Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
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*
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* *
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1 TCGCGTTGCGAT--TTTCCAGT
* * *
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* *
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*
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* ** **
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*
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1 TCGCGTTGCGATTTTCCAGT
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1 TCGCGTTGCGATTTTCCAGT
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1 TCGCGTTGCGAT
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* ** *
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** * *
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* * * * *
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*
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* ** *
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1 TCGCGTTGCGAT-TTTCCAAATCGCGTTGCGATTTTCCAGT
**
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1 TCGCGTTGCGATTTTCCAAATCGCGTTGCGAT
566871 AGTTGAAAAT
Statistics
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TCGCGTTGCGATTTTCCAAATCGCGTTGCGATTTTCCAGT
Found at i:566765 original size:22 final size:22
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1 CGTTGCGATAGTCTACAGTTGT
* * * **
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Statistics
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CGTTGCGATAGTCTACAGTTGT
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* *
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* * **
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1 TCGTTGCGAT--TTTCCAAAT
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1 -TCGTTGCGATTTTCCAAAT
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566796 GTTCGCGTTG
Statistics
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TCGTTGCGATTTTCCAAAT
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566603 CTATCGCAAA
* * ** * *
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* ** ** * * * * * * *
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1 TTCGCGTTGCGATAGTTGAAAATCGCGTTGCGAT--TTTCCAATT-CCGTTGCGA-TTTTCCAG
* * *
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*
566797 TTCGCGTTGCGATAGTTGAAAATCGCGTTGCGATTTTCCATTTCGCGTTGCGATTTTCCAG
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566892 AGTCTACAGT
Statistics
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0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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TTCGCGTTGCGATAGTTGAAAATCGCGTTGCGATTTTCCAATTCCGTTGCGATTTTCCAG
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566788 ATTTTCCAGT
*
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* * **
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1 TCGCGTTGCGATAGTTCAAAA
* * **
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1 TCGCGTTGCGATAGTTCAAAA
*
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1 TCGCGTTGCGATAGTTCAAAA
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1 TCGCGTTGCGATAGT
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TCGCGTTGCGATAGTTCAAAA
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567003 GACACGTATT
567013 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG
1 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG
567061 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACC-CG ACC-CG
1 ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG ACCACG
567107 ACC
1 ACC
567110 CGAGACAAGA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 0, Indels: 1
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Consensus pattern (6 bp):
ACCACG
Found at i:567766 original size:22 final size:22
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567727 AATTTGGAAA
*
567737 ATCGCAACGACAACTGTAGACT
1 ATCGCAACGACAACTATAGACT
* *
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1 ATCGCAACGACAACTATAGACT
567781 ATCGCAACGA
1 ATCGCAACGA
567791 ATTTGGAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
22 27 1.00
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ATCGCAACGACAACTATAGACT
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*
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1 TCGCAACAAC-ACTATAGACTATCGCAACCGAA-ATGGAAAA
* * *
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1 TCGCAACAACACTATAGACTATCGCAAC-CGAAATGGAAAA
567842 TCGCAAC
1 TCGCAAC
567849 GCGATTTTCA
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Matches are distributed among these distances:
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TCGCAACAACACTATAGACTATCGCAACCGAAATGGAAAA
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567765 ACAACAACTA
*
567775 TAGACTATCGCAA-CGAATTTGGAAAATCGCAACGAC-ATTG
1 TAGACTATCGCAACCGAA-ATGGAAAATCGCAACG-CGATTG
*
567815 TAGACTATCGCAACGCGAAATGGAAAATCGCAACGCGATTT
1 TAGACTATCGCAAC-CGAAATGGAAAATCGCAACGCGATTG
567856 TCA-ACTATCGCAACTCGAAATG
1 T-AGACTATCGCAAC-CGAAATG
567878 CAACGCGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
40 14 0.25
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TAGACTATCGCAACCGAAATGGAAAATCGCAACGCGATTG
Found at i:567881 original size:21 final size:21
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Indices: 567818--567881 Score: 67
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567808 GACATTGTAG
*
567818 ACTATCGCAACGCGAAATGGA
1 ACTATCGCAACGCGAAATGCA
* ** *
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1 ACTATCGCAACGCGAAATGCA
*
567859 ACTATCGCAACTCGAAATGCA
1 ACTATCGCAACGCGAAATGCA
567880 AC
1 AC
567882 GCGAATTTGC
Statistics
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20 15 0.47
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1 TAATACACATAAGGTCGTGCCCACCA
573993 CATGCACTTA
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1 TTTTATTTATCTTTTATTA
* *
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1 TTTTATTTATCTTTTATT
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TTTTATTTATCTTTTATTA
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* *
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1 TATTATTTTCTTTCTTTTTATTT-CCTTT
*
575620 TATTATTTTCTTTATTTTTTATTTCCTTT
1 TATTATTTTCTTT-CTTTTTATTTCCTTT
*
575649 TATTTATTTTATTTCTT
1 TA-TTATTTTCTTTCTT
575666 ATATTTTTAT
Statistics
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TATTATTTTCTTTCTTTTTATTTCCTTT
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575672 TTATTTGTAT
575682 TA TA T- TA TA TA TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
575717 TATTTCCTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 4
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.06
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Consensus pattern (2 bp):
TA
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Indices: 575682--575716 Score: 63
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575672 TTATTTGTAT
575682 TATATTATATA
1 TATATTATATA
575693 TATATTATATA
1 TATATTATATA
575704 TATA-TATATA
1 TATATTATATA
575714 TAT
1 TAT
575717 TATTTCCTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
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10 9 0.38
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TATATTATATA
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Indices: 575723--575759 Score: 51
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575713 ATATTATTTC
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1 CTTTATTTT-TTATGTT
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1 CTTTATTTTTTATGTT
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1 CTTTAT
575760 CTTCGTTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
14 2 0.11
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Found at i:575811 original size:23 final size:23
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Indices: 575765--575822 Score: 75
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575755 TTTATCTTCG
*
575765 TTTTA-TTTATTTTGTTTACCCT
1 TTTTATTTTATTTTGTTTAACCT
*
575787 TTTTATCTTTATTTT-TTTAATCT
1 TTTTAT-TTTATTTTGTTTAACCT
575810 TTTTATTTTATTT
1 TTTTATTTTATTT
575823 ATTTCATTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.38
23 12 0.38
24 8 0.25
ACGTcount: A:0.16, C:0.09, G:0.02, T:0.74
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TTTTATTTTATTTTGTTTAACCT
Found at i:575841 original size:22 final size:22
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Indices: 575785--575845 Score: 68
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575775 TTTGTTTACC
*
575785 CTTTTTATCTTTATTTTTTTAAT
1 CTTTTTAT-TTTATTTATTTAAT
*
575808 CTTTTTATTTTATTTATTTCAT
1 CTTTTTATTTTATTTATTTAAT
* *
575830 TTTCTTTATTTAATTT
1 CTT-TTTATTTTATTT
575846 GTTTTCCCCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.42
