size:817
Alignment explanation
Indices: 18346--30520 Score: 19142
Period size: 814 Copynumber: 15.0 Consensus size: 817
18336 AGTTTTTATG
* *
18346 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAG-AAATAATGGGAGGATAATGAAG-TTTGCTTTCTACTAATCA
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* * *
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* * * * *
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131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* ** *
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* ** * *
18604 AATAAACCTATCCAATGAGGACCTT-AATGGACAATTTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCA
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* *
18668 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTACTCTA-TTTTCAGAATGATGATTCAATGA
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* * * *
18797 ATATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATTTTGCTTCCATGAATTCCAGCCATCTACTTCTC-GAACAT
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* *
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* * * *
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574 GAGAAGTAAAATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTA
* ** ** *
18985 AGAAAAACTTTGATGCCATGCAAAATAAACATTGAGAGAAAACAAATACATTTGGACTAGTTGAA
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* * * *
19050 AATGAGATTATTGAAGAGATTGATTGTGAA-GAAAACACGAATGTGATAGTGGAACTCAAAAAGA
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* * *
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*
19163 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAAT-GGAGGAGAATGAAG-TTTGCGTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
*
19226 AACTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
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131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
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196 TTTGACATTCGAA-ATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTT
19420 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTC
260 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTC
*
19485 ATTTTCATTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT
325 ATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT
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390 AAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGAT
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455 GAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTG
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19809 GATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAG-AAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTAT
650 GATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTAT
19873 AGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTA
715 AGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTA
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780 AAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
19976 CAAAAGGGACATGAGCATGATAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
*
20040 ATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
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* * *
20170 TTTGACATTCAAAATACATTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAAAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
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261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
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20365 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
391 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
20430 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
456 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
20495 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
521 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
20560 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
586 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
20625 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
651 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
* *
20690 GAAGAGATTGAGTGTGAAGAAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAACGAACAAGCGTGTAA
716 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
20755 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
781 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
20792 CAAAAGGGACATGAGCATGATAG-AAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * * **
20855 ATCTTTTCTTCATATTATTTTGTTTGATTTGCAGGTTATTCC-AAGAG-CATGCCATTGCAAATT
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAG-GCCGTATCATTGCAAATT
* ** * * *
20918 GATGAATCAAATTTGTTTATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCT
130 GATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTT
* ** * *
20983 CTTTGACATTCGAAGTACGTTCATTCTACATTCAAAGTTCAAACAATCTCAAGAATGGGATGTTT
195 CTTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTT
*** * * *
21048 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAACGGACAAATTCATTCATTCAAGAAATTTGTTATTTC
260 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTC
*
21113 ATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATG
325 ATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT
* * **
21178 AAGATGAAGAGTTAGAAGTCAGAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTCGATTGGGAGATATG-A-A-
390 AAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGAT
* ** * *
21240 GAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCATGAATTCAAGCCATCTACTTCTTGGACGTCCTTGGCACTG
