Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110343_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 282743
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
File 1 of 2
Found at i:390 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 344--391 Score: 80
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
334 AATGTAGGGT
344 TAATTTTGTATAAGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
363 TAATTTTGTATACGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
382 TAA-TTTGTAT
1 TAATTTTGTAT
392 GTGAATAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.25
19 21 0.75
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.10, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTGTATAAGATTTA
Found at i:1593 original size:198 final size:199
Alignment explanation
Indices: 615--1773 Score: 1758
Period size: 194 Copynumber: 5.9 Consensus size: 199
605 AATTTACAAT
* *
615 ATGGC-AACAGGGTGCAACCAT-AAGTGTCGATCCATATAAAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
* * *
678 GAAACCCAAAAGTATAATGTAATAGGTAA-TTTTCAATCTAATCGGTACAACTATACCGGTTTTA
66 GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTA
*
742 TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTATTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG-
131 TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGA
806 ATGA
196 ATGA
* * *
810 ATGGCAAACATGGTGCAACAATAAAGTGCCGATCCATATA-AAAAGT-TCGATCCGATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
873 GAAACCCAT-AGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACC-GTACAAGT-TAACCGGTTTT
66 GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTAT-ACCGGTTTT
*
935 AT--GAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTATTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
130 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
998 AATGA
195 AATGA
1003 ATGGCAAACA-GGTGCAACAATAAAGTG-CGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
*
1066 GTAAA-CCATAAGTATAATGTAATAGGT-A-TTTTCAATCTAACCAGTACAAGTATACCGGTTTT
66 G-AAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* *
1128 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTTTGGTGTCGATATTTTT-GTCCA
130 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTT-GTGTCGATATTTTTGGTCCA
1192 GAATGA
194 GAATGA
* * *
1198 ATGGCAAAGAGGGTGCAACCATAAAGTTTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATAT-AAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
*
1263 CGAAACCCA-AAGTATAATGT-ATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAG--TACCGATTTT
65 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* * *
1324 AT--GAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTATCGATATTTTTGGTCCAG
130 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
1387 AATGA
195 AATGA
* *
1392 ATGGCAAACAGGGTACAACAATAAAGTGTCGATCCATATAT-AAAGTGTCGCTCCCATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
1456 GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTA
66 GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTA
* *
1521 TGAGAGAATAAGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGA
131 TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGA
1586 ATGA
196 ATGA
* *
1590 ATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTGTTGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATAT-AAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
* * *
1655 CGAAACCCAAAAGTATAATGTATTAGGTAATTTTTTCAATCTAACCGGTATAAGTATACCGGTTT
65 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAA-TTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTT
* * * * *
1720 TATGGGAGAATTGGTATATAAT-ATGTATCGACACTGTT-TAATGTTTTGTCGATA
129 TATGAGAGAATAGGTCTA-AATAATGTATCGACACTTTTGTAAT-TTGTGTCGATA
1774 CTAATTTATC
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 42, Indels: 58
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
191 11 0.01
192 128 0.14
193 80 0.09
194 175 0.20
195 100 0.11
196 77 0.09
197 43 0.05
198 149 0.17
200 53 0.06
201 71 0.08
202 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (199 bp):
ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTA
TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGA
ATGA
Found at i:1605 original size:392 final size:392
Alignment explanation
Indices: 615--1754 Score: 1799
Period size: 392 Copynumber: 2.9 Consensus size: 392
605 AATTTACAAT
* *
615 ATGGC-AACAGGGTGCAACCAT-AAGTGTCGATCCATATAAAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATAT-ATAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
* * *
678 GAAACCCAAAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTCAATCTAATCGGTACAACTATACCGGTTTTAT
65 GAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTAT
* *
743 GAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTATTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG-A
130 GAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGAA
* * ** *
807 TGAATGGCAAACATGGTGCAACAATAAAGTGCCGATCC--ATATAAAAAGT-TCGATCCGATAAA
195 TGAATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTTTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAA
*
869 CATCGAAACCCATAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACC-GTACAAGTTAACCGGTT
260 CATCGAAACCCAAAGTATAATGT-ATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTT-ACCGGTT
* * *
933 TTATGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTATTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
323 TTATGAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTATCGATATTTTTGGTCCAG
998 AATGA
388 AATGA
1003 ATGGCAAACA-GGTGCAACAATAAAGTG-CGATCCATATATAAAAGTGTCGATCCCATAAACATC
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATAT-AAAGTGTCGATCCCATAAACATC
*
1066 GTAAA-CCATAAGTATAATGTAATAGGT-ATTTTCAATCTAACCAGTACAAGTATACCGGTTTTA
65 G-AAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTA
*
1129 TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTTTGGTGTCGATATTTTT-GTCCAG
129 TGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTT-GTGTCGATATTTTTGGTCCAG
*
1193 AATGAATGGCAAAGAGGGTGCAACCATAAAGTTTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATA
193 AATGAATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTTTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATA
*
1258 AACATCGAAACCCAAAGTATAATGTATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAG-TACCGATT
258 AACATCGAAACCCAAAGTATAATGTATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTTACCGGTT
1322 TTATGAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTATCGATATTTTTGGTCCAG
323 TTATGAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTATCGATATTTTTGGTCCAG
1387 AATGA
388 AATGA
* *
1392 ATGGCAAACAGGGTACAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAGTGTCGCTCCCATAAACATCG
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAGTGTCGATCCCATAAACATCG
1457 AAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTAT
66 AAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAA-TTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTAT
*
1522 GAGAGAATAAGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGAA
130 GAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGAA
1587 TGAATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTGTT-GATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAA
195 TGAATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGT-TTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAA
*
1651 ACATCGAAACCCAAAAGTATAATGTATTAGGTAATTTTTTCAATCTAACCGGTATAAGTATACCG
259 ACATCGAAACCC-AAAGTATAATGTA-TAGGTAA-TTTTTCAATCTAACCGGTACAAGT-TACCG
*
1716 GTTTTATGGGAGAAT-TGGTATATAAT-ATGTATCGACACT
320 GTTTTAT--GAGAATAT-GTCTA-AATAATGTATCGACACT
1755 GTTTAATGTT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 28, Indels: 41
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
387 81 0.12
388 118 0.17
389 98 0.14
390 96 0.14
391 68 0.10
392 155 0.22
393 15 0.02
394 7 0.01
395 22 0.03
397 11 0.02
398 1 0.00
399 23 0.03
400 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (392 bp):
ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAGTGTCGATCCCATAAACATCG
AAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTTATG
AGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAATTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAGAAT
GAATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTTTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAAC
ATCGAAACCCAAAGTATAATGTATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTTACCGGTTTTA
TGAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTATCGATATTTTTGGTCCAGAAT
GA
Found at i:3095 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 3084--3135 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 8.7 Consensus size: 6
3074 CAAGCGGTCA
* * * * * *
3084 ATGAAG ATGAAG CTGACG ATGACG ATGAAG ATGACG ATGATG ATGATG
1 ATGAAG ATGAAG ATGAAG ATGAAG ATGAAG ATGAAG ATGAAG ATGAAG
3132 ATGA
1 ATGA
3136 TCCAAACAAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 40 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (6 bp):
ATGAAG
Found at i:3105 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3084--3135 Score: 68
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
3074 CAAGCGGTCA
*
3084 ATGAAGATGAAGCTGACG
1 ATGAAGATGAAGATGACG
*
3102 ATGACGATGAAGATGACG
1 ATGAAGATGAAGATGACG
* *
3120 ATGATGATGATGATGA
1 ATGAAGATGAAGATGA
3136 TCCAAACAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 30 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
ATGAAGATGAAGATGACG
Found at i:3116 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3084--3135 Score: 59
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 12
3074 CAAGCGGTCA
*
3084 ATGAAGATGAAG
1 ATGAAGATGACG
* *
3096 CTGACGATGACG
1 ATGAAGATGACG
3108 ATGAAGATGACG
1 ATGAAGATGACG
* *
3120 ATGATGATGATG
1 ATGAAGATGACG
3132 ATGA
1 ATGA
3136 TCCAAACAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 33 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (12 bp):
ATGAAGATGACG
Found at i:5152 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 4326--5249 Score: 1491
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 183
4316 CAAAGTTTTC
* *
4326 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTTCAGAATGGAAGAAAAA--TGTCGATACCTTTT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
* * * *
4389 C-AAAAGTGTCG--ATTGAAAAACATCGGAACCCATAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAAT
66 CAAAAAGTGTCGACATT--TACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAAT
* **
4451 ATAATCGGTAT-AATATACCAATTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
129 ATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
4505 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACC-T-T
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
4568 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
* * *
4633 AACC-GTATAAGTATACCGGTTTTATTAGCGAATAGGTCTACAACCTATGTCG
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
*
4685 ACACTTTTTAATA-T-TGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATATGTCGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
* *
4748 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCATAATTATAATGTAATAGATAA-TTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
*
4812 AACCGATA-AATATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
131 AACCGGTATAA-ATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
* *
4865 ACAC-TTTTAATATTGTGTCAGTACTTTATGTCCAGAATGG-AGAAAAATGTGTTGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
4928 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
* * *
4993 AACCGGTATAAGTATACCGGTTTTATTAGCGAATAGGTCTACAACCTATGTCG
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
*
5046 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATATCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
**
5111 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCAAAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
*
5176 AACCGGTATAAATATACCAGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
5229 ACACTTTTTAATATTGTGTCG
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCG
5250 CTAATTTTAA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 36, Indels: 28
0.92 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 44 0.06
179 80 0.12
180 281 0.41
181 94 0.14
182 39 0.06
183 155 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (183 bp):
ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACTCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
Found at i:8603 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8574--8621 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
8564 AAATAGGTCA
*
8574 ATATAAGCGCTACCTATTACATT
1 ATATAAGCGCTACCTAATACATT
*
8597 ATATAAGCGCTACCTAATATATT
1 ATATAAGCGCTACCTAATACATT
8620 AT
1 AT
8622 TGTACTTGAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
ATATAAGCGCTACCTAATACATT
Found at i:8678 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 8574--8823 Score: 446
Period size: 87 Copynumber: 2.9 Consensus size: 87
8564 AAATAGGTCA
* * *
8574 ATATAAGCGCTACCTATTACATTATATAAGCGCTACCTAATATATTATTGTACTTGATAATATTT
1 ATATAAGCGCTATCTATTACATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
*
8639 CCCTTTAAATACCTATTTTATT
66 CCCGTTAAATACCTATTTTATT
8661 ATATAAGCGCTATCTATTACATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
1 ATATAAGCGCTATCTATTACATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
8726 CCCGTTAAATACCTATTTTATT
66 CCCGTTAAATACCTATTTTATT
*
8748 ATATAAGCGCTATCTATTATATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
1 ATATAAGCGCTATCTATTACATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
*
8813 CCGGTTAAATA
66 CCCGTTAAATA
8824 ATATAACATA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 6, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
87 157 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (87 bp):
