Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110076_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2956777
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 8 of 11
Found at i:2105559 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2105534--2105581 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
2105524 TAAACATAAC
2105534 ATCCATAACAACAAACTTTAA
1 ATCCATAACAACAAACTTTAA
* *
2105555 TTCCATAACAACCAACTTTAA
1 ATCCATAACAACAAACTTTAA
2105576 ATCCAT
1 ATCCAT
2105582 TATAATAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.27, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ATCCATAACAACAAACTTTAA
Found at i:2111088 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2111050--2111104 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 3.6 Consensus size: 16
2111040 AAAAACTAAT
*
2111050 ATTATAAAACAATT--
1 ATTATAAAATAATTAA
*
2111064 ATCATAAAATAATTAA
1 ATTATAAAATAATTAA
**
2111080 ATTATAAAATTCTTAA
1 ATTATAAAATAATTAA
2111096 ATTATAAAA
1 ATTATAAAA
2111105 ACAATAACTC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 2
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.35
16 22 0.65
ACGTcount: A:0.58, C:0.05, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
ATTATAAAATAATTAA
Found at i:2111761 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2111737--2111795 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
2111727 ATCTTTTTAG
2111737 TATTTTAAATTATTTAAAT
1 TATTTTAAATTATTTAAAT
* *
2111756 TATTTTTAATTTATCTAAAT
1 TA-TTTTAAATTATTTAAAT
* *
2111776 T-TTCTAAATTTTTCTAAAT
1 TATTTTAAATTATT-TAAAT
2111795 T
1 T
2111796 TTCTAATTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 4
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.25
19 8 0.25
20 16 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (19 bp):
TATTTTAAATTATTTAAAT
Found at i:2111764 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2111739--2111776 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2111729 CTTTTTAGTA
*
2111739 TTTTAAATTATTTAAATTAT
1 TTTTAAATTATCTAAATTAT
*
2111759 TTTTAATTTATCTAAATT
1 TTTTAAATTATCTAAATT
2111777 TTCTAAATTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAAATTATCTAAATTAT
Found at i:2111783 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 2111763--2111801 Score: 60
Period size: 9 Copynumber: 4.1 Consensus size: 9
2111753 AATTATTTTT
2111763 AATTTATCTA
1 AATTT-TCTA
2111773 AATTTTCTA
1 AATTTTCTA
2111782 AATTTTTCTA
1 AA-TTTTCTA
2111792 AATTTTCTA
1 AATTTTCTA
2111801 A
1 A
2111802 TTATGTTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.50
10 14 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (9 bp):
AATTTTCTA
Found at i:2111796 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2111763--2111801 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
2111753 AATTATTTTT
2111763 AATTTATCTAAATTTTCTA
1 AATTTATCTAAATTTTCTA
*
2111782 AATTTTTCTAAATTTTCTA
1 AATTTATCTAAATTTTCTA
2111801 A
1 A
2111802 TTATGTTTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
AATTTATCTAAATTTTCTA
Found at i:2113316 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2113283--2113317 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
2113273 TCTATAAAAC
2113283 TGAAATTATTATGTTTAAG
1 TGAAATTATTATGTTTAAG
2113302 TGAAA-TATT-TGTTTAA
1 TGAAATTATTATGTTTAA
2113318 ATTTTATTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.44
18 4 0.25
19 5 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.14, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TGAAATTATTATGTTTAAG
Found at i:2113777 original size:194 final size:193
Alignment explanation
Indices: 2113448--2113802 Score: 534
Period size: 194 Copynumber: 1.8 Consensus size: 193
2113438 ATTATATATG
* *
2113448 GTGACGTTATGCATAATCATCATTCATAATATTATTTGGTAACGATATATTATGTCACTAAAAAT
1 GTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGATATATTATGTCACTAAAAAT
* * * ** *
2113513 GTGATAATATCTCTTTCGTCACATATAAGTTGATTTTAATTCATTATTTGTGACAATATAAATTA
66 GTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAATTCATTATCCGTGACAATATAAATCA
** *
2113578 TCAATAACGAAATCTTATTTAATTTAGTGACGTAGCCACCTGTCATAGAAAATAATTTATAAA
131 TCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGACGTAGCCACCTGTCATAGAAAATAATTTATAAA
2113641 GTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAAC-ATTTATATTATGTCACTAAAA
1 GTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGA--TATATTATGTCACTAAAA
* * *
2113705 ATTTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAGGTTGATTTTAATGT-ATTATCCGTGACGATATAAA
64 ATGTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAAT-TCATTATCCGTGACAATATAAA
*
2113769 TCATCAATAACGAAATTTTACATAATTCAGTGAC
128 TCATCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGAC
2113803 ATAATTAGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 15, Indels: 5
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
192 1 0.01
193 41 0.28
194 101 0.70
195 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (193 bp):
GTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGATATATTATGTCACTAAAAAT
GTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAATTCATTATCCGTGACAATATAAATCA
TCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGACGTAGCCACCTGTCATAGAAAATAATTTATAAA
Found at i:2113840 original size:194 final size:193
Alignment explanation
Indices: 2113442--2113844 Score: 524
Period size: 194 Copynumber: 2.1 Consensus size: 193
2113432 GGTGACATTA
* * *
2113442 TATATGGTGACGTTATGCATAATCATCATTCATAATATTATTTGGTAACGATATATTATGTCACT
1 TATATAGTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGATATATTATGTCACT
* * * **
2113507 AAAAATGTGATAATATCTCTTTCGTCACATATAAGTTGATTTTAATTCATTATTTGTGACAATAT
66 AAAAATGTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAATTCATTATCCGTGACAATAT
* ** * * *
2113572 AAATTATCAATAACGAAATCTTATTTAATTTAGTGACGTAGCCACCTGTCATAGAAAATAATT
131 AAATCATCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGACATAACCACCTGTCATAGAAAATAATT
*
2113635 TATAAAGTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAAC-ATTTATATTATGTCA
1 TATATAGTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGA--TATATTATGTCA
* * *
2113699 CTAAAAATTTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAGGTTGATTTTAATGT-ATTATCCGTGACGA
64 CTAAAAATGTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAAT-TCATTATCCGTGACAA
* ** ** * *
2113763 TATAAATCATCAATAACGAAATTTTACATAATTCAGTGACATAATTAGTTGTCATTGAATATTAA
128 TATAAATCATCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGACATAACCACCTGTCATAGAA-AATAA
2113828 -T
192 TT
2113829 TATATAGTGACGTTAT
1 TATATAGTGACGTTAT
2113845 ATATAAATGT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 26, Indels: 7
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
192 1 0.01
193 45 0.25
194 129 0.72
195 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (193 bp):
TATATAGTGACGTTATGCATAAACATCATTCATAATATTATTAGGTAACGATATATTATGTCACT
AAAAATGTGACAATATCTCTTTCATCACAAATAAGTTGATTTTAATTCATTATCCGTGACAATAT
AAATCATCAATAACGAAATCTTACATAATTCAGTGACATAACCACCTGTCATAGAAAATAATT
Found at i:2114367 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 2114228--2114450 Score: 297
Period size: 83 Copynumber: 2.7 Consensus size: 83
2114218 TTTTGTAGTG
* * * * *
2114228 ATAAAAACACCGGTAAAGTAATAATCTGTTGCGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAAGTGAA
1 ATAAAAATACCGCTAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAAGTGAA
*
2114293 CCCTATTACGTCATTTAT
66 CCCTATTACGGCATTTAT
* *
2114311 ATAAAAATACCGCTAAAGTACTAATATGTTATGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAA
1 ATAAAAATACCGCTAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAAGTGAA
* *
2114376 CCCTATTGCGGCATTTGT
66 CCCTATTACGGCATTTAT
* * * * *
2114394 AT-AAAATACTGCTAAAGTACTAATATGTTCCGGAGTTTATTTAAAAAA-ACCACTATA
1 ATAAAAATACCGCTAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATA
2114451 GATGGACCTA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 16, Indels: 2
0.87 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
81 8 0.06
82 41 0.33
83 75 0.60
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (83 bp):
ATAAAAATACCGCTAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAAGTGAA
CCCTATTACGGCATTTAT
Found at i:2114421 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 2114241--2114496 Score: 293
Period size: 83 Copynumber: 3.1 Consensus size: 82
2114231 AAAACACCGG
* * * * * *
2114241 TAAAGTAATAATCTGTTGCGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAAGTGAACCCTATTACGTCA
1 TAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAACCCTATTGCGGCA
* *
2114306 TTTATATAAAAATACCGC
66 TTTGTAT-AAAATACTGC
*
2114324 TAAAGTACTAATATGTTATGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAACCCTATTGCGGCA
1 TAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAACCCTATTGCGGCA
2114389 TTTGTATAAAATACTGC
66 TTTGTATAAAATACTGC
* * * * * * * **
2114406 TAAAGTACTAATATGTTCCGGAGTTTATTTAAAAAA-ACCACTATAGATGGA-CCTATTGTGGTG
1 TAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAACCCTATTGCGGCA
*
2114469 TTTGTATAAAA-ATGTCGC
66 TTTGTATAAAATA-CT-GC
2114487 TAAAGTACTA
1 TAAAGTACTA
2114497 CTCTGTAATG
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 20, Indels: 6
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.01
80 21 0.14
81 24 0.16
82 41 0.27
83 64 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (82 bp):
TAAAGTACTAATATGTTACGGTGTTTATTGAAAAAATGCCACTATAGGTGAACCCTATTGCGGCA
TTTGTATAAAATACTGC
Found at i:2115154 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 2115053--2115224 Score: 344
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
2115043 AAATATATAC
2115053 ATATCATTAGAAGTCCGTATGGAAACATGTTCAGAACAAAATATAGGTAATACATATACATACGA
1 ATATCATTAGAAGTCCGTATGGAAACATGTTCAGAACAAAATATAGGTAATACATATACATACGA
2115118 CTAATAGTAAAATGCGTGTCA
66 CTAATAGTAAAATGCGTGTCA
2115139 ATATCATTAGAAGTCCGTATGGAAACATGTTCAGAACAAAATATAGGTAATACATATACATACGA
1 ATATCATTAGAAGTCCGTATGGAAACATGTTCAGAACAAAATATAGGTAATACATATACATACGA
2115204 CTAATAGTAAAATGCGTGTCA
66 CTAATAGTAAAATGCGTGTCA
2115225 CCAAAATATA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 86 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (86 bp):
ATATCATTAGAAGTCCGTATGGAAACATGTTCAGAACAAAATATAGGTAATACATATACATACGA
CTAATAGTAAAATGCGTGTCA
Found at i:2117611 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 2117583--2117624 Score: 59
Period size: 11 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
2117573 ATATAAAATC
*
2117583 CGGTTCAACCG
1 CGGTTGAACCG
2117594 CGGTTGAACC-
1 CGGTTGAACCG
*
2117604 CTGTTGAACCG
1 CGGTTGAACCG
2117615 CGGTTGAACC
1 CGGTTGAACC
2117625 AGTGAACCAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.33
11 18 0.67
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (11 bp):
CGGTTGAACCG
Found at i:2118522 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 2118458--2118582 Score: 121
Period size: 45 Copynumber: 2.8 Consensus size: 46
2118448 CTTACTAGAG
** *
2118458 GTACCTTAGGCAATATCTGGGTCACATAGCATCAG-CATCTCA-TGA
1 GTACCTTAGGCAAGGTCTGGGTCACATAGCATCAGACACCTCACT-A
* * * *
2118503 TTACCTTAGGCAAGGTCTGGATCACAAAACATC-GACACCTCACTA
1 GTACCTTAGGCAAGGTCTGGGTCACATAGCATCAGACACCTCACTA
* * * *
2118548 GTATCTTAGGCTAGGTCTGGGTCATATAGCGTCAG
1 GTACCTTAGGCAAGGTCTGGGTCACATAGCATCAG
2118583 TACCATACCA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 15, Indels: 5
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 59 0.95
46 2 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (46 bp):
GTACCTTAGGCAAGGTCTGGGTCACATAGCATCAGACACCTCACTA
Found at i:2119676 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2119650--2119709 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
2119640 ATAGGCCCAA
2119650 TATCGATACTGTCACCTAGAG
1 TATCGATACTGTCACCTAGAG
* ***
2119671 TATCGATATTGT-AAGGAGAG
1 TATCGATACTGTCACCTAGAG
*
2119691 TATCGATACTCTCTACCTA
1 TATCGATACTGTC-ACCTA
2119710 AAAGCCTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 9, Indels: 3
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.54
21 11 0.39
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
TATCGATACTGTCACCTAGAG
Found at i:2122319 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2122281--2122400 Score: 136
Period size: 34 Copynumber: 3.5 Consensus size: 34
2122271 ACTATATGAG
2122281 GCACCTGGAGTG-ATTATTTTTGTTTTCGATGATA
1 GCACCTGGAGTGCA-TATTTTTGTTTTCGATGATA
*
2122315 GCACCTGGAGTGCATATTTTTGTTTTTGATGATA
1 GCACCTGGAGTGCATATTTTTGTTTTCGATGATA
* * * * *
2122349 GCACATGGGGTGCATATTTCT-ATTTCTGATAATA
1 GCACCTGGAGTGCATATTTTTGTTTTC-GATGATA
* *
2122383 ACACCTGGAGTGCTTATT
1 GCACCTGGAGTGCATATT
2122401 GTGCACACTC
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 11, Indels: 4
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.04
34 69 0.95
35 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.23, T:0.41
Consensus pattern (34 bp):
GCACCTGGAGTGCATATTTTTGTTTTCGATGATA
Found at i:2124848 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 2124757--2124913 Score: 314
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
2124747 GGTAATTTAG
2124757 ATCGAATAAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCTAAAAATTTTATTTTAACA
1 ATCGAATAAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCTAAAAATTTTATTTTAACA
2124822 TTTTAAATGTTGA
66 TTTTAAATGTTGA
2124835 ATCGAATAAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCTAAAAATTTTATTTTAACA
1 ATCGAATAAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCTAAAAATTTTATTTTAACA
2124900 TTTTAAATGTTGA
66 TTTTAAATGTTGA
2124913 A
1 A
2124914 AAATAATATA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 79 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (78 bp):
ATCGAATAAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCTAAAAATTTTATTTTAACA
TTTTAAATGTTGA
Found at i:2124886 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2124765--2124889 Score: 98
Period size: 39 Copynumber: 3.2 Consensus size: 39
2124755 AGATCGAATA
2124765 AAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCT
1 AAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCT
*** ** * * *
2124804 AAAAATTTTATTTTAACAT-TTTA-AATGTTGAA--TCGA-AT
1 AAAAA-TTTA-GGGAA-ATATGAAGAATGAT-AATTTAGACCT
2124842 AAAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCT
1 -AAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCT
2124882 AAAAATTT
1 AAAAATTT
2124890 TATTTTAACA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 16, Indels: 20
