genome.fa.s7879.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007879.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110257_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1117421

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661739--661772	17	2.0	17	88	0	50	47	0	17	35	1.48
667325--667363	17	2.4	17	86	4	53	48	0	0	51	1.00
672208--672235	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
673035--673092	24	2.3	24	80	11	64	44	0	6	48	1.29
676780--676876	28	3.5	28	86	0	140	38	20	19	21	1.94
679322--679346	6	4.2	6	100	0	50	16	32	36	16	1.90
680261--680294	13	2.6	13	100	0	68	50	14	11	23	1.76
695852--695881	15	1.9	16	93	6	53	26	0	20	53	1.46
698866--698923	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
703992--704152	49	3.0	52	79	14	170	26	11	24	36	1.90
707590--707636	24	2.0	24	100	0	94	21	17	6	55	1.64
707593--707641	24	2.0	24	88	0	71	24	16	6	53	1.66
708237--708313	31	2.5	31	89	0	118	33	15	15	35	1.89
709544--709586	19	2.2	19	87	8	59	48	4	2	44	1.36
712686--712760	38	2.0	37	82	10	91	48	4	2	45	1.35
714755--714784	15	2.0	15	93	0	51	16	0	23	60	1.36
717414--717771	179	2.0	177	97	2	682	30	17	22	30	1.97
721395--721455	30	2.0	30	100	0	122	19	13	24	42	1.87
728588--728939	180	2.0	172	93	6	600	33	14	6	45	1.71
729641--729666	10	2.6	10	100	0	52	34	53	0	11	1.37
730395--730518	61	2.0	61	90	4	198	43	3	6	46	1.45
731635--731696	31	2.0	31	100	0	124	22	16	38	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731775--731862	29	3.0	29	84	0	122	19	32	32	14	1.92
733720--733795	29	2.6	29	97	0	143	13	36	23	26	1.91
733845--733916	20	3.5	20	80	10	81	25	31	33	9	1.88
733843--733916	10	7.1	10	74	8	67	24	31	35	9	1.87
733867--733953	33	2.6	33	87	3	113	26	25	37	10	1.88
733957--734012	29	1.9	29	89	7	87	21	30	33	14	1.93
737103--737294	62	3.2	61	87	2	253	39	10	9	40	1.73
737275--737820	274	2.0	273	98	1	1051	29	21	14	34	1.93
738276--738306	16	1.9	16	100	0	62	19	38	12	29	1.89
738606--738630	11	2.3	11	100	0	50	16	24	0	60	1.36
743258--743341	42	2.0	43	86	6	118	23	8	11	55	1.63
743717--743833	35	3.4	34	84	4	144	27	16	20	35	1.94
745136--745168	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
745100--745188	44	2.0	46	88	6	137	25	33	30	10	1.89
745174--745230	10	5.4	10	74	12	51	26	26	40	7	1.81
745150--745234	33	2.6	33	92	0	134	25	28	37	8	1.85
745337--745413	10	7.7	10	73	16	61	14	25	32	27	1.94
745337--745414	20	3.9	20	89	0	120	14	26	32	26	1.94
745453--745510	29	2.0	29	89	0	89	22	24	37	15	1.93
747488--747529	2	20.0	2	90	9	66	47	0	4	47	1.23
755675--756058	191	2.0	192	94	4	688	28	19	16	34	1.94
756204--756243	18	2.2	18	90	0	62	37	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759399--759546	59	2.5	59	93	2	253	35	16	19	29	1.93
764982--765140	21	7.6	21	88	6	200	40	22	21	15	1.90
767727--767766	17	2.4	17	87	8	55	75	0	25	0	0.81
767727--767796	5	13.2	5	73	20	54	72	0	21	5	1.05
767727--767796	11	6.5	11	76	11	56	72	0	21	5	1.05
770408--771508	54	20.3	54	82	6	1151	33	17	24	24	1.96
770408--771434	324	3.2	323	88	3	1431	33	17	24	24	1.96
771374--771620	55	4.5	55	85	4	286	35	14	23	27	1.93
776139--776180	22	1.9	22	90	0	66	47	30	0	21	1.51
776572--776610	19	2.0	21	90	10	64	53	0	0	46	1.00
777135--777276	26	5.5	26	89	3	223	31	7	30	29	1.85
778471--778628	82	2.0	80	91	2	253	43	8	21	25	1.81
779320--779366	23	2.1	23	84	11	62	48	0	0	51	1.00
779973--780027	21	2.6	21	97	0	101	47	9	7	36	1.63
782480--782559	41	2.0	39	85	4	106	38	3	32	25	1.73
786225--786594	24	16.8	21	76	19	130	60	1	0	38	1.10
786254--786591	17	20.8	15	71	22	122	59	1	0	39	1.08
