Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: VEPZ01007760.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110029_pilon, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2010226
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33


File 2 of 8

Found at i:515546 original size:28 final size:28

Alignment explanation

Indices: 515515--515582 Score: 82 Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28 515505 CATTTTACAC * * 515515 AAATAACACCTTTTTAAAATAATTACCA 1 AAATAACACCATTTCAAAATAATTACCA * * 515543 AAATAACACCCATTTCGAATTAATTACCA 1 AAATAACA-CCATTTCAAAATAATTACCA * 515572 AAATAGCACCA 1 AAATAACACCA 515583 AAATCGAATT Statistics Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 2 0.83 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 28 11 0.32 29 23 0.68 ACGTcount: A:0.49, C:0.22, G:0.03, T:0.26 Consensus pattern (28 bp): AAATAACACCATTTCAAAATAATTACCA Found at i:515572 original size:29 final size:29 Alignment explanation

Indices: 515534--515668 Score: 128 Period size: 29 Copynumber: 4.7 Consensus size: 29 515524 CTTTTTAAAA * ** 515534 TAATTACCAAAATAACACCCATTTCGAAT 1 TAATTACCAAAATAACACCAAAATCGAAT * 515563 TAATTACCAAAATAGCACCAAAATCGAAT 1 TAATTACCAAAATAACACCAAAATCGAAT * * * * 515592 TATTTACCAGAATAGCATCAAAATCGAAT 1 TAATTACCAAAATAACACCAAAATCGAAT * * * * 515621 TATTTACCAGAATAGCACCAAAA-CTGATT 1 TAATTACCAAAATAACACCAAAATC-GAAT * * 515650 TATTTACCAAAATAGCACC 1 TAATTACCAAAATAACACC 515669 GGTCAACGGT Statistics Matches: 95, Mismatches: 10, Indels: 2 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 28 1 0.01 29 94 0.99 ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.07, T:0.26 Consensus pattern (29 bp): TAATTACCAAAATAACACCAAAATCGAAT Found at i:515619 original size:58 final size:58 Alignment explanation

Indices: 515557--515666 Score: 168 Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 58 515547 AACACCCATT * 515557 TCGAATTAATTACCAAAATAGCACCAAAA-TCGAATTATTTACCAGAATAGCATCAAAA 1 TCGAATTAATTACCAAAATAGCACCAAAACT-GAATTATTTACCAAAATAGCATCAAAA * * * 515615 TCGAATTATTTACCAGAATAGCACCAAAACTGATTTATTTACCAAAATAGCA 1 TCGAATTAATTACCAAAATAGCACCAAAACTGAATTATTTACCAAAATAGCA 515667 CCGGTCAACG Statistics Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 2 0.89 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 58 46 0.98 59 1 0.02 ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.09, T:0.26 Consensus pattern (58 bp): TCGAATTAATTACCAAAATAGCACCAAAACTGAATTATTTACCAAAATAGCATCAAAA Found at i:521906 original size:29 final size:29 Alignment explanation

Indices: 521873--521940 Score: 84 Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29 521863 CATTTTACAC * 521873 AAATAGCACCCTGTTTA-AAATAATTACCA 1 AAATAGCACCC-ATTTAGAAATAATTACCA * * 521902 AAATAGCACCCATTTAGAATTATTTACCA 1 AAATAGCACCCATTTAGAAATAATTACCA * 521931 GAATAGCACC 1 AAATAGCACC 521941 AAAACCTAAT Statistics Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2 0.85 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 28 4 0.12 29 30 0.88 ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.09, T:0.26 Consensus pattern (29 bp): AAATAGCACCCATTTAGAAATAATTACCA Found at i:521951 original size:29 final size:29 Alignment explanation

Indices: 521918--521993 Score: 125 Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29 521908 CACCCATTTA * 521918 GAATTATTTACCAGAATAGCACCAAAACC 1 GAATTATTTACCAAAATAGCACCAAAACC * * 521947 TAATTATTTACCAAAATTGCACCAAAACC 1 GAATTATTTACCAAAATAGCACCAAAACC 521976 GAATTATTTACCAAAATA 1 GAATTATTTACCAAAATA 521994 TCACTGGTCA Statistics Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 29 42 1.00 ACGTcount: A:0.46, C:0.21, G:0.07, T:0.26 Consensus pattern (29 bp): GAATTATTTACCAAAATAGCACCAAAACC Found at i:522038 original size:12 final size:13 Alignment explanation

Indices: 522016--522051 Score: 56 Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13 522006 GGTCAACGGT * 522016 CGGGTCGGGTCAA 1 CGGGTCAGGTCAA 522029 CGGGTC-GGTCAA 1 CGGGTCAGGTCAA 522041 CGGGTCAGGTC 1 CGGGTCAGGTC 522052 GTGACCGGTC Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 12 12 0.55 13 10 0.45 ACGTcount: A:0.14, C:0.25, G:0.44, T:0.17 Consensus pattern (13 bp): CGGGTCAGGTCAA Found at i:523769 original size:15 final size:14 Alignment explanation

Indices: 523723--523782 Score: 54 Period size: 14 Copynumber: 4.3 Consensus size: 14 523713 CTCCCTGTTT * 523723 TATTTCATTTT-TG 1 TATTTTATTTTATG 523736 TATGTTTAATTTTA-G 1 TAT-TTT-ATTTTATG 523751 TATTTTATTTTATG 1 TATTTTATTTTATG * 523765 -ATATTTATTTCATG 1 TAT-TTTATTTTATG 523779 TATT 1 TATT 523783 CCATATTTAA Statistics Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 11 0.75 0.04 0.21 Matches are distributed among these distances: 13 11 0.28 14 17 0.44 15 11 0.28 ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.08, T:0.65 Consensus pattern (14 bp): TATTTTATTTTATG Found at i:526370 original size:2 final size:2 Alignment explanation

Indices: 526363--526408 Score: 92 Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2 526353 TTGTATTACA 526363 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 526405 AT AT 1 AT AT 526409 CGATAGACAA Statistics Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 2 44 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (2 bp): AT Found at i:526478 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 526453--526492 Score: 53 Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19 526443 TAATATTTTT 526453 AAATTTTACAATTTTTATTC 1 AAATTTT-CAATTTTTATTC * * 526473 AAATTTTGAATTTTTTTTC 1 AAATTTTCAATTTTTATTC 526492 A 1 A 526493 TTACCCATAT Statistics Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1 0.86 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 19 11 0.61 20 7 0.39 ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.03, T:0.57 Consensus pattern (19 bp): AAATTTTCAATTTTTATTC Found at i:526568 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 526531--526585 Score: 67 Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17 526521 TATTTAATTT * * 526531 TTTTTAAATATTTTATCA 1 TTTTAAAATATTTT-TAA 526549 TTTTAAAATATTTTTAA 1 TTTTAAAATATTTTTAA * 526566 TTTCAAAAT-TTTTTAA 1 TTTTAAAATATTTTTAA 526582 TTTT 1 TTTT 526586 GTTTAAAAAG Statistics Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2 0.85 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 10 0.30 17 10 0.30 18 13 0.39 ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.00, T:0.62 Consensus pattern (17 bp): TTTTAAAATATTTTTAA Found at i:526580 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 526536--526584 Score: 64 Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17 526526 AATTTTTTTT * * 526536 AAATATTTTATCATTTTA 1 AAATATTTT-TAATTTCA 526554 AAATATTTTTAATTTCA 1 AAATATTTTTAATTTCA 526571 AAAT-TTTTTAATTT 1 AAATATTTTTAATTT 526585 TGTTTAAAAA Statistics Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2 0.88 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 16 10 0.34 17 10 0.34 18 9 0.31 ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.00, T:0.57 Consensus pattern (17 bp): AAATATTTTTAATTTCA Found at i:535107 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 535084--535125 Score: 59 Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18 535074 TTGACCGGTT 535084 TTGACCCGACCCT-ACCCG 1 TTGACCCGA-CCTGACCCG * 535102 TTGACCCGACTTGACCCG 1 TTGACCCGACCTGACCCG 535120 TTGACC 1 TTGACC 535126 GTTGATCGGT Statistics Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 17 2 0.09 18 20 0.91 ACGTcount: A:0.17, C:0.43, G:0.19, T:0.21 Consensus pattern (18 bp): TTGACCCGACCTGACCCG Found at i:535242 original size:25 final size:25 Alignment explanation

Indices: 535193--535269 Score: 64 Period size: 25 Copynumber: 3.0 Consensus size: 25 535183 TTGAAAAGGT * * ** 535193 TGCTATTTTTGTATTTTTTTTAAAA 1 TGCTATTTTAGTAATTTTTGAAAAA * 535218 TGCTATTTTCGTAATTTTTGAAAAAA 1 TGCTATTTTAGTAATTTTTG-AAAAA ** 535244 TGAAATTTTAGTAAATATTTTGAAAA 1 TGCTATTTTAGT-AAT-TTTTGAAAA 535270 TGGTTCTATA Statistics Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 4 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 25 17 0.40 26 13 0.31 27 7 0.17 28 5 0.12 ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.10, T:0.51 Consensus pattern (25 bp): TGCTATTTTAGTAATTTTTGAAAAA Found at i:535316 original size:29 final size:30 Alignment explanation

Indices: 535260--535317 Score: 73 Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30 535250 TTTAGTAAAT * ** 535260 ATTTTGAAAATGGTTCTATATTGGTAATTA 1 ATTTTGAAAATGGTGCTATATTCATAATTA * 535290 ATTTT-AAAATGGTGCTATTTTCATAATT 1 ATTTTGAAAATGGTGCTATATTCATAATT 535318 TTGAAAAAAA Statistics Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1 0.83 0.14 0.03 Matches are distributed among these distances: 29 19 0.79 30 5 0.21 ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.14, T:0.48 Consensus pattern (30 bp): ATTTTGAAAATGGTGCTATATTCATAATTA Found at i:540480 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 540442--540554 Score: 203 Period size: 31 Copynumber: 3.7 Consensus size: 31 540432 ATCATTATGT 540442 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 1 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 540473 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 1 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 540504 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 1 AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC 540535 AATTTTG-GAAAAGTT-GTGGA 1 AATTTTGTG-AAAGTTGGTGGA 540555 TTGTTGTGTA Statistics Matches: 81, Mismatches: 0, Indels: 3 0.96 0.00 0.04 Matches are distributed among these distances: 30 6 0.07 31 75 0.93 ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.27, T:0.33 Consensus pattern (31 bp): AATTTTGTGAAAGTTGGTGGACCTAATCGAC Found at i:541907 original size:16 final size:16 Alignment explanation

Indices: 541886--541917 Score: 55 Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16 541876 GTTTATCATG * 541886 AACATGTATGATATTT 1 AACATGAATGATATTT 541902 AACATGAATGATATTT 1 AACATGAATGATATTT 541918 CCGGTGTGAA Statistics Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 16 15 1.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.12, T:0.41 Consensus pattern (16 bp): AACATGAATGATATTT Found at i:542193 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 542063--542260 Score: 252 Period size: 39 Copynumber: 5.0 Consensus size: 39 542053 TCGATTAATT * * ** 542063 ACTTTGGTGCATATAGTGGACACGACCTTATGCCTAATGC 1 ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGTAA-GC * * 542103 ACTTTGGTGCATATGGTGTGCATGACCTTATGTGTAAAGC 1 ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGT-AAGC * 542143 ACTTTGGTGCATATGGTGGGTACGACCTTATGTGTAAGC 1 ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGTAAGC * * * * 542182 ACTTCGGTGCATATGGTTGGTATGACCTTATGTGTAAGC 1 ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGTAAGC * * * 542221 ACTTCGGTGCATATGGTTGGCACAACCTTATGTGTAAGC 1 ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGTAAGC 542260 A 1 A 542261 ATACAGTCCA Statistics Matches: 142, Mismatches: 15, Indels: 3 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 39 77 0.54 40 63 0.44 41 2 0.01 ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.27, T:0.33 Consensus pattern (39 bp): ACTTTGGTGCATATGGTGGGCACGACCTTATGTGTAAGC Found at i:543810 original size:23 final size:23 Alignment explanation

Indices: 543766--543811 Score: 56 Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23 543756 CTCGAATATG ** * 543766 GGGACTGACGGTTCGGGTAAAAC 1 GGGACTGACGGTTCAAGAAAAAC * 543789 GGGACTGTCGGTTCAAGAAAAAC 1 GGGACTGACGGTTCAAGAAAAAC 543812 AACTTGGTTC Statistics Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0 0.83 0.17 0.00 Matches are distributed among these distances: 23 19 1.00 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.35, T:0.17 Consensus pattern (23 bp): GGGACTGACGGTTCAAGAAAAAC Found at i:547556 original size:4 final size:4 Alignment explanation

Indices: 547549--547589 Score: 73 Period size: 4 Copynumber: 10.2 Consensus size: 4 547539 TGCACACGAG * 547549 GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAGA GAAA G 1 GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA GAAA G 547590 CGACCGCGTA Statistics Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 4 35 1.00 ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.29, T:0.00 Consensus pattern (4 bp): GAAA Found at i:552273 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 552244--552292 Score: 80 Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20 552234 GCAAGAGTAG * 552244 TATCGGTACTGGGTGACCAA 1 TATCGATACTGGGTGACCAA * 552264 TATCGATACTGGGTGACCAG 1 TATCGATACTGGGTGACCAA 552284 TATCGATAC 1 TATCGATAC 552293 CAAGTGCACA Statistics Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0 0.93 0.07 0.00 Matches are distributed among these distances: 20 27 1.00 ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.27, T:0.27 Consensus pattern (20 bp): TATCGATACTGGGTGACCAA Found at i:559714 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 559689--559741 Score: 70 Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19 559679 TAATTCAATC * 559689 AGTATCGATACCAAAGGGGG 1 AGTATCGATACCAAA-GGGA * 559709 AGTATCGATACTAAAGGGA 1 AGTATCGATACCAAAGGGA 559728 AGGTATCGATACCA 1 A-GTATCGATACCA 559742 TTCAGATCAG Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2 0.85 0.09 0.06 Matches are distributed among these distances: 19 4 0.14 20 25 0.86 ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.28, T:0.19 Consensus pattern (19 bp): AGTATCGATACCAAAGGGA Found at i:559808 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 559781--559834 Score: 76 Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22 559771 TACCATGGCA * 559781 TAGTATCGGTACCATAGTATGG 1 TAGTATCGATACCATAGTATGG * 559803 TAGTATCGATACCATGGTATGG 1 TAGTATCGATACCATAGTATGG 559825 --GTATCGATAC 1 TAGTATCGATAC 559835 TGAGGAGCCA Statistics Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2 0.88 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 20 10 0.33 22 20 0.67 ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.26, T:0.31 Consensus pattern (22 bp): TAGTATCGATACCATAGTATGG Found at i:560308 original size:45 final size:45 Alignment explanation

Indices: 560244--560743 Score: 705 Period size: 45 Copynumber: 11.1 Consensus size: 45 560234 AATAAATCAT 560244 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA 560289 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA ** 560334 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCTGA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA * 560379 AATAATAATTCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA ** * * * 560424 AATAATAATGCATATACGTGCATTATCGACATGAAA-GAGTGTCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGA-TGCCAA * * * 560469 AATAATAATGCATCTGGTTGCAATATAGGCATGAAAGGATGCCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA * * 560514 AATAATAATGCATATAGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCGA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA * * * 560559 AATAATAATTCATATGGGTGCATTATAGGTATGAAAGGAAGCCAAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCC-AA * * * * 560605 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATCGGCAAGAAAAGATGCCGA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA ** * * * * 560650 AATAATAATTTATCTGGTTGCATTATAGGCATTAAGGGATGCCAA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA * * * 560695 AATAATAATGCATATGGGTGCATAATCGGCATGAAATGATGCCATA 1 AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCA-A 560741 AAT 1 AAT 560744 GAAATTAACA Statistics Matches: 396, Mismatches: 55, Indels: 7 0.86 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 44 2 0.01 45 350 0.88 46 44 0.11 ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.23, T:0.26 Consensus pattern (45 bp): AATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATGCCAA Found at i:564463 original size:45 final size:45 Alignment explanation

Indices: 564414--564644 Score: 354 Period size: 45 Copynumber: 5.1 Consensus size: 45 564404 TTAAAATGTA * 564414 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAATGATG 1 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG ** * 564459 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAATATA 1 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG * * 564504 CCAAAATAATAATGAACATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG 1 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG * * 564549 CCAAAATAATAATGCAAATGGGTGCATTATAGGTATGAAAGGATG 1 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG * ** 564594 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATAATCTGCATGAAAGGATG 1 CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG * 564639 CAAAAA 1 CCAAAA 564645 ATGAAATTAA Statistics Matches: 169, Mismatches: 17, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 45 169 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.22, T:0.24 Consensus pattern (45 bp): CCAAAATAATAATGCATATGGGTGCATTATAGGCATGAAAGGATG Found at i:569336 original size:43 final size:44 Alignment explanation

Indices: 569233--569373 Score: 187 Period size: 44 Copynumber: 3.2 Consensus size: 44 569223 TATAAAATTT * 569233 CTTACCATTTATCCCATAAGCTCATAAGCTTATTTTACCAATATA 1 CTTACCATTTAT-CCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTACCAATATA * *** 569278 TTTGTGA-TTATTCCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTA-CAATATA 1 CTTACCATTTA-TCCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTACCAATATA * 569321 CTTACCATTTATCCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTACCAATACA 1 CTTACCATTTATCCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTACCAATATA * 569365 CTTGCCATT 1 CTTACCATT 569374 ATTGCATAAC Statistics Matches: 82, Mismatches: 11, Indels: 7 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 43 35 0.43 44 43 0.52 45 4 0.05 ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (44 bp): CTTACCATTTATCCATAAGCTCGTAAGCTTATTTTACCAATATA Found at i:569560 original size:57 final size:56 Alignment explanation

Indices: 569462--569568 Score: 151 Period size: 57 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56 569452 CCGTAGTGCT ** * ** 569462 AATCCGTATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATCTGTACTAGGTATCCTTAAGTAC 1 AATCCGTATGACACATAAGGTCGTACCCACCATATACACTAGGTATCCTTAAGTAC * 569518 AATCTCGTATGGCACATAAGGTCGTACCCACCATATACACTAGGTATCCTT 1 AATC-CGTATGACACATAAGGTCGTACCCACCATATACACTAGGTATCCTT 569569 TAGTGAATTC Statistics Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 1 0.86 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 56 4 0.09 57 40 0.91 ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.17, T:0.28 Consensus pattern (56 bp): AATCCGTATGACACATAAGGTCGTACCCACCATATACACTAGGTATCCTTAAGTAC Found at i:585444 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 585424--585463 Score: 55 Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17 585414 TTTTCATTGC 585424 TTTTAT-TTTTCTAATTA 1 TTTTATGTTTTCTAA-TA * 585441 TTTTATGTTTTTTAATA 1 TTTTATGTTTTCTAATA 585458 TTTTAT 1 TTTTAT 585464 CATTTGATAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 17 14 0.67 18 7 0.33 ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.03, T:0.72 Consensus pattern (17 bp): TTTTATGTTTTCTAATA Found at i:586210 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 586160--586265 Score: 158 Period size: 39 Copynumber: 2.7 Consensus size: 39 586150 AGATGGGCAT * * 586160 GCAGTAGGGACTTACCCTAAGCACAAAGCCGAGGAACCC 1 GCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACCC ** ** 586199 GTGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACTT 1 GCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACCC 586238 GCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAG 1 GCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAG 586266 AAGAGGAGCT Statistics Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 39 59 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.26, G:0.26, T:0.14 Consensus pattern (39 bp): GCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACCC Found at i:586272 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 586083--586278 Score: 146 Period size: 39 Copynumber: 5.0 Consensus size: 39 586073 CGTGTAAACC * * * * 586083 CAGTAAGGGCTTACCTTGTGCACAAAGCAA-AGGATCCTT- 1 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAG-AAGAGGA-ACTTG * * * * * * * 586122 CAGTAAGGTCTTATCTTGTGCACAAAGTAGATGG-GCATG 1 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGA-GGAACTTG * * ** ** 586161 CAGTAGGGACTTACCCTAAGCACAAAGCCGAGGAACCCG 1 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGAGGAACTTG ** ** 586200 TGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACTTG 1 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGAGGAACTTG * 586239 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGAGGAGCTTG 1 CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGAGGAACTTG 586278 C 1 C 586279 GGAAAAAGGT Statistics Matches: 126, Mismatches: 27, Indels: 8 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 38 5 0.04 39 119 0.94 40 2 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.27, T:0.19 Consensus pattern (39 bp): CAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGAAGAGGAACTTG Found at i:592921 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 592877--593052 Score: 185 Period size: 39 Copynumber: 4.5 Consensus size: 39 592867 TACCCTATGT * * * * * 592877 ACAAAGCATAGGAGCTTGCGGTAAGGTCTTATCCTGTA-C 1 ACAAAGCAGAGGAGCCTGCAGTAAGGACTTACCCTG-AGC * 592916 ACAAAGCAGAGGATCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGC 1 ACAAAGCAGAGGAGCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGC * *** 592955 ACAAAGTC-GAGGAACCTATGGTAAGGACTTACCCTGAGC 1 ACAAAG-CAGAGGAGCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGC * * * * 592994 ACAAAGCCGAGGAACCTACGGTAAGGACTTACCCTGAGC 1 ACAAAGCAGAGGAGCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGC * 593033 ACAAAGCCGAGGAGCCTGCA 1 ACAAAGCAGAGGAGCCTGCA 593053 TAAAGTGGTA Statistics Matches: 120, Mismatches: 14, Indels: 6 0.86 0.10 0.04 Matches are distributed among these distances: 38 2 0.02 39 117 0.98 40 1 0.01 ACGTcount: A:0.32, C:0.25, G:0.26, T:0.16 Consensus pattern (39 bp): ACAAAGCAGAGGAGCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGC Found at i:592959 original size:78 final size:77 Alignment explanation

Indices: 592895--593045 Score: 205 Period size: 78 Copynumber: 1.9 Consensus size: 77 592885 TAGGAGCTTG * * * * 592895 CGGTAAGGTCTTATCCTGTA-CACAAAGCAGAGGATCCTGCAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAA 1 CGGTAAGGACTTACCCTG-AGCACAAAGCAGAGGAACCTACAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAA 592959 AGTCGAGGAACCTA 65 AG-CGAGGAACCTA * * * 592973 TGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCCGAGGAACCTACGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAA 1 CGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCAGAGGAACCTACAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAA 593038 GCCGAGGA 66 G-CGAGGA 593046 GCCTGCATAA Statistics Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 2 0.86 0.11 0.03 Matches are distributed among these distances: 77 1 0.02 78 63 0.98 ACGTcount: A:0.32, C:0.25, G:0.26, T:0.17 Consensus pattern (77 bp): CGGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAAGCAGAGGAACCTACAGTAAGGACTTACCCTGAGCACAAA GCGAGGAACCTA Found at i:599084 original size:77 final size:76 Alignment explanation

Indices: 598992--599144 Score: 186 Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76 598982 TCTTGAAGAA * * 598992 TCACATCATTATGAAAATGTTG-GAGCATTTTGAAGGCCCATTTCAGAC-AGAAATGACCCA-TG 1 TCACATCAGTATG-AAAT-TTGAGA-CATTTTGAAGGCCCATTTCAAACAAG-AATGACCCAGTG 599054 GGGCATTTTGAAAGG 62 GGGCATTTTGAAAGG * * * * 599069 TCACATTAGTATGAAATTTGAGATATTTTGAAGGCCCATTTCAAATAAGAATGATCCATGTGGGG 1 TCACATCAGTATGAAATTTGAGACATTTTGAAGGCCCATTTCAAACAAGAATGACCCA-GTGGGG 599134 CATTTTGAAAG 65 CATTTTGAAAG 599145 CTTATTTTGA Statistics Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 8 0.82 0.08 0.10 Matches are distributed among these distances: 75 31 0.47 76 8 0.12 77 27 0.41 ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.22, T:0.30 Consensus pattern (76 bp): TCACATCAGTATGAAATTTGAGACATTTTGAAGGCCCATTTCAAACAAGAATGACCCAGTGGGGC ATTTTGAAAGG Found at i:600115 original size:89 final size:88 Alignment explanation

Indices: 599897--600099 Score: 284 Period size: 89 Copynumber: 2.3 Consensus size: 88 599887 GAAAAGGGAG * * * 599897 CCAACCTAAAGATATGCCTTGGGGCCTATGGGCCTACCCAAGGGTATTCTTAGATCCGTAGGGTT 1 CCAACCTAAGGATATGCCTTGGGGCCTATGGGCCTACCCAAGGGTATCCTTAGATCCATAGGGTT 599962 ACCCTAAGTACACAATAAAGAGAA 66 ACCCTAAG-ACACAATAAAGAGAA * * 599986 CCGACCTAAGGATATGCCTTGGGGCCTATGGGCCTACCCAAGGGTATCCTTATATCCATAGGGTT 1 CCAACCTAAGGATATGCCTTGGGGCCTATGGGCCTACCCAAGGGTATCCTTAGATCCATAGGGTT * 600051 ACCCTAA-ACACATTGCAAATG-GAA 66 ACCCTAAGACACAAT--AAA-GAGAA * * 600075 CCAACATAAGGATATACCTTGGGGC 1 CCAACCTAAGGATATGCCTTGGGGC 600100 TTAAGAGCCT Statistics Matches: 102, Mismatches: 9, Indels: 6 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 87 6 0.06 89 95 0.93 90 1 0.01 ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.23, T:0.23 Consensus pattern (88 bp): CCAACCTAAGGATATGCCTTGGGGCCTATGGGCCTACCCAAGGGTATCCTTAGATCCATAGGGTT ACCCTAAGACACAATAAAGAGAA Found at i:605417 original size:261 final size:261 Alignment explanation