0.62 0.17 0.21
Matches are distributed among these distances:
36 2 0.03
37 6 0.10
38 10 0.17
39 24 0.40
40 10 0.17
41 6 0.10
42 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (39 bp):
AAAAATTTAGGGAAATATGAAGAATGATAATTTAGACCT
Found at i:2126790 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2126734--2126797 Score: 89
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 23
2126724 TTGCATTTTC
2126734 GTAAGAGTACTTTGTGTACTGTG
1 GTAAGAGTACTTTGTGTACTGTG
*
2126757 GTAAGATTACTTTGTGTACT-T-
1 GTAAGAGTACTTTGTGTACTGTG
2126778 GT-AGTAGTACTTTGTGTACT
1 GTAAG-AGTACTTTGTGTACT
2126798 ATGGAACTTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.05
21 16 0.42
22 1 0.03
23 19 0.50
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.25, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
GTAAGAGTACTTTGTGTACTGTG
Found at i:2133396 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 2133362--2133420 Score: 88
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
2133352 TATAAAAATT
2133362 GGGGACC-ATTATG-TAATTTT-GAAAAGTTA
1 GGGGACCAATT-TGATAATTTTGGAAAAGTTA
2133391 GGGGACCAATTTGATAATTTTGGAAAAGTT
1 GGGGACCAATTTGATAATTTTGGAAAAGTT
2133421 GTGAATGGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.33
30 10 0.37
31 8 0.30
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
GGGGACCAATTTGATAATTTTGGAAAAGTTA
Found at i:2134356 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2134306--2134395 Score: 162
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
2134296 TGCATTTTCA
*
2134306 TAAGAGTAGTTTGTGTACTTGAAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
1 TAAGAGTACTTTGTGTACTTGAAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
*
2134350 TAAGAGTACTTTGTGTACTTGTAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
1 TAAGAGTACTTTGTGTACTTGAAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
2134394 TA
1 TA
2134396 CTTTGTGTAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 44 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.26, T:0.42
Consensus pattern (44 bp):
TAAGAGTACTTTGTGTACTTGAAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
Found at i:2134361 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2134306--2134389 Score: 113
Period size: 21 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
2134296 TGCATTTTCA
*
2134306 TAAG-AGTAGTTTGTGTACTTG
1 TAAGTAGTACTTTGTGTACTTG
2134327 -AAGTAGTACTTTGTGTACTATGG
1 TAAGTAGTACTTTGTGTACT-T-G
2134350 TAAG-AGTACTTTGTGTACTTG
1 TAAGTAGTACTTTGTGTACTTG
2134371 T-AGTAGTACTTTGTGTACT
1 TAAGTAGTACTTTGTGTACT
2134390 ATGGTACTTT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 1, Indels: 10
0.84 0.01 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.09
21 31 0.54
22 2 0.04
23 16 0.28
24 3 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.25, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
TAAGTAGTACTTTGTGTACTTG
Found at i:2134369 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 2134355--2134420 Score: 64
Period size: 9 Copynumber: 7.2 Consensus size: 9
2134345 TATGGTAAGA
2134355 GTACTTTGT
1 GTACTTTGT
2134364 GTACTTGTAGT
1 GTACTT-T-GT
2134375 AGTACTTTGT
1 -GTACTTTGT
*
2134385 GTACTATG-
1 GTACTTTGT
2134393 GTACTTTGT
1 GTACTTTGT
*
2134402 GTACTATG-
1 GTACTTTGT
*
2134410 GCACTTTGT
1 GTACTTTGT
2134419 GT
1 GT
2134421 GCAATGATGG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 10
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
8 13 0.28
9 21 0.46
10 3 0.07
11 3 0.07
12 6 0.13
ACGTcount: A:0.17, C:0.12, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (9 bp):
GTACTTTGT
Found at i:2134398 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2134376--2134420 Score: 81
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
2134366 ACTTGTAGTA
2134376 GTACTTTGTGTACTATG
1 GTACTTTGTGTACTATG
2134393 GTACTTTGTGTACTATG
1 GTACTTTGTGTACTATG
*
2134410 GCACTTTGTGT
1 GTACTTTGTGT
2134421 GCAATGATGG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 27 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.13, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
GTACTTTGTGTACTATG
Found at i:2138004 original size:29 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2137933--2138005 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
2137923 TAAATTATAA
* *
2137933 TTTAGTCCCTAAACTTTTACAAAAGTTTATAC
1 TTTAGTCACTAAACTTTTACAAAAGTTTAAAC
* * *
2137965 TTTGGCCACTAAAC-TTT-CAAAA-TTTAAAT
1 TTTAGTCACTAAACTTTTACAAAAGTTTAAAC
2137994 TTTAGTCACTAA
1 TTTAGTCACTAA
2138006 GTAAAATTTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 3
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.44
30 5 0.15
31 3 0.09
32 11 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (32 bp):
TTTAGTCACTAAACTTTTACAAAAGTTTAAAC
Found at i:2141585 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 2141314--2141614 Score: 593
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
2141304 TGAAGCTCAC
2141314 AAGAGGAAGAAGATAAAGAAATATGAGACAAAGAAGAGGAAAAATTGTGAGAAAATTGAGAAGAG
1 AAGAGGAAGAAGATAAAGAAATATGAGACAAAGAAGAGGAAAAATTGTGAGAAAATTGAGAAGAG
*
2141379 AAATTTTTATCTTTCTCCCACGTTGACATCACCAACAATTAAGGGAGAATACACTTTTCAAAACT
66 AAATTTTTATCTTTCTCCCACATTGACATCACCAACAATTAAGGGAGAATACACTTTTCAAAACT
2141444 TTTAGGATAAATTGTTGCCT
131 TTTAGGATAAATTGTTGCCT
2141464 AAGAGGAAGAAGATAAAGAAATATGAGACAAAGAAGAGGAAAAATTGTGAGAAAATTGAGAAGAG
1 AAGAGGAAGAAGATAAAGAAATATGAGACAAAGAAGAGGAAAAATTGTGAGAAAATTGAGAAGAG
2141529 AAATTTTTATCTTTCTCCCACATTGACATCACCAACAATTAAGGGAGAATACACTTTTCAAAACT
66 AAATTTTTATCTTTCTCCCACATTGACATCACCAACAATTAAGGGAGAATACACTTTTCAAAACT
2141594 TTTAGGATAAATTGTTGCCT
131 TTTAGGATAAATTGTTGCCT
2141614 A
1 A
2141615 GTTCTTTCTC
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
150 150 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (150 bp):
AAGAGGAAGAAGATAAAGAAATATGAGACAAAGAAGAGGAAAAATTGTGAGAAAATTGAGAAGAG
AAATTTTTATCTTTCTCCCACATTGACATCACCAACAATTAAGGGAGAATACACTTTTCAAAACT
TTTAGGATAAATTGTTGCCT
Found at i:2141918 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 2141854--2141920 Score: 75
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
2141844 TTGGCAAGTA
*
2141854 ACCAAAATATAATTTGTGAAAGTTTAGTG
1 ACCAAAGTATAATTTGTGAAAGTTTAGTG
*
2141883 GCCAAAGTATAAATTTAG-GAAAGTTTAAG-G
1 ACCAAAGTAT-AATTT-GTGAAAGTTT-AGTG
2141913 ACCAAAGT
1 ACCAAAGT
2141921 GTATTTTCCT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.25
30 21 0.66
31 3 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
ACCAAAGTATAATTTGTGAAAGTTTAGTG
Found at i:2144824 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2144792--2144818 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
2144782 TAATTTACAT
2144792 TTAAATAATTTTA
1 TTAAATAATTTTA
2144805 TTAAATAATTTTA
1 TTAAATAATTTTA
2144818 T
1 T
2144819 ATAATATGTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
TTAAATAATTTTA
Found at i:2144935 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2144870--2144964 Score: 127
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
2144860 TATATATATA
* * **
2144870 TATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACAC
1 TATACATAAACTATATAAA-TAAATAAAATATATAGTTTATAGAAACAC
* *
2144919 TATACATAAACTATATAAATTAGTAAAATATATAGTTTATAGAAAC
1 TATACATAAACTATATAAATAAATAAAATATATAGTTTATAGAAAC
2144965 CTTAAATCAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
48 22 0.55
49 18 0.45
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
TATACATAAACTATATAAATAAATAAAATATATAGTTTATAGAAACAC
Found at i:2145446 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2145381--2145430 Score: 73
Period size: 2 Copynumber: 24.0 Consensus size: 2
2145371 ATAAACCATG
*
2145381 TA TA GTA TA TA TA AA CTA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA -TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
2145425 TA TA TA
1 TA TA TA
2145431 AACTATAAAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
2 41 0.93
3 3 0.07
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2145533 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2145514--2145561 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
2145504 TATAGTTTAT
*
2145514 ATAAACCTTAAATC
1 ATAAACCTTAAACC
*
2145528 ATAAACCATAAACC
1 ATAAACCTTAAACC
* *
2145542 CTAAACTTTAAACC
1 ATAAACCTTAAACC
*
2145556 ACAAAC
1 ATAAAC
2145562 ACTAAATACT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 7, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 27 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.27, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (14 bp):
ATAAACCTTAAACC
Found at i:2145553 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2145514--2145587 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
2145504 TATAGTTTAT
*
2145514 ATAAACCTTAAAT-CATAAACC
1 ATAAACCCTAAATAC-TAAACC
*
2145535 ATAAACCCTAAACT-TTAAACC
1 ATAAACCCTAAA-TACTAAACC
* * *
2145556 ACAAACACTAAATACTAAATC
1 ATAAACCCTAAATACTAAACC
2145577 ATAAACCCTAA
1 ATAAACCCTAA
2145588 TATAAATGGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 4
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 41 0.95
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.53, C:0.26, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
ATAAACCCTAAATACTAAACC
Found at i:2145653 original size:570 final size:553
Alignment explanation
Indices: 2144499--2146523 Score: 2467
Period size: 533 Copynumber: 3.7 Consensus size: 553
2144489 AAAAGCCTAT
* * * * * *
2144499 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTACATTGGGCCTATCTAAATTAATGTTA
1 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
** * * *
2144564 ATGGACTAGCAAAATTGCAAATGGACTTATTTTTGGGTTTTATTATTACTTATTTATAACAATAA
66 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
* * * *
2144629 AATAAATG-GACTATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACTAATTATGCAAATGAA
131 AATAAATGAG-CCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAA
* * * * *
2144693 ATTAATATGAAATGTACTACTATTTATGAACCATATAATAAGGAATGTGATATACTAATTATTTA
195 ATTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTA
*
2144758 ACACCTAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAAATAATTTTATATAA
260 ACACCAAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAAATAA-TTTATATAA
*
2144823 TATGTATGTATAAACCATGCATAGTATATATAAAC----------------T--A-TATATATAT
324 TATGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATATATATAAACTATATATAT
2144869 ATAT--ATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACACTATACATAAACTA
389 ATATAAATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACACTATACATAAACTA
* * **
2144932 TATAAATTAGTAAAATATATAGTTTATAGAAACCTTAAATCATAAACCCTAATTCTAAACTTTAA
454 TATAAAGTAGTAAAATATATAGTTTATAGAAACCTTAAATCATAAACCATAACCCTAAACTTTAA
*
2144997 ACCATAAACCATAAACCCTAATTTAAATGGACTAG
519 ACCATAAACCATAAACCCTAATATAAATGGACTAG
* * *
2145032 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCATTGGGCCTATGTAAACTATTGTTA
1 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
* ** *
2145097 ATGGACTAGCACTATTGTAAATGGTTTTATTTTTGGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
66 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
2145162 AATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAAA
131 AATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAAA
* *
2145227 TTAATATGACATGTACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGACATACTAATTATTTAA
196 TTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAA
2145292 CACCAAATTAATCATGTTTTATA-ATATTTACATTTAATAATTTTATTAATTTTATTAAATAATT
261 CACCAAATTAATCATGTTTTATATA-ATTTACA-TT--TAA----A-TAATTTTATTAAATAATT
*
2145356 TATAT-ATATGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATATATATATA-TA
317 TATATAATATGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATATATATAAACTA
2145419 TATATATATATAAACTATAAACTATATAAAGTAAATTAC-T-TATAG-TTATAGAAACACTATAC
382 TATATATATATAAA-TATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACACTATAC
*
2145481 AT-AACTATATAAAGTAGT-AAATATATAGTTTATATAAACCTTAAATCATAAACCATAAACCCT
446 ATAAACTATATAAAGTAGTAAAATATATAGTTTATAGAAACCTTAAATCATAAACCAT-AACCCT
2145544 AAACTTTAAACCACAAACACTAAATACTAAATCATAAACCCTAATATAAATGGACTAG
510 AAACTTT-AA--AC---CA-T-AA-AC-----CATAAACCCTAATATAAATGGACTAG
* *
2145602 CACTATTGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
1 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
2145667 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
66 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
2145732 AATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAAA
131 AATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAAA
2145797 TTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAA
196 TTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAA
* *
2145862 CACCTAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAAATAATTTTTATAATA
261 CACCAAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAAATAATTTATATAATA
* * *
2145927 TGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTT
326 TGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATA-TATATAAACTATA-TA--T
** * ** * * * *
2145992 ATATAGTTTATAGAAAC-ACTATGCA-TAAACTA--TATAAAG--TA-ATAAA-A-TAT--ATAG
387 ATATA-TAAATATAAACTA-TATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACACTATACATAA
** * *** * * * * ** *
2146046 TTTATAGAAA-CCCT-AAATCCTA-AATCT-T--AAACCTTAATTC-TAAACTTTAAACCATAAA
450 ACTATATAAAGTAGTAAAAT-ATATAGTTTATAGAAACCTTAAATCATAAACCAT-AACCCTAAA
** * * *
2146104 CACTAAA-C------CATAAACCCTAATTTGAATAGACTAG
513 CTTTAAACCATAAACCATAAACCCTAATATAAATGGACTAG
* * * *
2146138 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCATTGGGCCTATGTAAATTAATGTTA
1 CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
*
2146203 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTA-TTTTGGGTTTTTATTA-TACTTATTCATAACAACA
66 ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGG-TTTTATTATTACTTATTCATAACAACA
2146266 AAAT-AATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACT-AAATACAAATTATGCAATTTAA
130 AAATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAA
* * *
2146329 ATTAATATGATATGTACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGACATACTAATTATTTA
195 ATTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTA
**
2146394 ACACCTCATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAATTTTATTAAATAAT
260 ACACCAAATTAATCATGTTTTATATAATTTACA-TT---TAA----A-TAATTTTATTAAATAA-
*
2146459 TTTATATAATATGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAA
315 TTTATATAATATGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATA-TATATAAA
2146524 GTAAATTACT
Statistics
Matches: 1342, Mismatches: 81, Indels: 128
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
533 383 0.29
534 42 0.03
535 28 0.02
536 124 0.09
537 3 0.00
539 35 0.03
540 8 0.01
541 17 0.01
542 16 0.01
543 64 0.05
550 1 0.00
554 1 0.00
555 37 0.03
556 28 0.02
557 52 0.04
558 16 0.01
559 4 0.00
560 25 0.02
561 10 0.01
562 33 0.02
563 52 0.04
564 10 0.01
565 9 0.01
566 5 0.00
567 14 0.01
568 16 0.01
569 4 0.00
570 303 0.23
571 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (553 bp):
CACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTAGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTA
ATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGGTTTTATTATTACTTATTCATAACAACAA
AATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAATTTAAA
TTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAA
CACCAAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAAATAATTTATATAATA
TGTATGTATAAACCATGTATAGTATATATAAACTATATATATATATATATAAACTATATATATAT
ATAAATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAACACTATACATAAACTATA
TAAAGTAGTAAAATATATAGTTTATAGAAACCTTAAATCATAAACCATAACCCTAAACTTTAAAC
CATAAACCATAAACCCTAATATAAATGGACTAG
Found at i:2145922 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2145895--2145919 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
2145885 TAATTTACAT
2145895 TTAAATAATTTTA
1 TTAAATAATTTTA
2145908 TTAAATAATTTT
1 TTAAATAATTTT
2145920 TATAATATGT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
TTAAATAATTTTA
Found at i:2145967 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2145949--2145978 Score: 60
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
2145939 CCATGTATAG
2145949 TATATATAAACTA
1 TATATATAAACTA
2145962 TATATATAAACTA
1 TATATATAAACTA
2145975 TATA
1 TATA
2145979 AAGTAAATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 17 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TATATATAAACTA
Found at i:2145967 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2145924--2145967 Score: 54
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
2145914 AATTTTTATA
*
2145924 ATAT-GTATGTATAAACCAT
1 ATATAGTATATATAAACCAT
* *
2145943 GTATAGTATATATAAACTAT
1 ATATAGTATATATAAACCAT
2145963 ATATA
1 ATATA
2145968 TAAACTATAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 1
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.15
20 17 0.85
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
ATATAGTATATATAAACCAT
Found at i:2146077 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2146053--2146123 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 3.5 Consensus size: 20
2146043 TAGTTTATAG
2146053 AAACCCTAAATCCTAAATCTT
1 AAACCCTAAATCCTAAA-CTT
* *
2146074 AAA-CCTTAATTCTAAACTTT
1 AAACCCTAAATCCTAAAC-TT
* *
2146094 AAACCATAAA-CACTAAACCAT
1 AAACCCTAAATC-CTAAA-CTT
2146115 AAACCCTAA
1 AAACCCTAA
2146124 TTTGAATAGA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 8
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.03
20 16 0.41
21 21 0.54
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.27, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (20 bp):
AAACCCTAAATCCTAAACTT
Found at i:2146107 original size:543 final size:536
Alignment explanation
Indices: 2145413--2146646 Score: 1944
Period size: 543 Copynumber: 2.3 Consensus size: 536
2145403 TATATATATA
* *
2145413 TATA-TATATATATA-TATAAACTATAAACTATATAAAGTAAATTAC-T-TATAG-TTATAGAAA
1 TATAGTATATATAAACTATATA-TATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAA
* * * * * *
2145473 CACTATACAT-AACTATATAAAGTAGT-AAATATATAGTTTATATAAACCTTAAATCATAAACCA
65 CACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAATCCTAAATCA
* *
2145536 TAAACC----CTAAACTTTAAACCACAAACACTAAATACTAAATCATAAACCCTAATATAAATGG
130 TAAACCAATTCTAAACTTTAAACCATAAACACT-AA-AC-----CATAAACCCTAATATAAATAG
*
2145597 ACTAGCACTATTGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAA
188 ACTAGCACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAA
2145662 TGTTAATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTTAGG-TTTTATTATTACTTATTCATAA
253 TGTTAATGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTA-TTTTAGGTTTTTATTA-TACTTATTCATAA
2145726 CAACAAAATAAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAAATACAAATTATGCAA
316 CAACAAAAT-AATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACT-AAATACAAATTATGCAA
2145791 TTTAAATTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATT
379 TTTAAATTAATATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATT
2145856 ATTTAACACCTAATTAATCATGTTTTATATAATTTACA-TT-TAA-A-TAATTTTATTAAATAAT
444 ATTTAACACCTAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTATAATATTAATTTTATTAAATAAT
2145917 TTT-TATAATATGTATGTATAAACCATG
509 TTTATATAATATGTATGTATAAACCATG
2145944 TATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAAC
1 TATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAAC
*
2146009 ACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAATCCTAAATCTT
66 ACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAATCCTAAATCAT
* *
2146074 AAACCTTAATTCTAAACTTTAAACCATAAACACTAAACCATAAACCCTAATTTGAATAGACTAGC
131 AAACC--AATTCTAAACTTTAAACCATAAACACTAAACCATAAACCCTAATATAAATAGACTAGC
* * *
2146139 ACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCATTGGGCCTATGTAAATTAATGTTAA
194 ACTAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTAA
*
2146204 TGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTGGGTTTTTATTATACTTATTCATAACAACAAAA
259 TGGACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTAGGTTTTTATTATACTTATTCATAACAACAAAA
2146269 TAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAATACAAATTATGCAATTTAAATTAA
324 TAATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAATACAAATTATGCAATTTAAATTAA
* * *
2146334 TATGATATGTACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGACATACTAATTATTTAACACC
389 TATGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAACACC
*
2146399 TCATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTAAATAATTTTATTAATTTTATTAAATAATTTTAT
454 TAATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTT--ATAA---TATTAATTTTATTAAATAATTTTAT
2146464 ATAATATGTATGTATAAACCATG
514 ATAATATGTATGTATAAACCATG
*
2146487 TATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATTGAAAC
1 TATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAAC
*
2146552 ACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAACCCTAAATCAT
66 ACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAATCCTAAATCAT
2146617 AAACCCCAATTCTAAACTTTAAACCATAAA
131 AAA--CCAATTCTAAACTTTAAACCATAAA
2146647 TCCTAATTTA
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 25, Indels: 40
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 4 0.01
532 33 0.05
533 122 0.19
534 44 0.07
535 46 0.07
536 136 0.21
537 41 0.06
541 3 0.00
542 22 0.03
543 199 0.31
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (536 bp):
TATAGTATATATAAACTATATATATAAACTATATAAAGTAAATTACTTATATAGTTTATAGAAAC
ACTATGCATAAACTATATAAAGTAATAAAATATATAGTTTATAGAAACCCTAAATCCTAAATCAT
AAACCAATTCTAAACTTTAAACCATAAACACTAAACCATAAACCCTAATATAAATAGACTAGCAC
TAATGCATATATATTTGTAATAAAAGAGTGGGCTTGCACTAGGCCTATGTAAACTAATGTTAATG
GACTAGCACTATTGCAAATGGACTTATTTTAGGTTTTTATTATACTTATTCATAACAACAAAATA
ATGAGCCATTAATGTGAATTAACCTAACATGCAACTAAATACAAATTATGCAATTTAAATTAATA
TGACATGAACTACTATTTATGAACCATATAATATGCAATGTGAAATACTAATTATTTAACACCTA
ATTAATCATGTTTTATATAATTTACATTTATAATATTAATTTTATTAAATAATTTTATATAATAT
GTATGTATAAACCATG
Found at i:2146110 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2146093--2146123 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
2146083 TTCTAAACTT
2146093 TAAACCATAAACAC
1 TAAACCATAAACAC
*
2146107 TAAACCATAAACCC
1 TAAACCATAAACAC
2146121 TAA
1 TAA
2146124 TTTGAATAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.29, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (14 bp):
TAAACCATAAACAC
Found at i:2146510 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2146492--2146521 Score: 60
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
2146482 CCATGTATAG
2146492 TATATATAAACTA
1 TATATATAAACTA
2146505 TATATATAAACTA
1 TATATATAAACTA
2146518 TATA
1 TATA
2146522 AAGTAAATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 17 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TATATATAAACTA
Found at i:2146510 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2146461--2146511 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
2146451 TAAATAATTT
*
2146461 TATATAATATGTATGTATAAAC
1 TATAT-ATATGTATATATAAAC
* *
2146483 CATGTATA-GTATATATAAAC
1 TATATATATGTATATATAAAC
2146503 TATATATAT
1 TATATATAT
2146512 AAACTATATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 3
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.74
21 3 0.13
22 3 0.13
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TATATATATGTATATATAAAC
Found at i:2146841 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2146814--2146863 Score: 86
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
2146804 ATTATTTTCA
2146814 TTATATAAATTA-AACTATA-TAAT
1 TTATATAAATTATAACTATATTAAT
2146837 TTATATAAATTATAACTATATTAAT
1 TTATATAAATTATAACTATATTAAT
2146862 TT
1 TT
2146864 TCCTTTGCAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.48
24 7 0.28
25 6 0.24
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TTATATAAATTATAACTATATTAAT
Found at i:2147150 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2147125--2147211 Score: 138
Period size: 16 Copynumber: 5.4 Consensus size: 16
2147115 TGGATCATTT
*
2147125 ACAGGTCAGGTTAAAA
1 ACAGGTCAGGTTGAAA
*
2147141 ACATGTCAGGTTGAAA
1 ACAGGTCAGGTTGAAA
*
2147157 ACAGGTCAGGTTAAAA
1 ACAGGTCAGGTTGAAA
*
2147173 ACAAGTCAGGTTGAAA
1 ACAGGTCAGGTTGAAA
2147189 ACAGGTCAGGTTGAAA
1 ACAGGTCAGGTTGAAA
2147205 ACAGGTC
1 ACAGGTC
2147212 GGGTAATACC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 64 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (16 bp):
ACAGGTCAGGTTGAAA
Found at i:2147594 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2147568--2147613 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
2147558 TAGAGAGGAC
*
2147568 ATGATATATTTTATGACACATAT
1 ATGATATATTGTATG-CACATAT
*
2147591 ATGATATGTTGTATGCACATAT
1 ATGATATATTGTATGCACATAT
2147613 A
1 A
2147614 ATATTCTAGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.38
23 13 0.62
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
ATGATATATTGTATGCACATAT
Found at i:2149249 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2149164--2149287 Score: 176
Period size: 59 Copynumber: 2.1 Consensus size: 59
2149154 TGCTAAATCG
* * * * *
2149164 AATATTACATATAAGGTCGTGGCCACCATATGCACTAGGTATCCTTTAGTGCTAACCCA
1 AATATGACACATAAGGTCATGCCCACCATATGCACTAAGTATCCTTTAGTGCTAACCCA
* * *
2149223 AATATGACACATAAGGTCATGCCCACCATCTGCACTAAGTATCCTTTAGTGCTAATCCG
1 AATATGACACATAAGGTCATGCCCACCATATGCACTAAGTATCCTTTAGTGCTAACCCA
2149282 AATATG
1 AATATG
2149288 CATCATGTTG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
59 57 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (59 bp):
AATATGACACATAAGGTCATGCCCACCATATGCACTAAGTATCCTTTAGTGCTAACCCA
Found at i:2150616 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 2150571--2150625 Score: 85
Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
2150561 ACATAACAGG
*
2150571 TTTACTTAAGTTCTCAACTTTTCCAAATT
1 TTTACTTAAGTTCTCAACTTTTACAAATT
*
2150600 TTTATTTAA-TTCTCAACTTTTACAAA
1 TTTACTTAAGTTCTCAACTTTTACAAA
2150626 CTTTCCAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.67
29 8 0.33
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
TTTACTTAAGTTCTCAACTTTTACAAATT
Found at i:2159213 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2159190--2159234 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
2159180 ATTCGGGGTG
* *
2159190 ACTCGGTTCAGTTCGAGTTA
1 ACTCAGTTCAGTCCGAGTTA
*
2159210 ACTCAGTTTAGTCCGAGTTA
1 ACTCAGTTCAGTCCGAGTTA
2159230 ACTCA
1 ACTCA
2159235 TACCGATTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 22 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
ACTCAGTTCAGTCCGAGTTA
Found at i:2161306 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 2161247--2161307 Score: 79
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
2161237 CTGTAAACTA
* *
2161247 ATTTATAGATAAAAATACAAGTTTAAAAATT
1 ATTTATAGATAAAAATACAAATTCAAAAATT
*
2161278 ATTTATATATTAAAAATA-AAATTCAAAAAT
1 ATTTATAGA-TAAAAATACAAATTCAAAAAT
2161308 ATCCAGTAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 18 0.69
32 8 0.31
ACGTcount: A:0.57, C:0.03, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
ATTTATAGATAAAAATACAAATTCAAAAATT
Found at i:2165735 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2165709--2165766 Score: 107
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
2165699 CCGGTCACAA
2165709 ACCCGACCCGACCCGTTG
1 ACCCGACCCGACCCGTTG
*
2165727 ACCCAACCCGACCCGTTG
1 ACCCGACCCGACCCGTTG
2165745 ACCCGACCCGACCCGTTG
1 ACCCGACCCGACCCGTTG
2165763 ACCC
1 ACCC
2165767 CCGTTGACCG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 38 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.52, G:0.19, T:0.10
Consensus pattern (18 bp):
ACCCGACCCGACCCGTTG
Found at i:2165796 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2165752--2165803 Score: 63
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
2165742 TTGACCCGAC
2165752 CCGACCCGTTGA
1 CCGACCCGTTGA
2165764 CC--CCCGTTGA
1 CCGACCCGTTGA
2165774 CCGTTGACCCGTTGA
1 CC---GACCCGTTGA
2165789 CCGACCCGTTGA
1 CCGACCCGTTGA
2165801 CCG
1 CCG
2165804 TGACCGAGTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 10
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.29
12 15 0.43
15 10 0.29
ACGTcount: A:0.13, C:0.42, G:0.25, T:0.19
Consensus pattern (12 bp):
CCGACCCGTTGA
Found at i:2165799 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2165774--2165810 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2165764 CCCCCGTTGA
2165774 CCGTTGACCCGTTGACCGAC
1 CCGTTGA-CCG-TGACCGAC
2165794 CCGTTGACCGTGACCGA
1 CCGTTGACCGTGACCGA
2165811 GTTGACCACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.41
19 3 0.18
20 7 0.41
ACGTcount: A:0.16, C:0.38, G:0.27, T:0.19