ATATAAGCGCTATCTATTACATTATATAAGCGTTACCTAATATGTTATTGTACTTGATAATATTT
CCCGTTAAATACCTATTTTATT
Found at i:8708 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8658--8702 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
8648 TACCTATTTT
* *
8658 ATTATATAAGCGCTATCTATTAC
1 ATTATATAAGCGCTACCTAATAC
*
8681 ATTATATAAGCGTTACCTAATA
1 ATTATATAAGCGCTACCTAATA
8703 TGTTATTGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATTATATAAGCGCTACCTAATAC
Found at i:8795 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8735--8795 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
8725 TCCCGTTAAA
* *
8735 TACCTATTTTATTATATAAGCGC
1 TACCTAATATATTATATAAGCGC
* * *
8758 TATCTATTATATTATATAAGCGT
1 TACCTAATATATTATATAAGCGC
*
8781 TACCTAATATGTTAT
1 TACCTAATATATTAT
8796 TGTACTTGAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 32 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
TACCTAATATATTATATAAGCGC
Found at i:9321 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9299--9341 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
9289 AATATAGTGA
9299 TTTTAAAAT-TTATTAT-T
1 TTTTAAAATATTATTATAT
9316 TTTT-AAATATTATTATAT
1 TTTTAAAATATTATTATAT
*
9334 TTATAAAA
1 TTTTAAAA
9342 AAATTAATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.18
17 11 0.50
18 4 0.18
19 3 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (19 bp):
TTTTAAAATATTATTATAT
Found at i:10556 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 10486--10558 Score: 83
Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
10476 CTCTCTGTCC
* * * *
10486 TATTTTGCTCAATGAACTTTCAATTTTAC
1 TATTTTGCTCACTGAACTTTCAAATTGAA
*
10515 TAATTTGCTCACTGAACTTTACAAATTGAA
1 TATTTTGCTCACTGAACTTT-CAAATTGAA
10545 TCATTTTGCTCACT
1 T-ATTTTGCTCACT
10559 CTCCCGTTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 18 0.50
30 7 0.19
31 11 0.31
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (29 bp):
TATTTTGCTCACTGAACTTTCAAATTGAA
Found at i:11910 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 11817--11906 Score: 103
Period size: 30 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
11807 AAACGGACTT
*
11817 AGTTTGGTGACCAAATTATAAGATTTTAAA
1 AGTTTGGTGACCAAAATATAA-ATTTTAAA
* *
11847 AGTTTGGTGACCAAAGTATAAACTTTGAAA
1 AGTTTGGTGACCAAAATATAAA-TTTTAAA
11877 AGTTTAGG-GACCAAAATAGT-AATTTTAAA
1 AGTTT-GGTGACCAAAATA-TAAATTTTAAA
11906 A
1 A
11907 AGTTACAGTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 7
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.15
30 42 0.79
31 3 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AGTTTGGTGACCAAAATATAAATTTTAAA
Found at i:14581 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 14517--14585 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
14507 ATCAATATTG
* ** *
14517 TACATGGGCTTATAAAAGATATCAGTACCG
1 TACATGGGCCTATAAAAGATATCAAAACCA
**
14547 TACATGGGCCTATAAAAGATATCAAAAGTA
1 TACATGGGCCTATAAAAGATATCAAAACCA
14577 TACATGGGC
1 TACATGGGC
14586 TAGTATATGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 33 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (30 bp):
TACATGGGCCTATAAAAGATATCAAAACCA
Found at i:14750 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 14710--14775 Score: 114
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
14700 AATATATTAT
* *
14710 ATGATATGTTACAAATGTTAAGTACAAG
1 ATGACATGTTACAAAGGTTAAGTACAAG
14738 ATGACATGTTACAAAGGTTAAGTACAAG
1 ATGACATGTTACAAAGGTTAAGTACAAG
14766 ATGACATGTT
1 ATGACATGTT
14776 TTAAATGGGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 36 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
ATGACATGTTACAAAGGTTAAGTACAAG
Found at i:14871 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14786--14871 Score: 84
Period size: 18 Copynumber: 4.8 Consensus size: 18
14776 TTAAATGGGT
*
14786 TCATGATAATGATATTGA
1 TCATGATAATGATGTTGA
** * *
14804 TGTTGATAACGATAG-AGA
1 TCATGATAATGAT-GTTGA
*
14822 TCATGTTAATGATGTTGA
1 TCATGATAATGATGTTGA
14840 TCATGATAATGATGTTGA
1 TCATGATAATGATGTTGA
**
14858 TGTTGATAATGATG
1 TCATGATAATGATG
14872 GCATATGTGC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 13, Indels: 4
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 52 0.98
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TCATGATAATGATGTTGA
Found at i:18077 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18047--18117 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 20
18037 GATAGACACT
*
18047 TTACAATATAACCACTACCTA
1 TTACATTATAA-CACTACCTA
*
18068 TTACATTATATAAACGATACCTA
1 TTACATTATA-ACAC--TACCTA
*
18091 TTACATTATAAGCGCTACCTA
1 TTACATTATAA-CACTACCTA
18112 TTACAT
1 TTACAT
18118 CATATGTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 8
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
21 23 0.55
22 2 0.05
23 17 0.40
ACGTcount: A:0.39, C:0.23, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
TTACATTATAACACTACCTA
Found at i:18088 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18062--18122 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
18052 ATATAACCAC
18062 TACCTATTACATTATATAAACGA
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
* *
18085 TACCTATTACA-T-TATAAGCGC
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
18106 TACCTATTACATCATAT
1 TACCTATTACATTATAT
18123 GTTTACCTAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.55
22 1 0.03
23 14 0.42
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
TACCTATTACATTATATAAACGA
Found at i:18574 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18520--18606 Score: 156
Period size: 39 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39
18510 CTCAGTTGTA
*
18520 GATTTTGATTTCCTTTTGCTTGGCATCATATGAGATTTG
1 GATTTTGATTTCCTTTTGCTTGGCACCATATGAGATTTG
*
18559 GATTTTGATTTCCTTTTGCTTGGCACCATATGAGCTTTG
1 GATTTTGATTTCCTTTTGCTTGGCACCATATGAGATTTG
18598 GATTTTGAT
1 GATTTTGAT
18607 GAGCATCAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 46 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.14, G:0.21, T:0.48
Consensus pattern (39 bp):
GATTTTGATTTCCTTTTGCTTGGCACCATATGAGATTTG
Found at i:18888 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18865--18901 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
18855 CGAAATATAT
18865 ATTGAAATTCAAACTCAA
1 ATTGAAATTCAAACTCAA
* *
18883 ATTGAAATTTAAATTCAA
1 ATTGAAATTCAAACTCAA
18901 A
1 A
18902 CTCCAATTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
ATTGAAATTCAAACTCAA
Found at i:19337 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19289--19333 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
19279 TTTTTCCAAA
*
19289 TAATGTACCCATAACAATGTTCAT
1 TAATGTACCCACAACAATGTT-AT
19313 TAATGTACCCACAACAATGTT
1 TAATGTACCCACAACAATGTT
19334 TAATTGATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (23 bp):
TAATGTACCCACAACAATGTTAT
Found at i:19628 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19603--19654 Score: 77
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
19593 ACACTTTACA
*
19603 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAAACA-TACCTATTACATT
19626 ATATAAACGATACCTATTACATT
1 ATATAAAC-ATACCTATTACATT
19649 ATATAA
1 ATATAA
19655 GGGCTACCTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 26 0.96
24 1 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
ATATAAACATACCTATTACATT
Found at i:19639 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19613--19675 Score: 90
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
19603 ATATAACCAC
19613 TACCTATTACATTATATAAACGA
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
** *
19636 TACCTATTACATTATATAAGGGC
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
19659 TACCTATTACATCATAT
1 TACCTATTACATTATAT
19676 GTTTACCTAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 36 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
TACCTATTACATTATATAAACGA
Found at i:21574 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21264--21771 Score: 871
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
21254 TTAAAATTAC
* *
21264 CGACACTTTTTTAAATGGTATCGACACATTTTTCTTCCAATCTGGACATAAAGTACCGACACAAT
1 CGACACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCCAATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
*
21329 ATTATAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCTCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTT
66 ATTA-AAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTT
*
21394 ATATTACAAAATTATCTATTACATTATAAATCTGGGTTCCGATGTGTAAATGT
130 ATATTACAAAATTATCTATTACATTAT---TATGGGTTCCGATGTGTAAATGT
*
21447 CGATACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCC-ATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
1 CGACACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCCAATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
21511 ATTAAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTTA
66 ATTAAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTTA
21576 TATTACAAAATTATCT-TTACATTATTATGGGTTCCGATGTGTAAATGT
131 TATTACAAAATTATCTATTACATTATTATGGGTTCCGATGTGTAAATGT
21624 CGACACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCCAATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
1 CGACACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCCAATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
21689 ATTAAAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATT--CGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTT
66 ATT-AAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTT
* * *
21752 ATATTGCAAATTTACCTATT
130 ATATTACAAAATTATCTATT
21772 TTATTATATG
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 9, Indels: 11
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
177 102 0.33
178 31 0.10
179 30 0.10
180 9 0.03
181 76 0.24
182 29 0.09
183 36 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (179 bp):
CGACACTTTTTTAAATCGTATCGACACATTTTTCTTCCAATATGGACATAAAGTACCGACACAAT
ATTAAAAGTGTCGATATAGGTTGTAGACCTATTCGCGCATAAAACCGGTATATTTATACCGGTTA
TATTACAAAATTATCTATTACATTATTATGGGTTCCGATGTGTAAATGT
Found at i:23227 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 23219--23296 Score: 66
Period size: 3 Copynumber: 26.0 Consensus size: 3
23209 ACTTGTTTGG
* * * ** *
23219 ATC ATC ATC TTC ATC ATC ATC ATC ATC GTC ATC ATC TTC ATC GCC AGC
1 ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC
* * * *
23267 TTC ATC GTC ATC ATC ATC GTC ATC TTC ATC
1 ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC
23297 GTCAGCTTCA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 19, Indels: 0
0.75 0.25 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 56 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
ATC
Found at i:23236 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 23223--23308 Score: 91
Period size: 12 Copynumber: 6.9 Consensus size: 12
23213 GTTTGGATCA
*
23223 TCATCTTCATCA
1 TCATCTTCATCG
*
23235 TCATCATCATCG
1 TCATCTTCATCG
23247 TCATCATCTTCATCG
1 ---TCATCTTCATCG
* *
23262 CCAGCTTCATCG
1 TCATCTTCATCG
*
23274 TCATCATCATCG
1 TCATCTTCATCG
23286 TCATCTTCATCG
1 TCATCTTCATCG
*
23298 TCAGCTTCATC
1 TCATCTTCATC
23309 TTCTGCGACC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 6
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 50 0.82
15 11 0.18
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
TCATCTTCATCG
Found at i:23242 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23219--23308 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 4.8 Consensus size: 18
23209 ACTTGTTTGG
23219 ATCATCATCTTCATCATC
1 ATCATCATCTTCATCATC
*
23237 ATCATCATCGTCATCATC
1 ATCATCATCTTCATCATC
* * *
23255 TTCATCGCCAGCTTCATCGTC
1 ATCAT---CATCTTCATCATC
* *
23276 ATCATCATCGTCATCTTC
1 ATCATCATCTTCATCATC
* *
23294 ATCGTCAGCTTCATC
1 ATCATCATCTTCATC
23309 TTCTGCGACC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 12, Indels: 6
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 43 0.75
21 14 0.25
ACGTcount: A:0.22, C:0.34, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
ATCATCATCTTCATCATC
Found at i:23272 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 23232--23308 Score: 118
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
23222 ATCATCTTCA
*
23232 TCATCATCATCATCGTCATCATCTTCATCGCCAGCT
1 TCATCATCATCATCATCATCATCTTCATCGCCAGCT
* * *
23268 TCATCGTCATCATCATCGTCATCTTCATCGTCAGCT
1 TCATCATCATCATCATCATCATCTTCATCGCCAGCT
23304 TCATC
1 TCATC
23309 TTCTGCGACC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 37 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (36 bp):
TCATCATCATCATCATCATCATCTTCATCGCCAGCT
Found at i:23311 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 23223--23311 Score: 61
Period size: 6 Copynumber: 14.3 Consensus size: 6
23213 GTTTGGATCA
* * * * * *
23223 TCATCT TCATCA TCATCA TCATCGT CATCATCT TCATCG CCAGCT TCATCG
1 TCATCT TCATCT TCATCT TCATC-T --TCATCT TCATCT TCATCT TCATCT
* * * *
23274 TCATCA TCATCG TCATCT TCATCG TCAGCT TCATCT TC
1 TCATCT TCATCT TCATCT TCATCT TCATCT TCATCT TC
23312 TGCGACCGCT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 16, Indels: 6
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
6 58 0.91
8 1 0.02
9 5 0.08
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (6 bp):
TCATCT
Found at i:25244 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 24820--25716 Score: 1603
Period size: 195 Copynumber: 4.6 Consensus size: 196
24810 TAAAACCGGT
24820 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
1 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
*
24885 GATCGACAC-TTTTATATAT-GATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAA
66 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAA
*
24948 AAAAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGAC-CATTATTTAGACATATTCTCACATAAAACCG
131 AAAAATATCGA-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCG
25012 GT
195 GT
25014 ATAATTGTACC-GTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
