Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007675.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00027676_pilon, whole genome shotgun sequence
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4175 CGATAATGTC
4185 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
4196 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
4207 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
4218 CCACCGGGAA
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TCGCCGGAGCA
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4590 TGGCCCGGGG
* *
4600 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCC-CTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC-CTGGGA
4632 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * * *
4665 CTGCCGATGGTGACCGAGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG---GC-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
4705 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
4737 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
4770 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
4790 TCACGCACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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Indices: 4578--4797 Score: 397
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4568 CTGTGCGGCA
*
4578 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
4643 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGA-G
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
4683 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
4748 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
4789 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
4798 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 4, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
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105 101 0.92
106 9 0.08
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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4520 CGTCGGGGTT
4530 GCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 GCCGATGGTGACCGA-GCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
4595 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCCTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
65 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAG-CACCCC-CTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCC
** *
4660 TGGGACT
127 TAAGACG
* * **
4667 GCCGATGGTGACCGAGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATG-GTG-AC-CGAGACACC-
1 GCCGATGGTGACCGAGCTCCCGCACCAA-CGCCC--GGTT-CTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCA
* * * * *
4728 --CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCT
59 ATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-G-CACCC-CCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-
4791 CA-CGCAC-AAG-CG
120 CACCGC-CTAAGACG
*
4803 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
1 GCC-GATGGTGACCGAG-CTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGC
*
4868 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-CACCCTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
64 CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCACCCCCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCA-CCGCCT
** **
4932 TGGATT
128 AAGACG
*
4938 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
1 GCCGATGGTGACCGA-GCTCCCGCAC
4964 ACGGGGGCCT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 29, Indels: 51
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
132 2 0.01
133 29 0.12
134 38 0.16
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140 9 0.04
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GCCGATGGTGACCGAGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCC
GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGCACCCCCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCGCCTAAG
ACG
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Indices: 4874--4955 Score: 107
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
4864 TGGCCCGGGG
* *
4874 TTGCCGATGGTGACCGA---CACCCTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCTGGGA
*
4903 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCTGGGA
4936 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
4956 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
29 17 0.37
32 5 0.11
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Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCTGGGA
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Indices: 4683--5254 Score: 952
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4673 GGTGACCGAG
*
4683 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * *
4748 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGCGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
4812 TGACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
4852 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACC--GACACCC-TCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
4914 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
* *
4979 TGACCGAGGCT-CC-CACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
5017 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
5081 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
*
5146 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGT---G-T
131 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
5182 CTCCCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
5246 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
5255 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 14, Indels: 18
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 21 0.05
165 106 0.28
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168 2 0.01
169 53 0.14
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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5031 GCCGGGGTTG
* * * *
5041 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
5073 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
5106 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
5123 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
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CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
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13104 CGATAATGTC
13114 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
13125 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
13136 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
13147 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
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Indices: 13535--13725 Score: 197
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13525 TGGCCCGGGG
* * *
13535 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13567 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * *
13600 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * * *
13641 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13673 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13706 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
13726 TCACGCACAG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 19
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 38 0.29
33 62 0.47
35 4 0.03
37 1 0.01
38 4 0.03
40 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.36, T:0.17
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TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
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13503 CTGTGCGGCA
*
13513 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
13578 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
13619 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
*
13684 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
13725 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
13734 AGCGGCCTGA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
106 112 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
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13609 GTGACCGAGG
*
13619 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
13684 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-GCGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
*
13748 GACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
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13852 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
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* *
13917 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
13956 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
14020 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
14085 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
14124 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
14189 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
14198 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 12, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 278 0.70
169 119 0.30
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
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CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
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GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:13878 original size:33 final size:33
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13799 TGGCCCGGGG
* * *
13809 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
13841 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
13874 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
13894 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:14049 original size:33 final size:33
