Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01007959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1044826
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 3 of 5
Found at i:470109 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 470092--470125 Score: 59
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
470082 ACCACATTTC
470092 CAATATCAAACA
1 CAATATCAAACA
470104 CAATATCAAACA
1 CAATATCAAACA
*
470116 CAATCTCAAA
1 CAATATCAAA
470126 ACCCACAACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 21 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.26, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (12 bp):
CAATATCAAACA
Found at i:470284 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 470252--470297 Score: 74
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
470242 TATTCGAAAT
*
470252 TTGATCTTGGTTAATACCCGGACA
1 TTGATCTTGGTCAATACCCGGACA
*
470276 TTGATCTTGGTCAATACTCGGA
1 TTGATCTTGGTCAATACCCGGA
470298 TTTTGATGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
TTGATCTTGGTCAATACCCGGACA
Found at i:470303 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 470251--470304 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
470241 GTATTCGAAA
*
470251 TTTGATCTTGGTTAATACCCGGAC
1 TTTGATCTTGGTCAATACCCGGAC
* * *
470275 ATTGATCTTGGTCAATACTCGGAT
1 TTTGATCTTGGTCAATACCCGGAC
470299 TTTGAT
1 TTTGAT
470305 GATGTTTCAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (24 bp):
TTTGATCTTGGTCAATACCCGGAC
Found at i:473103 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 473078--473112 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
473068 AAGCAAAAGG
473078 AAATAAAATCGCAATCA
1 AAATAAAATCGCAATCA
*
473095 AAATCAAAATCTCAATCA
1 AAAT-AAAATCGCAATCA
473113 CAACCGGCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.25
18 12 0.75
ACGTcount: A:0.57, C:0.20, G:0.03, T:0.20
Consensus pattern (17 bp):
AAATAAAATCGCAATCA
Found at i:473383 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 473358--473422 Score: 103
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
473348 AAATCGCAAC
*
473358 GCGAATTTGACTTTCGTGTT
1 GCGAATTTGACTTTCGCGTT
**
473378 GCGAATTTGACTTTCGCAAT
1 GCGAATTTGACTTTCGCGTT
473398 GCGAATTTGACTTTCGCGTT
1 GCGAATTTGACTTTCGCGTT
473418 GCGAA
1 GCGAA
473423 AGTGTATCTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 40 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.18, G:0.25, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
GCGAATTTGACTTTCGCGTT
Found at i:474931 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 474907--474998 Score: 123
Period size: 21 Copynumber: 4.4 Consensus size: 21
474897 GTGAATCGGG
* *
474907 CTCTTGAACGGTGGGAGGGGC
1 CTCTTGAACGATAGGAGGGGC
474928 CTCTTGAACGAT-GAGAGGGGC
1 CTCTTGAACGATAG-GAGGGGC
* *
474949 CTCTTGAACAATAGGAGGGGA
1 CTCTTGAACGATAGGAGGGGC
*
474970 CTCTTGAACGATAGGAGGAGC
1 CTCTTGAACGATAGGAGGGGC
474991 CTCTTGAA
1 CTCTTGAA
474999 TGATGACAGG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 4
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 61 0.97
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
CTCTTGAACGATAGGAGGGGC
Found at i:475434 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 475410--475459 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
475400 ACCATTGTCG
*
475410 TCACGTAAAGTACCGACCTCA
1 TCACGTAAAGCACCGACCTCA
* *
475431 TCACGCAAAGCACTGACCTCA
1 TCACGTAAAGCACCGACCTCA
475452 TCACGTAA
1 TCACGTAA
475460 CTCCCATAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.34, G:0.14, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
TCACGTAAAGCACCGACCTCA
Found at i:475633 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 475574--475668 Score: 136
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
475564 GTGATTAAAT
* * * * *
475574 AGGTGATGGCTCTCGGTGTGGAGGTGTATAATCGGCTCAATC
1 AGGTGATGGCTATCGGTGTCGAGCTGTAGAATCGACTCAATC
*
475616 AGGTGATGGCTATCGGTGTCGAGCTGTAGAATCGACTCGATC
1 AGGTGATGGCTATCGGTGTCGAGCTGTAGAATCGACTCAATC
475658 AGGTGATGGCT
1 AGGTGATGGCT
475669 CTCGAAGTGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 47 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.36, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
AGGTGATGGCTATCGGTGTCGAGCTGTAGAATCGACTCAATC
Found at i:477188 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 477165--477203 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
477155 TTTGAAACTT
*
477165 AAATTCGCAACACGAAAATG
1 AAATTCGCAACACAAAAATG
477185 AAATTCGCAACACAAAAAT
1 AAATTCGCAACACAAAAAT
477204 CGCAACGCGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.21, G:0.10, T:0.15
Consensus pattern (20 bp):
AAATTCGCAACACAAAAATG
Found at i:477268 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 477229--477292 Score: 94
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
477219 AAAATCGCAA
*
477229 TGCGATTTT-AGTTTCACGT
1 TGCGATTTTCATTTTCACGT
*
477248 TGCGATTTTCATTTTCGCGT
1 TGCGATTTTCATTTTCACGT
*
477268 TGCGATTTTCATTTTCATGT
1 TGCGATTTTCATTTTCACGT
477288 TGCGA
1 TGCGA
477293 ATTTAAGTTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.22
20 31 0.77
ACGTcount: A:0.14, C:0.17, G:0.20, T:0.48
Consensus pattern (20 bp):
TGCGATTTTCATTTTCACGT
Found at i:477303 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 477229--477304 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 3.9 Consensus size: 20
477219 AAAATCGCAA
*
477229 TGCG-ATTTTAGTTTCACGT
1 TGCGAATTTCAGTTTCACGT
* * *
477248 TGCGATTTTCATTTTCGCGT
1 TGCGAATTTCAGTTTCACGT
* * *
477268 TGCGATTTTCATTTTCATGT
1 TGCGAATTTCAGTTTCACGT
*
477288 TGCGAATTTAAGTTTCA
1 TGCGAATTTCAGTTTCA
477305 AAAACTACTC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.09
20 43 0.91
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.18, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
TGCGAATTTCAGTTTCACGT
Found at i:483243 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 483228--483265 Score: 58
Period size: 7 Copynumber: 5.4 Consensus size: 7
483218 GACCCGACCC
*
483228 GACCATT
1 GACCGTT
483235 GACCGTT
1 GACCGTT
*
483242 GACTGTT
1 GACCGTT
483249 GACCGTT
1 GACCGTT
483256 GACCGTT
1 GACCGTT
483263 GAC
1 GAC
483266 TTCCTTTGAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 28 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (7 bp):
GACCGTT
Found at i:495235 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 495216--495248 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
495206 ATATAAGTGT
*
495216 ATAT-CAAAATAATAAA
1 ATATCCAAAACAATAAA
495232 ATATCCAAAACAATAAA
1 ATATCCAAAACAATAAA
495249 TGAGTTATAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.27
17 11 0.73
ACGTcount: A:0.67, C:0.12, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
ATATCCAAAACAATAAA
Found at i:495725 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 495699--495742 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
495689 TGTTTGTTAA
495699 GCTCATTGCTCGTTAAGCTCAAT
1 GCTCATTGCTCGTTAAGCTCAAT
495722 GCTCATTGCTCGTTAAGCTCA
1 GCTCATTGCTCGTTAAGCTCA
495743 CCGAAATTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (23 bp):
GCTCATTGCTCGTTAAGCTCAAT
Found at i:495742 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 495694--495725 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
495684 CTCGCTGTTT
*
495694 GTTAAGCTCATTGCTC
1 GTTAAGCTCAATGCTC
495710 GTTAAGCTCAATGCTC
1 GTTAAGCTCAATGCTC
495726 ATTGCTCGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
GTTAAGCTCAATGCTC
Found at i:496650 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 496621--496671 Score: 88
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
496611 TTAACCTTTA
496621 ATAAATTA-TAAAATA-TAATTAAAAT
1 ATAAATTATTAAAATACTAATTAAAAT
496646 ATAAATTATTAAAATACTAATTAAAA
1 ATAAATTATTAAAATACTAATTAAAA
496672 ATGCGATGTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.33
26 7 0.29
27 9 0.38
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
ATAAATTATTAAAATACTAATTAAAAT
Found at i:499735 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 499710--499753 Score: 88
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
499700 TGGCATGTGA
499710 AATATGTCCCGAAGGACCTATG
1 AATATGTCCCGAAGGACCTATG
499732 AATATGTCCCGAAGGACCTATG
1 AATATGTCCCGAAGGACCTATG
499754 TCTATATCCC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (22 bp):
AATATGTCCCGAAGGACCTATG
Found at i:499763 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 499711--499777 Score: 80
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
499701 GGCATGTGAA
