Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007627.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00023286_pilon, whole genome shotgun sequence
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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2561 TCACGCACAA
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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2340 CTGTGCGGCA
*
2350 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
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*
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*
2560 CTCACGCAC
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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2634 ATGGCCCGGG
* *
2644 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
* *
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1 TTGCCGATGGTGACCGAG
2727 CTCACGCACA
Statistics
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2802 ATGGTCGGGG
* *
2812 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGT
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*
2843 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
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*
2876 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
2894 GCGCACGCAC
Statistics
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TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
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2444 GTGACCGAGG
*
2454 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* * *
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*
2584 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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* *
2752 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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* *
2791 CTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
2855 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
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2920 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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**
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3023 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
3031 ACGCACACGT
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10906 CGATAATGTC
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*
10927 TCGCCGGAGCG
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1 TCGCCGGAGCA
10949 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
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11 20 1.00
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TCGCCGGAGCA
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11325 TGGCCCGGGG
* * *
11335 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC-TCTGGGT
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* * * *
11398 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
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* * * *
11439 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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11504 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
11524 TCACGCACAA
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0.76 0.11 0.13
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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11303 CTGTGCGGCA
*
11313 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGGGTTTGCCGATGGT
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11417 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
11482 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
11523 CTCACGCAC
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Statistics
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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11432 CCCGGGGTTA
* * *
11442 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
11507 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
11524 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
32 14 0.30
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11407 GTGACCGAGG
*
11417 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* * *
11482 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
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*
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* *
11716 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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*
11755 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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* *
11820 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
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11885 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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**
11924 CT-CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
11988 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
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Statistics
Matches: 394, Mismatches: 15, Indels: 3
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 162 0.41
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11597 ATGGCCCGGG
* * *
11607 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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*
11639 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
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11672 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
11692 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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Found at i:11848 original size:33 final size:33
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Indices: 11779--11860 Score: 112
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11769 GCCGGGGTTG
* * * *
11779 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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*
11811 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
11844 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
11861 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
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Indices: 19860--19892 Score: 57
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19850 CGATAATGTC
19860 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
19871 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
19882 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
19893 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
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Indices: 20276--20463 Score: 184
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20266 TGGCCCGGGG
* * *
20276 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC-TCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20307 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
20340 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
20381 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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20413 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20446 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
20464 CTCACGCACA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 18, Indels: 20
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.13
32 27 0.21
33 53 0.41
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
41 21 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
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Found at i:20389 original size:105 final size:105
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Indices: 20254--20472 Score: 395
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20244 CTGTGCGGCA
*
20254 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
20318 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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20359 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
20424 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAG
*
20464 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
20473 AAGCGCCTGA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 3, Indels: 2
0.96 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
105 54 0.49
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Indices: 20548--20632 Score: 127
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20538 TGGCCCGGGG
* * *
20548 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
20580 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
20613 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
20633 TCACGCACAC
Statistics
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:20789 original size:33 final size:33
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20710 GCCGGGGTTG
* * * *
20720 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
20752 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
20785 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
20802 GCACGCACAC
Statistics
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32 14 0.32
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:20922 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20359--20936 Score: 1020
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20349 GTGACCGAGG
*
20359 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
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66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
20487 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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20526 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
20591 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
20656 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
20696 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
20760 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
20825 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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66 GACCGAGGC
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Statistics
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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28820 CGATAATGTC
28830 TCGCCGGAGCA
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*
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1 TCGCCGGAGCA
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1 TCGCCGGAGCA
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Statistics
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11 20 1.00
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TCGCCGGAGCA
Found at i:29315 original size:33 final size:33
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29242 TGGCCCGGGG
* * *
29252 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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* * * *
29317 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
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* * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:29369 original size:106 final size:106
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29220 CTGTGCGGCA
*
29230 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
29401 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
29442 CTCACGCAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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Alignment explanation
Indices: 29336--29913 Score: 1005
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
29326 GTGACCGAGG
*
29336 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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*
29401 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAG-GGCCTGATGGT
*
29466 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
29570 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA--AGGGCCTGATGG
* *
