genome.fa.s7582.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021657_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  162130

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
399--447	25	2.0	25	84	8	64	61	2	8	28	1.36
518--679	63	2.9	54	75	14	182	40	6	5	46	1.54
1779--1826	23	2.1	23	84	0	60	43	8	10	37	1.69
2443--2895	182	2.5	182	92	0	746	27	16	13	43	1.85
2769--3341	112	5.1	112	94	0	981	25	15	13	45	1.83
5552--5608	15	3.7	15	73	17	62	36	12	21	29	1.90
5541--5611	32	2.2	32	97	0	133	35	18	19	26	1.95
5541--5593	17	3.2	17	70	20	58	35	16	20	26	1.94
5925--5960	15	2.4	16	86	13	51	33	0	5	61	1.19
5955--6000	19	2.5	19	85	3	58	30	8	2	58	1.40
5980--6016	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
9861--10000	22	6.3	23	68	23	63	50	0	0	47	1.11
9920--9969	6	9.3	6	76	24	58	52	0	0	48	1.00
9870--9969	21	4.8	21	69	28	72	52	0	0	48	1.00
9870--9980	43	2.7	40	75	23	113	50	0	0	48	1.06
9913--9999	21	4.1	21	68	19	63	50	1	1	47	1.16
9983--10057	31	2.5	29	85	10	91	53	4	2	40	1.34
10150--10206	22	2.6	22	97	0	105	52	10	3	33	1.53
10220--10357	59	2.4	55	79	9	152	39	6	9	44	1.63
10273--10313	15	2.7	15	88	7	57	41	2	7	48	1.44
10232--10293	22	2.9	21	75	13	63	43	3	8	45	1.49
10286--10329	20	2.2	20	88	4	63	38	6	4	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10232--10352	57	2.1	59	81	6	140	40	5	8	45	1.58
10327--10393	30	2.3	30	89	2	100	35	11	13	38	1.82
10514--10858	2	176.0	2	62	21	54	43	6	2	47	1.43
10566--10739	95	1.8	95	95	2	314	43	7	2	47	1.44
10709--10754	15	3.2	15	78	12	60	39	6	6	47	1.55
10718--10762	13	3.6	13	82	5	58	40	8	4	46	1.55
10721--10789	28	2.6	26	73	8	66	43	7	4	44	1.51
10772--10830	18	3.3	18	84	11	68	47	1	5	45	1.34
10709--10826	13	7.9	14	72	18	55	43	5	5	46	1.47
10802--10859	30	1.9	30	82	6	73	48	1	1	48	1.22
10891--10921	9	3.6	9	95	4	55	35	9	0	54	1.33
10891--10924	17	2.1	15	89	10	50	35	8	0	55	1.31
10937--11029	20	4.7	20	72	15	84	45	3	4	47	1.38
11000--11052	17	2.9	17	83	8	52	50	3	1	43	1.30
11078--11184	2	56.5	2	66	23	54	47	0	2	48	1.22
11079--11172	20	4.8	20	74	17	81	46	1	3	48	1.25
11079--11136	22	2.8	20	82	10	71	44	1	1	51	1.21
11080--11186	35	3.1	35	82	9	112	47	0	2	48	1.22
10928--11185	33	8.2	32	71	22	131	46	2	3	46	1.33
11079--11180	26	3.9	25	71	15	73	47	0	2	49	1.23
13276--13333	16	3.5	16	80	17	57	74	6	1	17	1.12
13276--13352	5	14.2	5	70	24	50	72	6	1	19	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20576--20689	42	2.7	41	77	6	122	29	21	21	26	1.99
20721--20934	42	5.0	42	89	2	320	25	30	15	28	1.96
20726--20938	43	5.0	43	90	0	313	25	30	15	28	1.95
21212--21250	18	2.2	18	100	0	78	25	10	20	43	1.83
21264--21297	10	3.3	10	88	8	50	52	5	0	41	1.25
21500--21541	13	3.2	13	78	21	52	54	2	0	42	1.13
22724--22849	3	42.3	3	69	19	77	57	0	5	37	1.22
22711--22865	16	9.4	16	71	21	81	54	0	5	39	1.27
22727--22868	6	20.4	7	69	23	88	56	0	4	38	1.26
22723--22872	11	14.9	10	72	22	88	56	0	4	38	1.25
22756--22878	45	2.8	44	82	11	137	56	0	4	37	1.26
22724--22878	19	8.4	19	67	25	57	56	0	4	38	1.24
22718--22877	13	13.2	12	74	13	100	55	0	5	38	1.26
23083--23164	42	2.0	42	92	0	137	34	21	21	21	1.97
23092--23166	20	3.7	20	71	13	62	37	21	22	18	1.94
30553--30586	10	3.3	10	88	8	50	52	5	0	41	1.25
