Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: VEPZ01007671.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00026672_pilon, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 45640 ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.27, T:0.25 Found at i:8541 original size:297 final size:300 Alignment explanation
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AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 131 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 41701 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTCGGATTA--TT-TTTTTAT 196 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCC-CTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTAT 41763 TCTATCTCG-----A--CACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 259 TCTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG * 41798 GA-TGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTTAGTGC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 41862 GGGCC-GAAG-AAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 41925 AGCAC-AA-GCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 131 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA * 41988 GGATGGG-GACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTCAT 196 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCC-CTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTAT * 42051 TCTATCTCGAATACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 259 TCTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG * 42093 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGG-TC-GGGCGGAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTT-AGTGC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 42155 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGA--GGTGCGATCATAC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTT-AATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATAC 42218 CAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGC-GTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACT 130 CAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACT 42282 AGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTCGGATTA-TTTCTTTTTATT 195 AGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATT 42346 CTATCTCGAACACACGCACACGTACGTA-T---CC-GCCTG 260 CTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG * 42382 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTTAGTGC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 42447 GGGCC-G--GAAAACG-ACGCCTTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATAC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCC-TTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATAC 42508 CAGCACTAATGCACCGGATCCCCATCAGAAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA 130 CAGCACTAATGCACCGGAT-CCCATCAG-AACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA 42573 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGT-CTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTCGGATTATTTTCTTTT 193 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCC-CTTTTTCGGATTATTTTCTTTT 42637 TATTC--TCTCGAACACACG--CACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 256 TATTCTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG * * 42678 GAGT-GGGTACTTGGGGAGAAAGGTTC--GGCGTAGAATCCGAATTTTACGACTCCCTTTAGTG- 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC * * 42739 GGGCCGTAAGAAAAACG-ACGCCTTTAAATAAATTAAGGGCGCAAGGCAAGACGGGTGCGATCAT 66 GGGCCGGAAG-AAAACGAACGCC-TT-AATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCAT 42803 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA 128 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA * 42868 CTAGGATGGGTGACCTCCTCGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTT 193 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCC-CTTTTTCGGATTATTTTCTTTTT * 42933 ATTCTATCTCGAACACAC-CACACGTACGTATTCCGCATGCCTG 257 ATTCTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 42976 GAGT-GGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAG-AT--GAATTTTGCGACT-CCTT-AGT-- 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC * * 43033 GTGCCGTAA-AAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 43097 AGCACT-ATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 131 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA * 43161 GGATGGGTGA-CTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATTC 196 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATTC 43225 TATCTCG-A-ACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 261 TATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 43263 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGT--AATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 43326 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGAC-GGTGCGATCA-ACC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 43389 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGC-GTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 131 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 43453 GGATGGGTGACCTCC-GGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTCGGATTA-TTTCTTTTTAT 196 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCC-CTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTAT 43516 TCTATCTCG-A-ACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 259 TCTATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 43556 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTT-AGTGC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC 43620 --GCC-G--G--AA-GAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 66 GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC 43677 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAA--GTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 131 AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 43740 GGAT-GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTTCGGATTA-TTTCTTTTTA 196 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AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA 45484 GGATGGGTGA-CTCCTGGGAAGTCCTCGTG-TGCACCCCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATTC 196 GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATTC 45547 TATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTG-CTG 261 TATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG 45586 GAGT-GGGTACTTGGGGAGAAAGGTTC-GGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCC 1 GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCC Statistics Matches: 43837, Mismatches: 247, Indels: 2527 0.94 0.01 0.05 Matches are distributed among these distances: 273 8 0.00 274 36 0.00 275 8 0.00 276 12 0.00 277 53 0.00 278 101 0.00 279 106 0.00 280 240 0.01 281 243 0.01 282 168 0.00 283 368 0.01 284 414 0.01 285 722 0.02 286 609 0.01 287 1065 0.02 288 1458 0.03 289 1685 0.04 290 1662 0.04 291 2444 0.06 292 3028 0.07 293 2937 0.07 294 2631 0.06 295 3396 0.08 296 3722 0.08 297 3840 0.09 298 4590 0.10 299 3484 0.08 300 2376 0.05 301 1809 0.04 302 375 0.01 303 247 0.01 ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.27, T:0.25 Consensus pattern (300 bp): GAGTGGGGTACTTGGGGAGAAAGGTTCGGGGCGTAGAATCCGAATTTTGCGACTCCCTTAAGTGC GGGCCGGAAGAAAACGAACGCCTTAATAAATTAAGGGCGCAAGGCATGACGGGTGCGATCATACC AGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTA GGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTCGGATTATTTTCTTTTTATTC TATCTCGAACACACGCACACGTACGTATTCCGCCTGCCTG Done.