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Indices: 13980--14061 Score: 112
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13970 GCCGGGGTTG
* * * *
13980 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
14012 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
14045 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
14062 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
33 30 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:22480 original size:32 final size:32
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Indices: 22443--22625 Score: 163
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22433 ATGGCCCGGG
* *
22443 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
22475 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCT-GGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
* * * * *
22506 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACC-CGCC--T-G---GGA
* * *
22545 TTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
*
22577 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
22610 TTGCCGATGGTGACCG
1 TTGCCGATGGTGACCG
22626 GGCTCACGCA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 21
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.03
31 19 0.16
32 39 0.32
33 34 0.28
34 1 0.01
35 1 0.01
36 1 0.01
38 2 0.02
39 21 0.17
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:22546 original size:102 final size:103
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Indices: 22425--22636 Score: 374
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22415 CTGTGCACTC
*
22425 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
22490 GAGGCCACCC-CCT-GGACTGCCGATGGTGACCGAGGCT
66 GAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCG-GGCT
22527 CCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
*
22592 GAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGGGCT
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22630 CACGCAC
1 C-CGCAC
22637 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 2, Indels: 4
0.95 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 74 0.70
103 8 0.08
104 23 0.22
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (103 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
GAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGGGCT
Found at i:22729 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 22527--23097 Score: 1006
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
22517 GACCGAGGCT
*
22527 CCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
* * *
22592 GAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCG-GGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTGACC
66 GAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACC
*
22656 GAGACTCCC-CACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
131 GAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
22693 CCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
1 CCGCACCAATGGCCC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGAC
22758 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
65 CGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGAC
* *
22823 CGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTC
130 CGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
22862 CCGCACCAATGG-CCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
* *
22926 GAGGCCACCC-CCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACC
66 GAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACC
22990 GAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
131 GAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
**
23028 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTGACC
1 CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
23093 GAGGC
66 GAGGC
23098 ACGCACGTGG
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 13, Indels: 7
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 115 0.30
167 197 0.51
168 38 0.10
169 38 0.10
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (168 bp):
CCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACC
GAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGTGACC
GAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTC
Found at i:22781 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 22712--22796 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
22702 TGGCCCGGGG
* * *
22712 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
22744 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
22777 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
22797 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:22961 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 22882--22962 Score: 103
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
22872 GGCCGGGTTG
* * * *
22882 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
*
22914 CCGATGGTGACCGAGGCCACCC-CCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
22946 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
22963 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 37 0.86
33 6 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:31405 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 31342--31531 Score: 197
Period size: 33 Copynumber: 5.6 Consensus size: 33
31332 ATGGCCCGGG
* * *
31342 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
31374 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * *
31407 CTGCCGATGGTGACCGAGGCTC-CCGCACCAATGGCCCGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACC-CGCC--T-G---GGA
* * * *
31447 TTACCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
31479 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
31512 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
31532 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.27
33 65 0.50
34 4 0.03
35 1 0.01
36 2 0.02
37 1 0.01
38 3 0.02
39 3 0.02
40 17 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:31445 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 31321--31539 Score: 411
Period size: 105 Copynumber: 2.1 Consensus size: 105
31311 CTGTGCGGCA
*
31321 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
31386 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
31426 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
*
31491 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
*
31531 CTCACGCAC
1 CTCCCGCAC
31540 AAGCGGCCTG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 111 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (105 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTGGGACTGCCGATGGTGACCGAGG
Found at i:31624 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 31426--31999 Score: 983
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
31416 GTGACCGAGG
*
31426 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* *
31491 ACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGCGGCCTGATGGTG
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTG
*
31556 ACCGAGACTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
131 ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
31593 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGG-TTTGCCGATGGT
*
31658 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
65 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGT
* *
31723 GACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGTACTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
*
31761 CTCCCGCACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCT-GGTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
* * *
31825 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGT
66 ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGT
31890 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
130 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTC-GTTCTGTGCGGCA
**
31929 CT-CC-CACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGTG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
31992 ACCGAGGC
66 ACCGAGGC
32000 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 16, Indels: 8
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 103 0.27
167 113 0.29
168 171 0.44
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (167 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTG
ACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTG
ACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGTTCTGTGCGGCA
Found at i:31698 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 31614--31699 Score: 122
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
31604 ATGGCCCGGG
* * *
31614 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
*
31647 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGG-A
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
31680 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
31700 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 37 0.77
34 11 0.23
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (34 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGTA
Found at i:31820 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 31782--31863 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
31772 ATGGCCGGGG
* *
31782 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTC-TGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
*
31813 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTTGGA
*
31846 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
31864 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.38
32 9 0.20
33 19 0.42
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTTGGA
Done.