genome.fa.s7890.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007890.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110272_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  286089

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5086--5146	23	2.7	23	81	0	86	31	24	22	21	1.98
5929--5999	21	3.4	21	100	0	142	26	15	25	32	1.95
12045--12109	23	2.8	23	80	0	85	30	24	23	21	1.99
12742--12906	63	2.6	62	76	10	165	28	16	20	33	1.95
14615--14650	18	2.0	18	88	0	54	33	16	22	27	1.95
25890--25919	11	2.7	11	100	0	60	10	10	6	73	1.25
28040--28089	19	2.8	18	74	11	50	54	2	0	44	1.11
28616--28765	60	2.5	60	82	5	169	40	3	23	33	1.71
28731--28795	29	2.2	29	86	0	94	44	3	18	33	1.65
29697--29752	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
29697--29745	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
29698--29752	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
29765--29819	13	3.8	13	76	21	56	16	47	20	16	1.83
29773--29813	18	2.3	18	100	0	82	17	51	21	9	1.74
29827--29891	28	2.3	29	86	2	87	21	10	26	41	1.86
36916--36971	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
36916--36964	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
36917--36971	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
36974--37030	13	4.0	13	77	20	60	15	47	21	15	1.82
36963--37031	31	2.2	31	86	0	102	15	43	23	17	1.87
36984--37024	18	2.3	18	100	0	82	17	51	21	9	1.74
37038--37103	29	2.3	29	89	0	96	21	10	27	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44557--44607	9	5.7	9	73	17	52	54	17	17	9	1.69
44557--44610	18	3.0	18	100	0	108	55	16	16	11	1.68
47695--47725	10	3.1	10	95	0	53	41	0	16	41	1.48
48269--48351	43	1.9	43	95	0	148	36	13	25	25	1.92
53108--53563	189	2.4	192	80	8	479	41	15	9	33	1.79
55598--55662	23	3.0	21	82	10	78	26	12	24	36	1.91
57121--57484	186	1.9	190	84	3	486	42	14	8	34	1.76
57585--57711	55	2.2	57	88	5	186	37	16	8	37	1.80
57880--57921	22	1.9	22	90	0	66	30	30	4	33	1.78
57643--57982	183	1.9	183	83	4	443	40	18	8	32	1.81
65287--65357	15	4.7	15	76	0	70	30	5	18	45	1.72
65291--65357	30	2.2	30	83	0	89	29	5	19	44	1.74
65460--65524	22	2.9	23	79	2	78	15	26	26	32	1.95
65529--65604	24	3.2	24	88	0	107	21	19	22	36	1.95
67515--68068	134	4.1	134	85	2	745	31	16	21	30	1.95
68392--68472	41	1.9	43	82	5	103	29	19	20	29	1.97
68817--68863	16	3.0	15	79	14	51	31	4	25	38	1.75
70771--70810	19	2.1	19	95	0	71	42	15	7	35	1.75
71399--71441	21	2.1	21	82	4	52	13	11	2	72	1.22
79063--79117	27	2.2	23	72	22	56	32	10	12	43	1.78
79070--79123	27	2.0	27	96	0	99	35	9	14	40	1.78
82607--82654	19	2.5	20	86	3	62	31	14	6	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84065--84140	40	1.9	39	86	2	107	31	17	17	34	1.93
90602--90669	23	3.0	23	80	10	77	69	2	0	27	1.03
90794--90865	21	3.6	21	74	16	62	43	8	2	45	1.48
90794--90842	21	2.3	22	85	3	64	42	6	4	46	1.47
90821--90861	17	2.4	17	87	0	55	43	9	2	43	1.50
91477--91648	79	2.2	80	84	3	213	22	17	26	34	1.96
96188--96340	4	38.8	4	86	2	184	28	45	24	0	1.58
96169--96806	8	77.8	8	81	7	347	37	47	13	1	1.50
96300--96809	10	50.8	10	87	0	498	40	48	10	1	1.45
106525--106696	90	1.9	88	92	2	290	38	10	6	44	1.64
113399--113568	90	1.9	88	93	2	295	37	11	6	44	1.66
115819--115852	16	2.1	17	94	5	61	11	11	0	76	1.02
115824--115877	26	2.1	26	83	13	67	3	12	1	81	0.91
116985--117062	33	2.4	33	95	0	138	33	15	26	24	1.95
118027--118060	5	6.8	5	87	12	52	79	0	0	20	0.73