Consensus pattern (18 bp):
CCGTTGACCGTGACCGAC
Found at i:2165804 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2165754--2165827 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24
2165744 GACCCGACCC
2165754 GACCCGTTGACCCCCGTTGACCGTT
1 GACCCGTTGACCCCCGTTGACCG-T
2165779 GACCCGTTGACCGACCCGTTGACCGT
1 GACCCGTTGACC--CCCGTTGACCGT
* * *
2165805 GACCGAGTTGACCACTGTTGACC
1 GACC-CGTTGACCCCCGTTGACC
2165828 AAAACTTTGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 6
0.83 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.47
26 5 0.12
27 18 0.42
ACGTcount: A:0.16, C:0.36, G:0.26, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
GACCCGTTGACCCCCGTTGACCGT
Found at i:2168368 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2168321--2168411 Score: 121
Period size: 24 Copynumber: 3.8 Consensus size: 24
2168311 TCCGACTTGA
* * *
2168321 ATTCTGTTATGATACCTGACCTGG
1 ATTCTGATCTGATACTTGACCTGG
*
2168345 ATTCTGATCTGATA-TTGACATGG
1 ATTCTGATCTGATACTTGACCTGG
*
2168368 ATTCTGATCTGATACATGACCTGG
1 ATTCTGATCTGATACTTGACCTGG
*
2168392 ATTCTGATATGATACTTGAC
1 ATTCTGATCTGATACTTGAC
2168412 TTGAATTATG
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 21 0.36
24 37 0.64
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (24 bp):
ATTCTGATCTGATACTTGACCTGG
Found at i:2168381 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2168321--2168411 Score: 139
Period size: 47 Copynumber: 1.9 Consensus size: 48
2168311 TCCGACTTGA
* * *
2168321 ATTCTGTTATGATACCTGACCTGGATTCTGATCTGATA-TTGACATGG
1 ATTCTGATATGATACATGACCTGGATTCTGATATGATACTTGACATGG
*
2168368 ATTCTGATCTGATACATGACCTGGATTCTGATATGATACTTGAC
1 ATTCTGATATGATACATGACCTGGATTCTGATATGATACTTGAC
2168412 TTGAATTATG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 34 0.87
48 5 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (48 bp):
ATTCTGATATGATACATGACCTGGATTCTGATATGATACTTGACATGG
Found at i:2168533 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2168494--2168594 Score: 202
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
2168484 ATTACTTGGA
2168494 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACTTACC
1 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACTTACC
2168529 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACTTACC
1 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACTTACC
2168564 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACT
1 GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACT
2168595 GTTAGTGACG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 66 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.31, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
GGTTCCTCGGCTGTGTGCTCAGGGCCTTACTTACC
Found at i:2170579 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2170571--2170604 Score: 61
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
2170561 CCAACTCAAA
2170571 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA- AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
2170605 AAGCATTTGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 28 0.93
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:2176958 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2176884--2176959 Score: 91
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
2176874 CTAACACTCA
* * *
2176884 TGTGCATTATATGATTGCAAACTTGATTCTAT
1 TGTGCATTATCTGAATGCAAACTTGACTCTAT
* *
2176916 TGTGCCTTATCTGAATGCAACAC-TGACTCTGT
1 TGTGCATTATCTGAATGCAA-ACTTGACTCTAT
2176948 TGTGCATTATCT
1 TGTGCATTATCT
2176960 AAATATAAAC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.95
33 2 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (32 bp):
TGTGCATTATCTGAATGCAAACTTGACTCTAT
Found at i:2178111 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2178076--2178113 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
2178066 TGATTGATGC
2178076 AATTGTTGTTTATGTT
1 AATTGTTGTTTATGTT
2178092 AATTGTTGTTT-TGTT
1 AATTGTTGTTTATGTT
*
2178107 CATTGTT
1 AATTGTT
2178114 TCAATATTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.48
16 11 0.52
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.18, T:0.63
Consensus pattern (16 bp):
AATTGTTGTTTATGTT
Found at i:2180002 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2179985--2180020 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
2179975 TCATAATAGC
*
2179985 TA TA GA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2180021 GATAATAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 30 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2182992 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2182931--2183016 Score: 111
Period size: 30 Copynumber: 2.8 Consensus size: 30
2182921 TTGGCTTGCT
* *
2182931 TTCTTTTTGACTTTTC-TTCTTTATCTATTTTT
1 TTCTTTTTGAATTTTCTTTC-TT-TCT-TTTTC
2182963 TTCTTTTCTGAATTTTCTTTCTTTCTTTTTC
1 TTCTTTT-TGAATTTTCTTTCTTTCTTTTTC
2182994 TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTT
1 TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTT
2183017 TTGTACTCTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 6
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 16 0.32
31 11 0.22
32 10 0.20
33 10 0.20
34 3 0.06
ACGTcount: A:0.08, C:0.16, G:0.03, T:0.72
Consensus pattern (30 bp):
TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTTCTTTTTC
Found at i:2183018 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2182929--2183019 Score: 86
Period size: 16 Copynumber: 5.6 Consensus size: 17
2182919 CCTTGGCTTG
*
2182929 CTTTCTTTTTGACTTTT
1 CTTTCTTTTTGAATTTT
* **
2182946 C-TTCTTTATCTATTTT
1 CTTTCTTTTTGAATTTT
2182962 -TTTCTTTTCTGAATTTT
1 CTTTCTTTT-TGAATTTT
*
2182979 CTTTCTTTCT---TTTT
1 CTTTCTTTTTGAATTTT
2182993 C-TTCTTTTTGAATTTT
1 CTTTCTTTTTGAATTTT
2183009 CTTTCTTTTTG
1 CTTTCTTTTTG
2183020 TACTCTAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 9, Indels: 14
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.12
14 5 0.09
16 22 0.38
17 17 0.29
18 7 0.12
ACGTcount: A:0.08, C:0.16, G:0.04, T:0.71
Consensus pattern (17 bp):
CTTTCTTTTTGAATTTT
Found at i:2183033 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2182963--2183023 Score: 88
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
2182953 ATCTATTTTT
* *
2182963 TTCTTTTCTGAATTTTCTTTCTTTCTTTTTC
1 TTCTTTT-TGAATTTTCTTTCTTTCTTGTAC
2182994 TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTT-TTGTAC
1 TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTTCTTGTAC
2183023 T
1 T
2183024 CTAATTTTGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.18
30 16 0.57
31 7 0.25
ACGTcount: A:0.08, C:0.16, G:0.05, T:0.70
Consensus pattern (30 bp):
TTCTTTTTGAATTTTCTTTCTTTCTTGTAC
Found at i:2183292 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2183217--2183297 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 3.4 Consensus size: 24
2183207 TCTTGGCTGC
*
2183217 AATAAAGATAAGAAAGGAATATGATT
1 AATAAAGATAAGAAATGAAT-TGA-T
* * *
2183243 AATAAAG-GAAG-AATAAATGGAAT
1 AATAAAGATAAGAAATGAATTG-AT
2183266 AATAAAGATAAGAAATGAATTGA-
1 AATAAAGATAAGAAATGAATTGAT
2183289 AATAAAGAT
1 AATAAAGAT
2183298 GGAATAGAGA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 9
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 18 0.40
24 10 0.22
25 10 0.22
26 7 0.16
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.19, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AATAAAGATAAGAAATGAATTGAT
Found at i:2183345 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2183319--2183359 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
2183309 GGTTACAGAA
2183319 TTGATGGTCTTGATGGATGATG
1 TTGATGGTCTTGAT-GATGATG
*
2183341 TTGATGGTGTTGATGATGA
1 TTGATGGTCTTGATGATGA
2183360 AATGGAGATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.28
22 13 0.72
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.37, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TTGATGGTCTTGATGATGATG
Found at i:2184658 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2184615--2184686 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
2184605 TCATAATAGC
2184615 TATA-GAT-ATAATATATATATA
1 TATATGATAATAATATAT-TATA
2184636 TATATGATAATAATTATATTATAA
1 TATATGATAATAA-TATATTAT-A
* *
2184660 CATATGA-AATAAGCATATTTATA
1 TATATGATAATAA-TATA-TTATA
2184683 TATA
1 TATA
2184687 AAGTTAGAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 8
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.10
22 3 0.07
23 19 0.45
24 16 0.38
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
TATATGATAATAATATATTATA
Found at i:2197155 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2197090--2197194 Score: 147
Period size: 48 Copynumber: 2.2 Consensus size: 48
2197080 TTCGACGTAC
**
2197090 TTTTTGTATGATCGTTATCGATTGATTTTGTTTAATGCATAAGTTGCA
1 TTTTTGTATGATCGTTATCGACCGATTTTGTTTAATGCATAAGTTGCA
* * * * *
2197138 TTTTCGTATGATGGTTATCGACCGGTTTTGTTTAATGCCTATGTTGCA
1 TTTTTGTATGATCGTTATCGACCGATTTTGTTTAATGCATAAGTTGCA
2197186 TTTTTGTAT
1 TTTTTGTAT
2197195 CAGTACTATG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 49 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.10, G:0.20, T:0.50
Consensus pattern (48 bp):
TTTTTGTATGATCGTTATCGACCGATTTTGTTTAATGCATAAGTTGCA
Found at i:2197386 original size:53 final size:55
Alignment explanation
Indices: 2197269--2197386 Score: 147
Period size: 53 Copynumber: 2.2 Consensus size: 55
2197259 AGCATTATGT
* *
2197269 GTGCAACCCAT-GATATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTTGACACTATAT
1 GTGCAACTCATGGATATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTTGACACTATAG
* * *
2197323 GTGC-ATTCATGGA-ATTCGTAATGAGTTTATGAATTACCATTTCTG-CACT-TAG
1 GTGCAACTCATGGATATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTT-TGACACTATAG
2197375 GTGCAACTCATG
1 GTGCAACTCATG
2197387 TACCTTGTAT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 7
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
52 6 0.11
53 41 0.75
54 8 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (55 bp):
GTGCAACTCATGGATATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTTGACACTATAG
Found at i:2201710 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2201688--2201721 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2201678 CCAGAATGCA
*
2201688 AAAATG-GTATTGATACT
1 AAAATGAGTATCGATACT
2201705 AAAATGAGTATCGATAC
1 AAAATGAGTATCGATAC
2201722 CATAGTAGAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
AAAATGAGTATCGATACT
Found at i:2202441 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 2202383--2202493 Score: 143
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
2202373 ACTGTATCGA
*
2202383 CACTATGTGTGCAACCCAT-GATATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGG
1 CACTATATGTGC-ACCCATGGA-ATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGG
** ** *
2202437 CACTATATGTGCATTCATGGAATTCATAATGAGTTTATGGGTTACCATTTCGG
1 CACTATATGTGCACCCATGGAATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGG
2202490 CACT
1 CACT
2202494 TAGGTACAAC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 3
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 37 0.74
54 13 0.26
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (53 bp):
CACTATATGTGCACCCATGGAATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGG
Found at i:2202508 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 2202405--2202508 Score: 138
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
2202395 AACCCATGAT
* * *
2202405 ATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGGCACTATATGTGCATTCATGGA
1 ATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGGCACTATAGGTACACTCATGGA
** *
2202458 ATTCATAATGAGTTTATGGGTTACCATTTCGGCACT-TAGGTACAACTCATG
1 ATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGGCACTATAGGTAC-ACTCATG
2202509 TACCTTGTAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
52 5 0.11
53 39 0.89
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (53 bp):
ATTCATAATGAGTTTATGAATGACCATTTCGGCACTATAGGTACACTCATGGA
Found at i:2204472 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2204417--2204472 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
2204407 TATTGAAATG
2204417 CAATCTTGTCTCCCTTAAAACA
1 CAAT-TTGTCTCCCTTAAAACA
* *
2204439 CAATTTCATCTCCCTCT-GAACA
1 CAATTT-GTCTCCCT-TAAAACA
2204461 CAAATTTGTCTC
1 C-AATTTGTCTC
2204473 TCTTGATACT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 6
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.07
22 20 0.71
23 6 0.21
ACGTcount: A:0.29, C:0.32, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (21 bp):
CAATTTGTCTCCCTTAAAACA
Found at i:2221895 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 2221774--2221912 Score: 251
Period size: 71 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
2221764 AAAATTTTGC
2221774 ATAAAACATTTACTATATGAATCTAGTAAAATTTTGTTCCTTTTTAAAATTTCAAATTTAACATT
1 ATAAAACATTTACTATATGAATCTAGTAAAATTTTGTTCCTTTTTAAAATTTCAAATTTAACATT
2221839 TATAGT
66 TATAGT
* * *
2221845 ATAACACATTTACTATATGAATCTATTAAAATTTTGTTTCTTTTTAAAATTTCAAATTTAACATT
1 ATAAAACATTTACTATATGAATCTAGTAAAATTTTGTTCCTTTTTAAAATTTCAAATTTAACATT
2221910 TAT
66 TAT
2221913 CACAAAACTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
71 65 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (71 bp):
ATAAAACATTTACTATATGAATCTAGTAAAATTTTGTTCCTTTTTAAAATTTCAAATTTAACATT
TATAGT
Found at i:2222615 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2222591--2222631 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
2222581 CCCATATTGT
*
2222591 TTCC-TTTCCTGTACTA
1 TTCCTTTTCATGTACTA
2222607 TTCCTTTTCATGTACTA
1 TTCCTTTTCATGTACTA
*
2222624 TTTCTTTT
1 TTCCTTTT
2222632 TAATTCATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.18
17 18 0.82
ACGTcount: A:0.12, C:0.24, G:0.05, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
TTCCTTTTCATGTACTA
Found at i:2225541 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2225445--2225541 Score: 79
Period size: 24 Copynumber: 4.0 Consensus size: 24
2225435 GTAAACGGAG
* *
2225445 ATATCAGAAATCAAAACATAATTC
1 ATATCAGATATCAAAACAGAATTC
* * * *
2225469 AGATCAGATATCAGAACAAAATCC
1 ATATCAGATATCAAAACAGAATTC
* * * *
2225493 ATGTTAGGA-ATCATAACAGATTTC
1 ATATCA-GATATCAAAACAGAATTC
*
2225517 ATATCAGATGTCAAAACAGAATTC
1 ATATCAGATATCAAAACAGAATTC
2225541 A
1 A
2225542 AATAAAAAAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 17, Indels: 4