* *
499711 ATATGTCCCGAAGGACCTATGA
1 ATATATCCCGAAGGACCTATGT
*
499733 ATATGTCCCGAAGGACCTATGT
1 ATATATCCCGAAGGACCTATGT
* * *
499755 CTATATCCCAAAGGATCTATGT
1 ATATATCCCGAAGGACCTATGT
499777 A
1 A
499778 ACCCTCGACT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 39 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (22 bp):
ATATATCCCGAAGGACCTATGT
Found at i:503569 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 503510--503556 Score: 94
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
503500 TAATAAATAA
503510 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
503552 AT AT A
1 AT AT A
503557 CATACACATA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 45 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:509416 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 509365--509458 Score: 154
Period size: 39 Copynumber: 2.4 Consensus size: 39
509355 GTTGTTTAGT
* *
509365 TTGTAATGTTTTTATTTAATTTT-TTTGTTTACCATCAA
1 TTGTAAAGTTTTTATTTAATTTTGTTTGTTTACCAGCAA
*
509403 TTGTAAAGTTTTTATTTAATTTTGTTTGTTTACTAGCAA
1 TTGTAAAGTTTTTATTTAATTTTGTTTGTTTACCAGCAA
509442 TTGTAAAGTTTTTATTT
1 TTGTAAAGTTTTTATTT
509459 TGTTATGGAC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
38 22 0.42
39 30 0.58
ACGTcount: A:0.24, C:0.05, G:0.11, T:0.60
Consensus pattern (39 bp):
TTGTAAAGTTTTTATTTAATTTTGTTTGTTTACCAGCAA
Found at i:511220 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 511127--511245 Score: 159
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 60
511117 TCCACGATGC
* * * * *
511127 CGACATTTAGGTCGAACAAGCTGGTAGTTGAATGTATTCCCCTT-GAACTTGAAGGCATCT
1 CGACATTGAGGTCGAACAAGCTCGCAATTGAATG-ACTCCCCTTGGAACTTGAAGGCATCT
* *
511187 CGACATTGAGGTCGAAGAAGCTCGCAATTGAATGCCTCCCCTTGGAACTTGAAGGCATC
1 CGACATTGAGGTCGAACAAGCTCGCAATTGAATGACTCCCCTTGGAACTTGAAGGCATC
511246 GTGTCAAATG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 7, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
59 7 0.14
60 44 0.86
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.24, T:0.26
Consensus pattern (60 bp):
CGACATTGAGGTCGAACAAGCTCGCAATTGAATGACTCCCCTTGGAACTTGAAGGCATCT
Found at i:511491 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 511462--511516 Score: 101
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
511452 TCCCATTAAC
511462 GAGTTAAAATCATTACACATTACTT
1 GAGTTAAAATCATTACACATTACTT
*
511487 GAGTTAAAATCATTACATATTACTT
1 GAGTTAAAATCATTACACATTACTT
511512 GAGTT
1 GAGTT
511517 GGGCTGTCAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 29 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (25 bp):
GAGTTAAAATCATTACACATTACTT
Found at i:526252 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 526245--526275 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
526235 TTAAAAATGA
526245 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
526276 ATATATATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.48, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TC
Found at i:526280 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 526275--526308 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
526265 TCTCTCTCTC
526275 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
526309 GAGAGAGAGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:526313 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 526308--526353 Score: 85
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
526298 ATATATATAT
526308 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG -G
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
526349 AG AG A
1 AG AG A
526354 TTGTGTACGC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 2
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 42 0.98
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:527391 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 527272--527395 Score: 187
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
527262 ACAAAAATAC
* * * *
527272 ATAGTTTACCTTATGCATTTGCTAATATATTTATAGGTCTAATGATAAAATTACCCCTAAT
1 ATAGTTTACATTATGCATTTGCTAATATATTTATAGGTATAATGATAAAAGTAACCCTAAT
*
527333 ATAGTTTACATTATGCATTTGCTAATATATTTATAGGTATAGTG-TCAAAAGTAACCCTAAT
1 ATAGTTTACATTATGCATTTGCTAATATATTTATAGGTATAATGAT-AAAAGTAACCCTAAT
527394 AT
1 AT
527396 TTATCAAAAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
60 1 0.02
61 56 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (61 bp):
ATAGTTTACATTATGCATTTGCTAATATATTTATAGGTATAATGATAAAAGTAACCCTAAT
Found at i:534971 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 534935--535017 Score: 89
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
534925 TAAATAATTT
* *
534935 ATTTTTCTCCGATATTTATTGTAAT-GGACTTA
1 ATTTTT-TCCAATATTTATTATAATAGG-CTTA
* *
534967 ATTTTTTCTAATATTTATTATTATAGGCTTA
1 ATTTTTTCCAATATTTATTATAATAGGCTTA
*
534998 ATTTTTT-TAATATTTATTAT
1 ATTTTTTCCAATATTTATTAT
535018 TAAGGGCATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 13 0.28
31 25 0.54
32 8 0.17
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.07, T:0.58
Consensus pattern (31 bp):
ATTTTTTCCAATATTTATTATAATAGGCTTA
Found at i:535009 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 534946--535019 Score: 107
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
534936 TTTTTCTCCG
* *
534946 ATATTTATTGTAATGGACTTAATTTTTTCTA
1 ATATTTATTATTATGGACTTAATTTTTTCTA
534977 ATATTTATTATTATAGG-CTTAATTTTTT-TA
1 ATATTTATTATTAT-GGACTTAATTTTTTCTA
535007 ATATTTATTATTA
1 ATATTTATTATTA
535020 AGGGCATACT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 3
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 15 0.38
31 23 0.57
32 2 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.07, T:0.58
Consensus pattern (31 bp):
ATATTTATTATTATGGACTTAATTTTTTCTA
Found at i:535129 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 535097--535164 Score: 88
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
535087 TTTCTAACAT
535097 TTATTATTAAGG-GCC-AATTTTTTCAATAC
1 TTATTATTAAGGAGCCTAATTTTTTCAATAC
* *
535126 TTATTA-TCAGGAGCCTAATTTTTTCAATAT
1 TTATTATTAAGGAGCCTAATTTTTTCAATAC
*
535156 TTGTTATTA
1 TTATTATTA
535165 GATGCATACT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 4
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.12
29 9 0.28
30 18 0.56
31 1 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (31 bp):
TTATTATTAAGGAGCCTAATTTTTTCAATAC
Found at i:547205 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 547193--547237 Score: 83
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
547183 AAAATAATCT
547193 TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
547234 TA TA
1 TA TA
547238 ACAGTAACTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 41 0.98
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:548251 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 548231--548308 Score: 61
Period size: 13 Copynumber: 5.4 Consensus size: 14
548221 GGCCTCCATT
548231 TATAATCATAAATAA
1 TATAAT-ATAAATAA
548246 TATAATAT-AATAA
1 TATAATATAAATAA
* *
548259 TATATTAATACATAA
1 TATAAT-ATAAATAA
*
548274 TAT-ATATATATATA
1 TATAATATAAATA-A
*
548288 TATATATATATATTAA
1 TATA-ATATA-AATAA
548304 TATAA
1 TATAA
548309 CAACTCGGAC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 12
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 16 0.31
14 9 0.18
15 14 0.27
16 10 0.20
17 2 0.04
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (14 bp):
TATAATATAAATAA
Found at i:548255 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 548231--548308 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 7.0 Consensus size: 10
548221 GGCCTCCATT
548231 TATAATCATAA
1 TATAAT-ATAA
548242 -ATAATATAA
1 TATAATATAA
548251 TATAATA-ATA
1 TATAATATA-A
548261 TATTAATACATAA
1 TA-TAAT--ATAA
548274 TATATATATATA
1 TATA-ATATA-A
548286 TATATATATATA
1 TATA-ATATA-A
548298 TATTAATATAA
1 TA-TAATATAA
548309 CAACTCGGAC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 0, Indels: 18
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.09
10 14 0.24
11 8 0.14
12 22 0.38
13 8 0.14
14 1 0.02
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (10 bp):
TATAATATAA
Found at i:548278 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 548245--548300 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 31.0 Consensus size: 2
548235 ATCATAAATA
*
548245 AT AT A- AT AT A- AT A- AT AT AT -T A- AT AC AT A- AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
548281 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