Indices: 604747--607890 Score: 4265 Period size: 261 Copynumber: 12.1 Consensus size: 261 604737 TCCCGAATTT * * * * 604747 GTAAGCCCTTCGGCCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA * * ** * 604812 AGCCTTTCGAGCAATATGATAAGACC-TCTGGGCCATCCATAAGACCA-TC-GGGCAGGATGTTT 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGGCCATCCATAAGA-CATTCAGTGTTGGATGCTT * * * 604874 TCAAATGAGATATTATAAACTAAGCCTTTC-AGTGGTTTCCTAAATATCTCAAAAGAGTTGTTAA 129 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * * * 604938 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTACCTTGACAACTAAGAAATTAAGCTTTC-ACGATTTCTTG 193 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG 605002 ATTC 258 ATTC * * * ** * 605006 GTAAGTCCTTCGGGCAATCTGTAAGCCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAAGTCATCTATA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA * * * * * * * * 605071 AGCTTTTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGTCCATCTATAACACCTTCAATGATGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * * * 605136 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCAAATTATCTCAATAGAGTTGTTAAAGA 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * 605201 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATT 196 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT 605266 C 261 C * * * * 605267 GTAAGTCCTTTGGACCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATATTTAAATCCTTCGGGTCATTTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA ** * 605332 AGCCTTTTTAGCAAGATGATAAGACTTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * * 605397 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGAGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAATTGTTAAAG 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * * * 605461 GAAGCTAACCCTAACAAAGGGGTTCCTTTAAAACTAAAAAACTAAGATTTCGAGGGTTTTTTGAT 195 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT 605526 TC 260 TC ** * * ** 605528 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTTAAGCATGATGCTTAAATCATTCATGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA * * * * * **** 605593 AGCCTTTTGAGCAAGATAATAAGTCCTTCGGGCCATCCAAAAGACCTTCAGTACAAGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * 605658 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAGGAGTTGTTAAAGG 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * 605723 AAGCTAAGCCTAACAAA-GGG-TCTCTTCGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGATTTTTGA 196 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC-CTT-GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA 605786 TTC 259 TTC * * 605789 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATATGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA ** * * 605854 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAACCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGTTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * * * 605919 AAATGAGATTTTAGAAACTAATCCTTT-AATTGGTTTCCAAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAA 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA-GGGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAA * * * * ** * 605983 GGAAGATAAGCCTAACAAAGGGATTTCTTGATAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTGA 194 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA 606048 TTC 259 TTC ** * ** * 606051 GTAAGTCCTTTGGGCCATCAATAAGTCTTTTGAGCATGATACTTAAATCCTTCATGTTATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA * * * * * * 606116 AGCCTTTTGAGCAAGTTGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTAGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * * 606181 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTAAAAAGAGTTGTTAAAGG 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * * * 606246 AAGCTAAGCATAACAAAGGGGTTCCATGATAACAAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATT 196 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT 606311 C 261 C * * * * * 606312 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAGGTCTTTCGAGAAAGATAAC-TAAATCTTTCAGGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGT * 606376 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-------CATG---T 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT * * 606431 ----TG-GA---T---AACTAAACCTTTC-AGGGGTTCTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 130 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTC-CTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * * * 606484 GGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTTCTTGACAACTAAGAAAATAAGCTTTCAAGAGTTTTTTGA 194 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA 606549 TTC 259 TTC * 606552 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA * * 606617 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTTAGTCTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC * * * * * * 606682 AAATGAGAATCTAGAAGCTAATCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 131 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * 606747 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Indices: 604747--712182 Score: 100860 Period size: 783 Copynumber: 139.4 Consensus size: 779 604737 TCCCGAATTT * * * * * 604747 GTAAGCCCTTCGGCCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * 604812 AGCCTTTCGAGCAATATGATAAGACC-TCTGGGCCATCCATAAGACCA-TCGGGCAGGATGTTTT 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGGCCATCCATAAGA-CATTCGTGCA-GATGTTTT * * * 604875 CAAATGAGATATTATAAACTAAGCCTTTCAGTGGTTTCCTAAATATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * * 604940 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTACCTTGACAACTAAGAAATTAAGCTTTC-ACGATTTCTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * ** * 605004 TCGTAAGTCCTTCGGGCAATCTGTAAGCCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAAGTCATCTA 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * * * * * 605069 TAAGCTTTTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGTCCATCTATAACACCTTCAATGATGGATGCTT 322 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AG-CCTAAGA-AATGAGTTCCTTGACAA-CTATTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTCTTG--A-TT 282 AGTCTTTCGAGCATGA--TACTT-A-AATCT-TTCGGGTCATC-TGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT * * ** * * * * ** * 610539 CATAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA-GCATT--AT-ATTT-AAAT-CCA--TCAGG 341 GATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATG--TTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTA-G * * * * * 610596 TCATCTGTAAGCCTTTC-GAG----CAAGATGA--T---AAGACCTTCGGGCCATCTATAA-GAA 403 -AAAC--TAAGCCTTTCAGGGTTTCCAA-ATTATCTCAAAAGA-GTT---G---T-TA-AAGGAA ** * ** *** * ** ** * ** * * * * 610650 ATTTAGTGT-TGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTA 455 GCTAAGCCTAACAAAGGGTTC-CTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTT-TT--TGA ** ** * * * * * * ** 610714 TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGTATTCCTTGA-CAACTAAGAAAC-T 515 T-TC-GTA-AGTCCTT--TGG--GC-CA-TCT-GT-AA-GTCTTTC-TGAGC-A-T--GATTCTT * * ** * * * ** * * ** *** 610777 -AAGCTTTCAAGGT-ATTCCATAAGAC-ATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--A 563 AAATCCTTC-AGGTCA-TCTGTAAGCCTTTTGAGCA--AGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCA ** * * * * ** * * * * 610837 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G-CCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGG-G--CCAT-CCATAAGACATTCAGTG-C---TGG * * *** * * * * ** * ** * * 613218 AAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATTCATGAGACCTTCGGT-GTTGGATGCTT 641 ATG-CTTTCAAATGAGAT-TTTAGAAACT-AAGCCTTTCA--AGAGTTTC-CTAATT--AT-C-- * * * ** * 613282 TCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATATCAAAAGAGTTGTTAAA 695 TCAAAAGAGTTGTT--AAAGGAAG-C--T-A--AG---CC----TA-A-C--AA-AG--G----- * * ** * * * 613347 GAAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTCCATGATAATTATTAAACTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGA 733 G---G-T--TCCT-TGAAA---AC-------TAA--A--AAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA 613412 TTC 777 TTC * * * 613415 GTAAGTTCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCTGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 613480 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACA-TTCGTG-CAGATGTTTTC * * * * 613545 AAATGATATTTTAGAAGCTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTATCTC-AAAGAGTTGTTAAAGG 129 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651813 GTAAGTCCTTTGGGCCATC--T-AGTCTTT----CATGATACTTAAATCTTTCGGGTC-TCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA ** * 651870 A-CCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAT-C-TAAGACATTCAGTGTTGGATG-CTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * 651931 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * 651996 AAGCTAAGCCTAACAAAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAATCGAAACTTTCAAGGGTTTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * 652061 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAAGTCTTTGGAACATGATACTTAAATC-TT-GGGTTATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * * 652124 AAACCTTTCGAGCAAGATGATAAG---TT-TGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * 652185 TAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAAA-TATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 388 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AAGCTAAGCCTAACAAAACGGTTCCTTGACAACTAAGAATCGAAACTTTCAAGGGATTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * ** * 655136 CGTAAGTTCTTCGGGTTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * * * 655201 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAA-ATCTTTCGGGCCATCTATAATAC-TGTCAGTGTTGGATGCT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGACAT-TCAATGTTGGATGCT * * * 655264 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTCAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 386 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * 655329 AGGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAATCTTTCAAGGATTTTTT 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTT * * * * * 655393 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC-TT-TGAGAATAATACTTAAAAT-GTTCCGGT- 513 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTT-AAATCCTTCAGGTC * * * * 655454 -TCTGTAAACCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGTCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGA 577 ATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGA * * * 655518 TGCTTT-AAATTAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTG 642 TGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTG * * * * * * 655582 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAATGGGTTCTTTGAAAACTAAGAAACTTAGATTTGAAGGGTTT 707 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTT 655647 TTTGATTC 772 TTTGATTC * * 655655 GTAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * * 655720 AGCCTTTCGAGGAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGAAGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * 655785 AAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGATTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * 655850 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAACGAAGCTTTCAATGGTTTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * * 655915 CGTAAGTACTTTGGGCAATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATGTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * 655980 AAGCCTTTCGAGC--------AAGA---T---G------ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * 656025 CAAATGACATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGATTTGTTAAAG 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * 656090 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGATCCTTGACAACTAAGAAACGAAACTTTTAAGGG--TTTT--T 452 GAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * 656151 TCGTAAATCCTTTGGGCCATTTGTAAGTCTTT-TGAGCATGATACTTAAAT-CTTTAGAGTCATC 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-GTCATC * * ** 656214 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACATTCAGTATTGGATGC 580 TGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGC * * * 656279 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA 645 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TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGT 657165 TTTTTGATTC 770 TTTTTGATTC 657175 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC--G-A-GATACTTAAAT-CTTC-GGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA ** * 657234 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAG--ATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC 657297 AAAT--GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTT-CTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGA 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGA * 657359 AGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAA--AAACTTTCAAGGG-TTTTTGATTC 194 AGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * 657420 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGTG-ATGATACTTAAATCCTTC-GGT--TCTGTA 259 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA * 657481 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGAC-TTCAGTGTTGGATGCTTTC 324 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTC * 657545 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* * ** 662482 GTAAGTCCTTTGGGCTATCTGAAAGTCTTTCGACCATGATACTTAAATCCTTTGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * ** * 662547 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAATCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * 662612 AAATGATG-TTTTAGAAACTAAGCCGTTCAGGGTTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 129 AAATGA-GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGG-TTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * 662676 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * ** * * 662741 TCATAAACCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * * * 662806 TAAGCATTTCAAGCAACATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCTT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * * * 662871 TCAAAAGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGATTTGTTAAA 387 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* 669011 CGTAAGTCTTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCAGGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * * * ** * 669076 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGGCCTTCGGGTCAACGATCCGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * 669141 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 669206 GAAGCTAAGCCTAACAAAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT 452 GAAGCTAAGCCTAAC-AAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * ** * * * 669271 TCATAAACCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCT 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATCT * ** * * 669335 GTAAGCATTTCAAGCAACATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCT 581 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCT * * * * 669400 TTCAAAAGCGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAACAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 646 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GCCTA-AC-AAAGGGTTCC-TT--GACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCG * ** * * * ** * * 672360 TAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTC-GAGCATTA-TGATAAGA-CCTTCGGGCCATC-GA 519 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAA-ATCCTTCAGGTCATCTG- * ** * *** * ** *** ** * * 672421 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTTG--AAAC-TAAGCCTTTCAGTGGTTT 582 TAAG-CCTTTTGAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGT-G--- * ** * * * * ** * * 672483 CCT-AATTATCTCAAAAGAGTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTAT-TTGAA--A-C 637 -CTGGATGCTTTCAAATGAG-ATTT-TA-GAAACTAAGCCTTTC-AAGAGTT-TCCT-AATTATC * * **** ***** *** ** **** 672543 -CAAGAA-ACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTTATTTGTAAA-----TCCTTTG--GGC--AATCTG 695 TCAA-AAGAGT-TG--TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCC-TTGAAAACTAAAAAAC ** * 672597 TAAGTCTTTCGAA------CATGATACC 755 TAAG-CTTTC-AAGGGTTTTTTGAT-TC * * * * * * * * 672619 TTAAATCC-TTCGGTCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGT-C--CA--TCA---G- 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGT * * * * 672672 --G-C---C-ATC---A--ATAAGACATT-----CA---GT--G----T--TG--GATGCTTTCA 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCAGATGTTTTCA * *** 672707 AATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAA 130 AATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAA * * * * * 672772 GCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCTTTGGA-AACTAAGAAACTTAGATTTGAAGGGTTTTTTGATTC 195 GCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT-GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * * * ** 672836 GTAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGGAAGATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATCCA 259 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAA-ATCTTTCGGGTCATCTG * * * *** * ** *** ** * * * * 672898 TAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTTT 322 TAAGCCTTTCGA-GCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA---ATGT ** ** * * * ** * ** * * 672960 TCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA-CAACT 378 T-GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AGGGTTTCC-AAATTATCT * * * **** ** * * * * * * 673023 AAGAAATGAAGCT-TTCAAGGGTTTTTTG-AT-TCGTAA--GTTCTTTGGGCCATCT-----A-T 435 CA-AAA-G-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC-AAAGGGTTCCTT--GACAACTAAGAAACT * ** * * * * * * * 673077 AAGTCTTTC--GAG---CATGATACTTAAAT-CTTTCCGGTCATCTGTAAGCCTTT-TGAGCAAG 494 AAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT-GGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATG ** * * ** * * *** * *** ** *** 673135 A-TAATAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAG-ATATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGT-GAATT 557 ATTCTTAA-ATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCT-TTT-GAGCAAGATGATAAGACCT-TCG-GGC * *** * * * * *** ** * * * 673196 TAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTTCTAATTACCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCAT 617 CATCCA-TAAGACATTCAGTGCTGGATGCTT---TCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCT * * * * * * * * * * **** ** * * 673260 AATAAAGGGGTTCCTTGA-CAACTAAGAAACGAAGCT-TTCAAGGGTTTTTTG-AT-TCATAA-- 674 -TTCAAGAGTTTCC-TAATTATCTCA-AAA-G-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACA-AAGG ** **** * ** * 673319 -G-TCCTTTG--GGC--AACCTGTAAGCCTTTC--GAG---AATGATAC 733 GGTTCC-TTGAAAACTAAAAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * ** * * * 673357 TTAAAT-CTTCCGGGTTATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGA-CCTTC--G------ 1 GTAAGTCCTT-TGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAA-ATCCTTCAGGTCATCT * * * 673410 G---GCC-ATC---C------AT-A-A------GG-CAT---T----CAGT-GTTG--GATGCTT 63 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCG-TGCAGATGTTT * * * * * * 673443 TCGAATGACATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGAGTTTTCTAATTATCTCAAACGAGATGTTAAAG 127 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * 673508 GAAGCTAAGACTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGGTTTCAAGGGTTTTTAGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * * 673573 TCATAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATACTTAATTCCTTCGGGTCATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * 673638 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGTTGCAT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * 673703 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-CAGGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * ** * 673768 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAACTAAGAGTTGAAGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * 673833 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GGGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTTATC 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * * 673897 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGC 580 TGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGC * * * 673962 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA 645 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * * * * 674027 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAA--GG----TTGACAACT-AAGAATTGAAACTTTCAAGGGTTTTT 710 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTT 674085 TGATTC 774 TGATTC * * 674091 GTAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 674156 AGCCTTTCGAGGAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCATTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * * 674221 AAATGTGATTTTAGAAACTAATCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCACAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * 674286 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAA-TGTTTTTTGAT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * * * 674349 TCATAAGTACTTTGGGCAATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATGTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * 674414 TAAGCCTTTCGAGC--------AAGA---T---G------ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * 674459 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTAT-TCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * 674523 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * * * * * 674588 TTCATAAGTCCTTTGGGCAACCTGTAAGCCTTTC-GAGAATGATACTTAAAT-CTTCCGGGTTAT 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTT-CAGGTCAT * * * * * 674651 CTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGTCATCCATAAGGCATTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * * * 674716 CTTTCGAATGACG-TTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTTTCTAATTATCTCAAACGAGATGT 644 CTTTCAAATGA-GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * * 674779 TAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACT-AAAAACTAA--TTTCAAGGG-TTT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTT 674840 TTGATTC 773 TTGATTC * * * 674847 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCA-GATACTTAATTCATTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA ** * ** 674911 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGTTGCATTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * 674976 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-AGAGTTT-CTAATTATCTC-AAA-AGTTGTTAAAGGA 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGA * 675037 AGCTAAGCCTAACAAA-GGGTT-CTTGA-AACTAAGAAAC---G-TTTGAAGGGTTTTTTGATTC 194 AGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * 675095 GTAAGTCCTTTGGG-CATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 259 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA * * 675159 AGCCTTTCGAGGAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 324 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTC * * * * * 675224 AAATGAGGTTTTAAAAACTATGCCTTTCAGAGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 389 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * 675289 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAATGTTTTTTTGAT 453 AAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * * * * 675353 TCATAAGTACTTTGGGCAATATGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATGT 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATCT * * 675417 GTAAGCC-TTT---C--GA-G-CAAGA---T---G------ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCT 581 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCT * 675462 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTAT-TCAAAAGAGTTGTTAA 646 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * * 675526 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACGAAACTTTCAAGGG--TTTT- 711 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG 675588 -TTC 776 ATTC * 675591 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAAT-CTTTAGCGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAG-GTCATCTGT * * * ** * 675655 AAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCGGGACATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTT * 675720 CAAATGAGACTTTAGAAACTAAGCCTTT-AGGGTTT--TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA-G 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG ** * 675781 --G--AAGCCTAACAAAGTTGTTCCTTGACAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT ** * * * * 675842 ATTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCGTGATACTTAAATCCTCCTGGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * 675907 AAG-CTATTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAGA-GTTGGATGCT 323 AAGCCT-TTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA-ATGTTGGATGCT * * 675970 TTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 386 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * * 676035 AGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAA-AAAATGAAACTTTCAAGGGTTTATT 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTT * * * * 676099 GATTTGTAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCA 513 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCA * * * * * * * * ** * 676163 TCTGTAAGCCTTTCGCGCAAGATGATAAGTCCTTTGGGCAATTCATAAGATAATCAGTATTAGAT 578 TCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * 676228 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * * 676293 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAATAAACGAAGCTTTCAAGAGG-TT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAG-GGTTT 676357 TTTGATTC 772 TTTGATTC * * * * 676365 GTAAGTCCTTTGGGCCATATGTAAGTCTTTCGAGAAAGATACTTAAAT-CTATCGGGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCT-TCAGGTCATCTGT * ** * 676429 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTT 676494 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * 676559 GAAGTTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAATTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTTATTGA 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * 676622 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGTGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCT 256 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCT * * * * 676687 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGATCTTCGGACCATCCATAAGACAATCAGTGTTGGATGCT 321 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCT * * * 676752 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTATGCCTTTTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 386 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * * * 676817 AGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAATAAACAAAGCTTTCATGGGTTTTTTG 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * * 676882 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCAT 514 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCAT * * * 676946 CTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * 677011 C-TTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAATTGTT 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT * * * * 677075 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCATTGACAACTAAGAAA-TGAAGCTTTCAAGGGTTTT 709 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTT 677139 TTGATTC 773 TTGATTC * * 677146 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCAAGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * * * * 677211 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACTTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGAATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGCAG-ATGTTTTC 677276 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAG * * * * * 677340 GTAGCTAAGCGTAACAAA-GGGTT-CTTCGACAACCAAGAAACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTGA 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT-GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA ** * * 677403 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAAAATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCT 256 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCT * * * * 677468 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCGGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGTT 321 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCT * *** 677533 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTGAGGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 386 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * 677598 AGGAAGCTAAGCCTAGCAAAGTTGTTCCTTGACAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * * * 677663 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCAT 514 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCAT * * * * * 677727 GTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCTAACCATAAGACATTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * * * 677792 CTTTTAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCATTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT * * * * 677857 AAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTT 709 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTT * 677922 TGATTTT 774 TGA-TTC * 677929 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGCAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * ** * * 677994 AGCCTTTCGAGAAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTTTAAGACATTCAGTGTTAGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * 678059 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAGAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * ** 678124 AAGCTAAGCCTAACAAACGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCATGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT ** * * * * * * ** 678189 CGTAAGTCCTTCAGGTCATCTATTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGACCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * ** 678254 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * * 678319 CAAATGAGATCTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAA 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAA ** * * 678384 GGAATATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCATGGGTTTCTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * * * 678449 TTCGTAAGTCCTTCGGGCCATTTATAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGCCATC 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * * * * 678513 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAG-CCTTC-GGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGC 580 TGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGC * * * 678576 TTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA 645 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * * * * * * 678641 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCCTGACAACTAATAAACGAAGCTTTCAAGAGCTTTTT 710 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 678706 GATTC 775 GATTC * 678711 GTAAGTCCTTTGGGCCA--TGTAAGTCTTTC--G-A-GATACTTAAAT-CTATCGGGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCT-TCAGGTCATCTGT ** * 678769 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTT 678833 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA- 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * 678897 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT-CTTGACAACTAAG-AACGAAACTTTC-AGGG-TTTTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * 678958 TCGTAAGTCCTTTGGG-CATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * 679022 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA-CTTC-GGCCATCCATAACA-ATTC-ATGTTGGATGCTT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * 679083 TCAAATGAGATTTTAGAAACTATGCCTTTTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * ** 679148 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAATAAAAGAAGCTTTC-AGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * 679212 TT--TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC-TTC-GAGCATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATC 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * 679272 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCATCCATAAGA-ATTCAGT--T-GAT-C 580 TGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGC * * 679331 -TTCAAATGATA-TTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTT-CTAATTATCTCAAAAGA-TTGTTA 645 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * * 679391 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT-CTTGACAACT-AAGAA-TAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 710 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 679453 GATTC 775 GATTC * 679458 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCCA-GTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTT-CAGGTCATCTGT * * * * * 679522 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACTTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGC-AGATGTTTT 679587 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAA 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAA * * * * * 679651 GGTAGCTAAGCGTAACAAA-GGGTT-CTTCGACAACCAAGAAACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTG 191 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT-GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG 679714 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC--G-ATGATACTTAAATC-TT--GGTCATC 255 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATC * 679773 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC-TCGGGCCA---AT-AGACATTCAGTGTTGGATGC 320 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGC *** 679833 TTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-AGGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTT 385 -TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTT * * 679897 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTGTTCCTTGACAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 448 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT * * * 679962 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCA 513 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCA * * * * 680026 TCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAACGATAAGACATTCAGTGTTGGAT 578 TCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * 680091 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * * 680156 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTT 680221 TTGATTC 773 TTGATTC 680228 GTAAGTCCTTTGGGCCATC--TAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCA--TCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA ** * 680289 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAT-C-TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC 680352 AAATGAGA-TTTAGAAACTAAGCCTTT-AGGGTTT-CTAATTATCTC-AAAGAGTTGTTAAAGGA 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGA * ** 680413 AGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCATGATTC 194 AGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC ** * * * * 680478 GTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGCCATCTGTA 259 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA * * ** 680542 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTC 324 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTC * * 680607 AAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAG 389 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAG ** ** 680672 GAATATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAG--A--AAGCTTTCGTGGG-TTTTTGAT 452 GAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * 680732 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTC-GG-CATCT 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATCT * * 680794 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCATCCATAAGAC-TTCAGTGTTGGATGCT 581 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCT * 680857 TTCAAATGAGA-TTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 646 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * * 680920 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTACCTTGACAAA-TAAGAAACGAAACTTTCAAGGGTTTTTT 711 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA-AAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 680984 GATTC 775 GATTC * 680989 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCAGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * ** * 681054 AACCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC 681119 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * 681184 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAACGAAGCTTTCAAGGG-TTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA-T * 681248 TTGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTT-GGGTCATCT 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAAT-CTTTCGGGTCATCT * * 681312 GTAAGCCTTTCAAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCAT-CAT-AGACATTCAGTGTTGGATGCT 321 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCT * * * 681374 TTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA 386 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * * 681439 AGGAAGCTAAGCCTAAGAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTCCAAGGGTTTCTTG 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * * * 681504 ATTCGTATGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTT-TGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCAT 514 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCAT ** * * 681568 CTGTAAGCCTTTCAAGCAAGATGATAAGTA-CTTCGGGCCAT-CATAATACATTCAGT-TTGGAT 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAG-ACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * * 681630 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTAT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * * * 681695 TAAAGGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTT * 681759 TTTTATTC 772 TTTGATTC * * * * 681767 GTAAGACCTTTGGGCCATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCCGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * *** * 681832 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACTTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTTTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-G-TGCAGATGTTTTC * * 681897 AAATGAGATTTTAGAAACTATGCCTTTCAGGGGTTT-TTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCT-AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 681961 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGG-TTTTT--T 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * 682023 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTC-GGTCAT-TG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * 682086 TAAGCCTTTCGAGC-AGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * 682150 TCAAAT--GATTTTAGAAACTAAGCCTTT-AGGGTTTCCTAATTATCTTAAAAGAGTTTTTAAAG 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * 682212 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAATAAGCTTTCAAGTGTTTTTTAAT 452 GAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * 682277 TCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCC-TC--GTCATCT 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATCT * * * 682338 GTAAG-CTTTCGAGC-AGATGATAAG-TCTT-GGGCCATCCATAAGAC-TTCAGTGTTGGATGCT 581 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCT * * 682398 TTCAAAT--GATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAAGGGTTT-C---TTATCTCAAAAGAGTT-TTAA 646 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * 682456 AGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGG-TTTTTG 711 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG 682519 ATTC 776 ATTC 682523 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 682588 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCTATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * * 682653 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAGAAGAGTTTTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * 682718 AAGCTAAGCCTAACAAACGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTC--GGGTTTCTTGA-T 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * ** * 682780 CGTAAGTCCTTT-GGCCATCT-TTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTAAGGCCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT ** * * ** 682843 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AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA-AAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTT 683287 TGATTC 774 TGATTC * 683293 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * ** * 683358 AGCCTTTCGAACAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAT-CATAAGACATTCAGTGTTGCATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGCAG-ATGTTTTC 683422 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * 683487 AAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAATAAACAAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA-T * * * * * * * * * * 683552 TTGTAAGTCCTTTTGGCAATCTATAAATCTTTCGAGCACGTTGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * * 683617 TAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGTCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCGT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * * 683682 TCAAATGAGGTTTTAAAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * * 683747 GGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTTTTTT 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * * * * 683811 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATATGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTTAT 514 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCAT ** * * * * * 683875 CTGTAAGCCTTTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCTATAATAAATTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * * 683940 CTTTCAAATGGGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATT 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT * * * * 684005 AAAGGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTTT 709 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTT * 684069 TTTATTC 773 TTGATTC * * * * 684076 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GGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAAAGA- * ** * 685236 GTTGTTAAAAGAATATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCATGG 442 GTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGG * * * * * 685301 GTTTCTTAATTCGTAAGTCCTTCT-GGCCATTTATAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCT 506 GTTTTTTGATTCGTAAGTCCTT-TGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCT * * * * 685364 TCGGGCCATCTGTATGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGAC-TTC-G 570 TCAGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAG * * * 685427 TG-TTGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAA 635 TGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAA * * * * * * 685491 AGAGTTGTTAAAGGAAGCTAACCCTAAAAAAGGGGTACCTTGACAAA-TAAGAAACAAAACTTTC 700 AGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA-AAACTAAAAAACTAAGCTTTC * 685555 AAGGGTTTTTTTATTC 764 AAGGGTTTTTTGATTC * * * * * ** 685571 GTAAGTCATTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGA--TAAGA-CTTTCGGGCCATCCA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAA-ATCCTTCAGGTCATCTG * * ** * ** * ** * ** * ** * 685633 TAAAACC-TTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTATCTTTTAG-GTTTCCT-- 64 T-AAGCCTTTC-GAGCAAGATG-------ATAAGACCTTCG-GGCCATCCATAAGACATTCGTGC * ** * * * * 685694 A-A--TTATCAAA--AG-TTTTA-AAGGAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA-CAACT-AA 119 AGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAA--A-CTAAGCCTTTC--AGGGTTTCC-TAATTATCTCAA * * * ** ** * * * * 685750 AACTAGCT-TTCAAGG--TTTTTG-AT-TC--A----TTCCTTTGGGCATCT--G----TAAGTC 178 AA-GAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCC-TT-GACAACTAAGAAACTAAG-C ** * * * * * * 685798 TTTCGAA------CATGATACTTAAATCC-TTAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCA-GATGA-- 239 TTTC-AAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACT * * ** * *** * ** *** * 685853 TAAGTC-TTC-GGCCATCCATAAG-ATATTC-AGTGTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--AA 302 TAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAGCCT-TTCGAG-CAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCAT * * * * ** ** * * * ** 685912 AC-TAAG-CCTTTAGGAGGTTCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAGGAAGCTAAGCC-AACAA 360 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-CCAA-TTA-TCTTAAAAGAGTTGT--TAAAGGAAGAACAAAGGTGTTCCTT-AA-CAA-CTAAA 661 AGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTT-TCCT-AA-TTATCTCAAAAGAGTT-GTTAAAGGAAGCT-AA ** * ** ** * * ** 687004 AACTAAGCTTTTAA-GGGTTTTTTG-ATTCGT----AAGT--CCTTT---GGG-----CCA-TC 721 GCCTAA-C---AAAGGGGTTCCTTGAAAAC-TAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * * * * * * * 687051 TGTAAGT-CTTTCGAGCATGATACT-TAAATCCTTCGTG--TCAT-CTGT-AAGCTTTCAAG-CA 1 -GTAAGTCCTTT-GGGC--CAT-CTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT-TAAATCCTTCAGGTC- ** * * ** * * 687109 AGATGATAAGTCC-TTCGGGCCATCT-ATAATACATT-----CAT---T--G----T--TG--GA 59 ATCTG-TAAG-CCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCAGA * * * 687154 TGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAATGAGTTA 122 TGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTG * * * * 687219 CTAAATGAAGCTAAGCATAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTT 186 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTT * * * 687283 TTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCAGG 250 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TTTTTGATTC * * * * * * 689382 GTAAGTCCTTTGGGCCATATGTAAGTATTTCGAACGTGATACTTAAATCATCCAGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 689447 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGATATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * 689512 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAAGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCC-TTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * ** * * 689577 AAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTACTAAACTAAACTTTCGAGGGTTTTTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * * * * 689642 CGTAAGTGCTTTAGGCCAACTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGTGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * * * * 689707 AAGCCTTTTGAGCAAGATGATAACACCTTCAGGCCATCCATAAGACCA-TCAGTGCTGGATGCTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CATTCAATGTTGGATGCTT * * 689771 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** * ** * 691015 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGTCCATATATAAGATATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * 691080 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * * 691145 AAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAACTTTCGAGGGTTTTTTTATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * * * 691210 CGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCAAGCATGATGCTTATATCCTTCGTGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT * * 691275 AAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACCA-TCAATGCTGGATGCTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CATTCAATGTTGGATGCTT * * * * * 691339 TTAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCATTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAGAGAGTTGATAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTAA * ** * ** * 691404 AGGAAGATAAGTTTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTG 450 AGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * * * * * 691469 ATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTATAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTCAATCCTTCGGGTCAT 514 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCAT * * * * * * * * 691533 CTGTAAGCCTTTCGAACAAGATGATAAGACCATC-GGCCAACCAAAAGACCTTCGGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * ** * * * 691597 CTTTCAAATAAAATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT ** * * ** * * ** ** * 691662 AAAGGAAATTAAGCCTAAGAAATGATTTACTTGACAACTATTAAACT-AGACTTTTGAGGGTTTC 709 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTT 691726 TTGATTC 773 TTGATTC * * * 691733 GTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATAATGCTTAAATCCTTC-GTGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAG-GTCATCTGT * * * ** * 691797 AAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAGTATTAGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GT-GCAGATGTTTT * * * * * * 691862 CAAACGAGATTTTTGAAACTAAACATTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAA 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAA ** * * * * 691927 GGAAAATAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACAAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGA 191 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * ** ** * * * 691992 TTCGTAAGTCCTTTAGGCCAT-T-CAAGGGTTT----TTTGAT-TTGTAAGTCCTTT-GGGCCAT 256 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT-TAAAT-CTTTCGGGTCAT * * * * ** ** * * 692049 CTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA-ATCTTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTTAAGCAAGAT 319 CTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATG-ATAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGAC-ATT---C-A-AT * * 692113 GAGAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGATATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATAAGGTTTTAGAAA 376 -----G---TT--GG------AT--GCT-TTCAA------ATG----------AGATTTTAGAAA * * * 692178 CTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAGGCTAAGCCTAACAAA 406 CTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA * * 692243 GGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCA 470 -GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCC * * * * * 692308 ATCTGTAAGTCTTTC-GAGAATGATACTTAAATCCTTC-GAGTCATTTGTAAGCCTTTCGAGCTA 534 ATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-GTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAA * * 692371 GATGATAAGACCTTCGGGACC-TCCATAATACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTA 598 GATGATAAGACCTTCGGG-CCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTA * * * * * * 692435 GAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAATGAATCTAAGCCTAA 662 GAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAA * * * ** * ** * 692500 GAAATGGGTTCCTTGACAACTATTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTCTTGATTC 727 CAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * ** 692553 ATAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCCTGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * * * ** * * ** * 692618 AGTCTTTTGAGCAAGTTGATAAGACCTTCAGGCCATGTATAAGACCTTTAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CATTCGTG-CAGATGTTTTC * * * 692683 AAATGATATTTTAGAAATTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAG * * * * * * 692748 GAAGATAAGCCTAATAAACGGGTTCTTTGACAACTAAGAAACTAAGCTCTCAAGGGTTTCTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * ** * * * * * * 692813 TCATAAGTCCTTCAGGCTATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGGTTATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * 692878 TAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGC-T 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * * * 692942 T----TGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * 693003 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATGAAACTAAGCTTTGAAGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * 693068 TTCCTAAGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCA-C 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * * * * 693131 ATGTAAG-CTTTTCCAGCAAGATGATAAGACCTACGGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGAT 580 -TGTAAGCCTTTT-GAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * * * 693195 GCTTTCAAGTGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * 693260 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAAAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTT * 693324 TTTTATTC 772 TTTGATTC * * * 693332 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAACTCTTTCGA-CATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA ** 693396 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATG----- * * ** * * * 693461 ATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAACCTAAGCCTAACAAAGTGG-TTCCTTAA-CAACTAAG 124 -TT-T-TCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AG-GGTTTCC-TAATTATCTCA- * * **** ** ** *** * * 693523 AAACGAAGCT-TTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAA-----TCCTTTGGGCCATCT--G----TAA 177 AAA-G-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCC-TT--GACAACTAAGAAACTAA ** * * * * * * 693576 GTCTTTCGAA------CATGATACTTAAAT-CTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT 237 G-CTTTC-AAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT-GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT * * * ** * * * *** * ** *** 693634 GAC--AAGA-CCTTCGAGCCATCCATAAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAG 299 -ACTTAA-ATCTTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTTTCGAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGG ** * * * * ** ** * * * 693696 --AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAATCTAAGCC 356 CCATCCATAAGACATTCA---ATGTT-GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCC ** * ** * * * * * * **** ** * ** 693757 TAACAAAGGGGTTCCTTGA-CAACTAAGAAACGAAACTT-TCAATGGTTTTTTTATTCGTAAGTA 413 TTTC--AGGGTTTCC-AAATTATCTCA-AAA-G--AGTTGTTAAAGG--AAGCTAAGCCTAACAA * * * * ** *** * 693820 A---TT--TGGGCCATCT--G----TAAGTCTTTC--GAG---CATGATAATTAAAT-CTTTCGG 469 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-A-CC-TTCG-GCCA-TTCATAAGACATT-------T--A-ATG----T--TG--GATGCTTTCA 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCAGATGTTTTCA * * * * * * 694204 AATGTGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTTCTTATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAAGGA 130 AATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGA * 694269 AGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC 194 AGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * 694334 GTACGTCCTTTGCGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 259 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA * * * * * * * * 694399 AGCCATTCGAGCAAGAAGATATGACCTTCGGGCCATCTATAATACATTCAGTGTTGGATACTTTT 324 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTC * * 694464 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGTGTAT-TTAAAG 389 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAG * * * * 694528 GAAGCTAAGCCTATCAAAGGGGTTCCTCGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGTTTTTTTGAT 452 GAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * 694593 TCGTAAGTCCTTTGCAG-CATCTGTAAGTCTTTC-GAACATGATACTTAAATCCTTCAGATCATC 516 TCGTAAGTCCTTTG-GGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * * * * 694656 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGATATTCAGTGTTGGATGC 580 TGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGC * * * * * 694721 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAACCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGTGTTGTTA 645 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * ** * * * 694786 AAGGAAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTTATTCACAACTAAAAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTT 710 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 694851 GATTC 775 GATTC * * 694856 GTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GTGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAG-GTCATCTGT * * ** * * 694920 AAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCCTCAGTGCTTGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGC-AGATGTTTT * * * * 694985 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTTAAAGAGAGTTGTTTAA 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTAAA * * * * * * 695050 GGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTCCGAGGGTTTCTTGA 191 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * * * * 695115 TTTGTAAGTCCTTCGGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTATATCCTTCGGGCCATCT 256 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCT * * * * * * 695180 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCTATCTATAAGACCA-TCAGTGCTGGATGC 321 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CATTCAATGTTGGATGC * * 695244 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAGAGAGTTGTT 385 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAA-AGAGTTGTT * * * * * * 695309 AAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTAGACAACTAAGAAACTACGCTTTCGAGGGTTTCT 448 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTT * * * * 695374 TGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTATAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC 512 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CTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATACATAAGACATTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * * 696289 -TTTTAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTT * * * * * 696353 AAAGGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA-TGAAACTTTCAAGGGTGTT 709 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTT 696417 TTGATTC 773 TTGATTC * * 696424 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCGTGATACTTAAATCATTCAGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 696489 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGATATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * * 696554 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGGCTTTGAAGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTT-TATAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-CAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT-TAAAG * * * * * 696618 GAAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAATAAACTAAACTTTCGAGGGTTTTTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * ** * 696683 TCGTAAGTGCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCCTCGTGTCATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * * 696748 TAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAACACCTTCAGGCCATCCATAAGACCA-TCAGT-TCTGGATGC 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CATTCAATGT-TGGATGC * * * 696811 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAGAGAGTTTTT 385 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAA-AGAGTTGTT * * * * * 696876 AAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCT 448 AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTT ** * * * * 696941 TGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAA----TTC--CG-ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC 512 TGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTC * * * * 696999 ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAACCA-AAGACCTTC-G-GTTGGA 577 ATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGA * ** * * 697061 TTCTTTCAAAT-AGATCCTAGAAACTAAACCTTTC-AGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGA---G 642 TGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTG * * * * * * 697121 TTAAAGGAA-CTAAGCCTAAGAAA-TGATTCCTTGACAACT--AAAACTAAACTTT-GAGGG-TT 707 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTT 697180 TTTGATTC 772 TTTGATTC * * * 697188 GTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCAAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GTGTCATCTGT 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAG-GTCATCTGT * * * * * 697252 AAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTT 65 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGC-AGATGTTTT * * * 697317 CAAACGAGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAGAGAGTTGTTA 128 CAAA--TGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTA * * * * * 697382 AAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTT 189 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT ** * * * * 697447 GATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAATTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCAT 254 GATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCAT * * ** 697512 CTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGGCCAACCA-AATGACCTTCGGTGTTGGA 319 CTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGGCCATCCATAA-GACATTCAATGTTGGA * * ** * * 697576 TTCTTTCAAATAAGATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTG 382 TGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTG * * ** ** * * 697641 TTAAAGGAAACTAAGCCTAAGAAATGATTTCCTT---AACTATTAAACTAAACTTTTAAGGGTTT 446 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTT * * * * 697703 CTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-AAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GT 510 TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG- * * * 697766 GTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATGAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCT 574 GTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCT * * * * * 697831 GGATGCTTTCAAACGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCCAATTATCTCAAAAGAG 639 GGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAG * * 697896 TT-TTAAAGG-A--TAAGCCTAACAAA-GGGTT-CTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTC--GGG 704 TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGG 697953 TTTTTTGATTC 769 TTTTTTGATTC * * * * * * * * * 697964 GTAAGTCCTTTAGGCAATCTATAAATCTTTCAAACATGATGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * * ** * 698029 AGACTTTTGAGCAAGATGATAAGAACTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * 698094 AAATGAGTTTTTAGAAACTAAGTCTTTCAGGGGTTTTCCT-ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGG-TTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * * 698158 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATA-AAACTAATCTTTGAAAGGATTTTTGA 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA-AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * * * 698222 TTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA---AAAGACCTTCGGGCCAT 256 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAAA-TCTTTCGGGTCAT * * * * *** * *** ** *** ** * * ** ** 698284 AC-ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTTTC 319 -CTGTAAGCCTTTC-GAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA-ATGTTGG * ** * * ** * * 698345 CTAATTATCTTAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTT-C--ATTGACAAC 381 ATGCTT-TC--AAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AGGGTTTCCAAATT---ATC * ** * ** * ** * * * * * 698406 TAAGAAATGAAACT-TTCAAGGGTGTTTTG-AT-TCGTAA--G-TCCTTTGGGCCATCT--G--- 434 TCA-AAA-G-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC-AAAGGGTTCC-TT--GACAACTAAGAAA * * * * * * ** * * * 698460 -TAAGTCTTTCGAGCG-----TGATACTTAAATCATTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTC-GAGCAA 492 CTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCAT ** * * * * * ** * 698518 GA-TGATAAGA-CCTTCGGGCCATCTATAAG-ATATT---C-AG-TG-TTGGA---T---G-CTT 556 GATTCTTAA-ATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAT * * * ** * * * * ** * ** * 698567 TCA-AATGAGATTTTAGAAACT-AAGGCTTT-TAA-GAG-TTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA 620 CCATAA-GACA-TTCAG-TGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACT---AAGCCTT-TCA **** *** * * * * ** * *** 698627 A-AGGAAGCTAA-GCCCAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAA--TAA-ACTAAACTTTCGAGGGT 678 AGAGTTTCCTAATTATC-TCAAAAGAGTT-GTT-A-AAGGAAGCTAAGCCT-AAC-AAAG-GGGT ** *** * ** 698687 TTTTTGATTCCT----AAGT--GCTTT--A-GG-----ACA-TC 736 TCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * * * * * ** * 698716 TGTAAGT-CTTTCGAG-CATGATGCTTAAATCCTTCGTG--TCAT-CTGT-AAGCCTTTTGATCA 1 -GTAAGTCCTTT-GGGCCAT-CTG--TAAGTCTTTCGAGCATGATACT-TAAATCCTTCAGGTC- ** * * * 698775 AGATGATAAGACC-TTCG-GC--CATCCATAAGA--------CCAT-C-----A-ATGC-TG--G 59 ATCTG-TAAG-CCTTTCGAGCAAGAT-GATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCAG * * 698818 ATGCTTTT-AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAGAGAG 121 ATG-TTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAA-AGAG * * * ** 698882 TTGTTAAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGG 183 TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGG * ** * * * * 698947 TTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTCAATCCTTCG 248 TTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCG * * * * ** 699012 GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAACAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAACCAAAAGACCTTCGGTGT 313 GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGT * * ** * 699077 TGGATGCTTTCAAATAAAATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTT-CATAATTATCTCAAAAG 378 TGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCA-AATTATCTCAAAAG * * * ** ** ** 699141 TGTTGTTAAAGGAAACTAAGCCTAAGAAATGATTTCCTTGACAACTATTAAACT-AGACTTTTGA 441 AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAA * * * * * 699205 GGGTTTCTTGATTCGTAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATAATGCTTAAAT-C 504 GGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCC * * * 699268 TTC-GTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGAAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTC 569 TTCAG-GTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC ** * ** * * 699332 AGTATTGGATGCTTTCAAATGAAATTTTAGAAACTAAG-CTTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCTC 633 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TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTT-CGGGTCATCT * * * * * *** * ** *** ** * * * * 699804 ATAAGACATACAGTGTTGGATGCTTTTAAATGATATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTT 321 GTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG---AT-AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA---ATG ** ** * * * ** * * 699866 TTCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA-C 377 TT-GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AGGGTTTCC---A-AATT ** * * * **** ** * **** * * 699929 A-AACAAACGAAGCT-TTCAAGGGTTTTTTG-ATTTGTAA--G-TCCTTTGGGTCATCT--G--- 431 ATCTCAAAAG-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTCC-TT--GACAACTAAGAAA * ** * * *** * * * 699983 -TAAGTCTTTC--GAG---CATGATACTTAAGT-CTTTCGGGTTTTCTGTAAGCCTTTC-AAGAA 492 CTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT-GGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCA * * * * * * * *** * ** 700040 AGATT-ATAAGA-CCTTC-GGCCAT-TCATAAGACATTTAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTT 555 TGATTCTTAA-ATCCTTCAGGTCATCT-GTAAGCCTTTTGA-GCAAGATG--AT--AA-GACCTT *** ** ** * * * * ** * * ** * 700101 TTAG--AAAC-TAATCCTTTTAGGGGTTTTCT-TATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAAGGAAGCTA 612 CGGGCCATCCATAAGACATTCA---G--TGCTGGATGCTTTCAAATGAG-A-TTTTA-GAAACTA ** * * * * * * * **** ** * * 700162 AGCCTAACAA-AGGTGTTCCTTGA-CAACTAAGAAACTAATCT-TTCAAGGGTTTTTTG-AT-TC 669 AGCCTTTCAAGA-GT-TTCC-TAATTATCTCA-AAA-GAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC * ** **** * ** * 700222 GTAA---G-TCCTTTG--GGC--AATCTGTAAGTCTTTC--GAG---CATGATAC 728 -AAAGGGGTTCC-TTGAAAACTAAAAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTC * * * * * * * 700264 TTAAATCCTTCGAGTCATTTGTAAGACTTTCGAGC-TAGATGA--TAAGA-CCTTC-GG------ 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT-GAT-ACTTAA-ATCCTTCAGGTCATCT * * * * 700318 G--A-CC--TC---C------AT-A-A---T----ACAT---TCAG---TT-TTG--GATGCTTT 63 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCAGATGTTTT * * 700351 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAAG 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * ** * ** * 700416 GAATCTAAGCCTAAGCAAA-GGGTTCCTTGACAAATATTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTCTTGA 192 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323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * ** * 702172 CAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTTAAGGGTCTT-CTTATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAA 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCC-TTTCAGGGT-TTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * 702236 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAATCTTTCAAGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * 702301 TTCGTAAGTCCTTTGGGCAATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTC-GAGTCAT 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-GTCAT * * * * * * 702364 TTGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACC-TCCATAATATATTCAGTGTTGGAT 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG-CCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * * * 702428 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAACCTTTC-AGGGGTTCCTAATTATCTC-AAAGAGTTAT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * * ** * ** * 702491 TAAAGGAATCTAAGCCTAAGAAA-GGGTTCCTTGACAACTATTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTC 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTT 702555 TTGATTC 773 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TCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * 703017 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATGAAACTAAGCTTTGAAGGG-TTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * 703081 TTCCTAAGT-CTTTGGG-CATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCA-C 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATC * * * * 703142 ATGTAAG-CTTTTCAAGCAAGATGATAAGACCTACGGGCCATCCATAAGACATTTAGTGTTGGAT 580 -TGTAAGCCTTTT-GAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGAT * * * * 703206 GCTTTCAAGTGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT 643 GCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGT * * 703271 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAAAAA-TGAAACTTTCAAGGGTTT 708 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTT 703335 TTTGATTC 772 TTTGATTC * * * 703343 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAACTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * ** * 703408 AGCCTTTCGAGCAAGATGTTAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * 703473 AAATGAGATTATAGAAACTAAGCCTTTCAGGGATTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGG-TTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * * 703538 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACGAAACTTTCAATGGTTTTTTTATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT ** * * 703603 CGTAAGTAATTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAATTAAATCTTCCGGGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT ** 703668 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * * * 703733 TAAATGATATTTTAGAAATTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * * 703798 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AGCCATTCGAGCAAGATGATATGACCTTCGGGCCATCTATAATACATTCAGTGTTGGATGCTTTT 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATG-TTTT * 704255 -AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGTGTAT-TTAAA 128 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAA * * * 704318 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAAGGTTTTTTGA 191 GGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA * * * * * 704383 TTCGTAAGTCCTTTGCAG-CATCTGTAAGTCTTTCGAACATGATACTTAAATCCTTCAGATCAT- 256 TTCGTAAGTCCTTTG-GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATC * * 704446 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCAT-C-TAAGATATTCAGTGTT---TGC 320 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGC * * ** * 704505 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAACCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGTGTTGTTA 385 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * ** * * ** 704570 AAGGAAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTTATTCACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGATTGTTTTTT 449 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T-ATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTGAATCCTTC-GTGT 512 TGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-GT * * 705482 CATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGG 576 CATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGG * * * * 705547 ATGCTTTCAAACGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-TAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAG 641 ATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAG-AGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAG * * * * * * * 705611 TTCTTAAAGAAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGG 704 TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGG * 705676 TTTCTTGATTC 769 TTTTTTGATTC * * * * * * * * * * 705687 GTATGTCTTTTAGGCAATCTATAAATCTTTCTAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * ** * 705752 AGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * ** 705817 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* * * ** * 706663 AGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTG 190 AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG * ** * * * 706728 ATTCGTAAGGCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATC 255 ATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATC * * * ** 706793 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAACCAAAAGACCTTCGGTGTTGGATGC 320 TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGC * ** * * * 706858 TTTCAAATAAGATCCTAGAAATTAAACCTTTCAGAGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA 385 TTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * ** ** ** * 706923 AAGGAAACTAAGCCTTAA-AAATGATTTCCTTGACAACTATTAAACT-AGACTTTTGAGGGTTTC 449 AAGGAAGCTAAGCC-TAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTT * * * * 706986 TTGATTCGTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-GAGCATAATGCTTAAATCCTTC-GTG 511 TTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-G * * * * 707049 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709143 AAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGATATTCGTGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * 709208 CAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGGGTTTTCGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAG * * 709273 GAAGTTAAGCCTAACAAAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAATGGTTTTTTGAT 452 GAAGCTAAGCCTAAC-AAAGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT * * * * * 709338 TCGTAAGTCCTCTGGGCCATCTGTAATTCTTTC-GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATTT 516 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAGGTCATCT * * * * * 709402 GTAAGCCTTTCGAGAAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATTCATAAGACATTAAGTGTTGGATGCT 581 GTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCT * 709467 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-ATGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGA---GTT- 646 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-AGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTA * * * 709527 ------G-T-----T----AA--------TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGTGTTTTTT 710 AAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTT 709568 GATTC 775 GATTC * * * 709573 CTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTGTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * * * 709638 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACTTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTGC-AGATGTTTTC * * 709703 AAATGTGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGA-TTATTTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTT-GTTAAAG * * * 709767 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGTTTTTTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT ** ** * * 709832 TCGTAAGTTTTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCATCAGGTTATCTG 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTG * * * * * 709897 TAAGCATTTCGAGCAAGATGTTAAGACCTTCAGGCCATCTATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTT 322 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTT * ** 709962 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA 387 TCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCAAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * * 710027 GGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGA 451 GGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA ** * * * ** 710092 TTCGTAAGTTGTTTGGGCCATCTATAAGTCTTTC-GAGCATAATGCTTAAATCCTTC-GTGTTGT 515 TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCAG-GTCAT * ** * * 710155 CTGTAAGCCTTTTGAGCAATATGATAAGACCTTCAAGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATG 579 CTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATG * * * 710220 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTATTG-GTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTG 644 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-AGAGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTG * * * * * 710284 TTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAGAAAACTAAACTTTCGAGGGTTT 707 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAAAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTT * 710349 CTTGATTC 772 TTTGATTC ** * * * * * 710357 GTAAGTCCTTCAGTCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCCGGCCATCTGTA 1 GTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTA * * * ** * 710422 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGTCATCGATAAGACTTTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * 710487 AAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAG * * * * * 710552 GAAGATAAGCCTAACAAATGGGTTCTTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGAT 192 GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGAT ** * * 710617 TCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAAT-TCTTCGGGTCATCT 257 TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCT-TTCGGGTCATCT 710681 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC-T-------T-C---AG--------TGTTGGATGCT 321 GTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCT * * * 710726 TTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTA 386 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AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCTATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTC 66 AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC-GTG-CAGATGTTTTC * * * 711252 AAATGAGATTTTAAAAACTAAGCCTTTCAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGTGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * * * 711317 AAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTTATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * 711382 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAATCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGTGTCATCTGT 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGT ** * * * * * 711447 AAGCCTTTTTAGCAAGATGATAAGACGTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATACTTT 323 AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTT * * * 711512 CAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAA 388 CAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCAAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAA * * * * ** * * 711577 GGAAGATAAGCCTAGCAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAAATAAGCTTTTGATGGTTTCTTGA 451 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AAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGTGCA-GATGTTTTC * * 712028 AAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 129 AAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG * * ** * 712093 AAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATT 193 AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATT * * * * 712158 TGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAA 258 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAA 712183 AACCTTCAGT Statistics Matches: 91911, Mismatches: 9902, Indels: 9689 0.82 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 701 13 0.00 703 24 0.00 704 59 0.00 705 24 0.00 706 54 0.00 707 25 0.00 708 57 0.00 709 148 0.00 710 97 0.00 711 78 0.00 712 21 0.00 713 41 0.00 714 35 0.00 715 80 0.00 716 73 0.00 717 19 0.00 718 35 0.00 719 29 0.00 720 63 0.00 721 21 0.00 722 20 0.00 723 12 0.00 724 18 0.00 725 15 0.00 726 40 0.00 727 43 0.00 728 109 0.00 729 127 0.00 730 128 0.00 731 216 0.00 732 181 0.00 733 233 0.00 734 214 0.00 735 278 0.00 736 136 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TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGACATCCATAAGACAT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT * * * * * 608709 TCAATGTTTGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTA-TGGTTTCCTAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGAGGTTTCCTAATTATCT * * * * 608773 CAAAAGAGTTGATAAAGCAAGCTAAGCCTAACAAAGGGG-T-GTTAACAACTAAGAAACTAAGCT 131 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCT * * 608836 TTCAAGGGTTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGACCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGCTACTTA 196 TTCAAGGG-TTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTA 608901 AA 260 AA ** * 608903 -CCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTTAGCAAGACGATAAGACCTTCGGGCCATCCA-ATAGACA 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA-AGACA * * * 608966 TTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATC 65 TTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGAGGTTTCCTAATTATC * ** * 609031 TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTTATTGACAACAAAGAAACTAAGC 130 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Indices: 609976--610737 Score: 1107 Period size: 380 Copynumber: 2.0 Consensus size: 379 609966 CCTTTCGAGC 609976 AAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTAT 1 AAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTAT * * 610041 AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTA 66 AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTA * * * * * 610106 ACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT 131 ACAAAGGAGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAACTTTCGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTC * * ** * * 610171 GGGCCATCTGTAACTCTTTTGAGCATGATGCTTAAATATTTCATGTCATCTGTAAGCCTTTTGAG 196 GGGCCATCTGTAACTCTTTCGAGCATGATACTTAAATACATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAG * * * 610236 CAAGATGATTAGACCTTCAGGTCATCTATAAGACCATCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTT 261 CAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCTATAAGACAATCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTT ** * * 610301 TAGAAACTAATTCTTTTA-GTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGG 326 TAGAAACTAAGCCTTTCACG-AGTTTCCCAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGG * * ** 610356 AAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCT- 1 AAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT-TA 610420 TAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCT 65 TAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCT * * * ** * 610485 AAGAAATGAGTTCCTTGACAACTATTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTT 130 AACAAAGGAGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAACTTTCGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTT * * * * 610550 CGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATTATATTTAAATCCATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGA 195 CGGGCCATCTGTAACTCTTTCGAGCATGATACTTAAATACATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGA * * * * 610615 GCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGA-AATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATAT 260 GCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCTATAAGACAA-TCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGAT ** 610679 TTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 324 TTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCCCAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG 610735 AAG 1 AAG 610738 CTAAGCCTAA Statistics Matches: 339, Mismatches: 40, Indels: 7 0.88 0.10 0.02 Matches are distributed among these distances: 379 21 0.06 380 316 0.93 381 2 0.01 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33 Consensus pattern (379 bp): AAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTAT AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTA ACAAAGGAGTTCCTTCACAACTAAGAAACTAAACTTTCGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTC GGGCCATCTGTAACTCTTTCGAGCATGATACTTAAATACATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAG CAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCTATAAGACAATCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTT TAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCCCAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG Found at i:610921 original size:152 final size:152 Alignment explanation