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Indices: 578831--578892 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 5.1 Consensus size: 12
578821 TTCAATCAAG
* *
578831 AACAAAAAGACA
1 AACAAAGAGAAA
578843 AA-AAAGAGAAA
1 AACAAAGAGAAA
578854 AAGCAAAGAGAAA
1 AA-CAAAGAGAAA
*
578867 ATAAAAAGAGAAAA
1 A-ACAAAGAG-AAA
578881 AACAAAG-GAAA
1 AACAAAGAGAAA
578892 A
1 A
578893 TTGAAGAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 9
0.76 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 13 0.31
12 3 0.07
13 21 0.50
14 5 0.12
ACGTcount: A:0.76, C:0.06, G:0.16, T:0.02
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AACAAAGAGAAA
Found at i:578880 original size:25 final size:25
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Indices: 578843--578893 Score: 84
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*
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1 AAAAAGAGAAAAAACAAAGGAAAAT
578894 TGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.25
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Found at i:579089 original size:69 final size:69
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Indices: 578965--579102 Score: 222
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578955 GATTCAAACT
* * **
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*
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*
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* *
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* * *
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**
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* * * *
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66 AAACCC
*
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65 A
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*
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* **
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64 C
* * * * *
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* *
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**
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64 C
* * ** * * * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* * ** * * * **
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*
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*
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*
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* * *
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*
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*
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*
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1 AAATA
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*
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* * * ** * **
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* *
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**
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* ** *
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* * *
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* * ** *
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*
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**
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* *
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623284 TA
1 TA
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* * * *
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*
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1 ATT
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*
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Consensus pattern (10 bp):
ATTTTATTTT
Found at i:630704 original size:18 final size:17
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630651 TTTAATAAAT
* *
630661 ATAAAAACTAAATATGAC
1 ATAAAAATTAAATAT-AA
630679 ATAAAAATTAAATATAA
1 ATAAAAATTAAATATAA
630696 ATAATAAAT
1 ATAA-AAAT
630705 AGAATGATAA
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ATAAAAATTAAATATAA
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634816 TTTAAATCGT
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1 ATTTAAA
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1 ATTTAAA
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1 ATTTAAA
634847 ATTT
1 ATTT
634851 GGGATAACAG
Statistics
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7 18 1.00
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ATTTAAA
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* * *
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* * *
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* * *
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635400 GAAATTGAAA
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AGTTTAAGGATCAATTTAGAATGAGAATCAT
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650405 TTTTATCGAA
650415 AAATATGAATTATACATGATTTATG
1 AAATATGAATT-TAC-TGATTTATG
*
650440 AAATAATGGAATTTACTGGTTTATG
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*
650465 AATTATG
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AAATATGAATTTACTGATTTATG
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*
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GACCCGACCCGTT
Found at i:666904 original size:24 final size:24
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666855 ATATTTTATA
* *
666865 TGATTTCTGACTTGAATTCTGTTC
1 TGATATCTGACCTGAATTCTGTTC
* *
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1 TGATATCTGACCTGAATTCTGTTC
* * * *
666913 TGATTTCTGATCTGGATTCTGTTA
1 TGATATCTGACCTGAATTCTGTTC
** *
666937 TGATATCTGTTCTGAATTCTGTTT
1 TGATATCTGACCTGAATTCTGTTC
*
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1 TGATATCTGA
666971 TATCTCCGTT
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TGATATCTGACCTGAATTCTGTTC
Found at i:666917 original size:48 final size:48
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Indices: 666865--666971 Score: 135
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666855 ATATTTTATA
*
666865 TGATTTCTGA-CTTGAATTCTGTTCTAATATATGACCTGAATTCTGTTC
1 TGATTTCTGATC-TGAATTCTGTTATAATATATGACCTGAATTCTGTTC
* * * ** *
666913 TGATTTCTGATCTGGATTCTGTTATGATATCTGTTCTGAATTCTGTTT
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666961 TGATTTCTGAT
1 TGATTTCTGAT
666972 ATCTCCGTTT
Statistics
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Consensus pattern (48 bp):
TGATTTCTGATCTGAATTCTGTTATAATATATGACCTGAATTCTGTTC
Found at i:666920 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 666900--666969 Score: 70
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666890 AATATATGAC
*
666900 CTGAATTCTGTT
1 CTGATTTCTGTT
*
666912 CTGATTTCTGAT
1 CTGATTTCTGTT
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1 CT-GATTTCTGTT
* *
666936 ATGATATCTGTT
1 CTGATTTCTGTT
*
666948 CTGAATTCTGTT
1 CTGATTTCTGTT
*
666960 TTGATTTCTG
1 CTGATTTCTG
666970 ATATCTCCGT
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Consensus pattern (12 bp):
CTGATTTCTGTT
Found at i:671921 original size:10 final size:10
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Indices: 671874--671903 Score: 51
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671864 TATTTCAATG
671874 ATAAACGAAC
1 ATAAACGAAC
671884 ATAAACGAAC
1 ATAAACGAAC
*
671894 ACAAACGAAC
1 ATAAACGAAC
671904 GAATATAAAC
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Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
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ATAAACGAAC
Found at i:673023 original size:14 final size:14
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Indices: 673004--673033 Score: 51
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672994 TAATAATCCA
*
673004 TTCATTTATGTTTG
1 TTCATTTATGCTTG
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1 TTCATTTATGCTTG
673032 TT
1 TT
673034 TATGTTCGGC
Statistics
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14 15 1.00
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TTCATTTATGCTTG
Found at i:677644 original size:24 final size:24
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Indices: 677612--677691 Score: 151
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677602 CTATTCTTTC
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1 GCTTCAATTGAGCTCAAATTTTAG
677636 GCTTCAATTGAGCTCAAATTTTAG
1 GCTTCAATTGAGCTCAAATTTTAG
*
677660 GCTTCAATCGAGCTCAAATTTTAG
1 GCTTCAATTGAGCTCAAATTTTAG
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1 GCTTCAAT
677692 CGAACTTCTA
Statistics
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24 55 1.00
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GCTTCAATTGAGCTCAAATTTTAG
Found at i:677950 original size:30 final size:30
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Indices: 677914--677975 Score: 74
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677904 AGTAAACCGG
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* *
677944 CGGTTCACCTCGGTTTTCCTGGTTTTCAGC