118022--118060	15	2.6	15	80	15	53	76	2	0	20	0.90
119245--119525	5	55.6	5	92	4	260	51	0	9	39	1.35
119516--119604	28	3.1	28	75	18	85	46	4	1	48	1.30
119521--119579	31	1.9	30	83	10	75	47	5	0	47	1.24
119625--119690	21	3.3	21	77	18	68	45	9	1	43	1.44
119623--119677	17	3.0	17	82	15	65	45	7	1	45	1.41
119646--119686	17	2.4	17	91	0	64	46	9	0	43	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119972--120146	76	2.3	76	81	3	192	37	21	12	28	1.90
124186--124220	6	6.0	6	93	6	63	82	0	17	0	0.66
124178--124220	11	3.9	11	88	8	61	81	2	16	0	0.79
124186--124220	17	2.0	17	94	5	61	82	0	17	0	0.66
139575--139623	26	2.0	24	84	8	62	14	12	4	69	1.33
168661--168867	15	13.9	15	70	21	93	77	0	15	6	0.99
168710--168779	5	13.6	5	78	21	74	77	0	20	2	0.90
168659--168868	84	2.4	85	77	15	218	77	0	15	6	0.99
168669--168868	7	27.0	7	71	21	110	78	0	15	6	0.98
168669--168863	30	6.8	27	73	18	123	77	0	15	6	0.98
168661--168868	13	15.7	13	68	22	105	77	0	15	6	0.98
168661--168867	92	2.2	92	80	11	228	77	0	15	6	0.99
168661--168868	6	34.5	6	75	17	102	77	0	15	6	0.98
168661--168882	25	8.9	24	70	21	122	77	0	16	5	0.99
170893--171067	66	2.6	66	75	12	162	34	17	8	39	1.81
170959--171174	103	2.1	101	82	5	256	33	16	9	40	1.81
171002--171190	101	1.9	103	86	2	274	35	15	9	39	1.80
171519--171641	44	2.8	44	77	1	120	31	14	18	34	1.91
171414--171803	208	1.9	208	87	1	575	35	14	20	29	1.92
171605--172283	163	4.1	162	77	7	660	35	16	19	28	1.93
171705--172335	338	1.9	336	83	1	760	36	15	19	28	1.92
173655--173716	29	2.1	29	84	0	79	25	20	6	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174107--174136	14	2.1	14	93	0	51	23	10	6	60	1.52
175144--175182	18	2.1	19	85	4	53	66	5	5	23	1.32
176915--176963	20	2.4	19	77	12	53	14	14	6	65	1.45
188037--188094	23	2.5	23	94	0	98	46	8	31	13	1.74
189872--189923	20	2.6	20	82	8	70	30	15	34	19	1.93
190435--190593	45	3.5	45	88	1	230	36	12	23	27	1.91
190438--190653	45	4.8	45	84	2	204	38	11	22	27	1.89
195629--195667	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
200249--200317	33	2.1	33	81	5	77	20	8	13	57	1.61
200480--200505	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
200805--200866	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
207018--207077	20	2.9	21	82	5	77	26	31	25	16	1.96
211379--211419	19	2.1	20	86	4	57	70	2	4	21	1.18
221703--221819	25	4.6	24	79	15	128	43	10	0	46	1.37
221708--221819	54	2.1	55	89	1	172	41	9	0	48	1.36
222158--222309	37	4.1	37	89	1	234	25	17	17	40	1.90
224433--224472	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
231350--231406	29	1.9	30	82	10	73	47	5	0	47	1.24
233195--233239	24	1.9	22	90	9	63	42	15	0	42	1.47
236771--236799	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
237977--238139	87	1.9	87	94	0	290	41	10	14	33	1.79
238275--240585	182	12.8	182	92	1	3862	28	16	13	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238275--240585	362	6.4	364	92	1	3846	28	16	13	42	1.85
238275--240585	723	3.2	724	95	0	4115	28	16	13	42	1.85
245676--245722	18	2.7	18	90	3	69	34	8	29	27	1.87
245709--245792	43	2.1	39	82	10	98	27	15	20	36	1.93
248016--248040	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
251982--252134	58	2.6	58	78	5	146	31	17	5	45	1.72
254610--254659	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
264343--264643	139	2.2	140	79	5	324	42	12	13	30	1.82
264739--264882	45	3.1	45	65	18	123	43	13	13	29	1.83
264712--264901	94	2.0	94	100	0	380	44	13	13	27	1.82

Tables:   1   2