Indices: 610658--610940 Score: 478 Period size: 152 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152 610648 AAATTTAGTG * 610658 TTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAG 1 TTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAG * * 610723 AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGTATTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAG 66 AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAG 610788 GTATTCCATAAGACATTCAATA 131 GTATTCCATAAGACATTCAATA * * 610810 TTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTT-TCTAATTATCTCAAAA 1 TTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCT-TAATTATCTCAAAA * * * 610874 GAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGATAACTAAGAAACTAAGCTTTTAA 65 GAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAA 610939 GG 130 GG 610941 GTTTTTTTAT Statistics Matches: 122, Mismatches: 8, Indels: 2 0.92 0.06 0.02 Matches are distributed among these distances: 151 1 0.01 152 121 0.99 ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.18, T:0.32 Consensus pattern (152 bp): TTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAG AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAG GTATTCCATAAGACATTCAATA Found at i:611152 original size:413 final size:413 Alignment explanation

Indices: 610379--611197 Score: 1235 Period size: 413 Copynumber: 2.0 Consensus size: 413 610369 CTTCGGGCCA * ** * 610379 TCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * * 610444 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTAAGAAATGAGTTCCTTGACAACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTA ** * * 610509 TTAAACTAAACTTTTGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG 131 AGAAACTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCGGGACATCTGTAAGTCTTTCGAG * * 610574 CATTATATTTAAATCCATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC 196 CATGATATTTAAATCCATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCC * * * * 610639 ATCTATAAGAAATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCACGAGT 261 ATCAATAAGAAATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTTCACGAGT * * * * * 610704 TTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGTATTCCTTGACAACT 326 TTCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTCACAACT 610769 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGTAT 391 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGTAT * 610792 TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * * * * 610857 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGATAACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTA * * * * * * 610922 AGAAACTAAGCTTTTAAGGGTTTTTTTATTCTTAAGTCCTTTGGGACATTTGTAAGTCTTTCGAG 131 AGAAACTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCGGGACATCTGTAAGTCTTTCGAG * * 610987 CATGATATTTAAATTC-TTAGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGC 196 CATGATATTTAAATCCATCA-GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGC * * * * * 611051 CATCAATAAGACATTCAGTGTTTGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTTTAGGAG 260 CATCAATAAGAAATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTTCACGAG * * * * 611116 TTTCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAACGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTCATAAC 325 TTTCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTCACAAC 611181 TAAGAAACTAAGCTTTC 390 TAAGAAACTAAGCTTTC 611198 GAGGGTTTTT Statistics Matches: 362, Mismatches: 43, Indels: 2 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 412 2 0.01 413 360 0.99 ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.33 Consensus pattern (413 bp): TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAAGAAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTA AGAAACTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCGGGACATCTGTAAGTCTTTCGAG CATGATATTTAAATCCATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCC ATCAATAAGAAATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTTCACGAGT TTCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCCTTCACAACT AAGAAACTAAGCTTTCAAGGTAT Found at i:611262 original size:261 final size:260 Alignment explanation

