Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2869312
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 6 of 11
Found at i:1315438 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1315413--1315464 Score: 77
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
1315403 ATGGCCTCGG
*
1315413 TCGGATGACCTCGGATGCTC
1 TCGGATGGCCTCGGATGCTC
* *
1315433 TCGGATGGCCTCGTATGCTT
1 TCGGATGGCCTCGGATGCTC
1315453 TCGGATGGCCTC
1 TCGGATGGCCTC
1315465 AGTCGGATGG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 29 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.29, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
TCGGATGGCCTCGGATGCTC
Found at i:1315482 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1315399--1315483 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 7.6 Consensus size: 11
1315389 CATAGCTCGT
1315399 TCGGATGGCCTC
1 TCGGATGG-CTC
*
1315411 GGTCGGATGAC-C
1 --TCGGATGGCTC
1315423 TCGGAT-GCTC
1 TCGGATGGCTC
1315433 TCGGATGGC-C
1 TCGGATGGCTC
* *
1315443 TCGTAT-GCTT
1 TCGGATGGCTC
1315453 TCGGATGGCCTC
1 TCGGATGG-CTC
1315465 AGTCGGATGGC-C
1 --TCGGATGGCTC
1315477 TCGGATG
1 TCGGATG
1315484 CCCAGCGTGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 18
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
9 3 0.05
10 31 0.53
11 3 0.05
12 4 0.07
13 2 0.03
14 15 0.26
ACGTcount: A:0.12, C:0.27, G:0.35, T:0.26
Consensus pattern (11 bp):
TCGGATGGCTC
Found at i:1316093 original size:15 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1316066--1316091 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
1316056 GTGATTATTG
1316066 GTAATCTGATTTT
1 GTAATCTGATTTT
1316079 GTAATCTGATTTT
1 GTAATCTGATTTT
1316092 TTTTTTGTAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.15, T:0.54
Consensus pattern (13 bp):
GTAATCTGATTTT
Found at i:1318682 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1318639--1318712 Score: 94
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
1318629 ATTTGTACAC
* *
1318639 TTTTGGTCACTTATGTCACTGTTTTATTAAG
1 TTTTGGTCACTTACGTCACTGCTTTATTAAG
* * * *
1318670 TTTTAGTCACTTACGTTATTGCTTTATTGAG
1 TTTTGGTCACTTACGTCACTGCTTTATTAAG
1318701 TTTTGGTCACTT
1 TTTTGGTCACTT
1318713 GGAAATGAGA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 36 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.14, G:0.16, T:0.53
Consensus pattern (31 bp):
TTTTGGTCACTTACGTCACTGCTTTATTAAG
Found at i:1319527 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1319456--1319591 Score: 186
Period size: 62 Copynumber: 2.2 Consensus size: 62
1319446 GTCTAAGTAA
* *
1319456 CCAAAACTTAATAAAACGATAACGTAAGTGACCAAAAGTATACAAATATGAAAGGAA-AGTGAG
1 CCAAAACTTAATAAAACAATAACGTAAGTGACCAAAAGTATACAAATATAAAAGGAATA-TG-G
* * * *
1319519 -CAAAACTTAATAAAATAATAACTTGAGTGACCAAAAGTGTACAAATATAAAAGGAATATGG
1 CCAAAACTTAATAAAACAATAACGTAAGTGACCAAAAGTATACAAATATAAAAGGAATATGG
1319580 CCAAAACTTAAT
1 CCAAAACTTAAT
1319592 TCATGTATTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 5
0.86 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
61 1 0.02
62 63 0.97
63 1 0.02
ACGTcount: A:0.52, C:0.12, G:0.15, T:0.21
Consensus pattern (62 bp):
CCAAAACTTAATAAAACAATAACGTAAGTGACCAAAAGTATACAAATATAAAAGGAATATGG
Found at i:1319998 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1319969--1320023 Score: 110
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
1319959 ACTTTCATCC
1319969 TCTCATATTTTCTATCCTTTACACCA
1 TCTCATATTTTCTATCCTTTACACCA
1319995 TCTCATATTTTCTATCCTTTACACCA
1 TCTCATATTTTCTATCCTTTACACCA
1320021 TCT
1 TCT
1320024 AAACCGTTCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 29 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TCTCATATTTTCTATCCTTTACACCA
Found at i:1320033 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1319978--1320033 Score: 69
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
1319968 CTCTCATATT
* **
1319978 TTCTATCCTTTACACCATCTCATATT
1 TTCTATCCTTTACACCATCTCAAACG
1320004 TTCTATCCTTTACACCATCT-AAACCG
1 TTCTATCCTTTACACCATCTCAAA-CG
1320030 TTCT
1 TTCT
1320034 TTTATTATAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 2 0.08
26 24 0.92
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (26 bp):
TTCTATCCTTTACACCATCTCAAACG
Found at i:1324196 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1324107--1324286 Score: 118
Period size: 28 Copynumber: 6.2 Consensus size: 28
1324097 AAAAAAAAAT
*
1324107 TAAATTACAATAAAAG-GCTAAACTTTTTA
1 TAAATTACAAT-AAAGTAC-AAACTTTTTA
* *
1324136 -AATTTTATAATAAAGGATA-AAACTATTTT-
1 TAA-ATTACAATAAA-G-TACAAACT-TTTTA
1324165 TAAATTACAATAAAGTACAAACTTTTTA
1 TAAATTACAATAAAGTACAAACTTTTTA
* **
1324193 TAAATTACAAAAAAGTACATATTTTTTTTA
1 TAAATTACAATAAAGTACA-A-ACTTTTTA
* * *
1324223 TAAATTACAATTAAGTATAAAAC-GTTTA
1 TAAATTACAATAAAGTA-CAAACTTTTTA
* * * *
1324251 TAAATTAAAATAAAATACAAAAGTATTTA
1 TAAATTACAATAAAGTAC-AAACTTTTTA
1324280 TAAATTA
1 TAAATTA
1324287 TGATAAAAGA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 20, Indels: 26
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.05
28 50 0.42
29 33 0.28
30 28 0.24
31 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (28 bp):
TAAATTACAATAAAGTACAAACTTTTTA
Found at i:1325401 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1325396--1325421 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
1325386 ACTCATGTTC
1325396 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1325422 GAACATATAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1326685 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1326612--1326708 Score: 110
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
1326602 TTGTTTCTAA
* *
1326612 TTAAATTTTAAATTTTTTGAAAAATATAAATA-GTTTAATATTT
1 TTAAATTTTAAATATTTTGAAAAATATAAAAATGTTTAATATTT
* *
1326655 TTATAATTTTGAAATATTTT--AAAATAATAAAAATTTTTGATATTT
1 TTA-AATTTT-AAATATTTTGAAAAAT-ATAAAAATGTTTAATATTT
1326700 TTAAATTTT
1 TTAAATTTT
1326709 TTTAAAAATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
43 8 0.17
44 18 0.39
45 20 0.43
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (44 bp):
TTAAATTTTAAATATTTTGAAAAATATAAAAATGTTTAATATTT
Found at i:1326691 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1326651--1326720 Score: 88
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
1326641 ATAGTTTAAT
1326651 ATTTTT-ATAATTTTGAAATATTTTAAAATAATAAAA
1 ATTTTTGAT-ATTTTGAAATATTTTAAAA-AATAAAA
* * *
1326687 ATTTTTGATATTTTTAAATTTTTTTAAAAATAAA
1 ATTTTTGATATTTTGAAATATTTTAAAAAATAAA
1326721 TGTTAAAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 6 0.20
36 22 0.73
37 2 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (35 bp):
ATTTTTGATATTTTGAAATATTTTAAAAAATAAAA
Found at i:1338176 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1329852--1338158 Score: 11029
Period size: 4 Copynumber: 2110.0 Consensus size: 4
1329842 AAGGTAGACA
* *
1329852 TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1329900 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1329948 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1329996 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330044 TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TATG TATG TATG TGCATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG
*
1330095 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330142 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330190 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330238 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330285 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330331 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330379 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330427 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330475 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1330523 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1330571 CATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330619 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330667 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1330715 TATG TATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1330763 TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1330811 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1330859 TATG TATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1330907 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1330955 TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1331003 TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1331051 CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1331097 TATG TATG TATG TATG TACG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1331145 TATG TATG TATG TATG CATG TATA TATG TATG CATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1331193 CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1331241 TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1331289 TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1331337 TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1331385 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1331433 TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1331481 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1331529 CATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1331577 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1331625 TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1331673 TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1331721 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1331769 TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1331817 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1331865 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1331913 TATG TATG TATG TGTG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG
* *
1331963 CATG TATG TATG TGCATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1332013 TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332059 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332105 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1332153 CATG TATG TATG TATG TATG TA-G CATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1332200 TATG TATG TATG CATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1332247 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332295 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1332343 TATG TA-G TATG TATG TATG TGCATG TATG --TG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1332390 TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG T-TG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1332437 TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332485 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1332530 TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1332578 TATG TATG TATG CATG TAT- TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1332625 TATG -ATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332672 TATG --TG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG
*
1332718 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332764 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332812 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332856 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332904 TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1332951 TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1332998 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1333045 TATG TATG TATG -A-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1333091 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TAT- TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1333138 CATG TATG CATG TATG TATG TATG GATG TATG TATG TATTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
*
1333187 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1333233 CATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG CATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1333279 TAT- CATG TATG CATG TATG TATG TATG -ATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1333323 CATG TATG CATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1333369 CATG TATG TATG -ATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1333416 CATG TATG TATG TATG CATG TATG -ATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1333463 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TGGATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1333511 TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TTATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
* * * *
1333560 TATG -ATG CATG TATG TA-G -ATG TGTA TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1333605 TATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1333653 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
*
1333700 TATG TATG -ATG TATG TA-G TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1333746 TATG -A-G TATG --TG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1333790 TATG TATG T-TG TATG TATG -ATG T-TG TATG TATG TATG TATG CAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1333834 T-TG TATG -ATG TATG TA-G TATG TA-G TATG TATG TATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1333877 -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CA-G -ATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1333922 TATG TTATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1333971 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAATG TATG TA-G TATG TATG TAT-