1 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
25078 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGA
66 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTAT-GGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGA
25143 AAAAAATATCG-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCG
130 AAAAAATATCGAACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCG
25207 GT
195 GT
25209 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
1 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
25274 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACTC-TGTTTTCCATTCATTCTGGA
66 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCAC-CATGTTTTCCATTCATTCTGGA
25338 AAAAAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACAT-TTCTCTCATAAAACC
130 AAAAAATATCGA-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACC
25402 -GT
194 GGT
*
25404 ATAATTGTACCAGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
1 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
25469 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGA
66 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTAT-GGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGG-
25534 AAAAAAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAAC
129 AAAAAAATATCGA-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAAC
25599 CGGT
193 CGGT
* *
25603 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGTTTTCGATGTTTTTG
1 ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTTG
* *
25668 GGATTGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTT
65 GGATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCATGTT
25717 GGCCATATTG
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 8, Indels: 23
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
193 62 0.09
194 42 0.06
195 197 0.29
196 169 0.25
197 86 0.13
198 15 0.02
199 63 0.09
200 47 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (196 bp):
ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAA
AAAAATATCGAACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGG
T
Found at i:25479 original size:391 final size:393
Alignment explanation
Indices: 24758--25716 Score: 1777
Period size: 391 Copynumber: 2.4 Consensus size: 393
24748 TTTAAATTAG
*
24758 TATCGACACAAACTCTATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
1 TATCGA-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
24823 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
65 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
24888 CGACAC-TTTTATATAT-GATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAA
130 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAA
24951 AATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACCATTATTTAGACATATTCTCACATAAAACCGGTAT
195 AATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACCATTATTTAGACATATTCTCACATAAAACCGGTAT
25016 AATTGTACCGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
260 AATTGTACCGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
25081 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGG-AAA
325 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAAAA
25145 AAAA
390 AAAA
25149 TATCG-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATAA
1 TATCGAACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATAA
25213 TTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGATC
66 TTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGATC
*
25278 GACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACTCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAAA
131 GACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAAA
*
25343 ATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACAT-TTCTCTCATAAAACC-GTAT
196 ATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGAC-CATTATTTAGACATATTCTCACATAAAACCGGTAT
25406 AATTGTACCAGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGA
260 AATTGTACC-GTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGA
25471 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAAA
324 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAAA
25536 AAAAA
389 AAAAA
25541 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
1 TATCGA-ACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
* *
25606 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGTTTTCGATGTTTTTGGGA
65 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTTGGGA
*
25671 TTGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTT
129 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTT
25717 GGCCATATTG
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 7, Indels: 12
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
389 128 0.23
390 23 0.04
391 212 0.38
392 26 0.05
394 105 0.19
395 59 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (393 bp):
TATCGAACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATAA
TTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGATC
GACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAAA
ATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACCATTATTTAGACATATTCTCACATAAAACCGGTATA
ATTGTACCGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGATC
GACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCATGTTTTCCATTCATTCTGGAAAAA
AAA
Found at i:25859 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25833--25880 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
25823 TTATATTCAC
*
25833 ATACAAAAATATAAATCGT
1 ATACAAAATTAT-AATCGT
*
25852 ATACAAAATTATAATCTT
1 ATACAAAATTATAATCGT
25870 ATACAAAATTA
1 ATACAAAATTA
25881 ACCCTACATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.59
19 11 0.41
ACGTcount: A:0.56, C:0.10, G:0.02, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
ATACAAAATTATAATCGT
Found at i:27698 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 27661--27726 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
27651 CATCTTAATA
*
27661 TCACCCCTTAACACCCCAACTTCTTTCACCACT
1 TCACCCCTCAACACCCCAACTTCTTTCACCACT
* *
27694 TCACCCCTCAACACCTCTACTTCTTTCACCACT
1 TCACCCCTCAACACCCCAACTTCTTTCACCACT
27727 CCATCTATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 30 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.48, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (33 bp):
TCACCCCTCAACACCCCAACTTCTTTCACCACT
Found at i:27800 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 27760--27824 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
27750 CCCCTTATGC
* *
27760 CTCTCGAGTGTATCTTCGACT
1 CTCTCGAGTTTCTCTTCGACT
*
27781 CTCTCGAGTTTCTCTACGACT
1 CTCTCGAGTTTCTCTTCGACT
* *
27802 -TGATCAAGTTTCTCTTCGACT
1 CT-CTCGAGTTTCTCTTCGACT
27823 CT
1 CT
27825 TGATTGTCTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 3
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 34 0.94
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
CTCTCGAGTTTCTCTTCGACT
Found at i:30056 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30033--30075 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
30023 ATATATCCGG
30033 TATCATTTT-A-ACCGGTTT
1 TATCATTTTGATACCGG-TT
30051 TATCATTTTGATACCGGTT
1 TATCATTTTGATACCGGTT
30070 TATCAT
1 TATCAT
30076 ATTTTTACCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.39
19 9 0.39
20 5 0.22
ACGTcount: A:0.23, C:0.16, G:0.12, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TATCATTTTGATACCGGTT
Found at i:30084 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 30037--30084 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
30027 ATCCGGTATC
*
30037 ATTTTAACCGGTTTTATCAT
1 ATTTTTACCGGTTTTATCAT
*
30057 -TTTGATACCGG-TTTATCAT
1 ATTT-TTACCGGTTTTATCAT
30076 ATTTTTACC
1 ATTTTTACC
30085 TGTTATATCG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 5
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 15 0.65
20 8 0.35
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTACCGGTTTTATCAT
Found at i:30248 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30204--30248 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
30194 GACCTTTTAA
30204 TTTACCGGTTTTATCATTT
1 TTTACCGGTTTTATCATTT
30223 TGTTACCGGTTTTATCATATT
1 T-TTACCGGTTTTATCAT-TT
30244 TTTAC
1 TTTAC
30249 ATGGTATATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 3
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.04
20 20 0.83
21 3 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.11, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TTTACCGGTTTTATCATTT
Found at i:30728 original size:227 final size:226
Alignment explanation
Indices: 30313--30753 Score: 785
Period size: 227 Copynumber: 1.9 Consensus size: 226
30303 TTAAAACTGC
30313 TTTTAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTATTTAATAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATA
1 TTTTAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTATTTAATAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATA
**
30378 TTAATTTAATAATTTAATTTACACAAAATTTTATTTGATGTTTTGATATTTTATAAAATATTATT
66 TTAATTTAATAATTTAATTTACACAAAAAATTATTTGATGTTTTGATATTTTATAAAATATTATT
* *
30443 TAGAATTTAAATTTAACAATATTAACCAAATATAATAATAAATATGTTTTCAACAGTGAAATAAG
131 TAGAATTTAAATTTAACAATATTAACCAAAGATAATAATAAATATATTTTCAACAGTGAAATAAG
30508 TATGAACACTTTTATAAAATGATATATACTT
196 TATGAACACTTTTATAAAATGATATATACTT
*
30539 TTTTGAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTTTTTAATAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAAT
1 TTTT-AAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTATTTAATAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAAT
*
30604 ATTAATTTAATAATTTCATTTACACAAAAAATTATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATATTA
65 ATTAATTTAATAATTTAATTTACACAAAAAATTATTTGA-TGTTTTGATATTTTATAAAATATTA
* *
30669 TTTAGATTTTAAATTTAACAATATTAACTAAAGATAATAATAAATATATTTTC-ACAGTGAAATA
129 TTTAGAATTTAAATTTAACAATATTAACCAAAGATAATAATAAATATATTTTCAACAGTGAAATA
30733 AGTATGAACACTTTTATAAAA
194 AGTATGAACACTTTTATAAAA
30754 AGGATAGATA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 8, Indels: 3
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
226 4 0.02
227 127 0.62
228 74 0.36
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (226 bp):
TTTTAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTATTTAATAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATA
TTAATTTAATAATTTAATTTACACAAAAAATTATTTGATGTTTTGATATTTTATAAAATATTATT
TAGAATTTAAATTTAACAATATTAACCAAAGATAATAATAAATATATTTTCAACAGTGAAATAAG
TATGAACACTTTTATAAAATGATATATACTT
Found at i:31719 original size:53 final size:49
Alignment explanation
Indices: 31633--31734 Score: 150
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 49
31623 AGAACGATAA
*
31633 CAGTAATATATATCAATTATAGATGGATGTTTTGTTACATGTGGATCTT
1 CAGTAATATATATCAATTATAGATGGATGTTTTGTTACATGTGAATCTT
*
31682 CAGTAATATATATCATGAAATTGTAGATGGATGTTTTGTTACATGTGAATCTT
1 CAGTAATATATATC----AATTATAGATGGATGTTTTGTTACATGTGAATCTT
31735 ACTTTTAGAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 4
0.89 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
49 14 0.30
53 33 0.70
ACGTcount: A:0.31, C:0.08, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (49 bp):
CAGTAATATATATCAATTATAGATGGATGTTTTGTTACATGTGAATCTT
Found at i:51204 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 51188--51218 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 11
51178 ATGGACATGA
*
51188 GTCGGGTTTGG
1 GTCGGGTTTAG
51199 GTCGGGTTTAG
1 GTCGGGTTTAG
51210 GTCGGGTTT
1 GTCGGGTTT
51219 TGGCCAACCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 19 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.10, G:0.48, T:0.39
Consensus pattern (11 bp):
GTCGGGTTTAG
Found at i:52750 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 52718--52752 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
52708 TTTATTTAGC
52718 TTTTAAAAATAA
1 TTTT-AAAATAA
52730 TTTGTAAAATAA
1 TTT-TAAAATAA
52742 TTTTAAAATAA
1 TTTTAAAATAA
52753 AAAAATAATG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.36
12 13 0.59
13 1 0.05
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
TTTTAAAATAA
Found at i:53872 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 53831--53899 Score: 86
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
53821 TGTAACTTCA
53831 TTTTTTAAACTAATTTTTTGATTTATT-TATTTTTATC
1 TTTTTTAAAC-AATTTTTT-ATTT-TTATATTTTTATC
* *
53868 TTTTTTTAACCATTTTTTATTTTTATATTTTT
1 TTTTTTAAACAATTTTTTATTTTTATATTTTT
53900 TAGATGACAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.07
35 11 0.38
36 7 0.24
37 9 0.31
ACGTcount: A:0.22, C:0.06, G:0.01, T:0.71
Consensus pattern (35 bp):
TTTTTTAAACAATTTTTTATTTTTATATTTTTATC
Found at i:60661 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 60615--60674 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
60605 TGGTCCTTTG
* *
60615 GAATATATATGTGATCCTTAAGGA
1 GAAT-TATATGTGGTCATTAAGGA
*
60639 GAATTATATGTGGTCATTCAGGA
1 GAATTATATGTGGTCATTAAGGA
*
60662 -CA-TATATGTGGTC
1 GAATTATATGTGGTC
60675 CTTCGGGAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.34
22 1 0.03
23 16 0.50
24 4 0.12
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
GAATTATATGTGGTCATTAAGGA
Found at i:60669 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 60559--60678 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 5.6 Consensus size: 21
60549 TCGAGGGTTC
*
60559 TATGTGGTCCTTCGGGACATA
1 TATGTGGTCCTTCAGGACATA
* * * *
60580 TATGTTGTTCATTGA-AACATA
1 TATG-TGGTCCTTCAGGACATA
* * *
60601 TATTTGGTCCTT-TGGAATATA
1 TATGTGGTCCTTCAGG-ACATA
* * *
60622 TATGTGATCCTTAAGGAGAATTA
1 TATGTGGTCCTTCAGGA-CA-TA
*
60645 TATGTGGTCATTCAGGACATA
1 TATGTGGTCCTTCAGGACATA
60666 TATGTGGTCCTTC
1 TATGTGGTCCTTC
60679 GGGAAAAATT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 20, Indels: 12
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.08
21 41 0.56
22 10 0.14
23 16 0.22
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TATGTGGTCCTTCAGGACATA
