genome.fa.s7820.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007820.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110157_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  196131

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 101 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3182--3448	109	2.4	109	84	6	344	39	13	12	34	1.83
3187--3458	54	5.0	54	85	4	352	38	14	13	33	1.85
3980--4031	20	2.8	17	83	13	59	30	21	13	34	1.92
5270--5298	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
6174--6215	21	2.0	22	86	9	61	66	4	0	28	1.12
8502--8559	29	2.0	29	93	0	98	25	18	32	22	1.97
18286--18446	64	2.5	63	82	5	180	34	16	21	27	1.95
18907--19124	103	2.1	103	95	1	393	26	13	23	37	1.91
19140--19203	23	2.8	23	76	9	76	20	25	25	29	1.99
23976--24034	17	3.6	16	86	8	75	37	20	5	37	1.75
23979--24034	8	6.9	8	74	11	51	39	21	3	35	1.71
30606--30655	15	3.3	15	94	0	91	12	24	34	30	1.91
37429--37462	15	2.3	15	95	5	61	14	23	32	29	1.94
40442--40495	16	2.9	20	63	21	53	25	7	3	62	1.38
47227--47267	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
47889--47946	28	2.1	28	100	0	116	20	5	37	36	1.75
50580--50635	26	2.1	27	83	9	71	10	12	7	69	1.36
50642--50709	24	2.8	24	75	6	57	25	7	19	48	1.74
56694--56994	6	50.3	6	94	4	538	33	0	0	66	0.92
57671--57718	24	2.0	25	83	4	62	50	12	4	33	1.59
59846--59923	29	2.7	29	93	0	138	42	10	15	32	1.80
63283--63312	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64596--64673	29	2.7	29	91	0	129	43	10	14	32	1.78
69851--69890	5	8.6	5	89	10	59	35	0	0	65	0.93
88019--88086	3	22.3	3	80	16	54	29	1	0	69	0.98
88005--88086	30	2.9	27	80	16	96	26	2	0	70	0.99
88019--88086	10	7.4	9	75	21	54	29	1	0	69	0.98
88016--88086	27	2.7	26	82	10	81	28	1	0	70	0.96
95046--95227	83	2.2	83	92	2	303	28	13	21	36	1.91
96778--97099	113	2.9	113	87	4	438	38	14	18	28	1.90
97039--97139	40	2.5	40	96	0	184	49	9	21	18	1.76
96921--97250	153	2.2	153	88	4	488	42	13	19	25	1.87
97074--97490	113	3.7	113	90	3	626	40	13	18	27	1.89
96814--97363	266	2.1	266	98	0	1064	40	13	18	26	1.88
97227--97795	309	1.8	309	92	2	973	38	15	18	27	1.91
97114--97907	422	1.9	421	91	2	1292	38	14	18	28	1.90
97536--98712	113	10.3	113	87	3	1467	37	14	18	28	1.91
97536--98589	338	3.1	339	94	1	1740	37	14	18	29	1.90
97536--98708	451	2.6	452	87	3	1647	37	14	18	28	1.91
98499--98800	123	2.4	124	87	0	417	41	14	19	24	1.89
100390--100438	24	2.1	22	81	7	53	38	2	2	57	1.22
104996--105037	16	2.6	16	88	0	66	19	9	26	45	1.80
112959--113013	15	3.6	15	78	4	65	43	10	12	32	1.78
112962--113011	16	3.2	16	74	5	57	44	10	10	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113409--113463	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
113449--113547	33	3.0	33	92	1	155	46	15	7	31	1.72
113542--113581	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
115883--115928	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
115882--115921	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
115972--116011	20	2.0	20	90	0	62	45	20	15	20	1.86
116155--116230	24	3.3	23	73	15	77	64	1	1	32	1.10
116153--116222	36	1.9	37	86	13	101	64	0	1	34	1.03
127094--127151	25	2.2	26	82	11	66	37	5	5	51	1.46
130620--130696	31	2.5	31	87	4	102	38	22	16	22	1.93
133597--133640	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
135060--135127	23	3.0	23	86	0	100	16	26	27	29	1.97
138705--138749	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
140174--140234	23	2.7	23	78	0	77	19	26	21	32	1.97
148133--148175	22	2.0	22	95	0	77	44	27	9	18	1.80
148636--148684	5	9.8	5	93	0	62	6	40	36	16	1.73
148682--148742	6	10.2	6	96	0	95	4	16	49	29	1.66
149017--149071	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
154595--154642	5	9.8	5	88	4	53	6	41	35	16	1.74
154640--154700	6	10.2	6	96	0	95	4	16	49	29	1.66
154973--155027	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
157594--157636	18	2.4	17	77	11	50	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159776--159823	3	16.0	3	82	8	62	39	0	0	60	0.97
159776--159823	18	2.7	18	87	6	71	39	0	0	60	0.97
161135--161233	21	4.8	20	72	6	72	36	22	19	22	1.95
161201--161394	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
161201--161394	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
161201--161393	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
161775--161845	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
161966--162020	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
161966--162036	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
162032--162129	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
162054--162143	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
162037--162151	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
163989--164117	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
164025--164117	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
163989--164117	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
164134--164190	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
164118--164209	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
164113--164246	19	7.6	19	76	16	119	11	19	23	45	1.82
166139--166174	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
166280--166362	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
166390--166661	19	15.4	19	81	15	336	13	21	18	46	1.83
166368--166633	52	5.0	52	93	5	437	14	22	16	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169122--169168	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
169842--170231	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
174830--174861	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
183267--183332	29	2.3	29	94	0	114	28	13	24	33	1.93
183192--183426	123	1.9	119	93	3	398	30	16	19	34	1.94
183296--183600	94	3.3	93	94	0	520	29	14	20	35	1.92
184386--185184	229	3.5	227	87	4	1033	38	14	18	28	1.90
184386--185184	113	7.0	111	83	7	874	38	14	18	28	1.90
184981--185266	124	2.4	122	85	6	379	41	17	18	23	1.90
185410--185448	3	13.0	3	84	10	53	38	0	0	61	0.96
190808--190890	2	41.5	2	95	4	150	50	1	0	48	1.08
191309--191461	64	2.4	62	82	7	184	30	21	15	32	1.95
191521--191577	21	2.7	21	88	0	87	26	28	15	29	1.96

Tables:   1

The End!