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.04
24 50 0.93
25 2 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.16, G:0.11, T:0.25
Consensus pattern (24 bp):
ATATCAGATATCAAAACAGAATTC
Found at i:2227576 original size:74 final size:73
Alignment explanation
Indices: 2227489--2227641 Score: 288
Period size: 74 Copynumber: 2.1 Consensus size: 73
2227479 TAACAATTCC
*
2227489 TTAATTCTTATAAAAGTCCTCTGAACCATAATCAGTTACCAAATTTCTACTGTATTCGGATCGAG
1 TTAATTCTTATAAAAGTCCTCTGAACCATAATCAGTTACCAAATTTCTACTGTATTCGGATCGAA
2227554 TGTAGAAA
66 TGTAGAAA
2227562 TTAATTCCTTATAAAAGTCCTCTGAACCATAATCAGTTACCAAATTTCTACTGTATTCGGATCGA
1 TTAATT-CTTATAAAAGTCCTCTGAACCATAATCAGTTACCAAATTTCTACTGTATTCGGATCGA
2227627 ATGTAGAAA
65 ATGTAGAAA
2227636 TTAATT
1 TTAATT
2227642 AACTACACAA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 1, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
73 6 0.08
74 72 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (73 bp):
TTAATTCTTATAAAAGTCCTCTGAACCATAATCAGTTACCAAATTTCTACTGTATTCGGATCGAA
TGTAGAAA
Found at i:2232499 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2232452--2232531 Score: 160
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
2232442 CTGATCGACC
2232452 ATTAAATTCCATTCGAACGTCCTCGATCTTGAAATCGTTCCA
1 ATTAAATTCCATTCGAACGTCCTCGATCTTGAAATCGTTCCA
2232494 ATTAAATTCCATTCGAACGTCCTCGATCTTGAAATCGT
1 ATTAAATTCCATTCGAACGTCCTCGATCTTGAAATCGT
2232532 CTTCCAATAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 38 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (42 bp):
ATTAAATTCCATTCGAACGTCCTCGATCTTGAAATCGTTCCA
Found at i:2232962 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2232938--2232981 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2232928 CAGGTCAATG
* *
2232938 GGTCGGGTCAACTGGTC-
1 GGTCGGGTAAACGGGTCA
2232955 GAGTCGGGTAAACGGGTCA
1 G-GTCGGGTAAACGGGTCA
2232974 GGTCGGGT
1 GGTCGGGT
2232982 TGGAACTGGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
18 21 0.91
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.18, G:0.45, T:0.20
Consensus pattern (18 bp):
GGTCGGGTAAACGGGTCA
Found at i:2233911 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2233887--2233936 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
2233877 TATAATACTT
*
2233887 AGTGCATCGGTATACTAGG
1 AGTGCATCGGTATACAAGG
*
2233906 AGTGCATCGATATACAAGG
1 AGTGCATCGGTATACAAGG
*
2233925 AGTGCATTGGTA
1 AGTGCATCGGTA
2233937 CGCTAATTAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 27 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
AGTGCATCGGTATACAAGG
Found at i:2242475 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2242446--2242496 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
2242436 GGGAGCGTAT
2242446 GGTGCATCGATGCATAACCTG
1 GGTGCATCGATGCATAACCTG
*
2242467 GGTGTATCGATGCATAACCTG
1 GGTGCATCGATGCATAACCTG
2242488 GGTGCATCG
1 GGTGCATCG
2242497 GTACACTATG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 28 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
GGTGCATCGATGCATAACCTG
Found at i:2255209 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2255179--2255211 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
2255169 AACTGATACT
2255179 TGATATAAATCTGAACA
1 TGATATAAATCTGAACA
*
2255196 TGAT-TAAATTTGAACA
1 TGATATAAATCTGAACA
2255212 CCTGAATCAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.73
17 4 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
TGATATAAATCTGAACA
Found at i:2256913 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2256684--2256927 Score: 240
Period size: 42 Copynumber: 5.8 Consensus size: 42
2256674 AACAAATGTC
*
2256684 GATCTATAGCGGCGTTTTTGG-ACAAACGCCGCAAAAGGTCA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCA
* * * * * * *
2256725 GACCTATAACGGCGTTTTTGTAACAAACGTCACAAAAGGTTA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCA
* * * * * *
2256767 GATCTATAGAGGCGTTTTTGTAACAAATGCCACAAAAAATTTGA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGA--TCA
* * *
2256811 GAGCTATAGTGGC-ATTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCGA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATC-A
*
2256853 GATCTATCGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCA
** * *
2256895 GATCTATAGCATCATTTTTGGATACAAATGCCG
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGA-ACAAACGCCG
2256928 TTAATTACAT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 31, Indels: 10
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 19 0.11
42 79 0.48
43 55 0.33
44 13 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (42 bp):
GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCA
Found at i:2256922 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 2256684--2256927 Score: 249
Period size: 86 Copynumber: 2.9 Consensus size: 84
2256674 AACAAATGTC
* * * *
2256684 GATCTATAGCGGCGTTTTTGG-ACAAACGCCGCAAAAGGTCAGACCTATAACGGCGTTTTTGTAA
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCAGACCTATAGCGGCATTTTTGGAA
* * * *
2256748 CAAACGTCACAAAAGGTTA
66 CAAACGCCGCAAAAGATGA
* * * * * * * *
2256767 GATCTATAGAGGCGTTTTTGTAACAAATGCCACAAAAAATTTGAGAGCTATAGTGGCA-TTTTGG
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGA--TCAGACCTATAGCGGCATTTTTGG
2256831 AACAAACGCCGCAAAAGATCGA
64 AACAAACGCCGCAAAAGAT-GA
* * **
2256853 GATCTATCGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCAGATCTATAGCATCATTTTTGGAT
1 GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCAGACCTATAGCGGCATTTTTGGA-
*
2256918 ACAAATGCCG
65 ACAAACGCCG
2256928 TTAATTACAT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 28, Indels: 9
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 19 0.15
84 25 0.20
85 28 0.22
86 55 0.43
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (84 bp):
GATCTATAGCGGCGTTTTTGGAACAAACGCCGCAAAAGATCAGACCTATAGCGGCATTTTTGGAA
CAAACGCCGCAAAAGATGA
Found at i:2257901 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 2257812--2257906 Score: 147
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
2257802 AAATATTAAC
*
2257812 CCATGAATTATTGTAATTCAGAATTCCTTCCCTGCAGGAACCATAAT
1 CCATGAATTATTGTAATTCAAAATTCCTTCCCTGCAGGAACCA-AAT
*
2257859 CCATGCAATTATTGTAATTCAAAATTCCTT-CCTGTAGGAACCAAAT
1 CCATG-AATTATTGTAATTCAAAATTCCTTCCCTGCAGGAACCAAAT
2257905 CC
1 CC
2257907 TCATCGAAGA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 3
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 5 0.11
47 17 0.38
48 23 0.51
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
CCATGAATTATTGTAATTCAAAATTCCTTCCCTGCAGGAACCAAAT
Found at i:2260460 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 2260411--2260534 Score: 117
Period size: 42 Copynumber: 3.0 Consensus size: 41
2260401 TTAAAATGCT
*
2260411 ACTAAAGTACTACGTTTTAGCGGCACTTTTTGCTT-AAAACGCC
1 ACTAAAGTACTACGTTTTAGCGG--CGTTTTG-TTAAAAACGCC
* * * * *
2260454 ATTAAAGTATTATGTCTTAGTGGCGTTTTGTTGAAAAACGCC
1 ACTAAAGTACTACGTTTTAGCGGCGTTTTGTT-AAAAACGCC
* *
2260496 ACTAAAGTACTAGGTTTTAGTGGCG-TTTGTCTAAAAACG
1 ACTAAAGTACTACGTTTTAGCGGCGTTTTGT-TAAAAACG
2260535 TCACGATATA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 10, Indels: 8
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.03
41 18 0.26
42 30 0.44
43 18 0.26
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (41 bp):
ACTAAAGTACTACGTTTTAGCGGCGTTTTGTTAAAAACGCC
Found at i:2261202 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2261143--2261203 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
2261133 AACACAAATC
* *
2261143 TTAAATAATAATTCATATGAAAGTTATT
1 TTAAAT-ATAATTCAGATGAAACTTATT
2261171 TTAAATATAATTCAGATG-AACTTATT
1 TTAAATATAATTCAGATGAAACTTATT
2261197 TTAAATA
1 TTAAATA
2261204 ATAAATTAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 14 0.45
27 11 0.35
28 6 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
TTAAATATAATTCAGATGAAACTTATT
Found at i:2261207 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2261143--2261207 Score: 98
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
2261133 AACACAAATC
* *
2261143 TTAAATAATAATTCATATGAAAGTTATT
1 TTAAATAATAATTCAGATGAAACTTATT
2261171 TTAAAT-ATAATTCAGATG-AACTTATT
1 TTAAATAATAATTCAGATGAAACTTATT
2261197 TTAAATAATAA
1 TTAAATAATAA
2261208 ATTAATTTAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.38
27 15 0.44
28 6 0.18
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (28 bp):
TTAAATAATAATTCAGATGAAACTTATT
Found at i:2266669 original size:42 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2266564--2266669 Score: 99
Period size: 40 Copynumber: 2.6 Consensus size: 40
2266554 AGGTCTTATG
** *
2266564 GATGGCTTAAAGGACTTA-TCATCTTGCTCGAAAGACTTA
1 GATGGCTCGAAGGACTTACTCATCATGCTCGAAAGACTTA
* * * *
2266603 GATGACCCGAAGGA-TTTCAGCATCATGCTCGAAAGACTTA
1 GATGGCTCGAAGGACTTAC-TCATCATGCTCGAAAGACTTA
*
2266643 CTGATGGCTCGAAGGACTGACTCATCA
1 --GATGGCTCGAAGGACTTACTCATCA
2266670 AGAAACCCTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 12, Indels: 7
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.04
39 10 0.20
40 19 0.38
42 17 0.34
43 2 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
GATGGCTCGAAGGACTTACTCATCATGCTCGAAAGACTTA
Found at i:2266962 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 2266833--2266962 Score: 109
Period size: 42 Copynumber: 3.1 Consensus size: 41
2266823 CACTTGAAAA
* ** * * *
2266833 CATCATGCTCGAAGGTTTTATGGATGGCCCAAAGTACTTAT
1 CATCATGCTCGAAAGACTTATAGATGGCCCGAAGGACTTAT
* * * * * *
2266874 CATCTTGCTTGAAATACTTATAGATGACCCGAAGGATTTAAG
1 CATCATGCTCGAAAGACTTATAGATGGCCCGAAGGACTT-AT
*
2266916 CATCATGCTCGAAAGACTTACT-GATGGCCTGAAGGACTTACT
1 CATCATGCTCGAAAGACTTA-TAGATGGCCCGAAGGACTTA-T
2266958 CATCA
1 CATCA
2266963 AGAAACCCTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 19, Indels: 5
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 29 0.43
42 37 0.55
43 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
CATCATGCTCGAAAGACTTATAGATGGCCCGAAGGACTTAT
Found at i:2267211 original size:277 final size:278
Alignment explanation
Indices: 2266717--2267406 Score: 954
Period size: 277 Copynumber: 2.4 Consensus size: 278
2266707 TTTCGTTTTC
** * *
2266717 AGTTGTCATCAAGGAACATCTAAAAATTAGGCTTAGCTTTCTTTAAAAATTATTTGGAGATCATC
1 AGTTGTCATCAAGGAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTAAAAATTATTTGGAGATAATC
* * *
2266782 ATCAAGAAACCCCCAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCACTTGAAAACATCATGCTCGAAG
66 ATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCATTTGAAAACATCATGCCCGAAG
* * * * *
2266847 GTTTTATGGATGGCCCAAAGTACTTATCATCTTGCTTGAAATACTTATAGATGACCCGAAGGATT
131 GTCTTATAGATGGCCCAAAGGACTTATCATCTTGCTCGAAAGACTTATAGATGACCCGAAGGATT
* *
2266912 TAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGAT-GGCCTGAAGGACTTACTCATCAAGAAACCCTTGAA
196 TAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATAGGCC-GAAGAACTTACTCAACAAGAAACCCTTGAA
2266976 AATCAAGCTTAGTTTCTT-
260 AATCAAGCTTAGTTTCTTA
*
2266994 AGTTGTCATCAAGGAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTAAAAATTCTTTGGAGATAATC
1 AGTTGTCATCAAGGAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTAAAAATTATTTGGAGATAATC
* * *
2267059 ATCAAGAAACCCCTAAATATTAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCATTTGAAAACATCCTGCCCGAAG
66 ATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCATTTGAAAACATCATGCCCGAAG
* * *
2267124 GTCTTATAGATGGCCCAAAGGACTTATCATCTTGCTCGAAAGGCTTATAGATGATCTGAAGGATT
131 GTCTTATAGATGGCCCAAAGGACTTATCATCTTGCTCGAAAGACTTATAGATGACCCGAAGGATT
* *
2267189 TAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATAGTCCGAATAACTTACTCAACAAGAAACCCTTGAAA
196 TAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATAGGCCGAAGAACTTACTCAACAAGAAACCCTTGAAA
*
2267254 ATCAAGTTTAGTTTCTTAAA
261 ATCAAGCTTAGTTTCTT--A
* * *
2267274 ATCTTTCGGTTTTGGCTATCATCAAGGAACCCCTAACAATTAGGCTTAGTTTCATTT-AAAATTA
1 A-------G--TT-G---TCATCAAGGAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTAAAAATTA
* *
2267338 TTTGGAGATAATCATCACGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTTTAAAAACTCATTTGAAAAC
53 TTTGGAGATAATCATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCATTTGAAAAC
2267403 ATCA
118 ATCA
2267407 AGAAACCCCT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 33, Indels: 19
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
277 249 0.69
278 3 0.01
280 1 0.00
287 1 0.00
289 2 0.01
290 1 0.00
292 70 0.19
293 36 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (278 bp):
AGTTGTCATCAAGGAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTAAAAATTATTTGGAGATAATC
ATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAACTCATTTGAAAACATCATGCCCGAAG
GTCTTATAGATGGCCCAAAGGACTTATCATCTTGCTCGAAAGACTTATAGATGACCCGAAGGATT
TAAGCATCATGCTCGAAAGACTTACTGATAGGCCGAAGAACTTACTCAACAAGAAACCCTTGAAA
ATCAAGCTTAGTTTCTTA
Found at i:2267482 original size:112 final size:109
Alignment explanation
Indices: 2267293--2267607 Score: 402
Period size: 112 Copynumber: 2.8 Consensus size: 109
2267283 TTTTGGCTAT
* * * * * * *
2267293 CATCAAGGAACCCCTAACAATTAGGCTTAGTTTCATTT--AAAATTATTTGGAGATAATCATCAC
1 CATCAAGAAACCCCTAA-AATTAGGCTTAG-TTCTTTTAAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCAA
* *
2267356 GAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTTTAAAAACTCATTTGAAAA
64 GAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAA
*
2267402 CATCAAGAAACCCCTAAAATTAGGCTTAGCTTCCTTTTAAAAAAATTCTTTGAAAATCGTCATCA
1 CATCAAGAAACCCCTAAAATTAGGCTTAG-TT-CTTTT-AAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCA
*
2267467 AGAAACCCCTGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAA
63 AGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAA
*
2267514 TATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCTTAGATT-TTTTGAAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCA
1 CATCAAGAAACCCCT-AAAATTAGGCTTAG-TTCTTTT-AAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCA
* * *
2267578 AGAAACCCCTAAAAATTAGGCGTAGCTTCT
63 AGAAACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCT
2267608 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 20, Indels: 8
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
108 14 0.08
109 20 0.11
111 55 0.30
112 76 0.42
113 16 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (109 bp):
CATCAAGAAACCCCTAAAATTAGGCTTAGTTCTTTTAAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCAAGA
AACCCCTAAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAA
Found at i:2267649 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 2267476--2267755 Score: 506
Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
2267466 AAGAAACCCC
2267476 TGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAATATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCT
1 TGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAATATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCT
* *
2267541 TAGATTTTTTGAAAAAATTCTTTGAAAATCATCATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCGTAGCTT
66 TAGATTTTTTGAAAAAATTCTTTAAAAATCATCATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCGTAGCTT
2267606 CTTTTTAAAAAAATTCTT
131 CTTTTTAAAAAAATTCTT
2267624 TGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAATATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCT
1 TGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAATATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCT
* * * *
2267689 TAGATTTTTTTAAAAAATTCTTTAAAAATCATCATCAAGAAACCCCTGAAAATCAGGCTTAGTTT
66 TAGATTTTTTGAAAAAATTCTTTAAAAATCATCATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCGTAGCTT
2267754 CT
131 CT
2267756 AAAAACTCTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 6, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
148 126 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (148 bp):
TGAAAATCAGGCTTAGTTTCTAAAAAATCATTTGAAAATATCAAGAAACCCCTAAAAATTAGGCT
TAGATTTTTTGAAAAAATTCTTTAAAAATCATCATCAAGAAACCCCTAAAAATCAGGCGTAGCTT
CTTTTTAAAAAAATTCTT
Found at i:2269747 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 2269734--2269822 Score: 64
Period size: 8 Copynumber: 11.5 Consensus size: 8
2269724 TCTTTCCTTT
2269734 TTTTTTCC
1 TTTTTTCC
*
2269742 TTTTTTTC
1 TTTTTTCC
*
2269750 TATTTTCTC
1 TTTTTTC-C
*
2269759 TTTCTT--
1 TTTTTTCC
2269765 TTTTTT-C
1 TTTTTTCC
2269772 TTTTTT--
1 TTTTTTCC
2269778 TTTTTTCC
1 TTTTTTCC
2269786 TTTTTT-C
1 TTTTTTCC
*
2269793 TTTTTCTCTT
1 TTTTT-TC-C
2269803 TTTTTTCC
1 TTTTTTCC
*
2269811 TTTTTCCC
1 TTTTTTCC
2269819 TTTT
1 TTTT
2269823 ATATTATTAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 9, Indels: 14
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
6 11 0.17
7 12 0.18
8 30 0.46
9 7 0.11
10 5 0.08
ACGTcount: A:0.01, C:0.19, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTCC
Found at i:2269747 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 2269733--2269815 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 9.6 Consensus size: 9
2269723 TTCTTTCCTT
2269733 TTTTTTTCC
1 TTTTTTTCC
2269742 TTTTTTT-C
1 TTTTTTTCC
*
2269750 -TATTTTCTC
1 TTTTTTTC-C
2269759 TTTCTTTT--
1 TTT-TTTTCC
**
2269767 TTTTCTTTTT
1 TTTT-TTTCC
2269777 TTTTTTTCC
1 TTTTTTTCC
2269786 -TTTTTT-C
1 TTTTTTTCC
* *
2269793 TTTTTCTCT
1 TTTTTTTCC
2269802 TTTTTTTCC
1 TTTTTTTCC
2269811 TTTTT
1 TTTTT
2269816 CCCTTTTATA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 18
0.69 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.12
8 18 0.32
9 23 0.40
10 5 0.09
11 4 0.07
ACGTcount: A:0.01, C:0.17, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTTCC
Found at i:2269747 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2269731--2269808 Score: 84
Period size: 13 Copynumber: 5.5 Consensus size: 13
2269721 TTTTCTTTCC
2269731 TTTTTTTTTCCTTT
1 TTTTTTTTTCC-TT
2269745 TTTTCTATTTTCTCTT
1 TTTT-T-TTTTC-CTT
*
2269761 TCTTTTTTTTCTTT
1 T-TTTTTTTTCCTT
2269775 TTTTTTTTTCCTT
1 TTTTTTTTTCCTT
2269788 TTTTCTTTTTCTCTT
1 TTTT-TTTTTC-CTT
2269803 TTTTTT
1 TTTTTT
2269809 CCTTTTTCCC
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 2, Indels: 12
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 15 0.27
14 15 0.27
15 13 0.23
16 9 0.16
17 4 0.07
ACGTcount: A:0.01, C:0.15, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (13 bp):
TTTTTTTTTCCTT
Found at i:2269769 original size:30 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2269721--2269808 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 3.1 Consensus size: 27
2269711 ATTTTATCGG
*
2269721 TTTTCTTTCC-TT-TTTTTTTCCTTTT
1 TTTTTTTTCCTTTCTTTTTTTCCTTTT
*
2269746 TTTCTATTTTCTCTTTCTTTTTTTTCTTTT
1 TTT-T-TTTTC-CTTTCTTTTTTTCCTTTT
*
2269776 TTTTTTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCTTTT
1 TTTTTTTTCCTTTCTT-TTTTTC-CTTTT
2269805 TTTT
1 TTTT
2269809 CCTTTTTCCC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 10
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.06
26 1 0.02
27 10 0.19
28 11 0.21
29 12 0.23
30 15 0.29
ACGTcount: A:0.01, C:0.17, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTTTTCCTTTCTTTTTTTCCTTTT
Found at i:2269790 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2269721--2269808 Score: 133
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
2269711 ATTTTATCGG
2269721 TTTTCTTTCCTTTTTTTTTCCTTTTTTTCTATTTTCTCTTTCTTTT
1 TTTTCTTT-CTTTTTTTTTCC-TTTTTTCT-TTTTCTCTTT-TTTT
2269767 TTTTCTTT-TTTTTTTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCTTTTTTT
1 TTTTCTTTCTTTTTTTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCTTTTTTT
2269808 T
1 T
2269809 CCTTTTTCCC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 5
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
41 5 0.12
42 10 0.24
43 8 0.19
44 11 0.26
46 8 0.19
ACGTcount: A:0.01, C:0.17, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (42 bp):
TTTTCTTTCTTTTTTTTTCCTTTTTTCTTTTTCTCTTTTTTT
Found at i:2271447 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 2271438--2272105 Score: 1272
Period size: 4 Copynumber: 167.8 Consensus size: 4
2271428 TCAAAATATT
*
2271438 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271486 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271534 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271582 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271630 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271677 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271724 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271772 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271818 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271866 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2271914 TGTAG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2271963 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2272011 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2272059 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTTG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
2272106 AATGAATGTT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 6, Indels: 10
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.00
3 6 0.01
4 642 0.98
5 3 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:2272263 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2272256--2272308 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 27.0 Consensus size: 2
2272246 ACTAAAACTT
* * *
2272256 TA TA TA TA T- TA TG TA CTT TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA AA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
2272297 TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA
2272309 AAGTTTTAGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 6
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.05
2 39 0.93
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2272370 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2272274--2272383 Score: 118
Period size: 50 Copynumber: 2.2 Consensus size: 48
2272264 TTATGTACTT
* *
2272274 TATATTATATATATATATAAATATATATATATATAAAGTTTTAGTATAAG
1 TATATTATATATATATATAAATATATATAAAGATAAAG--TTAGTATAAG
*
2272324 TATATTATATATATATA-AAATATAATTATAAAGACTAAAG-TA-TATAAT
1 TATATTATATATATATATAAATAT-A-TATAAAGA-TAAAGTTAGTATAAG
*
2272372 TATATAATATAT
1 TATATTATATAT
2272384 GTAACACCCA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 8
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
48 16 0.30
49 8 0.15
50 18 0.34
51 6 0.11
52 5 0.09
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (48 bp):
TATATTATATATATATATAAATATATATAAAGATAAAGTTAGTATAAG
Found at i:2273124 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2273081--2273178 Score: 142
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 39
2273071 GGGCTTACTT
* *
2273081 TGTGCACAAAGAAGAGGAGCCTGCGGTAAGGTCTTATCC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
* * *
2273120 TGTGCATAAAGTAGAGAATCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
*
2273159 TATGCACAAAGTAGAGGAGC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGC
2273179 AAGGGAAAAC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 50 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (39 bp):
TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
Found at i:2273210 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2273161--2273265 Score: 156
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
2273151 TCTTATCCTA
*
2273161 TGCACAAAGTAGAGGAGCAAGGGAAAACGGTAAGGACTGACCCT
1 TGCACATAGTAGAGGAGCAAGGGAAAA-GGTAAGGACTGACCCT
* ** *
2273205 TGCACATAGCAGAGGAGCCTGGGAAAAGGTAAGGACTTACCCT
1 TGCACATAGTAGAGGAGCAAGGGAAAAGGTAAGGACTGACCCT
2273248 TGCACATAGTAGAGGAGC
1 TGCACATAGTAGAGGAGC
2273266 CTGCTGTAAC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 1
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 32 0.58
44 23 0.42
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.31, T:0.14
Consensus pattern (43 bp):
TGCACATAGTAGAGGAGCAAGGGAAAAGGTAAGGACTGACCCT
Found at i:2273250 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2273145--2273290 Score: 175
Period size: 44 Copynumber: 3.3 Consensus size: 43
2273135 GAATCCTGCA
* * * **
2273145 GTAAGGTCTTATCCTATGCACAAAGTAGAGGAGCAAGGGAAAACG
1 GTAAGGACTTACCCT-TGCACATAGTAGAGGAGCCTGGGAAAA-G
* *
2273190 GTAAGGACTGACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGGGAAAAG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTGGGAAAAG
* * *
2273233 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTGCTGTAACG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTG-GGAAAAG
2273277 GTAAGGACTTACCC
1 GTAAGGACTTACCC
2273291 ACTTGACATA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 12, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 35 0.40
44 41 0.47
45 12 0.14
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTGGGAAAAG
Found at i:2273326 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 2273317--2282626 Score: 9724
Period size: 4 Copynumber: 2359.8 Consensus size: 4
2273307 TCAAAATATT
2273317 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2273365 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2273413 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2273460 TCTG TATG TCTT TATG --TG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2273504 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2273550 TATG TTTG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G ATATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG
* * *
2273598 TATG TTTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2273644 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2273690 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2273735 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2273781 TATG TATG TATG TA-- TATA TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2273827 --TG TGTG TATT TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2273873 TATA TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2273921 TATG TATG TTTG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G ATATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG
* * *
2273969 TATG TATG TATG TTTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2274017 TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2274065 TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2274113 TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2274160 TATG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2274208 TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2274256 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2274304 TATA TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2274352 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2274398 TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2274446 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
2274494 TATG TATG TGTG TGTG TATT TATG TATG TCTT TATG TATG TGTG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2274542 TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
2274590 TATA TATG TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATA TCTT TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2274638 TTTG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2274686 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2274734 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2274782 TATG TATG TATG TATG TTTG TAAG TATG TATG TATA TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2274830 TATG TATG TTTG TATG TATG TATG TATG TATC TATG TATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
2274878 TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TGTG TATG TATG TATA TATG TCTT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2274926 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2274972 TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2275019 ATATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG
1 -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2275068 TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