Found at i:63299 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 63260--63307 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
63250 TGTTTCTGAG
*
63260 GGAATTAGAATCTGTGAA
1 GGAATTAGAATCCGTGAA
*
63278 GGAATTAGAATCCGT-CA
1 GGAATTAGAATCCGTGAA
*
63295 GGAATTGGAATCC
1 GGAATTAGAATCC
63308 AATTCCATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.48
18 14 0.52
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
GGAATTAGAATCCGTGAA
Found at i:63922 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 63892--63955 Score: 69
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
63882 CCTAAACCCG
63892 AACCC-GA-CCGAATATCACACTTACAAA
1 AACCCTGACCCGAATATCACACTTA-AAA
63919 AACCTGACCTGACCCGAATATCACACTTAAAA
1 AA-C---CCTGACCCGAATATCACACTTAAAA
63951 AACCC
1 AACCC
63956 AACCCAACCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 11
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.06
28 3 0.10
31 3 0.10
32 7 0.23
33 16 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.34, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (28 bp):
AACCCTGACCCGAATATCACACTTAAAA
Found at i:63966 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 63885--63968 Score: 109
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
63875 TTTTCACCCT
63885 AAACCCGAACCCGA-CCGAATATCACACTTACAA
1 AAACCC-AACCCGACCCGAATATCACACTTACAA
** *
63918 AAACCTGACCTGACCCGAATATCACACTTA-AA
1 AAACCCAACCCGACCCGAATATCACACTTACAA
*
63950 AAACCCAACCCAACCCGAA
1 AAACCCAACCCGACCCGAA
63969 CAAAATAAAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 3
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 22 0.51
33 21 0.49
ACGTcount: A:0.43, C:0.37, G:0.08, T:0.12
Consensus pattern (33 bp):
AAACCCAACCCGACCCGAATATCACACTTACAA
Found at i:64141 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 64077--64122 Score: 92
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
64067 CTTAATTGAA
64077 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
64119 AT AT
1 AT AT
64123 TATTATTCCT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 44 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:64584 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 64546--64605 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
64536 AAGAGTTTGG
*
64546 GAGTTCCTAGTGAG-ACGAACATATTGAATGT
1 GAGTTCCTAATGAGAACG-ACATATTGAATGT
*
64577 GAGTTCCTAATGAGAATGACATATTGAAT
1 GAGTTCCTAATGAGAACGACATATTGAAT
64606 TCACCGAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 24 0.92
32 2 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (31 bp):
GAGTTCCTAATGAGAACGACATATTGAATGT
Found at i:67867 original size:91 final size:89
Alignment explanation
Indices: 67742--67915 Score: 285
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 89
67732 ATAAGAAAAA
*
67742 CACTAATCATTGTAAAAGGTATAAATCAAAGCATTGTATCAAATACAATACTTCTCTATGCATTG
1 CACTAATCATCGTAAAAGGTATAAATCAAAGCATTGTATCAAATACAATACTTCTCTATGCATTG
*
67807 TAAAAGGTTTGAAGCAACTTCAAT
66 TAAAAGGTTCGAAGCAACTTCAAT
* *
67831 CACTAATCATCGTATATTAGGTATAAATCAAAGCATTGTATCAAATACAATATTTCTCTATGCAT
1 CACTAATCATCGTA-A-AAGGTATAAATCAAAGCATTGTATCAAATACAATACTTCTCTATGCAT
*
67896 TGTAAGAGGTTCGAAGCAAC
64 TGTAAAAGGTTCGAAGCAAC
67916 ACTTCAAGGT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 5, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 13 0.17
90 1 0.01
91 64 0.82
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (89 bp):
CACTAATCATCGTAAAAGGTATAAATCAAAGCATTGTATCAAATACAATACTTCTCTATGCATTG
TAAAAGGTTCGAAGCAACTTCAAT
Found at i:69751 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 69723--69759 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 14
69713 TATATATTAT
69723 TTAAA-TTAAATGA
1 TTAAATTTAAATGA
*
69736 TTAATTTTAAAT-A
1 TTAAATTTAAATGA
69749 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
69760 CAGCTAGAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 15 0.71
14 6 0.29
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
TTAAATTTAAATGA
Found at i:92933 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 92926--92950 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
92916 TCAATCTACA
92926 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
92951 ATTTACGAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:93118 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 92970--93135 Score: 199
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 84
92960 ATACAATCAC
* ** * * *
92970 GACACACGAATGTGTGTCATCTTTTTTTATGATGTGTGCTCCAATGACATGTAATGTAAGTCATA
1 GACACACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGATGGGGGCTCCAATGACA-GTAATGCAAGTCATA
*
93035 CATGCGTGTCATAAATTTAT
65 AATGCGTGTCATAAATTTAT
* **
93055 GACACACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGATGGGGGCTTCAATGAC-GCTCAATGCGCGTCAT
1 GACACACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGATGGGGGCTCCAATGACAG-T-AATGCAAGTCAT
*
93119 AAATGTGTGTCATAAAT
64 AAATGCGTGTCATAAAT
93136 GCATGTCATA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 11, Indels: 4
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.01
84 1 0.01
85 66 0.97
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (84 bp):
GACACACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGATGGGGGCTCCAATGACAGTAATGCAAGTCATAA
ATGCGTGTCATAAATTTAT
Found at i:93156 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 93107--93158 Score: 68
Period size: 13 Copynumber: 4.0 Consensus size: 13
93097 AATGACGCTC
93107 AATGCGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
* *
93120 AATGTGTGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
**
93133 AATGCATGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
93146 AATGCGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
93159 GATTTATGAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 33 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (13 bp):
AATGCGCGTCATA
Found at i:95927 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 95906--95939 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
95896 AAAATTACCC
95906 CTTACTATAACACACT
1 CTTACTATAACACA-T
95922 CTTACTATAACACAT
1 CTTACTATAACACAT
95937 CTT
1 CTT
95940 TCTCTCCTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.22
16 14 0.78
ACGTcount: A:0.35, C:0.29, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (15 bp):
CTTACTATAACACAT
Found at i:98142 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 98091--98187 Score: 83
Period size: 23 Copynumber: 4.5 Consensus size: 22
98081 CGATAGGTGT
* *
98091 ATCGATGCACA-GCAAAG-TGC
1 ATCGATGCACATTCAAGGATGC
98111 ATCGATGCACATTCAAGGAATGC
1 ATCGATGCACATTCAAGG-ATGC
* * * *
98134 ATCGGTGCACCTTCATGG-TGT
1 ATCGATGCACATTCAAGGATGC
* *
98155 ACCGATGCATATTCAAGGGATGC
1 ATCGATGCACATTCAA-GGATGC
98178 ATCGATGCAC
1 ATCGATGCAC
98188 TATCTAGTGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 14, Indels: 7
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.19
21 17 0.29
22 2 0.03
23 28 0.48
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (22 bp):
ATCGATGCACATTCAAGGATGC
Found at i:99835 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 99689--99921 Score: 450
Period size: 116 Copynumber: 2.0 Consensus size: 117
99679 AATTCATTAA
*
99689 AGCTTGCAAATGCTAATAACATTCTAATTGCTTCCATTCTAGCTACAGGAGCGTATGTTTCTTCA
1 AGCTTGCAAATGCTAATAACATTCTAATTGCTTCCATTCTAGCTACAGGAGCGTATGTTTCATCA
99754 TAGTCTATGCCCTCTTCTTGAGTATAGCCTTGAGCAACAAATCTAG-CTTGT
66 TAGTCTATGCCCTCTTCTTGAGTATAGCCTTGAGCAACAAATCTAGCCTTGT
99805 AGCTTGCAAATGCTAATAACATTCTAATTGCTTCCATTCTAGCTACAGGAGCGTATGTTTCATCA
1 AGCTTGCAAATGCTAATAACATTCTAATTGCTTCCATTCTAGCTACAGGAGCGTATGTTTCATCA
99870 TAGTCTATGCCCTCTTCTTGAGTATAGCCTTGAGCAACAAATCTAGCCTTGT
66 TAGTCTATGCCCTCTTCTTGAGTATAGCCTTGAGCAACAAATCTAGCCTTGT
99922 TTCTCACTAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 1, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
116 110 0.96
117 5 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (117 bp):
AGCTTGCAAATGCTAATAACATTCTAATTGCTTCCATTCTAGCTACAGGAGCGTATGTTTCATCA
TAGTCTATGCCCTCTTCTTGAGTATAGCCTTGAGCAACAAATCTAGCCTTGT
Found at i:102010 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 101971--102010 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
101961 AGAACTTTAA
* *
101971 GATCATCAATTTTCTTTTGAT
1 GATCATCAATTTACTCTTGAT
101992 GATCATC-ATTTACTCTTGA
1 GATCATCAATTTACTCTTGA
102011 AAGTAAGTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
GATCATCAATTTACTCTTGAT
Found at i:102146 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 102120--102159 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
102110 AAGACTATTT
102120 TCATTTCT-CAATTTTGAAATA
1 TCATTTCTGC-ATTTTGAAATA
*
102141 TCATTTTTGCATTTTGAAA
1 TCATTTCTGCATTTTGAAA
102160 ATAAAATCTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.94
22 1 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
TCATTTCTGCATTTTGAAATA
Found at i:104266 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 104200--104323 Score: 230
Period size: 55 Copynumber: 2.3 Consensus size: 55
104190 AATATTCAAG
* *
104200 AGTGCATCGGTACACAAAATGTATTCGAAATGGGTGTGCATCGATGCATCAATGT
1 AGTGCATCGGTACAAAAAATGCATTCGAAATGGGTGTGCATCGATGCATCAATGT
104255 AGTGCATCGGTACAAAAAATGCATTCGAAATGGGTGTGCATCGATGCATCAATGT
1 AGTGCATCGGTACAAAAAATGCATTCGAAATGGGTGTGCATCGATGCATCAATGT
104310 AGTGCATCGGTACA
1 AGTGCATCGGTACA
104324 TAACTTTGTA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 67 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (55 bp):
AGTGCATCGGTACAAAAAATGCATTCGAAATGGGTGTGCATCGATGCATCAATGT
Found at i:110090 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 110033--110091 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
110023 GGGGGTGAAC
*
110033 TTATAAAATTTTAAGAAAAAATAAAT
1 TTATAAAATTTTAAGAAAAAACAAAT
* *
110059 TTATAAAATTTTAGTGATGAAAACAAAT
1 TTATAAAATTTTA-AGA-AAAAACAAAT
110087 TTATA
1 TTATA
110092 GAAAACAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.46
27 2 0.07
28 13 0.46
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (26 bp):
TTATAAAATTTTAAGAAAAAACAAAT
Found at i:112981 original size:208 final size:209
Alignment explanation
Indices: 112617--113038 Score: 792
Period size: 208 Copynumber: 2.0 Consensus size: 209
112607 AATACTATGG
*
112617 CGTATGAATAGGAGGATGGTATGGGCTATGTTGACATCGGTTGTTGTGGCCGGAAAGGGCAGTGG
1 CGTATGAATAGGAGGATGGTATGGGCTACGTTGACATCGGTTGTTGTGGCCGGAAAGGGCAGTGG
112682 TGGGTGGTTAAGGTTAGCATTTGGGGATTTTAGGGATTTGGGGGTTATTTTATAATTTAAGAGAA
66 TGGGTGGTTAAGGTTAGCATTTGGGGATTTTAGGGATTTGGGGGTTATTTTATAATTTAAGAGAA
112747 ATTAGGGTTTTTATAAATAGAATAAATATTTTAATATTTTTTTT-AAAAAAATAAGTTTCAAAAT
131 ATTAGGGTTTTTATAAATAGAATAAATATTTTAATATTTTTTTTAAAAAAAATAAGTTTCAAAAT
*
112811 ACCATATTGTGACA
196 ACCAGATTGTGACA
* *
112825 CGTATGACTAGGAGGATGGTATGGGCTACGTTGACGTCGGTTGTTGTGGCCGGAAAGGGCAGTGG
1 CGTATGAATAGGAGGATGGTATGGGCTACGTTGACATCGGTTGTTGTGGCCGGAAAGGGCAGTGG
112890 TGGGTGGTTAAGGTTAGCATTTGGGGATTTTAGGGATTTGGGGGTTATTTTATAATTTAAGAGAA
66 TGGGTGGTTAAGGTTAGCATTTGGGGATTTTAGGGATTTGGGGGTTATTTTATAATTTAAGAGAA
*
112955 ATTAGGGTTTTTATAAATATAATAAATATTTTAATATTTTTTTTAAAAAAAATAAGTTTCAAAAT
131 ATTAGGGTTTTTATAAATAGAATAAATATTTTAATATTTTTTTTAAAAAAAATAAGTTTCAAAAT
113020 ACCAGATTGTGACA
196 ACCAGATTGTGACA
113034 CGTAT
1 CGTAT
113039 CAAATAACGG
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 5, Indels: 1
0.97 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
208 170 0.82
209 38 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (209 bp):
CGTATGAATAGGAGGATGGTATGGGCTACGTTGACATCGGTTGTTGTGGCCGGAAAGGGCAGTGG
TGGGTGGTTAAGGTTAGCATTTGGGGATTTTAGGGATTTGGGGGTTATTTTATAATTTAAGAGAA
ATTAGGGTTTTTATAAATAGAATAAATATTTTAATATTTTTTTTAAAAAAAATAAGTTTCAAAAT
ACCAGATTGTGACA
Found at i:115474 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 115440--115485 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
115430 AATACTATGG
*
115440 TTAATTAACAATTTTTTT
1 TTAATTAA-AATTATTTT
115458 TTAATTAAAATTATTTT
1 TTAATTAAAATTATTTT
*
115475 TTATTTAAAAT
1 TTAATTAAAAT
115486 GACAAAATGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.69
18 8 0.31
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
TTAATTAAAATTATTTT
Found at i:115683 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 115598--115780 Score: 242
Period size: 76 Copynumber: 2.4 Consensus size: 76
115588 TTTTCTAGAC
* * *
115598 TTAATATTATGGTTTCAGTCTTAAGATTTGACACTTT-AATATTATGGTTTGATTATGGATTTTA
1 TTAATATTATGGTTTGAGTCTTGAGATTTGACACTTTAAATATTATGATTTGATTATGGATTTTA
* *
115662 TTATTCTATAG
66 TTATTATAAAG
* * * * *
115673 TTAATATTATGGGTTGAATCTTGAGATTTGACATTTTAAATATTGTGATTTGTTTATGGATTTTA
1 TTAATATTATGGTTTGAGTCTTGAGATTTGACACTTTAAATATTATGATTTGATTATGGATTTTA
* *
115738 TTGTTATAAAT
66 TTATTATAAAG
*
115749 TTAATATTATGGTTTGAGTCTTGATATTTGAC
1 TTAATATTATGGTTTGAGTCTTGAGATTTGAC
115781 TTTATTTATA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 32 0.35
76 60 0.65
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.16, T:0.51
Consensus pattern (76 bp):
TTAATATTATGGTTTGAGTCTTGAGATTTGACACTTTAAATATTATGATTTGATTATGGATTTTA
TTATTATAAAG
Found at i:120347 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 120307--120344 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
120297 TAAATGACCA
120307 GGGGTATCGGTACCCATAAG
1 GGGGTATCGGTACCCATAAG
120327 GGGGTATCGGTACCCATA
1 GGGGTATCGGTACCCATA
120345 GGGCATTTTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
GGGGTATCGGTACCCATAAG
Found at i:120386 original size:74 final size:75
Alignment explanation
Indices: 120306--120462 Score: 210
Period size: 74 Copynumber: 2.1 Consensus size: 75
120296 TTAAATGACC
* *
120306 AGGGGTATCGGTACCCATAAG-GGGGTATCGGTACCCATAGGGCATTTTGTTTTTCTCGGAGCCA
1 AGGGGTATCGGTA-CCATAAGTGGGGTATCGGTACCCATAGGGCAATATGTTTTTCTCGGAGCCA
120370 AAACTT-GCAT
65 AAACTTGGCAT
* * * * * *
120380 ATGGGTATCGGTACCATATGTGGTGTATTGGTACTCATTGGGCAATATGTTTTTCTCGGAGCCAA