Indices: 610792--612933 Score: 2815 Period size: 261 Copynumber: 8.2 Consensus size: 260 610782 TTCAAGGTAT * * 610792 TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * 610857 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGATAACTA 66 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA * * * * * 610922 AGAAACTAAGCTTTTAAGGGTTTTTTTATTCTTAAGTCCTTTGGGACATTTGTAAGTCTTTCGAG 131 AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG * * * 610987 CATGATATTTAAATTCTTAGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCC 196 CATGATACTTAAA-TCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC 611052 A 260 A * * * * * * 611053 TCAATAAGACATTCAGTGTTTGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTTTAGGAGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * * * * * * 611118 TCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAACGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTCATAACTA 66 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CCA * * * * 611575 TCCATAAGACATTCAATGTTGGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTACA-CCTTTTAGTGGT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTA-AGCCTTTCAGGGGT * * * * ** 611639 TTCCTAATTATCTGAAAAAGAGCTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAATGGTTCCTTGACAAC 65 TTTCTAATTATCT-CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC * * * * * * * 611704 TAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTATCTTGATTCATAAGTCCTTTGGGGCATCTATAAGTCTTTTG 129 TAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * * ** ** * * 611769 AGAATGATGCTTAAATCCTTCATGTTTTCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAG 194 AGCATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG 611834 CCA 258 CCA * * * * * 611837 TCAATAAGATC-TTCAGTGCTAGATGCCTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGT 1 TCCATAAGA-CATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGT * * * ** 611901 TTACTAATTATCTGAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTTCCTCAACAACT 65 TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACT * * * * * * 611966 AAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCAATATGTATGTCTTTCAA 130 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * * * * 612031 GGAAGATACTTAAATCTTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCCAGCAAGATGATAAGACCATT-GGG 195 GCATGATACTTAAATC-TTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC-TTCGGG 612095 CCA 258 CCA * 612098 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * * * * 612163 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTTTTAAAGGAAGCTAAGTCTAATAAAGGGGTTCCATGGA-AACT 66 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCC-TTGACAACT * * * 612227 AAGAAACTAAGCTTTCAAGAGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCCCTCTGTAAGTCTTTCGA 130 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA 612292 GCATGATACTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC 195 GCATGATACTTAAATC-TTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC 612357 CA 259 CA * * * * * 612359 TCCA-ATAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTAAAATGATATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGT 1 TCCATA-AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGT * 612423 TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTTCC-TGACAAC 65 TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GGTTCCTTGACAAC * * * * 612487 TAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCG 129 TAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * * * * * 612552 AGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAAACCTTTGGG 194 AGCATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG 612617 CCA 258 CCA * * * * * * * 612620 CCCATAAGACATTTAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT * * * * * 612685 TCCTAATTATCTCAAAATAGTTTTTAAAGGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACTA 66 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA * * * * * ** 612750 AGAAATTAAGTTTTGAAGGGTTTTTTTATTCCTAAGTCCTTTGTTCCATCTGTAAGTCTTTCGAG 131 AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG * * * 612815 CATGATACTTAAATGCTTCGGGTCATCTGTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC 196 CATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC 612880 A 260 A * * 612881 TCCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGC 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC 612934 TTAAATCTTT Statistics Matches: 1633, Mismatches: 227, Indels: 42 0.86 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 260 19 0.01 261 1386 0.85 262 219 0.13 263 9 0.01 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33 Consensus pattern (260 bp): TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG CATGATACTTAAATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCA Found at i:612488 original size:522 final size:521 Alignment explanation

Indices: 610792--627294 Score: 18390 Period size: 522 Copynumber: 31.3 Consensus size: 521 610782 TTCAAGGTAT * * * 610792 TCCATAAGACATTCAATATTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * * 610857 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGATAACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTCC-TAACAACTA * * * * * 610922 AGAAACTAAGCTTTTAAGGGTTTTTTTATTCTTAAGTCCTTTGGGACATTTGTAAGTCTTTCGAG 130 AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG * * * 610987 CATGATATTTAAATTCTT-AGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGC 195 CATGATACTTAAATCCTTCA-GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC * * * * * 611051 CATCAATAAGACATTCAGTGTTTGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAACCCTTT-TAGGA 259 CATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGG- * * * * * * 611115 GTTTCCTAATAATCTCAAAAGAGTTGTTAACGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTCATAA 323 GTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA 611180 CTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC 388 CTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * * ** * * * * 611245 GAGCATGATGCTTAAATTCTTCATGTCATCAGTAAGCCTTTTGAACAAGATGATAAGACCTTCAG 453 GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGG 611310 GCCA 518 GCCA * * * * * 611314 TCAATAAGACCTTCAGAGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTCTCAAG-GGT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGTGGT * * * * * * 611378 TTCCTAATTATCT-TAAAGAAGTTGTTAAAGGAAGCTAACCCTAACAAAGGGGTTCTTCGACAAC 65 TTCCTAATTATCTCAAAAG-AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTCCT-AACAAC * * * * 611442 TAAAAAACTAAGCTTTCAAGGCTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGAGCCATCTGTAAGTCTTTCT 128 TAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * * * ** * 611507 AGCATGATAATTAAATCGTTCGGGTCATCTGTAAGAGTTTCGAGCAAGTTGATAAGACCTTCGGG 193 AGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG * * * 611572 CCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTACA-CCTTT-TAG 258 CCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTA-AGCCTTTCAAG * * * * ** 611635 TGGTTTCCTAATTATCTGAAAAAGAGCTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAATGGTTCCTTGA 322 -GGTTTTCTAATTATCT-CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA * * * * * 611700 CAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTATCTTGATTCATAAGTCCTTTGGGGCATCTATAAGTCT 385 CAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCT * * * ** ** * 611765 TTTGAGAATGATGCTTAAATCCTTCATGTTTTCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTT 450 TTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTT * 611830 CGAGCCA 515 CGGGCCA * * * * 611837 TCAATAAGATC-TTCAGTGCTAGATGCCTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAG-GG 1 TCCATAAGA-CATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGTGG * * * 611900 TTTACTAATTATCTGAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GTTTCCTCAACAA 64 TTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAG-TTCCT-AACAA * * * * * 611964 CTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCAATATGTATGTCTTTC 127 CTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * * * * * 612029 AAGGAAGATACTTAAATCTTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCCAGCAAGATGATAAGACCATT-G 192 GAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC-TTCG 612093 GGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA 256 GGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA * * * * 612158 GGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTTTTAAAGGAAGCTAAGTCTAATAAAGGGGTTCCATGGA 321 GGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCC-TTGA * * * * 612223 -AACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGAGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCCCTCTGTAAGTCT 385 CAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCT * 612287 TTCGAGCATGATACTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTT 450 TTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTT 612352 CGGGCCA 515 CGGGCCA * * * * * 612359 TCCA-ATAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTAAAATGATATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGT 1 TCCATA-AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGT * * * * 612423 TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTTCCTGACAACT 65 TTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAG-TTCCTAACAACT * * * * 612488 AAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGA 129 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * * * * * * 612553 GCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAAACCTTTGGGC 194 GCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC * * * * * * 612618 CACCCATAAGACATTTAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAG 259 CATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGG * * * * * 612683 TTTCCTAATTATCTCAAAATAGTTTTTAAAGGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAAC 324 TTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC * * * * ** 612748 TAAGAAATTAAG-TTTTGAAGGGTTTTTTTATTCCTAAGTCCTTTGTTCCATCTGTAAGTCTTTC 389 TAAGAAACTAAGCTTTCG-AGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * * * * 612812 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GGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAG-TTCCT-A- * * * * ** 613587 TATCTCAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAT-AAAGGTATTTCTTGACAAC-TAAGAAAC 123 -A---C--A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CT-TTCAAGGGT-TTT-TTGA-TTCGTAAG---- * ** * * * ** * 613650 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTAT-TCGTAAGTCCTTT-G-GGA-CAT-CTGCATGTCTTTCGAGC 166 T--CCTTT---GGG-----CCATCT-GTAAGT-CTTTCGAGCATGATACT-TAAATCCTTC-AG- * * * * ** * * * * 613710 ATGATACT-TAAATCC-TTCGGGTC-ATTTG-TAAG-CCTTTCGAGCAAGAT-GATAAGACCTTC 216 GTCAT-CTGT-AAGCCTTTCGAG-CAAGATGATAAGACC-TTCGGGC--CATCCATAAGACATTC * *** * * ** * * * 613769 -GGGCCATCCAAAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTA 275 AGTG---T-TGGATG-CTTTCA--AAT-GA-GATTT------------TAGAAACTAAGCCTTTC * * ** * * 613833 AAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGAGTTCTTTG 319 AAGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTG * * ** * 613898 ACAACTAAGAAACTAAGCTTT-GATGGGCTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTCAGCCCTCTGTAAGT 384 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGA-GGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGT * 613962 CTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC 448 CTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC * 614027 TTCGGGCAA 513 TTCGGGCCA * * 614036 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * * * 614101 TCCTAATTACCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGATGCTTAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTCC-TAACAACTA ** * 614166 AGAAA-TGAATTTTTCAAGGG-ATTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA 130 AGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * * * * * * 614229 GCATAATACTTAAATCTTTCGGGTTATCTATAAGCCTTTCGAG-AAGGATGATAAGACCTCCGGG 194 GCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA-GATGATAAGACCTTCGGG * * * * * * 614293 CCATACTTAAGACATTCAGTGGTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAACCTTTCAGGG 258 CCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGG * * * ** 614358 GTTTTCTAATTATCTTAAAAGAGTT-TTTAAGGAAGGTAAGCCTAACAAAGTTGTTCCTTGACAA 323 GTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA * * * * * 614422 CTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGATTTTTTTATTCATAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTC 388 CTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * 614487 GAGCATAATACTTAAA-CCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCG 453 GAGCATGATACTTAAATCC-TTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCG 614551 GGCCA 517 GGCCA * * * 614556 TCCATAAGACATTCGGTGTTGGATGATTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * 614621 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTC-CTAACAACTA * * * * 614686 AGAAACTAAGCTTTGAAGGGTTTCTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAG 130 AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG * * * 614751 CATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAGACCTTTGGGCC 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TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA * * * 616035 AAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-AG 391 AGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA- * * * * * 616099 GAATGATACTTAAATCTTTCGGGTTATCTGTAAACCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC 455 GCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC 616164 CA 520 CA * * 616166 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTTAAG-GGT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCC-TTTCAGTGGT * * * * 616230 TTCCTAATTACCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACT 65 TTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTCC-TAACAACT * * * * 616295 AAGAAA-TGAAACTTTCAAGGG-ATTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCACCTGTAAGTCTTTTG 129 AAGAAACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * * * * * * 616358 AGCATAATACTTAAATCTTTCGGGTTATCTGTAAGCCTATCGAGCAAGATGATAAGACCTCCGGG 193 AGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG * * * * * * 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TCTTAAACGAGTTGCTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTGATTCCTTGACAACTAAGAAACGAA 385 -C----A--A----CT-AA-G-A---AA--CT----AA--G----CTT------T------CG-- * 618175 ACTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTATGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTT----CATGATACT 407 -------AGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT * * * * 618236 AAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAACCTTTCGAGCAAGATTATAAGACCTTCGGGCCA 465 TAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCA * * * * * 618293 TCTATAAGACATTCAGTGTTAGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAGCTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * * * 618358 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTTGACCACTA 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGAGTTCC-TAACAACTA * * 618423 AAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-AG 130 AGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA- * * * * * * * 618487 GAATGATACTTAAATCTTTCGGGTTATCTGTAAACCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGC 194 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GCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCT-TTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG * * * * 625296 CCATTCATAAGACATTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTATAAACTAAGCCTTTCAGGG 258 CCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGG * * 625361 GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA-GAAGCTAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA 323 GTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA * * ** * 625425 CTAAGAAACGAAACTCACAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC 388 CTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * * * * 625490 GAGCATGATACTTAAATCTTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGTAAGATGATAAGACCTTC-G 453 GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGG 625554 GCCA 518 GCCA * * 625558 TCCATAAGACATTCAGGGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * 625623 TTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTGA-TTCTTTGACAACT 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAG-GAGTTC-CTAACAACT * * * * 625687 AAGAAACGAAACTGTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGCCCATCTGTAAGTCTTTCGA 129 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * ** * * * * 625752 GCATGATACTTAAATCTTTTGGGTCATCTCTAA-ACTATTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG 194 GCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCT-TTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG * * * * 625816 CCATCTACAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTATAGAAACTAAGCCTTTCAGGG 258 CCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGG * * 625881 GTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGTGTTCCTTGACAA 323 GTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAA * * * * 625946 CTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTATGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC 388 CTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC * 626011 GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGT 453 GAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGG * 626076 TCCA 518 GCCA * * 626080 TCCATAAGACGTTCA-TGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTT 1 TCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTT * * * * 626144 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAGCAAGCTAAGCCTAACAAAGTGA-TTCCTTGACAACT 66 TCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAG-GAGTTCC-TAACAACT * * * * * 626208 AAGAAACGAAACTGTCAGGGGTTTTTTGATTCGTAAATCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA 129 AAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * * * * 626273 GCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAATCCTTTCGAGCAAGATTATAAGACCTTCGGGC 194 GCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC * * * * 626338 CATCTATAAGATATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGG 259 CATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGG ** * 626403 TTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGATGTTCCTTAACAAC 324 TTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC * * * 626468 TAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCG 389 TAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * * * * * 626533 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Indices: 612836--613043 Score: 317 Period size: 111 Copynumber: 1.9 Consensus size: 111 612826 AATGCTTCGG * * * 612836 GTCATCTGTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTT 1 GTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACATTCAATGTT * 612901 CGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGT 66 CGATGCATTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGT * ** * * 612947 GTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATTAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAATGTT 1 GTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACATTCAATGTT * * 613012 GGATGCATTCATATAAGATTTTAGAAACTAAG 66 CGATGCATTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAG 613044 TCTTTTAGTG Statistics Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 111 86 1.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32 Consensus pattern (111 bp): GTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACATTCAATGTT CGATGCATTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGT Found at i:613251 original size:373 final size:372 Alignment explanation

Indices: 612583--613306 Score: 932 Period size: 373 Copynumber: 1.9 Consensus size: 372 612573 GGGTCATTTA * ** * * * 612583 TAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAAACCTTTGGGCCACCCATAAGACATTTAGTGTTCGATGCTT 1 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACCTTCAGGCCACCCATAAGACATTCAATGTTCGATGCAT * * * * 612648 TCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAATAGTTTTTAAA 66 TCAAATAAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCCAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA * * * * * * * * 612713 GGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACTAAGAAATTAAGTTTTGAAGGGTTTTTTTA 131 GGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACAAAGAAACTAAGTTTCGAAGGGTTTCTTGA * * * * * * 612778 TTCCTAAGTCCTTTGTTCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATGCTTCGGGTCATCT 196 TTCCTAAGTCCTTAGTGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCACGATACTTAAATCCTTCGGGCCATCT * 612843 GTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCT 261 GTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCT * 612908 TTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGTGTCATCTG 326 TTCAAATAAGATCTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGTGTCATCTG * * * * * * 612955 TAAGCCTTTTGAGCAAGATGATTAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCTTCAATGTTGGATGCAT 1 TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACCTTCAGGCCACCCATAAGACATTCAATGTTCGATGCAT * * * * * 613020 TCATATAAGATTTTAGAAACTAAGTCTTT-TAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTA 66 TCAAATAAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAG-AGTTTCCCAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTA * 613084 AAGGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACAAAGAAACTAAGCTTTCG-AGGGTTTCT 129 AAGGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACAAAGAAACTAAG-TTTCGAAGGGTTTCT * * * * 613148 TGATTCGTAAGTCCTTCAG-GCCATCTATAAGTCTTTGGAGTACGATACTTTAATCCTTCGGGCC 193 TGATTCCTAAGTCCTT-AGTGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCACGATACTTAAATCCTTCGGGCC * * * * * * * * 613212 ATTTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATTCATGAGACCTTCGGTGTTGGA 257 ATCTGTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTCGA * 613277 TGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGC 322 TGCTTTCAAATAAGATCTTAGAAACTAAGC 613307 CTTTCAGGGG Statistics Matches: 297, Mismatches: 51, Indels: 7 0.84 0.14 0.02 Matches are distributed among these distances: 371 2 0.01 372 93 0.31 373 197 0.66 374 5 0.02 ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32 Consensus pattern (372 bp): TAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACCTTCAGGCCACCCATAAGACATTCAATGTTCGATGCAT TCAAATAAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCCAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA GGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACAAAGAAACTAAGTTTCGAAGGGTTTCTTGA TTCCTAAGTCCTTAGTGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCACGATACTTAAATCCTTCGGGCCATCT GTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCT TTCAAATAAGATCTTAGAAACTAAGCTTAAATCTTTTGTGTCATCTG Found at i:613433 original size:261 final size:261 Alignment explanation

