genome.fa.s7826.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007826.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110165_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115469

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996--1038	18	2.4	18	84	7	52	69	0	0	30	0.88
999--1027	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
1378--1646	80	3.3	80	83	4	301	23	18	28	29	1.98
1647--1762	30	3.6	30	72	22	110	36	11	22	30	1.89
1681--1829	37	4.3	35	74	21	136	38	11	20	28	1.88
1651--1797	67	2.2	67	93	1	251	38	11	20	29	1.88
1767--1947	55	3.1	55	72	15	150	39	11	19	29	1.87
1822--2302	100	4.6	100	76	12	414	40	12	19	27	1.88
1917--1986	21	3.6	21	69	21	71	38	12	21	27	1.90
1901--2302	36	11.2	36	81	10	439	40	12	19	27	1.88
1822--2302	214	2.3	214	86	5	665	40	12	19	27	1.88
2481--2933	124	3.7	122	84	2	537	24	18	24	32	1.97
2481--2933	248	1.8	248	83	2	597	24	18	24	32	1.97
3154--3287	64	2.1	63	90	2	205	31	13	21	33	1.92
3541--3628	32	2.8	32	78	3	97	34	21	15	28	1.94
9396--9435	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
9416--9467	23	2.3	23	77	6	63	17	23	40	19	1.91
13284--13323	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
17225--17264	19	2.2	18	86	4	53	75	2	5	17	1.10
18996--19026	16	2.0	15	93	6	53	70	0	0	29	0.87
18995--19032	19	2.1	18	85	14	51	71	0	0	28	0.87
18999--19048	22	2.3	23	89	6	77	64	2	0	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20587--20615	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
20673--20830	60	2.7	59	80	8	153	39	6	21	32	1.79
21075--21113	14	2.8	13	85	11	51	41	28	7	23	1.82
25669--25713	16	2.6	19	76	16	53	28	0	4	66	1.11
25664--25771	34	3.1	34	82	11	105	35	0	2	62	1.10
25697--25776	35	2.4	34	83	8	101	37	0	1	61	1.04
27498--27545	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
27549--27642	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
28165--28261	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
28163--28268	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
28647--29257	255	2.4	256	98	1	1167	32	19	25	22	1.97
28647--29257	128	4.8	128	98	1	1167	32	19	25	22	1.97
29325--29365	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
32358--32395	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
33977--34015	18	2.2	18	86	9	53	64	0	2	33	1.08
38032--38075	19	2.3	19	96	0	79	56	13	20	9	1.64
42913--43041	55	2.3	58	81	6	149	65	1	7	24	1.27
42973--43102	54	2.4	54	73	14	97	62	0	5	31	1.23
43083--43110	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
45202--46369	106	11.0	106	89	1	1561	22	18	24	34	1.96
47333--47387	22	2.5	22	84	0	74	23	9	25	41	1.83
48030--48094	13	5.2	12	75	18	62	0	13	6	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48031--48094	24	2.8	22	84	11	76	0	14	6	79	0.91
48030--48094	8	7.8	8	78	11	51	0	13	6	80	0.90
51515--51551	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
52755--52878	52	2.3	55	79	8	130	65	1	8	25	1.29
52866--52891	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
52926--52961	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
56864--56898	18	1.9	18	88	0	52	42	14	0	42	1.45
60321--60375	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
62336--62416	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
62492--62540	8	6.4	8	73	17	50	40	0	2	57	1.10
71402--71456	20	2.8	20	82	0	65	34	30	10	23	1.89
71471--71511	21	2.0	21	90	0	64	29	24	9	36	1.87
71657--71707	22	2.3	22	96	0	93	21	39	13	25	1.90
71990--72028	20	2.0	20	84	0	51	15	17	17	48	1.81
74185--74213	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
74374--74480	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
74374--74482	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
78089--78117	9	3.2	9	100	0	58	0	20	0	79	0.74
78472--78505	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
79251--79539	20	14.6	20	77	7	168	27	14	24	33	1.94
79251--79359	19	5.7	20	84	6	111	29	12	22	35	1.91
79496--79537	19	2.2	19	83	8	50	26	14	26	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81170--81240	20	3.2	22	70	23	60	46	5	1	46	1.35
81039--81215	90	2.0	89	95	1	318	37	11	6	45	1.65
81177--81246	22	3.3	20	70	20	61	50	4	1	44	1.30
87887--88044	81	2.0	81	92	0	262	16	31	21	31	1.95
88160--88461	54	5.5	54	78	8	295	25	26	22	25	2.00
88163--88374	114	1.9	114	91	2	354	25	25	23	25	2.00
88163--88461	114	2.7	110	83	4	307	25	26	22	25	2.00
90683--90722	20	2.0	20	85	5	53	62	2	0	35	1.09
90835--90869	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
90869--90909	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
94203--94240	13	3.0	13	88	3	51	47	7	21	23	1.77
97278--97526	45	5.6	45	86	3	328	29	18	22	28	1.98
98577--98684	54	2.0	54	85	3	146	25	24	13	37	1.92
103990--104037	12	3.8	13	78	13	55	68	0	10	20	1.18
104002--104045	20	2.2	20	91	0	70	70	2	9	18	1.24
106730--106795	22	3.3	18	73	22	60	65	1	3	30	1.17
108281--108312	14	2.4	13	94	5	55	68	0	0	31	0.90

Tables:   1

The End!