genome.fa.s7771.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007771.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110052_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186237

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306--412	24	4.5	24	72	0	88	47	15	13	23	1.81
306--414	48	2.3	48	75	0	110	47	15	13	22	1.81
1526--1563	18	2.1	18	90	0	58	31	18	0	50	1.47
2868--2922	8	7.5	8	82	17	75	21	25	38	14	1.92
2868--2919	15	3.6	15	84	10	81	23	25	38	13	1.91
2881--2935	21	2.7	21	91	2	85	20	21	41	16	1.90
2896--2962	18	3.6	18	83	6	80	14	17	47	19	1.82
11237--11409	90	1.9	89	95	1	310	38	10	6	43	1.67
13645--13974	134	2.5	134	84	2	450	29	15	25	30	1.96
14196--14228	16	2.1	16	88	11	50	39	9	3	48	1.50
14309--14405	42	2.3	42	84	5	117	28	22	24	23	1.99
14540--14636	42	2.3	41	78	1	104	32	21	21	23	1.98
14257--15284	231	4.4	233	84	4	1211	33	18	16	31	1.93
17850--17925	32	2.4	32	78	10	84	34	14	18	32	1.91
19495--19544	26	1.9	27	84	8	68	38	24	0	38	1.56
20435--20498	16	4.1	16	74	20	55	3	18	0	78	0.89
20455--20489	11	3.2	11	95	0	61	0	20	0	80	0.72
20439--20518	29	2.8	28	81	9	81	5	18	0	76	0.97
20467--20540	18	3.8	19	75	10	60	8	18	0	72	1.08
20434--20519	39	2.2	39	80	14	97	6	17	0	75	1.01
20486--20539	21	2.5	21	82	11	58	11	16	0	72	1.12
22030--22081	22	2.5	20	78	9	52	51	11	15	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26428--26458	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
27758--27784	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28944--29104	64	2.5	63	84	7	182	34	18	21	26	1.95
30453--30757	149	2.0	149	91	1	495	26	15	20	36	1.93
30971--31035	18	3.8	18	70	17	57	50	1	15	32	1.53
30985--31029	21	2.1	21	83	0	54	51	2	15	31	1.56
34090--34250	64	2.5	63	84	7	182	34	18	20	26	1.95
35239--35271	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
35320--35388	15	4.4	16	77	14	65	68	1	4	26	1.17
35303--35389	25	3.6	25	67	22	60	65	2	3	28	1.21
36707--36761	15	3.7	15	83	13	69	52	0	0	47	1.00
36719--36763	18	2.5	18	89	7	65	55	0	0	44	0.99
36921--37558	76	8.4	76	97	0	1195	34	22	19	23	1.96
38389--38440	22	2.4	22	86	0	68	36	13	13	36	1.84
40948--41379	114	3.8	114	92	0	702	31	21	16	30	1.95
43409--43445	11	3.4	11	84	0	56	0	5	5	89	0.60
46753--46806	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
49251--49283	15	2.3	15	89	5	50	54	0	3	42	1.15
51875--52175	147	2.0	148	89	1	462	26	15	21	36	1.93
52359--52437	31	2.5	31	81	8	79	48	1	17	32	1.56
53009--53051	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
56879--56999	64	1.9	63	86	1	170	35	22	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58756--58788	17	1.9	17	93	0	57	48	3	15	33	1.60
60138--60298	65	2.5	65	85	7	213	28	19	20	31	1.97
75363--75392	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81357--81389	16	2.1	16	88	11	50	33	9	3	54	1.47
82000--82045	23	2.0	23	100	0	92	39	13	8	39	1.75
87953--88025	26	2.8	26	93	0	119	58	9	9	21	1.58
92270--92345	39	1.9	39	89	5	118	53	5	15	25	1.62
94112--94223	60	1.9	59	81	5	136	42	2	18	35	1.65
94378--94431	18	3.1	18	77	22	69	33	5	0	61	1.19
105846--105971	30	4.3	29	80	7	137	61	9	11	17	1.56
106900--106937	15	2.5	15	100	0	76	10	42	0	47	1.38
107738--108129	137	2.9	137	79	8	364	25	19	29	25	1.98
108132--108188	29	1.9	30	85	3	80	36	15	21	26	1.93
108234--108371	66	2.2	62	85	7	188	39	15	14	30	1.87
113399--113441	18	2.3	18	92	4	68	2	16	2	79	0.95
113415--113477	18	3.6	18	81	12	69	4	9	7	77	1.10
113408--113496	24	3.6	24	73	14	67	3	12	6	77	1.08