2275116 TGTG TATG TATG TATC TCTT TATG TATG TTTG TGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275164 TATG --TG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2275208 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275256 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275304 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275352 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275400 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275446 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275490 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275536 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275582 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275630 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275676 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2275719 TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2275765 --TG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2275808 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTTG TAAG -ATG TATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2275855 TATG TATA TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2275900 TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2275948 TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2275996 TATG --TG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2276040 TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG --TG TGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2276086 TATG TCT- TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276131 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276179 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2276225 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276273 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276321 TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276368 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276416 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276460 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276506 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2276552 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG GATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2276598 TATG TATG TATG TGTG TATG TATGG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276646 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2276693 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG --TG TGTG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2276737 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-GG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276783 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276827 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276874 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2276919 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2276965 TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2277013 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2277061 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2277109 TATG TATG TAT- AATG AATG TTATG -ATAA TATG -ATG -ATG TA-- TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
** * * * * * * *
2277153 TATG TACA T-TA TACT- TATA CATAG -AT- TAATA CAT- TAATA CAT-
1 TATG TATG TATG TA-TG TATG TAT-G TATG T-ATG TATG T-ATG TATG
* * * * ** * * * *
2277195 TATA TATAAG TATAAG TATA T-TA TAAG TACA TATA TAAAG TAT- AAAG
1 TATG TAT--G TAT--G TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG
* * * * * * * * * *
2277242 TATA TATT TATAC TA-A AACT- TATAT TATA TACTT TAT- TATA TATA
1 TATG TATG TAT-G TATG TA-TG TAT-G TATG TA-TG TATG TATG TATG
* ** * * * * * * * *
2277287 TATA TAAA TATA TATA TATA TAT- AAAG TTTAG TATAAG TATAT TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TAT--G TAT-G TATG
* ** * * * * * * *
2277334 TATA TAAAA TAT- AAT- TAT- AAAG ACTAAAG TATAT TATA TAATA TATG
1 TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG --T-ATG TAT-G TATG T-ATG TATG
** * * *** * * ** *
2277381 TAACAC CACG -ATCG -ATG CGGG TGACCCG -ATTC TATCCG GGTG TA-A
1 T-A-TG TATG TAT-G TATG TATG T-A--TG TA-TG TAT--G TATG TATG
* * * * * * * * ** * * ** * * *
2277426 CAT- TAGGG CCACCAG -A-G CGATC CACCG TAAA AATC TCGAAA AATT TA-A
1 TATG TA-TG -TA--TG TATG -TATG TA-TG TATG TATG T--ATG TATG TATG
* * ** * ** * * * * * * *
2277474 AACTTT TAT- TAAA CATG TAAAC TCATAA AATG -ATT TATG AATA CA-A
1 TA--TG TATG TATG TATG T-ATG T-AT-G TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * * * *
2277520 AATAA AATT TATCAG TAT- TCA-G AAATAA AACAG -ATT TTTAG -ACTCG
1 TAT-G TATG TAT--G TATG T-ATG -TAT-G TA-TG TATG TAT-G TA-T-G
* ** * ** * * * ** * * ** * * **
2277566 TATA TAAAAC AAAA TAT- AACCTA CATG CCCCCTA AACA CATA TACCA TAT-
1 TATG T--ATG TATG TATG TA--TG TATG ---TATG TATG TATG TA-TG TATG
* * * * * * * * ** *** * *
2277616 TCTG CAAG CA-A CATCG GA-G AAAC TCCCA TACTG -ATG TCGACAG -CTG
1 TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG T-ATG TA-TG TATG T--A-TG TATG
* * * * ** *
2277662 CACTAG TACG -AT- TCTTT TAACC TAT- AATGG TGA-G TAATAG -A-G TGA-G
1 TA-T-G TATG TATG T-ATG T-ATG TATG TAT-G T-ATG T-AT-G TATG T-ATG
* * * * ** * * * * * *
2277708 CTTTGG AAAG CT-TAG TA-A TACAA AACTA CAAG -ATG -ATGG TGAAG AACGTG
1 -TAT-G TATG -TAT-G TATG TA-TG TA-TG TATG TATG TAT-G T-ATG TA--TG
* * * * * * * * * * * *
2277758 CATA TA-A CATA TAAG TATA TATT TCTT TATTGG T-TCAG ACATC TATAG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-T-G TAT--G -TATG TAT-G
* * * * * * * * *
2277806 ATTTT TAGG CTGA-G CTGAGG TCCCACAG ATATT TCAGG TA-G TAACAG ACAAT-
1 -TATG TATG -T-ATG -T-ATG T---A-TG -TATG T-ATG TATG T-A-TG --TATG
* ** * * * * ** * ** *
2277858 AACC T-TT TA-G T-TC TAAAG GAAA TATT TCA-G -ATG -ACTG GGT- TCAGG
1 TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG T-ATG TATG TA-TG TATG T-ATG
* * * * ** * *
2277903 AGATCAG AATAGG TTATC TA-G TGTG T-TCCCG TAAAAC TAGTG AAAATA
1 -TAT--G --TATG -TATG TATG TATG TAT---G T--ATG TA-TG --TATG
** * * * * * * ** * * * * * * ** * *
2277951 TACA AATC TTTT TA-A AACA TATT TTTT TCT- TCA-A AAAC CATAG TAATC
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TAT-G T-ATG
** * * * * * * * * * ** ** *
2277999 CCTCC AACTG AACAG AATG --TG TAGG T-TCC CAT- AACCA TACAC CACCTG
1 TAT-G TA-TG TA-TG TATG TATG TATG TAT-G TATG TA-TG TA-TG TA--TG
** *** * ** * * * * * * * * * **
2278047 TACAC CCGG TAAGG GCT- TACTT TGTG CA-C AAAG AAGAG GA-G CCTG
1 TA-TG TATG T-ATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
** * * * * * * * * * ** * *
2278092 -CGG TAAGG TCT- TATCC TGTG CAT- AAAG TAGAG AAT- CCTG CA-G TAAGG
1 TATG T-ATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG T-ATG
* * * * * * * * * * * * * * *
2278139 TCT- TATCC TATG CA-C AAAG TAGAG GA-G CAAGG GA-A AACGG TAAG
1 TATG TAT-G TATG TATG TATG TA-TG TATG -TATG TATG TA-TG TATG
* ** * ** * * * ** * * * * *
2278183 GACTG -ACCC T-TG CACA TA-G CAGAG GA-G CCTGG GA-A AAGG TAAG
1 TA-TG TA-TG TATG TATG TATG TA-TG TATG TAT-G TATG TATG TATG
* ** * ** * * ** * * *
2278226 GACT- TACCC T-TG CACA TA-G TAGAG GA-G CCTG -CTG TAACGG TAAG
1 TA-TG TA-TG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG T-A-TG TATG
* ** * * * * * * * ** *
2278270 GACT- TACC CACTTG ACATAA AATC T-TC AAAA TATT TATG TATG TATG
1 TA-TG TATG TA--TG -TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2278317 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2278365 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2278413 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
2278461 TCTG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2278509 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2278557 TTTG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G ATATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2278605 TTTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2278653 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2278698 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2278746 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2278794 TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
2278842 TGTG TGTG TATT TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2278890 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TA-G TCTG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2278931 TATG TATG TATG TATG TATG T-TG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2278977 TATG TATG TATG TATG TATG TTTG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279023 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2279069 TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279117 TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279165 TATG TATG TATG TATG --TG TGTG TATG TATG TATG TCT- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279210 TATG TGTG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2279257 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279304 -ATG TATA TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279349 TATG -ATG TATG TAGG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279394 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279440 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
2279488 TATG TATG TATG TGTG TGTG TATT TATG TATG TCTT TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2279536 TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279584 TATG TATA TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2279630 TA-G ATATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279678 TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279726 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2279774 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TAAG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2279821 TATA TATG TATG TATA TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2279868 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2279916 TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2279964 TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2280012 TATG TATG TATG TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG T-T- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2280058 TATG TGTG TATG TATG TATG --TG TATA TATG TATG TATG TATG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2280104 TGTG TATG TATG TATA TCT- TATG TATG T-TG TGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280150 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280196 TA-G TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280241 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2280289 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280337 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280385 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280432 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280480 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280526 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2280574 T-TA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280621 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280667 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2280713 TATG TATG TATG TATG TTTG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2280760 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2280808 TATG TATG TA-- TATG TGTG TGTG TATG TA-G TATG TCT- T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2280851 TATG TGTG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280899 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280947 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2280995 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281041 GATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281089 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281137 TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2281183 TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2281230 TA-G TATG TGTG TGTG TATG TATG CTTTAG TATG TATG -GTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2281278 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281324 TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281372 T-TG TAAG TATG TATG TA-- TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
2281415 TATG TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2281463 TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2281511 TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281559 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
2281607 TATG TGTG TGTG TATG TATG TATG TCTT TATG TATG TATG TGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281655 TATG TATG TATG TATG -ATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281702 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281750 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281794 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281842 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2281890 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281938 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2281984 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TAAG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2282030 TATG TA-- TATG TATG TATG TATA T-TA TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
2282073 TATG TATG TATA TGTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
2282119 TGTG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG ATATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
*
2282166 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282214 TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282261 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282307 TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282354 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282401 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282448 TATG TA-G TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282494 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
2282542 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
2282588 -ATG TATG AATG -ATG T-TG -ATG TGTA TATG TATG CATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
2282627 ATTATATGTA
Statistics
Matches: 8001, Mismatches: 857, Indels: 896
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 149 0.02
3 271 0.03
4 7359 0.92
5 150 0.02
6 53 0.01
7 15 0.00
8 3 0.00
9 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.23, T:0.48
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:2277284 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2277262--2277310 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 25.0 Consensus size: 2
2277252 TACTAAAACT
* *
2277262 TA TA T- TA TA TA CTT TA T- TA TA TA TA TA TA TA AA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
2277303 TA TA TA TA
1 TA TA TA TA
2277311 AAGTTTAGTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 6
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.05
2 37 0.93