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677974 CG
1 CG
677976 ATTCTTCTGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
29 4 0.14
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Consensus pattern (30 bp):
CGGTTCAACTCGATTTTCCTGGTTTTCAGC
Found at i:679413 original size:15 final size:15
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Indices: 679393--679525 Score: 142
Period size: 15 Copynumber: 8.5 Consensus size: 15
679383 TAATAAGGTT
679393 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
679408 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
679423 ATTAATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
679438 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
679453 ATTAATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
* *
679468 AATTATTATAAAATATGGA
1 ATTTATT-TTAAA-AT--A
679487 TTGATTTATTTTAAAATA
1 ---ATTTATTTTAAAATA
*
679505 AATTATTTT-AAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
679519 ATTTATT
1 ATTTATT
679526 AGTATGTATT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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15 68 0.69
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19 1 0.01
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Consensus pattern (15 bp):
ATTTATTTTAAAATA
Found at i:679433 original size:30 final size:30
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Indices: 679368--679482 Score: 155
Period size: 30 Copynumber: 3.9 Consensus size: 30
679358 TTTATTAAAA
** *
679368 TAATTTT-AAATAATTTA--ATAAGGTTAT
1 TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAAT
* *
679395 TTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAAT
1 TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAAT
679425 TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAAT
1 TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAAT
*
679455 TAATTTTAAAATAAATTATTATAAAATA
1 TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
679483 TGGATTGATT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 8, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
27 6 0.08
28 10 0.13
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ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (30 bp):
TAATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAAT
Found at i:679502 original size:52 final size:46
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Indices: 679438--679659 Score: 156
Period size: 54 Copynumber: 4.3 Consensus size: 46
679428 TTTTAAAATA
*
679438 ATTTATTATAAAATAATTAATTTTAAAATAAATTATTATAAAATATGGATTG
1 ATTTATTTTAAAATAATT-ATTTT-AAAT-AA-T-TTAT-AAATATGGATTG
* * *
679490 ATTTATTTTAAAATAAATTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTG
1 ATTTATTTTAAAAT-AATTATTTTAAATAATTTATAAATATGGATTG
* * *
679537 ATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTG
1 ATTTATTTT-AAA-AT--A---A-TTATTTTAAATAATTTATAAATATGGATTG
* *
679591 ATTTATTTTAAAATATGGATTTATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTTT-AAA-AT--A---A-TTATTTTAAATAATTTATAAATATGGATTG
679645 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
679660 TGGATTGATT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 9, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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51 4 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.08, T:0.51
Consensus pattern (46 bp):
ATTTATTTTAAAATAATTATTTTAAATAATTTATAAATATGGATTG
Found at i:679545 original size:32 final size:31
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Indices: 679507--679602 Score: 111
Period size: 32 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31
679497 TTAAAATAAA
679507 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGAT
1 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATG-ATTGAT
679539 TTATTTT-AA-AA--TA-T-G---GATTGAT
1 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGATTGAT
679561 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGAT
1 TTATTTTAAATAATTTATTAGTAT-GATTGAT
679593 TTATTTTAAA
1 TTATTTTAAA
679603 ATATGGATTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 0, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
22 13 0.24
23 3 0.06
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27 2 0.04
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ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (31 bp):
TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGATTGAT
Found at i:679553 original size:22 final size:22
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Indices: 679528--679570 Score: 77
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679518 AATTTATTAG
*
679528 TATGTATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
679550 TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
679571 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAAA
Found at i:679648 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 679627--679674 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
679617 ATTTTAAATA
*
679627 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
679645 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
679667 ATTTATTA
1 ATTTATTA
679675 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
20 4 0.16
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.15, T:0.52
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ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:679698 original size:134 final size:133
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Indices: 679550--681951 Score: 1122
Period size: 134 Copynumber: 17.8 Consensus size: 133
679540 TATTTTAAAA
* *
679550 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTTAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
679615 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTATTGT
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679679 AGTTG
130 A-TTG
*
679684 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * *
679749 TTA--TT-AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATT
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATT
***
679808 TATTTTAAAA
124 TATTTTATTG
* * * * * *
679818 TATGGATTGATTTATTATT--GTAGTTGTA-T-GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT
1 TATGGATTGATTTATT-TTAAATAATT-TATTAGTATTGATTGA-TTT--AT--TTTA-AAATAT
* * * * *** *
679879 GGATTGATTTATTTTAA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATAGATTGATTTA
58 GGATTGATTTATTTTAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA
679938 TTTTAAATAATTTATTAG
122 -TTT--AT--TTTATT-G
** * * ** * * *
679956 TATGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATT-G-ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATTGA-TTGATTTATTTTA-AAATATGGATT
* * * * * ***
680018 GATTAATTTTAA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTA
63 GATTTATTTTAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA-TTT-
680077 AATAATTTATTAG
125 -AT--TTTATT-G
* * * *** *
680090 TATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTTA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
*
680148 TTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAA
65 TTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTT--A
680213 TAATTTATTAG
126 T--TTTATT-G
* * * ***
680224 TATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
* * * * ****
680282 TTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTTGTTGTATGGATTGA
65 -T-TTA-T-TTTAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGA--T-TTATT-TTAAAATATGGATTGA
680347 TTTATTTTAAATAATTTATTAG
118 TTTA-TTT--AT--TTTATT-G
* * * * ***
680369 TTTGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
* * *
680427 TTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGATTTA-TTATTG
65 TTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTATTT
680491 TAGTTG
129 TA-TTG
*
680497 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * * *
680562 TTA--TT-AT--TGTAGTT-GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATT
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATT
***
680621 TATTTTAAAA
124 TATTTTATTG
* * * * * * *
680631 TATGGATTGATTTATTATT--GTAGTTGTA-T-GGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTG
1 TATGGATTGATTTATT-TTAAATAATT-TATTAGTATTGATTGATTT--AT--TTTA-AAATATG
680692 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-
59 GATTGATTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
*
680756 TTATTGTAGTTG
123 TTATTTTA-TTG
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTG-ATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
* *
680832 TTTA--TT-AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGA-T
65 TTTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTT---TAA---A--A-TATGGATTGATT
680890 TATTTTAAATAATTTATTAG
120 TA-TTT--AT--TTTATT-G
* * * ***
680910 TATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
* *
680968 TTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTATTG
65 TTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTATTT
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129 TA-TTG
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATT-GATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-G
* * * * * ***
681101 TATGGATTGA-TTT-AT--TTTA-AAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATT
59 GATTGATTTATTTTAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTA-T-TT-TA-AAATATGGATTGATT
681161 TATTTTAAATAATTTATTAG
120 TA-TTT--AT--TTTATT-G
* * * * *** *
681181 TATGAATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGTTTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
* *
681239 TTTATTTTAAATACTTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGGTTTATTTTAAA
65 TTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTT--A
681304 TTATTTATTAG
126 -T-TTTATT-G
* * * ***
681315 TATAGATTGATTTATTTT-AA-AA--TATT-G-ATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
* * *
681373 TTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
65 TTTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTAT
***
681438 TTATTTTAAAA
123 TTATTTTATTG
* *
681449 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * *
681514 TTA--TTAA-AA--TAGTT-GTATGGGTTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATT
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATT
* ***
681573 TATTTAAAAA
124 TATTTTATTG
681583 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA-TGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTG-ATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
* * * *
681647 TTTA--TT-AT--TGTAGTT-TTATGGATTGATTTATTTTAAATACTTTATTAGTTTGGATTTAT
65 TTTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA-A---TA-TGGATT-GATTTAT
***
681706 TTATTTTAAAA
123 TTATTTTATTG
* *
681717 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * *
681782 TTA--TT-AT--TTTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATT
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATT
***
681841 TATTTTAAAA
124 TATTTTATTG
* * *
681851 TATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
681916 TTA--TT-AT--TGTAGTTA-TATGGATTGATTTATTTTAAA
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA
681952 TAATATATTT
Statistics
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TTATTTTAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTATTTTA
TTG
Found at i:679705 original size:80 final size:78
Alignment explanation
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*
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*
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*
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65 TTATTATTTTA-TTG
*
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*
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*
679909 TTATTATTGTAGTTG
65 TTATTATTTTA-TTG
*
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65 TTA--TT--AT--TTTATT-G
* * * * * ***
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGAT
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* * * * *** *
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65 TTA--TT--AT--TTTATT-G
* ** ** * ** * * *
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***
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63 ATTTATTATTTTATTG
* * *
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
***
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65 TTATTATTTTATTG
* * *
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAAT-TTATTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-TGGA
* ***
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60 TT-GATTTA-TTATTTTATTG
* **
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAAAT-ATGGATT-G
** *
680449 TATGAATTGA-TTTATTT
63 -ATTTATT-ATTTTATTG
*** * *
680466 TAAAATATTGATTGA-TTT--ATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 T-ATGGATTGATTTATTTTAAATAATT-TA-TTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
* * * ***
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57 GGATTGATTTA-TTATTTTATTG
* * *
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * ***
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59 ATTGATTTA-TTATTTTATTG
* *
680631 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTT---TAA---A--A-TA
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56 TGGATTGATTTA--TT--AT--TTTATT-G
* * * * ***
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGAT
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65 TTA--TT--AT--TTTATT-G
* * * * * ***
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGAT
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65 TTA-TT--AT--TTTATT-G
*
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*
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*
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
681023 TTATTATTGTAGTTG
65 TTATTATTTTA-TTG
* *
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * ***
681102 ATGGATTGATTTATTTTAAAA
59 ATTGATTTA-TTATTTTATTG
* *
681123 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAT-TAG
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TATGGA-
* ***
681181 TATGAATTGATTTATTTTAAAA
60 T-TG-ATTTA-TTATTTTATTG
* * *
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAA-A---TA-T-GG
* * ***
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59 ATTGATTTA-TTATTTTATTG
* * * *
681283 TATGGATTGGTTTATTTTAAATTATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
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65 TTATTATTTTA-TTG
*
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * ***
681428 ATGGATTGATTTATTTTAAAA
59 ATTGATTTA-TTATTTTATTG
*
681449 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
***
681514 TTATTAAAATAGTTG
65 TTATTATTTTA-TTG
* *
681529 TATGGGTTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTAAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
681594 TTATTTTAAATAATTTATTAG
65 TTA--TT--AT--TTTATT-G
* ** ** *
681615 TATGTATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATTG-ATTTATT-ATTGTAGTTT----TATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTGTATGGATTGATT-TATTTTAAAATATGGATTGA
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64 TTTA--TT--AT--TTTATT-G
* * *
681695 TTTGGATTTATTTATTTT--A-AA---A---TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGA
* * ***
681751 TAGATTGATTTATTTTAAAA
60 TTGATTTA-TTATTTTATTG
* *
681771 TATTGATTGATTTA--TT--AT--TTTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * ***
681830 ATGGATTGATTTATTTTAAAA
59 ATTGATTTA-TTATTTTATTG
* *
681851 TATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* *
681916 TTATTATTGTAGTTA
65 TTATTATTTTA-TTG
*
681931 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATATATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
681996 TTATTATTGTAGTTG
65 TTATTATTTTA-TTG
* * *
682011 TATTGAATGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
682076 TTATT
65 TTATT
682081 TTAAATAATT
Statistics
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0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (78 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATT
TATTATTTTATTG
Found at i:679730 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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679697 ATTTTAAATA
*
679707 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
679725 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
679747 ATTTATTA
1 ATTTATTA
679755 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:679787 original size:214 final size:207
Alignment explanation
Indices: 679507--681089 Score: 1054
Period size: 214 Copynumber: 7.4 Consensus size: 207
679497 TTAAAATAAA
*
679507 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
1 TTATTTTAAATAA-TTATGA-T-TG-ATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
* *
679572 AATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTTATTTATTTTAAATAATTTA-TTAG
62 AATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TTAAAT-ATTTAGTTAG
* * ***
679636 TATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATT
124 TATGGATTGATTTATTTTAAAATATGTATTGATTTATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA--
*
679700 TTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
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* * ***
679727 TTATTTT-AA-AA-TATGGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAA
1 TTATTTTAAATAATTAT-GATTGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAA
* *
679788 TTTATTAGTATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT--AT-TGTAGTT-GTATGG
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* *
679849 ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
129 ATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GTATTGATTTATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
*
679914 ATTGTAGTTGTATAGATTGAT
188 ATTGTA-TTGTATGGATTGAT
*
679935 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
1 TTATTTTAAATAA-TTA-T-G-ATTGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