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1334018 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1334064 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1334111 --TG TATG TATG T-TG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334155 TATG TATG TAT- TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334200 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG CTGTA TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG
1334247 TATG TATG TATG TATGG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1334292 TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334340 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1334387 TATG -ATG CATATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATATG TATG
1 TATG TATG --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TATG
*
1334434 TATG CA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG
* * *
1334482 TATG TGT- TAATG TATG TATG TATG CA-G TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1334529 TA-- TATG TATG TATG TATG ATATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1334576 TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1334619 TATG TATG CATTG TATG TATG CAGGTG CATG TATG TATG -CTG TATG TATG
1 TATG TATG TA-TG TATG TATG TA--TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334669 CATG TATG TATG TGT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG
* *
1334717 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334764 TATG TATG TATG TATG TATGCG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TGTG
1 TATG TATG TATG TATG TAT--G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1334814 TATG TATG TATG CATG TAT- AATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1334861 TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1334909 TATG --TG TATG CATG -ATG TATG TATG TGTG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1334954 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGG TATG TATG TCATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG
* * * * *
1334999 TATG CATG TATG TATG CATG CATG CA-G TATG TATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1335046 TATG TATG TA-- TATG CATG TATG TATG CATG --TG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1335089 CATG TATG CATG TATG CA-G TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1335134 TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG
*
1335184 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TA-G TATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1335230 TATG TCTG TATG TATG TATAT TATG TATG TATG CATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1335278 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG -ATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1335325 TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1335370 TATG TATG CATGG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG CATG TA-- TATG
1 TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1335416 TATG TGCATG TATG TATG TATG TATG CA-G TATG TA-G TATG -ATG TATG
1 TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1335463 GATG TATG CATG TA-G TATG TATG TATG CATG TA-G CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1335509 CATG TATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1335556 CATG CATG CATG TATG TATG CATG TGCATG TATG TATG CATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1335605 TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1335653 TA-- TATG CATG CATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1335699 TA-- TATG TATG TATG CATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1335745 TATA TATG CATG TATG TATG CATG TGTA TATG TATG -CTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1335792 TATG TATG -ATG TATG TATG TA-G CATG -ATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1335837 TATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATATG TA-G CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TATG TATG TATG
*
1335886 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATTG TATG TAGTA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TA-TG
1335936 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1335982 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1336029 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1336075 CTGCTG TATG T-TG CATG TATG TATG CATG -ATG TATG TATG CATG CATG
1 -T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1336123 CATG TCTG TATG CATG -ATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
1336170 CATG TATG TATG CAGG TATG TATG CATG CA-G CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1336217 CATG CATG TATG TATG ATCATG TATG TATG CATG TA-- TATG TAT- TATG
1 TATG TATG TATG TATG -T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * * *
1336264 CCTGTG TATG TATG TATG CATG CATG CA-G TATA TATG CATG TATG CATG
1 --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1336313 TATG TATG TATG CAT- TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1336360 --TG TATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1336406 TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG -ATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1336451 TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1336500 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1336548 TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1336593 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1336641 -ATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1336687 CATG TATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
1336735 TATG T-TG TATG --TG TATG TAATG CATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1336779 -CTG TATG TATG TATG CATATG -CTG TATA TATG CATG --TG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG --TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1336824 TATG TATG CATG CATG TATG TATG CAT- CATG TATG TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
1336871 TATG TATG CATG TAT- TATG TATG CATG TATG CATATG TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1336920 CATG TA-- TATG CATATG CATG TAATG TATG CATG CATG TATTG CATG
1 TATG TATG TATG --TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG TA-TG TATG
* * * * * *
1336966 TATAG T-TG CATG TATG TATG TATG CATG CATG CATG TATA TATG CATG
1 TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1337014 --TG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TGCATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T--ATG TATG
* * * * *
1337062 TATG TATG CATG CATG TATG TATG TTATG TAT- CATG CATG -CTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1337109 TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATGG CATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG
*
1337158 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337206 TATG TAT- TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TA-G
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1337251 TA-G TCTG TATG TATG TA-- TATG TATG TGTG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337296 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAATG TATG TATG TATG TAATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG T-ATG TATG
* * * * *
1337346 -ATG CAATG TATG CATATG TATG TATG TATA TGCTG CATG CATG TATG
1 TATG -TATG TATG --TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG
* * * * *
1337393 TATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1337441 TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1337489 CATG CATG TATG TATG CATG TA-- TATG TATG TATG CATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1337535 TATG TATG CATG CATG CATG TATA TATG CATG TATG TATG CATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * *
1337581 TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1337629 CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
1337677 TATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337725 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337773 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337820 TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1337866 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATGG TATGG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TAT-G TATG TATG TATG TATG
* * *
1337914 TATG TATG AATG TCTG CATG TATG TATG TATG TATG CATATG -ATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TATG TATG TATG
* * * * * *
1337963 CATG GATG TATG TATG CATG CATG TATG TATG TATG CATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1338011 TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG TATG CATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * * *
1338059 TATG TATG TATG CATG CATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
1338107 TATG TATG CATG CATG CATG TATG TATG CATG TATG TATG CATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1338155 TATG
1 TATG
1338159 CATGCATGCA
Statistics
Matches: 7448, Mismatches: 575, Indels: 560
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 99 0.01
3 296 0.04
4 6853 0.92
5 121 0.02
6 79 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.25, T:0.45
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:1338291 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1338282--1338344 Score: 58
Period size: 4 Copynumber: 16.2 Consensus size: 4
1338272 CTTGACAACG
* * * * * *
1338282 GCAT GCAT GCAT GTAT GTAT GCAT GTAT GTAT GCAT GTAT GTAT GCAT
1 GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT GCAT
1338330 GCAT GCA- -CAT GCAT G
1 GCAT GCAT GCAT GCAT G
1338345 TATTATTCTT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 4
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
4 49 0.96
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (4 bp):
GCAT
Found at i:1338292 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1338114--1338450 Score: 667
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
1338104 ATGTATGTAT
1338114 GCATGCATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGCATGCACATGCATGTA
1 GCATGCATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGCATGCACATGCATGTA
1338179 TTATTCTTATAAAATCAATGTCGGGTACATAATAGAGATGCTATTGCTGTTGCTGCAAAACTTCG
66 TTATTCTTATAAAATCAATGTCGGGTACATAATAGAGATGCTATTGCTGTTGCTGCAAAACTTCG
1338244 TCAGTATGCAAGTA-TTCACTATTTTTACCTTGACAACG
131 TCAGTATGCAAGTATTTCACTATTTTTACCTTGACAACG
1338282 GCATGCATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGCATGCACATGCATGTA
1 GCATGCATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGCATGCACATGCATGTA
1338347 TTATTCTTATAAAATCAATGTCGGGTACATAATAGAGATGCTATTGCTGTTGCTGCAAAACTTCG
66 TTATTCTTATAAAATCAATGTCGGGTACATAATAGAGATGCTATTGCTGTTGCTGCAAAACTTCG
1338412 TCAGTATGCAAGTATTTCACTATTTTTACCTTGACAACG
131 TCAGTATGCAAGTATTTCACTATTTTTACCTTGACAACG
1338451 TAGAATTGCT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 144 0.86
169 24 0.14
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GCATGCATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGTATGTATGCATGCATGCACATGCATGTA
TTATTCTTATAAAATCAATGTCGGGTACATAATAGAGATGCTATTGCTGTTGCTGCAAAACTTCG
TCAGTATGCAAGTATTTCACTATTTTTACCTTGACAACG
Found at i:1338305 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1338288--1338330 Score: 86
Period size: 12 Copynumber: 3.6 Consensus size: 12
1338278 AACGGCATGC
1338288 ATGCATGTATGT
1 ATGCATGTATGT
1338300 ATGCATGTATGT
1 ATGCATGTATGT
1338312 ATGCATGTATGT
1 ATGCATGTATGT
1338324 ATGCATG
1 ATGCATG
1338331 CATGCACATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 31 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.26, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
ATGCATGTATGT
Found at i:1339143 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1339114--1339162 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
1339104 TGAATTGGGA
1339114 TTGGAGAAAGGAGGG-TTAGGGATT
1 TTGGAG-AAGGAGGGATTAGGGATT
* *
1339138 TTGGAGGATGAGGGATTAGGGATT
1 TTGGAGAAGGAGGGATTAGGGATT
1339162 T
1 T
1339163 GCGAGAGAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.27
24 16 0.73
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.45, T:0.29
Consensus pattern (24 bp):
TTGGAGAAGGAGGGATTAGGGATT
Found at i:1351133 original size:373 final size:368
Alignment explanation
Indices: 1350439--1351179 Score: 1412
Period size: 367 Copynumber: 2.0 Consensus size: 368
1350429 ACATCAAGGC
1350439 CATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTTTGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTAT
1 CATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTTTGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTAT
1350504 GAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAAAAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAG
66 GAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAAAAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAG
1350569 CAGCAGTATGCAAGACCATATATCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTA
131 CAGCAGTATGCAAGACCATATATCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTA
1350634 TTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGG
196 TTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGG
1350699 CTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCT-AAACC
261 CTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAAACC
1350763 CTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGTTTAACAGGGTACTACA
326 CTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGTTTAACAGGGTACTACA
1350806 CATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTTTGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTAT
1 CATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTTTGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTAT
1350871 GAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAAAAATTTGTCTTGGTATTCTTTGATGACATTTTGGTGTAC
66 GAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAAAAATTTGTCTTGGTA-TCTTTGATGACA-TTTGGTGTAC
1350936 AGCAGCAGTATGCAAGACCATATTAATCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAA
129 AGCAGCAGTATGCAAGACCATA-T-ATCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAA
*
1351001 ATTATTTGCAAAATTGTCCAAATATTTTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCACATCA
192 ATTATTTGCAAAATTGTCC-AATA-TTTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCA
1351066 TTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCT
255 TTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCT
1351131 AAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGTTTAACAGGGTACTACA
320 AAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGTTTAACAGGGTACTACA
1351180 GGAGGTTTAT
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 1, Indels: 7
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
367 106 0.29
368 12 0.03
369 32 0.09
370 1 0.00
371 59 0.16
372 4 0.01
373 104 0.28
374 48 0.13
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (368 bp):
CATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTTTGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTAT
GAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAAAAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAG
CAGCAGTATGCAAGACCATATATCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTA
TTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGG
CTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAAACC
CTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGTTTAACAGGGTACTACA
Found at i:1351206 original size:367 final size:366
Alignment explanation
Indices: 1350465--1351182 Score: 1285
Period size: 373 Copynumber: 1.9 Consensus size: 366
1350455 TGATGCCTTT
1350465 TGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTATGAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAA
1 TGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTATGAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAA
1350530 AAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAGCAGCAGTATGCAAGACCATATATCAT
66 AAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAGCAGCAGTATGCAAGACCATATATCAT
1350595 TTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTATTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTG
131 TTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTATTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTG
1350660 GACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGC
196 GACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGC
1350725 AAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGT
261 AAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGT
** ** ** *
1350790 TTAACAGGGTACTACACATTATGAATTTAAGGTGATGCCTTT
326 TTAACAGGGTACTA-ACAGGATGAATTTAAGCAGATAACTTA
1350832 TGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTATGAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAA
1 TGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTATGAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAA
1350897 AAATTTGTCTTGGTATTCTTTGATGACATTTTGGTGTACAGCAGCAGTATGCAAGACCATATTAA
66 AAATTTGTCTTGGTA-TCTTTGATGACA-TTTGGTGTACAGCAGCAGTATGCAAGACCATA-T-A
1350962 TCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTATTTGCAAAATTGTCCAAATATT
127 TCATTTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTATTTGCAAAATTGTCC-AATA-T
*
1351027 TTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCACATCATTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAAC
190 TTTTTGGACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAAC
1351092 CCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTT
255 CCCAGCAAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCT-AAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTT
1351157 TCTAGGTTTAACAGGGTACT-ACAGGA
319 TCTAGGTTTAACAGGGTACTAACAGGA
1351183 GGTTTATCAG
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 3, Indels: 9
0.97 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
367 80 0.23
368 12 0.04
369 32 0.09
370 1 0.00
371 59 0.17
372 8 0.02
373 104 0.30
374 45 0.13
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (366 bp):
TGGCCTTACTAATTCTCATGCTACATTTCAGGCTCTTATGAATAAATTATTTAATTTTTCTTCAA
AAATTTGTCTTGGTATCTTTGATGACATTTGGTGTACAGCAGCAGTATGCAAGACCATATATCAT
TTGCAGATGGTTTTAGAAGTTTTACAAGTAAACAAATTATTTGCAAAATTGTCCAATATTTTTTG
GACAGACTCAGGTAGAGTATTTAGGCCAAATCATTTCGGCTGCAGGGGTGGCTACTAACCCCAGC
AAGGTGGAAGTCATGCAGACTTGGCCTAGACCTAAACCCTTAAGTCTCTATGCGGGTTTCTAGGT
TTAACAGGGTACTAACAGGATGAATTTAAGCAGATAACTTA
Found at i:1363385 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1363359--1363409 Score: 68
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
1363349 AGGCAATCGA
1363359 TCCCCCCTTG-AGGGAACCGAT
1 TCCCCCCTTGAAGGGAACCGAT
* *
1363380 TCCCCCTTTGAAAGGGAATCGAT
1 TCCCCCCTTG-AAGGGAACCGAT
1363403 TCCCCCC
1 TCCCCCC
1363410 ACAGGGGAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.36
23 16 0.64
ACGTcount: A:0.20, C:0.39, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
TCCCCCCTTGAAGGGAACCGAT
Found at i:1363402 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1363348--1363431 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
1363338 TTTTGGTGCA
*
1363348 GAGGCAATCGA-TCCCCCCTT
1 GAGGGAATCGATTCCCCCCTT
* *
1363368 GAGGGAACCGATTCCCCCTTT
1 GAGGGAATCGATTCCCCCCTT
*
1363389 GAAAGGGAATCGATTCCCCCC-A
1 G--AGGGAATCGATTCCCCCCTT
* *
1363411 CAGGGGAATCGATACCCCCCT
1 GA-GGGAATCGATTCCCCCCT
1363432 GGGGTTCTGG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 8
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.20
21 25 0.49
23 16 0.31
ACGTcount: A:0.24, C:0.36, G:0.23, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
GAGGGAATCGATTCCCCCCTT
Found at i:1366661 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1366654--1366687 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
1366644 TTATACATAC
1366654 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1366688 TAATAATCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1367369 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 1367359--1367383 Score: 50
Period size: 5 Copynumber: 5.0 Consensus size: 5
1367349 TTTCATAAAG
1367359 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
1 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
1367384 AGAGAGAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 20 1.00
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.20, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
GAAAA
Found at i:1367974 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1367889--1368002 Score: 149
Period size: 37 Copynumber: 3.1 Consensus size: 37
1367879 TATACATATG
* * * * *
1367889 TTTTGAAAACATATATGATATATAATTTTT-AATACA
1 TTTTGAAAATATATATAATATATAGTTTTTGAAAATA
1367925 TTTTGAAAATATATATAATATATAGTTTTTGAAAATA
1 TTTTGAAAATATATATAATATATAGTTTTTGAAAATA
* *
1367962 TTTTGAAAATATATATAATATGTAGTTTCTGAAAAATA
1 TTTTGAAAATATATATAATATATAGTTTTTG-AAAATA
1368000 TTT
1 TTT
1368003 ATATAATATA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 7, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 27 0.39
37 33 0.48
38 9 0.13
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (37 bp):
TTTTGAAAATATATATAATATATAGTTTTTGAAAATA
Found at i:1368023 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1367973--1368029 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1367963 TTTGAAAATA
* *
1367973 TATATAATATGTAGTTTCTGAAAAATATT
1 TATATAATATATAGTTTCTGAAAAACATT
1368002 TATATAATATATAGTTT-T-AAAAACATT
1 TATATAATATATAGTTTCTGAAAAACATT
1368029 T
1 T
1368030 TTTAAAAACG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.35
28 1 0.04
29 16 0.62
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
TATATAATATATAGTTTCTGAAAAACATT
Found at i:1368137 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1368128--1368172 Score: 53
Period size: 4 Copynumber: 12.2 Consensus size: 4
1368118 TATTCATTTA
*
1368128 TATT TATT TATT TATT TA-T TA-T TA-T TATT TATT AATT TA-T TATT
1 TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT TATT
1368172 T
1 T
1368173 TTCCAGGTTC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
3 12 0.32
4 25 0.68
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (4 bp):
TATT
Found at i:1368144 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1368118--1368172 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
1368108 TTATATATTG
*
1368118 TATTCATTTATATTTATT
1 TATTTATTTATATTTA-T
1368136 TATTTATTTAT-TATTAT
1 TATTTATTTATAT-TTAT
1368153 TATTTA-TTA-ATTTAT
1 TATTTATTTATATTTAT
1368168 TATTT
1 TATTT
1368173 TTCCAGGTTC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 7
0.81 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.26
16 4 0.12
17 8 0.24
18 13 0.38
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (17 bp):
TATTTATTTATATTTAT
Found at i:1368155 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1368131--1368171 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1368121 TCATTTATAT
*
1368131 TTATTTATTTATTTATTATTA
1 TTATTTATTAATTTATTATTA
1368152 TTATTTATTAATTTATTATT
1 TTATTTATTAATTTATTATT
1368172 TTTCCAGGTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (21 bp):
TTATTTATTAATTTATTATTA
Found at i:1368165 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1368131--1368172 Score: 59
Period size: 8 Copynumber: 5.9 Consensus size: 7
1368121 TCATTTATAT
1368131 TTATTTA
1 TTATTTA
1368138 TTTATTTA
1 -TTATTTA
1368146 TTA-TTA
1 TTATTTA
1368152 TTATTTA
1 TTATTTA
1368159 TTAATTTA
1 TT-ATTTA
1368167 TTATTT
1 TTATTT
1368173 TTCCAGGTTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 5
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.19
7 12 0.38
8 14 0.44
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (7 bp):
TTATTTA
Found at i:1369297 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1369272--1369334 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
1369262 TTTTATTTTA
*
1369272 TTTTTTAACCTTTTTTAAATTC
1 TTTTTTAACATTTTTTAAATTC
* *
1369294 TTTTTAAAAGCATTTTTTATATTC
1 TTTTT-TAA-CATTTTTTAAATTC
* *
1369318 TCTTTTAGCATTTTTTA
1 TTTTTTAACATTTTTTA
1369335 TATTTTTCCC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 4
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.42
23 3 0.09
24 16 0.48
ACGTcount: A:0.24, C:0.11, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTTAACATTTTTTAAATTC
Found at i:1375652 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1375629--1375692 Score: 110
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
1375619 AAACAGACCT
1375629 TGGGAAGAGGTGGCAAGA
1 TGGGAAGAGGTGGCAAGA
1375647 TGGGAAGAGGTGGCAAGA
1 TGGGAAGAGGTGGCAAGA
* *
1375665 TGGGAAGAGGTGCCAAGG
1 TGGGAAGAGGTGGCAAGA
1375683 TGGGAAGAGG
1 TGGGAAGAGG
1375693 ATTTGGGAGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 44 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.52, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
TGGGAAGAGGTGGCAAGA
Found at i:1381438 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 1381363--1381545 Score: 273
Period size: 39 Copynumber: 4.7 Consensus size: 39
1381353 TATACATATG
1381363 TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATATAATATATAGT
1 TTTTGAAAACATTTTGAAAAC--ATATATATAATATATAGT
*
1381404 TTTTGAAAACATTTTG--AATATATATATAATATATAGT
1 TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATAATATATAGT
1381441 TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATAATATATAGT
1 TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATAATATATAGT
* * *
1381480 TTTTTAAAACATTTTGAAAATATTTATATAATATATAG-
1 TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATAATATATAGT
1381518 TTTTGAAAACATTTTTGAAAAACATATA
1 TTTTGAAAACA-TTTTG-AAAACATATA
1381546 ATTTATGGTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 8, Indels: 9
0.88 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 34 0.26
38 10 0.08
39 62 0.48
40 8 0.06
41 16 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (39 bp):
TTTTGAAAACATTTTGAAAACATATATATAATATATAGT
Found at i:1383883 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1383862--1383898 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
1383852 AATAATACTC
1383862 AAATAAT-TTAT-AAATA
1 AAATAATATTATCAAATA
1383878 AAATAATCATTATCAAATA
1 AAATAAT-ATTATCAAATA
1383897 AA
1 AA
1383899 TTTATGAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.39
18 4 0.22
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.62, C:0.05, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAATATTATCAAATA
Found at i:1384545 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 1384477--1384584 Score: 189