548301 TAATATAACA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 12
0.77 0.03 0.20
Matches are distributed among these distances:
1 6 0.13
2 40 0.87
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:548854 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 548839--548919 Score: 99
Period size: 20 Copynumber: 4.1 Consensus size: 19
548829 CAAAGGATTC
548839 ACAAATTATCCGAAGGCTTT
1 ACAAATTA-CCGAAGGCTTT
548859 ACAAATTACTCGAAGGCTTT
1 ACAAATTAC-CGAAGGCTTT
*
548879 ACAAATTACCTGAAGGTTTT
1 ACAAATTACC-GAAGGCTTT
* *
548899 ACAAATGACCCGGAGGCTTT
1 ACAAATTA-CCGAAGGCTTT
548919 A
1 A
548920 ATTTTCTAGA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 6
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 50 0.93
21 2 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
ACAAATTACCGAAGGCTTT
Found at i:548883 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 548819--548919 Score: 123
Period size: 40 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
548809 TGAAAGACTG
* * *
548819 ACAAATGACCCAAAGGATTCACAAATTATCC-GAAGGCTTT
1 ACAAATGACCCGAAGGCTTTACAAATTA-CCTGAAGGCTTT
* * *
548859 ACAAATTACTCGAAGGCTTTACAAATTACCTGAAGGTTTT
1 ACAAATGACCCGAAGGCTTTACAAATTACCTGAAGGCTTT
*
548899 ACAAATGACCCGGAGGCTTTA
1 ACAAATGACCCGAAGGCTTTA
548920 ATTTTCTAGA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 2
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.04
40 49 0.96
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
ACAAATGACCCGAAGGCTTTACAAATTACCTGAAGGCTTT
Found at i:553457 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 553412--553558 Score: 176
Period size: 29 Copynumber: 5.1 Consensus size: 29
553402 CGACCCGACA
**
553412 GGTGCTATTTTTGTAATTATTTTTAAAAG
1 GGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAAAG
553441 GGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAAAG
1 GGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAAAG
* *
553470 GGTGCTAGTTTCGA-AATTA-TTTTGAAAG
1 GGTGCTATTTTC-ATAATTATTTTTAAAAG
*
553498 GGTGATATTTTCATAATTATTTTTAAAA-
1 GGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAAAG
* * *
553526 GGTGTTAGTTTT-GTAAATATTTTTAAAAG
1 GGTGCTA-TTTTCATAATTATTTTTAAAAG
553555 GGTG
1 GGTG
553559 TTAGCTTCGT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 10, Indels: 10
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.01
28 43 0.42
29 58 0.56
30 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
GGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAAAG
Found at i:553573 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 553411--553558 Score: 210
Period size: 57 Copynumber: 2.6 Consensus size: 57
553401 CCGACCCGAC
* * *
553411 AGGTGCTATTTTTGTAATTATTTTTAAAAGGGTGCTATTTTCATAATTATTTTTAAA
1 AGGTGCTAGTTTTGTAAATATTTTTAAAAGGGTGATATTTTCATAATTATTTTTAAA
* *
553468 AGGGTGCTAGTTTCG-AAAT-TATTTTGAAAGGGTGATATTTTCATAATTATTTTTAAA
1 A-GGTGCTAGTTTTGTAAATAT-TTTTAAAAGGGTGATATTTTCATAATTATTTTTAAA
*
553525 AGGTGTTAGTTTTGTAAATATTTTTAAAAGGGTG
1 AGGTGCTAGTTTTGTAAATATTTTTAAAAGGGTG
553559 TTAGCTTCGT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 8, Indels: 8
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 12 0.15
57 55 0.70
58 12 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (57 bp):
AGGTGCTAGTTTTGTAAATATTTTTAAAAGGGTGATATTTTCATAATTATTTTTAAA
Found at i:557542 original size:44 final size:47
Alignment explanation
Indices: 557479--557567 Score: 121
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
557469 ATATACATCC
* * * *
557479 TAACCTCATGTTTTCTAGTTC-CATGC-TTT-TTCTGGAAATAAACT
1 TAACCGCATGATTTCTAGTTCGCATGCATTTATTCAGAAAATAAACT
557523 TAACCGCATGATTTCTAGTTCGCATGCATTTATTCAGAAAATAAA
1 TAACCGCATGATTTCTAGTTCGCATGCATTTATTCAGAAAATAAA
557568 ATAATACTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
44 19 0.50
45 5 0.13
46 3 0.08
47 11 0.29
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (47 bp):
TAACCGCATGATTTCTAGTTCGCATGCATTTATTCAGAAAATAAACT
Found at i:558601 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 558570--558649 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 3.1 Consensus size: 26
558560 TTTACTAATA
558570 ATTTAATATAAATAATTACATAACCAT
1 ATTTAATATAAATAATTA-ATAACCAT
* * *
558597 ATTTAATAGAAAT-ATTAATAATCTT
1 ATTTAATATAAATAATTAATAACCAT
*
558622 ATTATAATATTAAAT-ATTAA-AACTAT
1 ATT-TAATA-TAAATAATTAATAACCAT
558648 AT
1 AT
558650 AGATTAAATT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 5
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.20
26 14 0.32
27 21 0.48
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
ATTTAATATAAATAATTAATAACCAT
Found at i:558870 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 558863--558889 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
558853 TATTTATCTT
558863 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
558890 CAATAACTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:559943 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 559918--559986 Score: 87
Period size: 2 Copynumber: 37.5 Consensus size: 2
559908 ATCATAAATA
*
559918 AT AT A- AT A- AT AT AT -T A- AT AC AT AT AT AT -T AT A- AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
559954 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
559987 ACACTCGGAC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 12
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
1 6 0.10
2 53 0.90
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:564677 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 564614--564698 Score: 134
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
564604 AGACTAAACT
*
564614 CTAAAGTAACAATCAACAAATACACCAAACTAACATATTAAAA
1 CTAAAGTAACAAACAACAAATACACCAAACTAACATATTAAAA
* * *
564657 CTAAGGTAACAAACATCAAATACATCAAACTAACATATTAAA
1 CTAAAGTAACAAACAACAAATACACCAAACTAACATATTAAA
564699 TACATTCTGG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 38 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.20, G:0.04, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
CTAAAGTAACAAACAACAAATACACCAAACTAACATATTAAAA
Found at i:579252 original size:12 final size:14
Alignment explanation
Indices: 579225--579261 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
579215 TTTTATACTG
579225 TAACTATGTATTTT
1 TAACTATGTATTTT
579239 TAACTAT-T-TTTT
1 TAACTATGTATTTT
579251 TAACT-TGTATT
1 TAACTATGTATT
579262 ATGTTGAACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.05
12 10 0.48
13 3 0.14
14 7 0.33
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.05, T:0.59
Consensus pattern (14 bp):
TAACTATGTATTTT
Found at i:579481 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 579463--579490 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
579453 GTAAGAGAAG
579463 TATCGATACTAAC
1 TATCGATACTAAC
579476 TATCGATACTAAC
1 TATCGATACTAAC
579489 TA
1 TA
579491 GGTAGTATCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.21, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
TATCGATACTAAC
Found at i:588589 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 588563--588626 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
588553 GGCATGTGAA
*
588563 ATCTATGTCTCGAAAGACAT
1 ATCTATGTCTCGAAGGACAT
*
588583 CATCTATGTCTCGAAGGACCT
1 -ATCTATGTCTCGAAGGACAT
*
588604 ATCATATGTCCCGAAGGACAT
1 ATC-TATGTCTCGAAGGACAT
588625 AT
1 AT
588627 GTAACCCTCG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.08
21 35 0.92
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
ATCTATGTCTCGAAGGACAT
Found at i:591582 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 591541--591597 Score: 71
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
591531 CCAATTCAGC
* * *
591541 CTAATAAAGTAATAGTAAAAATGATAATA
1 CTAACAAAGTAATAATAAAAATAATAATA
*
591570 CTAACAAA-TAATAATAATAATAATAATA
1 CTAACAAAGTAATAATAAAAATAATAATA
591598 ATATATATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 17 0.71
29 7 0.29
ACGTcount: A:0.61, C:0.05, G:0.05, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
CTAACAAAGTAATAATAAAAATAATAATA
Found at i:591584 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 591576--591644 Score: 59
Period size: 3 Copynumber: 22.3 Consensus size: 3
591566 AATACTAACA
* * *
591576 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT ATAT ATT AAT AAAT AAT AGT AGT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A-AT AAT AAT -AAT AAT AAT AAT
**
591623 AAT ATAT TTT AA- AAT AAT AAT A
1 AAT A-AT AAT AAT AAT AAT AAT A
591645 GTGTATGGCA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 8
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