31985--32099	3	38.3	3	70	19	71	57	0	4	38	1.19
31988--32098	6	15.9	7	74	21	92	56	0	4	38	1.20
31989--32027	16	2.7	16	81	18	50	56	0	2	41	1.13
31985--32109	22	5.7	22	75	21	88	56	0	4	38	1.20
31985--32109	11	10.4	12	72	19	68	56	0	4	38	1.20
32038--32109	37	2.0	37	84	7	96	56	0	4	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33510--33550	21	2.0	21	85	9	57	58	4	0	36	1.20
35564--35621	23	2.6	22	82	12	66	25	27	24	22	2.00
35991--36031	21	1.9	22	85	5	57	41	9	17	31	1.82
43609--43663	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
47213--47314	46	2.2	46	89	6	154	33	15	19	31	1.93
47354--47408	20	2.8	20	97	0	101	23	21	29	25	1.99
47666--47692	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
53497--53537	18	2.3	18	91	0	64	34	26	12	26	1.92
60609--60662	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
61070--61206	34	4.0	34	97	0	256	62	17	5	15	1.50
62750--62818	34	2.0	34	91	0	111	60	14	4	20	1.50
65288--65335	21	2.2	21	85	3	60	50	4	22	22	1.67
65301--65340	21	1.9	21	100	0	80	37	5	27	30	1.78
66639--66719	31	2.6	31	100	0	162	22	13	18	45	1.84
66729--66787	24	2.5	24	94	0	100	59	23	11	5	1.52
70886--70981	14	6.6	14	67	23	56	46	0	1	52	1.07
70879--70980	39	2.5	43	82	7	122	46	0	0	52	1.07
72152--72442	43	6.8	43	92	0	442	32	24	25	17	1.96
75179--75209	13	2.4	13	94	0	53	19	22	41	16	1.89
75185--75231	18	2.6	18	89	0	76	12	23	46	17	1.82
77108--77398	43	6.8	43	93	0	451	31	25	26	17	1.97
79331--79621	43	6.8	43	93	0	442	32	25	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82136--82242	24	4.5	24	72	4	90	48	16	13	21	1.80
82136--82244	48	2.3	48	75	0	110	48	16	13	21	1.80
83445--83480	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
87696--87746	23	2.2	23	100	0	102	41	7	21	29	1.81
89013--89050	14	2.7	14	100	0	76	28	7	21	42	1.81
93503--93536	10	3.3	10	88	8	50	52	5	0	41	1.25
94933--95047	3	38.3	3	71	19	80	58	0	3	38	1.15
94936--95046	6	15.9	7	75	21	92	57	0	3	38	1.16
94937--95051	13	7.9	16	74	25	53	57	0	4	38	1.19
94936--95043	35	3.2	35	79	17	104	57	0	3	38	1.17
94933--95047	22	5.3	21	80	16	114	58	0	3	38	1.15
94933--95053	11	11.2	11	75	17	103	57	0	4	38	1.18
94932--95043	8	14.2	8	74	22	80	57	0	3	39	1.16
104352--104450	46	2.2	46	85	7	130	33	17	19	30	1.94
104795--104821	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
106747--106782	13	2.8	13	88	12	56	0	16	0	83	0.65
106751--106789	17	2.4	17	82	4	53	0	20	0	79	0.73
110964--111003	21	2.0	20	86	13	57	62	5	12	20	1.48
117004--117106	34	3.0	34	97	0	188	62	17	4	15	1.50
118179--118223	19	2.4	19	96	0	81	31	6	17	44	1.75
119041--119100	21	3.2	21	61	34	55	60	18	6	15	1.56
119032--119100	34	2.0	34	100	0	138	59	17	5	17	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123836--123880	14	3.2	14	96	0	81	57	26	13	2	1.48
128403--128458	18	3.1	18	72	27	64	51	30	14	3	1.59
130012--130175	76	2.2	76	85	0	211	34	7	10	46	1.68
130168--130243	29	2.6	28	79	4	80	22	0	14	63	1.31
131174--131249	22	3.5	22	85	3	93	32	14	19	32	1.92
132044--132107	22	2.9	22	90	9	112	29	18	23	28	1.98
132044--132126	22	3.9	20	85	4	85	28	20	24	26	1.99
134164--134232	23	3.0	23	83	8	95	27	26	26	20	1.99
140957--141025	23	3.0	23	79	8	86	28	26	24	20	1.99
146524--146557	17	1.9	18	94	5	61	47	2	0	50	1.16

Tables:   1   2