455 GAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTG
* * * * * * * *
21305 TGATAAAAGAGCTTTGCATGATGGGCTT-TTAAATTATTATTCATTCATCCATGGTAGAAGGAGA
520 TGATAAACGAGCATTGAATGATGGG-TTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAA
* *
21369 TTCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACCT
584 ATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTT
* * * *
21434 TGATGCTATG-GAAAATGAACATTGAGGGAAGACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAAT
649 TGATGCTATGTG-AAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATT
* * * * * *
21498 ATTGAAGAGATTGAGTGTGAA-GAAAACCATGAATGTGAGTGTGGAACTCAAAGAGAACAAGAGT
713 ATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAA-AACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGT
* * * *
21562 GTATAGAGAGCATACGAGAGGAGTATGAAGAACAGAAATTT
777 GTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* *
21603 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGA-G-GTATGAAG-TTTGCTTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * * *
21665 ACCTTTTCTTCCTATTCTTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCATACCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
* * * * *
21730 ATTAATCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* ** *
21795 TTTGACATTCGAAGTACGTTCATTCTACATTCAAAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
* ** * *
21860 AATAAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATGGACAATTTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
* *
21925 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTACTCTA-TTTTCAGAATGATGATTCAATGA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTC-----
21989 AGATGAAATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAG
386 A-AT----T-AAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAG
* * * *
22054 ATATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATTTTGCTTCCATGAATTCCAGCCATCTACTTCTC-GAACAT
445 ATATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAG-ACGT
* * *
22118 CCTTGGTAGTGTGATAAATGAGCATTGCATGATGGGTTCTTAAATCATTTTTCATTCATCCATGG
509 CCTTGGTAGTGTGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGG
* * * *
22183 GAGAAGTAGAATCACGTTAGTACCAATGCCAACACAACAAGTACATCAAGATCAACAACAACTTA
574 GAGAAGTAAAATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTA
* ** * *
22248 AGAAAAACTTTGATGCCATGCAAAATAAACATTGAGAGAAAACAAATGCATTTGGACTAGTTGAA
639 AGAAAAACTTTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAA
* * * *
22313 AATGAGATTATTGAAGAGATTGATTGTGAAGGAAAACACGAATGTGATAGTGGAACTCAAAAAGA
704 AATGAGATTATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGA
* *
22378 ACAAGAGTGTAAAGAGAGCATATGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
769 ACAAGCGTGTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
*
22427 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAAT-GGAGGAGAATGAAG-TTTGCGTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* *
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196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
22684 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
*
22749 TTTTCATTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
22814 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
391 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
22879 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
456 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
22944 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
521 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
23009 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAG-AAAACTTTG
586 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
23073 ATGCTATGTGAAAT-AACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
651 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
23137 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
716 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
23202 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
781 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
23239 CAAAAGGGACATGAGCATGATAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
*
23303 ATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
23368 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* *
23433 TTTGACATTCAAAATACATTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
23498 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
*
23563 TTTTCTTTGATTTTGAATTATATACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
23628 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
391 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
23693 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
456 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
23758 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAA-TTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
521 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
23822 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACC-AGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
586 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
23886 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
651 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
* *
23951 GAAGAGATTGAGTGTGAAGAAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAACGAACAAGCGTGTAA
716 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
24016 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAG-AATTT