Period size: 57 Copynumber: 1.9 Consensus size: 57
1384467 TGAGCTTAGA
*
1384477 TCTCTTTCTTTATCTATTAAATCTACGAGTAAAGTAAACAAACGATCTTTTAACTGG
1 TCTCTTTCTTTATCTATTAAATCCACGAGTAAAGTAAACAAACGATCTTTTAACTGG
* *
1384534 TCTCTTTCTTTATCTATTAAATCCATGAGTAAAGTAAACAAATGATCTTTT
1 TCTCTTTCTTTATCTATTAAATCCACGAGTAAAGTAAACAAACGATCTTTT
1384585 GATTGTAGAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
57 48 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (57 bp):
TCTCTTTCTTTATCTATTAAATCCACGAGTAAAGTAAACAAACGATCTTTTAACTGG
Found at i:1385781 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1385747--1385813 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
1385737 GTACTGACTA
* * *
1385747 TCGCAATGCAATTTTCCTAAT
1 TCGCATTGCGATTTTCATAAT
* *
1385768 TCGCATTGCGATTTACGT-AT
1 TCGCATTGCGATTTTCATAAT
*
1385788 TCGCGTTGCGATTTTCATAAT
1 TCGCATTGCGATTTTCATAAT
1385809 TCGCA
1 TCGCA
1385814 ACGCGAATAC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.46
21 20 0.54
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TCGCATTGCGATTTTCATAAT
Found at i:1385834 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1385809--1385880 Score: 74
Period size: 20 Copynumber: 3.5 Consensus size: 20
1385799 TTTTCATAAT
* *
1385809 TCGCAACGCGAATACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATACGAAAA
*
1385829 TCGCAATGCGAATTAGGAAAA
1 TCGCAATGCGAA-TACGAAAA
**
1385850 TCGCAATGCGAAT-CTGACTA
1 TCGCAATGCGAATAC-GAAAA
1385870 TCGCAATGCGA
1 TCGCAATGCGA
1385881 TTTACATAGC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 4
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 26 0.59
21 18 0.41
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
TCGCAATGCGAATACGAAAA
Found at i:1385839 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 1385671--1385839 Score: 121
Period size: 41 Copynumber: 4.1 Consensus size: 41
1385661 AATTTCGCGT
* * * *
1385671 TGCGTTTTTCACAATTCGCAATGAGAATAAGTAAATCGCAA
1 TGCGATTTTCATAATTCGCAATGCGAATACGTAAATCGCAA
** * * *
1385712 TGCGAATTTGGA-AAATCGCAATGCG-GTAC-TGACTATCGCAA
1 TGCG-ATTTTCATAATTCGCAATGCGAATACGT-A-AATCGCAA
* * * * * **
1385753 TGCAATTTTCCTAATTCGCATTGCGATTTACGT-ATTCGCGT
1 TGCGATTTTCATAATTCGCAATGCGA-ATACGTAAATCGCAA
*
1385794 TGCGATTTTCATAATTCGCAACGCGAATACGTAAATCGCAA
1 TGCGATTTTCATAATTCGCAATGCGAATACGTAAATCGCAA
1385835 TGCGA
1 TGCGA
1385840 ATTAGGAAAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 27, Indels: 16
0.68 0.20 0.12
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 12 0.13
41 72 0.77
42 4 0.04
43 3 0.03
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (41 bp):
TGCGATTTTCATAATTCGCAATGCGAATACGTAAATCGCAA
Found at i:1385852 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1385809--1385862 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
1385799 TTTTCATAAT
* *
1385809 TCGCAACGCGAA-TACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATTACGAAAA
*
1385829 TCGCAATGCGAATTAGGAAAA
1 TCGCAATGCGAATTACGAAAA
1385850 TCGCAATGCGAAT
1 TCGCAATGCGAAT
1385863 CTGACTATCG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.37
21 19 0.63
ACGTcount: A:0.39, C:0.20, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
TCGCAATGCGAATTACGAAAA
Found at i:1386110 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1386088--1386140 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
1386078 GTCCCCATCG
1386088 CCGAC-GAAATCCCTCACAACCATTCA
1 CCGACAGAAATCCCTCACAACCATTCA
* * *
1386114 CGGTCAGAAATCCCTCACAATCATTCA
1 CCGACAGAAATCCCTCACAACCATTCA
1386141 GAAATAGAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.13
27 20 0.87
ACGTcount: A:0.34, C:0.38, G:0.09, T:0.19
Consensus pattern (27 bp):
CCGACAGAAATCCCTCACAACCATTCA
Found at i:1386512 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1386493--1386581 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 5.6 Consensus size: 14
1386483 TTTCATTTCG
1386493 CGTTGCGATTCTCT
1 CGTTGCGATTCTCT
*
1386507 CGTTGCGATAGTCATTT
1 CGTTGCGAT--TC-TCT
1386524 CGTGTTGCGATTCTCT
1 C--GTTGCGATTCTCT
*
1386540 CGTTGCGATAGTCATTT
1 CGTTGCGAT--TC-TCT
*
1386557 CGTGTTACGATTCTCT
1 C--GTTGCGATTCTCT
1386573 CGTTGCGAT
1 CGTTGCGAT
1386582 AGTCATTTCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 20
0.69 0.07 0.24
Matches are distributed among these distances:
14 24 0.41
16 10 0.17
17 10 0.17
19 15 0.25
ACGTcount: A:0.12, C:0.22, G:0.24, T:0.42
Consensus pattern (14 bp):
CGTTGCGATTCTCT
Found at i:1386522 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1386476--1386602 Score: 200
Period size: 33 Copynumber: 3.8 Consensus size: 33
1386466 CAAAATCGCA
**
1386476 TTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTCG
1 TTGCGATAGTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTCG
*
1386509 TTGCGATAGTCATTTCGTGTTGCGATTCTCTCG
1 TTGCGATAGTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTCG
* *
1386542 TTGCGATAGTCATTTCGTGTTACGATTCTCTCG
1 TTGCGATAGTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTCG
1386575 TTGCGATAGTCATTTCCGCGTTGCGATT
1 TTGCGATAGTCATTT-CGCGTTGCGATT
1386603 TTCATTATCT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 6, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
33 77 0.89
34 10 0.11
ACGTcount: A:0.13, C:0.22, G:0.23, T:0.43
Consensus pattern (33 bp):
TTGCGATAGTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTCG
Found at i:1386607 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1386573--1386630 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
1386563 ACGATTCTCT
**
1386573 CGTTGCGATAGTCATTTCCG
1 CGTTGCGATTTTCATTTCCG
*
1386593 CGTTGCGATTTTCATTAT-CT
1 CGTTGCGATTTTCATT-TCCG
* *
1386613 CATTCCGATTTTCATTTC
1 CGTTGCGATTTTCATTTC
1386631 AACCAAAAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.03
20 29 0.94
21 1 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.16, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
CGTTGCGATTTTCATTTCCG
Found at i:1387879 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1387871--1387916 Score: 85
Period size: 3 Copynumber: 15.7 Consensus size: 3
1387861 TCGTCCTTTA
1387871 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT TA
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
1387917 ATATAATTGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 40 0.95
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:1389810 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1389803--1389836 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
1389793 AGAATTTAAG
1389803 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A- AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1389837 GGTGTGTTGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 30 0.97
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1389975 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1389968--1390013 Score: 92
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
1389958 AAGGAATTTA
1389968 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1390010 AT AT
1 AT AT
1390014 GTGATCATGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 44 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1397589 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 1397395--1397924 Score: 785
Period size: 111 Copynumber: 4.8 Consensus size: 111
1397385 AAATCCATCT
* ** * * * * *
1397395 ATCTGATATTCCCTTCAGAAGAAGTAGAACAAATCACTTTTTTTCAAGATTTGATATTCCCTAAG
1 ATCTGATATTCCC-TCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAG
* * * *
1397460 TGACAGCGAAACAAGTCTACCCTGATTTAATGGATCAACTTTCCCAT
65 TGACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
* *
1397507 ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACATATCCCTCTCTTTCAAGATTTAATATTCCCTGAGT
1 ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGT
* *
1397572 GACAGCGGAACAAGTCTA-CTTGATTCAATGGATCAACTTTCCCAG
66 GACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
* * *
1397617 ATCTGATATTCCCTCAGAGGATGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCTTTAGT
1 ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGT
* *
1397682 GACAACGGAACAAGTCTACCTTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
66 GACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
* * *
1397728 ATATGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCTCTCTTTTTCAAGATTTGATATGT-CCTGAG
1 ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATAT-TCCCTGAG
*
1397792 TGACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATAAATCAACTTTCCCAG
65 TGACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
*
1397839 ATCTGATATTCCCTCAGAAGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGT
1 ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGT
*
1397904 GACAGTGGAACAAGTCTACCC
66 GACAGCGGAACAAGTCTACCC
1397925 AGAAACACGC
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 34, Indels: 7
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
110 102 0.27
111 265 0.70
112 14 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (111 bp):
ATCTGATATTCCCTCAGAGGAAGCGGAACAGATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGT
GACAGCGGAACAAGTCTACCCTGATTCAATGAATCAACTTTCCCAG
Found at i:1398179 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1398173--1398227 Score: 94
Period size: 3 Copynumber: 18.7 Consensus size: 3
1398163 TTGTCCTAAA
1398173 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
*
1398220 TAA TAT TA
1 TAT TAT TA
1398228 ATATAATTGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 2
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
3 47 0.96
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:1405508 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1405462--1405508 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
1405452 TGCAATTATG
*
1405462 TCTTTATTTTATTTTATTTTA
1 TCTTT-TTTAATTTTATTTTA
*
1405483 TATTTTTTAATTTT-TTATTA
1 TCTTTTTTAATTTTATT-TTA
1405503 TCTTTT
1 TCTTTT
1405509 GTTTTAATTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.09
20 16 0.73
21 4 0.18
ACGTcount: A:0.19, C:0.04, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (20 bp):
TCTTTTTTAATTTTATTTTA
Found at i:1410599 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 1410502--1410734 Score: 294
Period size: 76 Copynumber: 3.1 Consensus size: 76
1410492 CTTGAGATTG
*
1410502 TTTTTCTTAAAAC-AGACTTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTGAAAAGAAGACATTTCATTTG
1 TTTTTCTTAAAACAAGA-TTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTGAAAAGAAGACATTTCATTTC
1410566 ACTCAAGATTTT
65 ACTCAAGATTTT
* * *
1410578 TTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAGTTTTTACTCG-AAACAAGATGATTT-ATT
1 TTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACA-ATTTTACT-GAAAAGAAGA-CATTTCATT
* *
1410641 TCACTTAAGA-TTG
63 TCACTCAAGATTTT
* * * *
1410654 TTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCGCTTGAGACAGTTTTCACTCAAAAGAAGGCATTTCATTTC
1 TTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAATTTT-ACTGAAAAGAAGACATTTCATTTC
*
1410719 ACTCAAGATTGT
65 ACTCAAGATTTT
1410731 TTTT
1 TTTT
1410735 AAAGAAGATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 15, Indels: 15
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
75 8 0.06
76 88 0.66
77 33 0.25
78 5 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (76 bp):
TTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTGAAAAGAAGACATTTCATTTCA
CTCAAGATTTT
Found at i:1410618 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1410418--1410693 Score: 133
Period size: 36 Copynumber: 7.4 Consensus size: 36
1410408 TTGATAAACT
* * * *
1410418 TTGAGACTGTTTCTCTTGAAAC-AGATTTTATCTCGC
1 TTGAGACAGTTTTTCTTAAAACAAGA-TTTATCTCAC
* ** **
1410454 TTGAGATAGTTTCACTCGAAACGGAAGATTTTATCTCAC
1 TTGAGACAGTTTTTCTTAAAAC--AAGA-TTTATCTCAC
** *
1410493 TTGAGATTGTTTTTCTTAAAAC-AGACTTTGTCTCAC
1 TTGAGACAGTTTTTCTTAAAACAAGA-TTTATCTCAC
* * * * * *
1410529 TTGAGACAATTTTACTGAAAAGAAGACATTTCATTTGAC
1 TTGAGACAGTTTTTCTTAAAACAAG--ATTT-ATCTCAC
** *** *
1410568 TCAAGATTTTTTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCAC
1 TTGAGA-CAGTTTTTCTTAAAACAAGATTTATCTCAC
** *
1410605 TTGAGACAGTTTTTACTCGAAACAAGATGATTTATTTCAC
1 TTGAGACAGTTTTT-CTTAAAAC-A-A-GATTTATCTCAC
* ** * *
1410645 TTAAGATTGTTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCGC
1 TTGAGACAGTTTTTCTTAAAACAAGATTTATCTCAC
1410681 TTGAGACAGTTTT
1 TTGAGACAGTTTT
1410694 CACTCAAAAG
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 52, Indels: 24
0.70 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
36 70 0.40
37 17 0.10
38 9 0.05
39 46 0.26
40 34 0.19
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
TTGAGACAGTTTTTCTTAAAACAAGATTTATCTCAC
Found at i:1410637 original size:40 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1410577--1410702 Score: 119
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 37
1410567 CTCAAGATTT
* *
1410577 TTTTTTCTTAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAG
1 TTTTTACTCAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAG
* * * * **
1410614 TTTTTACTCGAAACAAGATGATTTATTTCACTTAAGATTG
1 TTTTTACTCAAAAC-A-A-GATTTGTCTCACTTGAGACAG
* *
1410654 TTTTT-CTTAAAACAAGATTTGTCTCGCTTGAGACAG
1 TTTTTACTCAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAG
*
1410690 TTTTCACTCAAAA
1 TTTTTACTCAAAA
1410703 GAAGGCATTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 18, Indels: 8
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 19 0.28
