Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007674.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00027602_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
4087 TGGCCCGGGG
* * *
4097 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
4129 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
4162 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA-GCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* *
4194 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * *
4233 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
4265 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
4298 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
4318 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 18, Indels: 31
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.02
31 17 0.11
32 39 0.25
33 68 0.44
34 2 0.01
35 2 0.01
36 1 0.01
38 5 0.03
39 3 0.02
40 12 0.08
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:4270 original size:136 final size:138
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4064 TCTGTGCGGC
4074 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
4139 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA-GCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
4203 TGACCGAG
131 TGACCGAG
*
4211 GCTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
*
4275 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
4340 TGACCGAG
131 TGACCGAG
4348 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
4361 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 3, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
136 90 0.62
137 56 0.38
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Consensus pattern (138 bp):
ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
TGACCGAG
Found at i:4424 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4212--4791 Score: 1011
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
4202 GTGACCGAGG
4212 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
4276 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
*
4341 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
4380 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
4445 GACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
* *
4510 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
4549 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * * *
4613 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGG
*
4678 TGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
4718 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
4783 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
4792 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 18, Indels: 4
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 113 0.29
169 223 0.57
170 55 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:4425 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 4074--4453 Score: 468
Period size: 136 Copynumber: 2.8 Consensus size: 136
4064 TCTGTGCGGC
* * * * *
4074 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATCGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGG
*
4139 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGT
65 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGT
4204 GACCGAG
130 GACCGAG
* * * * * *
4211 GCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGGT
4276 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA-GCACAAGGGGCCTGATGGT
4341 GACCGAG
130 GACCGAG
* * * *
4348 ACTCCCGCACCAA-CGCTC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCCGGGGTTGCC
1 ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATG-GTG-AC-CCAGACACC---CGCCCGGGGTTGCC
* * *
4407 GATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
60 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
4454 CACCCGCCCA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 15, Indels: 15
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
135 6 0.03
136 125 0.57
137 78 0.35
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (136 bp):
ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGTG
ACCGAG
Found at i:4471 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4402--4486 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
4392 TGGCCCGGGG
* * ** *
4402 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
4434 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
4467 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
4487 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.36
33 30 0.64
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.35, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:4576 original size:305 final size:304
Alignment explanation
Indices: 4030--4621 Score: 899
Period size: 305 Copynumber: 1.9 Consensus size: 304
4020 GGGGGTTGCC
*
4030 GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
**
4095 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
4160 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAT
131 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAT
* * * * * * *
4225 GGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC
196 AGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC
4290 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
260 GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
*
4335 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
4400 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
* *
4465 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
131 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCA-GCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
* * * *
4530 -AGCTC-GG-TACTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
195 TAGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CCAGACACC--CGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA
* * *
4589 CACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGTGACCGAGGC
255 CACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
4622 CACCCGCCTT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 20, Indels: 13
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 10 0.04
304 35 0.13
305 175 0.67
306 38 0.15
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (304 bp):
GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCAGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAT
AGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG
CCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
Found at i:4643 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4573--4654 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
4563 GCCGGGGTTG
* * * *
4573 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
4605 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
4638 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
4655 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:13067 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 13031--13250 Score: 176
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
13021 TGGCCCGGGG
* *
13031 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
13063 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * * *
13096 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGC-C-TGGGA
* * *
13129 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG--CC--T-G---GGA
* *
13168 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
13200 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
13233 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
13251 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 17, Indels: 30
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 62 0.40
33 59 0.38
34 5 0.03
35 2 0.01
36 1 0.01
38 3 0.02
40 18 0.12
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:13094 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13031--13252 Score: 195
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
13021 TGGCCCGGGG
* * *
13031 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13063 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
13096 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* *
13129 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * *
13168 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13200 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13233 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
13253 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 18, Indels: 29
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.03
32 56 0.36
33 63 0.40
34 8 0.05
35 2 0.01
36 1 0.01
38 5 0.03
39 3 0.02
40 12 0.08
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:13137 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 13068--13282 Score: 231
Period size: 65 Copynumber: 3.2 Consensus size: 65
13058 TGGGTTTGCC
*
13068 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
* * * * * *
13133 GATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TC-
1 GATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA
*
13195 TGGGTTTGCC-
58 AGGG---GCCT
13205 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
13270 GATGGTGACCGAG
1 GATGGTGACCGAG
13283 ACTCCCGCAC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 30
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
64 3 0.03
65 54 0.45
66 5 0.04
67 3 0.03
68 2 0.02
69 2 0.02
70 3 0.03
71 5 0.04
72 40 0.33
73 3 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.37, T:0.15
Consensus pattern (65 bp):
GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
Found at i:13192 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 13008--13295 Score: 551
Period size: 137 Copynumber: 2.1 Consensus size: 138
12998 TCTGTGCGGC
13008 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
13073 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
13138 TGACCGAG
131 TGACCGAG
*
13146 GCTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
*
13210 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
13275 TGACCGAG
131 TGACCGAG
13283 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
13296 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 129 0.88
138 18 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.15
Consensus pattern (138 bp):
ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
TGACCGAG
Found at i:13276 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13031--13727 Score: 1004
Period size: 169 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
13021 TGGCCCGGGG
* * * * *
13031 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGC-CTG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
* * * * * *
13093 GGACTGCC-GATGGTGACCGAGGCTCACGCA-CAAGGGGC-CTGAT-GGTGACCGAG-GCTCCCG
65 GG--GGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA--CGCTCGGATCTGTG--CG-GCACTCCCG
13153 CACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
123 CACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
*
13200 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
13264 GGGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
13329 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
**
13369 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