29635 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
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29675 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
29739 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGCCTGATGGTGA
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGTGA
29804 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
29841 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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66 ACCGAGGC
29914 ACGCACACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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170 62 0.16
171 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:29596 original size:33 final size:33
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Indices: 29527--29611 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
29517 TGGCCCGGGG
* * *
29527 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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*
29559 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
29612 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:29767 original size:33 final size:33
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Indices: 29698--29779 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
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* * * *
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*
29730 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
29763 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
29780 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:37832 original size:11 final size:11
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Indices: 37816--37848 Score: 57
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37806 CGATAATGTC
37816 TCGCCGGAGCA
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*
37827 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
37838 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
37849 CCACCGGAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:38294 original size:33 final size:33
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Indices: 38231--38421 Score: 197
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38221 ATGGCCCGGG
* * *
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* * * *
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* * * *
38337 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
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40 1 0.01
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:38355 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 38210--38429 Score: 404
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
38200 CTGTGCGGCA
*
38210 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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*
38380 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
65 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
38421 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
38430 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
105 18 0.16
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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Found at i:38538 original size:168 final size:168
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*
38315 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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* *
38380 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGT
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*
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*
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* *
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*
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* * *
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**
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Statistics
Matches: 393, Mismatches: 16, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:38574 original size:33 final size:33
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* * *
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*
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1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
38590 TCACGCACAC
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Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:38745 original size:33 final size:33
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Indices: 38676--38757 Score: 112
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* * * *
38676 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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*
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38741 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
38758 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:47238 original size:32 final size:32
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Indices: 47202--47389 Score: 162
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47192 TGGCCCGGGG
*
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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Matches: 126, Mismatches: 19, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 65 0.52
33 34 0.27
35 1 0.01
41 25 0.20
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:47319 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 47180--47399 Score: 404
Period size: 106 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
47170 CTGTGCGGCA
*
47180 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
47245 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCC-CCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
47286 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
47351 GACCGAGGCCACCCCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
47391 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
47400 AAGGCCTGAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 33 0.30
106 78 0.70
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:47543 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 47474--47558 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
47464 TGGCCCGGGG
* * *
47474 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
47506 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
47539 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
47559 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:47647 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 47286--47860 Score: 1011
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
47276 GTGACCGAGG
*
47286 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
47351 GACCGAGGCCACCC-CCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA--AGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
47413 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
47452 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
47517 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
47582 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
47621 CTCCCGC-CCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
47684 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGC-CACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
47748 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
47788 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
47852 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
47861 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 11, Indels: 10
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 87 0.22
167 182 0.46
168 67 0.17
169 56 0.14
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:47713 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 47644--47728 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
47634 GCCGGGGTTG
* * * *
47644 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
47676 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
47709 CCGATGGTGACCGAGGCCAC
1 CCGATGGTGACCGAGGCCAC
47729 GCACACGGGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.30
33 33 0.70
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:55718 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 55702--55734 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
55692 CGATAATGTC
55702 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
55713 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
55724 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
55735 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:56182 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 56119--56308 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
56109 TGGCCCGGGG
* * *
56119 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
56151 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
56184 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
56224 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
56256 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
56289 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
56309 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
34 4 0.03
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:56237 original size:105 final size:106
Alignment explanation
Indices: 56097--56316 Score: 406
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 106
56087 CTGTGCGGCA
*
56097 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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56162 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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56203 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
56267 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
56308 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
56317 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
105 93 0.84
106 18 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:56459 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 56390--56474 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
56380 ATGGCCCGGG
* * *
56390 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
56422 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
56455 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
56475 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:56616 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 56203--56779 Score: 998
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
56193 GTGACCGAGG
*
56203 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
56268 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTG
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*
56333 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
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66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGGT
* *
56499 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
56538 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
56603 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
56668 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
56705 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTTGCCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTG-GGTTTGCCGATGG
56770 TGACCGAGGC
64 TGACCGAGGC
56780 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 15, Indels: 9
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 107 0.28
167 81 0.21
168 73 0.19
169 128 0.33
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:56631 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 56562--56643 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
56552 GCCGGGGTTG
* * * *
56562 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
56594 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
56627 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
56644 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Done.