37 18 0.27
38 2 0.03
39 7 0.10
40 21 0.31
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (37 bp):
TTTTTACTCAAAACAAGATTTGTCTCACTTGAGACAG
Found at i:1410734 original size:152 final size:150
Alignment explanation
Indices: 1410425--1410799 Score: 433
Period size: 152 Copynumber: 2.5 Consensus size: 150
1410415 ACTTTGAGAC
* * * *
1410425 TGTTTCTCTTGAAACAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCACTCGAAACGGAAGATTTTATCT
1 TGTTTTTCTTAAAACAGATTTTATCTCACTTGAGACAGTTTCACTCGAAAC-GAAGATTTTATCT
* *
1410490 CACTTGAGATTGTTTTTCTTAAAACAGACTTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTGAAAAGAAGA
65 CACTTAAGATTGTTTTTCTTAAAACAGACTTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTCAAAAGAAGA
*
1410555 CATTTCATTTGACTCAAGATT
130 CATTTCATTTCACTCAAGATT
* * *
1410576 TTTTTTTCTTAAAACAAGA-TTTGTCTCACTTGAGACAGTTTTTACTCGAAAC-AAGATGATTTA
1 TGTTTTTCTTAAAAC-AGATTTTATCTCACTTGAGACAG-TTTCACTCGAAACGAAGAT--TTTA
* * *
1410639 TTTCACTTAAGATTGTTTTTCTTAAAACAAGA-TTTGTCTCGCTTGAGACAGTTTTCACTCAAAA
62 TCTCACTTAAGATTGTTTTTCTTAAAAC-AGACTTTGTCTCACTTGAGACAATTTT-ACTCAAAA
*
1410703 GAAGGCATTTCATTTCACTCAAGA-T
125 GAAGACATTTCATTTCACTCAAGATT
* * * *
1410728 TG--TTT-TTAAAGA-AGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAATCGAAGATTTTATC
1 TGTTTTTCTTAAA-ACAGATTTTATCTCACTTGAGACAGTTTCACTCGAAA-CGAAGATTTTATC
* *
1410789 TCGCTTGAGAT
64 TCACTTAAGAT
1410800 AATTTCACTC
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 24, Indels: 23
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
148 26 0.14
149 22 0.12
150 14 0.07
151 28 0.15
152 68 0.36
153 32 0.17
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
TGTTTTTCTTAAAACAGATTTTATCTCACTTGAGACAGTTTCACTCGAAACGAAGATTTTATCTC
ACTTAAGATTGTTTTTCTTAAAACAGACTTTGTCTCACTTGAGACAATTTTACTCAAAAGAAGAC
ATTTCATTTCACTCAAGATT
Found at i:1410792 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 1410737--1410845 Score: 141
Period size: 39 Copynumber: 2.8 Consensus size: 39
1410727 TTGTTTTTAA
1410737 AGAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAATC
1 AGAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAA-C
* * *
1410777 -GAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAATTTCACTCGAAAC
1 AGAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAAC
* *
1410815 AGAA-AGTTTTGTCTCCCTTGAGATAGTTTCC
1 AGAAGA-TTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCC
1410846 TTTGTAACAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 7, Indels: 5
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.03
39 58 0.97
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (39 bp):
AGAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAAC
Found at i:1410866 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1410737--1410891 Score: 127
Period size: 39 Copynumber: 4.0 Consensus size: 38
1410727 TTGTTTTTAA
* * * * *
1410737 AGAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAGTTTCCCTCAAAATC
1 AGAA-ATTTTGTCTCCCTTGAGATAATTTCACTCGAAA-C
* *
1410777 -GAAGATTTTATCTCGCTTGAGATAATTTCACTCGAAAC
1 AGAA-ATTTTGTCTCCCTTGAGATAATTTCACTCGAAAC
* * *
1410815 AGAAAGTTTTGTCTCCCTTGAGATAGTTTC-CTTTGTAAC
1 AGAAA-TTTTGTCTCCCTTGAGATAATTTCAC-TCGAAAC
* * *
1410854 A-AAATTTTGTCTCCCTTGAGACAATTTCTCTTGAAAC
1 AGAAATTTTGTCTCCCTTGAGATAATTTCACTCGAAAC
1410891 A
1 A
1410892 CCAAACTTTG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 11, Indels: 11
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
37 29 0.29
38 7 0.07
39 64 0.64
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (38 bp):
AGAAATTTTGTCTCCCTTGAGATAATTTCACTCGAAAC
Found at i:1410966 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1410907--1410993 Score: 111
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 36
1410897 CTTTGAAAAT
* * * * *
1410907 GTTTCCCTTTAAACGAATTTTGTCTCTCTTGAGATA
1 GTTTCCCTTGAAACAAATATTGTCTCCCTTGAGACA
*
1410943 GTTTCGCTTGAAACAAATATTGTCTCCCTTGAGACA
1 GTTTCCCTTGAAACAAATATTGTCTCCCTTGAGACA
*
1410979 GTTTCTCTTGAAACA
1 GTTTCCCTTGAAACA
1410994 TAAACTTTGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 44 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
GTTTCCCTTGAAACAAATATTGTCTCCCTTGAGACA
Found at i:1411103 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1411067--1411179 Score: 199
Period size: 30 Copynumber: 3.8 Consensus size: 30
1411057 TTTGTCTCTC
1411067 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
1 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
1411097 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
1 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
1411127 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
1 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
** *
1411157 TTGAGATTGTTTCCCTTGAAACA
1 TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACA
1411180 AATTTCGTCT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 80 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (30 bp):
TTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCT
Found at i:1411129 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 1410858--1411147 Score: 273
Period size: 96 Copynumber: 3.0 Consensus size: 96
1410848 TGTAACAAAA
* *
1410858 TTTTGTCTCCCTTGAGACAATTTCTCTTGAAACACCAAACTTTGAAAATGTTTCCCTTTAAACGA
1 TTTTGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACA-CAAACTTTGAAAATGTTTCCCTTGAAAC-A
*** * * * ** *
1410923 -ATTTTGTCTCTCTTGAGATAGTTTCGCTTGAAACAAA
64 CA---AAAC-CT-TTGAGACAGTTCCCCTTGAAATGAG
* *
1410960 TATTGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACATAAACTTTGAAAATGTTTCCCTTGAAACACA
1 TTTTGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACAAACTTTGAAAATGTTTCCCTTGAAACACA
*
1411025 AAATCTTTGA-ATCAGTTCCCCTTGAAATGAG
66 AAACCTTTGAGA-CAGTTCCCCTTGAAATGAG
* * * *
1411056 TTTTGTCTCTCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACCAACCTTTGAGACA-GTTTCTCTTGAAACA
1 TTTTGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACA-CAAACTTTGA-AAATGTTTCCCTTGAAACA
* * *
1411120 C-CAACCTTTGAGACAGTTTCTCTTGAAA
64 CAAAACCTTTGAGACAGTTCCCCTTGAAA
1411148 CACCAACCTT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 24, Indels: 16
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
95 1 0.01
96 70 0.44
97 26 0.16
98 2 0.01
100 1 0.01
101 27 0.17
102 32 0.20
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (96 bp):
TTTTGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACACAAACTTTGAAAATGTTTCCCTTGAAACACA
AAACCTTTGAGACAGTTCCCCTTGAAATGAG
Found at i:1411553 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1411510--1411584 Score: 125
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
1411500 GATCAACACT
*
1411510 GACATTTCAAATCCATCATA-AAAGGAGGTGGATC
1 GACATTTCAAATCCATCACAGAAA-GAGGTGGATC
1411544 GACATTTCAAATCCATCACAGAAAGAGGTGGATC
1 GACATTTCAAATCCATCACAGAAAGAGGTGGATC
1411578 GACATTT
1 GACATTT
1411585 TTATTTTCGC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 36 0.92
35 3 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (34 bp):
GACATTTCAAATCCATCACAGAAAGAGGTGGATC
Found at i:1411695 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1411550--1411709 Score: 119
Period size: 44 Copynumber: 3.6 Consensus size: 44
1411540 GATCGACATT
* * *
1411550 TCAAATCCATCACAGAAAGAGGTGGATCGACATTTTTATTTTCGC
1 TCAAATCCATCACAGAAGGAGGTGGATTGACATTTTTA-TTTCAC
* * * * ** *
1411595 TCAAATCCATCGCAGAAGGAGTTGGA-TCAGCGTCAACTT-TTT-AT
1 TCAAATCCATCACAGAAGGAGGTGGATTGA-CAT--TTTTATTTCAC
* * * *
1411639 TCGATTCTATCACAGAAGGAGGTGAATTGACATTTTTATTTCAC
1 TCAAATCCATCACAGAAGGAGGTGGATTGACATTTTTATTTCAC
* *
1411683 TCAAATCCATCACAGAAAGAGTTGGAT
1 TCAAATCCATCACAGAAGGAGGTGGAT
1411710 CAGCATCAAC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 27, Indels: 13
0.67 0.22 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.02
43 3 0.04
44 45 0.55
45 30 0.37
47 2 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (44 bp):
TCAAATCCATCACAGAAGGAGGTGGATTGACATTTTTATTTCAC
Found at i:1411711 original size:88 final size:89
Alignment explanation
Indices: 1411558--1411749 Score: 278
Period size: 88 Copynumber: 2.2 Consensus size: 89
1411548 TTTCAAATCC
* * * *
1411558 ATCACAGAAAGAGGTGGATCGACATTTTTATTTTCGCTCAAATCCATCGCAGAAGGAGTTGGATC
1 ATCACAGAAAGAGGTGAATCGACATTTTTATTTTCACTCAAATCCATCACAGAAAGAGTTGGATC
* * *
1411623 AGCGTCAACTTTTTATTCGATTCT
66 AGCATCAACATTTTACTCGATTCT
* *
1411647 ATCACAGAAGGAGGTGAATTGACATTTTTA-TTTCACTCAAATCCATCACAGAAAGAGTTGGATC
1 ATCACAGAAAGAGGTGAATCGACATTTTTATTTTCACTCAAATCCATCACAGAAAGAGTTGGATC
*
1411711 AGCATCAACATTTTGCTCGATTCT
66 AGCATCAACATTTTACTCGATTCT
*
1411735 ATCACAGAATGAGGT
1 ATCACAGAAAGAGGT
1411750 AGATCAACAC
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 11, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
88 65 0.71
89 27 0.29
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (89 bp):
ATCACAGAAAGAGGTGAATCGACATTTTTATTTTCACTCAAATCCATCACAGAAAGAGTTGGATC
AGCATCAACATTTTACTCGATTCT
Found at i:1414554 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1414534--1414567 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
1414524 AATTTTCAAA
*
1414534 TCAAAATTTTCTTTT
1 TCAAAATTTTCATTT
1414549 TCAAAATTTTCATTT
1 TCAAAATTTTCATTT
1414564 TCAA
1 TCAA
1414568 TTTTTAAAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (15 bp):
TCAAAATTTTCATTT
Found at i:1414570 original size:42 final size:39
Alignment explanation
Indices: 1414524--1414605 Score: 94
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
1414514 TATCAAACTT
1414524 AATTTTCAAA-TCAAAATTTTCTTTTTCAAAATTTTCATTTTC
1 AATTTTCAAACTC-AAA--TTCTTTTTCAAAATTTT-ATTTTC
*
1414566 AATTTTTAAAGCTTCAAATTCTTTTTCAAAATTTTATTTT
1 AATTTTCAAA-C-TCAAATTCTTTTTCAAAATTTTATTTT
1414606 TGCTTTCAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 7
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
41 5 0.14
42 26 0.72
44 3 0.08
45 2 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (39 bp):
AATTTTCAAACTCAAATTCTTTTTCAAAATTTTATTTTC
Found at i:1415075 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1415067--1415128 Score: 124
Period size: 3 Copynumber: 20.7 Consensus size: 3
1415057 AACATCCTTT
1415067 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC
1 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC
1415115 TTC TTC TTC TTC TT
1 TTC TTC TTC TTC TT
1415129 TTAAAGTCTC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 59 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.32, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTC
Found at i:1418211 original size:58 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1418144--1418269 Score: 193
Period size: 58 Copynumber: 2.1 Consensus size: 60
1418134 TAAAATTATT
* * * * *
1418144 AAATATATTTTATTCTTATCTTACCTTAGAAATATATTTTATTTTTATTTTGAC-TTTA-
1 AAATATATTTTAATCTTATCTTAACTTAAAAACATATTTTATTTTTATTTTAACTTTTAC
1418202 AAATATATTTTAATCTTATCTTAACTTAAAAACATATTTTATTTTTATTTTAACTTTTAC
1 AAATATATTTTAATCTTATCTTAACTTAAAAACATATTTTATTTTTATTTTAACTTTTAC
1418262 AAATATAT
1 AAATATAT
1418270 CATATTTTTA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 49 0.80
59 4 0.07
60 8 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (60 bp):
AAATATATTTTAATCTTATCTTAACTTAAAAACATATTTTATTTTTATTTTAACTTTTAC
Found at i:1418254 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1418126--1418435 Score: 163
Period size: 30 Copynumber: 10.4 Consensus size: 29
1418116 GAAAAATATT
* * *
1418126 TTTTTATTTAAAATTATTAAATATATTTTA
1 TTTTTATTTTAACTTA-AAAATATATTTTA
* * * *
1418156 TTCTTATCTTACCTTAGAAATATATTTTA
1 TTTTTATTTTAACTTAAAAATATATTTTA
* *
1418185 TTTTTATTTTGACTTTAAAATATATTTTA
1 TTTTTATTTTAACTTAAAAATATATTTTA
* * * *
1418214 ATCTTATCTTAACTTAAAAACATATTTTA
1 TTTTTATTTTAACTTAAAAATATATTTTA
* **
1418243 TTTTTATTTTAACTTTTACAAATATATCATA
1 TTTTTATTTTAAC--TTAAAAATATATTTTA
** * *
1418274 TTTTTATTTTAACTTTTTACATATATTATA
1 TTTTTATTTTAAC-TTAAAAATATATTTTA
* ** * **
1418304 TTCTTAACTTAGA-TTACTAAATATGGTTTA
1 TTTTTATTTTA-ACTTA-AAAATATATTTTA
* ** * * * *
1418334 TTCTTACCTTAAATTATTAAATATAATATA
1 TTTTTATTTTAACTTA-AAAATATATTTTA
* * *
1418364 TTCTTATTTTAATTTAAAACACATATTTTA
1 TTTTTATTTTAACTTAAAA-ATATATTTTA
* * *
1418394 TTCTTATTTTAACCTAAAATTATATATTTA
1 TTTTTATTTTAACTTAAAAATATAT-TTTA
* *
1418424 ATTTTAATTTAA
1 TTTTTATTTTAA
1418436 AAATGTACAT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 56, Indels: 14
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 77 0.35
30 114 0.53
31 26 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (29 bp):
TTTTTATTTTAACTTAAAAATATATTTTA
Found at i:1418290 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1418144--1418289 Score: 154
Period size: 29 Copynumber: 4.9 Consensus size: 30
1418134 TAAAATTATT
* * * *
1418144 AAATATATTTTATTCTTATCTT-ACCTTAG
1 AAATATATTTTATTTTTATTTTAACTTTAC
*
1418173 AAATATATTTTATTTTTATTTTGACTTTA-
1 AAATATATTTTATTTTTATTTTAACTTTAC
* * * *
1418202 AAATATATTTTAATCTTATCTTAAC-TTAA
1 AAATATATTTTATTTTTATTTTAACTTTAC
*
1418231 AAACATATTTTATTTTTATTTTAACTTTTAC
1 AAATATATTTTATTTTTATTTTAAC-TTTAC
**
1418262 AAATATATCATATTTTTATTTTAACTTT
1 AAATATATTTTATTTTTATTTTAACTTT
1418290 TTACATATAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 15, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.03
29 62 0.63
30 8 0.08
31 25 0.26
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (30 bp):
AAATATATTTTATTTTTATTTTAACTTTAC