781 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
24052 CAAAAGGGACATGAGCATGATAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * **
24116 ATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGAG-CATGCCATTGCAAATT
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAG-GCCGTATCATTGCAAATT
* ** * * *
24180 GATGAATCAAATTTGTTTATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCT
130 GATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTT
* ** * *
24245 CTTTGACATTCGAAGTACGTTCATTCTACATTCAAAGTTCAAACAATCTCAAGAATGGGATGTTT
195 CTTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTT
*** * *
24310 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAACGGACAAATTCATTCATTCAAT-AAATTTGTTATTT
260 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTC-ATGAAATTTATTATTT
24374 CATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
324 CATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
* * * **
24439 GAAGATGAAGAGTTAGAAGTCAGAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTCGATTGGGAGATATGAAGA
389 TAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGA
* ** * *
24504 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCATGAATTCAAGCCATCTACTTCTTGGACGTCCTTGGCACT
454 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGT
* * * * * * * *
24569 GTGATAAAAGAGCTTTGCATGATGGGCTT-TTAAATTATTATTCATTCATCCATGGTAGAAGGAG
519 GTGATAAACGAGCATTGAATGATGGG-TTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAA
* *
24633 ATTCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATC-ACAACAACTTAAGAAAAACC
583 AATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACT
* * * *
24697 TTGATGCTATG-GAAAATGAACATTGAGGGAAGACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAA
648 TTGATGCTATGTG-AAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAT
* * * * * *
24761 TATTGAAGAGATTGAGTGTGAA-GAAAACCATGAATGTGAGTGTGGAACTCAAAGAGAACAAGAG
712 TATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAA-AACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCG
* * * *
24825 TGTATAGAGAGCATACGAGAGGAGTATGAAG-A-ACAAATTT
776 TGTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* *
24865 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAA-GGGAGGATAATGAAG-TTTGCTTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * * *
24928 ACCTTTTCTTCCTATTCTTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCATACCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
* * * * *
24993 ATTAATCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* ** *
25058 TTTGACATTCGAAGTACGTTCATTCTACATTCAAAGTTCAAACAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
* ** * *
25123 AATAAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATGGACAATTTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
* *
25188 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTACTCTA-TTTTCAGAATGATGATTCAATGA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTC-----
25252 AGATGAAATGAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAG
386 A-AT----T-AAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAG
* * * *
25317 ATATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATTTTGCTTCCATGAATTCCAGCCATCTACTTCTC-GAACAT
445 ATATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAG-ACGT
* * *
25381 CCTTGGTAGTGTGATAAATGAGCATTGCATGATGGGTTCTTAAATCATTTTTCATTCATCCATGG
509 CCTTGGTAGTGTGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGG
* * * *
25446 GAGAAGTAGAATCACGTTAGTACCAATGCCAACACAACAAGTACATCAAGATC-ACAACAACTTA
574 GAGAAGTAAAATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTA
* ** * *
25510 AGAAAAACTTTGATGCCATGCAAAATAAACATTGAGAGAAAACAAATGCATTTGGACTAGTTGAA
639 AGAAAAACTTTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAA
* * * *
25575 AATGAGATTATTGAAGAGATTGATTGTGAAGGAAAACACGAATGTGATAGTGGAACTCAAAAAGA
704 AATGAGATTATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGA
* *
25640 ACAAGAGTGTAAAGAGAGCATATGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
769 ACAAGCGTGTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
*
25689 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAAT-GGAGGAGAATGAAG-TTTGCGTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* *
25752 AACTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGTCGTATCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
25817 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
*
25882 TTTGACATTCAAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
25947 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
*
26012 TTTTCATTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT-
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
26076 A-A-G-AGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
391 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
*
26138 ATGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
456 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
26203 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
521 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
26268 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
586 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
26333 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
651 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
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716 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
26462 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
781 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * * *
