genome.fa.s7773.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007773.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110054_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  557494

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6634--6676	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
6633--6682	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
10500--10532	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
15922--15973	22	2.2	22	77	19	52	65	3	5	25	1.32
15943--16026	27	3.0	27	75	10	80	67	2	5	23	1.24
16032--16075	21	2.1	21	87	8	63	65	0	9	25	1.21
16060--16131	24	2.9	24	75	22	69	62	0	4	33	1.14
16154--16234	39	2.2	35	81	16	94	69	0	6	24	1.11
16192--16233	14	3.1	14	83	12	52	78	0	2	19	0.86
17246--17312	2	35.0	2	91	8	113	50	0	0	49	1.00
19748--19843	31	3.1	31	82	7	97	23	26	10	39	1.87
19768--19845	32	2.5	31	87	6	104	24	26	10	38	1.87
22787--22822	11	3.3	11	92	0	54	5	38	11	44	1.63
22791--22826	11	3.3	11	92	0	54	5	44	11	38	1.63
23552--23593	3	14.0	3	84	0	57	59	0	0	40	0.97
23743--24468	113	6.3	118	80	13	382	27	19	14	37	1.91
23942--24552	113	5.4	113	87	5	846	29	19	13	36	1.91
23942--24546	225	2.7	224	92	2	957	29	19	14	36	1.91
25309--25528	114	1.9	114	88	1	334	30	19	15	35	1.92
25826--25874	16	2.8	17	78	12	55	46	6	10	36	1.63
26224--26271	1	48.0	1	78	0	51	0	10	0	89	0.48
26227--26277	8	6.2	8	88	4	75	0	13	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26216--26269	25	2.2	25	83	6	65	1	14	1	81	0.86
26225--26277	25	2.1	26	96	3	99	0	13	0	86	0.56
37589--37957	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
38627--38673	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
41169--41475	19	17.4	19	78	17	342	47	18	20	14	1.83
41169--41497	33	9.5	33	76	18	241	46	18	20	14	1.83
41197--41475	52	5.2	53	89	6	342	47	17	20	14	1.83
41237--41475	71	3.4	70	84	10	351	47	17	20	15	1.83
41504--41605	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
41883--41972	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
41875--41989	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
41878--41994	19	6.9	19	69	24	84	43	21	23	11	1.84
42006--42060	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
42046--42101	20	2.8	20	86	0	76	14	26	17	41	1.88
42180--42250	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
42431--42485	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
42628--42821	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
42628--42821	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
42814--42890	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
42876--42927	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
44789--44842	3	18.0	3	80	0	63	61	0	0	38	0.96
44789--44842	15	3.8	15	85	9	78	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45437--45461	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65910--65966	21	2.7	21	97	0	105	28	22	21	28	1.99
67060--67155	31	3.1	31	95	0	174	19	21	26	32	1.97
67141--67204	29	2.2	29	82	2	74	17	18	28	35	1.93
71248--71312	31	2.1	31	91	0	103	21	20	26	32	1.97
71267--71366	30	3.3	30	83	2	94	20	22	27	31	1.98
71298--71369	29	2.4	30	86	2	92	18	20	29	31	1.96
72194--72402	65	3.2	63	80	9	226	27	16	24	31	1.97
72306--72352	19	2.5	19	83	10	62	27	17	29	25	1.97
77782--77821	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
79779--79942	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
79893--79939	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
79783--79989	65	3.2	62	80	12	204	27	16	24	30	1.97
80156--80195	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