Indices: 612933--693461 Score: 50813 Period size: 261 Copynumber: 310.3 Consensus size: 261 612923 AGAAACTAAG * * * * * * 612933 CTTAAATCTTTTGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATTAGACCTTCAGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * * * * * * 612998 AGACCTTCAATGTTGGATGCATTCATATAAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTTAGTGGTTTCCCAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 613063 TTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACAAAGAAA 131 TTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * ** * * * * 613128 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTGGAGTACGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 613193 TA 260 TA * * * * * * * 613195 CTTTAATCCTTCGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATTCATG 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 613260 AGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 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A 261 A * * 613716 CTTAAATCCTTCGGGTCATTTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAAA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * 613781 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTAAAGAGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA ** * * 613846 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGAGTTCTTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * * * ** * 613911 TAAGCTTTGATGGGCTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTCAGCCCTCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 613976 A 261 A * * 613977 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCAATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 614042 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 614107 TTACCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGATGCTTAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA- 131 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* 614561 AAGACATTCGGTGTTGGATGATTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA * 614626 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * 614691 CTAAGCTTTGAAGGGTTTCTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 614756 TA 260 TA * * * 614758 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAGACCTTTGGGCCACCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * *** 614823 AGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAAAGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * * * 614888 TTATCTAAAAATAGTTTTTAAAGTATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * * * * * 614953 TAAGGTTTGAAGGGTTTTTTTATTCCTAAGTCCTTTGGTCCATCTGTAAATCTTTCGAGCATGAT 196 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* * * * * * 615808 CGTATGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTT----CATGAT-ACTTAA-ATCTTTCGGGTCATCT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATCC * * * *** * ** *** * * * * * 615867 GTAA-ACCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCTATAAGACATTCA-GTGT 63 ATAAGA-CATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG-AAAC--TAAGCCTTTCAGGGGT *** ** * ** * * * 615924 TAGATGCTT-TC-AAATAAGA-TT-TT--A-GAAGCTAAGCCTTTC--AGGGGTT-TTCTAATTA 124 TTCCTAATTATCTCAA-AAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT-TGA-CA * * * * * *** ** * * * * 615979 TCTCA-AAA--GAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAAC-AAAGGTGTTCC-TT-GACCA-CTAAA 186 ACTAAGAAACTAAGCT-TTCAAGGGTTTTTTG-AT-TCGTAA---G-TCCTTTGGGCCATCT--- * * ** * 616037 AAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATT 241 ---GTAAGTCTTTC--GAG---CATGATA * * * * * * * * ** 616065 CGTAAGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-AGGAATGAT-ACTTAA-ATCTTTCGGGTTATC 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA-GATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATC ** * ** * *** * ** *** ** * * * 616127 TGTAA-ACCTTTTGAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA-GTG- 62 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* 626542 CTTAAATCCTTCGGGGCATTTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAACACATTCAGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 626607 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTGAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTTCTA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTT-AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA * * * 626672 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAAAAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * 626737 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTATGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 626802 TA 260 TA ** 626804 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGTTCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 626869 AGACGTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * * 626934 TTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAGCAAGCTAAGCCTAACAAAGTGATTCCTTGACAACTAAGAAAC 131 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-CTTA-A--AT-CCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCG * ** * * * ** ** * * * 627391 AG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGC 55 GGCCATCCATAAGACATTCA--GTGTT-GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGC ** * * * * * * **** ** * 627452 CTAACAAAGGGG-TTCCTTGA-CAACTAAGAAACGAAGCTT-TCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAG 113 CTTTC--AGGGGTTTCC-TAATTATCTCA-AAA-G-AG-TTGTTAAAGG-AAGCT-AAGCCTAA- **** * * * * * * 627514 TCCTTTGGG--CCATCTGTA-AGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTC--GGGTCATCTGTA 168 -CAAAGGGGTTCC-T-TG-ACA-AC--T--A--A-GAAAC-T-AAGCTTTCAAGGGT--TTTTTG * * * * * ** * 627574 ACCTTTCGAGCAAGATGATAAACCTTCGGGCCATC-ATAAGACATTC-AGTGTTGGATG 217 A---TTC--G-TA-A-G-T---CCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAG-CAT-GATA ** *** * * * * ** * * ***** 627631 CTTTCAAATGAGATTTTAG-AAAC--TAAGCCTTTC-AG--GGTTTTTAATTATC-TCAAAAGAG 1 C-TT-AAAT--CCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAA-GACCTTCGGGCCA- *** * * ** *** * * ** * ** * * 627689 TTGTTAAAGGA-AGCTAAGCCTAACAAAG-GTTC-CTTGACA-ACTAAAAACTAAG-CTTTCAAG 60 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* * * * * * 628079 CTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAAT 164 CTAAC-A--AAG-GGGT---TCCTT--GACA-AC-TAAGA-A---A---CT--AAGCTTTC-AA- * * * ** * ** * * * * * * * 628144 GAGATTTTAGAAAC-TAAG-CCTTTAGG-TTTC-CTAATTATCTC-A-AAAGAGTT 207 GGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA-TA * ** ** ** * * ** * * * * * 628194 GTTAAAGGAAGCTAAGCCT-AAC--AAAGGGGTTCTTGACAACTAAGA-AATAAG-CTTTGAAGG 1 CTT-AA--ATCCTTCGGGTCATCTGTAA-GCCTT-TCG--AGC-AAGATGATAAGACCTT--CGG *** ** ** * * ** ** * * 628254 GTTTTTGATTCGTA-AGTC-CT-TTGG--GCCATC-TGTAAG-TCTTTCGAGCATGATACTAAAT 56 GCCATCCATAAG-ACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT-TTT--AG-A--A-ACT-AAG * *** * * ** * 628312 CC-TTC---GGTCAT-CTAAGCCTTTCGAGAAAGA--TGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA 112 CCTTTCAGGGGT-TTCCTAATTATCTC-A-AAAGAGTTGTTAA-A------GG--AAGC-TAAGC * ** ** * ** * * 628370 C-ATTCAGTGTTGGATGTTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTAATT- 164 CTA-ACAAAG--GG--G--TTC-CTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTT-T--TTG ** ** * * * ** * * * 628433 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T--GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AGGGGTTTTCTAATTATC 125 TCCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGG-TTCCT--TGA-- * * ** ** ** ** 629199 TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC-TAAAAAATGAAG 184 -C---A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CTTTC-AA-GGGTTTTTTGA-TTCGT----AA-G-TC ** 629263 CTTTCAAGGGTTTTTTGAT-TCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA 228 CTTT---GGG-----CCATCT-GTAA--------------------GTCTTTCGAGCATGATA * * * 629325 CTTAAAT-CTTCGGGTTATCTGTAAACCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 629389 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 629454 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * 629518 GAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 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C-AGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TG-TTAAAGGAAGCTAAGCCT-AACAAAGGGGTT * * * ** * * * * * * 651044 CCTTTG-CCA-T-TG----TAAGTCTTTC--GAG---CATGATACTTAAATCCTTCGAGTCATCT 178 CC-TTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCT * 651097 GTAAGTCTTTCGAGCAAGATGA 241 GTAAGTCTTTCGAGCATGAT-A * ** * * * *** * ** *** 651119 --TAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAG-- 1 CTTAA-ATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCC ** * * * *** ** * * * * 651179 AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTACCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCGAAGCCTA 59 ATCCATAAGACATTCA-GTGTTGGATGCTT---TCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTT * * * * * * * * * * **** ** * ** 651242 ACAAAGTGATTCCTTGA-CAACTAAGAAATGAGATTGTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCGT 116 TC-AGGGGTTTCC-TAATTATCTCA-AAA-GAG-TTGTTAAAGG-AAGCT-AAGCCTAA---CAA * * * * * * * 651306 TGGGCTAT-C-TGTA-AGTCTTTCATGATACTTAAATCTTTC--GGG----TT-A-TCTGTAA-A 171 AGGGGT-TCCTTG-ACA-AC--T-AAGAAAC-T-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTC-GTAAGT * * ** * * * * 651359 CCTTTCGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGC--CATC 227 CCTTT-GGGCCATCTG-TAAGTCTTTCGAGCATGATA * * * * * * * *** 651394 CATAAGA-CATTC-AGT-GT-TGGATG-CTTTCAAATTAGATTTTAGAAACTAAG-CCTTTCAGG 1 CTTAA-ATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGA---T-G--A-TAAGACC-TTC-GG *** * * * ** * * * 651453 GGTTTTC-TAATTATC-TTAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGGCTAACAAAGGTGTTCCTTGA 56 GCCATCCATAA-GA-CATT----CAG-TGTT---GG-A--T---GCTTTCAAATGAGAT--TT-- * ** * ** * * 651516 CAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTT--T--TTGAT-TC-GTA-AGTTCTT-TGGGCCATC 101 ----T-AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATT-ATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG-AAGC * ** * * * ** ** * * * * ** ** 651572 TGTAAGTCTTTC-GAGCATGATT-CTT-A-AATCCTTCG--GGTCATCTGT-ACGCCTTTTGAGC 159 --TAAGCCTAACAAAG--GGGTTCCTTGACAA--CTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTG- * * * * * * ** * 651630 AAGAT-GATAAGACCTTCGGGCCAT-TCATAAGACATTC-AGTGTTGGATG 217 -A-TTCG-TAAGTCCTTTGGGCCATCT-GTAAGTCTTTCGAG-CAT-GATA ** *** * * * * * * * 651678 CTTTCAAATTAGATTTTAG-AAAC--TAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGATTT 1 C-TT-AAA-T-CCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTC--GAG----C-AA-GA--TGATAAGA--C * ** ** * * ** * * * * * * * 651740 GTTAAAGG--AAGC-TAAGCCTAATCAAAG--GGTTCCTTGACAACTAAGA--ATCGAAACTTTA 50 CTT-CGGGCCATCCATAAGAC-ATTCAGTGTTGGATGCTT-TCAAATGAGATTTTAGAAAC--TA ** *** * * * ** * *** * * ** ** 651798 AGGGTTT--TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTAGTCT-TT-CATGATA-CTTAAATCTTT 110 AGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA-T--TAT-CTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGA-AGC-TAAGCCTAA * * * * * *** * * ** * 651858 C---GGGTCTCTGTAACCTT-TCGAGC-AAGATGA-TAAGACCTTC--GGGCCATCTAAGACATT 168 CAAAGGG-----GT-TCCTTGAC-AACTAAGA-AACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTC-GT * * ** 651915 CAGT--GTTGGATGCTTCAAATG--AGAT-TTT--AG-A--A-A 223 AAGTCCTTTGG--GC--CATCTGTAAG-TCTTTCGAGCATGATA * ** * * * **** * * * * 651948 C-T-AAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAG-CCTAAC 1 CTTAAATCC-TTC--GGGTCATCT-GTAAGC-CTTTCGA---G--CAA-GATGATAAGACCT-TC * * * * ** * ** * * * ** 652010 AAAAGGG--TTCC-T-TGACAACTAAG-AATCGAAACTTTC-AA-GGGTTTTTTGATTCGTAAGT 54 ----GGGCCATCCATAAGAC-ATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAAC-TAAG- *** * * * * * * ** * * * 652068 CCTTT--GGGCCATCTATAAGTCTTTGGAACATGA-TACTTAAATCTTGGGTTATCTGTAAACCT 112 CCTTTCAGGGGTTTC-CTAATTATCT-CAA-AAGAGTTGTTAAA-----GG-AAGC--TAAGCCT ** * * *** * * * * * ** * * * 652130 TTCGAGCAAGATGATAAGTTTGGCCATCCATAAGACATTCAG-TGTTGGATGCTTTTAAATAAGA 166 AAC-A--AAG-GGGT-TCCTT-GACA-AC-TAAGAAACTAAGCT-TTCAAGGGTTTT---T-TGA * ** * * * * * * * * 652194 TTTTAGAAACTAAG-CCTTTCAGGG-GTTTTCTAAATATCTC-A-AAAGAGTT 218 --TTCG----TAAGTCCTTT--GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA-TA * ** ** ** * * ** * * * * 652243 GTTAAAGGAAGCTAAGCCT-AAC--AAAGGGGTTCCTTGA-CAACTAAGA-AACGAAGCTTTCAA 1 CTT-AA--ATCCTTCGGGTCATCTGTAA-GCCTT--TCGAGCAA-GATGATAA-G-A-CCTTC-- *** ** ** * * * 652303 GGGTTTTTTGATTTGTA-AGTC-CT-TTGG--GC---CAACTGTA-AGTCTTTCGAGCATGATAC 54 GGG-CCATCCATAAG-ACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATG-AGA-T-TTT--AG-A--A-AC ** ** * * * * * 652359 TTAA-CTCTTTC--GGGTCATTTGTAATCCTTTCGAGCAAGA--TGAT-AA-G-ACCTTCGAGCC 108 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TAATTCTTTGGAATATGATA 248 T--TTC----GAGCATGATA * * * * 653136 CTTAAATCTTTCGTGTCTTCTGTACA-CCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGCGCCATCCAT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTA-AGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT 653200 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAAT--GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGG-TTCTCT 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTC-CT 653261 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA 129 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * 653326 ACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 194 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 653391 ATA 259 ATA * * 653394 CTTAAATCTTTC-GG-CATCTGTAATCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCAT--ATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 653454 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 653519 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* * 655178 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAA-ATCTTTCGGGCCATCTAT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA-CCTTCGGGCCATCCAT * * * 655242 AATAC-TGTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTCAGCCTTTCAGGGGTTTTCT 65 AAGACAT-TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT * 655306 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA 129 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * 655371 A-TGAATCTTTCAAGGATTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTT-GAGAAT 194 ACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT * 655434 AATA 258 GATA * * * * * 655438 CTTAAAAT-GTTCCGGT--TCTGTAAACCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGTCCATCCAT 1 CTT-AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * * * * * 655500 AAGACATTCAGTGCTGGATGCTTT-AAATTAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTA 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA * * * 655564 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAATGGGTTCTTTGAAAACTAAGAAA 130 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* * 656021 CTTTCA-AATGACATTTTAGAAACT--AAGCCTTTC--A-GGGGTTTCCTA-ATTATCTCAAAAG 61 C---CATAA-GACA-TTCAG-TGTTGGATG-CTTTCAAATGAGATTT--TAGA--AACT---AAG ** * ** *** *** ** * * ** ** * ** * 656079 ATTTGTTAAAGG-AAGCTAAGCCTAACAAAGGGGATCCTTGACAACTAAG--AAACGAAACTTTT 112 CCTT-TCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTT-A-AAGGAAGCTAAGCCTAAC---A ** * ** ** * ** * * * * 656141 AA-GGGTT--TTTTC--GTAA-ATCCTTTGGGCCATTTGTAAGTCTTTTGAGCATGATACTTAAA 170 AAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC--TAAG-C-TTT-CAAGGGTTTT----TTGATTCGTAAG * * * * 656200 T-CTTTAGAGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA 226 TCCTTT-GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-A * * ** * * * * * ** *** 656237 --TAAGA-CCTTCAGGCCATCCATAAGACATTC-AGTATTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG- 1 CTTAA-ATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCA--AGATG--AT--AA-GACCTTCGGGC ** * * * ** ** * * * 656297 -AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCT 58 CATCCATAAGACATTCA---GTGTT-GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCT ** * * * * * ** * * ** ** * 656359 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** * * * 660424 GG-TTCCTTGA-CAACT-AAAAAAGCT-TTCAAGG--GTTTTTG-AT-TCGTAA---G-TCCTTT 121 GGTTTCC-TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAG-CTAAGCCTAAC-AAAGGGGTTCC-TT * * * ** * * * * ** * 660477 GGGCCATCT-----A-TAAGTCTTTC--GAG---CATGA-T--AAAATCCATCGGGTTATCTTTA 182 --GACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTA * * 660528 AGCCTTTCGAGCAAGATGA 244 AGTCTTTCGAGCATGAT-A * * ** * * * *** * ** *** 660547 --TAAGA-CCATCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG-- 1 CTTAA-ATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCC ** * * * ** ** * * ** ** ** 660607 AAAC-TAAG-CCTTTAGGGTTTTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTT--AAAGGAAGCCTAACAAAG 59 ATCCATAAGACATTCAGTG-TTGGATGCTTTCAAATGAGATT-TTAGAAACTAAGCCTTTCAGGG * * * * * ** * **** * * 660667 G-TTCCTTGA-CAACTAAAAACTAACT-TTCAAGG--G-T-TTTTTGATCGTAA---G-TCCTTT 122 GTTTCC-TAATTATCTCAAAA-GAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCT-AAC-AAAGGGGTTCC-TT * * * ** * * * * * 660721 GGGCCATCT--G----TAAGTCTTTC--GAG---CATGATACTTAAAT-C--TCGGTCATCTGTA 182 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* * * 672492 CTCAAAAGAGTATTTAAAG-GAAGCTAAGCCTAACAAA-G-GGTTATTTGAAACCAAGAAACTAT 61 C-CATAAGA-CA-TT-CAGTGTTG-GATG-CTTTCAAATGAGATT-TTAGAAACTAAG---C--- * * ** * * **** *** *** * ** * 672554 GCTTTCAAGGTTTTTTTTATT-TGT-AAATCCTTTGGGCAA-TCTG-TAAGTCTTTCGAACA-TG 113 -CTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC-AA-AGGG * * ** * * * *** * * 672614 ATACCTT-A-AATCCTTCGGTCATCTATAAGCCTTTC--GAG---CAAGA-T-GATAAGTCCATC 175 GTTCCTTGACAA--C-TAAG-AAAC--TAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCG-TAAGTCCTTT * ** * * 672670 AGGCCATCAATAAGACATTC-AG--TG--- 232 GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA ** * ** ** * * * * *** * **** 672694 -TTGGATGCTT----TCAAATG--AGATTTTAGAAACTAAGCCT-TTAAGGGTTTTTGAATTATC 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCG-AGC-AAG-ATGATAA-GACCTTCGGGCCATC * ** * ** * * ** * * * * 672751 TCAAAAGAGTTGTTAAAG-GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCTTTGGAAACTAAGAAACTTAG 62 -CATAAGA--CATT-CAGTGTTG-GATG-CTTTCAAATGAGAT-TTTAGAAACTAAG---C---- * * * ** ** ** * * * ** 672815 ATTTGAAGGGTTT--T--TTGAT-TC-GTA-AGTCCTT-TGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGGA 113 CTTTCAGGGGTTTCCTAATT-ATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGG-AAGC--TAAGCCTAAC-A--A * * * * * * * 672872 AGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGG-TTTT 171 AG-GGGT---TCCTT---GACA-AC-TAAG--A---AA--CT--AAGCTTTC-AA-G-GGTTTTT * ** ** * * * * * * * * 672936 AGAAAC-TAAG-CCTTTCAGGG-GTTTTCTAATTATCTC-A-AAAGAGTT 215 TGATTCGTAAGTCCTTT--GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA-TA * ** ** ** *** **** * * * * 672981 GTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGAC-AACTAAGA-AATGAAG-CTTTCAAGG 1 CTT-AA--ATCCTTCGGGT--CATCTGTAAGCCTT-TCGAGC-AAGATGAT-AAGACCTTC--GG *** ** ** ** * * 673043 GTTTTTTGATTCGTA-AGTTC--T-TTGG--GCCATC-TATAAG-TCTTTCGAGCATGATACTTA 56 G-CCATCCATAAG-ACA-TTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT-TTT--AG-A--A-AC-TA ** * * * * * ** * * 673100 AATCTTTC--CGGTCATCTGTAAGCCTT-T-TGAGCAAGA--TAATAAGACCTTCGG--GC-CAT 110 AGCCTTTCAGGGGT-TTC-CTAA---TTATCTCA-AAAGAGTTGTTAA-A-----GGAAGCTAAG * * * * * 673156 CCATAAGATATTTAGTGTTGGATGCTT-TCAAATGTGAATTTAGAAACTAAGCCTTTC-AGGGTT 163 CC-TAACA-A---AG-G--GGTTCCTTGAC-AA-CT--A---AGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTT * * * ** * * * * * 673219 TTCTAATTACCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCATAATAAAGGGGTTCCTT-GA-CAAC 212 TTTTGATT-CGT----A-AGTCCTT--TGG--GC-CATC-T-GT-AA---G-TCTTTCGAGC-A- * 673282 TAAGAAA 257 T--GATA * * * ** * * ** 673289 C--GAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCATAAGTCCTTT-GGGCAACCTG-TAAG-CCTTTCGAG 1 CTTAAATCCTTC--GGGTCATCTG-----TAAG-CCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC-TTCG-G *** * * * * ** * *** ** * ** 673349 AATGATACTTAA-ATC-TTCCGGGTTATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATA-AGACCTTCGG 56 -GCCATCCATAAGA-CATTCAGTG-T-TGGAT--G-CTTTCAAATGAGATTTTAGA-AAC-T-AA * * * ** * * * * * * * 673411 GCCATCCATAAGGCATTCAGT-GTTGGATGCTTTCGAATGACATT-TT--A-GAAACTAAGCCTT 111 GCCTTTC--AGGGGTTTC-CTAATT--AT-C--TCAAAAGA-GTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTA * * * * * * ** ** 673471 TC--AGAGTTTTCTAATTATCTCAAACGAGATGTTAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGAGTTCC 167 ACAAAGGGGTTCCT--TGA---C-AAC-------T-AA-GAAACTAAG-CTTTC-AAGG-GTTTT ** ** ** ** ** 673534 TTGACAAC-TAAGAAAC-TAAGG---T-T-TCAAGGGTTTTTAG-AT--T- 214 TTGA-TTCGTAAG-TCCTTTGGGCCATCTGT-AAGTCTTTCGAGCATGATA * * * * ** * * 673574 CATAAGTCCTTTGGG-CTATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGAT-ACTTAATTCCTTCGGGTCATCT 1 CTTAAATCCTTCGGGTC-ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGACCTTCGGGCCATCC * * * * *** * ** *** ** * * * 673637 GTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA-GTG-T 63 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTT ** * * * ** * * * 673694 TGGT--TGCAT-TCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCT-TTAAAGAGTTTCCTAATTATC 125 TCCTAAT-TATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT--TGA-- * * ** * ** ** ** 673751 TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAAC-TAAGAAACTAAG 184 -C---A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CTTTC-AA-GGGTTTTTTGA-TTCGTAAG-TCCTTTG * ** ** * 673815 AG---T-TG-AAGGGTTT----TTTGATT 233 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA * * * * * * * ** * 673835 CGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGGGCATGAT-ACTTAA-ATCCTTCGGGTTATCT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATCC * * * * *** * ** *** ** * * * 673898 GTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCA-GTG-T 63 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTT ** ** * * * ** * * 673955 T--GGATGCTTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC--AGGGGTTTTCTAATTATC 125 TCCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGG-TTCCT--TGA-- * * ** * ** ** 674012 TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG----TTGACAAC-TAAG--AATT--G- 184 -C---A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGA-TTCGTAAGTCCTTTGGGC * * * ** ** * 674067 AAACTTTCAAGGGTTT----TTTGATT 236 CATCTGT-AAGTCTTTCGAGCATGATA * * * * * * 674090 CGTAAGTCCTTTGGG-CTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAA-ATCCTTCGGGTCATC 1 CTTAAATCCTTCGGGTC-ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATC ** * * ** * ** *** ** * * 674152 TGTAAGCCTTTCGAG-G-AAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCATTGT 62 CATAAGACATTC-AGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCA--G- * * * * * ** *** *** * * 674210 TGGATGCTTT-CAAATGTGATTTTAGAAACTAATCCT-TTCAGGGGTTTTCTAATTATCACAAAA 120 -GG--G-TTTCCTAAT-T-ATCTCA-AAA-GAGT--TGTT-AAAGG-AAGCTAAGCCTAACAAAG * * * * ** * ** * 674273 GAGTT-GTT---AA--AGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAAC-TAAGAAATGAAA 173 GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTC-AA-GGGTTTTTTGA-TTCGTAAG---T---C ** *** * * 674331 CTTTCAATGTTTTTTGATTCATAAGTACTTT-GGGCA--ATA 228 CTTT--GGGCCATCTG-----TAAGT-CTTTCGAGCATGATA * * * * * ** * * * * 674370 -TGTAAGTCTTTCGAG-CATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATG-TG-TAAG-CCTTTCGAGCAA 1 CT-TAAATCCTTCGGGTCAT-CT--GTAAGCCTTTCGAG-CAAGATGATAAGACC-TTCGGGC-- * * * 674430 GAT-GATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGG 58 CATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGG 674494 TTTCCTAATTAT-TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC 123 TTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC * * * * * 674558 TAAGAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCATAAGTCCTTTGGGCAACCTGTAAGCCTTTCG 188 TAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCG * 674623 AGAATGATA 253 AGCATGATA * * * 674632 CTTAAAT-CTTCCGGGTTATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGTCATCCAT 1 CTTAAATCCTT-CGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * * 674696 AAGGCATTCAGTGTTGGATGCTTTCGAATGACG-TTTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTTCT 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGA-GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT * * * * 674759 AATTATCTCAAACGAGATGTTAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGAGTTCCTTGACAACTAA-AA 129 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA 674823 ACTAA--TTTCAAGGG-TTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCA-G 194 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 674884 ATA 259 ATA * * 674887 CTTAATTCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 674952 AGACATTCAGTGTTGGTTGCATTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-A-GAGTTT-CTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 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CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 675441 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 675506 TTAT-TCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * 675570 GAAACTTTCAAGGG--TTTT--TTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 675631 A 261 A * * * * * * 675632 CTTAAATCTTTAGCGTCATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCGGGACATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 675697 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGACTTTAGAAACTAAGCCTTT-A-GGGTTT--TAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA ** * 675758 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA-G--G--AAGCCTAACAAAGTTGTTCCTTGACAACTAAAAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC ** * 675818 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTATTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCGTGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 675883 A 261 A * * * 675884 CTTAAATCCTCCTGGTCATCTGTAAG-CTATTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCAT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCT-TTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * * 675948 AAGACATTCAGAGTTGGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTA 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA * 676013 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAA-AAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * * 676077 ATGAAACTTTCAAGGGTTTATTGATTTGTAAGTCCTTTGGGCTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 195 CT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 676142 ATA 259 ATA * * * * * 676145 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGCGCAAGATGATAAGTCCTTTGGGCAATTCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * 676210 AGATAATCAGTATTAGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 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CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGATCTTCGGACCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 676731 AGACAATCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTATGCCTTTTAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 676796 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAATAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * 676861 AAAGCTTTCATGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 676926 A 261 A * 676927 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 676992 AGACATTCAGTGTTGGATGC-TTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 677056 TTATCTCAAAAGAATTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGATTCATTGACAACTAAGAAA- 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 677120 TGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 196 T-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 677185 TA 260 TA * ** * * 677187 CTTAAATCTTTCAAGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACTTTCGGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 677252 AGACCTTCAGTGCTGAATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * 677317 TTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAAGGTAGCTAAGCGTAACAAA-GGGTT-CTTCGACAACCAAGAA 131 TTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT-GACAACTAAGAA * * ** 677379 ACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAAAATG 194 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 677444 ATA 259 ATA * * * 677447 CTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCGGGCCATCAATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 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AGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATAAAATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA ** * * ** * ** 691643 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAATTAAGCCTAAGAAATGATTTACTTGACAACTATTAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC ** * * * 691708 T-AGACTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATAA 196 TAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * 691772 TG 260 TA * * * 691774 CTTAAATCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * * * * * * * 691839 AGACCTTCAGTATTAGATGCTTTCAAACGAGATTTTTGAAACTAAACATTTTAGTGGTTTCCCAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA ** * * 691904 TTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACAAAGAAA 131 TTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * ** ** 691969 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCAT-T-CAAGGGTTT----TTTGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 692028 T- 260 TA * * * * * * * * ** * 692029 TTGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA-ATCTTTCGGGTTATCT 1 CT-TAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATG-ATAAGA-CCTTCGGGCCATCC * * * * * * * * ** ** * * * * ** 692093 GTAAGCCTTTTAAGCAAGATGAGAAGTCCTTC--GGGCCATCCATAAGATATTCAATG--TTGGA 63 ATAAGAC-ATTCAG--TGTTG-GATG-CTTTCAAATGAGAT--TTTAGAAACT-AA-GCCTTTCA * * * * * * * * ** *** * *** ** * * 692154 -TGCTTT-CAAATAAGGTTTTAGAAACTAAGCCTT-TCAGGGGTTTTCGAATTATCTCAAAAGAG 119 GGGGTTTCCTAATTA--TCTCA-AAA--GAG--TTGTTAAAGG-AAGCTAAGCCTAACAAAGGGG * * ** ** ** ** * 692216 TT-GTT---AA--AGGAGGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAAC-TAAGAAACTAAGCTT 176 TTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTC-AA-GGGTTTTTTGA-TTCGTAAG----T--CCTT * * 692274 TCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCAATCTGTAAGTCTTTCGAGAATGATA 231 T---GGG----------C--CA-TC------------TGTAAGTCTTTCGAGCATGATA * * * 692333 CTTAAATCCTTCGAGTCATTTGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACC-TCCAT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGG-CCATCCAT * * 692397 AATACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCCTA 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA * * * * * ** 692462 ATTATCTCAAAAGAGTTATTAAATGAATCTAAGCCTAAGAAATGGGTTCCTTGACAACTATTAAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * ** * * * 692527 CTAAACTTTTGAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * 692592 TG 260 TA ** * * * * ** 692594 CTTAAATCCTTCCTGTCATCTGTAAGTCTTTTGAGCAAGTTGATAAGACCTTCAGGCCATGTATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * * * 692659 AGACCTTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAATTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * * * * 692724 TTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAATAAACGGGTTCTTTGACAACTAAGAAA 131 TTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * ** * * 692789 CTAAGCTCTCAAGGGTTTCTTGATTCATAAGTCCTTCAGGCTATCTATAAGTCTTTCGAGCATGA 195 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * 692854 TG 260 TA * * * * 692856 CTTAAATCCTTCAGGTTATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 692921 AGACATTCAGTGTTGGATGC-TT----TGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA * 692981 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * * 693046 TAAGCTTTGAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 693111 A 261 A * * * * 693112 CTTAAATCCTTCGGGTCA-CATGTAAGCTTTTCCAGCAAGATGATAAGACCTACGGGCCATCAAT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATC-TGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * 693176 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAGTGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA 65 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTA 693241 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAA-AAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * 693305 ATGAAACTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAACTCTTTCGA-CATG 195 CT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 693369 ATA 259 ATA * 693372 CTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA 693437 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCA 693462 TTATCTCAAA Statistics Matches: 67740, Mismatches: 7895, Indels: 9266 0.80 0.09 0.11 Matches are distributed among these distances: 231 9 0.00 232 21 0.00 233 19 0.00 234 7 0.00 235 90 0.00 236 140 0.00 237 43 0.00 238 60 0.00 239 154 0.00 240 148 0.00 241 255 0.00 242 257 0.00 243 288 0.00 244 574 0.01 245 525 0.01 246 601 0.01 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Indices: 612300--613567 Score: 1700 Period size: 634 Copynumber: 2.0 Consensus size: 633 612290 GAGCATGATA * 612300 CTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAAT 1 CTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCAAT * * * * * * * 612365 AGACATTTAGTGTTGGATGCTTTAAAATGATATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGTTTTCTAA 66 AGACATTCAATGTTGGATGCATTAAAATAAGATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGTTTCCCAA * * * 612430 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTTCCTGACAACTAAAAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGGTGGTTCCTGACAACTAAAAAAC ** * * * 612495 TAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 196 TAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCACGAT * * * * 612560 ACTTAAATCCTTCGGGTCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGTTGATAAAACCTTTGGGCCACCCAT 261 ACTTAAATCCTTCGGGCCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACATTCGGGCCACCCAT * 612625 AAGACATTTAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTA 326 AAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTA * * * * * 612690 ATTATCTCAAAATAGTTTTTAAAGGATGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACTAAGAAA 391 ATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGAAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACTAAGAAA * * * * * ** 612755 TTAAGTTTTGAAGGGTTTTTTTATTCCTAAGTCCTTTGTTCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 456 TAAACTTTTGAAGGGTTTCTTGATTCCTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * 612820 TACTTAAATGCTTCGGGTCATCTGTAAGTCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA 521 TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA 612885 TAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAG 586 TAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAG * * * * * 612933 CTTAAATCTTTTGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATTAGACCTTCAGGCCATCC-AT 1 CTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCAAT * * * ** * * 612997 AAGACCTTCAATGTTGGATGCATTCATATAAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTTAGTGGTTTCCCA 66 -AGACATTCAATGTTGGATGCATTAAAATAAGATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGTTTCCCA 613062 ATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGG-GGTTCCTTGACAAC-AAAG 130 ATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGGTGGTTCC-TGACAACTAAA- * * * * * 613125 AAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTGGAGTA 192 AAACTAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCA * * * * * 613190 CGATACTTTAATCCTTCGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCAT 257 CGATACTTAAATCCTTCGGGCCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACATTCGGGCCAC * * * * * * * * * 613255 TCATGAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTT 322 CCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTT * * * * 613320 CCTAATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGAAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTCCA-TGATAATTA 387 CCTAATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGAAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT-CATTGACAACTA ** * * 613384 TTAAACTAAACTTTT-AAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTTCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA 451 AGAAA-TAAACTTTTGAAGGGTTTCTTGATTCCTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA * * * 613448 GCATGATACTTAAATCCTTCTGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC 515 GCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGC * * * * * * 613513 CATCTATAAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAGCTAAG 580 CATCCATAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAG 613567 C 1 C 613568 CTTTCACGAG Statistics Matches: 546, Mismatches: 83, Indels: 11 0.85 0.13 0.02 Matches are distributed among these distances: 632 2 0.00 633 122 0.22 634 413 0.76 635 9 0.02 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33 Consensus pattern (633 bp): CTTAAATCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCAAT AGACATTCAATGTTGGATGCATTAAAATAAGATTTTAGAAACTAAACCTTTCAGCGGTTTCCCAA TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGGTGGTTCCTGACAACTAAAAAAC TAAGCTTTCAAGGGTTTATTGATTCATAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCACGAT ACTTAAATCCTTCGGGCCATTTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAAACATTCGGGCCACCCAT AAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCTA ATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGAAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAACTAAGAAA TAAACTTTTGAAGGGTTTCTTGATTCCTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCATTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA TAAGACATTCAGTGTTCGATGCTTTCAAATAAGATTTTAGAAACTAAG Found at i:613935 original size:521 final size:521 Alignment explanation

Indices: 612933--627294 Score: 8584 Period size: 521 Copynumber: 27.4 Consensus size: 521 612923 AGAAACTAAG * * * * * * 612933 CTTAAATCTTTTGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATTAGACCTTCAGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * * * * * ** 612998 AGACCTTCAATGTTGGATGCATTCATATAAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTTAGTGGTTTCCCAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAA * * * 613063 TTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAACCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACAAAGAAA 131 TTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * ** * * * * 613128 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTGGAGTACGA 194 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * * * * * 613193 TACTTTAATCCTTCGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACATTCGGGCCATTCA 259 TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * * * 613258 TGAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT 324 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCT * * * * * * * ** 613323 AATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGAAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTCCATGATAATTATTAA 389 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * * * 613388 ACTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTTCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 454 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 613453 ATA 519 ATA * * 613456 CTTAAATCCTTCTGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * * * 613521 AGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAGCTAAGCCTTTCACGAGTTTCTTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAA * * * 613586 TTATCTC-AAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAATAAAGGTATTTCTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * * * 613650 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGACATCTGCATGTCTTTCGAGCATGAT 195 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT * * 613715 ACTTAAATCCTTCGGGTCATTTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAA 260 ACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * * 613780 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGTCTTTAAAGAGTTTCCTA 325 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTA ** * * 613845 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGAGTTCTTTGACAACTAAGAAA 390 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * ** * 613910 CTAAGCTTTGATGGGCTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTCAGCCCTCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 455 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 613975 TA 520 TA * * 613977 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCAATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 614042 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAA * * * 614107 TTACCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGATGCTTAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA- 131 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TGAAACTTTCAAGGGATTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCATTCGAGCATA-A 244 -G--TCTTTCGA-GCA---TGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCA-AGA * ** ** * * * *** * ** **** 620055 T-ACTTAA-ATCTTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTC-GAGAAAGATG--AT--AA-GACCTCCGG 301 TGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTA * * * ** * * * 620112 GCCATACTTAAGACATTC-A--GTTGT--GGATGT-TTTCAAATGAGGTT-TT--A-GAAACTAA 363 G--AAAC-TAAGCCTTTCAAGGGTT-TCCTAAT-TATCTCAAAAGA-GTTGTTAAAGGAAGCTAA *** * * * ** ** 620167 GCCT--TTTAGGGGTTTTCTAATTATCATAAAAGAGTTGATAAAGGAAGGTAAGCCTAACAAAGG 422 GCCTAACAAAGGGG-TTCCT--TGA-C-----A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CTTTC-AAGG ** ** ** ** * ** * 620230 TGTTCCTTGACAAC-TAAGAAAC--TAAG---T-T-TCAAGTGTTT----TTTGATT 469 -GTTTTTTGA-TTCGTAAG-TCCTTTGGGCCATCTGT-AAGTCTTTCGAGCATGATA * * * * * * * * * 620275 CATAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAA-ATCATTCGGGTCATCT 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAGA-CCTTCGGGCCATCC * * * * *** * ** *** ** * * * 620338 GTAAGCCTTTC-GAGCAAGATG--AT--AA-GACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTC---GGTG 63 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAGGGGTT ** * * * * ** * * 620394 T-TGGATGATTTCAAATGAGATT-TT--A-GAAACTAAGCCTTTC-AGGGGTTTCCTAATTATCT 125 TCTTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGG-TTCCT--TGA--- * * ** ** ** 620453 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGA--C--AA---C--TAAG- 183 C---A-A----CT-AA-GAAACTAAG-CTTTC-AA-GGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC * * * * * * * * * * 620508 AAAC-G-AAG-CTTTCAAGGGTTTCTTGATTCGTAATTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGA 235 CATCTGTAAGTCTTTC--GAG---CATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGA * * * * ** * *** * 620570 GCATGAT-ACTAAAATCTTTCGGGTCATCTGTAA-AC---C--T-TTCGA-GC-AAGATGATGAG 295 GCAAGATGA-TAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCA-AATGAG *** * * * * * *** ** * 620625 ACCTTCGGGCCATCTATAAGACATTC-AGTGTTGGATGCTT-TC-AAATAAGA-TT-TT--A-GA 357 A--TTTTAG-AAAC--TAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAA-AAGAGTTGTTAAAGGA * ** * * * 620682 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-GAAAC-TC-ACAAGTGTTT----TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGG-C-TCTGTAAGTCTTTTGA 230 TGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGA * * * * * ** * * * ** * * 621089 GCATGATACATAA-ATCTTTCGGGTCTTCTGTAAGTCTTTC-GGGTAAGATG--AT--AA-GA-C 295 GCAAGAT-GATAAGA-CCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGA * ** ** * * ** *** * * * 621146 CTTCGGCCATCCATAAGACATTC-ATTGTTGGAT-CTT-T-TCAAATGAGATT-TT--A-GAAAC 358 TTTTAG--AAAC-TAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAG-TTGTTAAAGGAAGC ** * * * * * ** 621203 TAAGCCT-TTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGAAGCTAAGCCTAACAAAG 419 TAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT--TGA---C---A-A----CT-AAGAAACTAAG-CTTTC-AA- * ** ** ** * ** ** * 621267 GGGTTCTTTGACAAC-TAAGAAAC--TAAG-C-TTTG-AAGGGTTT----TTTGATT 467 GGGTTTTTTGA-TTCGTAAG-TCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA * ** * * * * * 621314 CCTATGTCCATT-GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTGAA-ATCCTTCGAGTCATC 1 CTTAAATCC-TTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-T-AAGA-CCTTCGGGCCATC * * * * *** * ** *** ** * * 621376 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TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * 622198 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCT 324 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCT * 622263 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGTCAACTAA-AA 389 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * 622327 AATGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCATTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGAAT 454 ACT-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT 622392 GATA 518 GATA * * * * * * 622396 CTTAAATCTTTCTGGTTATCTGTAAACCTTTTGAGCAAAATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * * 622461 AGACATTTAGTGTTGGATGCTTTTAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTT-TCTA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCT-TA 622525 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTGGTTCCTTGACAACTAAGAAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAA * 622590 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AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAA * 623048 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGTCTAACAAAGTGGTTCCTTGACAACTAAGAAA- 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * ** 623112 TGAAACTCACAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 195 T-AAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * ** * * 623177 TACTTAAATCTTTTGGGTCATCTGTAAGTTTTTCGAGTAAGATGATAAGACCTTC-GGCCAACCA 259 TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * 623241 TAAGAAATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAAGAGTTTCCT 324 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCT * 623306 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAA-GAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAA 389 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * 623370 ACTAAGCTTTGAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCCTTCGAGCATG 454 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 623435 ATA 519 ATA * * 623438 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CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * 625564 AGACATTCAGGGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTT-TCTA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCT-TA * * 625628 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTGATTCTTTGACAACTAAGAAA 130 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * 625693 CGAAACTGTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGCCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 194 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * * * * * * 625758 TACTTAAATCTTTTGGGTCATCTCTAA-ACTATTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCT 259 TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCT-TTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCC * * * * 625822 ACAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTATAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTC 323 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCC * * * 625887 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAAA 388 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGA * * 625952 AACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTATGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT 453 AACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT 626017 GATA 518 GATA ** 626021 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGTTCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 626086 AGACGTTCA-TGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAA 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTTAA * * * 626150 TTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAGCAAGCTAAGCCTAACAAAGTGATTCCTTGACAACTAAGAAAC 131 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAAC * * * * * 626215 GAAACTGTCAGGGGTTTTTTGATTCGTAAATCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 195 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT * * * * 626280 ACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAATCCTTTCGAGCAAGATTATAAGACCTTCGGGCCATCTAT 260 ACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCAT * * * * 626345 AAGATATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTA 325 AAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTTCCTA ** * * 626410 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGATGTTCCTTAACAACTAAAAAA 390 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * 626475 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 455 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 626540 TA 520 TA * * * * * 626542 CTTAAATCCTTCGGGGCATTTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAACACATTCAGGCCATCCATA 1 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATA * * 626607 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTGAGAAACTAAGCCTTTCAAGGGTTT-TCT 66 AGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTT-AGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCT-T * * 626671 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAAAA 129 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGG-GTTCCTTGACAACTAAGAA * * 626736 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTATGTTCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 193 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG ** 626801 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TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAG-GGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 627259 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT 195 TAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT 627295 AGTAAGCCAT Statistics Matches: 11776, Mismatches: 1426, Indels: 1276 0.81 0.10 0.09 Matches are distributed among these distances: 495 5 0.00 496 2 0.00 497 5 0.00 498 2 0.00 499 1 0.00 501 5 0.00 502 11 0.00 503 4 0.00 504 3 0.00 505 5 0.00 506 2 0.00 507 7 0.00 508 25 0.00 509 352 0.03 510 505 0.04 511 31 0.00 512 6 0.00 513 8 0.00 514 12 0.00 515 110 0.01 516 48 0.00 517 238 0.02 518 405 0.03 519 387 0.03 520 2205 0.19 521 3312 0.28 522 2196 0.19 523 640 0.05 524 33 0.00 525 30 0.00 526 27 0.00 527 43 0.00 528 54 0.00 529 13 0.00 530 9 0.00 531 10 0.00 532 7 0.00 533 14 0.00 534 16 0.00 535 13 0.00 536 36 0.00 537 28 0.00 538 48 0.00 539 31 0.00 540 27 0.00 541 35 0.00 542 37 0.00 543 13 0.00 544 12 0.00 545 14 0.00 546 22 0.00 547 13 0.00 548 15 0.00 549 5 0.00 550 16 0.00 551 19 0.00 552 29 0.00 553 11 0.00 554 14 0.00 555 24 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Indices: 618028--618141 Score: 174 Period size: 51 Copynumber: 2.2 Consensus size: 51 618018 TTAGATTTTA * ** 618028 GAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTTTTAATTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAG 1 GAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAG * * 618079 GAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTTAAACGAGTTGCTAAAG 1 GAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAG * 618130 GAAGCTAAGCCT 1 GAAACTAAGCCT 618142 AACAAAGTGA Statistics Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 0 0.90 0.10 0.00 Matches are distributed among these distances: 51 57 1.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (51 bp): GAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGCTAAAG Found at i:620892 original size:21 final size:20 Alignment explanation