3 44 0.81
4 8 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:591637 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 591581--591646 Score: 84
Period size: 26 Copynumber: 2.7 Consensus size: 26
591571 TAACAAATAA
*
591581 TAAT-AATAATAATAATAATATATAT
1 TAATAAATAATAATAGTAATATATAT
*
591606 TAATAAATAATAGTAGTAATATAT-T
1 TAATAAATAATAATAGTAATATATAT
*
591631 TTA-AAATAATAATAGT
1 TAATAAATAATAATAGT
591647 GTATGGCAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.33
25 7 0.19
26 17 0.47
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (26 bp):
TAATAAATAATAATAGTAATATATAT
Found at i:592572 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 592519--592744 Score: 317
Period size: 43 Copynumber: 5.3 Consensus size: 43
592509 TGGTAACAAA
*** * * *
592519 AAACGCCGCAATAGGTAACGATATATAGCGGCGTTTGTCCAAC
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
* * *
592562 AAACGCCGCAATAGGTGTTGATATTTGGCGGCATTTTTCCAAC
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
*
592605 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCAC
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
* * *
592648 AAACGCCGCAATAGTTGTTGAAATTTAGCGGCGTTTTTCCCAC
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
*
592691 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCAC
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
*
592734 AAACACCGCAA
1 AAACGCCGCAA
592745 AAGATCTGGT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 16, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 167 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
Found at i:592771 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 592544--592770 Score: 267
Period size: 43 Copynumber: 5.3 Consensus size: 42
592534 TAACGATATA
* * * *
592544 TAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGATATT
1 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTG-GATT
* * * *
592587 TGGCGGCATTTTTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATT
1 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTG-GATT
* *
592630 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGTTGTTGAAATT
1 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTG-GATT
*
592673 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATT
1 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTG-GATT
* * * *
592716 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACACCGCAAAAGAT-CTGGTATA
1 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGG-ATT
592758 TAGCGGCGTTTTT
1 TAGCGGCGTTTTT
592771 TAGAATAAAC
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 16, Indels: 3
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 17 0.10
43 149 0.89
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (42 bp):
TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGGATT
Found at i:592771 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 592519--592770 Score: 335
Period size: 86 Copynumber: 2.9 Consensus size: 86
592509 TGGTAACAAA
*** * * * * *
592519 AAACGCCGCAATAGGTAACGATATATAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAT
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGAT
* *
592584 ATTTGGCGGCATTTTTCCAAC
66 ATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
* *
592605 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGTTGTTGAA
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGAT
*
592670 ATTTAGCGGCGTTTTTCCCAC
66 ATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
* * * *
592691 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACACCGCAAAAGAT-CTGGT
1 AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGAT
*
592755 ATATAGCGGCGTTTTT
66 ATTTAGCGGCGTTTTT
592771 TAGAATAAAC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 19, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 17 0.12
86 130 0.88
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (86 bp):
AAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGATGTTGAT
ATTTAGCGGCGTTTTTCCAAC
Found at i:592781 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 592544--592787 Score: 321
Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
592534 TAACGATATA
* *
592544 TAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGATATTTGGCGGCATTTTTCCAACAAAC
1 TAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCATTTTTCCAACAAAC
* * * * * * *
592609 GCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGTTGTTGAAATT
66 ACCGCAAAAGATGCTGAGATATAGCGGCGTTTTTACAACAAACGCCGCAATAGTTGTTGAAATT
* * * *
592673 TAGCGGCGTTTTTCCCACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCGTTTTTCCCACAAAC
1 TAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCATTTTTCCAACAAAC
* *
592738 ACCGCAAAAGAT-CTG-GTATATAGCGGCGTTTTTTAGAATAAACGCCGCAA
66 ACCGCAAAAGATGCTGAG-ATATAGCGGCG-TTTTTACAACAAACGCCGCAA
592788 AATGTCATAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 15, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
127 1 0.01
128 12 0.12
129 85 0.87
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (129 bp):
TAGCGGCGTTTGTCCAACAAACGCCGCAATAGGTGTTGAGATTTAGCGGCATTTTTCCAACAAAC
ACCGCAAAAGATGCTGAGATATAGCGGCGTTTTTACAACAAACGCCGCAATAGTTGTTGAAATT
Found at i:592966 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 592940--592998 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
592930 ATTTTCCAAT
*
592940 AAACTTGACATCCATAACAAC
1 AAACTTGAAATCCATAACAAC
* *
592961 AAACTTAAAATCCATAACAAG
1 AAACTTGAAATCCATAACAAC
**
592982 AAAAATGAAATCCATAA
1 AAACTTGAAATCCATAA
592999 TAATAAATCA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 32 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.20, G:0.05, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
AAACTTGAAATCCATAACAAC
Found at i:599514 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 599451--599790 Score: 389
Period size: 41 Copynumber: 8.3 Consensus size: 41
599441 AGTCTACTAC
* *
599451 AAACGCCACTAAAATACAAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* *
599492 AAATGCCACTAAAGTACGAGTCTGTAGCGGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* * *
599533 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTATAGCAGCGTTTGTACAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* *
599574 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTCTAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* ** *
599615 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTATAGTAGCGTTTGTCTAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* * *
599656 AAACGCCACTAAAGTA-TAGTCTTTAGCGGCGTTTTTATAC
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
* * * * *
599696 AAACTCCACTAAAGTAC-ATTCTTTGGCGGCGTTTTTTATAC
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCG-TTTGTATAA
* * * * * *
599737 AAATGCCGCTAATGTAC-AATCTTTAGCGGCGTTTATTCTAA
1 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTT-GTATAA
*
599778 AAACGCCGCTAAA
1 AAACGCCACTAAA
599791 AATGCCGCTA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 33, Indels: 6
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 47 0.18
41 216 0.82
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (41 bp):
AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
Found at i:600764 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 600689--600788 Score: 155
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
600679 TCTGAGGTAG
* * *
600689 AAGAAGAGTAGCTCGAGAGAGGACTCCGATAATCTTAGAGATCTTAATGA
1 AAGAAGAGTAGCTCCAGAGAAGACTCCAATAATCTTAGAGATCTTAATGA
* *
600739 AAGAAGAGTAGCTCCAGAGAAGACTCCAATAATCTTAGGGATCTTGATGA
1 AAGAAGAGTAGCTCCAGAGAAGACTCCAATAATCTTAGAGATCTTAATGA
600789 TTTGCCTCTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 45 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (50 bp):
AAGAAGAGTAGCTCCAGAGAAGACTCCAATAATCTTAGAGATCTTAATGA
Found at i:601774 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 601767--601818 Score: 95
Period size: 2 Copynumber: 26.0 Consensus size: 2
601757 ATTTTGTATG
601767 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
*
601809 AT AT AC AT AT
1 AT AT AT AT AT
601819 GAAAAAAGTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 48 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:603372 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 603351--603387 Score: 74
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
603341 AACCAATTAT
603351 TGAAACAAATAATCGA
1 TGAAACAAATAATCGA
603367 TGAAACAAATAATCGA
1 TGAAACAAATAATCGA
603383 TGAAA
1 TGAAA
603388 ACCATATGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.11, G:0.14, T:0.19