1 AGGGGTATCGGTACCATAAGTGGGGTATCGGTACCCATAGGGCAATATGTTTTTCTCGGAGCCAA
*
120445 AATTTGGCAT
66 AACTTGGCAT
120455 AGGGGTAT
1 AGGGGTAT
120463 GTGTACACCC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 10, Indels: 3
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
73 6 0.08
74 54 0.76
75 11 0.15
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.29, T:0.32
Consensus pattern (75 bp):
AGGGGTATCGGTACCATAAGTGGGGTATCGGTACCCATAGGGCAATATGTTTTTCTCGGAGCCAA
AACTTGGCAT
Found at i:121107 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 121082--121111 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
121072 GTCCTATGTT
121082 ATTATTCTTCATCTTC
1 ATTATTCTTCATCTTC
121098 ATTA-TCTTCATCTT
1 ATTATTCTTCATCTT
121112 GTTCTTCTCC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
ATTATTCTTCATCTTC
Found at i:123244 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 123214--123256 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
123204 CGCCTTCGAG
123214 AATTTTTTCAATATC
1 AATTTTTTCAATATC
*
123229 AATTTTTTCAACAT-
1 AATTTTTTCAATATC
123243 -ATTTTTCTCAATAT
1 AATTTTT-TCAATAT
123257 ATAACATAGC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.24
14 6 0.24
15 13 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTTCAATATC
Found at i:123248 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 123216--123258 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 14
123206 CCTTCGAGAA
*
123216 TTTTTTCAATATCAA
1 TTTTTTCAATAT-AT
*
123231 TTTTTTCAACATAT
1 TTTTTTCAATATAT
*
123245 TTTTCTCAATATAT
1 TTTTTTCAATATAT
123259 AACATAGCTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
14 13 0.54
15 11 0.46
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTTCAATATAT
Found at i:127732 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 127721--127746 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
127711 AAGCTACACC
127721 GGCTGG GGCTGG GGCTGG GGCTGG GG
1 GGCTGG GGCTGG GGCTGG GGCTGG GG
127747 ATGGAACTCC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.69, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
GGCTGG
Found at i:130924 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 130916--130983 Score: 77
Period size: 3 Copynumber: 23.0 Consensus size: 3
130906 TGTTATTTAT
* **
130916 TTA TTA TTA TTCA TT- TTA ATA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA AAA
1 TTA TTA TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
*
130961 TTA TTA TTA ATA -TA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
130984 CAGGCCCATT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 6
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.07
3 48 0.87
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.01, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:131040 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 131013--131049 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
131003 CAGAAGCCCA
131013 ACCCAGTCCAAACAACCCG
1 ACCCAGTCCAAACAACCCG
*
131032 ACCCGGTCCAAACAACCC
1 ACCCAGTCCAAACAACCC
131050 TCCTAGGGTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.49, G:0.11, T:0.05
Consensus pattern (19 bp):
ACCCAGTCCAAACAACCCG
Found at i:132245 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 132213--132252 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
132203 TTTAGGAAAA
*
132213 ATTATTATATTTTTTTT
1 ATTATTATATTTATTTT
132230 ATTATT-TATTTATTTT
1 ATTATTATATTTATTTT
*
132246 AATATTA
1 ATTATTA
132253 AGAAAAGTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.70
17 6 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (17 bp):
ATTATTATATTTATTTT
Found at i:132332 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 132321--132360 Score: 73
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
132311 AAATCCTACT
132321 TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
132361 TTACTTTAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 36 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:133666 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 133643--133676 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
133633 TCTCTTCTGA
133643 ATAAATGCATGTGAATTT
1 ATAAAT-CATGTGAATTT
*
133661 ATAAATTATGTGAATT
1 ATAAATCATGTGAATT
133677 AGAGATTATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.60
18 6 0.40
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
ATAAATCATGTGAATTT
Found at i:140206 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 140166--140214 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
140156 TCATTCTTTA
140166 TATTTTTTTACATTTTTACATT
1 TATTTTTTTACATTTTTACATT
*
140188 TATTATTTTT-CATTCTTTATATT
1 TATT-TTTTTACATT-TTTACATT
140211 TATT
1 TATT
140215 CCATAAATTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.33
23 16 0.67
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (22 bp):
TATTTTTTTACATTTTTACATT
Found at i:143760 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 143737--143771 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
143727 AGAAATAAGA
143737 AAAAAAGAAAATAAAAAT
1 AAAAAAGAAAATAAAAAT
143755 AAAAAAGAAAATAAAAA
1 AAAAAAGAAAATAAAAA
143772 AAATAAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.86, C:0.00, G:0.06, T:0.09
Consensus pattern (18 bp):
AAAAAAGAAAATAAAAAT
Found at i:144834 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 144653--145281 Score: 844
Period size: 124 Copynumber: 5.1 Consensus size: 124
144643 CACTTAATGG
*
144653 ATCAACATTTCCAGAAAGAGTTCGTAATAAG-AGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * *
144717 ATCTAAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAAAAGGAGATAGAGCAGT
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
*
144776 ATCAACATTTCTAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * * *
144841 AACTGAAGAACTTATTCAATCTTTTTTCTTGACTCTATCGCAGAATGAGATAGAGCAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
* * *
144900 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATGAGAAGAACTAATCTGAAGAGGAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
144965 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
*
145024 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTAAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
* * * * * * * *
145089 GTCTGAAGAACTTGTTCAAAC-TTTTACTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGAACAGC
66 ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
* * * * * *
145147 A-GAACCATTGCCAGAAAAAAGGAGTTTGTAAT---AAGAACTCATCTGAAAAGGAAGAAGAAGT
1 ATCAA-CATTTCCAG---ACA-GAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGT
* ** * * * *
145208 TCATAATCTGAAGAACTTGTTCAACC--TTAACTCGATTC-ATCGTAGAAGGAGATAGATCAGC
61 TCATAATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
145269 ATCAACATTTCCA
1 ATCAACATTTCCA
145282 TCTTAATCAA
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 44, Indels: 15
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
122 30 0.07
123 83 0.18
124 330 0.73
126 2 0.00
127 10 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (124 bp):
ATCAACATTTCCAGACAGAGTTCGTAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAGAAAGAAGAAGTTCATA
ATCTGAAGAACTTATTCAACCTTTTTGCTTGACTCTATCGCAGAAGGAGATAGAGCAGC
Found at i:145419 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 145411--145505 Score: 66
Period size: 3 Copynumber: 31.0 Consensus size: 3
145401 TGTTATCTAT
* * * *
145411 TTA TTA TTA TTCA TT- TTA ATA ATA ATA ATA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
** * * **
145456 TTA TTA AAA TTA TTA TTA GTA TATA TTA TTA ATA AAA TATA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA TTA
145503 TTA
1 TTA
145506 CAAGCCCATT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 12, Indels: 8
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 66 0.87
4 8 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:146950 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 146905--146953 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
146895 ATTTTATAAA
146905 TTATTTTTATGAAAAATTAT
1 TTATTTTTATGAAAAATTAT
* * *
146925 TATATTTTTATTAATATTTAT
1 T-TATTTTTATGAAAAATTAT
146946 TTATTTTT
1 TTATTTTT
146954 TAATATTAAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.32
21 17 0.68
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.02, T:0.65
Consensus pattern (20 bp):
TTATTTTTATGAAAAATTAT
Found at i:148541 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 148383--148566 Score: 206
Period size: 75 Copynumber: 2.5 Consensus size: 75
148373 ATTTTTCTAG
* * * * * *
148383 ACTTAATAATATGTTTTCACTCTTAAGATTTGACACTTTAATATCATGGTTTGATTATGGATTTT
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
* *
148448 ATTATTCTAG
66 ATTATTATAA
* * ** *
148458 AGTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACATTTTAATATTGTGATTTGTTTATGGATTTT
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
*
148523 ATTGTTATAA
66 ATTATTATAA
* * * *
148533 ACTTAATATTGTGGGTTGAGTCTTGATATTTGAC
1 ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGAC
148567 TTTATTTATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 19, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 90 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.16, T:0.49
Consensus pattern (75 bp):
ACTTAATATTATGGTTTGAATCTTGAGATTTGACACTTTAATATCATGATTTGATTATGGATTTT
ATTATTATAA
Found at i:149987 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 149968--150005 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
149958 CGTTTGGTAA
149968 TATGTTCGTTCATT
1 TATGTTCGTTCATT
* *
149982 TATGTTTGTTCGTT
1 TATGTTCGTTCATT
149996 TATGTTCGTT
1 TATGTTCGTT
150006 TATGTGTGTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 21 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.11, G:0.18, T:0.61
Consensus pattern (14 bp):
TATGTTCGTTCATT
Found at i:150007 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 149975--150025 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
149965 TAATATGTTC
*
149975 GTTCATTTATGTTTGTTCGTTTAT
1 GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
* *
149999 GTTCGTTTATGTGTGTTCTTTTAT
1 GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
150023 GTT
1 GTT
150026 TAGCCCAATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.08, G:0.20, T:0.63
Consensus pattern (24 bp):
GTTCATTTATGTGTGTTCGTTTAT
Found at i:150228 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 150200--150300 Score: 98
Period size: 23 Copynumber: 4.3 Consensus size: 23
150190 TTTATTTATA
* *
150200 TTCGTTTACGTTCATTTATTGTG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCATTGTG
*
150223 TTCGTTTACGTTTGTTCATT-TG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCATTGTG
* *
150245 TGTC-TCTTATGTTCGTTTATTGTG
1 T-TCGT-TTACGTTCGTTCATTGTG
* *
150269 TTAGTTTATGTTCGTTCATTTGTG
1 TTCGTTTACGTTCGTTCA-TTGTG
150293 TTCGTTTA
1 TTCGTTTA
150301 TCATTTACAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 9
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.06
23 44 0.69
24 16 0.25
ACGTcount: A:0.11, C:0.12, G:0.19, T:0.58
Consensus pattern (23 bp):
TTCGTTTACGTTCGTTCATTGTG
Found at i:158644 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 158638--158678 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.3 Consensus size: 3
158628 CAACACCTTT
* *
158638 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATTA ATA TTT ATA ATA A
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA A-TA ATA ATA ATA ATA A
158679 AATTATTTCA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
3 30 0.91
4 3 0.09
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:159413 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 159406--159489 Score: 168
Period size: 2 Copynumber: 42.0 Consensus size: 2
159396 CGATAATGGA
159406 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
159448 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
159490 AGGGCTAAGA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 82 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:161941 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 161934--162013 Score: 71
Period size: 2 Copynumber: 42.0 Consensus size: 2
161924 AATATAATGC
*
161934 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -T AT A- AT AT AC
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
* * * *
161974 AT -T AT ACT -T AT AC AT AC AT -T TT AA AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
162014 GTATGTATGC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 12
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
1 5 0.08
2 57 0.90
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:162018 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 162011--174514 Score: 15027
Period size: 4 Copynumber: 3170.2 Consensus size: 4
162001 TATATATATA
* * *
162011 TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG TATT TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
162059 TATG TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATA TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
162107 TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG CATG TATA CATG AATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * * * *
162155 CATG CATG CATA CATG CATA CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162203 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162251 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162299 TATG TATG ATATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162346 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162394 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162442 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
162490 TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG CATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
162537 TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
162584 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