* *
680000 AATTTATTAGTATGGATTGATTAATTTTAAAATATGGATTGATTTATT--AT-TGTAGTT-GTAT
62 AATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTAAATATTTAGTTAGTAT
* *
680061 GGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
127 GGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GTATTGATTTATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
*
680126 TTATTGTAGTTGTATGGATTTAT
186 TTATTGTA-TTGTATGGATTGAT
*
680149 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
1 TTATTTTAAATAA-TTATGA-T-TG-ATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
*
680214 AATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT--AT-TGTAGTT-GTAT
62 AATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTAAATATTTAGTTAGTAT
*
680275 GGATTGA-TTA--TT--AGTATGTATTG----ATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTG
127 GGATTGATTTATTTTAAAATATGTATTGATTTATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTG
*
680331 TTGTTGTATGGATTGAT
192 -TATTGTATGGATTGAT
*
680348 TTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT
1 TTATTTTAAATAA-TTA-T-GATT-GATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
* * * * *
680409 --TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTT-AAATA---ATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTT
62 AATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATT--TATTAAAT-ATTTA-GTT
* * ** * * * *
680467 AAAATATTGATTGATTTATTATTGTAGT-TGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA
122 --AGTATGGATTGATTTATT-TTAAAATATGTATTGATTTATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGA
* * * ***
680531 TGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
178 TTGATTTA-TTATTGTATTGTATGGATTGAT
* * * * ** ** * **
680562 TTATTATT--GTAGTTGT-ATAGATTGATTTATTTT-AAATAATTTATTAGTATGGA-TTGATTT
1 TTATT-TTAAATAATTATGATTGATTGATTTATTTTAAAAT-ATGGATT-G-ATTTATTTTAAAT
* * * ***
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* * *
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*
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* * *
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* * ***
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* *
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* * ***
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*
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* * * *
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* *** * *
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*
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* ** ** ** *
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* ** * * *
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*
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*
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* * ** *
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* *
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*
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** * * * * * * * *
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** * * * *** * * *
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*
681623 GATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTTTATGGATTGATTTATTTTAAATACT
60 GATTTATTTTAAAATATGGATTG----ATTA-T-TAG---TATGGATTGATTAATTTTAAA-A--
* * * ***
681688 TTATTAGTTTGGATTTATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT
113 -TA-TGGATT-GATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT
* * *
681752 AGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGATTTATTATTTTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAA
174 GGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAA
* *
681817 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATA
239 ATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATG
* * * * *
681855 GATTGATTTATTTTAAATAATTTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-
1 GATTGATTTA-TTT-AAT-ATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGTATGGATTGAT
* ** *
681919 TTATTGTAGTTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATATATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAA
63 TTATTTTA-AAATATGGATTG----A---T---T-AT-TA---GTATGGATTGATTAATTTTAAA
* * *
681984 ATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATTGAATGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGA
112 ATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGA
* * *
682049 TTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTACTATGGATTAATTTATT
177 TTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATT
* * ***
682113 TT-AA-AA--TATT-G-ATTG-ATTTA-TTATTGTAGTTGTATG
235 TTAAATAATTTATTAGTA-TGAATTGATTTATTTTA-AAATATG
* *
682149 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTT-AAA-A--TATGGATTGAT
1 GATTGATTTA-TTT-AAT-ATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGTATGGATTGAT
* * * *
682210 TTATTTT-AAATA---A-T--TTATTACTATGTATTGATTTATTTTAAAATATAGATTGATTTAT
63 TTATTTTAAAATATGGATTGATTATTAGTATGGATTGATTAATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
* *
682268 TATTGTAGTTGTATAGA-TGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTGAAAA
128 TATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
682332 TATGGATTGATTTATT
193 TATGGATTGATTTATT
682348 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 1798, Mismatches: 196, Indels: 319
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
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264 4 0.00
265 4 0.00
266 1 0.00
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281 1 0.00
282 4 0.00
283 1 0.00
285 1 0.00
286 1 0.00
288 3 0.00
289 3 0.00
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303 1 0.00
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Consensus pattern (276 bp):
GATTGATTTATTTAATATGTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGTATGGATTGATTTA
TTTTAAAATATGGATTGATTATTAGTATGGATTGATTAATTTTAAAATATGGATTGATTTATTAT
TGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATAT
GGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGA
TTTATTTTAAAATATG
Found at i:680622 original size:32 final size:32
Alignment explanation
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Period size: 32 Copynumber: 4.7 Consensus size: 32
680566 TATTGTAGTT
*
680576 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
680608 GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
1 GTATGGATTGATTTATTTT-AAATA---ATTTA-TTA
* * * *
680645 TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTA
1 GTA-TGGA-TTG-AT--TTA----T-TTTAAATAATTTATTA
*
680687 GTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
680719 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
680741 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 13, Indels: 30
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (32 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:680623 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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680590 ATTTTAAATA
*
680600 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
680618 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
680640 ATTTATTA
1 ATTTATTA
680648 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:680713 original size:111 final size:112
Alignment explanation
Indices: 680576--682214 Score: 663
Period size: 112 Copynumber: 14.6 Consensus size: 112
680566 TATTGTAGTT
*
680576 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
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66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
680687 GTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
680752 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* * * * * ***
680799 GTATGAATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTG
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTG
* *
680857 ATTTATTTAAATAATTTA-TTAGTTTGGATTGA-TTATTTTAAATAATTTATTA
65 ATTTA-TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* * * * ***
680909 GTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTG
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTG
* *
680967 ATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTA
65 ATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTT--AA-AT--A---ATTTATTA
* * * ** * * * * ** *
681029 TTGTAGTTGTATGGATTGA-TTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTAAATAA
1 --GTA--TGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTA--TGGATTG-ATTTATTTT-AA-AA
* * * * *** *
681093 TTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-
56 --TA-T-GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
*
681148 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
* *
681213 TTTATTATTGTAGTTGTATGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTA
66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
** * * *** * * * * *
681260 GTATGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATTGGTTTATTTTAAATTA-TTTATTAGTATAGATT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATT
*** * *
681323 GATTTA-T-TT-TA-AAATATTGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-
64 GATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
681362 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-G
* * * * ***
681427 TATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
60 GATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* * *** *** *
681480 GTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TATT-G-ATTGATTTA-TTAAAATAGTTGTATGGGTTG
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTG
*
681538 ATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTA-TTT--A-AA---A--A
65 ATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
681583 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
* *
681647 TTTATTATTGTAGTTTTATGGATTGATTTATTTTAAATACTTTATTA
66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* * **
681694 GTTTGGATTTATTTA-TTT---TAA---A--A-TATGGATTGATTTATTTT-AAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAAT-ATGGATT-
** * *** * * *
681748 GTATAGATTGATT-TA-TTTTAAAATATTGATTGA-TTT-ATTATTTTAGTT-
64 G-ATTTATT-ATTGTAGTTGT-ATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
*
681796 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATAGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
** *
681861 TTTATTTTAAATAAT-TTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
66 TTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTT-AAATA---ATTTA-TTA
* * ** * * * * *
681919 TTATTGTAGTTATATGGATTGA-TTTATTTTAAATAATATA-TTTGTATGGATTGATTTATTTTA
1 GTA-TG--G--AT-T-GATTTATTTTA-AATAATTTAT-TAGTATGGATTGA----TTTATTTTA
* *
681982 AAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATTGAATGATTTATTTTAAATAATTTATTA
53 AAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* ** ** * ** * * *
682042 GTTTGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATT-G-ATTTATTTTAAATAATTTATTACTATGGAT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATGGA-TTGATTTATTTTA-AAATATGGAT
* *** * *
682104 TAATTTA-T-TT-TA-AAATATTGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-
63 TGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTA
*
682144 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
682209 TTTATT
66 TTTATT
682215 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 1175, Mismatches: 202, Indels: 310
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
101 4 0.00
102 159 0.14
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104 30 0.03
105 20 0.02
106 66 0.06
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109 16 0.01
110 99 0.08
111 169 0.14
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139 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (112 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:680721 original size:191 final size:191
Alignment explanation
Indices: 680192--681281 Score: 1509
Period size: 191 Copynumber: 5.7 Consensus size: 191
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*
680192 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * * ** *
680257 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGA-TTA-TTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTA-AAT-AATTTA-TTAGTTT-GGAT-T-GATTT
* * * * * *
680320 A-TTT-ATTATTGTTGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTT
125 ATTTTAAATAAT-TTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-TGGATT-GATTTA-TT
* ***
680382 ATTTTA-AAA
182 ATTGTAGTTG
* * **
680391 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTT-AAATAATTTATTA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAAT-ATGGATT-
** * *** * * *
680448 GTATGAATTGATT-TA-TTTTAAAATATTGATTGATTT--ATTATTGTAGTT-GTATGGATTGAT
63 G-ATTTATT-ATTGTAGTTGT-ATGGATTGATTTATTTAAATAATT-TA-TTAGTTTGGATTGAT
680508 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
123 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
680573 GTTG
188 GTTG
* *
680577 TATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
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66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
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131 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
680768 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
680833 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGA-TTATTTTA
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
680897 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
131 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
680958 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
681023 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
681088 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
131 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
681149 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * *
681214 TTATTATTGTAGTTGTATGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTT
681279 AAA
130 AAA
681282 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 45, Indels: 63
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
185 7 0.01
186 18 0.02
187 4 0.00
188 4 0.00
189 3 0.00
190 220 0.27
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199 14 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (191 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
Found at i:680734 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 680711--680758 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
680701 ATTTTAAATA
*
680711 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
680729 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
680751 ATTTATTA
1 ATTTATTA
680759 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
20 4 0.16
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:680885 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 680847--680926 Score: 135
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
680837 TATTGTAGTT
680847 GTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTA
*
680878 GTTTGGATTGA-TTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTA
680909 GTATGGATTGATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTT
680927 TAAAATATGG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.07
31 39 0.87
32 3 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.15, T:0.54
Consensus pattern (31 bp):
GTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTA
Found at i:680924 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 680901--680948 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
680891 ATTTTAAATA
*
680901 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
680919 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
680941 ATTTATTA
1 ATTTATTA
680949 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
20 4 0.16
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:680944 original size:110 final size:112
Alignment explanation
Indices: 680767--681121 Score: 462
Period size: 111 Copynumber: 3.2 Consensus size: 112
680757 TATTGTAGTT
680767 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
680832 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTA
66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
680878 GTTTGGATTGA-TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
680942 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
66 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* * * * ***
680989 GTATGAATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTG-ATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA-TGAATTGATTTATTTTA-AAATATGGATT
* *
681046 GATTTATTTAAATAATTTA-TTAGTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
64 GATTTA-TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
681100 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
681122 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 13, Indels: 21
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
105 7 0.03
106 20 0.09
107 5 0.02
108 2 0.01
109 2 0.01
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112 9 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (112 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:680968 original size:381 final size:388
Alignment explanation
Indices: 680192--681866 Score: 1762
Period size: 381 Copynumber: 4.2 Consensus size: 388
680182 TATTTTAAAA
680192 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * * ** *
680257 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGA-TTA-TTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTA-AAT-AATTTA-TTAGTTT-GGAT-T-GATTT
* * * * *
680320 A-TTT-ATTATTGTTGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTT
125 ATTTTAAATAAT-TTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAA-TTATTGGATT-GATTGATTT
* * *
680382 ATTTTA-AAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTT-AAA
187 ATTGTAGAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAA
** ** * *** * *
680438 TAATTTATTAGTATGAATTGATT-TA-TTTTAAAATATTGATTGA-TTT--ATTATTGTAGTT-G