Consensus pattern (16 bp):
TGAAACAAATAATCGA
Found at i:606925 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 606903--606952 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
606893 AATTGAATTG
606903 TTTATTAAGCTTGACAA
1 TTTATTAAGCTTGACAA
606920 TTTATTAAGCTTTAATGACAA
1 TTTATTAAGC--T--TGACAA
606941 TTTATTAAGCTT
1 TTTATTAAGCTT
606953 TAACAATATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.38
19 2 0.07
21 16 0.55
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
TTTATTAAGCTTGACAA
Found at i:606938 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 606914--606955 Score: 84
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
606904 TTATTAAGCT
606914 TGACAATTTATTAAGCTTTAA
1 TGACAATTTATTAAGCTTTAA
606935 TGACAATTTATTAAGCTTTAA
1 TGACAATTTATTAAGCTTTAA
606956 CAATATTGTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TGACAATTTATTAAGCTTTAA
Found at i:612442 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 612434--612460 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3
612424 TGATTTTTAA
612434 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
612461 AATTTGGGAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 24 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:619012 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 618981--619034 Score: 99
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
618971 GATGGAGTTA
*
618981 TCTTTGGAGGAGTTTGACTTGAT
1 TCTTGGGAGGAGTTTGACTTGAT
619004 TCTTGGGAGGAGTTTGACTTGAT
1 TCTTGGGAGGAGTTTGACTTGAT
619027 TCTTGGGA
1 TCTTGGGA
619035 TGGATTGGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 30 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.09, G:0.33, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
TCTTGGGAGGAGTTTGACTTGAT
Found at i:623852 original size:55 final size:54
Alignment explanation
Indices: 623792--624039 Score: 372
Period size: 55 Copynumber: 4.5 Consensus size: 54
623782 TTCCATGGTT
* *
623792 TTGCACACATAGTGCGGATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTTGTG-GAG
1 TTGCACACATAGTGC-AATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAG-G
*
623847 TTGCACACATAGTGTCAATACGGAAATTCATAAACTCACTATGAATTTCGTGAGG
1 TTGCACACATAGTG-CAATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
* *
623902 TTGCATACATAGTACCAATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
1 TTGCACACATAGT-GCAATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
623957 TTGCACACATAGTGCTAATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
1 TTGCACACATAGTGC-AATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
* *
624012 TTGAACACATAATGTCAATACGGAAATT
1 TTGCACACATAGTG-CAATACGGAAATT
624040 TCCAACATAT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 10, Indels: 10
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
54 1 0.01
55 174 0.98
56 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (54 bp):
TTGCACACATAGTGCAATACGGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
Found at i:625063 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 625055--625089 Score: 70
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
625045 GAGACAAGGG
625055 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA
625090 GTAGAGAACT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.34, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:625477 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 625439--625478 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
625429 ATTTAATATT
*
625439 GTTTAGGGTTTTAAGTTAAG
1 GTTTAGGGTTTAAAGTTAAG
625459 GTTTAGGGTTTAAAAGTTAA
1 GTTTAGGGTTT-AAAGTTAA
625479 AGGATTATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.61
21 7 0.39
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.28, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
GTTTAGGGTTTAAAGTTAAG
Found at i:628512 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 628402--628516 Score: 151
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
628392 ATAGTCGGTG
* * * *
628402 ATTATATTGTAACTTTTAATAGTTAAATGACTCAACAAATCAATGCCTTATAGTCAGAAT
1 ATTATATTGTAACTTTCAATAATCAAATGACTCAACAAATCAATACCTTATAGTCAGAAT
* * *
628462 ATTATTTTGTAACTTTCAATAATCGAATGACTCAACAAAGT-AATATCTTATAGTC
1 ATTATATTGTAACTTTCAATAATCAAATGACTCAACAAA-TCAATACCTTATAGTC
628517 GGATAACTAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
60 46 0.98
61 1 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (60 bp):
ATTATATTGTAACTTTCAATAATCAAATGACTCAACAAATCAATACCTTATAGTCAGAAT
Found at i:630074 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 630040--630080 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
630030 ATTAAAATAC
*
630040 TAATAATAAAAGAGAAAA
1 TAATAATAAAAAAGAAAA
*
630058 TAAT-ATAAAAAATAAAA
1 TAATAATAAAAAAGAAAA
630075 T-ATAAT
1 TAATAAT
630081 GATATATATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.10
17 14 0.70
18 4 0.20
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.05, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
TAATAATAAAAAAGAAAA
Found at i:630087 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 630082--630119 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
630072 AAATATAATG
630082 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
630120 GATTTGTTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:633264 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 633235--633277 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
633225 ATGTAGAAAC
* *
633235 AGTGTTTTCCGGCTCTGGTAA
1 AGTGATTTCCGACTCTGGTAA
*
633256 AGTGATTTCTGACTCTGGTAA
1 AGTGATTTCCGACTCTGGTAA
633277 A
1 A
633278 TAGAGTTTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
AGTGATTTCCGACTCTGGTAA
Found at i:637162 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 637142--637172 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
637132 ATCAGAGAGT
637142 GGCGACTTTCTTCGC
1 GGCGACTTTCTTCGC
637157 GGCGACTTTCTTCGC
1 GGCGACTTTCTTCGC
637172 G
1 G
637173 ATGAACTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.32, G:0.29, T:0.32
Consensus pattern (15 bp):
GGCGACTTTCTTCGC
Found at i:638611 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 638563--638602 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
638553 CTGAAACTTT
*
638563 AAATCGCAACACGAAAATGA
1 AAATCGCAACACAAAAATGA
*
638583 AAATTGCAACACAAAAATGA
1 AAATCGCAACACAAAAATGA
638603 CTATCGCAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.17, G:0.12, T:0.12
Consensus pattern (20 bp):
AAATCGCAACACAAAAATGA
Found at i:638623 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 638600--638651 Score: 104
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
638590 AACACAAAAA
638600 TGACTATCGCAATGCGAATT
1 TGACTATCGCAATGCGAATT
638620 TGACTATCGCAATGCGAATT
1 TGACTATCGCAATGCGAATT
638640 TGACTATCGCAA
1 TGACTATCGCAA
638652 CGCAAGAATC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 32 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
TGACTATCGCAATGCGAATT
Found at i:639076 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 639014--639079 Score: 96
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
639004 TGACCGTGAA
* *
639014 TGATTTCGCCGGAGATGGAGAC
1 TGATTTCGTCGGAGATGGGGAC
* *
639036 TGATATCGTCGGCGATGGGGAC
1 TGATTTCGTCGGAGATGGGGAC
639058 TGATTTCGTCGGAGATGGGGAC
1 TGATTTCGTCGGAGATGGGGAC
639080 GGATGTCGCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 38 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.39, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
TGATTTCGTCGGAGATGGGGAC
Found at i:639298 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 639275--639368 Score: 134
Period size: 20 Copynumber: 4.7 Consensus size: 20
639265 CGATAGTCAG
639275 ATTCGCATTGCGATTTACGT
1 ATTCGCATTGCGATTTACGT
639295 ATTCGCATTGCGATTTACGT
1 ATTCGCATTGCGATTTACGT
* * **
639315 AATCGCATTGCGATTTTCCAA
1 ATTCGCATTGCGA-TTTACGT
*
639336 ATTCGCGTTGCGATTTACGT
1 ATTCGCATTGCGATTTACGT
639356 ATTCGCATTGCGA
1 ATTCGCATTGCGA
639369 ATTAGGAAAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 10, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 48 0.76
21 15 0.24
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATTCGCATTGCGATTTACGT
Found at i:639350 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 639277--639368 Score: 130
Period size: 41 Copynumber: 2.3 Consensus size: 40
639267 ATAGTCAGAT
**
639277 TCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGATTTACGTAA
1 TCGCATTGCGATTTACAAATTCGCATTGCGATTTACGTAA