13434 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGG-TACTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGAT-CTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
13498 GG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
130 GGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * * *
13538 TTGTCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
13603 GGGCCTGATGGTGAACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
**
13668 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
13708 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
13728 ACGCACACGT
Statistics
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167 1 0.00
168 25 0.05
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170 159 0.33
171 5 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (170 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGATCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:13341 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 13008--13388 Score: 479
Period size: 137 Copynumber: 2.8 Consensus size: 137
12998 TCTGTGCGGC
* * * * *
13008 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATCGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGG
*
13073 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
65 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
13138 TGACCGAG
130 TGACCGAG
* * * * * *
13146 GCTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGGT
13211 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
13276 GACCGAG
131 GACCGAG
* * * *
13283 ACTCCCGCACCAA-CGCTC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCCGGGGTTGCC
1 ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATG-GTG-AC-CCAGACACC---CGCCCGGGGTTGCC
* * *
13342 GATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
60 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
13389 CACCCGCCCA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 15, Indels: 14
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.01
134 9 0.04
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137 151 0.68
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ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (137 bp):
ACTCCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCCGCCCGGGGTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
GACCGAG
Found at i:13406 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13337--13421 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
13327 TGGCCCGGGG
* * ** *
13337 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
13369 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
13402 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
13422 TCACGCACAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
Found at i:13512 original size:306 final size:305
Alignment explanation
Indices: 12964--13557 Score: 903
Period size: 306 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
12954 GGGGGTTGCC
*
12964 GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
**
13029 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
13094 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
131 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
* * * * * * *
13159 TGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACC
196 TAGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACC
13224 CGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
260 CGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
*
13270 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
13335 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
* *
13400 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCA
131 GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCA
* * * *
13465 A-AGCTC-GG-TACTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAG
195 ATAGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CCAGACACC--CGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAG
* * *
13524 ACACCCGTCTGGGTTTGTCGATGGTGACCGAGGC
255 ACACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
13558 CACCCGCCTT
Statistics
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0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
303 3 0.01
304 10 0.04
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ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (305 bp):
GATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAG
GACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
TAGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC
GCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
Found at i:13579 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13509--13590 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
13499 GCCGGGGTTG
* * * *
13509 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
* *
13541 TCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
13574 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
13591 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.31
33 29 0.69
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:26700 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 26637--26855 Score: 168
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
26627 TGGCCCGGGG
* * *
26637 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
26669 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
26702 CTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* *
26734 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * *
26773 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC-TCT-GGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
26803 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
26836 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
26856 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 17, Indels: 35
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
30 22 0.14
31 19 0.12
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35 2 0.01
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41 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:26826 original size:134 final size:138
Alignment explanation
Indices: 26617--26898 Score: 518
Period size: 134 Copynumber: 2.1 Consensus size: 138
26607 TGCGGCACTC
26617 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
26682 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
*
26746 CCGAGGCT
131 CCGAGACT
26754 CCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCT-GGTTTGCCGATGGTGA
1 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
*
26816 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
66 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
26881 CCGAGACT
131 CCGAGACT
26889 CCCGCACCAA
1 CCCGCACCAA
26899 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 2, Indels: 4
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 52 0.37
135 47 0.33
136 27 0.19
137 16 0.11
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.15
Consensus pattern (138 bp):
CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
CCGAGACT
Found at i:26968 original size:134 final size:135
Alignment explanation
Indices: 26617--26989 Score: 440
Period size: 134 Copynumber: 2.8 Consensus size: 135
26607 TGCGGCACTC
* * * *
26617 CCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGA
1 CCCGCACCAATCGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCCAGACA-CCATCCGGG-TTGCCGATGGTGA
*
26682 CCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
63 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
*
26746 CCGAGGCT
128 CCGAGACT
* * * * *
26754 CCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCTCTGGTTTGCCGATGGTGACCG
1 CCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCATCCGGGTTGCCGATGGTGACCG
26819 AGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCG
66 AGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCG
26884 AGACT
131 AGACT
* * *
26889 CCCGCACCAA-CGCTC-GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCCGGGTTGCCGATG
1 CCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATG-GTG-AC-CCAGACACC-AT---CCGGGTTGCCGATG
* * *
26948 GTGACCGA-GACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
59 GTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
26990 CACCCGCCCA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 15, Indels: 19
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
131 3 0.01
132 9 0.04
133 7 0.03
134 80 0.38
135 54 0.25
136 44 0.21
137 16 0.08
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (135 bp):
CCCGCACCAATCGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCCAGACACCATCCGGGTTGCCGATGGTGACCG
AGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCG
AGACT
Found at i:26991 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 26752--27324 Score: 940
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
26742 GTGACCGAGG
26752 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGGTTTGCCGATGGTGA
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
*
26816 CCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
66 CCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
*
26881 CCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
26918 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTG
* *
26982 ACCGAGGCCACCCGCCCAGGATTGCCGATGGTGA-CGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
65 ACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGT
* *
27046 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTG-GCGCA
129 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCG-GCA
*
27085 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGTCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGG-TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
* * * * *
27149 ACCGAGGCCACCCCCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTG
65 ACCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTG
*
27214 AACGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
*
27252 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTG
27317 ACCGAGGC
65 ACCGAGGC
27325 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 18, Indels: 18
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.01
166 66 0.17
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168 72 0.19
169 3 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGTTTGCCGATGGTGA
CCGAGGCCACCCGCCTAGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGA
CCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:27012 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26939--27021 Score: 98
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
26929 ATGGCCCGGG
* * ** *
26939 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCGTCTGGGT
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26970 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCCAGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCCAGGA
27003 TTGCCGATGGTGA-CGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
27022 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.38
32 9 0.20
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ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.36, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCCAGGA
Done.