Indices: 620868--620913 Score: 56 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 620858 ATGTAAGCCT * 620868 TTCGAGCAATATGATAAGACA 1 TTCGAGCAAT-TCATAAGACA * * 620889 TTCGGGCCATTCATAAGACA 1 TTCGAGCAATTCATAAGACA 620909 TTCGA 1 TTCGA 620914 TGTTGGATGC Statistics Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1 0.81 0.15 0.04 Matches are distributed among these distances: 20 13 0.62 21 8 0.38 ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.20, T:0.26 Consensus pattern (20 bp): TTCGAGCAATTCATAAGACA Found at i:627510 original size:225 final size:226 Alignment explanation

Indices: 627112--627519 Score: 737 Period size: 225 Copynumber: 1.8 Consensus size: 226 627102 AGATTATAAG * * 627112 ACCTTCGGGCCATCTATAAGATATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC 1 ACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC ** 627177 CTTTCAGGGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGTTGTTC 66 CTTTCAGGGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC * 627242 CTTGACAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGTAAGCCATCT 131 CTTGACAACTAAAAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGTAAGCCATCT 627307 TAAATCCTTCGGGGCATGATAGCAAGATGAT 196 TAAATCCTTCGGGGCATGATAGCAAGATGAT * 627338 ACCTTC-GGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC 1 ACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC * 627402 CTTTCAGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC 66 CTTTCAGGGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC * 627467 CTTGACAACTAAGAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT 131 CTTGACAACTAAAAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT 627520 GGGCCATCTG Statistics Matches: 174, Mismatches: 8, Indels: 1 0.95 0.04 0.01 Matches are distributed among these distances: 225 168 0.97 226 6 0.03 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.32 Consensus pattern (226 bp): ACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC CTTTCAGGGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC CTTGACAACTAAAAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGTAAGCCATCT TAAATCCTTCGGGGCATGATAGCAAGATGAT Found at i:627809 original size:253 final size:257 Alignment explanation

Indices: 627327--649344 Score: 37662 Period size: 253 Copynumber: 86.9 Consensus size: 257 627317 GGGGCATGAT 627327 AGCAAGATGAT---ACCTTC-GGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 1 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 627388 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCC 66 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGG-TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCC * 627453 TAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCT 130 TAACAAA-GGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCT 627518 TTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAA-CCTTTCG 194 TTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATC-TTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCG 627582 AGCAAGATGATAA-ACCTTCGGGCCAT-CATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 1 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT * 627645 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCT 66 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCT 627710 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TGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCG 628588 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAT-CATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 1 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 628652 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCTAATTATCT-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCC 66 TTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCC * 628716 TAACAAAGGTGTTCCTTGACAACTAA-AAA--AAACTTTCAA-GGTTTTTTGATTCGTAAGTCCT 130 TAACAAAGG-GTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCT 628777 TTGGGCCATCTGTAAGTCTTTC-AGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCG 194 TTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAAT-CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCG * 628841 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGACATTCAGTGTTGGATGC-TTCAAATGAGAT 1 AGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGAT 628905 TTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGC 66 TTTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGG-TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGC 628970 CTAACAAA-GGTTCCTTGACAACTAA-AAACTAAGCTTTCAAGGG-TTTTTGATTCGTAAGTCCT 129 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Indices: 632088--632187 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 632078 TTTTGATTCG * * * * 632088 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 632129 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 632170 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 632188 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:638497 original size:41 final size:40 Alignment explanation

Indices: 638415--638504 Score: 110 Period size: 41 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40 638405 GTAAGTCTTT * * * 638415 GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTC 1 GGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACCTTC * 638456 GGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACCTTC 1 GGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACCTTC 638497 GGGCCATC 1 GGGCCATC 638505 CATAAGACAT Statistics Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 4 0.82 0.10 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.07 41 38 0.90 42 1 0.02 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.23, T:0.29 Consensus pattern (40 bp): GGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAACCTTC Found at i:638756 original size:41 final size:40 Alignment explanation

Indices: 638663--638763 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40 638653 TTTTAGATTC * * * * 638663 ATAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 1 ATAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT * * 638703 ACTTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT 1 A--TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT 638744 GATAAGACCTTCGGGCCATC 1 -ATAAGACCTTCGGGCCATC 638764 CATAAGACAT Statistics Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 7 0.77 0.12 0.11 Matches are distributed among these distances: 40 4 0.08 41 41 0.84 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (40 bp): ATAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT Found at i:639270 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 639177--639277 Score: 116 Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41 639167 TTTTTTGATT * * * * 639177 CTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA 1 CTAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATA * * 639218 CTTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA 1 C-TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-A 639260 -TAAGACCTTCGGGCCATC 1 CTAAGACCTTCGGGCCATC 639278 CATAAGACAT Statistics Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 6 0.78 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 42 0.86 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): CTAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATA Found at i:640279 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 640187--640286 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 640177 TTTTGATTCG * * * * 640187 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 640228 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 640269 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 640287 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:641290 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 641198--641297 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 641188 TTTTGATTCG * * * * 641198 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 641239 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 641280 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 641298 CATAAGATTC Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:641793 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 641701--641800 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 641691 TTTTGATTCG * * * * 641701 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 641742 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 641783 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 641801 ATAAGACATT Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:642299 original size:41 final size:40 Alignment explanation

Indices: 642208--642302 Score: 104 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 40 642198 TTTTGATTCG * * * * 642208 TAAGTCCTTTGGGCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * 642248 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGG-CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 642289 TAAGACCTTCGGGC 1 TAAGACCTTCGGGC 642303 CATCATAAGA Statistics Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 7 0.78 0.10 0.12 Matches are distributed among these distances: 40 10 0.22 41 34 0.76 42 1 0.02 ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.23, T:0.32 Consensus pattern (40 bp): TAAGACCTTCGGGCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:642553 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 642461--642559 Score: 105 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 642451 TTTTGATTCG * * * * 642461 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 642502 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 642543 TAAGACCTTC-GGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 642560 CATAAGACAT Statistics Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 6 0.77 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 40 9 0.19 41 34 0.72 42 4 0.09 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:643308 original size:40 final size:39 Alignment explanation

Indices: 643231--643309 Score: 97 Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39 643221 TCCTTTGGGC * * * 643231 CATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTCGGT 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACCTTCGGT 643271 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACCTTCGG 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACCTTCGG 643310 GCCATCCATA Statistics Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 4 0.83 0.07 0.10 Matches are distributed among these distances: 39 3 0.09 40 30 0.88 41 1 0.03 ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (39 bp): CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAACCTTCGGT Found at i:644315 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 644223--644322 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 644213 TTTTTATTCG * * * * 644223 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 644264 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 644305 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 644323 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:644569 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 644478--644569 Score: 98 Period size: 39 Copynumber: 2.4 Consensus size: 39 644468 ATTCGTAAGT * * * 644478 CCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAA 1 CCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAA * * * 644518 -ATCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATA-TAGA 1 CCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTA-A 644556 CCTTCGGGCCATCT 1 CCTTCGGGCCATCT 644570 AAATTCAGTT Statistics Matches: 41, Mismatches: 9, Indels: 5 0.75 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 37 2 0.05 38 1 0.02 39 38 0.93 ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.22, T:0.30 Consensus pattern (39 bp): CCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAA Found at i:644809 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 644717--644816 Score: 114 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 644707 TTTTGATTCG * * * * 644717 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 644758 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 644799 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 644817 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 41 0.85 42 4 0.08 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:645061 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 644969--645067 Score: 105 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 644959 TTTTGATTCG * * * * 644969 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * * 645010 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 645051 TAAGACCTTC-GGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 645068 ATAAGACATT Statistics Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 6 0.77 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 40 9 0.19 41 34 0.72 42 4 0.09 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:647351 original size:40 final size:40 Alignment explanation

Indices: 647274--647352 Score: 97 Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40 647264 TCCTTTGGGC * * * * 647274 CATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTCGGT 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACATAAACCTTCGGT * 647314 CATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATA-ATAAGACCTTCGG 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACATAA-ACCTTCGG 647353 GCCATCCATA Statistics Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 2 0.82 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 39 3 0.09 40 30 0.91 ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.19, T:0.33 Consensus pattern (40 bp): CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACATAAACCTTCGGT Found at i:647608 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 647516--647615 Score: 107 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 647506 TTTTGATTCG * * * 647516 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGAATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGAATGATAC * * 647557 TTAA-ATCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA-GATGA- 1 -TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAG-AATGAT-AC 647598 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 647616 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 7 0.77 0.11 0.11 Matches are distributed among these distances: 40 3 0.06 41 39 0.81 42 6 0.12 ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGAATGATAC Found at i:647864 original size:40 final size:39 Alignment explanation

Indices: 647784--647870 Score: 104 Period size: 40 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39 647774 AAGTCCTTTG * * * 647784 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTC 1 GGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACCTTC * 647824 GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACCTTC 1 GGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACCTTC 647864 GGCCATC 1 GGCCATC 647871 CATAAGACAT Statistics Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 4 0.82 0.10 0.08 Matches are distributed among these distances: 39 3 0.08 40 36 0.90 41 1 0.03 ACGTcount: A:0.25, C:0.24, G:0.21, T:0.30 Consensus pattern (39 bp): GGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAACCTTC Found at i:649486 original size:204 final size:202 Alignment explanation

Indices: 649148--649547 Score: 639 Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202 649138 TCGGCCATCC 649148 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCTA 1 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAAT-AGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCTA * * 649213 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTCCTTGACACTAAGAAACT 65 ATTATCACAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCT-A-AAAGGGTTCCTTGACACTAAAAAACT 649278 TTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG-ACTTAAA 128 TTCAAGGGTTTTTTGATTC-TAAGTCCTTTGGG-CATCTGTAAGTCTTTCGAG-ATGAACTTAAA 649342 TCTAATCCTTTCA 190 TCTAATCCTTTCA * 649355 ATAAGACCTTCAG-GTTGGATGCTTTCAAAT-GATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTA 1 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTT-CTA 649418 ATTATCACAAAAGAGTTGTTAAAGGAAG-TAAGCCT-AAAGGGTTCCTTGACAACTAAAACAAGC 65 ATTATCACAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAGGGTTCCTTGAC-ACTAAAA-AA-C 649481 TTTCAAGGGTTTTTTGATTCTAAGTCCTTTGGGCATCTGTAAGTCTTTCGAGATGATACTTAAAT 127 TTTCAAGGGTTTTTTGATTCTAAGTCCTTTGGGCATCTGTAAGTCTTTCGAGATGA-ACTTAAAT 649546 CT 191 CT 649548 TCGGGTCATC Statistics Matches: 184, Mismatches: 3, Indels: 16 0.91 0.01 0.08 Matches are distributed among these distances: 201 18 0.10 202 25 0.14 203 25 0.14 204 57 0.31 205 30 0.16 206 17 0.09 207 12 0.07 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.34 Consensus pattern (202 bp): ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCTAA TTATCACAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAGGGTTCCTTGACACTAAAAAACTTTC AAGGGTTTTTTGATTCTAAGTCCTTTGGGCATCTGTAAGTCTTTCGAGATGAACTTAAATCTAAT CCTTTCA Found at i:650882 original size:39 final size:39 Alignment explanation

Indices: 650800--650889 Score: 103 Period size: 40 Copynumber: 2.3 Consensus size: 39 650790 CCTACGTCCT * * 650800 TTCGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATC 1 TTCGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACC * 650840 TTCGGTCATCTGTAAG-CTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACC 1 TTCGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACC 650879 TTCGGGCCATC 1 TTC-GGCCATC 650890 CATAAGACAT Statistics Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 6 0.81 0.08 0.11 Matches are distributed among these distances: 38 3 0.07 39 18 0.42 40 22 0.51 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (39 bp): TTCGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAAGATACTAAACC Found at i:651110 original size:20 final size:22 Alignment explanation

Indices: 651054--651110 Score: 57 Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22 651044 CCTTTGCCAT * 651054 TGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TGTAAGTCTTTCGAG-ATCATAC * * 651077 T-TAAATCCTTCGAG-TCAT-C 1 TGTAAGTCTTTCGAGATCATAC 651096 TGTAAGTCTTTCGAG 1 TGTAAGTCTTTCGAG 651111 CAAGATGATA Statistics Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 5 0.74 0.13 0.13 Matches are distributed among these distances: 19 2 0.07 20 14 0.50 22 11 0.39 23 1 0.04 ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.19, T:0.37 Consensus pattern (22 bp): TGTAAGTCTTTCGAGATCATAC Found at i:654460 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 654365--654460 Score: 131 Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41 654355 TTCGTAAGTT * * * 654365 CTTCGGGTTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATC 1 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAATC 654407 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAATC 1 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAAATC * 654448 CTTCGGGCCATCT 1 CTTCGGGTCATCT 654461 ATAATACTGT Statistics Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 3 0.88 0.07 0.05 Matches are distributed among these distances: 41 18 0.37 42 30 0.61 43 1 0.02 ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.21, T:0.33 Consensus pattern (41 bp): CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAATC Found at i:655203 original size:42 final size:41 Alignment explanation

Indices: 655144--655239 Score: 122 Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41 655134 TTCGTAAGTT * * * 655144 CTTCGGGTTATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT-ACTTAAATC 1 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA--TAAATC 655186 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAATC 1 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAATC * * 655227 TTTCGGGCCATCT 1 CTTCGGGTCATCT 655240 ATAATACTGT Statistics Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3 0.86 0.09 0.05 Matches are distributed among these distances: 41 17 0.35 42 30 0.62 43 1 0.02 ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.21, T:0.34 Consensus pattern (41 bp): CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAATC Found at i:659539 original size:39 final size:38 Alignment explanation

Indices: 659464--659540 Score: 93 Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38 659454 CCTTTGGGCC * * * 659464 ATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTCGGT 1 ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACCTTCGGT 659503 ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACCTTCGG 1 ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACCTTCGG 659541 GCCATCCATA Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4 0.82 0.08 0.10 Matches are distributed among these distances: 38 3 0.09 39 29 0.88 40 1 0.03 ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.21, T:0.32 Consensus pattern (38 bp): ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAACCTTCGGT Found at i:662059 original size:40 final size:39 Alignment explanation

Indices: 661982--662060 Score: 97 Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39 661972 TCCTTTGGGC * * * 661982 CATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTCGGT 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC-TAAACCTTCGGT 662022 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA-TAAGACCTTCGG 1 CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-ACTAA-ACCTTCGG 662061 GCCATCCATA Statistics Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 4 0.83 0.07 0.10 Matches are distributed among these distances: 39 3 0.09 40 30 0.88 41 1 0.03 ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (39 bp): CATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATACTAAACCTTCGGT Found at i:663165 original size:198 final size:199 Alignment explanation

Indices: 662827--663228 Score: 569 Period size: 198 Copynumber: 2.0 Consensus size: 199 662817 AGCAACATGA * 662827 TAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCTTTCAAAAGAGATTTTAGAAACT 1 TAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTAGATGCTTTCAAAAGAGATTTTAGAAACT * * 662892 AAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGATTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAATAAAGG 66 AAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGG * * * * 662957 GGTTCCTTGATAACTAAGAAA-TGAAACTTTTAAGGG-TTTATTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCT 131 GGTTCCTTGATAACTAAAAAACT-AAACTTTCAAGGGTTTTATTGACTCGTAAGTCCTTTGGGCC * 663020 ATTTG 195 ATCTG * * * 663025 TAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGATATTCAGTGTTAGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACT 1 TAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTAGATGCTTTCAAAAGAGATTTTAGAAACT * * * * 663090 AAGCCTTTTAGGGGTTT-TTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATT-AGCCTAACAAA 66 AAGCCTTTAAAGAGTTTCCT-AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAG-TTAAGCCTAACAAA ** * * 663153 GTTGTTCCTTGATAACTAAAAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTTTGACTCGTAAGTCCTTTGGG 129 GGGGTTCCTTGATAACTAAAAAACTAAACTTTCAAGGG-TTTTATTGACTCGTAAGTCCTTTGGG 663218 CCATCTG 193 CCATCTG 663225 TAAG 1 TAAG 663229 TCTTTCGAGC Statistics Matches: 180, Mismatches: 19, Indels: 8 0.87 0.09 0.04 Matches are distributed among these distances: 197 1 0.01 198 144 0.80 199 3 0.02 200 32 0.18 ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.20, T:0.34 Consensus pattern (199 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTAGATGCTTTCAAAAGAGATTTTAGAAACT AAGCCTTTAAAGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAGCCTAACAAAGG GGTTCCTTGATAACTAAAAAACTAAACTTTCAAGGGTTTTATTGACTCGTAAGTCCTTTGGGCCA TCTG Found at i:665534 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 665440--665539 Score: 107 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 665430 TTTTGATTCG * * * * 665440 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATAC 1 TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC * 665481 TTAA-ATCC-TCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGA-CCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGAT-AC 665522 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGACCTTCGGGCCATC 665540 ATAAGACATT Statistics Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 9 0.76 0.10 0.14 Matches are distributed among these distances: 40 5 0.10 41 37 0.77 42 6 0.12 ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.22, T:0.30 Consensus pattern (41 bp): TAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAC Found at i:667561 original size:42 final size:42 Alignment explanation

Indices: 667481--667562 Score: 130 Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42 667471 TTTTGATTCA * 667481 TAAACCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT 1 TAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT * 667523 TAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CTTTCGAGCAATGATA 1 TAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGC-ATGATA 667563 AGACCTTCGG Statistics Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 2 0.90 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 41 9 0.24 42 28 0.76 ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.20, T:0.34 Consensus pattern (42 bp): TAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACT Found at i:670742 original size:223 final size:223 Alignment explanation

Indices: 670353--670795 Score: 753 Period size: 223 Copynumber: 2.0 Consensus size: 223 670343 CATGATACTT * * 670353 AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA 1 AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGA * * * 670418 TAATCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTCCTAATTA 66 CAATCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTA * * * 670483 TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAATAAATGAA 131 TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAAATAAGAAATGAA * * 670548 GCTTTCATGGGTTTTTTGATTCGTAACTA 196 ACTTTCAAGGG-TTTTTGATTCGTAACTA 670577 AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGA 1 AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGA * * * 670642 CATTTAGTGTTGGATGC-TTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTA 66 CAATCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTA 670706 TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAAATAAGAAATGAA 131 TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAAATAAGAAATGAA 670771 ACTTTCAAGGGTTTTTGATTCGTAA 196 ACTTTCAAGGGTTTTTGATTCGTAA 670796 GTCCTTTGGG Statistics Matches: 206, Mismatches: 13, Indels: 2 0.93 0.06 0.01 Matches are distributed among these distances: 222 14 0.07 223 115 0.56 224 77 0.37 ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.20, T:0.31 Consensus pattern (223 bp): AAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATAATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGA CAATCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTA TCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCATTGACAAATAAGAAATGAA ACTTTCAAGGGTTTTTGATTCGTAACTA Found at i:671308 original size:225 final size:225 Alignment explanation

Indices: 670887--671323 Score: 569 Period size: 225 Copynumber: 1.9 Consensus size: 225 670877 AAAACCTTCG * * * * * 670887 GGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTTGAAACTAAGCCTTTCAG 1 GGCCATCAATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA * 670952 GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGTTCTTCGAAA 66 GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGGTTCTTCGAAA * * * * * * 671017 CCAAGAAACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTTATTTATAAAAACATCAGGTCATCTGTAAGCCTTTC 131 CCAAAAAACTATGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCATAAAAACATCAGGCCATATGTAAGCCTTTC 671082 GAACATGATACTTAAATGATAAGTACATCA 196 GAACATGATACTTAAATGATAAGTACATCA * 671112 GGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-AA 1 GGCCATCAATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA * * 671176 GGGTTT-TTGAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGTGTTCCTT-G 66 GGGTTTCCT-AATTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGGTT-CTTCG * * ** ** ** * 671238 ACAACTAAAAAACT-TAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTATTTTGGGCCATATGTAAGT 128 A-AACCAAAAAACTAT-GCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCATAAAAACATCAGGCCATATGTAAGC * 671302 CTTTCGAGCATGATACTTAAAT 191 CTTTCGAACATGATACTTAAAT 671324 CCTCCGGGTC Statistics Matches: 182, Mismatches: 25, Indels: 10 0.84 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 223 2 0.01 224 54 0.30 225 126 0.69 ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33 Consensus pattern (225 bp): GGCCATCAATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAA GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAAAAAGGGTTCTTCGAAA CCAAAAAACTATGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCATAAAAACATCAGGCCATATGTAAGCCTTTC GAACATGATACTTAAATGATAAGTACATCA Found at i:671897 original size:41 final size:42 Alignment explanation

Indices: 671800--671910 Score: 102 Period size: 41 Copynumber: 2.7 Consensus size: 42 671790 TCATGATTCG * * * * * * 671800 TAAGTCCTTCGGGCCATCTATTAGTCTTTCGAGCATGATGCT 1 TAAGACCTTTGGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCA * * 671842 TAA-ATCC-TTAGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATG-A 1 TAAGA-CCTTTGGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCA * 671882 TAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACCTT 1 TAAGACCTTTGGGCCATCTATAAG-CCTT 671911 CGGTGTTGGA Statistics Matches: 54, Mismatches: 11, Indels: 8 0.74 0.15 0.11 Matches are distributed among these distances: 40 5 0.09 41 40 0.74 42 9 0.17 ACGTcount: A:0.25, C:0.24, G:0.20, T:0.31 Consensus pattern (42 bp): TAAGACCTTTGGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCA Found at i:672759 original size:780 final size:782 Alignment explanation

Indices: 671097--672895 Score: 2517 Period size: 780 Copynumber: 2.3 Consensus size: 782 671087 TGATACTTAA * 671097 ATGATAAGTACATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 1 ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 671162 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAA-AA 66 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA * * * * * ** 671226 AAGTGTTCCTTGACAACTAAAAAACTTAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTATTTTGGGC 131 AGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTTAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC * * 671291 CATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCC-TCTGTAAGCCTTTCGAGCAA 196 CATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG-CCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA * * * * * * * 671355 GATGATAAGACCTTCGGGTCAACGATACGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG 260 GATGATAAGACCTTCGAGCCAACCATAAGACATTCAGTCTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAG * * * 671420 AAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCGTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAACCTAAC 325 AAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAAGGAAGCTAAACCTAAC * * * * 671485 AAAGGGGTTCCTTAACAACTAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTATTTGATTTTGTAAGTCCTTTG 390 AAAGGGGTACCTTAACAAATAACAAACGAAACTTTCAAGGGTTATTTGATTTCGTAAGTCCTTTG * 671550 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGA 455 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGA * ** * 671615 AAGTTGATAAGAGCTTCGGGCCATCTTTAAGACATTCAGTGTTTGATGCTTTCAAATGAGATTTT 520 AAGTTGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTT * * *** * 671680 AGAAACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCTGTAGAGTTGTTAAAGGAATCTAAACCTA 585 AGAAACTAAGCCTTTCAGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCTA * * * * 671745 ACAAACGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCATGATTCGTAAGTCCTTC 650 ACAAACGGGTTACTTGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTCATGATTCGTAAATCCTTC * * * * * 671810 GGGCCATCTATTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTAGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGC 715 GGGCAATCTATAAGTCTTTCGAACATGATCCTTAAATCCTTAGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGC 671875 AAG 780 AAG * * ** * * * * 671878 ATGATAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGA 1 ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA * ** * ** 671943 AACTAAACCTTT-AGGG-TTTCCAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAATGAATATAAGCCTAACAA 66 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA * * * ** 672006 AGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTAAGCTTTCGTGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGC 131 AGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTTAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC * * * * 672071 CATTTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTTGAGGAAG 196 CATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAG * * * 672136 ATGATAAGACCTTCGAGCCATCCATAAGACCTTCGGTCTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGA 261 ATGATAAGACCTTCGAGCCAACCATAAGACATTCAGTCTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGA * * * 672201 AACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAACAGAGTTATTAAAGGAAGCTAAGCCTAACA 326 AACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAAGGAAGCTAAACCTAACA * * * * 672266 AAGGGGTACCTTGACAAATAAGAAACGAAACTTTCAAGGGTTTTTTTA-TTCGTAAGTCCTTTGG 391 AAGGGGTACCTTAACAAATAACAAACGAAACTTTCAAGGGTTATTTGATTTCGTAAGTCCTTTGG * * 672330 GCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAG-C 456 GCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGAA * * 672394 ATTATGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTT 521 AGT-TGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTT * * 672459 TGAAACTAAGCCTTTCAGTG-GTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAAGGAAGCTAAGCC 585 AGAAACTAAGCCTTTCAG-GAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAACC * * * ** * * 672522 TAACAAA-GGGTTATTTGA-AACCAAGAAACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTTATTTGTAAATCCT 648 TAACAAACGGGTTACTTGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTCATGATTCGTAAATCCT * * * * 672585 TTGGGCAATCTGTAAGTCTTTCGAACATGATACCTTAAATCCTTCGGTCATCTATAAGCCTTTCG 713 TCGGGCAATCTATAAGTCTTTCGAACATGAT-CCTTAAATCCTTAGGCCATCTATAAGCCTTTCG 672650 AGCAAG 777 AGCAAG 672656 ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 1 ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 672721 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA 66 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA * * * * 672786 AGGGGGTCTTTGGAAACTAAGAAACTTAGATTT-GAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGG 131 AGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTTAGCTTTCG-AGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGG * * * * * 672850 CTATCTGTAAGTCTTTCGAGGAAGATG-ATAAGA-CCTTCGGGCCATC 195 CCATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA-ATCCTTCGGGCCATC 672896 CATAAGACAT Statistics Matches: 885, Mismatches: 123, Indels: 22 0.86 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 777 62 0.07 778 114 0.13 779 252 0.28 780 390 0.44 781 67 0.08 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (782 bp): ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA AACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA AGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTTAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC CATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAG ATGATAAGACCTTCGAGCCAACCATAAGACATTCAGTCTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGA AACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTATTAAAGGAAGCTAAACCTAACA AAGGGGTACCTTAACAAATAACAAACGAAACTTTCAAGGGTTATTTGATTTCGTAAGTCCTTTGG GCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGAA AGTTGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTA GAAACTAAGCCTTTCAGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCTAA CAAACGGGTTACTTGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTCATGATTCGTAAATCCTTCG GGCAATCTATAAGTCTTTCGAACATGATCCTTAAATCCTTAGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCA AG Found at i:672838 original size:519 final size:518 Alignment explanation