* * *
639317 TCGCATTGCGATTTTCCAAATTCGCGTTGCGATTTACGTAT
1 TCGCATTGCGA-TTTACAAATTCGCATTGCGATTTACGTAA
639358 TCGCATTGCGA
1 TCGCATTGCGA
639369 ATTAGGAAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 11 0.24
41 35 0.76
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
TCGCATTGCGATTTACAAATTCGCATTGCGATTTACGTAA
Found at i:639350 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 639255--639368 Score: 183
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
639245 GCGCTATGTA
*
639255 AATCGCATTGCGATAGTCAGATTCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGATTTACGT
1 AATCGCATTGCGATAGTCAAATTCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGATTTACGT
** *
639315 AATCGCATTGCGATTTTCCAAATTCGCGTTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGA
1 AATCGCATTGCGATAGT-CAAATTCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGA
639369 ATTAGGAAAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
60 15 0.31
61 34 0.69
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
AATCGCATTGCGATAGTCAAATTCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGATTTACGT
Found at i:639410 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 639358--639410 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
639348 ATTTACGTAT
*
639358 TCGCATTGCGAATTAGGAAAA
1 TCGCAATGCGAATTAGGAAAA
* * *
639379 TCGCAACGCGAATTTGGGAAA
1 TCGCAATGCGAATTAGGAAAA
*
639400 TCGTAATGCGA
1 TCGCAATGCGA
639411 TAGTCAGAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 26 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TCGCAATGCGAATTAGGAAAA
Found at i:639721 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 639714--639785 Score: 110
Period size: 2 Copynumber: 36.0 Consensus size: 2
639704 GCTTAGTTGG
* *
639714 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AG CT -T
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
639755 AGT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
639786 TAAATTATTG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 3, Indels: 4
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 62 0.95
3 2 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:640210 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 640126--640263 Score: 249
Period size: 69 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
640116 AAATAAATGC
* *
640126 ATATAATTTTTGTATTAGAATGTCATGGTAATTTTCATGAGTTAAATAATCATTTTTTTTTATTT
1 ATATAATTTTTGTATTAGAATGTCATGGTAATTTTCATGAGTTAAACAATCA-TTTGTTTTATTT
640191 AATT
65 AATT
640195 ATATAATTTTTGTATTAGAATGTCATGGTAATTTTCATGAGTTAAACAATCATTTGTTTTATTTA
1 ATATAATTTTTGTATTAGAATGTCATGGTAATTTTCATGAGTTAAACAATCATTTGTTTTATTTA
640260 ATT
66 ATT
640263 A
1 A
640264 ATTTTTGTAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 2, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
68 16 0.24
69 51 0.76
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.11, T:0.51
Consensus pattern (68 bp):
ATATAATTTTTGTATTAGAATGTCATGGTAATTTTCATGAGTTAAACAATCATTTGTTTTATTTA
ATT
Found at i:649014 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 648992--649077 Score: 97
Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
648982 TGCCTTATGG
648992 CGTCAATAAAAATAC-CA-
1 CGTCAATAAAAATACTCAT
*
649009 CGTCAATAAAAATACTGAT
1 CGTCAATAAAAATACTCAT
* *
649028 CCTCAATAAAAGATACACCA-
1 CGTCAATAAAA-ATAC-TCAT
*
649048 CGTCAATAAAAATACTGAT
1 CGTCAATAAAAATACTCAT
649067 CGTCAATAAAA
1 CGTCAATAAAA
649078 GGTTTTTTTA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 8
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.26
18 2 0.04
19 25 0.44
20 14 0.25
21 1 0.02
ACGTcount: A:0.50, C:0.21, G:0.08, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
CGTCAATAAAAATACTCAT
Found at i:649052 original size:39 final size:37
Alignment explanation
Indices: 648994--649078 Score: 136
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 37
648984 CCTTATGGCG
648994 TCAATAAAA-ATACCACGTCAATAAAAATACTGATCC
1 TCAATAAAAGATACCACGTCAATAAAAATACTGATCC
*
649030 TCAATAAAAGATACACCACGTCAATAAAAATACTGATCG
1 TCAATAAAAGAT--ACCACGTCAATAAAAATACTGATCC
649069 TCAATAAAAG
1 TCAATAAAAG
649079 GTTTTTTTAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 3
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 9 0.20
37 2 0.04
39 34 0.76
ACGTcount: A:0.51, C:0.20, G:0.08, T:0.21
Consensus pattern (37 bp):
TCAATAAAAGATACCACGTCAATAAAAATACTGATCC
Found at i:649244 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 649187--649249 Score: 90
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
649177 GCCATCTAAA
**
649187 TATTAGTAAGATTACAAATATTTCACCCAAT
1 TATTAGTAAGATTACAAATAGGTCACCCAAT
* *
649218 TATTAGTAAGATTACAATTAGGTCACCTAAT
1 TATTAGTAAGATTACAAATAGGTCACCCAAT
649249 T
1 T
649250 TCAGAAAGAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 28 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (31 bp):
TATTAGTAAGATTACAAATAGGTCACCCAAT
Found at i:653257 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 653189--653275 Score: 99
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
653179 TAATTTAGTC
* **
653189 ACTAACCCTCTAACA--TT-TTTTTATTGTTTGA
1 ACTAACCCTCTAACATTTTATTTTTATTGCTCAA
653220 ACTAACCCTCTAACATTTTATTTTTATTGCTCAA
1 ACTAACCCTCTAACATTTTATTTTTATTGCTCAA
* * *
653254 ACTAGCCCGCTAACTTTTTATT
1 ACTAACCCTCTAACATTTTATT
653276 ATTCGAATAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 15 0.32
33 2 0.04
34 30 0.64
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (34 bp):
ACTAACCCTCTAACATTTTATTTTTATTGCTCAA
Found at i:653489 original size:74 final size:73
Alignment explanation
Indices: 653409--653556 Score: 192
Period size: 74 Copynumber: 2.0 Consensus size: 73
653399 TTATTTATTA
* * *
653409 TTCCAGCACATTAATTTTCAGTATTT-TATTTTCTGCCCCTTTAATTT-CTGATATTTCATTTTA
1 TTCCAGCACATTAACTTTCAG-ATTTCAATTTTCTGCCCCTTTAATTTCCAG-TATTTCATTTTA
653472 GTCCTTTTAAT
64 GTCC-TTTAAT
* * * *
653483 TTCCAGCACTTTAACTTTCAGATTTCAATTTTCTGCCTCTTTAATTTCCAGTATTTTATTTTGGT
1 TTCCAGCACATTAACTTTCAGATTTCAATTTTCTGCCCCTTTAATTTCCAGTATTTCATTTTAGT
653548 CCTTTAAT
66 CCTTTAAT
653556 T
1 T
653557 CTCACCATTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 5
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 11 0.17
74 52 0.80
75 2 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.07, T:0.52
Consensus pattern (73 bp):
TTCCAGCACATTAACTTTCAGATTTCAATTTTCTGCCCCTTTAATTTCCAGTATTTCATTTTAGT
CCTTTAAT
Found at i:658205 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 658198--658252 Score: 110
Period size: 2 Copynumber: 27.5 Consensus size: 2
658188 ATTCTTCAGG
658198 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
658240 TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA T
658253 TAAACACCTC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 53 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:658886 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 658786--659114 Score: 295
Period size: 55 Copynumber: 6.0 Consensus size: 55
658776 GTACTATTAT
* * * * * * * **
658786 GGAAATTCACAAACTCATTTTTGAAATCCTTG-GGGTGCACATATAGTGCTGATAC
1 GGAAATTCACAAAATCA-TTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
** *
658841 GGTCATTCACAAAATCATTTTGAATTACGT-AGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
1 GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
* * *
658895 GGTAATTCACAAAATCATTATGAATTA-TTTAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
1 GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
** * * * * * ***
658949 AAAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACTTAATATTAATAC
1 GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
* * * *
659004 GGAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGGGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
1 GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
** * * ** * *
659059 AAAAATTCATAAACTCATTATGAATTTTGTGGGGTTGCACAAATAGTGCCAATAC
1 GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
659114 G
1 G
659115 ATAATTGCAA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 39, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.00
54 99 0.43
55 132 0.57
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
GGAAATTCACAAAATCATTATGAATTACGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
Found at i:659010 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 658845--659113 Score: 319
Period size: 55 Copynumber: 4.9 Consensus size: 55
658835 TGATACGGTC
* * * * ***
658845 ATTCACAAAATCATTTTGAATTACGT-AGGTTGCACACATAGTGCCAATACGGTA