251 T-ATGGATT-G-ATTTATT-ATTGTAGTTGT-ATGGATTGATTTATTTTAAATAATT-TA-TTAG
680497 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
309 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
680562 TTATTATTGTAGTTG
374 TTATTATTGTAGTTG
*
680577 TATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
680642 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
* **
680707 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA-TA-TGGATTGATTTA-TTATTGTAGTT
131 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTATTGGATTGATTGATTTATTGTAGAA
*
680767 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
196 ATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
*
680832 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGA-TTATTT
261 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
680895 TAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
326 TAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
*
680958 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
681023 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
* **
681088 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA-TA-TGGATTGATTTA-TTATTGTAGTT
131 AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTATTGGATTGATTGATTTATTGTAGAA
*
681148 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
196 ATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
* *
681213 TTTATTATTGTAGTTGTATGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
261 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTA-TT
* *
681278 TAAAATATGGATTGGTTTATTTTAAATTATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGA
325 T----TA---A-------A---T--A--ATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGA
681343 TTGATTTATTATTGTAGTTG
369 TTGATTTATTATTGTAGTTG
*
681363 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * * *** *
681428 ATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
60 ATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGAT
*
681492 TTATTTTAAAATATTGATTGATTTATTAAAATAGTTGTATGGGTTGATTTATTTTAAATAATTTA
123 TTATTTT--AA-A-T-A---ATTTA-T----TA---GTATGGATTGATTTATTTTAAATAA-TTA
* * * *
681557 TTAGTATGGATTGATTTATT-TAAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTA
171 TT-GGATTGATTGATTTATTGTAGAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAA
*
681621 TTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTTTATGGATTGATTTATTTTAAATA
235 TTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATA
* * * * **
681686 CTTTATTAGTTTGGATTTATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA
300 ATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT--AA-AT--A---ATTTA--TT-AGT-ATGGATT-G-A
* *
681751 TAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGATTTATTATTTTAGTTG
351 T---TT-ATTT----TAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
*
681797 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATAGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
681862 TTATT
66 TTATT
681867 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 71, Indels: 140
0.84 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
376 7 0.01
377 19 0.02
378 4 0.00
379 4 0.00
380 3 0.00
381 381 0.34
382 53 0.05
383 59 0.05
384 13 0.01
385 93 0.08
386 5 0.00
387 3 0.00
388 2 0.00
391 1 0.00
398 1 0.00
401 1 0.00
403 1 0.00
405 104 0.09
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407 2 0.00
409 2 0.00
410 1 0.00
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415 1 0.00
416 1 0.00
417 1 0.00
419 2 0.00
420 11 0.01
421 1 0.00
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423 2 0.00
424 5 0.00
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426 2 0.00
427 2 0.00
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433 6 0.01
434 211 0.19
435 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (388 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTA
AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTATTGGATTGATTGATTTATTGTAGAA
ATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
TAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
Found at i:681093 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 681037--681121 Score: 154
Period size: 32 Copynumber: 2.7 Consensus size: 32
681027 TATTGTAGTT
681037 GTATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
681068 GTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
681100 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
681122 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 1
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 14 0.27
32 37 0.73
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (32 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:681115 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 681092--681139 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
681082 ATTTTAAATA
*
681092 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
681110 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
681132 ATTTATTA
1 ATTTATTA
681140 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
20 4 0.16
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:681271 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 681228--681340 Score: 109
Period size: 32 Copynumber: 3.8 Consensus size: 31
681218 TATTGTAGTT
*
681228 GTATGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATA-TTTATTA
681260 GTATGGATTGATTTATTTT--A-A---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTATTA
*
681283 -TATGGATTGGTTTATTTTAAATTATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA-TATTTATTA
*
681314 GTATAGATTGATTTATTTTAAAATATT
1 GTATGGATTGATTTATTTT-AAATATT
681341 GATTGATTTA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 22
0.72 0.04 0.24
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.26
23 1 0.02
24 1 0.02
25 1 0.02
26 1 0.02
29 2 0.03
30 1 0.02
31 1 0.02
32 38 0.58
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ACGTcount: A:0.32, C:0.01, G:0.13, T:0.54
Consensus pattern (31 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTATTA
Found at i:681286 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 681261--681303 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
681251 ACTTTATTAG
681261 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
*
681283 TATGGATTGGTTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
681304 TTATTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.16, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAAA
Found at i:681331 original size:214 final size:213
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Indices: 680417--682214 Score: 1560
Period size: 214 Copynumber: 8.3 Consensus size: 213
680407 ATTGTAGTTG
* *
680417 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
680482 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
*
680547 AAAATATGGATTGATTTA-TT-ATTGTAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
131 AAAATATGGATTGATTTATTTAATTGTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAAT-ATTTATT-GT
680610 ATGGATTGATTTATTTTAAAA
193 ATGGATTGATTTATTTTAAAA
*
680631 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTT---TAA---A--A-T
* * *
680689 TTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
56 ATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
* * * *** * *
680747 ATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGAT
114 ATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA-TTT-AAT--TGTATT-GTATGGATTGAT
* * * * ***
680811 TTATTTTAAA-A--TA-TGGATTGATTTA-TTATTGTAGTTG
173 TTATTTTAAATATTTATTGTATGGATTGATTTATTTTA-AAA
* *
680848 TATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGA-TTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * * *** *
680911 ATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGA
60 ATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGA
* * * ***
680968 TTTATTTTAAATAATTTAT-TAGTATGAATTGATTT-ATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT-
123 TTTATTTT-AA-AA--TATGGA-T-TG-ATTTATTTAATTGTATTGTATGGATTGATTTATTTTA
*
681028 -AT-TGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTAAATAATTTATTA
181 AATATTTA-TTGTATGGATTGATTTATTT---TAA---A--A
*
681068 GTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
1 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGA
*
681133 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTT
65 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
*
681198 TAAAATATGGATTGATTTA-TT-ATTGTAGTTGTATGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTAG
130 TAAAATATGGATTGATTTATTTAATTGTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAATA-TTTATT-G
681261 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
192 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
* * * *
681283 TATGGATTGGTTTATTTTAAATTATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
681348 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
* * * * ***