Found at i:1418523 original size:61 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1418421--1418534 Score: 138
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 58
1418411 AATTATATAT
* * * * *
1418421 TTAATTTTAATTTAAAAATGTACATTTTATTCTGATTTTAATTTTAAAAATATTTCACA
1 TTAATTTTAATTAAAAAATATAAATTTTATTCTAATCTTAATTTT-AAAATATTTCACA
* *
1418480 TTAATTTTAATTAAAAAAAATATAAATTTTATTTTAATCTTAATTTTCAAATATT
1 TTAATTTTAATT--AAAAAATATAAATTTTATTCTAATCTTAATTTTAAAATATT
1418535 ATAAGAATAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 3
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 12 0.26
60 7 0.15
61 27 0.59
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (58 bp):
TTAATTTTAATTAAAAAATATAAATTTTATTCTAATCTTAATTTTAAAATATTTCACA
Found at i:1418617 original size:31 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1418581--1418669 Score: 106
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
1418571 AATGAATTAT
* *
1418581 ATATTTTTTTGAGTTAAGATAAGACTAAA
1 ATATATTTTTAAGTTAAGATAAGA-TAAA
*
1418610 ATATATTTTTAAGTTAAAATAAGTATAAA
1 ATATATTTTTAAGTTAAGATAAG-ATAAA
* *
1418639 ATATATATTTAAGTTAAGATAAAAATAAA
1 ATATATTTTTAAGTTAAGAT-AAGATAAA
1418668 AT
1 AT
1418670 GATACATGCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 4
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 49 0.94
30 3 0.06
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (28 bp):
ATATATTTTTAAGTTAAGATAAGATAAA
Found at i:1426017 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1425986--1426028 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
1425976 TAAAATATAT
* *
1425986 TTTTATTTATCATAACAAATTA
1 TTTTAGTTATAATAACAAATTA
1426008 TTTTAGTTATAATAACAAATT
1 TTTTAGTTATAATAACAAATT
1426029 TAAATAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAGTTATAATAACAAATTA
Found at i:1426100 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1426073--1426117 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1426063 ATGATAATTT
*
1426073 ATTTAGACAAAATAACAAATTAA
1 ATTTAGACAAAATAAAAAATTAA
**
1426096 ATTTAGTTAAAATAAAAAATTA
1 ATTTAGACAAAATAAAAAATTA
1426118 TGTCAAATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.04, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (23 bp):
ATTTAGACAAAATAAAAAATTAA
Found at i:1426152 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1426096--1426183 Score: 149
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
1426086 AACAAATTAA
* *
1426096 ATTTAGTTAAAATAAAAAATTATGTCAAATTTATTTAGTCAAAAT
1 ATTTAGTTAAAATAAAAAATTATGACAAATTTATTTAATCAAAAT
*
1426141 ATTTTGTTAAAATAAAAAATTATGACAAATTTATTTAATCAAA
1 ATTTAGTTAAAATAAAAAATTATGACAAATTTATTTAATCAAA
1426184 TAATAATTTG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 40 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (45 bp):
ATTTAGTTAAAATAAAAAATTATGACAAATTTATTTAATCAAAAT
Found at i:1430524 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1430500--1430537 Score: 76
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
1430490 TACATAAAGT
1430500 GCCCATACGGAAATTCATA
1 GCCCATACGGAAATTCATA
1430519 GCCCATACGGAAATTCATA
1 GCCCATACGGAAATTCATA
1430538 AACTAATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.26, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
GCCCATACGGAAATTCATA
Found at i:1430822 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 1430519--1430797 Score: 472
Period size: 57 Copynumber: 4.9 Consensus size: 57
1430509 GAAATTCATA
* *
1430519 GCCCATACGGAAATTCATAAACTAATTATGAATTTATTAACTTTTCT-CACACAAAGT
1 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTT-TGCACACAAAGT
* *
1430576 GCCCGTACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACAAAAAGT
1 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
*
1430633 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAACTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
1 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
1430690 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
1 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
* *
1430747 GCCCATACGAAAATTCATAAACTTATTATGAATTTCTT-AGTTTTTGCACAC
1 GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACAC
1430798 TCAATGCCAT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 10, Indels: 3
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
56 13 0.06
57 198 0.94
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (57 bp):
GCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAACTTTTTGCACACAAAGT
Found at i:1437300 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1437275--1437312 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1437265 ACTCACCTCC
1437275 AGCTCATTCACCCTACAACT
1 AGCTCATTCACCCTACAACT
1437295 AGCTCATTCACCCTACAA
1 AGCTCATTCACCCTACAA
1437313 TTTATGAAAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.39, G:0.05, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
AGCTCATTCACCCTACAACT
Found at i:1438079 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1438035--1438079 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1438025 GTTTGAGATA
* **
1438035 CAACATCACCACCATCTTCCATT
1 CAACATCAACACCATCAACCATT
1438058 CAACATCAACACCATCAACCAT
1 CAACATCAACACCATCAACCAT
1438080 CTTCCATCAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.42, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (23 bp):
CAACATCAACACCATCAACCATT
Found at i:1438706 original size:30 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1438653--1438707 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
1438643 CCTTGTCTTC
*
1438653 AATCTTTTCTTTACTTTCATTTCTTTG
1 AATCCTTTCTTTACTTTCATTTCTTTG
1438680 AATCCTTTCTTCTACCTTTCCATTTCTT
1 AATCCTTTCTT-TA-CTTT-CATTTCTT
1438708 CTTTTTCTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 10 0.42
28 2 0.08
29 4 0.17
30 8 0.33
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.02, T:0.58
Consensus pattern (27 bp):
AATCCTTTCTTTACTTTCATTTCTTTG
Found at i:1442258 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1442214--1442258 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1442204 GTTTGAGATA
* **
1442214 CAACATCACCACCATCTTCCATT
1 CAACATCAACACCATCAACCATT
1442237 CAACATCAACACCATCAACCAT
1 CAACATCAACACCATCAACCAT
1442259 CTTCCATCAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.42, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (23 bp):
CAACATCAACACCATCAACCATT
Found at i:1442345 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1442330--1442372 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 3.6 Consensus size: 12
1442320 TCCATTAATT
1442330 ATTTACTTA-TCC
1 ATTT-CTTATTCC
1442342 ATTTCTTATTCC
1 ATTTCTTATTCC
*
1442354 ATTTCTAATTCC
1 ATTTCTTATTCC
*
1442366 ATCTCTT
1 ATTTCTT
1442373 TCTTATCTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.15
12 23 0.85
ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (12 bp):
ATTTCTTATTCC
Found at i:1443234 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 1443087--1443493 Score: 591
Period size: 57 Copynumber: 7.1 Consensus size: 57
1443077 AATGTCTTAG
* * *
1443087 TTTTTGCACATAAAGTACCCATACGGAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
* * *
1443144 TTTTTTGCACATAAAGTACCCACACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 -TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
* * * * *
1443202 CTTTTGCACGCAAAGTGTCCGTACAAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
* * *
1443259 TTCTTGAACACAAAGTGCCCATACGAACATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
*
1443316 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGGAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
* *
1443373 TTTTTGCACACAAAGGGCCCATACGGAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
* * * * * *
1443430 TTTTTGCACACAAAGTGTCTATACGGAAATTCATAAGCTTATTATGAATTTCTT-AG
1 TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
1443486 TTTTTGCA
1 TTTTTGCA
1443494 TACTTAGAGA
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 29, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
56 9 0.03
57 256 0.80
58 55 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (57 bp):
TTTTTGCACACAAAGTGCCCATACGAAAATTCATAAACTAATTATGAATTTCTTAAC
Found at i:1448558 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1448523--1448582 Score: 102
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
1448513 AACTTAAAAG
* *
1448523 AGTTTTGCAATACTGAGATTTAAATAATTTT
1 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATTTT
1448554 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATT
1 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATT
1448583 CATACAACTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 27 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (31 bp):
AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATTTT
Found at i:1449070 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1449034--1449093 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
1449024 AATATTATAT
*
1449034 TTAAAATTAAAT-CAAAATAA
1 TTAAAA-TAAATATAAAATAA
1449054 TTAAAATAAATAT--AA-AA
1 TTAAAATAAATATAAAATAA
*
1449071 TTATAATAATATATAAAATAA
1 TTAAAATAA-ATATAAAATAA
1449092 TT
1 TT
1449094 TATATGATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 9
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.30
18 6 0.18
19 5 0.15
20 8 0.24
21 4 0.12
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
TTAAAATAAATATAAAATAA
Found at i:1449078 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1449052--1449134 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 4.4 Consensus size: 18
1449042 AAATCAAAAT
1449052 AATTAAAATAA-ATATAA
1 AATTAAAATAATATATAA
*
1449069 AATTATAATAATATATAA
1 AATTAAAATAATATATAA
**
1449087 AA-TAATTTATATGATATAA
1 AATTAAAATA-AT-ATATAA
*
1449106 AATTAATTATCAATAATATAA
1 AATTAA-AAT-AAT-ATATAA
*
1449127 TATTAAAA
1 AATTAAAA
1449135 AATTAATATT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 9
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.27
18 10 0.19
19 8 0.15
20 4 0.08
21 15 0.29
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.60, C:0.01, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTAAAATAATATATAA
Found at i:1449086 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1449052--1449089 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
1449042 AAATCAAAAT
1449052 AATTAAAATAAATATAA
1 AATTAAAATAAATATAA
*
1449069 AATTATAATAATATATAA
1 AATTAAAATAA-ATATAA
1449087 AAT
1 AAT
1449090 AATTTATATG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.53
18 9 0.47
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AATTAAAATAAATATAA
Found at i:1449115 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1449059--1449132 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 3.9 Consensus size: 19
1449049 AATAATTAAA
*
1449059 ATAA-ATATAAAATT-ATA
1 ATAATATATAAAATTAATT
1449076 ATAATATATAAAA-TAATT
1 ATAATATATAAAATTAATT
1449094 -TATATGATATAAAATTAATT
1 ATA-AT-ATATAAAATTAATT
*
1449114 ATCAATAATATAATATTAA
1 AT-AAT-ATATAAAATTAA
1449133 AAAATTAATA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 10
0.78 0.05 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.15
18 12 0.26
19 8 0.17
20 5 0.11
21 14 0.30
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.58, C:0.01, G:0.01, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
ATAATATATAAAATTAATT
Found at i:1449124 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1449047--1449132 Score: 74
Period size: 20 Copynumber: 4.4 Consensus size: 20
1449037 AAATTAAATC
*
1449047 AAAA-TAATTAAAATAAATAT
1 AAAATTAATTATAAT-AATAT
*
1449067 AAAATT-ATAATAAT-ATAT
1 AAAATTAATTATAATAATAT
*
1449085 AAAA-TAATT-TATATGATAT
1 AAAATTAATTATA-ATAATAT
1449104 AAAATTAATTATCAATAATAT
1 AAAATTAATTAT-AATAATAT
*
1449125 AATATTAA
1 AAAATTAA
1449133 AAAATTAATA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 13
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.06
18 12 0.22
19 8 0.15
20 15 0.28
21 15 0.28
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.60, C:0.01, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
AAAATTAATTATAATAATAT
Found at i:1449186 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 1449103--1449254 Score: 243
Period size: 64 Copynumber: 2.4 Consensus size: 63
1449093 TTATATGATA
*
1449103 TAAAATTAATTATCAATAATATAATATTAAAAAATTAATATTTAATTTATTTAAAAAAATAATAT
1 TAAAATTAA-TATC-ATAATATAATATTAAAAAAATAATATTTAATTTATTTAAAAAAATAATAT
*
1449168 TAAAATTAATATCTATAATATAATATTAAAAAAATAATATTTAATTTATTTAAAAAATTAATAT
1 TAAAATTAATATC-ATAATATAATATTAAAAAAATAATATTTAATTTATTTAAAAAAATAATAT
*
1449232 TAAAATTAAAATCA-AATATAATA
1 TAAAATTAATATCATAATATAATA
1449255 GAAAATTAAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 4, Indels: 3
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
62 9 0.11
63 1 0.01
64 64 0.77
65 9 0.11
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (63 bp):
TAAAATTAATATCATAATATAATATTAAAAAAATAATATTTAATTTATTTAAAAAAATAATAT
Found at i:1449208 original size:40 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1449123--1449208 Score: 111
Period size: 40 Copynumber: 2.2 Consensus size: 37
1449113 TATCAATAAT
*
1449123 ATAATATTAAAAAATTAATATTTAATTTATTTAAAAAA
1 ATAATATT-AAAAATTAATATTTAATTAATTTAAAAAA
1449161 ATAATATT-AAAATTAATATCTATAATATAATATTAAAAAA
1 ATAATATTAAAAATTAATAT-T-TAAT-TAAT-TTAAAAAA
1449201 ATAATATT
1 ATAATATT
1449209 TAATTTATTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 6