1 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
* * *
658899 ATTCACAAAATCATTATGAATTAT--TTAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
1 ATTCATAAACTCATTATGAATT-TCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
* * *** **
658953 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACTTAATATTAATACGGAA
1 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
*
659008 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGGGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
1 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
* * *
659063 ATTCATAAACTCATTATGAATTTTGTGGGGTTGCACAAATAGTGCCAATAC
1 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATAC
659114 GATAATTGCA
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 25, Indels: 7
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 2 0.01
54 66 0.35
55 118 0.63
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTGCACACATAGTGCCAATACAAAA
Found at i:664647 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 664587--664770 Score: 183
Period size: 54 Copynumber: 3.4 Consensus size: 54
664577 TGATACAATC
* * * * *
664587 ATTCACAAACTCATTGCT-AATTACATAGTTTGCACACATAGTGCCAATACGATA
1 ATTCACAAACTCATT-ATGAATTACATAGGTTGCACACATAGCGCCAATACAAAA
* *
664641 ATTCACAAACTCATTATGAATTACTTAGGTTGTACACATAGCGCCAATACAAAA
1 ATTCACAAACTCATTATGAATTACATAGGTTGCACACATAGCGCCAATACAAAA
* * * * ** **
664695 ATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGGTTTCACACATAATGCCAATACCGAA
1 ATTCACAAACTCATTATGAATTACAT-AGGTTGCACACATAGCGCCAATACAAAA
* *
664750 ATTTA-TAACTCATTATGAATT
1 ATTCACAAACTCATTATGAATT
664771 TCGTGGGGTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 18, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 83 0.75
55 26 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (54 bp):
ATTCACAAACTCATTATGAATTACATAGGTTGCACACATAGCGCCAATACAAAA
Found at i:664797 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 664616--664799 Score: 210
Period size: 54 Copynumber: 3.4 Consensus size: 54
664606 ATTACATAGT
* * *
664616 TTGCACACATAGTGCCAATA-CGATAATTCACAAACTCATTATGAATTAC-TTAGG
1 TTGCACACATAGTGCCAATACCGA-AATTCA-TAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
* * **
664670 TTGTACACATAGCGCCAATACAAAAATTCATAAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
1 TTGCACACATAGTGCCAATACCGAAATTCAT-AACTCATTATGAATTTCGTGAGG
* * * *
664725 TTTCACACATAATGCCAATACCGAAATTTATAACTCATTATGAATTTCGTGGGG
1 TTGCACACATAGTGCCAATACCGAAATTCATAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
* *
664779 TTGCACATATAGTACCAATAC
1 TTGCACACATAGTGCCAATAC
664800 GAGAATTACA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 19, Indels: 6
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
54 79 0.73
55 29 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (54 bp):
TTGCACACATAGTGCCAATACCGAAATTCATAACTCATTATGAATTTCGTGAGG
Found at i:667031 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 666998--667038 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 5.2 Consensus size: 8
666988 AATTATTTCA
666998 TTTT-TTT
1 TTTTCTTT
667005 TTTTCTTT
1 TTTTCTTT
* *
667013 TTCTCTCT
1 TTTTCTTT
667021 TTTTCTTT
1 TTTTCTTT
667029 TTTTCTTT
1 TTTTCTTT
667037 TT
1 TT
667039 CTTTTTCTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
7 4 0.14
8 25 0.86
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (8 bp):
TTTTCTTT
Found at i:674230 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 674162--674262 Score: 95
Period size: 30 Copynumber: 3.5 Consensus size: 30
674152 TGTAAAGCAT
674162 ATGATATGAAATG-A--AAGTGAATGATAC
1 ATGATATGAAATGAATTAAGTGAATGATAC
* * *
674189 AT-ACTACGAAATGAATTAAATGAATAATAC
1 ATGA-TATGAAATGAATTAAGTGAATGATAC
*
674219 ATGATATGAAAT-AATTGAAGTGAATGACAC
1 ATGATATGAAATGAATT-AAGTGAATGATAC
* *
674249 ATGCTATGATATGA
1 ATGATATGAAATGA
674263 TATGATATGA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 9, Indels: 10
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 10 0.17
28 1 0.02
29 4 0.07
30 40 0.69
31 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
ATGATATGAAATGAATTAAGTGAATGATAC
Found at i:680301 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 680282--680312 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
680272 ACCAACTTCG
680282 AACTTTTAA-TTGCT
1 AACTTTTAACTTGCT
680296 AACTTTTAACTTGCT
1 AACTTTTAACTTGCT
680311 AA
1 AA
680313 TTTCTAAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.56
15 7 0.44
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
AACTTTTAACTTGCT
Found at i:682105 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 682095--682194 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 18.4 Consensus size: 5
682085 TTTCTATTTC
* *
682095 TTTTA TTTTA TTTT- TTGGT- TTTTA -TTTA TTATTA TTATA TTATACTA
1 TTTTA TTTTA TTTTA TT-TTA TTTTA TTTTA TT-TTA TTTTA TT-T--TA
*
682142 TTTTA TTTTAA TTTTA TTTTAA TTTTTA TTGTTA TTATTA TATGTA TTTTA
1 TTTTA TTTT-A TTTTA TTTT-A -TTTTA TT-TTA TT-TTA T-TTTA TTTTA
682193 TT
1 TT
682195 ATCATTAATA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 24
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
4 7 0.09
5 35 0.46
6 24 0.32
7 6 0.08
8 4 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.01, G:0.04, T:0.71
Consensus pattern (5 bp):
TTTTA
Found at i:682128 original size:51 final size:54
Alignment explanation
Indices: 682062--682161 Score: 136
Period size: 52 Copynumber: 1.9 Consensus size: 54
682052 TATTTTATCA
* *
682062 TTTTATATATATATTATTATATCT-TTCTA-TTTCTTTT-ATTTTATTTTTTGGT
1 TTTTATATATATATTATTATAT-TATACTATTTTATTTTAATTTTATTTTTTGGT
*
682114 TTTTATTTAT-TATTATTATATTATACTATTTTATTTTAATTTTATTTT
1 TTTTATATATATATTATTATATTATACTATTTTATTTTAATTTTATTTT
682162 AATTTTTATT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
50 1 0.02
51 15 0.36
52 16 0.38
53 10 0.24
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.02, T:0.70
Consensus pattern (54 bp):
TTTTATATATATATTATTATATTATACTATTTTATTTTAATTTTATTTTTTGGT
Found at i:682168 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 682062--682184 Score: 126
Period size: 51 Copynumber: 2.4 Consensus size: 50
682052 TATTTTATCA
* * * **
682062 TTTTATATATATATTATTATATCTTTCTATTTCTTTTATTTTATTTTTTGGT
1 TTTTATTTAT-TATTATTATATCTTACTATTTATTTTATTTTA-TTTTTAAT
682114 TTTTATTTATTATTATTATAT-TATACTATTTTATTTTAATTTTA-TTTTAAT
1 TTTTATTTATTATTATTATATCT-TACTA-TTTATTTT-ATTTTATTTTTAAT
*
682165 TTTTA-TTGTTATTATTATAT
1 TTTTATTTATTATTATTATAT
682185 GTATTTTATT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 8
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
50 15 0.24
51 25 0.40
52 16 0.26
53 6 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.02, T:0.69
Consensus pattern (50 bp):
TTTTATTTATTATTATTATATCTTACTATTTATTTTATTTTATTTTTAAT
Found at i:683452 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 683443--683467 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 6.2 Consensus size: 4
683433 CGTCATTTTA
683443 TATT TATT TATT TATT TATT TATT T
1 TATT TATT TATT TATT TATT TATT T
683468 TTATTTTACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 21 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (4 bp):
TATT
Found at i:692939 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 692919--692951 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
692909 AAAAAATTGA
692919 AAAAGAGAAAAA-AGAAC
1 AAAAGA-AAAAAGAGAAC
692936 AAAAGAAAAAAGAGAA
1 AAAAGAAAAAAGAGAA
692952 AGAACAAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.79, C:0.03, G:0.18, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
AAAAGAAAAAAGAGAAC
Found at i:695772 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 695745--695786 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
695735 TTTTTTGGTT
695745 TTATTTATACTATTATA
1 TTATTTATACTATTATA
*
695762 TTATATTATACTATTTTA
1 TTAT-TTATACTATTATA
695780 TT-TTTAT
1 TTATTTAT
695787 TTTATTTTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 5 0.22
18 14 0.61
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTATACTATTATA
Found at i:695796 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 695775--695810 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
695765 TATTATACTA
*
695775 TTTTATTTTTATT-TTATT
1 TTTTATTGTTATTATTATT
695793 TTTTATTGTTATTATTAT
1 TTTTATTGTTATTATTAT
695811 ATGTATTTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.75
19 4 0.25
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (19 bp):
TTTTATTGTTATTATTATT
