Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 8 of 8
Found at i:2201384 original size:32 final size:31
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Indices: 2201340--2201447 Score: 126
Period size: 32 Copynumber: 3.7 Consensus size: 31
2201330 TATTGTAGTT
2201340 GTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201372 GTATGTATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTATG-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201398 G---GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201426 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTAT-GATTGATTTATTTTAAA
2201448 ATATGGATTG
Statistics
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32 34 0.52
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GTATGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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2201363 AATTTATTAG
*
2201373 TATGTATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
2201395 TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
2201416 TAATTTATTA
Statistics
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22 20 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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2201255 TATTAGTATG
*
2201265 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
* *
2201330 TATTGTAGTTGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTGATTTATTTTAAAA
66 TATTGTAGTTGTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
*
2201395 TATG
131 TATA
*
2201399 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
2201464 TATTGTAGTTGTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
66 TATTGTAGTTGTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
2201529 TATA
131 TATA
2201533 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTAT-AGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGA-ATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA
* * *
2201597 TTTTAAATAATTTA-TTAGTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTAATTTA
65 --TT--AT--TGTAGTT-GTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTA
2201661 TTTTAAAATATA
123 TTTTAAAATATA
2201673 GATTGATTTATT
1 GATTGATTTATT
2201685 ATTGTAGTTG
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 9, Indels: 10
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 191 0.71
136 2 0.01
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139 2 0.01
140 72 0.27
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.12, T:0.54
Consensus pattern (134 bp):
GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTAT
TATTGTAGTTGTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
TATA
Found at i:2201441 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2201418--2201465 Score: 51
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2201408 ATTTTAAATA
*
2201418 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
2201436 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
2201458 ATTTATTA
1 ATTTATTA
2201466 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
20 4 0.16
22 15 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
ATTTATTAATATGGATTG
Found at i:2201520 original size:32 final size:32
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Indices: 2201474--2201667 Score: 203
Period size: 32 Copynumber: 6.7 Consensus size: 32
2201464 TATTGTAGTT
*
2201474 GTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201506 GTATGGATTGATTTATTTT--A-AA---A-TA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201531 -TA--GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
2201560 GTATAGATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
2201583 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
* *
2201614 GTATTGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
2201646 GTATGGATTAATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
2201668 ATATAGATTG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 6, Indels: 40
0.75 0.03 0.22
Matches are distributed among these distances:
22 27 0.20
23 4 0.03
24 3 0.02
25 5 0.04
26 4 0.03
28 4 0.03
29 5 0.04
30 3 0.02
31 4 0.03
32 77 0.57
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.11, T:0.54
Consensus pattern (32 bp):
GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:2201536 original size:22 final size:22
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Indices: 2201511--2201603 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 3.8 Consensus size: 22
2201501 TATTAGTATG
2201511 GATTGATTTATTTTAAAATATA
1 GATTGATTTATTTTAAAATATA
2201533 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-TA
* *
2201560 GTATAGATTGATTTATTTTAAAATATG
1 G-ATTGA-T---TTATTTTAAAATATA
2201587 GATTGATTTATTTTAAA
1 GATTGATTTATTTTAAA
2201604 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 20
0.72 0.04 0.25
Matches are distributed among these distances:
22 24 0.41
23 2 0.03
24 2 0.03
25 1 0.02
26 6 0.10
27 5 0.09
28 6 0.10
29 1 0.02
30 2 0.03
31 2 0.03
32 7 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.11, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
GATTGATTTATTTTAAAATATA
Found at i:2201555 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 2201479--2201786 Score: 345
Period size: 54 Copynumber: 5.6 Consensus size: 54
2201469 TAGTTGTATT
*
2201479 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATA
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATA
*
2201533 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATG
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATA
*
2201587 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATTGATTGATTTATTTT--AA-ATA
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATA
* * * ** * * * ** *
2201638 -ATTTATTTGTATGGATTAATTTATTTTAAAATATAGATTGATTTATTATTGTAGTTGTA
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTA--TT--AGTATAGATTGATTTATT-TT-AAAATATA
* * *
2201697 CGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAATATGGATTGATTTATTTTAAAAATATG
1 -G-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTT-AAAATATA
*
2201754 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTATTATAG
1 GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAG
2201787 TTGTATGGAT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 30, Indels: 23
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
50 17 0.08
51 2 0.01
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59 2 0.01
60 2 0.01
62 17 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.11, T:0.53
Consensus pattern (54 bp):
GATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATA
Found at i:2201739 original size:18 final size:19
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Indices: 2201718--2201765 Score: 53
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
2201708 ATTTTAAATA
2201718 ATTTATT-AATATGGATTG
1 ATTTATTAAATATGGATTG
2201736 ATTTATTTTAAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AAATATGGATTG
2201759 ATTTATT
1 ATTTATT
2201766 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 7
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.20
20 2 0.08
21 2 0.08
23 16 0.64
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Consensus pattern (19 bp):
ATTTATTAAATATGGATTG
Found at i:2201751 original size:23 final size:23
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Indices: 2201725--2201770 Score: 92
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2201715 ATAATTTATT
2201725 AATATGGATTGATTTATTTTAAA
1 AATATGGATTGATTTATTTTAAA
2201748 AATATGGATTGATTTATTTTAAA
1 AATATGGATTGATTTATTTTAAA
2201771 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.13, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
AATATGGATTGATTTATTTTAAA
Found at i:2201830 original size:31 final size:31
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Indices: 2201795--2201853 Score: 100
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
2201785 AGTTGTATGG
* *
2201795 ATTATTTAAATTTCAGTATTGTAAAACTAAA
1 ATTATTTAAATATCAGTATTGCAAAACTAAA
2201826 ATTATTTAAATATCAGTATTGCAAAACT
1 ATTATTTAAATATCAGTATTGCAAAACT
2201854 CTTTTAAGTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
ATTATTTAAATATCAGTATTGCAAAACTAAA
Found at i:2202788 original size:229 final size:227
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Indices: 2202378--2202826 Score: 781
Period size: 229 Copynumber: 2.0 Consensus size: 227
2202368 GTAAATTATC
* * *
2202378 TATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAATATATTTATTATTATCTTTAGT
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAACATATTTATTATTATATTTAGT
**
2202443 TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTT
66 TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAAAATTT
* *
2202508 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTG
131 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAAGTGGAAAACATAAAACACTATTAAAAAAATTG
2202573 AAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAGTATA
196 AAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAGTATA
*
2202606 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTTGAAAACATATTTATTATTATATTTGG
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTG-TGAAAACATATTTATTATTATATTTAG
*
2202671 TTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAAAATT
65 TTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAAAATT
* *
2202736 TTGTGTAAATTAAATTATTAAATTAATATTGTAAGTGGAAAACATAAAACACTATTAAATAAATT
130 TTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAAGTGGAAAACATAAAACACTATTAAAAAAATT
2202801 GAAACATAAATTACATAACTTTAAAA
195 GAAACATAAATTACATAACTTTAAAA
2202827 GCAGTTTTAA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 11, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
228 40 0.19
229 169 0.81
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (227 bp):
TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGAAAACATATTTATTATTATATTTAGT
TAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAAAATTT
TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAAGTGGAAAACATAAAACACTATTAAAAAAATTG
AAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAGTATA
Found at i:2202915 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2202892--2202938 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
2202882 CGATATACCA
2202892 GGTAAAAATATGATAAAACC
1 GGTAAAAA-ATGATAAAACC
2202912 GGTAACAAAATGATAAAACC
1 GGTAA-AAAATGATAAAACC
*
2202932 GATAAAA
1 GGTAAAA
2202939 TTAAAAGTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.08
20 20 0.80
21 3 0.12
ACGTcount: A:0.57, C:0.11, G:0.15, T:0.17
Consensus pattern (19 bp):
GGTAAAAAATGATAAAACC
Found at i:2205444 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 2205402--2205467 Score: 96
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
2205392 AAATAGATGG
*
2205402 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTGAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
***
2205435 AGTGGTGAAAGAAGTTTCGGTGTTAAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
2205468 TATTAAGATG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 29 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.45, T:0.24
Consensus pattern (33 bp):
AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
Found at i:2207305 original size:19 final size:19
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Indices: 2207261--2207304 Score: 72