0.86 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
36 11 0.26
37 1 0.02
38 12 0.28
39 3 0.07
40 16 0.37
ACGTcount: A:0.58, C:0.01, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
ATAATATTAAAAATTAATATTTAATTAATTTAAAAAA
Found at i:1449229 original size:24 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1449161--1449233 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
1449151 ATTTAAAAAA
1449161 ATAATATT--AAAATTAATATCTATAAT
1 ATAATATTAAAAAATTAATAT-TATAAT
*
1449187 ATAATATTAAAAAAATAATATT-TAAT
1 ATAATATTAAAAAATTAATATTATAAT
*
1449213 -TTAT-TTAAAAAATTAATATTA
1 ATAATATTAAAAAATTAATATTA
1449234 AAATTAAAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 7
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.37
25 3 0.07
26 12 0.29
27 1 0.02
28 10 0.24
ACGTcount: A:0.56, C:0.01, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (27 bp):
ATAATATTAAAAAATTAATATTATAAT
Found at i:1457213 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1457200--1457224 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
1457190 GTAGAATGGT
1457200 TGTAAATG
1 TGTAAATG
1457208 TGTAAATG
1 TGTAAATG
1457216 TGTAAATG
1 TGTAAATG
1457224 T
1 T
1457225 AGTGTGACAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
TGTAAATG
Found at i:1460503 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1460460--1460496 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1460450 TGTTAAATGA
1460460 CTAGGGGTATCGGTACCT
1 CTAGGGGTATCGGTACCT
1460478 CTAAGGGAGTATCGGTACC
1 CT-AGGG-GTATCGGTACC
1460497 CATAGGGTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.12
19 4 0.24
20 11 0.65
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
CTAGGGGTATCGGTACCT
Found at i:1460539 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 1460461--1460646 Score: 205
Period size: 74 Copynumber: 2.5 Consensus size: 74
1460451 GTTAAATGAC
** *
1460461 TAGGGGTATCGGTACCTCTAAG-GGAGTATCGGTACCCATAGGGTATTATGTTTTTCTCGAAGCC
1 TAGGGGTATCGGTACC-CTAAGCGGAGTATCGGTACCCATAGGACAATATGTTTTTCTCGAAGCC
1460525 AAAACTT-GCA
65 AAAA-TTGGCA
* * * * *
1460535 TAGGGGTATCGGTACCCTATGCGGGGTATCGGTACCCATTGGACAATCTGTTTTTCTCGGAGCCA
1 TAGGGGTATCGGTACCCTAAGCGGAGTATCGGTACCCATAGGACAATATGTTTTTCTCGAAGCCA
1460600 AAATTGGCA
66 AAATTGGCA
* * * * *
1460609 TAGGGGCATTGGTACACCTTATGAGGGGTATCGGTACC
1 TAGGGGTATCGGTAC-CC-TAAGCGGAGTATCGGTACC
1460647 TCCCTATTAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 11, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
73 6 0.06
74 71 0.73
75 2 0.02
76 18 0.19
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (74 bp):
TAGGGGTATCGGTACCCTAAGCGGAGTATCGGTACCCATAGGACAATATGTTTTTCTCGAAGCCA
AAATTGGCA
Found at i:1462804 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1462786--1462819 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
1462776 AATGGGCAAT
1462786 TTTGAAAACTA-TG
1 TTTGAAAAC-ACTG
1462799 TTTGAAAACACTG
1 TTTGAAAACACTG
1462812 TTTGAAAA
1 TTTGAAAA
1462820 TCAATATGGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
12 1 0.05
13 19 0.95
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (13 bp):
TTTGAAAACACTG
Found at i:1463381 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1463357--1463395 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
1463347 TCGAATGCAT
1463357 TCCATGCACCGATGCACTC
1 TCCATGCACCGATGCACTC
*
1463376 TCCATGCATCGATGCACTC
1 TCCATGCACCGATGCACTC
1463395 T
1 T
1463396 GAATATTTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.38, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
TCCATGCACCGATGCACTC
Found at i:1463412 original size:65 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1463294--1463502 Score: 205
Period size: 65 Copynumber: 3.2 Consensus size: 64
1463284 TATTCAAAGG
** *
1463294 CATGCACCGATGCA-TCAGTCCATGCATCGATGCA-TCGATGAAT-TAATTGAACATCGAATGCA
1 CATGCACCGATGCACTC--TCCATGCATCGATGCACTC--TGAATATTTTTAAACATCGAATGCA
*
1463356 TTC
62 TTT
*
1463359 CATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAATATTTTTAAAACATTGAATGCATTT
1 CATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAATATTTTT-AAACATCGAATGCATTT
* * ***
1463424 GATGCATCGATGCACAAGCCATGCATCGATGCAC-C--AAGTTATTTTTCAAACATCGAATGCAT
1 CATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAA--TATTTTT-AAACATCGAATGCAT
1463486 TT
63 TT
*
1463488 CATGCATCGATGCAC
1 CATGCACCGATGCAC
1463503 ACTTGGTGCA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 13, Indels: 13
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
62 2 0.02
63 5 0.04
64 57 0.46
65 59 0.47
66 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (64 bp):
CATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAATATTTTTAAACATCGAATGCATTT
Found at i:1463520 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1463343--1463505 Score: 213
Period size: 65 Copynumber: 2.5 Consensus size: 64
1463333 GAATTAATTG
* * *
1463343 AACATCGAATGCATTCCATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAA--TATTTTT
1 AACATCGAATGCATTTCATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCAC-C--AAGTTATTTTT
1463406 AA
63 AA
* * ** *
1463408 AACATTGAATGCATTTGATGCATCGATGCACAAGCCATGCATCGATGCACCAAGTTATTTTTCA
1 AACATCGAATGCATTTCATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCACCAAGTTATTTTTAA
1463472 AACATCGAATGCATTTCATGCATCGATGCACACT
1 AACATCGAATGCATTTCATGCATCGATGCACACT
1463506 TGGTGCACCG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 12, Indels: 5
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
62 2 0.02
64 39 0.46
65 43 0.51
ACGTcount: A:0.31, C:0.25, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (64 bp):
AACATCGAATGCATTTCATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCACCAAGTTATTTTTAA
Found at i:1463526 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1463294--1463526 Score: 213
Period size: 64 Copynumber: 3.6 Consensus size: 64
1463284 TATTCAAAGG
* * * * * *
1463294 CATGCACCGATGCATCAGTCCATGCATCGATGCATCGA-TGAATTAATT-GAACATCGAATGCAT
1 CATGCATCGATGCA-CACTCCATGCATCGATGCATCAAGT-TATT-TTTAAAACATCGAATGCAT
*
1463357 TC
63 TT
* * *
1463359 CATGCACCGATGCACTCTCCATGCATCGATGCACTCTGAA--TATTTTTAAAACATTGAATGCAT
1 CATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCA-TC--AAGTTATTTTTAAAACATCGAATGCAT
1463422 TT
63 TT
* ** * *
1463424 GATGCATCGATGCACAAGCCATGCATCGATGCACCAAGTTATTTTTCAAACATCGAATGCATTT
1 CATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCATCAAGTTATTTTTAAAACATCGAATGCATTT
*** *
1463488 CATGCATCGATGCACACTTGGTGCACCGATGCATCAAGT
1 CATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCATCAAGT
1463527 GTTCCAACGG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 24, Indels: 13
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
62 2 0.01
64 74 0.54
65 61 0.44
67 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (64 bp):
CATGCATCGATGCACACTCCATGCATCGATGCATCAAGTTATTTTTAAAACATCGAATGCATTT
Found at i:1465636 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1465603--1465642 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1465593 TTTTAACGTA
1465603 ATTGATATTCATTTT-AAACC
1 ATTGATATTCATTTTCAAACC
1465623 ATTGATA-TCAATTTTCAAAC
1 ATTGATATTC-ATTTTCAAAC
1465643 AATTTGATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.11
20 12 0.67
21 4 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
ATTGATATTCATTTTCAAACC
Found at i:1465650 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1465602--1465646 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
1465592 ATTTTAACGT
1465602 AATTGATATTCATTTTAAAC
1 AATTGATATTCATTTTAAAC
*
1465622 CATTGATA-TCAATTTTCAAAC
1 AATTGATATTC-ATTTT-AAAC
1465643 AATT
1 AATT
1465647 TGATTTTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.10
20 12 0.57
21 7 0.33
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
AATTGATATTCATTTTAAAC
Found at i:1470579 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1470537--1470580 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
1470527 ACCCCGGGAG
*
1470537 CTAGTTCTTCACGAGCTGCTC
1 CTAGTTCTTCACGAGCTCCTC
* *
1470558 CTAGTTCTTCTCGTGCTCCTC
1 CTAGTTCTTCACGAGCTCCTC
1470579 CT
1 CT
1470581 CCTCCTCCAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.36, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
CTAGTTCTTCACGAGCTCCTC
Found at i:1471358 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1471320--1471359 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1471310 AAATTAAGTT
*
1471320 AAATGAATTTTAAGATTTTAC
1 AAATGAATTTTAAAATTTTAC
1471341 AAATG-ATTTTACAAATTTT
1 AAATGAATTTTA-AAATTTT
1471360 TATTCGATTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.35
21 11 0.65
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
AAATGAATTTTAAAATTTTAC
Found at i:1471614 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1471590--1471628 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
1471580 TCGAATGCAT
1471590 TCCATGAACCGATGAACTC
1 TCCATGAACCGATGAACTC
* * *
1471609 TCCATGCATCGATGCACTC
1 TCCATGAACCGATGAACTC
1471628 T
1 T
1471629 TAATATTTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.33, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
TCCATGAACCGATGAACTC
Found at i:1471668 original size:65 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1471576--1471725 Score: 167
Period size: 65 Copynumber: 2.3 Consensus size: 64
1471566 GAATTAATTG
* * *** **
1471576 AACATCGAATGCATTCCATGAACCGATGAACTCTCCATGCATCGATGCACTCTTAATA-TTTTCA
1 AACATCGAATGCATTTCATGCACCGATGAACAAGCCATGCATCGATGCAC-CAGAATATTTTTC-
1471640 A
64 A
* * * **
1471641 AACATCGAATGCATTTGATGCATCGATGCACAAGCCATGCATCGATGCACCAGGCTATTTTTCA
1 AACATCGAATGCATTTCATGCACCGATGAACAAGCCATGCATCGATGCACCAGAATATTTTTCA
1471705 AACATCGAATGCATTTCATGC
1 AACATCGAATGCATTTCATGC
1471726 GTTGATGCAC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 13, Indels: 3
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 24 0.34
65 47 0.66
ACGTcount: A:0.31, C:0.25, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (64 bp):
AACATCGAATGCATTTCATGCACCGATGAACAAGCCATGCATCGATGCACCAGAATATTTTTCA
Found at i:1475222 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 1475159--1475411 Score: 373
Period size: 44 Copynumber: 5.8 Consensus size: 44
1475149 GCATATGCAA
* *
1475159 TATTTTACCAATATACTTACCATTTATTCATAAGCTCGAAAGCT
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
* *
1475203 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTTGTAAGCT
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
* *
1475247 TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
*
1475291 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGTAAGCT
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
* * * * *
1475335 TATTTTACCTATATATTTACCATTTATCCATATGCTCGAAATCT
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
*
1475379 TATTTTACCAATACACTTGCCA-TTATTCCATAA
1 TATTTTACCAATACACTTACCATTTA-TCCATAA
1475412 CCATATATCA
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 22, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.02
44 183 0.98
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (44 bp):
TATTTTACCAATACACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCT
Found at i:1475308 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 1475159--1475411 Score: 427
Period size: 88 Copynumber: 2.9 Consensus size: 88
1475149 GCATATGCAA
* *
1475159 TATTTTACCAATATACTTACCATTTATTCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
1 TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
*
1475224 ATTTATCCATAAGCTTGTAAGCT
66 ATTTATCCATAAGCTCGTAAGCT
1475247 TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
1 TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
1475312 ATTTATCCATAAGCTCGTAAGCT
66 ATTTATCCATAAGCTCGTAAGCT
* * * *
1475335 TATTTTACCTATATATTTACCATTTATCCATATGCTCGAAATCTTATTTTACCAATACACTTGCC
1 TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
1475400 A-TTATTCCATAA
66 ATTTA-TCCATAA
1475412 CCATATATCA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 7, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
87 3 0.02
88 154 0.98
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (88 bp):
TATTTTACCTATATACTTACCATTTATCCATAAGCTCGAAAGCTTATTTTACCAATACACTTACC
ATTTATCCATAAGCTCGTAAGCT
Found at i:1475584 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1475492--1475620 Score: 161
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 59
1475482 CGTAGTGTTA
* * **
1475492 TCCCGAGTATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATTTGTACTAGGTATCCTTAAGTACAG
1 TCCCGAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATATACACTAGGTATCCTTAAGTACAG
* * ** *
1475551 TCCCGAATATGACACATAAGGTTGTG-CTCACCATATACACTAGGTATCCTTTAGTGTAT
1 TCCCGAATATGACACATAAGGTCGTGTC-CACCATATACACTAGGTATCCTTAAGTACAG
1475610 TCCCGAATATG
1 TCCCGAATATG
1475621 CAACCTGTTG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 9, Indels: 2
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.02
59 59 0.98
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (59 bp):
TCCCGAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATATACACTAGGTATCCTTAAGTACAG
Found at i:1479440 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1479401--1479440 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1479391 CAAGCTTTAA
* *
1479401 GATCATCAATTTTCTTTTGAT
1 GATCATCAATTTACTCTTGAT
1479422 GATCATC-ATTTACTCTTGA
1 GATCATCAATTTACTCTTGA