26499 CAAAAGGGACATGAGCATGATAG-AAATAATGGGAGGAGAA-G--TTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
*
26559 ATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
26624 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCC-AATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* *
26688 TTTGACATTCAAAATACATTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
26753 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
*
26818 TTTTCTTTGATTTTGAATTATATACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTC-ATTA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
26882 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
391 AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
26947 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
456 AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
27012 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
521 GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
27077 CACGTTAGTACC-ATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAG-AAAAC-TTG
586 CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
27139 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGC-TTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
651 ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
* *
27203 GAAGAGATTGAGTGTGAAGAAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAACGAACAAGCGTGTAA
716 GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
27268 A-AGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
781 AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
27304 CAAAAGGGACATGAGCATGATAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * **
27368 ATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCC-AAGAG-CATGCCATTGCAAATT
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAG-GCCGTATCATTGCAAATT
* ** * * *
27431 GATGAATCAAATTTGTTTATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCT
130 GATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTT
* ** * *
27496 CTTTGACATTCGAAGTACGTTCA-TCTACATTC-AAGTTCAAACAATCTCAA-AATGGGATGTTT
195 CTTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTT
*** * *
27558 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAACGGACAAATTCATTCATTCAAT-AAATTTGTTATTT
260 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTC-ATGAAATTTATTATTT
27622 CA-TTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
324 CATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
* * * **
27686 GAAGATGAAGAGTTAGAAGTCAGAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTCGATTGGGAGATATGAAGA
389 TAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGA
* * * *
27751 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCATGAATTCAAGCCATCTACTTCT-GGAC-TCCTTGGCACT
454 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGT
* * * * * * * *
27814 GTGATAAAAGAGCTTTGCATGATGGGCTT-TTAAATTATTATTCATTCATCCATGGTAGAAGGAG
519 GTGATAAACGAGCATTGAATGATGGG-TTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAA
*
27878 ATTCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTC-AGATCAACAAACAACTTAAGAAAAAC
583 AATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAAC-AACAACTTAAGAAAAAC
* * * * *
27942 CTTGATGCTATG-GAAATGAACATTGAGGGAAGACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAA
647 TTTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGAT
* * * * * *
28006 TATTGAAGAGATTGAGTGTGAA-GAAAACCATGAATGTGAG-TTGGAACTCAAAGAGAACAAGAG
712 TATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAA-AACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCG
* * * *
28069 TGTATAGAGAGCATACGAGAGGAGTATGAAGAACAGAAATTT
776 TGTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* *
28111 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGATAATGAAG-TTTGCTTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* * * *
28175 ACCTTTTCTTCCTATTCTTTCGTTTGA-TTGCAGGTTATTCCAAAGGCCATACCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
* * * *
28239 ATTA-TCAAATTTGTACATTGAAGTTCC-AATGTTGTAACATTTGGTATTCCAAAACATGTGCTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
* ** *
28302 TTTGACATTCGAAGTACGTTCATTCTACATTC-AAGTTCAAA-CATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
* ** * *
28365 AATAAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATGGACAATTTCATTTATTCATGAAATTGATTATTTCA
261 AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
* *
28430 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTACTCTA-TTTTCAGAATGATGATTCAATGA
326 TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT--
28494 AGATGAAATGAATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGAT
389 ---T--AA-G-ATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGAT
* * *
28559 ATGAAGATGAAGTCTTGTGTGAT-TTGCTTCCATGAATTCCAGCCATCTACTTCTC-GAACATCC
447 ATGAAGATGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAG-ACGTCC
* * *
28622 TT-GTAGTGTGATAAATGAGCATTGCATGATGGGTTCTTAAATCATTTTTCATTCATCCATGGGA
511 TTGGTAGTGTGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGA
* * * *
28686 GAAGTAGAATCACGTTAGTACCAATGCCAACACAACAAGTACATCAAGATCAACAACAACTTAAG
576 GAAGTAAAATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAG
* ** * *
28751 AAAAACTTTGATGCCATGCAAAATAAACATTGAGAGAAAACAAATGCATTTGGACTAGTTGAAAA
641 AAAAACTTTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAA
* * * *
28816 TGAGATTATTGAAGAGATTGATTGTGAAGG-AAACACGAATGTGATAGTGGAACTCAAAAAGAAC
706 TGAGATTATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAAC
* *
28880 AAGAGTGTAAAGAGAGCATATGTGAGGAGTGTG-AGAAGAG-AATTT