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
2207251 AATGTCGAGT
2207261 TAATTTTGTATAAGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
2207280 TAATTTTGTATACGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
2207299 T-ATTTT
1 TAATTTT
2207305 TTTATGTGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.21
19 19 0.79
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.09, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTGTATAAGATTTA
Found at i:2207734 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 2207387--2207813 Score: 764
Period size: 199 Copynumber: 2.1 Consensus size: 199
2207377 TTAAGGGTCA
* * *
2207387 TGTCGATACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTTCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATC
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCACC
2207452 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
66 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
*
2207517 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
131 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATAATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
2207582 AATG
196 AATG
*
2207586 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACATGGTGCACC
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCACC
* * *
2207651 CATAAAGTGTCGATCCATATATAAAACGTGTCGATCCCAATATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
66 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
*
2207716 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATAATACCGGTTTTATGAGAGAATATGTCTAAAT
131 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATAATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
2207781 AATG
196 AATG
*
2207785 TGTCGACACTAATATATTTTGTGTCGATA
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATA
2207814 CTAATTTAAA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 10, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
199 218 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (199 bp):
TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCACC
AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATAATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
AATG
Found at i:2210487 original size:181 final size:184
Alignment explanation
Indices: 2210050--2210534 Score: 904
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 184
2210040 CTTTCAACAT
**
2210050 ATTATAATAAAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTCTTATGCGCGAATA
1 ATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTCTTATGCGCGAATA
2210115 GGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCATATTGGAAGAAA
66 GGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCATATTGGAAGAAA
2210180 AATGTGTCGATACGATTTAAAAAAGTGTCGACATTTTACACATCGGAACCCATA
131 AATGTGTCGATACGATTTAAAAAAGTGTCGACATTTTACACATCGGAACCCATA
2210234 ATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTCTTATGCGCGAATA
1 ATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTCTTATGCGCGAATA
2210299 GGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTAC-TT-TGTCCATATTGGAAGAAA
66 GGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCATATTGGAAGAAA
2210362 AATGTGTCGATACGATTT-AAAAAGTGTCGACATTTTACACATCGGAACCCATA
131 AATGTGTCGATACGATTTAAAAAAGTGTCGACATTTTACACATCGGAACCCATA
* *
2210415 ATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATA
1 ATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTCTTATGCGCGAATA
*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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* *
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* *
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*
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* *
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AAAAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGAT
AGATACTTTACAACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGCGCTACCT
ATTACATCATATTTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATCGACACT
TTTTTTTAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTTTTTAATAGTGTTTTATGTTTTCCACCTACA
ATATTAATTTAATAATTTCATTTACACAAAAAATTATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAA
TATTTAGAATTTAAATTTAACAATATTAACCAAAGATAATAATAAATATGTAATATATATGTTTA
TTATTTTTAATTTAATAATAATATATATCGTAACGTAAAAAATAAATCATTAAACGCCTATAATT
ACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAAAAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAATGAAAA
AAGTATGGACACTTTTATAAAAATGATAGATACTTTACAACTACCTATTACATTATATAAACGAT
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* *
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*
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* *
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*
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*
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**
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*
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*
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* * *
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* *
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** *
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** *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* *
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* ** * *
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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* * *
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*
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* * * *
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*
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* * *