162632 CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
162680 CATG TATG CATG CATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
162728 TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
162776 CAAG TATG CATT TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
162824 TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATAG TAT- TATG CTATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG -TATG
162873 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162921 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
162969 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163017 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163065 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
163113 TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** * ** * *
163161 TATG CGTG TATG GATG CGTG CATG TATG TATG CGTG TATG GATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
163209 TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG TATG GATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* ** * * * *
163257 TATG GATG CGTG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * ** * * *
163305 CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** ** * ** *
163353 TATG CGTT TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG TATA TATG CGTG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** * * * * **
163401 TATG CGTG CATG TATG CGTG TGTG GATG CATG CATG TATG TATG CGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
163449 TATG GATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
163497 CATA TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
163545 CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
163593 TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG CATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
163641 TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
163689 CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
163737 TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
163783 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163831 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163879 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163927 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
163974 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
164020 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
164067 TATG TATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164115 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164159 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164207 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164253 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164300 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
164346 TATG TATG CATATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
164396 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
164442 TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATT TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
164490 TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATA TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
164538 TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164584 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164631 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
164679 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
164727 TATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG TATG TATG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
*
164776 TATG TATG TATAT TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164824 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
164871 TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164918 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
164966 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165012 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165060 TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165106 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G T-TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165152 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165200 TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG
165248 TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
165295 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
165341 TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG CATG TATG TATG CATG TGCATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG
* ** * *
165390 TATG TATG TTATG TATG TATG CATG TATG TATG CGTG TATG GATGCG CATG
1 TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT--G TATG
** * * *
165441 -ATG TATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * * *
165488 TATA TATG CATG CATG CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
165536 TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG CATG TTTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * ** * *
165584 GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
165632 CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG CATG TATG GATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* ** * * * * *
165680 GATG CGTG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * ** * * *
165728 CATG TATG GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** ** ** *
165776 CGTG TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
165824 TATG TATG TATA TGTG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
165873 TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
165920 TATG CATATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATGCG
1 TATG --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT--G
* ** * ** * *
165972 TATG GATG CGTG CATG TATG TATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
166020 TATG TATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG CATG TATG GATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
166068 TATG GATG T-TG TATG TATG TATG CATG TATG TA-- TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * ** * *
166113 CATG CATG TTTG GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CAT- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
166160 TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG -CTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * ** * *
166207 GATG CATG TATG GATG CGTG TATG TATG TATTG TATG TATA TGATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG T-ATG TATG
* * * * * ** * * *
166257 CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** ** ** * ** *
166305 TATG CGTG TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG CATG TATG CGTG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * * ** * *
166353 TATG CGTG TATG GATG CATG CT-TG TATG TATG CGTG TATG GATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
166401 TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
166449 TATG CATG TA-- TATG TATG TATG CATG CATG CATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
166495 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
166541 TATG CATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
166589 TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166637 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166685 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166733 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166781 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166829 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
166876 TATG CATG TATG CATG CATG TATA TATG TATG TAT- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
166923 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
166971 CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATT TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
167019 TATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
167067 CATG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG --TG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167112 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167160 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
167207 TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG CATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
167255 CATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167303 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167351 TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167400 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167447 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167495 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
167543 TCTG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
167590 TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
167638 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATAG TCTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG
*
167687 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTG TATG TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
167732 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TCTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167779 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167827 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167872 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
167919 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
167965 TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
168014 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
168062 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
168106 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TCTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
168152 TATG TATG TCTG TATG TATG --TG TATG ATATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG
168199 TATG TTATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG --TG TATG TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
168245 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TGATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG
168292 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
168341 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
168388 TA-G T-TG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
168433 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
168480 TA-G TATG TATG TATG TATG GATG TA-- TATG TATG TATGG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG
168526 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
168572 TATG TATG TATG TAGG TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * ** *
168620 TATG TA-G TATG TATG CATG TA-G TATGGG TA-G GATG CGTG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT--G TATG TATG TATG TATG TATG
** * * *
168667 TATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
168713 TATA TATG CATG CATG CATG TATG -ATG CATG TATG GATG TGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
168760 TATG TATG CATG TATG TA-- TATG CATG CATG CATG CATG TTTG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * ** * * *
168806 CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
168854 TATG TATA TATG CATG CATG CATG CATG TGATG GATG TATG -ATG -GTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
168901 TATG --TG TATG TATG TA-G CATG TATA TATG CATG TGCATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG
* * * ** * * * **
168948 GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATA TATG TATG CGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** ** *
168996 TATG CGTG TATG TATG CGTG CATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
169042 TATG TATA TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
169091 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
169139 CATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** * ** *
169187 TATG TATG CGTG TATG GATG CGTG CATG TATG TATG CGTG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
169235 CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
169283 CATG TATG GATG CATG TATG GATG TGTG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
169331 TAT- TATG CATG CATG CATG T-TG GATG CATG TATG GATG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
169377 -CTG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TGCTG CATG CA-G CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG
* * **
169424 TATG -ATG CATG TATG GATG CGTG TATG TATG TATG -ATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
169468 TATG CATG CATG CATG CATG TATG GATG CATG TA-G GATG -GTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * ** ** *
169514 GATG CATA TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG TATG TATGG TGCTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G T-ATG TATG
** * ** * * ** *
169564 CGTG CATG TATG CGTG TATG GATG CATTG TATG TATG CGTG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
169613 CATG TCTG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
169661 TATG TATG -CTG TATG TATG TATG TATG AATG CATG CATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
169707 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
169753 TATG TATG TATG -CTG TATG CATG CATG TATG TATG TATG TATA TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
169799 TATG TATG TATG TATG TATGCG TATG -CTG TATG TAGGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT--G TATG TATG TATG TA--TG TATG TATG
169846 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
169893 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
169941 TA-G TATG T-TG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
169986 TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170033 TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170080 TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170126 TATTG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170172 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170219 TATG TA-- TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATAG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG
*
170266 TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170313 TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
170361 TA-- TATG TATG TCTG TATG TATG TATG -CTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
170406 TATG CATG TATG TATG CATG -ATG TATG -GTG TATG CATG GATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170452 --TG TATG TA-G TATG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170497 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170545 TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
170593 TATG TATG GATG -ATG TATG TATG --TG TATG -CTG TATG CATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170635 TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TAT- T-TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170680 TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170728 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170775 TATG TATG TA-G TATG TCTG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170821 TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG --TG TATG
1 TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
170866 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
170914 TATG TATG -ATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG ATGTG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG
*
170960 TATG TATG TATG TATG TATG TCTG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
171006 TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171054 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
*
171101 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TAGG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171148 TA-G TATG TATG --TG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
171192 TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG -ATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171239 CTATGG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 -TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171288 TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
171337 TATG TATG -ATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
171383 TAATG TATG T-TG TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATT TATG TATG
1 T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * ** *
171431 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG GATG CGTG CATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * * * * *
171478 CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG -CTG TATG TATA TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * **
171525 CATG CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG CGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
171573 CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * * * ** **
171621 CGTG TATG GATG CATA TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** * ** * ** * *
171669 CGTG TATA TATG CGTG CATG TATG CGTG CATG TATG CGTG TGGTG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG
* * ** * ** * *
171718 CATG CATG TATG TATG CGTG TATG TAGGG TGATG TATG CGTG TGTG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG T-ATG TATG TATG TATG TATG
* *
171768 CATG TATG TATG TATG TATG T-TG -ATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171814 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171860 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TAGTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG
171908 TATG TATG T-TG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
171953 TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
171999 T-TG TATG T-TG TATG --TG TATG TATG TATG CATG TATG -CTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* **
172042 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG CGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* ** * ** * *
172088 GATG CGTG CATG TATG TATG CGTG TATG GATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * **
172136 CATG TATG TATA TATG CATG CATG TATG GATG CATG TATG GATG CGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
172184 TATG TATG TATG CATG TATG TA-- TATG CATG CATG CATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * ** *
172230 GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG CATATG TATGG T-T- TATG TATGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TAT-G TATG TATG TAT-G
** * ** ** * * *
172280 TTATG TATG CGTG TATA TATG CGTG -ATG TATG CGTG -CTG TAGCG TGGTG
1 -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG T-ATG
* * * ** * * *
172329 GATG CATG CATG TATG TATG CGTG TATG GATG CATG TAGG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
172377 TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG TATG TATG TATG TTATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
* * *
172426 CATG -CTG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
172472 TATA TATG TATG TA-- TATG TATA TATG TA-G TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
172516 CATG TGCATG CATG TATA TATG TATG TATG TATA TATG TATG --TG TATG
1 TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
172564 TATG TATG CATG TATG CATG T-TG TATG T-TG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
172610 TATG -ATG TATG TATG TAGG TATG CATG TATG TATG TATG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
172656 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
172704 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
172752 TATG TATG TATAG TATG TCTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
172801 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TGTAG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
172849 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
172896 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
172943 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
172990 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TA-G CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
173037 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
173085 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
173133 TATG CAT- TATG TAGG TATG TATG TATG TATG TCTG CATG -ATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
173179 TATG CATG TATG CATG TATG CATG TATG -CTG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
173226 TAATG TATG CATG TATG CATG TATG -CTG TATG TATG TATG TATG TATG
1 T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
173274 TATG TATG TATG T-GG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
173320 TATG -ATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * **
173367 CATG TATGG TATG TTATG TAT- TATG TATG TATG -CTG TATG TATG CGTG
1 TATG TAT-G TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* ** * ** * *
173415 TATG -GTG CGTG CATG TATG TATG CGTG TATGG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
173463 TATG TATA TA-G CATG CATG CATG CCATG TATG GATG CATG TATG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * * * * *
173511 CGTG TATG TATG TATG CATG TATG TATA TATG CATG CATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * ** * * **
173559 GATG CATG TATG GATG CGTG TATG GATG -ATA TATG TATG CGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * * ** * *
173606 TATG CGTG TATGG TATG -GTG TATA TATG CGTG CATG TATG CATG TATGCG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT--G
* * * ** ** * **
173656 TGTG GATG CA-G TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG CATG TATG CGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
173703 TGTG GATG CATG TATG TATG TA-G TA-G TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
173749 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
173797 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTA TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
*
173846 TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
173892 TA-G T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
173938 TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG T-TG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * ** *
173984 TATAG CATG TATG TATG TATG GATG TGCATG TATG TATG CGTG TATG GATG
1 TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
174035 CATG TATG TATG TATG CATG TATG TA-- TATG TATG CATG TATGG GATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
* * ** * * * *
174082 CATG TATG GATG CGTG TATG T-TG TATG CATG CATG TATA TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * * *
174129 CATG CATG CATG TATG GATG -CTG TATG GATG -GTG TATG GATG CATATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG
* ** * ** ** ** *
174177 TGTG CGTT TATG TATG CGTG TATG TATG CGTG TA-- TATG CGTG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * ** * * * * **
174223 TATG -GTG CATG TATG CGTG TGTG GATG CATG CATG TATG TATG CGTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
** * ** * * * *
174270 TATG TATG CGTG CATG TATG CGTG TGTG GATG CATG TATG TA-G TACG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
174317 TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
174365 TA-G TATG TATG -ATG TAGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
174411 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
174456 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
174502 TATG CATG TATG T
1 TATG TATG TATG T
174515 GTAAGTGTGT
Statistics
Matches: 10923, Mismatches: 1234, Indels: 686
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 110 0.01
3 403 0.04
4 10174 0.93
5 181 0.02
6 55 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.27, T:0.45
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:174529 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 174524--174641 Score: 93
Period size: 2 Copynumber: 58.5 Consensus size: 2
174514 TGTAAGTGTG
174524 TA TA TA TA TA TA -A GTA TA TA GTA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A
1 TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * *
174566 TA TA -A TA TA -A TA TA AA CTA TA TA GTA TA TG TA TA AA GTA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA -TA TA TA TA TA TA -TA TA
* * *
174607 TA AA CTA TA -A AA TA TA TG TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
174642 GACTAAATTG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 11, Indels: 22
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
1 5 0.05
2 81 0.86
3 8 0.09
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:174543 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 174527--174641 Score: 75
Period size: 9 Copynumber: 12.9 Consensus size: 9
174517 AAGTGTGTAT
174527 ATATATATA
1 ATATATATA
174536 AGTATATAGT-
1 A-TATATA-TA
174546 ATATATATA
1 ATATATATA
174555 TATATATATA
1 -ATATATATA
174565 ATATAATATA
1 ATAT-ATATA
174575 ATATA-A-A
1 ATATATATA
*
174582 CTATATAGT-
1 ATATATA-TA
*
174591 ATATGTATA
1 ATATATATA
174600 A-AGTATATA
1 ATA-TATATA
*
174609 A-ACTATAAA
1 ATA-TATATA
*
174618 ATATATGT-
1 ATATATATA
174626 ATATATAT-
1 ATATATATA
174634 ATATATAT
1 ATATATAT
174642 GACTAAATTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 9, Indels: 23
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.06
8 20 0.23
9 34 0.40
10 26 0.30
11 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (9 bp):
ATATATATA
Found at i:174550 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 174526--174634 Score: 71
Period size: 19 Copynumber: 5.8 Consensus size: 18
174516 TAAGTGTGTA
*
174526 TATATATATAAGTATATAG
1 TATATATATAA-TATAAAG
*
174545 TATATATATATATATATA-
1 TATATATATA-ATATAAAG
*
174563 TAATATAATATAATATAAAC
1 T-ATAT-ATATAATATAAAG
*
174583 TATATAGTATATGTATAAAG
1 TATATA-TATA-ATATAAAG
* *
174603 TATATA-A-ACTATAAAA
1 TATATATATAATATAAAG
*
174619 TATATGTATATATATA
1 TATATATATA-ATATA
174635 TATATATGAC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 7, Indels: 18
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.15
17 2 0.03
18 4 0.05
19 38 0.51
20 19 0.26
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TATATATATAATATAAAG
Found at i:174564 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 174524--174641 Score: 115
Period size: 29 Copynumber: 4.3 Consensus size: 28
174514 TGTAAGTGTG
174524 TATATATATATAAGTATATAGTATATATA
1 TATATATATATAAGTATAT-GTATATATA
174553 TATATATATATAA-TATA---ATATA-A
1 TATATATATATAAGTATATGTATATATA
* *
174576 TATAAACTATAT-AGTATATGTATAAAGTA
1 TATATA-TATATAAGTATATGTATATA-TA
* *
174605 TATAAACTATA-AAATATATGTATATATA
1 TATATA-TATATAAGTATATGTATATATA
174633 TATATATAT
1 TATATATAT
174642 GACTAAATTG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 5, Indels: 18
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.09
24 14 0.18
27 7 0.09
28 11 0.14
29 37 0.49
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (28 bp):
TATATATATATAAGTATATGTATATATA
Found at i:175051 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 174988--175054 Score: 109
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
174978 ATTGTTCTTT
* *
174988 TAAAAAAGTCTCCTACCATTTTTTCCCTC
1 TAAAAAATTCTCCTACCATATTTTCCCTC
175017 T-AAAAATTCTCCTACCATATTTTCCCTC
1 TAAAAAATTCTCCTACCATATTTTCCCTC
175045 TAAAAAATTC
1 TAAAAAATTC
175055 ACTCACACTC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
28 26 0.74
29 9 0.26
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
TAAAAAATTCTCCTACCATATTTTCCCTC
Found at i:175525 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 175454--175525 Score: 92
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
175444 TATATTTTTG
*
175454 ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATGAATTTA
1 ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATCAATTTA
* *
175490 ATTTTTTAAAGAAAA-TATATAAATATTTTACAATTT