Indices: 671097--672869 Score: 2391 Period size: 519 Copynumber: 3.4 Consensus size: 518 671087 TGATACTTAA 671097 ATGATAAGTA-CATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG 1 ATGATAAG-ACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG * 671161 AAACTAAGCCTTTAAGGGTTT-TTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAA 65 AAACTAAGCCTTTAAGGGTTTCTT-AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC * * * * ** 671225 AAAGTGTTCCTTGACAACTAAAAAACTTAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTATTTTGGG 129 AAAGGGGTCCTTGACAACTAAGAAACTTAGATTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGG * * 671290 CCATATGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCCTCTGTAAGCCTTTCGAGCAA 194 CCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA * * * * 671355 GATGATAAGACCTTCGGGTCAACGATACGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG 259 GATGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG * * * 671420 AAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCGTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGTTAAACCTAAC 324 AAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAAC * * * * 671485 AAAGGGGTTCCTTAACAACTAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTATTTGATTTTGTAAGTCCTTTG 388 AAAGGGGTTCCTTGA-AACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGA-TTTGTAAGTCCTTTG 671550 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGA 451 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGA 671615 AAG 516 AAG * * * * ** * 671618 TTGATAAGAGCTTCGGGCCATCTTTAAGACATTCAGTGTTTGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 1 ATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA * *** * * 671683 AACTAAGCCTTTTAGGAGTTTCTTAATTATCTCTGTAGAGTTGTTAAAGGAATCTAAACCTAACA 66 AACTAAGCCTTTAAGG-GTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACA * * * * ** * 671748 AACGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCATGATTCGTAAGTCCTTCGGG 130 AA-GGGGTCCTTGACAACTAAGAAACTTAGATTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGG * * * ** * 671813 CCATCTATTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCT-TAGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA 194 CCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAA * * * * * 671877 GATGATAAGACCTTTGGGCCATCCATAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAG 259 GATGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG * * * 671942 AAACTAAACCTTT-AGGGTTTCC-AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAATGAATATAAGCCTAACA 324 AAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACA ** * * ** 672005 AAGGGGTTCCTTGAAAACTAAGAAACTAAGCTTTCGTGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGG 389 AAGGGGTTCCTTG-AAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGG * * * * * * * 672070 CCATTTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTTGAGGAA 453 CCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGAAA 672135 G 518 G * * * * * * 672136 ATGATAAGACCTTC-GAGCCATCCATAAGACCTTCGGTCTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAG 1 ATGATAAGACCATCAG-GCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAG * * * * 672200 AAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAACAGAGTTATTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC 65 AAACTAAGCC-TTTAAGGGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAC * * * * 672265 AAAGGGGTACCTTGACAAATAAGAAAC-GAAACTTTCAAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTG 129 AAAGGGGT-CCTTGACAACTAAGAAACTTAGA-TTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTG 672329 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGC 192 GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGC ** * 672394 ATTATGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTT 257 AAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTT * * 672459 TGAAACTAAGCCTTTCAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTAT-TTAAAGGAAGCTAAGCCT 322 AGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGATAAGCCT ** * * * * * 672523 AACAAA-GGGTTATTTGAAACCAAGAAACTATGCTTTCAAGGTTTTTTTTATTTGTAAATCCTTT 385 AACAAAGGGGTTCCTTGAAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTT * * * 672587 GGGCAATCTGTAAGTCTTTCGAACATGATACCTTAAATCCTTC-GGTCATCTATAAGCCTTTCGA 450 GGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATA-CTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGA * 672651 GCAAG 514 GAAAG * 672656 ATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 1 ATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA 672721 AACTAAGCCTTTAAGGGTTT-TTGAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACA 66 AACTAAGCCTTTAAGGGTTTCTT-AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACA * * 672785 AAGGGGGTCTTTGGA-AACTAAGAAACTTAGATTTGAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGG 130 AA-GGGGTCCTT-GACAACTAAGAAACTTAGATTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGG * 672849 GCTATCTGTAAGTCTTTCGAG 193 GCCATCTGTAAGTCTTTCGAG 672870 GAAGATGATA Statistics Matches: 1083, Mismatches: 149, Indels: 42 0.85 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 517 6 0.01 518 260 0.24 519 288 0.27 520 169 0.16 521 101 0.09 522 170 0.16 523 89 0.08 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (518 bp): ATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGA AACTAAGCCTTTAAGGGTTTCTTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAA AGGGGTCCTTGACAACTAAGAAACTTAGATTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCC ATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTCCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGA TGATAAGACCTTCGGGCCATCGATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAA 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Indices: 672633--673090 Score: 706 Period size: 219 Copynumber: 2.1 Consensus size: 218 672623 ATCCTTCGGT * * * 672633 CATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGTCCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAGTGTTGG 1 CATCTATAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAATGTTGG 672698 ATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTG 66 ATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTG * * * 672763 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCTTTGGAAACTAAGAAACTTAGATTTGAAGGGTTT 131 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCCTTGGAAACTAAGAAACTAAGATTTCAAGGGTTT 672828 TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC 196 TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC * * * * * * 672851 TATCTGTAAGTCTTTCGAGGAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAATGTTGG 1 CATCTATAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAATGTTGG * * 672916 ATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCT-AATTATCTCAAAAGAGT 66 ATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT-AAGGGTTTT-TGAATTATCTCAAAAGAGT * * 672980 TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT-GACAACTAAGAAA-TGAAGCTTTCAAGG 129 TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCCTTGGA-AACTAAGAAACT-AAGATTTCAAGG * 673043 GTTTTTTGATTCGTAAGTTCTTTGGGC 192 GTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC 673070 CATCTATAAGTCTTTCGAGCA 1 CATCTATAAGTCTTTCGAGCA 673091 TGATACTTAA Statistics Matches: 216, Mismatches: 20, Indels: 7 0.89 0.08 0.03 Matches are distributed among these distances: 218 93 0.43 219 122 0.56 220 1 0.00 ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.22, T:0.32 Consensus pattern (218 bp): CATCTATAAGTCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCATCAGGCCATCAATAAGACATTCAATGTTGG ATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGGTTTTTGAATTATCTCAAAAGAGTTG TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGGTCCTTGGAAACTAAGAAACTAAGATTTCAAGGGTTT TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGC Found at i:674941 original size:41 final size:40 Alignment explanation

Indices: 674848--674947 Score: 112 Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40 674838 TTTTGATTCG * * 674848 TAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAGATAC 1 TAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAGATAC * * * 674888 TTAATTCATTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGA- 1 -TAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGC-AGAT-AC * 674930 TAAGACCTTCGGGCCATC 1 TAAGTCCTTCGGGCCATC 674948 CATAAGACAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 4 0.79 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 41 43 0.90 42 4 0.08 43 1 0.02 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.22, T:0.31 Consensus pattern (40 bp): TAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAGATAC Found at i:680576 original size:41 final size:41 Alignment explanation

Indices: 680483--680589 Score: 110 Period size: 41 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41 680473 GATTCGTAAG * * * 680483 TCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAA 1 TCCTTC-GGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCATAAA * 680525 TCCTTCGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATG-ATAAGA 1 TCCTTCGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCATAA-A * * 680566 -CCTTTGGGCCATCCATAAGACCTT 1 TCC-TTCGGCCATCTATAAG-CCTT 680590 CGGTGTTGGA Statistics Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 6 0.81 0.10 0.09 Matches are distributed among these distances: 40 5 0.09 41 40 0.73 42 10 0.18 ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.19, T:0.30 Consensus pattern (41 bp): TCCTTCGGCCATCTATAAGCCTTTCGAGCAAGATGCATAAA Found at i:684811 original size:219 final size:219 Alignment explanation

Indices: 684372--684825 Score: 700 Period size: 220 Copynumber: 2.1 Consensus size: 219 684362 TCAAGTCATT 684372 TGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACCTCCATAAGACATTCAGTGTTGGTGCT 1 TGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACCTCCATAAGACATTCAGTGTTGGTGCT * * 684437 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTATGCCTTTAAGGAGTTTCCTAATTATCTTAAAAGAGTTGTTAA 66 TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA * * 684502 AGGAAGCTAATCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACAAAGCTTTCAAGTGTTTTTTT 131 AGGAAGCTAATCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAACTAAAAAACAAAGCTTTCAAGTGTTTTTTT 684567 GATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATC 196 GATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATC * * * * 684591 TGTAAGGCTTTCGAGCTAGATGATAAGACTTTTGGG-CCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATG 1 TGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACC-TCCATAAGACATTCAGTGTTGG-TG * * * 684655 CTTTCAAATTAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTAT-T 64 CTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGT-TGT * 684719 TAAAGGAAGCTAATCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAA-TAAAAAAACTAAGCTTTCAAG-GTTT 128 TAAAGGAAGCTAATCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAACT-AAAAAACAAAGCTTTCAAGTGTTT * * * 684782 TTTTTATTCGTAAGTTCTTTGGGCCATC 192 TTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATC * 684810 TGTAAGTCTTTCGAGC 1 TGTAAGCCTTTCGAGC 684826 ATGATACTTA Statistics Matches: 215, Mismatches: 16, Indels: 8 0.90 0.07 0.03 Matches are distributed among these distances: 218 2 0.01 219 99 0.46 220 113 0.53 221 1 0.00 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.20, T:0.33 Consensus pattern (219 bp): TGTAAGCCTTTCGAGCTAGATGATAAGACCTTCGGGACCTCCATAAGACATTCAGTGTTGGTGCT TTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTAAGGAGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAA AGGAAGCTAATCCTAACAAAGGGGTTCCTCGACAACTAAAAAACAAAGCTTTCAAGTGTTTTTTT GATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATC Found at i:692020 original size:36 final size:36 Alignment explanation

Indices: 691980--692048 Score: 111 Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36 691970 TAAGCTTTCG 691980 AGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATTCA 1 AGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATTCA * * * 692016 AGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGGCCAT 1 AGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCAT 692049 CTGTAAGTCT Statistics Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 36 30 1.00 ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.25, T:0.42 Consensus pattern (36 bp): AGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATTCA Found at i:693925 original size:261 final size:261 Alignment explanation

Indices: 693461--698265 Score: 6408 Period size: 261 Copynumber: 18.5 Consensus size: 261 693451 GGATGCTTTC * * * 693461 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAACCTAAGCCTAACAAAGTGGTTCCTTAACAACTAAGAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * 693526 CGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAATCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAACATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * * * 693591 TACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGACAAGACCTTCGAGCCATCCA 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * 693656 TAAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCT 196 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT 693721 A 261 A * 693722 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAATCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * ** 693787 CGAAACTTTCAATGGTTTTTTTATTCGTAAGTAATTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA ** * * 693852 TAATTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGCCCATCCA 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * * 693917 TAAGACATTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAATTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCT 196 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT 693982 A 261 A * 693983 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * 694048 CGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * ** * * * * * 694113 TACTTAAGT-CTATCGGGTTTTCCGTAAGCCTTTCAAGAAAGATTATAAGACCTTC-GGCCATTC 131 TGCTTAAATCCT-TCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCC * * * * * * 694176 ATAAGACATTTAATGTTGGATGCTTTCAAATGTGGTTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTTC 195 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCC * 694241 TT 260 TA * * 694243 ATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTTGACAACTAAGAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * 694308 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTACGTCCTTTGCGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * * * * 694373 TACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCATTCGAGCAAGAAGATATGACCTTCGGGCCATCTA 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCA * * * 694438 TAATACATTCAGTGTTGGATACTTTTAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT 196 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCT 694503 A 261 A * * * * 694504 ATTATCTCAAAAGTGTAT-TTAAAGGAAGCTAAGCCTATCAAAGGGGTTCCTCGACAACCAAGAA 1 ATTATCTCAAAAGAGT-TGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * 694568 ACTAAGCTTTCAAGGTTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGCAG-CATCTGTAAGTCTTTCGAACAT 65 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTG-GGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT * * * 694632 GATACTTAAATCCTTCAGATCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATC 129 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* 695483 AAAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATAAGATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCC 195 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCC 695548 TA 260 TA * * * ** ** 695550 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAACTAAGCCTAAGAAATGATTTCCTTGACAACTATTAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * ** * 695615 CTAAACTTTTGAGGGTTTCTTT-ATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTT-TTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG * * * * 695679 ATGCTTGAATCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCC 130 ATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCC * * * * * 695744 ATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTAAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCC 195 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCC * 695809 CA 260 TA * * * * 695811 ATTATCTCAAAAAGAGTTCTTAAAGAAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCTTTGACAACTAAGAA 1 ATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * * * * * * * * 695876 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Indices: 693461--698265 Score: 6491 Period size: 523 Copynumber: 9.3 Consensus size: 521 693451 GGATGCTTTC * * * 693461 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAACCTAAGCCTAACAAAGTGGTTCCTTAACAACTAAGAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * 693526 CGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAATCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAACATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * * * 693591 TACTTAAATCTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGACAAGACCTTC-GAGCCATCC 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAG-GCCATCC * * * * 693655 ATAAGACATTTAGTGTTGGATGCTTTCAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTC 195 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCC ** 693720 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAATCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGA 260 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGA * * * * * ** * 693785 AACGAAACTTTCAATGGTTTTTTTATTCGTAAGTAATTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCAT 325 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* * * 695091 ACTAAGCTTCCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCGGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATG 65 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG * * * * 695156 ATGCTTATATCCTTCGGGCCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCTATCT 130 ATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCC * * 695221 ATAAGACCA-TCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTC 195 ATAAGA-CATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTC * * * 695285 CCAATTATCTCAAAGAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTAGACAACTAA 259 CTAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAA * * 695350 GAAACTACGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGC 323 GAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT-GGCCATCTATAAGTCTTTCGAGC 695415 ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCA 387 ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCA * * * * * ** * 695480 ACCAAAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATAAGATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTT 452 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ATAAGACCA-TCAGT-TCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTT 195 ATAAGA-CATTCAGTGT-TGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTT * * * 696851 CCTAATTATCTCAAAGAGAGTTTTTAAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTA 258 CCTAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA * * * 696916 AGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAA----TTC-CG 322 AGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTT-TGGCCATCTATAAGTCTTTCGAG 696976 -ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC 386 CATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCC * * * ** * 697040 AACCA-AAGACCTTC-G-GTTGGATTCTTTCAAAT-AGATCCTAGAAACTAAACCTTTCA-GGGT 451 ATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGT 697100 TTCCTA 516 TTCCTA * * * 697106 ATTATCTCAAAAGA---GTTAAAGGAA-CTAAGCCTAAGAAA-TGATTCCTTGACAACT-A-AAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * 697164 CTAAACTTT-GAGGG-TTTTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCAAGCATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * 697227 TGCTTAAATCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCA 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCA * * * * 697292 TAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAACGAGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTC 196 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAA--TGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTC * * * 697357 CCAATTATCTCAAAGAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAA 259 CTAATTATCTCAAA-AGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAA * * * 697422 GAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAATTCTTTCGAGC 323 GAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTT-TGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGC 697487 ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGGCC 387 ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTC-GGGCC * * * * * ** * 697552 AACCA-AATGACCTTCGGTGTTGGATTCTTTCAAATAAGATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGG 451 ATCCATAA-GACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGG 697616 TTTCCTA 515 TTTCCTA * * * ** ** 697623 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAACTAAGCCTAAGAAATGATTTCCTT---AACTATTAAA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * * * * 697685 CTAAACTTTTAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCAAGCATGA 66 CTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGA * * 697750 TGCTTAAATCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATGAGACCTTCAGGCCATCCA 131 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCA * * * * 697815 TAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAACGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCC 196 TAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGGGGTTTCCT 697880 AATTATCTCAAAAGAGTT-TTAAA-G--GATAAGCCTAACAAA-GGGTT-CTTGACAACTAAGAA 261 AATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAA * * * * 697939 ACTAAGCTTTC--GGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCAATCTATAAATCTTTCAAACATG 326 ACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTT-GGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATG * * * * 698002 ATGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGACTTTTGAGCAAGATGATAAGAACTTCGGGCCATCC 390 ATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCC * * 698067 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGTTTTTAGAAACTAAGTCTTTCAGGGGTTTTC 455 ATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGG-TTTC 698132 CT- 519 CTA 698134 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATA-AA 1 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTA-AGAA * * * * * * * 698198 ACTAATCTTTGAAAGGATTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAG 65 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATG 698263 ATG 130 ATG 698266 AAAAGACCTT Statistics Matches: 3830, Mismatches: 394, Indels: 126 0.88 0.09 0.03 Matches are distributed among these distances: 502 1 0.00 503 132 0.03 504 5 0.00 505 162 0.04 506 1 0.00 507 13 0.00 508 12 0.00 509 11 0.00 510 2 0.00 511 162 0.04 512 139 0.04 513 26 0.01 514 107 0.03 515 23 0.01 516 45 0.01 517 87 0.02 518 2 0.00 519 12 0.00 520 20 0.01 521 940 0.25 522 590 0.15 523 1100 0.29 524 238 0.06 ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.20, 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Indices: 698022--698473 Score: 675 Period size: 214 Copynumber: 2.1 Consensus size: 217 698012 CCTTCGGGTT * * * 698022 ATCTGTAAGACTTTTGAGCAAGATGATAAGAACTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGA 1 ATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGAAAAGAACTTCGGGCCATACATAAGACATTCAGTGTTGGA * 698087 TGCTTTCAAATGAGTTTTTAGAAACTAAGTCTTTCAGGGGTTTTCCTATTATCTCAAAAGAGTTG 66 TGCTTTCAAA-GAG-TTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCCTATTATCTCAAAAGAGTTG * * * 698152 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTATA-AAACT-AATCTTTGAAAGGA 129 TTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTTCATTGACAACTA-AGAAA-TGAAACTTT-AAAGGA 698215 T-TTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCC 191 TGTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCC * * 698241 ATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGAAAAGACCTTCGGGCCATACATAAGACATTCAGTGTTGGA 1 ATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGAAAAGAACTTCGGGCCATACATAAGACATTCAGTGTTGGA * 698306 TGCTTTC-AA-A-TTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGG-TTTCCTAATTATCTTAAAAGAGTTGT 66 TGCTTTCAAAGAGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCCT-ATTATCTCAAAAGAGTTGT * * 698367 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTTCATTGACAACTAAGAAATGAAACTTTCAAGGGTGTT 130 TAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTTCATTGACAACTAAGAAATGAAACTTTAAAGGATGTT * 698432 TTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCC 195 TTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCC * 698455 ATCTGTAAGTCTTTCGAGC 1 ATCTGTAAGACTTTCGAGC 698474 GTGATACTTA Statistics Matches: 215, Mismatches: 14, Indels: 13 0.89 0.06 0.05 Matches are distributed among these distances: 213 13 0.06 214 132 0.61 216 1 0.00 218 2 0.01 219 67 0.31 ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (217 bp): ATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGAAAAGAACTTCGGGCCATACATAAGACATTCAGTGTTGGA TGCTTTCAAAGAGTTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTTCCTATTATCTCAAAAGAGTTGTT AAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTTCATTGACAACTAAGAAATGAAACTTTAAAGGATGTTT TGATTCCTAAGTCCTTTGGGCC Found at i:698985 original size:261 final size:261 Alignment explanation

Indices: 698230--699789 Score: 1982 Period size: 261 Copynumber: 6.0 Consensus size: 261 698220 GATTCCTAAG * * * * 698230 TCCTTTGGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGAAAAGACCTTCGGGCCATACATAAGACAT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT 698295 TCAGTGTTGGATGCTTTC--A--A-ATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT * * * * * 698355 TAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGCTTCATTGACAACTAAGAAA-TGAAAC 131 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACT-AAGC * * * * 698419 TTTCAAGGGTGTT-TTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCGTGATACTT 195 TTTCGAGGGT-TTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTT 698483 AAA 259 AAA * * * * 698486 TCATTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCTATAAGATAT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT * * * * 698551 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGGCTTTTAAGAG-TT--TAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT * * * * * 698613 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCCAACAAAGGGGTTCCTTCACAACTAATAAACTAAACT 131 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCT * * * * 698678 TTCGAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTGCTTTAGGACATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA 196 TTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA 698743 A 261 A * * * 698744 TCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGATCAAGATGATAAGACCTTC-GGCCATCCATAAGACCA 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGA-CA * * * * * * 698808 -TCAATGCTGGATGCTTTTAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCCAATTATC 65 TTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATC * * 698872 TCAAAGAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGTCTAACAAAGGGGTTCCTGGACAACTAAGAAACTAAG 130 TCAAA-AGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG * * * 698937 CTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTT 194 CTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTT * 699002 CAA 259 AAA * * * * 699005 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAACAAGATGATAAGACCTTCGGGCCAACCAAAAGACCT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT * * * ** * * 699070 TCGGTGTTGGATGCTTTCAAATAAAATCCTAGAAACTAAACCTTTCAGGGGTTTCATAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT * * * ** ** 699135 CAAAAGTGTTGTTAAAGGAA-ACTAAGCCTAAGAAATGATTTCCTTGACAACTATTAAACT-AGA 131 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGA-TAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAG- * * ** * 699198 CTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGACCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATAATGCTT 194 CTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTT 699263 AAA 259 AAA * * * * * 699266 T-CTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGAAAGATGATAAGACCTTCAGGCCATCCATAAGACCT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT * * * * * * 699330 TCAGTATTGGATGCTTTCAAATGAAATTTTAGAAACTAAGCTTTTTAGTGGTTTCCCAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT * ** 699395 CAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGGGTTATTTGACAACTAAGAAACTAAGC 131 C-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGC * * * * 699460 TTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCAATCTATAAATCTTTCGAGCACGATGCTTA 195 TTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTA 699525 AA 260 AA * * 699527 TCCTTCGGGTTATCTGTAAGACTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT * * * *** * 699592 TCAGTGTTGGATTCATTCAAATGAGTTTTTAGAAACTACTTCTTTCAGGGGTTTTCTAATTATCT 66 TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT * * * * * 699657 CAAAAGAGTTGTTAGAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGGGTTCCTTGATAACTATGAAACTAAGCT 131 CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCT * * * * * * 699722 TT-GAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCGTTTGGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATTATACTTA 196 TTCG-AGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTA 699786 AA 260 AA 699788 TC 1 TC 699790 TTTCCGGGCC Statistics Matches: 1121, Mismatches: 162, Indels: 37 0.85 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 256 75 0.07 257 59 0.05 258 168 0.15 259 1 0.00 260 130 0.12 261 508 0.45 262 180 0.16 ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (261 bp): TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCTTCGGGCCATCCATAAGACAT TCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCT CAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAACTAAGCT TTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTAGGCCATCTGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAA A Found at i:699956 original size:221 final size:221 Alignment explanation

Indices: 699573--700014 Score: 679 Period size: 221 Copynumber: 2.0 Consensus size: 221 699563 ATAAGACCTT * * *** 699573 CGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATTCATTCAAATGAGTTTTTAGAAACTACTTCTTTC 1 CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCATTCAAATGAGTTTTTAGAAACTAAGCCTTTC * 699638 AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAGAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGGGTTCCTTG 66 AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGGGTTCCTTG * * ** * * * 699703 ATAACTATGAAACTAAGCTTTGAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCGTTTGGGCCATCTGTAAGTC 131 ACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC * 699768 TTTCGAGCATTATACTTAAATCTTTC 196 TTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTC * * 699794 CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCTTTTAAATGA-TATTTTAGAAACTAAGCCTTT 1 CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCATTCAAATGAGT-TTTTAGAAACTAAGCCTTT * 699858 CAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTT 65 CAGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGGGTTCCTT ** * 699923 GACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGT 130 GACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGT * 699988 CTTTCGAGCATGATACTTAAGTCTTTC 195 CTTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTC 700015 GGGTTTTCTG Statistics Matches: 199, Mismatches: 21, Indels: 2 0.90 0.09 0.01 Matches are distributed among these distances: 220 1 0.01 221 198 0.99 ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.20, T:0.34 Consensus pattern (221 bp): CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCATTCAAATGAGTTTTTAGAAACTAAGCCTTTC AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGACTAACAAAGGGGTTCCTTG ACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC TTTCGAGCATGATACTTAAATCTTTC Found at i:700448 original size:261 final size:261 Alignment explanation

Indices: 699794--709531 Score: 13692 Period size: 261 Copynumber: 37.4 Consensus size: 261 699784 TAAATCTTTC * * * 699794 CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCTTTTAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTC 1 CGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC * 699859 AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTG 66 AGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTG * * * * * 699924 ACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTC 131 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC * * ** * * * 699989 TTTCGAGCATGATACTTAAGTCTTTCGGGTTTTCTGTAAGCCTTTCAAGAAAGATTATAAGACCT 196 TTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCT 700054 T 261 T * * * * * * 700055 C-GGCCATTCATAAGACATTTAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAATCCTTTT 1 CGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC * * * * 700119 AGGGGTTTTCTTATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTTG 66 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Indices: 699794--709531 Score: 13712 Period size: 523 Copynumber: 18.7 Consensus size: 522 699784 TAAATCTTTC * * * 699794 CGGGCCATCCATAAGACATACAGTGTTGGATGCTTTTAAATGATATTTTAGAAACTAAGCCTTTC 1 CGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC 699859 AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTG 66 AGGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTG * * * * * 699924 ACAACAAACAAACGAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTTGTAAGTCCTTTGGGTCATCTGTAAGTC 131 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTC * * ** * * * 699989 TTTCGAGCATGATACTTAAGTCTTTCGGGTTTTCTGTAAGCCTTTCAAGAAAGATTATAAGACCT 196 TTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACCT * * * * * 700054 TC-GGCCATTCATAAGACATTTAATGTTGGATGCTTTCAAATGAGGTTTTAGAAACTAATCCTTT 261 TCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT * * * * * 700118 TAGGGGTTTTCTTATTATCTCAAAAGAGTAGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGTGTTCCTT 326 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* * ** * * 706822 CTTCGGGCCAACCAAAAGACCTTCGGTGTTGGATGCTTTCAAATAAGATCCTAGAAATTAAACCT 259 CTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCT * * * ** 706887 TTCAGAGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAACTAAGCCTTAA-AAATGATTTC 324 TTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCC-TAACAAAGGGGTTC ** ** * * * 706951 CTTGACAACTATTAAACT-AGACTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTAAATCCTTCGGGCCATCTGT 388 CTTGACAACTAAGAAACTAAG-CTTTCAAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGT * * * * * 707015 AAGTCTTTCGAGCATAATGCTTAAATCCTTCGTGTCATTTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAA 452 AAGTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAA 707080 GACCTT 517 GACCTT * * ** * * 707086 CAGGCCATCCATAAGACCTTCAGTACTGGATGCTTTCAAACGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTT 1 CGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTTC * ** * 707151 AGTGG-TTTCTGAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAAATAAGCCTAACAAAGGGGTTCTT 66 AGGGGTTTTCT-AATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT * * * * * ** * 707215 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Indices: 709532--712166 Score: 3532 Period size: 261 Copynumber: 10.2 Consensus size: 260 709522 GAGTTGTTAA * * * * 709532 TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGTGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAA 1 TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAA * * 709597 GTGTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA 66 GTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA * * * 709662 CTTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGTGATTTTAGAAACTAAGCC 130 CCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCC * 709727 TTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGA-TTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT 195 TTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTT-GTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT 709791 CC 259 CC * * * * ** * 709793 TCGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGTTTTTTTGATTCGTAAGTTTTTTGGGCCATCTGTAA 1 TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAA * * * * * 709858 GTCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCATCAGGTTATCTGTAAGCATTTCGAGCAAGATGTTAAGA 66 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* 710316 TTGACAACT-AGAAAACTAAACTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGTCCATCTATA 1 TTGACAACTAAG-AAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATA * 710380 AGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCCGGCCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAG 65 AGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTT-CGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAG * * * * 710445 ACCTTCGGGTCATCGATAAGACTTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATCTTAGAAACTAAGC 129 ACCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGC * * * * 710510 CTTTCAGTGGTTTCCCAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAACAAATGGGT 194 CTTTCAGGGGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGT * 710575 TCT 258 TCC * ** 710578 TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCCATCTATAA 1 TTGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAA * 710643 GTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATTCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGC--------AAGA 66 GTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA * 710700 ---T---G------ATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCC 130 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Indices: 710362--710470 Score: 98 Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 42 710352 GATTCGTAAG * * * * * * 710362 TCCTTCAGTCCATCTATAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAA 1 TCCTTCCGGCCATCGATAAGACTTTCGAGCAAGATGCATAAA * 710404 TCCTTCCGGCCATCTG-TAAGCCTTTCGAGCAAGATG-ATAAGA 1 TCCTTCCGGCCATC-GATAAGACTTTCGAGCAAGATGCATAA-A * * 710446 -CCTTCGGGTCATCGATAAGACTTTC 1 TCCTTCCGGCCATCGATAAGACTTTC 710471 AGTGTTGGAT Statistics Matches: 55, Mismatches: 9, Indels: 7 0.77 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 40 1 0.02 41 23 0.42 42 31 0.56 ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.18, T:0.31 Consensus pattern (42 bp): TCCTTCCGGCCATCGATAAGACTTTCGAGCAAGATGCATAAA Found at i:710532 original size:523 final size:521 Alignment explanation