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24 48 0.92
25 2 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (24 bp):
AACATAATTCAGATCAGATATCAG
Found at i:2271305 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2271258--2271305 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
2271248 TTTCGGGTTC
2271258 GAATTTGGAAAACATACTTCA
1 GAATTTGGAAAACATACTTCA
*
2271279 AAATTTGGAAAA-ATGGACTTCA
1 GAATTTGGAAAACAT--ACTTCA
2271301 GAATT
1 GAATT
2271306 GGACCCAAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.09
21 11 0.48
22 10 0.43
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
GAATTTGGAAAACATACTTCA
Found at i:2271790 original size:235 final size:237
Alignment explanation
Indices: 2271347--2271825 Score: 779
Period size: 235 Copynumber: 2.0 Consensus size: 237
2271337 ACTTTTAAAA
*
2271347 AATTTAACTTTTTGTCAAAGTCAACGGTCAACAGTAAACGGGTAGAGTCGGGTCAAACCGGGTCA
1 AATTTAACTTTTTGTCAAAGTCAACGGTCAACAGTAAAC-GG-AGAGTCGAGT---A-CGGGTCA
*
2271412 ACTGCCCCCAATTGTTTTCGAACCTCCCCACGCGCAAGGGCGGCGCTGGGGGCATGAACAGTGAT
60 ACTGCCCCCAATTGTTTTCGAACCTCCCCACGCGCAAGGCCGGCGCTGGGGGCATGAACAGTGAT
* * *
2271477 ATGGTGTCTGAAAAATTTCAAAAAAATATTTTATGGCATTTTGAGACACTTACCAAGCTCGGTTC
125 ACGGTGTCCGAAAAATTTCAAAAAAATATTTTATGGCATTTTGAGACACTTACCAAGCCCGGTTC
2271542 ACAATTTTGAACGGTGGAGAGCTCGATTCCGAAACATCGAAAACTTTG
190 ACAATTTTGAACGGTGGAGAGCTCGATTCCGAAACATCGAAAACTTTG
*
2271590 AATTTAACTTTTTGTCAAAGTCAATGGTCAACAGTAAAC-G-GA-TCGAGT-CGGGTCAACTGCC
1 AATTTAACTTTTTGTCAAAGTCAACGGTCAACAGTAAACGGAGAGTCGAGTACGGGTCAACTGCC
*
2271651 CCCAATTGTTTTCGAACCTCCCCACGCGCAAGGCCGGCGCTGGGGGGCGCATGAACAGTGCTACG
66 CCCAATTGTTTTCGAACCTCCCCACGCGCAAGGCCGGCGCT--GGGG-GCATGAACAGTGATACG
2271716 GTGTCCGAAAAATTTC-AAAAAATATTTTATGGCATTTTGAGACACTTACCAAGCCCGGTTCACA
128 GTGTCCGAAAAATTTCAAAAAAATATTTTATGGCATTTTGAGACACTTACCAAGCCCGGTTCACA
2271780 ATTTTGAACGGTGGAGAGCTCGATTCCGAAACATCGAAAACTTTG
193 ATTTTGAACGGTGGAGAGCTCGATTCCGAAACATCGAAAACTTTG
2271825 A
1 A
2271826 CTTCCTCACT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 7, Indels: 14
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
233 53 0.23
235 97 0.43
236 30 0.13
238 5 0.02
239 2 0.01
241 1 0.00
243 38 0.17
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (237 bp):
AATTTAACTTTTTGTCAAAGTCAACGGTCAACAGTAAACGGAGAGTCGAGTACGGGTCAACTGCC
CCCAATTGTTTTCGAACCTCCCCACGCGCAAGGCCGGCGCTGGGGGCATGAACAGTGATACGGTG
TCCGAAAAATTTCAAAAAAATATTTTATGGCATTTTGAGACACTTACCAAGCCCGGTTCACAATT
TTGAACGGTGGAGAGCTCGATTCCGAAACATCGAAAACTTTG
Found at i:2272866 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2272798--2272868 Score: 88
Period size: 37 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
2272788 CATTTTGAAG
* **
2272798 TTAAAAGAAATAATTTAGATTATTATGGTGAAATAA
1 TTAAAAGAAATAATTTAGAATATTACAGTGAAATAA
* *
2272834 TTAAATAGTAATAATTTAGAATGTTACAGTGAAAT
1 TTAAA-AGAAATAATTTAGAATATTACAGTGAAAT
2272869 GATTTAAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 5 0.17
37 24 0.83
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
TTAAAAGAAATAATTTAGAATATTACAGTGAAATAA
Found at i:2274013 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2273977--2274047 Score: 133
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
2273967 AAATACAAGA
2273977 AGAAGAATTAGATGAACTTTAATAGTAGCC
1 AGAAGAATTAGATGAACTTTAATAGTAGCC
2274007 AGAAGAATTAGATGAACTTTAATAGTAGCC
1 AGAAGAATTAGATGAACTTTAATAGTAGCC
*
2274037 AGAAGAGTTAG
1 AGAAGAATTAG
2274048 TAAAAGAGGT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 40 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (30 bp):
AGAAGAATTAGATGAACTTTAATAGTAGCC
Found at i:2275599 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2275582--2275618 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
2275572 GATTGTGTTA
*
2275582 AACATAAAT-AAATG
1 AACATAAATCAAACG
2275596 AACAT-AATCAAACG
1 AACATAAATCAAACG
2275610 AACATAAAT
1 AACATAAAT
2275619 GAACATAACC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.15
14 14 0.70
15 3 0.15
ACGTcount: A:0.62, C:0.14, G:0.05, T:0.19
Consensus pattern (15 bp):
AACATAAATCAAACG
Found at i:2285448 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2285441--2285478 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
2285431 TTTGTATTAG
2285441 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
2285479 TTTTGTAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:2286027 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2285951--2286027 Score: 102
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
2285941 TTTTTATATT
*
2285951 TTTAATTTTGTAAAAAAATATATATAAATATTATGAA
1 TTTAATTTTGTAAAAAAATATATATAAATATTATCAA
* * *
2285988 TTTAATTTTTTAAAGAAA-ATATATAAATATTTTACAA
1 TTTAATTTTGTAAAAAAATATATATAAATATTAT-CAA
2286025 TTT
1 TTT
2286028 GTAATATTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 14 0.40
37 21 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
TTTAATTTTGTAAAAAAATATATATAAATATTATCAA
Found at i:2287600 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2287567--2287602 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
2287557 GTATAAGTGT
*
2287567 AAAATATTATAATAATTAC
1 AAAATAGTATAATAATTAC
2287586 AAAATAGTA-AATAATTA
1 AAAATAGTATAATAATTA
2287603 GCATCAAAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.61, C:0.03, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAGTATAATAATTAC
Found at i:2304524 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2304508--2304533 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
2304498 TCTTTATTTT
2304508 CTCCTATTACATG
1 CTCCTATTACATG
2304521 CTCCTATTACATG
1 CTCCTATTACATG
2304534 TGTTAAGGTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (13 bp):
CTCCTATTACATG
Done.