116658--116701	14	3.1	15	78	15	58	47	0	13	38	1.43
120938--121020	23	3.6	23	81	0	94	24	26	22	26	2.00
127081--127237	65	2.4	64	81	4	181	32	26	21	20	1.97
127184--127223	20	2.0	20	90	0	62	22	32	25	20	1.98
127838--127885	23	2.1	23	96	0	87	16	29	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127841--127898	23	2.5	23	85	0	62	20	24	22	32	1.98
130059--130098	21	1.9	21	90	10	64	37	7	0	55	1.29
132021--132064	22	2.0	22	91	4	72	13	25	43	18	1.86
135734--135836	29	3.4	29	75	9	91	60	10	11	17	1.59
149371--149432	23	2.7	23	87	0	79	40	4	19	35	1.73
149469--149533	23	2.8	23	81	9	87	33	7	15	43	1.75
149371--149615	110	2.3	108	87	4	345	40	9	15	34	1.80
149509--149717	84	2.5	84	87	3	287	44	10	12	32	1.76
149652--149701	23	2.2	23	85	0	64	46	12	10	32	1.74
150032--150105	14	5.4	14	68	7	53	50	1	1	47	1.18
149982--150105	28	4.7	28	70	16	88	47	0	2	49	1.20
150801--150890	28	3.3	28	72	7	78	50	1	1	47	1.15
150830--150898	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
150999--151668	199	3.4	198	88	4	940	38	13	15	31	1.87
151695--151920	87	2.6	87	87	2	337	33	14	7	43	1.75
151843--151902	23	2.6	23	79	10	77	35	18	5	41	1.72
152061--152089	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
152987--153079	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
152987--153079	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
153006--153140	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
153068--153162	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
153350--153393	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154995--155039	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
155512--155578	20	3.4	20	83	2	82	40	23	20	14	1.90
155567--155624	14	3.9	14	79	16	71	50	24	15	10	1.75
155551--155641	32	2.8	33	91	3	157	48	21	17	12	1.80
155658--155714	14	3.9	14	77	18	62	8	17	26	47	1.77
155653--155730	33	2.4	33	93	4	133	10	19	24	46	1.81
155671--155788	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
157760--157875	33	3.4	33	84	6	133	43	19	22	14	1.88
157789--157875	19	4.8	19	86	13	139	45	17	21	14	1.84
157808--157839	14	2.3	14	100	0	64	46	18	21	12	1.82
158957--159010	24	2.2	24	93	0	90	25	14	20	38	1.91
161501--161565	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
161501--161565	33	1.9	35	90	6	107	43	20	24	12	1.86
161561--161603	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
161589--161622	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
161746--161779	14	2.4	14	90	0	59	44	23	0	32	1.54
163137--163248	21	5.3	21	65	6	57	23	19	33	23	1.97
163176--163259	42	2.0	42	88	0	123	23	16	38	21	1.93
165285--165383	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
165261--165425	20	9.1	19	74	16	134	43	22	21	12	1.85
165421--165501	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
166036--166113	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166017--166110	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
166099--166195	21	4.7	21	85	2	142	15	25	18	40	1.90
166036--166131	41	2.3	41	80	3	104	20	19	21	37	1.94
166079--166212	62	2.2	62	84	6	175	17	24	19	38	1.93
166118--166212	41	2.3	41	98	0	181	16	24	18	40	1.91
166099--166212	21	5.5	21	83	3	124	16	25	18	39	1.91
166079--166227	62	2.4	62	77	2	156	20	23	20	36	1.95
170942--170967	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
172949--172982	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
179132--179169	16	2.4	16	86	8	51	42	2	5	50	1.39

Tables:   1   2