1 ATTTTGTAAA-AAAATTATATAAATATTAT-CAATTT
175526 GTAATATTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 22 0.71
37 9 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
ATTTTGTAAAAAAATTATATAAATATTATCAATTTA
Found at i:175958 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 175942--175986 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 13
175932 TGAAATTAAT
175942 TTAATGATTATAA
1 TTAATGATTATAA
175955 TTAA-GATTTATAA
1 TTAATGA-TTATAA
*
175968 TATAAGGATTATAA
1 T-TAATGATTATAA
175982 TTAAT
1 TTAAT
175987 ATAAAAATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 2 0.07
13 14 0.50
14 10 0.36
15 2 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (13 bp):
TTAATGATTATAA
Found at i:176107 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 176083--176119 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
176073 TAAATTCAAT
176083 ATCTCATAACTTCAACAAA
1 ATCTCATAACTTCAACAAA
176102 ATCTCATAACTTCAACAA
1 ATCTCATAACTTCAACAA
176120 TTATAACTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.27, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (19 bp):
ATCTCATAACTTCAACAAA
Found at i:178066 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 177968--178049 Score: 128
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
177958 ATTTGACAAG
* *
177968 TTGAAAAATTCATCTTGGTTGGTGGCCAACCTA
1 TTGAAAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTA
* *
178001 TTGGAAATTTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTA
1 TTGAAAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTA
178034 TTGAAAAATTCATCTT
1 TTGAAAAATTCATCTT
178050 TGATAGGTGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 43 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (33 bp):
TTGAAAAATTCATCTTGGTTGGTGACCAACTTA
Found at i:181120 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 180994--181120 Score: 141
Period size: 60 Copynumber: 2.1 Consensus size: 59
180984 TAAATGGTCC
* *
180994 TCGACTATAGGGAACTACTTTATTAAGTCCCTGACTATTTAAAGTTATAAAATAGTTCA
1 TCGACTATAGGGAACTACTTTATTAAGTCCCTGACTATTGAAAGTTACAAAATAGTTCA
* * * * * *
181053 TCAACTATA-GGACACTGCTTTGTTGAGTCTCTCGACTATTGAAAGTTACAAAGTAGTT-A
1 TCGACTATAGGGA-ACTACTTTATTAAGTCCCT-GACTATTGAAAGTTACAAAATAGTTCA
181112 TCCGACTAT
1 T-CGACTAT
181121 TTATATGTTT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 9, Indels: 5
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 3 0.05
59 25 0.45
60 28 0.50
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
TCGACTATAGGGAACTACTTTATTAAGTCCCTGACTATTGAAAGTTACAAAATAGTTCA
Found at i:182924 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 182855--182941 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.8 Consensus size: 31
182845 TCCGAAGGAC
* *
182855 CTATCCATATGTCCCGAAGAACATAAG-T-AA
1 CTATCCATATATCCCGAAGGACAT-AGCTAAA
* * *
182885 CTGTCCATATATCCTGAATGACATAGCTAAA
1 CTATCCATATATCCCGAAGGACATAGCTAAA
*
182916 CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAG
1 CTATCCATATATCCCGAAGGACATAG
182942 GTAACCCTCG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 3
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.04
30 20 0.43
31 24 0.52
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.15, T:0.25
Consensus pattern (31 bp):
CTATCCATATATCCCGAAGGACATAGCTAAA
Found at i:187295 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 187226--187316 Score: 130
Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31
187216 TCCGAAGGAC
* *
187226 CTATCCATATGTCCCGAAGAACATAAGT-AA
1 CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAGGTAAA
* * *
187256 CTGTCCATATATCCTGAAGGACATAGGTAAA
1 CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAGGTAAA
187287 CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAGGTAA
1 CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAGGTAA
187317 CCCTCAACTC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 23 0.44
31 29 0.56
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (31 bp):
CTATCCATATGTCCCGAAGGACATAGGTAAA
Found at i:189470 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 189463--189490 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
189453 AATCCTTAAC
189463 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
189491 ATGTAAGATG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:194162 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 194147--194171 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
194137 GCCATATTTG
194147 TTTTTTTTCTT
1 TTTTTTTTCTT
194158 TTTTTTTTCTT
1 TTTTTTTTCTT
194169 TTT
1 TTT
194172 CTATATTTCA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.08, G:0.00, T:0.92
Consensus pattern (11 bp):
TTTTTTTTCTT
Found at i:194557 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 194538--194569 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
194528 AGGTAGTATT
194538 TTTTGTAATAAAAG
1 TTTTGTAATAAAAG
194552 TTTTGTAATAAAAG
1 TTTTGTAATAAAAG
194566 TTTT
1 TTTT
194570 TATATATTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
TTTTGTAATAAAAG
Found at i:194793 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 194770--194807 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
194760 TGTGAATTCA
194770 AAAATACCTA-GATAAATT
1 AAAATACCTAGGATAAATT
*
194788 AAAATACTTAGGATAAATT
1 AAAATACCTAGGATAAATT
194807 A
1 A
194808 TTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.50
19 9 0.50
ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.08, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
AAAATACCTAGGATAAATT
Found at i:199178 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 199143--199209 Score: 89
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
199133 AATATACACA
* * *
199143 GGGAAGAAAAGAGCAATTAATAATTAGCATG
1 GGGAACAAAAAAGCAATTAATAATTAACATG
* *
199174 GGGAACAAAAAAGCAATTAGTAATTAACATT
1 GGGAACAAAAAAGCAATTAATAATTAACATG
199205 GGGAA
1 GGGAA
199210 TAAGATAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.24, T:0.19
Consensus pattern (31 bp):
GGGAACAAAAAAGCAATTAATAATTAACATG
Found at i:202364 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 202333--202379 Score: 71
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
202323 GTAATGAAAT
*
202333 ATTTAAAT-AATAAAAGCG
1 ATTTAAATAAATAAAAGCA
202351 A-TTAAATAAATAAAAGCA
1 ATTTAAATAAATAAAAGCA
202369 ATTTAAATAAA
1 ATTTAAATAAA
202380 AATAAGAAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.23
18 11 0.42
19 9 0.35
ACGTcount: A:0.62, C:0.04, G:0.06, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
ATTTAAATAAATAAAAGCA
Found at i:202382 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 202336--202384 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
202326 ATGAAATATT
*
202336 TAAATAATAAAAGCGATTAAA
1 TAAA-AATAAAAGCAATTAAA
202357 T--AAATAAAAGCAATTTAAA
1 TAAAAATAAAAGCAA-TTAAA
202376 TAAAAATAA
1 TAAAAATAA
202385 GAAAATATAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 6
0.77 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.42
19 7 0.29
21 7 0.29
ACGTcount: A:0.65, C:0.04, G:0.06, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAATAAAAGCAATTAAA
Found at i:203002 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 202975--203011 Score: 65
Period size: 11 Copynumber: 3.3 Consensus size: 11
202965 AACAAAGCTT
202975 GAAAAATAAAA
1 GAAAAATAAAA
202986 GAAAAATAAAA
1 GAAAAATAAAA
202997 GAAAAATGAAAA
1 GAAAAAT-AAAA
203009 GAA
1 GAA
203012 CTTGAAAAGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 18 0.72
12 7 0.28
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.14, T:0.08
Consensus pattern (11 bp):
GAAAAATAAAA
Found at i:209942 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 209914--209963 Score: 91
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
209904 TTTAGCACCA
209914 TATCACTACATGTTTATGCTTCAGT
1 TATCACTACATGTTTATGCTTCAGT
*
209939 TATCCCTACATGTTTATGCTTCAGT
1 TATCACTACATGTTTATGCTTCAGT
209964 ACCTCTAATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 24 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
TATCACTACATGTTTATGCTTCAGT
Found at i:212953 original size:23 final size:28
Alignment explanation
Indices: 212896--212951 Score: 112
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
212886 ATTGTTTACG
212896 AGATTTTATTCGAAATGAATATATGATT
1 AGATTTTATTCGAAATGAATATATGATT
212924 AGATTTTATTCGAAATGAATATATGATT
1 AGATTTTATTCGAAATGAATATATGATT
212952 TTTAGTAAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 28 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (28 bp):
AGATTTTATTCGAAATGAATATATGATT
Found at i:213981 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 213936--214027 Score: 127
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41
213926 ATTTACTATG
213936 TATATATATATTTTCTTAATATTATATTTTATATGTT-TTTA
1 TATATATATATTTTCTTAATATTATATTTTATAT-TTATTTA
* *
213977 TATATAT-T-TTTTCTTAATATTCTATTTTTTATTTATTTA
1 TATATATATATTTTCTTAATATTATATTTTATATTTATTTA
*
214016 TTTATATATATT
1 TATATATATATT
214028 ATATTTTTAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 6
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.04
39 32 0.71
40 2 0.04
41 9 0.20
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.01, T:0.66
Consensus pattern (41 bp):
TATATATATATTTTCTTAATATTATATTTTATATTTATTTA
Found at i:213996 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 213940--214006 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
213930 ACTATGTATA
*
213940 TATATATTTTCTTAATAT
1 TATATTTTTTCTTAATAT
* **
213958 TATATTTTATATGTTTTTAT
1 TATATTTT-T-TCTTAATAT
213978 ATATATTTTTTCTTAATAT
1 -TATATTTTTTCTTAATAT
*
213997 TCTATTTTTT
1 TATATTTTTT
214007 ATTTATTTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 6
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.42
19 7 0.18
20 7 0.18
21 8 0.21
ACGTcount: A:0.27, C:0.04, G:0.01, T:0.67
Consensus pattern (18 bp):
TATATTTTTTCTTAATAT
Found at i:214005 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 213971--214049 Score: 76
Period size: 30 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
213961 ATTTTATATG
* *
213971 TTTTTATATATATTT-TTTCT-TAATATTCTA
1 TTTTTATATATATTTATTTATAT-ATATTATA
*
214001 TTTTT-TATTTATTTATTTATATATATTATA
1 TTTTTATATATATTTATTTATATATATTATA
*
214031 TTTTTACTTTAT-TTTATTT
1 TTTTTA-TATATATTTATTT
214050 TTTTCTATTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 7
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.20
30 21 0.52
31 8 0.20
32 3 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTATATATATTTATTTATATATATTATA
Found at i:214052 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 214004--214067 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
213994 TATTCTATTT
*
214004 TTTA-TTTATTTATTTA-
1 TTTATTTTATTTTTTTAC
* * *
214020 TATATATTATATTTTTAC
1 TTTATTTTATTTTTTTAC
214038 TTTATTTTATTTTTTT-C
1 TTTATTTTATTTTTTTAC
214055 TATTATTTT-TTTT
1 T-TTATTTTATTTT
214068 CTTAATATCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 7, Indels: 5
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.08
17 15 0.39
18 20 0.53
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTATTTTATTTTTTTAC
Found at i:214065 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 213999--214065 Score: 80
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
213989 CTTAATATTC
213999 TATTTTTTATTTATTTATTTATATATAT
1 TATTTTTTATTTATTTATTTATATATAT
* * *
214027 TATATTTTTACTTTATTTTATTTTTTTCTAT
1 TAT-TTTTTA-TTTA-TTTATTTATATATAT
214058 TATTTTTT
1 TATTTTTT
214066 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.09
29 6 0.18
30 9 0.27
31 15 0.45
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (28 bp):
TATTTTTTATTTATTTATTTATATATAT
Found at i:214097 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 214057--214139 Score: 87
Period size: 36 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
214047 TTTTTTTCTA
*
214057 TTATTTTTTTTCTTAATATCATGTATATCT-TTATTT
1 TTATTTTTTTTCTTAATAT--TATATATCTATTATTT
* * *
214093 TTATTTGTTTTACTTAGTATTATATATTTATTATTT
1 TTATTT-TTTTTCTTAATATTATATATCTATTATTT
*
214129 TTATTTGTTTT
1 TTATTTTTTTT
214140 AGTAAATACT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 5
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 10 0.26
36 18 0.46
37 11 0.28
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.05, T:0.69
Consensus pattern (35 bp):
TTATTTTTTTTCTTAATATTATATATCTATTATTT
Found at i:214211 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 214166--214213 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
214156 TATGTACACA
214166 TTATTTTTATT-CCTTTT
1 TTATTTTT-TTACCTTTT
*
214183 TAATTTGTTTTACCTTTTT
1 TTATTT-TTTTACC-TTTT
214202 TTATTTTTTTAC
1 TTATTTTTTTAC
214214 TCCATTAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.27
18 10 0.38
19 9 0.35
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.02, T:0.73
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTTTTTACCTTTT
Found at i:215466 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 215434--215464 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
215424 ATCTTACTAA
215434 CTCTTTTTATTTTTT
1 CTCTTTTTATTTTTT
215449 CTCTCTTTTATTTTTT
1 CTCT-TTTTATTTTTT
215465 TCCATCATCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.27
16 11 0.73
ACGTcount: A:0.06, C:0.16, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (15 bp):
CTCTTTTTATTTTTT
Found at i:217460 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 217429--217479 Score: 63
Period size: 13 Copynumber: 3.8 Consensus size: 14
217419 AAAAGAGAAA
*
217429 AAAGAGAAAAAAAGC
1 AAAGAGAAAATAA-C
217444 AAAGAGAAAATAA-
1 AAAGAGAAAATAAC
217457 AAAGAGAAAA-AAC
1 AAAGAGAAAATAAC
217470 AAAG-GAAAAT
1 AAAGAGAAAAT
217480 TGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 6
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.21
13 14 0.42
15 12 0.36
ACGTcount: A:0.75, C:0.04, G:0.18, T:0.04
Consensus pattern (14 bp):
AAAGAGAAAATAAC
Done.