3 1 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2282669 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2282652--2282706 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 4.1 Consensus size: 14
2282642 TAATACATTA
*
2282652 ATATGATATATAAG
1 ATATAATATATAAG
* *
2282666 ATATAATACATAAT
1 ATATAATATATAAG
*
2282680 ATATTATATATAAG
1 ATATAATATATAAG
*
2282694 -TA-CATATATAAG
1 ATATAATATATAAG
2282706 A
1 A
2282707 CATATAAAGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 3
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 9 0.27
13 2 0.06
14 22 0.67
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (14 bp):
ATATAATATATAAG
Found at i:2282681 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2282657--2282703 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
2282647 CATTAATATG
2282657 ATATATAAGATATAA-TACAT
1 ATATATAAGATATAAGTACAT
* *
2282677 AATATATTATATATAAGTACAT
1 -ATATATAAGATATAAGTACAT
2282699 ATATA
1 ATATA
2282704 AGACATATAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.78
22 5 0.22
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.04, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATATATAAGATATAAGTACAT
Found at i:2282711 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2282685--2282717 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
2282675 ATAATATATT
2282685 ATATATAAGTAC
1 ATATATAAGTAC
2282697 ATATATAAG-AC
1 ATATATAAGTAC
2282708 ATATA-AAGTA
1 ATATATAAGTA
2282718 TAAAGTATAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
10 3 0.15
11 8 0.40
12 9 0.45
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (12 bp):
ATATATAAGTAC
Found at i:2282711 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2282657--2282713 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
2282647 CATTAATATG
2282657 ATATATAAG-ATATAATAC
1 ATATATAAGAATATAATAC
**
2282675 ATAATATATTATATATAAGTAC
1 AT-ATATAAGA-ATATAA-TAC
2282697 ATATATAAGACATATAA
1 ATATATAAGA-ATATAA
2282714 AGTATAAAGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 5
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.07
19 5 0.17
21 18 0.60
22 5 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.05, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
ATATATAAGAATATAATAC
Found at i:2282754 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2282747--2282808 Score: 67
Period size: 2 Copynumber: 32.0 Consensus size: 2
2282737 ACTAAAACTT
* *
2282747 TA TA TA TA T- TA TG TA CTT TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA -A
1 TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
*
2282787 AA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
2282809 AAGTTTTAGT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 8
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.06
2 47 0.92
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2282821 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2282765--2282810 Score: 83
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
2282755 TTATGTACTT
2282765 TATATTATATATATATATATAAAA
1 TATA-TATATATATATATATAAAA
2282789 TATATATATATATATATATAAA
1 TATATATATATATATATATAAA
2282811 GTTTTAGTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 18 0.82
24 4 0.18
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
TATATATATATATATATATAAAA
Found at i:2283617 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2283557--2283669 Score: 165
Period size: 39 Copynumber: 2.9 Consensus size: 39
2283547 CTGTACACTT
* * *
2283557 GGTAAGGGCTTA-CCTTGTGCACAAAGCAGAGGGGCTTGC
1 GGTAAGGTCTTATCC-TGTGCACAAAGCAGAGGAGCCTGC
* *
2283596 GGTAAGGTCTTATCCTATGCACAAAGCAAAGGAGCCTGC
1 GGTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGCCTGC
2283635 GGTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGC
1 GGTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGC
2283670 ATGGGAAAAC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 64 0.97
40 2 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (39 bp):
GGTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGCCTGC
Found at i:2283707 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2283634--2283880 Score: 298
Period size: 44 Copynumber: 5.7 Consensus size: 43
2283624 AAGGAGCCTG
* * *
2283634 CGGTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGCATGGGAAAA
1 CGGTAAGGACTTACCCT-TGCACATAGCAGAGGAGCATGGG-AAA
*
2283679 CGGTAAGGCCTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAA
1 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAA
* * *
2283722 CAGTAA-GACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCTTGCGGTAA
1 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATG-GGAAA
* *
2283765 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACAAAGCAGAGGAGCTTGGGAAA
1 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAA
* * * * * *
2283808 CTGTAAGAACTTACCCTAGCACATAGCAGATGAGCCTGCGATAA
1 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGA-AA
* *
2283852 CAGTAAGGACTTACCCTCGCACATAGCAG
1 CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAG
2283881 GGAAGCCTAC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 20, Indels: 7
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 29 0.16
43 55 0.31
44 80 0.45
45 15 0.08
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAA
Found at i:2283874 original size:87 final size:86
Alignment explanation
Indices: 2283653--2283880 Score: 321
Period size: 86 Copynumber: 2.6 Consensus size: 86
2283643 CTTATCCTGT
* * * *
2283653 GCACAAAGCAGAGGAGCATGGGAAAACGGTAAGGCCTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGG
1 GCACATAGCAGAGGAGCATGCGATAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGG
*
2283718 GAAACAGTAAGACTTACCCTT
66 GAAACAGTAAGACTTACCCTA
* * * *
2283739 GCACATAGCAGAGGAGCTTGCGGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACAAAGCAGAGGAGCTTGG
1 GCACATAGCAGAGGAGCATGCGATAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGG
*
2283804 GAAACTGTAAGAACTTACCCTA
66 GAAACAGTAAG-ACTTACCCTA
* * * *
2283826 GCACATAGCAGATGAGCCTGCGATAACAGTAAGGACTTACCCTCGCACATAGCAG
1 GCACATAGCAGAGGAGCATGCGATAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAG
2283881 GGAAGCCTAC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
86 67 0.54
87 58 0.46
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCACATAGCAGAGGAGCATGCGATAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGG
GAAACAGTAAGACTTACCCTA
Found at i:2283888 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2283636--2283909 Score: 295
Period size: 44 Copynumber: 6.3 Consensus size: 44
2283626 GGAGCCTGCG
* * * * * * *
2283636 GTAAGGTCTTATCCTGTGCACAAAGCAGAGGAGCATGGGAAAACG
1 GTAAGGACTTACCCT-TGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
* * *
2283681 GTAAGGCCTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGA-AACA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
* * *
2283724 GTAA-GACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCTTGCGGTAACG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
* * * *
2283767 GTAAGGACTTACCCTTGCACAAAGCAGAGGAGCTTGGGA-AACT
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
* * *
2283810 GTAAGAACTTACCCTAGCACATAGCAGATGAGCCTGCGATAACA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
* * *
2283854 GTAAGGACTTACCCTCGCACATAGCAG-GGAAGCCTACGATAACC
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGG-AGCCTGCGATAACA
2283898 GTAAGGACTTAC
1 GTAAGGACTTAC
2283910 AAGTCATAGA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 25, Indels: 9
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 30 0.15
43 51 0.25
44 106 0.53
45 13 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (44 bp):
GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGATAACA
Found at i:2284178 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2284161--2284185 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
2284151 ATTTATCAGG
2284161 ATCATATTTTCC
1 ATCATATTTTCC
2284173 ATCATATTTTCC
1 ATCATATTTTCC
2284185 A
1 A
2284186 GTGAAAACAG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
ATCATATTTTCC
Found at i:2288417 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2288374--2288471 Score: 142
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 39
2288364 GGGCTTACTT
* *
2288374 TGTGCACAAAGAAGAGGAGCCTGCGGTAAGGTCTTATCC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
* * *
2288413 TGTGCATAAAGTAGAGAATCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
*
2288452 TATGCACAAAGTAGAGGAGC
1 TGTGCACAAAGTAGAGGAGC
2288472 AAGGGAAAAC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 50 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (39 bp):
TGTGCACAAAGTAGAGGAGCCTGCAGTAAGGTCTTATCC
Found at i:2288503 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2288438--2288800 Score: 381
Period size: 44 Copynumber: 8.3 Consensus size: 44
2288428 GAATCCTGCA
* * * *
2288438 GTAAGGTCTTATCCTATGCACAAAGTAGAGGAGCAAG-GGAAAACG
1 GTAAGGACTTACCCT-TGCACATAGTAGAGGAGCATGCGG-AAACG
* * * *
2288483 GTAAGGACTGACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTG-GGAAAAG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* * *
2288526 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTGCTGTAACG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* * * **
2288570 GTAAGGACTTACCCTTGAACATAGTAGAGGAGCCTGCGGTAATT
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* *
2288614 GTAAGGATTTACCCTTGCATATAGTAGAGGAGCATG-GGAAACG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* ** * *
2288657 GTAAGGACTTACCATTGCACATAACAGAGGAGCATGCGGTAATG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* * * * **
2288701 GTAAGGACTTACTCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
* * *
2288745 GTAAGGACTTACCCTCGCACATAGCAGAGGAGCATGCGGTAACG
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
**
2288789 GTATTGACTTAC
1 GTAAGGACTTAC
2288801 AAGTCATAGA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 43, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 73 0.27
44 188 0.69
45 12 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (44 bp):
GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACG
Found at i:2288554 original size:87 final size:88
Alignment explanation
Indices: 2288438--2288800 Score: 426
Period size: 87 Copynumber: 4.1 Consensus size: 88
2288428 GAATCCTGCA
* * * * *
2288438 GTAAGGTCTTATCCTATGCACAAAGTAGAGGAGCAAG-GGAAAACGGTAAGGACTGACCCTTGCA
1 GTAAGGACTTACCCT-TGCACATAGTAGAGGAGCATGCGG-AAACGGTAAGGACTTACCCTTGCA
* *
2288502 CATAGCAGAGGAGCCTG-GGAAAAG
64 CATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATG
* * * *
2288526 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCCTGCTGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGAACA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACA
* *
2288591 TAGTAGAGGAGCCTGCGGTAATT
66 TAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATG
* * *
2288614 GTAAGGATTTACCCTTGCATATAGTAGAGGAGCATG-GGAAACGGTAAGGACTTACCATTGCACA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACA
* *
2288678 TAACAGAGGAGCATGCGGTAATG
66 TAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATG
* * * * ** *
2288701 GTAAGGACTTACTCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATAGTAAGGACTTACCCTCGCACA
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACA
* *
2288766 TAGCAGAGGAGCATGCGGTAACG
66 TAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATG
**
2288789 GTATTGACTTAC
1 GTAAGGACTTAC
2288801 AAGTCATAGA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 38, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
87 129 0.55
88 105 0.45
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (88 bp):
GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGTAGAGGAGCATGCGGAAACGGTAAGGACTTACCCTTGCACA
TAGCAGAGGAGCCTGCGGTAATG
Found at i:2288704 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 2288483--2288800 Score: 447
Period size: 131 Copynumber: 2.4 Consensus size: 131
2288473 AGGGAAAACG
* * * *
2288483 GTAAGGACTGACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGGGAAAAGGTAAGGACTTACCCTTGCACAT
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAACGGTAAGGACTTACCATTGCACAT
** * * *
2288548 AGTAGAGGAGCCTGCTGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGAACATAGTAGAGGAGCCTGCGGTAAT
66 AACAGAGGAGCATGCGGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGAACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAAT
*
2288613 T
131 A
* * *
2288614 GTAAGGATTTACCCTTGCATATAGTAGAGGAGCATGGGAAACGGTAAGGACTTACCATTGCACAT
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAACGGTAAGGACTTACCATTGCACAT
* * *
2288679 AACAGAGGAGCATGCGGTAATGGTAAGGACTTACTCTTGCACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAAT
66 AACAGAGGAGCATGCGGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGAACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAAT
2288744 A
131 A
* * **
2288745 GTAAGGACTTACCCTCGCACATAGCAGAGGAGCATGCGGTAACGGTATTGACTTAC
1 GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATG-GGAAACGGTAAGGACTTAC
2288801 AAGTCATAGA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 23, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
131 147 0.90
132 16 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (131 bp):
GTAAGGACTTACCCTTGCACATAGCAGAGGAGCATGGGAAACGGTAAGGACTTACCATTGCACAT
AACAGAGGAGCATGCGGTAACGGTAAGGACTTACCCTTGAACATAGCAGAGGAGCCTGCGGTAAT
A
Found at i:2292098 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2292062--2292241 Score: 93
Period size: 32 Copynumber: 5.5 Consensus size: 32
2292052 AAAAAGTGTA
**
2292062 TATATATATATATAAAGTTTTAGTATAAAATG
1 TATATATATATATAAAGTTAAAGTATAAAATG
** * *
2292094 TATATAGGTATATAATAATATAAAGTAT-ATATG
1 TATATATATATATAA-AGT-TAAAGTATAAAATG
* * * *
2292127 TATATA-AGTATATATA--TAAACTATAAAGTA
1 TATATATA-TATATAAAGTTAAAGTATAAAATG
**
2292157 TATATATATATATAAAGTTTTAGTA-AAAA-G
1 TATATATATATATAAAGTTAAAGTATAAAATG
* *
2292187 TATATATACATATATAATAATATAAAGTATAAGTATAGG
1 TATATAT--ATATATAA-AGT-TAAAGTATAA--A-ATG
2292226 TATATTATATATATAA
1 TATA-TATATATATAA
2292242 TATATAATTA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 21, Indels: 28
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
29 7 0.06
30 22 0.20
31 4 0.04
32 26 0.24
33 20 0.18
34 11 0.10
35 2 0.02
37 1 0.01
38 9 0.08
39 5 0.05
40 3 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.01, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (32 bp):
TATATATATATATAAAGTTAAAGTATAAAATG
Done.