Indices: 709535--712166 Score: 3509 Period size: 523 Copynumber: 5.1 Consensus size: 521 709525 TTGTTAATTG * * * * * * 709535 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCAAGTGTTTTTTGATTCCTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAGTG 1 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAAGTC * * * 709600 TTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACTT 66 TTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCT * * * 709665 TCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGTGATTTTAGAAACTAAGCCTTT 130 TCGAGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTTT * * 709730 CAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGA-TTATTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT 195 TAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTT-GTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT * * * * ** 709794 CGACAACCAAGAAACTAAGCTTTCAAGGTTTTTTTGATTCGTAAGTTTTTTGGGCCATCTGTAAG 259 TGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAG * * * * * * 709859 TCTTTCGAGCATGATACTTAAATCCATCAGGTTATCTGTAAGCATTTCGAGCAAGATGTTAAGAC 324 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CTTTCGAGCATGATACTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGACC 65 CTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACC * * * 711213 TTCGAGCCATCTATAAGACATTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAAAAACTAAGCCTT 129 TTCGAGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTT * * * * * 711278 TCAGGAGTTTCTTAATTATCTCAAAAGTGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGAGTTCCT 194 TTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT * * * 711343 TCACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTTATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAA 259 TGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAG ** 711408 TCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTT-CGTGTCATCTGTAAGCCTTTTTAGCAAGATGATAAGA 324 TCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCCG-GTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGA * * * * 711472 CGTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCC 388 CCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCC * * * 711537 TTTTAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAGCAAAGGGGTT 453 TTTCAGTGGTTTCCTAATTATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTT * 711602 CCTTG 517 CCTTC * * * * * ** 711607 ACAACTAACAAAATAAGCTTTTGATGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTC 1 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAAGTC ** * * 711672 TTTTAAGCATGATGGTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAG-CTTTTCGAGCAAGATGATAAAACC 66 TTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTTT-GAGCAAGATGATAAGACC * * * * * * * 711736 TTCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGTGTTGGGTACTTTCGAATGAGATTTTAGAAACTAAGCTTT 129 TTCGAGCCATCCATAAGACCTTCAGTGTTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCTT * * 711801 TTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCT 194 TTAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCT * * ** * * 711866 TGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAG 259 TGACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTTTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTGTAAG * * * * * * * 711931 TTTTTAGAGCATGTTG--T---T--TTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGTC 324 TCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCCGGTCATCTGTAAGCCTTTCGAGCAAGATGATAAGAC * * * * * * 711989 CTTCGGACCATCCATAAGACCTTC-GGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCT 389 CTTCGGGCCATCCATAAGACATTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTTAGAAACTAAGCCT * * 712053 TTCA-TGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTC 454 TTCAGT-GGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTC * 712117 CTTA 518 CTTC * * 712121 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCC 1 ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCC 712167 ATCGGGCAAT Statistics Matches: 1862, Mismatches: 211, Indels: 82 0.86 0.10 0.04 Matches are distributed among these distances: 502 1 0.00 503 130 0.07 504 314 0.17 505 1 0.00 507 1 0.00 509 2 0.00 510 2 0.00 511 4 0.00 513 1 0.00 514 84 0.05 515 53 0.03 516 59 0.03 517 3 0.00 518 2 0.00 520 1 0.00 521 3 0.00 522 439 0.24 523 621 0.33 524 140 0.08 525 1 0.00 ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (521 bp): ACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTTGGGCCATCTATAAGTC 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Indices: 712018--712360 Score: 519 Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178 712008 CCTTCGGGCA * * 712018 GGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTTCTAATTATCTCAAAAGAG 1 GGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAG * 712083 TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGG 66 TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTACTTAACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGG * 712148 TTTCTTGATTTGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCT 131 TTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCT * 712196 GGATGCTTTCAAATGAGAT-TTAAGAAACTAAGCCTTTTA-GTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAG 1 GGATGCTTTCAAATGAGATATT-AGAAACTAAGCCTTTCATG-GGTTTCCTAATTATCTCAAAAG * * * * * * 712259 AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTACTTCACAACTATGAAACTATGCTTTTGAG 64 AGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTACTTAACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAG * * * * 712324 GGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCGGGCCATTTGTAA 129 GGTTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAA 712361 GTCTTTCGAG Statistics Matches: 148, Mismatches: 15, Indels: 4 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 177 3 0.02 178 145 0.98 ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.20, T:0.33 Consensus pattern (178 bp): GGATGCTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAG TTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTACTTAACAACTAAGAAACTAAGCTTTTGAGGG TTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCT Found at i:712587 original size:438 final size:431 Alignment explanation

Indices: 711737--712620 Score: 1363 Period size: 438 Copynumber: 2.0 Consensus size: 431 711727 GATAAAACCT * * * * * * * * * 711737 TCGGGCCATCTATAAGACCTTCGGTGTTGGGTACTTTCGAATGAGATTTTAGAAACTAAGCTTTT 1 TCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTT * 711802 TAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCTT 66 TAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTACTT * * 711867 GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGT 131 CACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGT * * * 711932 TTTTAGAGCATGTTGTTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGAC 196 CTTTAGAGCATGATGTTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGAC * * 711997 CATCCATAAGACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGT 261 CATCCATAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGT * 712062 TTTCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACT 326 TTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACT * 712127 AAGAAACTAAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCA 391 AAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCA * 712168 TCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTT 1 TCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTT * * * * * 712233 TAGTGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTACTT 66 TAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTACTT * * * * * * * * 712298 CACAACTATGAAACTATGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCGGGCCATTTGTAAGT 131 CACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGT * 712363 CTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACC 196 CTTTAGAGCATGATG--T---T--TTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACC * * 712428 TTCGGACCATCCATAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTATGCTTTT 254 TTCGGACCATCCATAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTT 712493 CAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTT 319 CAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTT * * 712558 GACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCT 384 AACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCA 712606 TCGGGCAATCTGTAA 1 TCGGGCAATCTGTAA 712621 GTTTTTAGAG Statistics Matches: 408, Mismatches: 38, Indels: 7 0.90 0.08 0.02 Matches are distributed among these distances: 431 181 0.44 433 1 0.00 436 1 0.00 438 225 0.55 ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.21, T:0.31 Consensus pattern (431 bp): TCGGGCAATCTGTAAAACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTT TAGGGGTTTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTACTT CACAACTAAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGT CTTTAGAGCATGATGTTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGAC CATCCATAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGGT TTCCTAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACT AAGAAACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCA Found at i:712852 original size:698 final size:693 Alignment explanation

Indices: 711491--712880 Score: 2158 Period size: 698 Copynumber: 2.0 Consensus size: 693 711481 CATCCATAAG 711491 ACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATT 1 ACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATT * * 711556 ATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAGCAAAGGGGTTCCTTGACAACTAACAAAAT 66 ATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAGCAAAGGGGTTACTTCACAACTAACAAAAT * * 711621 AAGCTTTTGATGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTTAAGCATGATG 131 AAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCAAGCATGATG * * * * * * 711686 GTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCTTTTCGAGCAAGATGATAAAACCTTCGGGCCATCTATA 196 CTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAAACCTTCGGACCATCCATA * ** * * * * 711751 AGACCTTCGGTGTTGGGTACTTTCGAATGAGATTTTAGAAACTAAGCTTTTTAGGGGTTTCCTAA 261 AAACCTTCGGTGCAGGATACTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCTTTTCAGGGGTTTCCTAA 711816 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 326 TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC 711881 TAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGTTTTTAGAGCATGTT 391 TAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGTTTTTAGAGCATGTT * * * 711946 GTTTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGACCATCCATAAGACCT 456 GTTTTCGAGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGACCATCCATAACACCT * * 712011 TCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTTCTAATTATCTC 521 TCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTCCTAATTATATC 712076 AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACTAAGCTT 586 AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACTAAGCTT ** * 712141 TTGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAA 651 TCAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAA * 712184 ACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATT 1 ACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATT * * ** * 712249 ATCTC-AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAG-AAATGGGTTACTTCACAACTATGAAAC 66 ATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCT-AGCAAAGGGGTTACTTCACAACTAACAAAA * * * * * 712312 TATGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCATGAT 130 TAAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCAAGCATGAT * * 712377 GCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGACCATCCAT 195 GCTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAAACCTTCGGACCATCCAT ** * 712442 AAAACCTTCGG-GCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTATGCTTTTCAGGGGTTTCCTA 260 AAAACCTTCGGTGCAGGATACTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCTTTTCAGGGGTTTCCTA * 712506 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA 325 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * 712571 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCGGGCAATCTGTAAGTTTTTAGAGCATGT 390 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGTTTTTAGAGCATGT * ** * * 712636 TGTTTAAATCATTCGAGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGCCATCCA 455 TG--T---T--TTCGAGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGACCATCCA * * 712701 TAACATCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTGGAAACTAAGCCTTTCA-GGAGTTTCCT 513 TAACACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGG-GTTTCCT * * * * 712765 AGTTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAGGAA 577 AATTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAA * * 712830 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAA 642 ACTAAGCTTTCAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAA 712881 GTCTTTTGAA Statistics Matches: 631, Mismatches: 57, Indels: 13 0.90 0.08 0.02 Matches are distributed among these distances: 691 173 0.27 692 173 0.27 693 72 0.11 696 1 0.00 697 2 0.00 698 210 0.33 ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.21, T:0.32 Consensus pattern (693 bp): ACCTTCAGTGCTGGATACTTTCAAATGAGATTTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCCTAATT ATCTCAAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGATAAGCCTAGCAAAGGGGTTACTTCACAACTAACAAAAT AAGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCAGGCCATCTATAAGTCTTTCAAGCATGATG CTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAAACCTTCGGACCATCCATA AAACCTTCGGTGCAGGATACTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCTTTTCAGGGGTTTCCTAA TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAACCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC TAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCAGGCAATCTATAAGTTTTTAGAGCATGTT GTTTTCGAGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGACCATCCATAACACCT TCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCATGGGTTTCCTAATTATATC AAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTAACAACTAAGAAACTAAGCTT TCAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCATCGGGCAATCTGTAAA Found at i:712985 original size:260 final size:258 Alignment explanation

Indices: 712180--712969 Score: 1125 Period size: 260 Copynumber: 3.0 Consensus size: 258 712170 GGGCAATCTG * * * * 712180 TAAAACCTTCAGTGCTGGATGCTTTCAAATGAGAT-TTAAGAAACTAAGCCTTTTAGTGGTTTCC 1 TAAAACCTTC-GGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATT-AGAAACTAAGCCTTTCAG-GGTTTCC * * * * * 712244 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAAGAAATGGGTTACTTCACAACTATGA 63 TAATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGA * * * * * 712309 AACTATGCTTTTGAGGGTTTCTTGATTCGTATGTCCTTCGGGCCATTTGTAAGTCTTTCGAGCAT 128 AACTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTTGAGCAT * ** * 712374 GATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTCTCAAGCAAGATGATAAGACCTTCGGACCATC 193 GATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACTTTCGG-CCATC 712439 CA 257 CA * * 712441 TAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTATGCTTTTCAGGGGTTTCCTA 1 TAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCA-GGGTTTCCTA * 712506 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCAAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA 65 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * 712571 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTTGTAAGTCCTTCGGGCAATCTGTAAGT-TTTTAGAGCATG 130 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTT-GAGCATG * * * * * 712635 TTGTTTAAATCATTCGAGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACCTTTGGGCCATCC 194 ATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGA-CTTTCGGCCATCC 712700 A 258 A * * * 712701 TAACATCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTGGAAACTAAGCCTTTCAGGAGTTTCCTA 1 TAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCAGG-GTTTCCTA * * * 712766 GTTATATCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAGGAAA 65 ATTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAA * * 712831 CTAAGCTTTCAAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTTGAACATGA 130 CTAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTTGAGCATGA * * * 712896 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTATAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGTCTTTCGTGCCATTCA 195 TGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACTTTCG-GCCATCCA * 712961 TAAGACCTT 1 TAAAACCTT 712970 TGAGAAGAAT Statistics Matches: 471, Mismatches: 51, Indels: 15 0.88 0.09 0.03 Matches are distributed among these distances: 259 10 0.02 260 439 0.93 261 22 0.05 ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.21, T:0.32 Consensus pattern (258 bp): TAAAACCTTCGGGCAGGATGTTTTCAAATGAGATATTAGAAACTAAGCCTTTCAGGGTTTCCTAA TTATCTCAAAAGAGTTGTTAAAGGAAGCTAAGCCTAACAAAGGGGTTCCTTGACAACTAAGAAAC TAAGCTTTCGAGGGTTTCTTGATTCGTAAGTCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCTTTTGAGCATGAT GCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTTGAGCAAGATGATAAGACTTTCGGCCATCCA Found at i:713877 original size:366 final size:367 Alignment explanation

Indices: 713206--713935 Score: 1412 Period size: 366 Copynumber: 2.0 Consensus size: 367 713196 TCAGCAAAAT 713206 ATTTGAATCCATCACTTGAGGGTTCAACAACTCTGTAAACATAACAATGACATTTAGTTCAAGAA 1 ATTTGAATCCATCACTTGAGGGTTCAACAACTCTGTAAACATAACAATGACATTTAGTTCAAGAA 713271 ATTCGTTGATGTTCTGGACCACTTGTATATCAATGTGCCCTTCTCGAAGCCATCGAGCAAATGTC 66 ATTCGTTGATGTTCTGGACCACTTGTATATCAATGTGCCCTTCTCGAAGCCATCGAGCAAATGTC * 713336 TTCATATGCCAAGTTTCTTAAAGACATCGTTACAAAAAAGGGTAAGGTAGAACATGTCGCCACGG 131 TTCATATGCCAAGTTTCTTAAAGACATCGTTACAAAAAAGGGGAAGGTAGAACATGTCGCCACGG 713401 CAACAGAAATATGTTCTACAGTAAGCAACCTCCCACCAAAACAAAAAGACCCTAACAGTTTTAAT 196 CAACAGAAATATGTTCTACAGTAAGCAACCTCCCACCAAAACAAAAAGACCCTAACAGTTTTAAT 713466 AATACAATGTTCAATTGGTAATAAATTGTAGGACGAGCACTTGTTGAATTGGGATCAAGTGTAAA 261 AATACAATGTTCAATTGGTAATAAATTGTAGGACGAGCACTTGTTGAATTGGGATCAAGTGTAAA 713531 CTTGATACCAAAGTCCATA-TTATG-AACTAGAAGGGTAATC 326 CTTGATACCAAAGTCCATATTTATGAAACTAGAAGGGTAATC 713571 ATTTGAATCCATCACTTGAGGGTTCAACAACTCTGTAAACATAACAATGACATTTAGTTCAAGAA 1 ATTTGAATCCATCACTTGAGGGTTCAACAACTCTGTAAACATAACAATGACATTTAGTTCAAGAA 713636 ATTCGTTGATGTTCTGGACCACTTGTATATCAATGTGCCCTTTCTCGAAGCCATCGAGCAAATGT 66 ATTCGTTGATGTTCTGGACCACTTGTATATCAATGTGCCC-TTCTCGAAGCCATCGAGCAAATGT 713701 CTTCATATGCCAAGTTTCTTAAAGACATCGTTACAAAAAAGGGGAAGGTAGAACATGTCGCCACG 130 CTTCATATGCCAAGTTTCTTAAAGACATCGTTACAAAAAAGGGGAAGGTAGAACATGTCGCCACG 713766 GCAACAGAAATATGTTCTACAGTAAGCAACCTCCCACCAAAACAAAAAGACCCTAACAGTTTT-A 195 GCAACAGAAATATGTTCTACAGTAAGCAACCTCCCACCAAAACAAAAAGACCCTAACAGTTTTAA 713830 TAATACAATGTTCAATTGGTAATAAATTTGTAGGACGAGCACTTGTTGAATTGGGATCAAGTGTA 260 TAATACAATGTTCAATTGGTAATAAA-TTGTAGGACGAGCACTTGTTGAATTGGGATCAAGTGTA 713895 AACTTGATACCAAAGTCCATATTTATGAAACTAGAAGGGTA 324 AACTTGATACCAAAGTCCATATTTATGAAACTAGAAGGGTA 713936 TCACGCTTGT Statistics Matches: 360, Mismatches: 1, Indels: 5 0.98 0.00 0.01 Matches are distributed among these distances: 365 132 0.37 366 210 0.58 367 5 0.01 368 13 0.04 ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.18, T:0.28 Consensus pattern (367 bp): ATTTGAATCCATCACTTGAGGGTTCAACAACTCTGTAAACATAACAATGACATTTAGTTCAAGAA ATTCGTTGATGTTCTGGACCACTTGTATATCAATGTGCCCTTCTCGAAGCCATCGAGCAAATGTC TTCATATGCCAAGTTTCTTAAAGACATCGTTACAAAAAAGGGGAAGGTAGAACATGTCGCCACGG CAACAGAAATATGTTCTACAGTAAGCAACCTCCCACCAAAACAAAAAGACCCTAACAGTTTTAAT AATACAATGTTCAATTGGTAATAAATTGTAGGACGAGCACTTGTTGAATTGGGATCAAGTGTAAA CTTGATACCAAAGTCCATATTTATGAAACTAGAAGGGTAATC Found at i:723885 original size:25 final size:25 Alignment explanation

Indices: 723834--723886 Score: 63 Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25 723824 TTAAAATAAT ** 723834 ATTTATATAATTATTATTTATTTTA 1 ATTTATATAATTATTATTTATGCTA * 723859 ATTTAT-TAATTAATTATTTGTGCTA 1 ATTTATATAATT-ATTATTTATGCTA 723884 ATT 1 ATT 723887 ATCTTTGTTT Statistics Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2 0.83 0.10 0.07 Matches are distributed among these distances: 24 5 0.21 25 19 0.79 ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.04, T:0.60 Consensus pattern (25 bp): ATTTATATAATTATTATTTATGCTA Found at i:725639 original size:42 final size:43 Alignment explanation

Indices: 725587--725706 Score: 140 Period size: 42 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43 725577 GATGCCACAG * * * * 725587 GGGTACATGCCCAGCCCATCACTTCATATGCCATCTTCGCA-A 1 GGGTATATGCCCAGCCCACCACTTCATATGTCATCTCCGCATA * 725629 GGGTATATGCCAAGCCCACCAGC-TCATATGTCATCTCCGCATA 1 GGGTATATGCCCAGCCCACCA-CTTCATATGTCATCTCCGCATA * * 725672 -GGTATATG-CCAGCCAACCAGTTCATATGTCATCTC 1 GGGTATATGCCCAGCCCACCACTTCATATGTCATCTC 725707 TGTAGGGTTA Statistics Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 7 0.82 0.10 0.09 Matches are distributed among these distances: 41 23 0.34 42 42 0.63 43 2 0.03 ACGTcount: A:0.25, C:0.33, G:0.17, T:0.25 Consensus pattern (43 bp): GGGTATATGCCCAGCCCACCACTTCATATGTCATCTCCGCATA Found at i:726493 original size:8 final size:8 Alignment explanation

Indices: 726482--726734 Score: 288 Period size: 8 Copynumber: 32.6 Consensus size: 8 726472 ATTATATGTA * 726482 TGTATGTG 1 TGTACGTG * 726490 TGTATGTG 1 TGTACGTG * 726498 TGTATGTG 1 TGTACGTG 726506 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726514 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726522 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726530 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726538 TGTACGTG 1 TGTACGTG * 726546 TATACGTG 1 TGTACGTG * 726554 GGTACGTG 1 TGTACGTG * 726562 GGTACGTG 1 TGTACGTG * 726570 GGTACGTG 1 TGTACGTG * 726578 GGTACGTG 1 TGTACGTG * 726586 GGTACGTG 1 TGTACGTG * 726594 TGTATGTG 1 TGTACGTG 726602 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726610 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726618 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726626 TGTACGTG 1 TGTACGTG ** 726634 TGTATATG 1 TGTACGTG 726642 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726650 TGTACGTG 1 TGTACGTG * * 726658 CGT--GCG 1 TGTACGTG 726664 TGT--GTG 1 TGTACGTG 726670 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726678 TGT--GTG 1 TGTACGTG 726684 TGT--GTG 1 TGTACGTG * 726690 TGTACGGG 1 TGTACGTG ** 726698 TGTGTGTG 1 TGTACGTG 726706 TGTACGTG 1 TGTACGTG * 726714 TATACGTG 1 TGTACGTG 726722 TGTACGTG 1 TGTACGTG 726730 TGTAC 1 TGTAC 726735 TTGGTTCTGA Statistics Matches: 218, Mismatches: 23, Indels: 8 0.88 0.09 0.03 Matches are distributed among these distances: 6 21 0.10 8 197 0.90 ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.40, T:0.38 Consensus pattern (8 bp): TGTACGTG Found at i:726672 original size:20 final size:18 Alignment explanation

Indices: 726647--726713 Score: 84 Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18 726637 ATATGTGTAC 726647 GTGTGTACGTGCGTGCGTGT 1 GTGTGTACGTG-GTG-GTGT 726667 GTGTGTACGTGTGTGTGTGT 1 GTGTGTACGTG-GTG-GTGT 726687 GTGTGTACG-GGT-GTGT 1 GTGTGTACGTGGTGGTGT 726703 GTGTGTACGTG 1 GTGTGTACGTG 726714 TATACGTGTG Statistics Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 5 0.86 0.04 0.10 Matches are distributed among these distances: 16 13 0.30 17 1 0.02 18 2 0.05 19 1 0.02 20 27 0.61 ACGTcount: A:0.06, C:0.09, G:0.46, T:0.39 Consensus pattern (18 bp): GTGTGTACGTGGTGGTGT Found at i:727007 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 726979--727032 Score: 63 Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20 726969 AAGTTGCCTA * * 726979 GTATTGATACCCTTACCATG 1 GTATCGATACCCATACCATG * 726999 GTATCGATACTACCATACTATG 1 GTATCGATAC--CCATACCATG 727021 GTATCGATACCC 1 GTATCGATACCC 727033 CCTTTTGGTA Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 4 0.81 0.08 0.11 Matches are distributed among these distances: 20 11 0.38 22 18 0.62 ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.15, T:0.31 Consensus pattern (20 bp): GTATCGATACCCATACCATG Found at i:727055 original size:95 final size:94 Alignment explanation

Indices: 726882--727106 Score: 272 Period size: 95 Copynumber: 2.4 Consensus size: 94 726872 CCCAATTCAA * * * * * 726882 TAGTATCGATA-CTACTACCCTGGTACCGTTACTTCTATACTATGGTATCGATACCCCCTTACGA 1 TAGTATCGATACCT--TACCATGGTATCGATACTACCATACTATGGTATCGATACCCCCTTACGA * * * * 726946 TATCGATATAAATTTTAGGTTTGAAGTTGCC 64 TATCAATACAAATTTTAGATTCGAAGTTGCC * ** * 726977 TAGTATTGATACCCTTACCATGGTATCGATACTACCATACTATGGTATCGATACCCCCTTTTGGT 1 TAGTATCGATA-CCTTACCATGGTATCGATACTACCATACTATGGTATCGATACCCCCTTACGAT * * * 727042 ATCAATACCAATTTTAGATTCGATGTTGCT 65 ATCAATACAAATTTTAGATTCGAAGTTGCC 727072 TAGTATCGATACCTTACCATGGTATCGATACTACC 1 TAGTATCGATACCTTACCATGGTATCGATACTACC 727107 TCGTCAGTAT Statistics Matches: 111, Mismatches: 17, Indels: 5 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 94 24 0.22 95 85 0.77 97 2 0.02 ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.15, T:0.36 Consensus pattern (94 bp): TAGTATCGATACCTTACCATGGTATCGATACTACCATACTATGGTATCGATACCCCCTTACGATA TCAATACAAATTTTAGATTCGAAGTTGCC Found at i:727955 original size:21 final size:21 Alignment explanation

Indices: 727901--727955 Score: 65 Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21 727891 TATTACACAT * 727901 AGCCCGTAGGGGTACAAACCC 1 AGCCCGTAGGGTTACAAACCC * * ** 727922 AGCCCGCAAGGTTACATGCCC 1 AGCCCGTAGGGTTACAAACCC 727943 AGCCCGTAGGGTT 1 AGCCCGTAGGGTT 727956 TTATGACACC Statistics Matches: 27, Mismatches: 7, Indels: 0 0.79 0.21 0.00 Matches are distributed among these distances: 21 27 1.00 ACGTcount: A:0.24, C:0.33, G:0.29, T:0.15 Consensus pattern (21 bp): AGCCCGTAGGGTTACAAACCC Found at i:728704 original size:21 final size:21 Alignment explanation

Indices: 728678--728718 Score: 73 Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21 728668 TTTTTAACTT 728678 TAAATAATAATTAATATATTA 1 TAAATAATAATTAATATATTA * 728699 TAAATAATATTTAATATATT 1 TAAATAATAATTAATATATT 728719 CGAATAACTG Statistics Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 21 19 1.00 ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (21 bp): TAAATAATAATTAATATATTA Found at i:729088 original size:139 final size:138 Alignment explanation

Indices: 728811--729472 Score: 892 Period size: 139 Copynumber: 4.8 Consensus size: 138 728801 ATAACGAATA * * * * * 728811 ATAGGTGTTGATATGAATAGTGCCCCACCGGGGGACATCATACATAAT-AGTGCAATTATAACAT 1 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTA-CGGGGGACATGACACATAATAAG-GCAATTATAACCT * * * ** 728875 ATTCTCTGAC--AAAAAGGAAAGGCGTGTCCAACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGTGTCCC 64 ATTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCATCCC 728938 CTCAAACATG 129 CTCAAACATG * 728948 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTACGAGGGGACATGACACATAATAAGGTAATTATAACCTA 1 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTACG-GGGGACATGACACATAATAAGGCAATTATAACCTA * * * 729013 TTTTGTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCATCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCGTCCCC 65 TTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCATCCCC 729078 TCAAACATG 130 TCAAACATG * * * 729087 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCTTGCTGGGGGACATGACACATAATAGGGCAATTATAACCTA 1 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTAC-GGGGGACATGACACATAATAAGGCAATTATAACCTA ** * * * 729152 TTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCATGTCCCACAAGAAGCACTTTCACGATATTGTTGCATCCCC 65 TTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCATCCCC 729217 TCAAACATG 130 TCAAACATG * 729226 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCTCATTA--GGGGACATGACACATAATAGGGCAATTATAACC 1 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCC-C--TACGGGGGACATGACACATAATAAGGCAATTATAACC * * * 729289 TATTTTCTGACAAAAAAATGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGTTTTCACCACATTGTTGTATCC 63 TATTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCATCC * 729354 CTTCAAACATG 128 CCTCAAACATG * * * * 729365 ATAGGTGTTGATCTGAATAGTACCCCACCGGGGGACATGACACATGATAAGGCAATTATAACCTA 1 ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTA-CGGGGGACATGACACATAATAAGGCAATTATAACCTA * * 729430 TTTTCTGAC--AAAAA--AAAGGTGCGTCCCACAAGAAACGCTTTCA 65 TTTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCA 729473 TGTGAATAGT Statistics Matches: 471, Mismatches: 43, Indels: 24 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 135 26 0.06 136 3 0.01 137 65 0.14 138 3 0.01 139 372 0.79 140 1 0.00 142 1 0.00 ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.21, T:0.25 Consensus pattern (138 bp): ATAGGTGTTGATGTGAATAGTGCCCTACGGGGGACATGACACATAATAAGGCAATTATAACCTAT TTTCTGACAAAAAAAGGAAAGGCGCGTCCCACAAGAAGCGCTTTCACCACATTGTTGCATCCCCT CAAACATG Found at i:731994 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 731972--732024 Score: 63 Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17 731962 TGAATAAAGT 731972 TAGTTCATTAATTAAAC 1 TAGTTCATTAATTAAAC * * 731989 TAGTTCATTCATCAAAC 1 TAGTTCATTAATTAAAC * 732006 TGGTTCATTTAA-TAAAC 1 TAGTTCA-TTAATTAAAC 732023 TA 1 TA 732025 ACTCTTAATT Statistics Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 2 0.78 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 17 26 0.90 18 3 0.10 ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (17 bp): TAGTTCATTAATTAAAC Found at i:733292 original size:30 final size:30 Alignment explanation

Indices: 733256--733314 Score: 109 Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30 733246 CAATATCACC * 733256 ACCACACTTCTTTCATTTATAATCCACTTT 1 ACCACACTTCTTTCATTTACAATCCACTTT 733286 ACCACACTTCTTTCATTTACAATCCACTT 1 ACCACACTTCTTTCATTTACAATCCACTT 733315 CAACTTTACT Statistics Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0 0.97 0.03 0.00 Matches are distributed among these distances: 30 28 1.00 ACGTcount: A:0.27, C:0.32, G:0.00, T:0.41 Consensus pattern (30 bp): ACCACACTTCTTTCATTTACAATCCACTTT Found at i:734717 original size:13 final size:14 Alignment explanation

Indices: 734680--734709 Score: 51 Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14 734670 TATATTAACT * 734680 TTAAACCATAAACC 1 TTAAACCCTAAACC 734694 TTAAACCCTAAACC 1 TTAAACCCTAAACC 734708 TT 1 TT 734710 GACCCTAATT Statistics Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 14 15 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.30, G:0.00, T:0.27 Consensus pattern (14 bp): TTAAACCCTAAACC Done.