771 AAGCGTGTAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
*
28925 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAAT-GGA-G-G-A-GAAGTTTTGCGTTCTACTAATCA
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
* *
28985 AACTTTTCTTCCT-TTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCC-AAGGTCGTATCATTGCAAATTG
66 ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
29048 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
131 ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
*
29113 TTTGACATTCAAAATACGTTCATTCTACATTC-AAGTG-AAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTT
196 TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATG-TTT
29176 CAATGAACCTATCC-ATGAGGACCTTAAATAAAC-AATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTC
260 CAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTC
*
29239 ATTTTCATTGATTTTGAATTATCTAC-T-TAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT
325 ATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATT
29302 AAGATGAAGA-TTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGAT
390 AAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGAT
*
29366 GATGTCTTGTGTGATGTTGC-TCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTG
455 GAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTG
29430 TGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAAT-A-TTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAA
520 TGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAA
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585 TCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTT
29555 GATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTT-GAGTAGTTGAAAATGAGATTAT
650 GATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTAT
29619 AGAAGAGATTGA-TGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGT-GAACTCAAAAAGAACAAGCGTGT-
715 AGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTA
29681 AAGAGAGCATACG-GAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
780 AAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
* * *
29718 CAAAAGGGACATGAGCATGATAGAAAAATAAT--GAGGAGAAATGAAGTTTTCCCTT-TATTAAT
1 CAAAAGGGACATGAGCATGAGAG-AAAATAATGGGAGGAG-AATGAAGTTTTGCCTTCTACTAAT
*
29780 CAATCTTTTCTTCATATTATTTCGTTTGATTTGCA-GTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAAT
64 CAATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAAT
29844 TGATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCG-AAACATGTGT
129 TGATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGT
* *
29908 TCTTTGACATTCAAAATACATTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTT
194 TCTTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTT
29973 TCAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTT-TTATTT
259 TCAATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTT
*
30037 CATTTTCTTTGATTTTGAATTATATACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
324 CATTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAAT
30102 TAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGA
389 TAAGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGA
*
30167 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTCCCACGAATTCAAGCCATCTACCTTCTCAGACGTCCTTGGTAG
454 TGAAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTA-CTTCTCAGACGTCCTTGGTAG
30232 TGTGATAAACGAGCATTG-ATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAA
518 TGTGATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAA
30296 AATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTC-AGAT---CAACAACTTAAGAAAAACT
583 AATCACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACT
*
30357 TTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAA-ACAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGA-T
648 TTGATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATT
* *
30420 ATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGAAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAACGAACAAGCGTG
713 ATAGAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTG
30485 TAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAA
778 TAAAGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAA
Statistics
Matches: 10597, Mismatches: 593, Indels: 346
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
791 10 0.00
792 19 0.00
793 59 0.01
794 57 0.01
795 60 0.01
797 71 0.01
798 190 0.02
799 173 0.02
800 73 0.01
801 47 0.00
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803 61 0.01
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820 2 0.00
821 59 0.01
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824 841 0.08
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (817 bp):
CAAAAGGGACATGAGCATGAGAGAAAATAATGGGAGGAGAATGAAGTTTTGCCTTCTACTAATCA
ATCTTTTCTTCCTATTATTTCGTTTGATTTGCAGGTTATTCCAAAGGCCGTATCATTGCAAATTG
ATGATTCAAATTTGTACATTGAAGTTCCAAATGTTGTAACACTTGGTATTCGAAAACATGTGTTC
TTTGACATTCGAAATACGTTCATTCTACATTCAAAGTGAAAATAATCTCAAGAAAGGGATGTTTC
AATGAACCTATCCAATGAGGACCTTAAATAAACAAATTCATTTATTCATGAAATTTATTATTTCA
TTTTCTTTGATTTTGAATTATCTACTTCTAACTTTGCTTTATTTTTCAGAATGATGATTCAATTA
AGATGAAGAGTTAGAAGTTATAGAGCAAGTACTTGCGCCCTTTTTAATTGGGAGATATGAAGATG
AAGTCTTGTGTGATGTTGCTTCCACGAATTCAAGCCATCTACTTCTCAGACGTCCTTGGTAGTGT
GATAAACGAGCATTGAATGATGGGTTCTTAAATAATTTTTCATTCATCCATGGGAGAAGTAAAAT
CACGTTAGTACCAATGCCATCACACCAAGTACTTCAAGATCAACAACAACTTAAGAAAAACTTTG
ATGCTATGTGAAATAAACATTGAGAGAAAACAAAGGCATTTGGAGTAGTTGAAAATGAGATTATA
GAAGAGATTGAGTGTGAAGGAAAAAACGAATGTGAGAGTGGAACTCAAAAAGAACAAGCGTGTAA
AGAGAGCATACGTGAGGAGTGTGAAGAAGAGAAATTT
Done.