786244--786628	5	77.6	5	80	16	412	58	1	0	39	1.09
791665--791710	18	2.5	19	78	7	58	47	17	8	26	1.76
793312--793338	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
796113--796147	18	2.1	16	89	10	52	2	20	17	60	1.49
796679--796793	60	1.9	60	87	3	169	44	13	7	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797019--797082	31	2.0	32	87	3	94	56	3	9	31	1.47
798991--799242	43	5.9	43	80	5	242	27	21	21	28	1.99
799016--799264	86	2.9	83	81	7	275	28	21	21	28	1.99
803058--803478	41	10.1	41	78	8	357	35	18	17	28	1.94
803360--803488	40	3.2	40	79	7	134	39	19	11	29	1.87
804040--804077	16	2.4	16	86	0	58	7	5	21	65	1.38
807557--807714	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
807701--807870	20	8.4	20	80	5	119	35	25	18	20	1.95
807682--807870	40	4.7	40	82	3	193	35	24	19	20	1.95
807682--807870	60	3.1	60	83	0	243	35	24	19	20	1.95
808254--808324	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
808445--808499	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
808445--808515	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
808511--808608	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
808533--808622	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
808516--808630	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
810329--810707	92	4.1	93	98	0	735	22	12	18	46	1.83
810329--810709	185	2.1	185	97	1	737	22	12	18	46	1.82
810751--810879	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
810787--810879	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
810751--810879	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
810875--811009	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810897--810953	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
810880--810972	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
812901--812936	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
813043--813125	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
813154--813427	19	15.4	19	81	15	354	13	21	17	46	1.83
813132--813399	52	5.0	52	93	4	455	14	22	16	46	1.83
813132--813399	109	2.5	105	91	6	459	14	22	16	46	1.83
815898--815942	23	2.0	23	86	8	65	35	22	15	26	1.94
816617--817006	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
817960--818001	20	2.1	20	90	0	66	45	0	7	47	1.30
818649--818687	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
822198--822235	9	3.8	10	86	10	51	50	0	0	50	1.00
829002--829072	29	2.3	31	92	7	119	54	2	14	28	1.53
829826--829925	2	56.5	2	72	23	64	57	0	0	43	0.99
829823--829921	34	2.8	36	87	10	150	58	0	0	41	0.98
831951--832024	31	2.4	30	82	10	87	17	35	8	39	1.79
835851--836121	134	2.0	135	90	0	427	47	19	15	17	1.82
837491--837540	25	2.0	25	84	7	66	46	24	8	22	1.78
839634--839664	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
840609--840636	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
841744--841808	31	2.1	31	94	0	112	41	10	9	38	1.72
843889--844290	41	9.9	41	72	10	225	31	18	19	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844138--844325	41	4.6	41	76	8	130	35	18	19	26	1.95
847304--847350	22	2.1	22	100	0	94	17	19	12	51	1.77
849107--849375	43	6.3	43	78	5	213	29	25	20	24	1.99
849063--849375	86	3.6	84	74	6	243	29	25	19	24	1.99
849063--849373	129	2.4	128	75	7	297	29	25	19	24	1.99
849058--849391	43	7.7	43	76	7	196	29	25	19	25	1.98
849559--849593	3	11.0	3	88	11	52	34	0	0	65	0.93
849823--849866	21	2.2	20	84	11	56	63	13	0	22	1.29
849993--850044	18	2.9	17	78	15	52	76	3	17	1	1.02
849973--850026	27	2.0	28	85	3	74	79	3	12	3	1.00

Tables:   1   2   3   4