Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007593.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00021889_pilon, whole genome shotgun sequence
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5586 TCGCCGGAGCA
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*
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TCGCCGGAGCA
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5996 TGGCCCGGGG
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* *
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1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
* * * * *
6070 --ACCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGT
*
6109 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * *
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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5999 CCCGGGGTTG
* * *
6009 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG--TA
6041 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG-A
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
* *
6071 CCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTA
1 CCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CG-CCTGGG-TA
* * *
6112 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG--TA
*
6144 CCGATGGTGACC--GGCCACCCGCCTGGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGG--TA
6175 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
6192 TCACGCACAA
Statistics
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
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5974 CTGTGCGGCA
*
5984 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
6049 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGA-CCGATGGTGACCGAGG
66 GACC--GGCCACCCGCCTGGGATCCGATGGTGACCGAGG
6087 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
6152 GACCGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGGCCACCCGCCTGGGA-T-CCGATGGTGACCGAGG
*
6191 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
6200 AAGCGGCCTG
Statistics
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGGCCACCCGCCTGGGATCCGATGGTGACCGAGG
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6266 TGGCCCGGGG
* * *
6276 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
6308 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
6341 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
6361 TCACGCACAC
Statistics
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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Indices: 6087--6665 Score: 988
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6077 GTGACCGAGG
*
6087 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
6152 GACC--GGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
6215 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
6254 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
6319 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
6384 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
6423 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
6487 GACCGAGGCCACCC-CCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
6551 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGC-GCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
6590 CTCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATG
1 --CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATG
6655 GTGACCGAGGC
64 GTGACCGAGGC
6666 ACGCACACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
167 106 0.27
168 108 0.28
169 122 0.31
170 55 0.14
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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6430 ACCAATGGCC
*
6440 GGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT
1 GGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-CCT
*
6472 GGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCT
1 GGGTTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCCCT
* * *
6504 TGGATTACCGATGGTGACCGAG
1 GGGTTTGCCGATGGTGACCGAG
6526 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.02
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GGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCCCT
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14555 CGATAATGTC
14565 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
14576 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
14587 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
14598 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
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TCGCCGGAGCA
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14975 ATGGCCCGGG
* * *
14985 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15017 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
15050 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
15090 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15122 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15155 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15175 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
34 4 0.03
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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14956 TGCGGCACTC
*
14966 CCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
15031 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
15071 CCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
*
15136 CGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
*
15176 CACGCAC
1 CCCGCAC
15183 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 109 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
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CCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
CGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
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Indices: 14915--15350 Score: 481
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14905 GTCGGGGGTT
14915 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCCGCACCAATGGC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACT-CCC-CACCAATGGC
14980 CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
64 CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
15045 TGGGACT
128 TAAGACG
* * *** **
15052 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGA-CACC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-CGCCC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCCACCAAT
* * * * * *
15113 CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA
61 GGCCCGGG-TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CA
15178 -CGCAC-AAG-CG
123 CCGC-CTAAGACG
* *
15188 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCCACCAATGGCC
1 GCC-GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCCACCAATGGCC
15253 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
65 C-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** **
15318 TTGGATT
128 TAAGACG
*
15325 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCAC
15351 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 39
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 7 0.03
135 39 0.16
136 60 0.25
137 82 0.34
138 38 0.16
139 6 0.02
140 5 0.02
141 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (134 bp):
GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCCACCAATGGCCC
GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTAA
GACG
Found at i:15327 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 15258--15342 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
15248 TGGCCCGGGG
* * *
15258 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
15290 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
15323 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
15343 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:15486 original size:167 final size:169
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Indices: 15069--15645 Score: 1018
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
15059 GTGACCGAGG
*
15069 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
15134 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
*
15198 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
15237 CTCCC-CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
15301 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
15366 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTG-GGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
15405 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
15469 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
15534 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
15573 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
15638 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
15646 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 13, Indels: 9
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 154 0.39
168 130 0.33
169 107 0.27
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:15497 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 15428--15509 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
15418 GGCCGGGTTG
* * * *
15428 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
15460 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
15493 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
15510 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:28141 original size:11 final size:11
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Indices: 28125--28157 Score: 57
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28115 CGATAATGTC
28125 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
28136 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
28147 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
28158 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
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Alignment explanation
Indices: 28539--28729 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
28529 TGGCCCGGGG
* * *
28539 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28571 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
28604 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
28645 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28677 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28710 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
28730 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
41 21 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:28656 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 28517--28737 Score: 415
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
28507 CTGTGCGGCA
*
28517 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
28582 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
28623 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
28688 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
28729 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
28738 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 112 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:28823 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 28623--29201 Score: 1020
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
28613 GTGACCGAGG
*
28623 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
28688 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
*
28753 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
28792 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
28857 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGG
* *
28922 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
28962 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
29026 GACCGAGGCCACCC-CCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
29090 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
29129 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
29193 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
29202 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 14, Indels: 6
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
167 90 0.23
168 64 0.16
169 177 0.45
170 63 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:28883 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 28814--28898 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
28804 TGGCCCGGGG
* * *
28814 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
28846 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
28879 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
28899 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:29065 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 28986--29066 Score: 103
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
28976 GCCGGGGTTG
* * * *
28986 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
29018 CCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
29050 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
29067 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 37 0.86
33 6 0.14
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Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:37086 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 37070--37102 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
37060 CGATAATGTC
37070 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
37081 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
37092 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
37103 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:37553 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37490--37679 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
37480 TGGCCCGGGG
* * *
37490 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37522 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
37555 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
37595 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37627 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37660 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37680 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
34 4 0.03
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:37617 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 37474--37687 Score: 394
Period size: 105 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
37464 GCGGCACTCC
*
37474 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
1 CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
*
37539 GGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCG
66 GGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACG
37580 CACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
1 CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
*
37644 GGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACG
66 GGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACG
37685 CAC
1 CAC
37688 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 3, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.89
106 12 0.11
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
CACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGA
GGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACG
Found at i:37833 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37764--37848 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
37754 TGGCCCGGGG
* * *
37764 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
37796 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
37829 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
37849 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:38003 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 37934--38015 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
37924 GGCCGGGTTG
* * * *
37934 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
37966 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
37999 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
38016 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:38025 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 37574--38150 Score: 1023
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
37564 GTGACCGAGG
*
37574 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
37639 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
*
37704 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
37742 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
37807 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
37872 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
37911 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
37975 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGGT
38040 GACCGA-GCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
38078 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
38143 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
38151 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 13, Indels: 6
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
167 141 0.36
168 94 0.24
169 158 0.40
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Done.