681413 AAATAATTTATTAGTATGGATTGATTT-ATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA
131 -AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATTTAATTGTATTGTATGGATTGATTTATTTTAAAT-ATTTA
681477 TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
189 TT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAA
* *
681503 TATTGATTGATTTA--TT-AA-AA--TAGTT-GTATGGGTTGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-G
* * * **** *
681561 TATGGATTGATTTATT-TAAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGA
59 GATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGA
*
681625 TTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TT-ATTGTAGTTTTATGGATTGATTTATTTTAAATACT
123 TTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTAATTGTA-TTGTATGGATTGATTTATTTTAAATA-T
* *
681688 TTATTAGTTTGGATTTATTTATTTTAAAA
186 TTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAAA
* *
681717 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
681782 TTATTATTTTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
* * *
681847 AAAATATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA-A--TA-T
131 AAAATATGGATTGATTTA-TTT-AAT--TGTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTATT
* * * * **
681908 GGATTGATTTA-TTATTGTAGTTA
191 GTATGGATTGATTTATTTTA-AAA
* *
681931 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATATATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * *
681996 TTATTATTGTAGTTGTATTGAATGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTT
66 TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
* * *
682061 AAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTACTATGGATTAATTTATTTTAAA-A--TATT
131 AAAATATGGATTGATTTA-TTT-AAT--TGTATT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTATT
* * * ***
682123 G-ATTGATTTA-TTATTGTAGTTG
191 GTATGGATTGATTTATTTTA-AAA
*
682145 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
682210 TTATT
66 TTATT
682215 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 1320, Mismatches: 146, Indels: 236
0.78 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
208 21 0.02
209 3 0.00
210 10 0.01
211 3 0.00
212 47 0.04
213 39 0.03
214 579 0.44
215 18 0.01
216 51 0.04
217 111 0.08
218 34 0.03
219 31 0.02
220 177 0.13
221 49 0.04
222 53 0.04
223 94 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (213 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
TTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
AAAATATGGATTGATTTATTTAATTGTATTGTATGGATTGATTTATTTTAAATATTTATTGTATG
GATTGATTTATTTTAAAA
Found at i:681400 original size:32 final size:32
Alignment explanation
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*
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*
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**
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* * *
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*
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* *
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* * *
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* **
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* * *
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** *
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129 TAAAA
* ** * * * ***
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*
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* * * ***
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* * *
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130 AAAA
*
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* *
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* * * ***
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*
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* * *
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130 AAAA
** ** * ** * * * ***
680899 TAATTTATTAGTATGGA-TTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATG
1 T-ATGGATT-G-ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTA-T-TT-TA-AAATATG
* * *
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* * ***
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117 ATTGATTTATTTTA-AAA
* *
681038 TATGGATTGATTTA-TTTAAATAATTTATTAGTTTGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GG
* * ** *
681102 ATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGAT
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681160 TTATTTT-AAA
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* * * * * * ***
681170 TA---ATTTA-TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTA
1 TATGGATTGATTTA-TTTTAAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGATTTA-T-TT-TA-AAATA
* ** * *
681231 TGGTTTGATTTATTTTAAATACTTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATTGGTT
57 TGGATTGATTTA--TT--AT--TTTATTA-TATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTA
*** * * * *
681295 TATTTTAAATTA-TTTATTAG
114 TGGATTGATTTATTTTA-AAA
* * * * ***
681315 TATAGATTGATTTATTTT-AA-AA--TATT-G-ATTGATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA-AAATATGGATTGA
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123 TTATTTTAAAA
*
681449 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*** * * *
681514 TTATTAAAATAGTTGTATGGGTTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTA
66 TTATTATTTTA-TTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT
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130 AAAA
*
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * * *
681648 TTATTATTGTAGTTTTATGGATTGATTTATTTTAAATACTTTATTAGTTTGGATTTATTTATTTT
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130 AAAA
* *
681717 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
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130 AAAA
* *
681851 TATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTTTTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
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* * *
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130 AAAA
* * * *
681985 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATTGAATGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-TGG
* * ** * *
682043 TTTGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTACTATGGATTAAT
60 ATT-GATTTA-TTATTTTATTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAT
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123 TTATTTTAAAA
* * *
682119 TATTGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAT-TA
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* ** * *
682176 GTATGTATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTACTATGTATTGA
61 -T-TG-ATTTA-TTATTTTATTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGA
682241 TTTATTTTAAAA
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*
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Statistics
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0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
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TTATTATTTTATTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTA
AAA
Found at i:682054 original size:32 final size:30
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*
682104 TAATTTATTTTAAA
1 TGATTTATTTTAAA
682118 ATATTGATTG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 1, Indels: 20
0.73 0.01 0.26
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.28
24 1 0.02
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Found at i:682149 original size:80 final size:80
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Indices: 682065--682214 Score: 264
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*
682065 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTACTATGGATTAATTTATTTTAAAATATTGATTGAT
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* * *
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682210 TTATT
66 TTATT
682215 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 0
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TTATTATTGTAGTTG
Found at i:682186 original size:32 final size:32
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Indices: 682144--682251 Score: 128
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682134 TATTGTAGTT
*
682144 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
682176 GTATGTATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
682202 G---G-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
682230 CTATGTATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGTATTGATTTATTTTAAA
682252 ATATAGATTG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 2, Indels: 20
0.74 0.02 0.23
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.20
23 3 0.05
24 2 0.03
26 3 0.05
27 2 0.03
28 2 0.03
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ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.11, T:0.54
Consensus pattern (32 bp):
GTATGTATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Done.