81976--82047	37	1.9	37	94	0	126	41	15	9	33	1.80
86583--86614	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
87913--87947	2	17.5	2	93	0	61	45	2	0	51	1.16
90651--90675	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90733--90809	35	2.2	35	81	2	111	35	31	23	10	1.88
90890--91024	24	5.7	24	90	5	193	40	20	14	25	1.89
93449--93518	13	5.3	13	80	16	72	11	20	51	17	1.75
93449--93496	24	2.0	24	87	0	69	12	18	52	16	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93468--93517	16	3.3	16	81	16	70	10	20	52	18	1.73
96031--96089	30	2.0	28	93	6	100	33	3	38	23	1.72
98132--98405	134	2.0	137	95	3	493	35	16	18	29	1.93
99210--99324	55	2.1	55	88	0	167	43	17	10	28	1.82
111620--111686	20	3.3	20	97	0	125	35	14	28	20	1.93
114267--114293	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
119271--119298	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
131069--131123	22	2.5	22	100	0	110	34	12	14	38	1.84
131838--132121	127	2.2	127	89	1	446	39	14	23	22	1.91
141047--141076	14	2.2	14	94	5	53	60	6	13	20	1.55
141590--141625	17	2.1	17	89	0	54	38	11	22	27	1.88
144363--144397	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
144424--144970	38	14.1	37	75	16	345	44	3	8	44	1.50
144424--144975	39	14.3	38	76	15	383	44	3	8	44	1.49
144595--144831	131	1.8	130	88	7	365	45	3	8	41	1.52
144983--145058	19	4.3	16	76	14	53	18	6	1	73	1.11
145761--145846	29	2.9	30	82	6	88	24	41	18	15	1.89
145786--145903	29	4.1	29	84	2	130	24	38	22	15	1.92
145792--145903	58	1.9	58	83	3	145	24	37	23	15	1.93
145922--145986	32	2.0	32	100	0	130	12	30	29	27	1.93
145972--146015	23	1.9	23	100	0	88	22	22	27	27	1.99
146446--146507	28	2.1	30	91	5	101	32	0	11	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146436--146498	28	2.6	23	70	25	58	31	0	12	55	1.37
146801--146845	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
149968--150001	10	3.4	10	83	0	50	32	2	8	55	1.45
150007--150715	49	13.3	49	85	11	790	41	0	11	46	1.41
150003--150143	21	7.0	21	63	19	68	40	0	14	45	1.45
150067--150666	109	5.6	108	84	9	718	41	0	12	46	1.41
150067--150715	158	4.1	158	97	0	1210	41	0	11	46	1.40
150601--150715	48	2.3	49	92	2	187	40	0	11	47	1.39
150687--150734	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
150383--150719	109	3.1	108	90	4	484	40	0	12	47	1.41
153282--153322	22	1.9	21	85	5	55	53	19	0	26	1.45
153465--153522	26	2.3	26	87	3	82	6	36	10	46	1.65
153772--153860	29	3.1	29	86	0	115	13	21	40	24	1.89
153800--153885	29	2.9	29	84	6	84	15	17	41	25	1.88
153863--153917	23	2.4	23	90	3	85	16	18	41	23	1.89
153875--153924	23	2.2	23	100	0	100	14	22	42	22	1.88
154099--154151	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
154168--154202	15	2.2	16	95	5	63	74	0	0	25	0.82
154560--154591	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
154603--154667	29	2.2	30	81	13	82	73	3	0	23	0.97
155399--155450	26	2.0	26	88	0	77	32	7	57	1	1.38
161198--161262	32	2.1	32	88	8	98	40	15	18	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161198--161276	32	2.5	31	82	8	97	40	15	16	27	1.88
161273--161359	32	2.7	32	94	0	147	33	14	17	34	1.91
164119--164161	20	2.2	20	91	0	68	32	13	20	32	1.92
165156--165197	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
167146--167187	21	2.0	21	85	0	57	23	33	9	33	1.87
169805--169846	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
171356--171402	23	2.0	23	83	0	58	19	27	12	40	1.88
177451--177481	13	2.5	13	94	5	55	16	22	0	61	1.34
184895--184999	45	2.3	45	95	3	185	33	20	10	36	1.86
188248--188296	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99

Tables:   1   2   3