1479441 AAGTAAATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
GATCATCAATTTACTCTTGAT
Found at i:1481519 original size:74 final size:75
Alignment explanation
Indices: 1481411--1481591 Score: 233
Period size: 74 Copynumber: 2.4 Consensus size: 75
1481401 AGCGTATGAC
* * * * *
1481411 TAGGGGTATCGATACCTCTAAG-GGGGCATCGGTACCCATAGGACATTCTTTTTTTCTCGGAGCC
1 TAGGGGTATCGATACC-CTATGAGGGGTATTGGTACCCATAGGACAATCTATTTTTCTCGGAGCC
1481475 AAAACA-T-GCA
65 AAAA-ATTGGCA
*
1481485 TAGGGGTATCGATACCCTATGAGGGGTATTGGTACCCATTGGACAATCTATTTTTCTCGGAGCCA
1 TAGGGGTATCGATACCCTATGAGGGGTATTGGTACCCATAGGACAATCTATTTTTCTCGGAGCCA
1481550 AAAATTGGCA
66 AAAATTGGCA
* *
1481560 TAGGGGTATCGGTACACCCTATGAGGCGTATT
1 TAGGGGTATC-G-ATACCCTATGAGGGGTATT
1481592 TGAATAATTT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 8, Indels: 7
0.86 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 5 0.05
74 58 0.62
75 13 0.14
76 1 0.01
77 17 0.18
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (75 bp):
TAGGGGTATCGATACCCTATGAGGGGTATTGGTACCCATAGGACAATCTATTTTTCTCGGAGCCA
AAAATTGGCA
Found at i:1482186 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1482150--1482209 Score: 102
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
1482140 AACTTAAAAG
* *
1482150 AGTTTTGCAATACTGAGATTTAAATAATTTT
1 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATTTT
1482181 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATT
1 AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATT
1482210 CATACAACTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 27 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (31 bp):
AGTTTTACAATACTGAAATTTAAATAATTTT
Found at i:1482753 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1482722--1482839 Score: 140
Period size: 24 Copynumber: 4.5 Consensus size: 27
1482712 TATATGATAC
1482722 AAAATTAAATATATATAATATAATATTAA
1 AAAATT-AATAT-TATAATATAATATTAA
*
1482751 AAAATTAATATT-TAAT-TTAT-TTAA
1 AAAATTAATATTATAATATAATATTAA
1482775 AAAATTAATATCTATAATATAATATTAA
1 AAAATTAATAT-TATAATATAATATTAA
* *
1482803 AAAATGAATATT-TAAT-TTAT-TTAA
1 AAAATTAATATTATAATATAATATTAA
1482827 AAAATTAATATTA
1 AAAATTAATATTA
1482840 AAATTAAAAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 5, Indels: 14
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 30 0.38
25 7 0.09
26 12 0.15
27 5 0.06
28 19 0.24
29 6 0.08
ACGTcount: A:0.56, C:0.01, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (27 bp):
AAAATTAATATTATAATATAATATTAA
Found at i:1482785 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 1482722--1482837 Score: 205
Period size: 52 Copynumber: 2.2 Consensus size: 52
1482712 TATATGATAC
*
1482722 AAAATTAAATATATATAATATAATATTAAAAAATTAATATTTAATTTATTTAA
1 AAAATT-AATATATATAATATAATATTAAAAAATGAATATTTAATTTATTTAA
*
1482775 AAAATTAATATCTATAATATAATATTAAAAAATGAATATTTAATTTATTTAA
1 AAAATTAATATATATAATATAATATTAAAAAATGAATATTTAATTTATTTAA
1482827 AAAATTAATAT
1 AAAATTAATAT
1482838 TAAAATTAAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 2, Indels: 1
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
52 55 0.90
53 6 0.10
ACGTcount: A:0.56, C:0.01, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (52 bp):
AAAATTAATATATATAATATAATATTAAAAAATGAATATTTAATTTATTTAA
Found at i:1482871 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1482827--1482877 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
1482817 ATTTATTTAA
1482827 AAAATT-AATATTAAAATT
1 AAAATTAAATA-TAAAATT
*
1482845 AAAATCAAATATAAAATT
1 AAAATTAAATATAAAATT
1482863 -AAATTAAATATAAAA
1 AAAATTAAATATAAAA
1482878 CCTCTTTGAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.47
18 12 0.40
19 4 0.13
ACGTcount: A:0.67, C:0.02, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
AAAATTAAATATAAAATT
Found at i:1485200 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1485172--1485217 Score: 74
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
1485162 ATAGTATAGT
1485172 ATATATAATAAATATAGTTTTTGAA
1 ATATATAAT--ATATAGTTTTTGAA
1485197 ATATATAATATATAGTTTTTG
1 ATATATAATATATAGTTTTTG
1485218 GAAACTTACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.57
25 9 0.43
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
ATATATAATATATAGTTTTTGAA
Found at i:1485282 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1485190--1485366 Score: 176
Period size: 35 Copynumber: 4.9 Consensus size: 35
1485180 TAAATATAGT
* * *
1485190 TTTTG-AAATATATAATATATAGTTTTTGGAAACTTA
1 TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTT-AAAAC-GA
* * *
1485226 CTTTTAAAAACGTATAATATATAGTTCTTAAAACGA
1 -TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
* **
1485262 TTTTGAAAACATATAGTATATAGTTTTTTAAAATAA
1 TTTTGAAAACATATAATATATAG-TTTTTAAAACGA
** *
1485298 TTTTGAAAATGTATAATATATAGTTTTTAAAACGG
1 TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
*
1485333 TTTTGAAAACATATATATAATATAGTTTTAAAAA
1 TTTTGAAAACATATA-AT-ATATAGTTTTTAAAA
1485367 ATGGGTTTTG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 21, Indels: 8
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 42 0.37
36 32 0.28
37 22 0.19
38 19 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (35 bp):
TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
Found at i:1485330 original size:71 final size:73
Alignment explanation
Indices: 1485190--1485361 Score: 224
Period size: 71 Copynumber: 2.4 Consensus size: 73
1485180 TAAATATAGT
* * *
1485190 TTTTG-AAATATATAATATATAGTTTTTGGAAACTTACTTTTAAAAACGTATAATATATAGTTCT
1 TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTGGAAACATAATTTTAAAAACGTATAATATATAGTTCT
1485254 TAAAACGA
66 TAAAACGA
* * * * *
1485262 TTTTGAAAACATATAGTATATAGTTTTT-TAAA-ATAATTTTGAAAATGTATAATATATAGTTTT
1 TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTGGAAACATAATTTTAAAAACGTATAATATATAGTTCT
*
1485325 TAAAACGG
66 TAAAACGA
1485333 TTTTGAAAACATATATATAATATAGTTTT
1 TTTTGAAAACATATA-AT-ATATAGTTTT
1485362 AAAAAATGGG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 10, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
71 48 0.55
72 9 0.10
73 30 0.34
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (73 bp):
TTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTGGAAACATAATTTTAAAAACGTATAATATATAGTTCT
TAAAACGA
Found at i:1485426 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1485385--1485448 Score: 92
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
1485375 TGAAAACTGA
*
1485385 TTTTTGAAAATATATTAATATATTATATAG
1 TTTTTGAAAATATAAT-ATATATTATATAG
* *
1485415 TTTTTGGAAATATAATATATGTTATATAG
1 TTTTTGAAAATATAATATATATTATATAG
1485444 TTTTT
1 TTTTT
1485449 ATTATTTATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 17 0.55
30 14 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.09, T:0.53
Consensus pattern (29 bp):
TTTTTGAAAATATAATATATATTATATAG
Found at i:1492978 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1492560--1492971 Score: 608
Period size: 81 Copynumber: 5.1 Consensus size: 81
1492550 CTATTTTAAA
* *
1492560 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAATGTGTTAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1492625 GTTAAATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* *
1492641 TAAAAGATTAATTACCTAGTTGTGCATTTGACAGAAGGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1492706 GTTAAATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * * * *
1492722 TAAAAAATTAATTGCCTAGCTGTGCATTTGACAGAAAAGTGTTAATTATGCTAGTTAGATGAATG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
*
1492787 TTTAAATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* *
1492803 TAAAATATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATCATGCCAGTTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
* *
1492868 GCTAGATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * * * * *
1492884 TTAAAGATTAAATGCCTAGCTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGTCAATCATACAAGTTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
* *
1492949 GCTAAATGCCTTTGGG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
1492965 TAAAAGA
1 TAAAAGA
1492972 CTAAATGATT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 33, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
81 298 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.23, T:0.32
Consensus pattern (81 bp):
TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
GTTAAATGCCTTTGAG
Found at i:1499836 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1499425--1499830 Score: 493
Period size: 81 Copynumber: 5.1 Consensus size: 81
1499415 CTATTTTAAA
*
1499425 TAAAAGATTAATTGCCTAGCTGTGCA-TT-----AAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
*
1499484 GTTAAATGGCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * *
1499500 TAAAAGATTAATTGGCTAGCTATGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAT
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
1499565 GTTAAATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * * * *
1499581 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGCGTATTTGACAAAAAGATGTTAATTATGCCAGTTATATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
*
1499646 GTTAAATACCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * * *
1499662 TAAAATATTAATTTCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAATGTGTCAATCATGCCAATTAGATGAAAG
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
* *
1499727 GCTAGATGCCTTTGAG
66 GTTAAATGCCTTTGAG
* * * * * *
1499743 TTAAAGATTAAATGCCTAGTTGTGCATTTAGA-TGAAAGGTGTCAATCATGCAAGTTAGATGGAA
1 TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTT-GACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAA
* * *
1499807 GGCTGAATGCCTTTGGG
65 GGTTAAATGCCTTTGAG
1499824 TAAAAGA
1 TAAAAGA
1499831 CTAAATAATT
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 42, Indels: 8
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
75 24 0.09
76 2 0.01
81 254 0.90
82 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (81 bp):
TAAAAGATTAATTGCCTAGTTGTGCATTTGACAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAAAG
GTTAAATGCCTTTGAG
Found at i:1506257 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 1506164--1506260 Score: 128
Period size: 49 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
1506154 AATACTTCAC
*
1506164 TTAGGGTGAAAACCCAAAAGGGCACCCTAAGTTGAAGCAAAAAAAATTGT
1 TTAGGGTGAAAACCCAAAAGGGCACCCTAAGTTGAAGAAAAAAAAATTGT
* *
1506214 TTAGGGTG-AAACCCAAAAGGGCGCTCTGAA-TTGAA-AAATAAAAAATT
1 TTAGGGTGAAAACCCAAAAGGGCACCCT-AAGTTGAAGAAA-AAAAAATT
1506261 AAAAACAACA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
48 2 0.05
49 30 0.71
50 10 0.24
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (50 bp):
TTAGGGTGAAAACCCAAAAGGGCACCCTAAGTTGAAGAAAAAAAAATTGT
Found at i:1507966 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1507925--1507970 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
1507915 ATAGCATAGT
1507925 ATATATAATAAATACAGTTTTTGAA
1 ATATATAAT-AATACAGTTTTTGAA
*
1507950 ATATATAAT-ATATAGTTTTTG
1 ATATATAATAATACAGTTTTTG
1507971 GAAACTTACT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.55
25 9 0.45
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (24 bp):
ATATATAATAATACAGTTTTTGAA
Found at i:1508119 original size:38 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1507942--1508139 Score: 141
Period size: 38 Copynumber: 5.3 Consensus size: 36
1507932 ATAAATACAG
* * *
1507942 TTTTTG-AAATATATAATATATAGTTTTTGGAAACTTA
1 TTTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTT-AAAAC-GA
* * *
1507979 CTTTTAAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAAC-A
1 TTTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
* * * * *
1508014 ATTTTGAAAGCATATAGTATGTATATATTTTTTTTAAA-TA
1 TTTTTGAAAACATATA--A--TATATA-GTTTTTAAAACGA
* *
1508054 ATTTTGAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAACGA
1 TTTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
* * *
1508090 TTTTTGAAAACATATATATAATATAGTTTTAAAAAATGG
1 TTTTTGAAAACATATA-AT-ATATAGTTTT-TAAAACGA
1508129 TTTTTGAAAAC
1 TTTTTGAAAAC
1508140 GGTTTTTGAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 21, Indels: 20
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
35 21 0.16
36 21 0.16
37 11 0.09
38 31 0.24
39 22 0.17
40 23 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (36 bp):
TTTTTGAAAACATATAATATATAGTTTTTAAAACGA
Found at i:1508134 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 1507980--1508140 Score: 200
Period size: 75 Copynumber: 2.1 Consensus size: 75
1507970 GGAAACTTAC
* * * *
1507980 TTTTAAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAACAATTTTGAAAGCATATAGTATGTATATATTTT
1 TTTTGAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAACAATTTTGAAAACATATAGTATGAATATAGTTT
***
1508045 TTTTAAATAA
66 TAAAAAATAA
*
1508055 TTTTGAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAACGATTTTTGAAAACATATA-TAT-AATATAGTT
1 TTTTGAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAAC-AATTTTGAAAACATATAGTATGAATATAGTT
**
1508118 TTAAAAAATGGT
65 TTAAAAAAT-AA
1508130 TTTTGAAAACG
1 TTTTGAAAACG
1508141 GTTTTTGAAA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 10, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
74 13 0.18
75 46 0.62
76 15 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (75 bp):
TTTTGAAAACGTATAATATATAGTTTTTAAAACAATTTTGAAAACATATAGTATGAATATAGTTT
TAAAAAATAA
Done.