Found at i:700515 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 700493--700539 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
700483 AATGTTGTTT
700493 AAATAAATATAAAATAAGA
1 AAATAAATATAAAATAA-A
700512 AAATATAAT-TAAAATAAA
1 AAATA-AATATAAAATAAA
*
700530 AAAGAAATAT
1 AAATAAATAT
700540 GTGATTATAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.12
18 6 0.24
19 13 0.52
20 3 0.12
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.04, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
AAATAAATATAAAATAAA
Found at i:701847 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 701826--701878 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
701816 TATGATATGA
701826 TATTATGTAATATATT
1 TATTATGTAATATATT
*
701842 TATTATGTGACT-TATT
1 TATTATGT-AATATATT
701858 TATATCATGTAATATATT
1 TAT-T-ATGTAATATATT
701876 TAT
1 TAT
701879 ATTTGCATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.48
17 5 0.16
18 11 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.08, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
TATTATGTAATATATT
Found at i:701875 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 701829--701880 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
701819 GATATGATAT
701829 TATGTAATATATTTAT-
1 TATGTAATATATTTATA
*
701845 TATGTGACT-TATTTATA
1 TATGT-AATATATTTATA
701862 TCATGTAATATATTTATA
1 T-ATGTAATATATTTATA
701880 T
1 T
701881 TTGCATATTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.40
17 5 0.17
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.08, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
TATGTAATATATTTATA
Found at i:701945 original size:53 final size:52
Alignment explanation
Indices: 701807--701934 Score: 129
Period size: 53 Copynumber: 2.5 Consensus size: 52
701797 TCCGACCTTG
* * * *
701807 TTTATATGATATGATATGATAT-TATGTAATA-TAT-TTA-TTATGTGACTTA
1 TTTATATCATATAATAT-ATATATATTTCATATTATGTTATTTATGTGACTTA
* *
701856 TTTATATCATGTAATATATTTATATTTGCATATTATGTTATTTATGTGACTTA
1 TTTATATCATATAATATATATATATTT-CATATTATGTTATTTATGTGACTTA
* **
701909 TTTATATTATATGGTATATATATATT
1 TTTATATCATATAATATATATATATT
701935 ATATGTTTAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 6
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
48 3 0.05
49 18 0.29
50 3 0.05
51 3 0.05
52 3 0.05
53 33 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.10, T:0.54
Consensus pattern (52 bp):
TTTATATCATATAATATATATATATTTCATATTATGTTATTTATGTGACTTA
Found at i:706604 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 706597--706621 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
706587 ATTAAAAGTG
706597 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
706622 ATTTACGAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:706815 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 706792--706843 Score: 59
Period size: 13 Copynumber: 4.0 Consensus size: 13
706782 AATGACGCTC
*
706792 AATGCGCGTCATA
1 AATGCGAGTCATA
*
706805 AATGTGAGTCATA
1 AATGCGAGTCATA
*
706818 AATGCGTGTCATA
1 AATGCGAGTCATA
* *
706831 AAAGCGCGTCATA
1 AATGCGAGTCATA
706844 GATTTATGAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 33 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (13 bp):
AATGCGAGTCATA
Found at i:706820 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 706661--706820 Score: 241
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
706651 TGTAATTCAT
* *
706661 ACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGACGGGAGCTTCAATGACACGCAATGTAAGTCATACATGC
1 ACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGACGGGAGCTTCAATGACACGCAATGCAAGTCATAAATGC
*
706726 GTGTCATAAATTTATGACAC
66 GAGTCATAAATTTATGACAC
* * ** *
706746 ACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGACGGG-GCTTCAATGACGCTCAATGCGCGTCATAAATGT
1 ACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGACGGGAGCTTCAATGACACGCAATGCAAGTCATAAATGC
706810 GAGTCATAAAT
66 GAGTCATAAAT
706821 GCGTGTCATA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
84 36 0.54
85 31 0.46
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (85 bp):
ACAAATGTGTGTCATCTTCATTTATGACGGGAGCTTCAATGACACGCAATGCAAGTCATAAATGC
GAGTCATAAATTTATGACAC
Found at i:706841 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 706792--706843 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
706782 AATGACGCTC
* *
706792 AATGCGCGTCATAAATGTGAGTCATA
1 AATGCGCGTCATAAAAGCGAGTCATA
* *
706818 AATGCGTGTCATAAAAGCGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATAAAAGCGAGTCATA
706844 GATTTATGAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 22 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
AATGCGCGTCATAAAAGCGAGTCATA
Found at i:711802 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 711767--711822 Score: 94
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
711757 ACTACAGGGA
* *
711767 CTCGTCTACTACAAAATCGAAAGC
1 CTCGTCTGCTACAAAATCAAAAGC
711791 CTCGTCTGCTACAAAATCAAAAGC
1 CTCGTCTGCTACAAAATCAAAAGC
711815 CTCGTCTG
1 CTCGTCTG
711823 TTGTAAGATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 30 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.14, T:0.23
Consensus pattern (24 bp):
CTCGTCTGCTACAAAATCAAAAGC
Found at i:728292 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 728245--728331 Score: 165
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
728235 ATTCTTGTGT
728245 TTTTACAATATATGGGTATTTTTATAATTTTACCTAACTGAAG
1 TTTTACAATATATGGGTATTTTTATAATTTTACCTAACTGAAG
*
728288 TTTTACAATATATGGGTATTTTTTTAATTTTACCTAACTGAAG
1 TTTTACAATATATGGGTATTTTTATAATTTTACCTAACTGAAG
728331 T
1 T
728332 ATTCTCATAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 43 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (43 bp):
TTTTACAATATATGGGTATTTTTATAATTTTACCTAACTGAAG
Found at i:728940 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 728916--728954 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
728906 TCGACTCGAC
* *
728916 TCAGACCGGTCCAGCCGGT
1 TCAGACCAGTCCAACCGGT
*
728935 TCAGACTAGTCCAACCGGT
1 TCAGACCAGTCCAACCGGT
728954 T
1 T
728955 AGCATATTCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
TCAGACCAGTCCAACCGGT
Found at i:743970 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 743950--743990 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
743940 GAAAAGAAAC
743950 AAAAA-GAAAGAAATA
1 AAAAATGAAA-AAATA
743965 ATAAAATGAAAAAATA
1 A-AAAATGAAAAAATA
743981 AAAAAT-AAAA
1 AAAAATGAAAA
743991 TAATTTTATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 5
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.17
15 6 0.25
16 10 0.42
17 4 0.17
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.07, T:0.12
Consensus pattern (15 bp):
AAAAATGAAAAAATA
Found at i:754274 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 754230--754270 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
754220 AATGTTGTTT
*
754230 AAATA-AATATAAAATAAGA
1 AAATATAATATAAAATAAAA
754249 AAATATAAT-TAAAATAAAA
1 AAATATAATATAAAATAAAA
754268 AAA
1 AAA
754271 ATATGTGATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.85
20 3 0.15
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (20 bp):
AAATATAATATAAAATAAAA
Found at i:762385 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 762350--762398 Score: 89
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
762340 CTACAGGGGA
762350 CTCGTCTACTACAAAATCGAAAGC
1 CTCGTCTACTACAAAATCGAAAGC
*
762374 CTCGTCTGCTACAAAATCGAAAGC
1 CTCGTCTACTACAAAATCGAAAGC
762398 C
1 C
762399 AAATGAATCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.31, G:0.14, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
CTCGTCTACTACAAAATCGAAAGC
Found at i:770476 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 770340--770491 Score: 234
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 79
770330 TCACAATGAA
*
770340 GGATATCATGCTCAGAATTTTCCAATTCAAATCAATTTCACAGCGAATGAGTTAACCACGATTTC
1 GGATATCATGCTCAGAATTTTCCAATTCAAATCAATTTCACAGCGAATGAGTCAACCACGATTTC
*
770405 AACGTTACGACAAC
66 AACATTACGACAAC
* * * *
770419 GGATATCATGCTCATG-ATTTTCCAGTTCAACTTAATTTCACAGGGAATGAGTCAACCACGATTT
1 GGATATCATGCTCA-GAATTTTCCAATTCAAATCAATTTCACAGCGAATGAGTCAACCACGATTT
770483 CAACATTAC
65 CAACATTAC
770492 AAAAATGGAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 65 0.98
80 1 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (79 bp):
GGATATCATGCTCAGAATTTTCCAATTCAAATCAATTTCACAGCGAATGAGTCAACCACGATTTC
AACATTACGACAAC
Found at i:770821 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 770796--770858 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
770786 TATATGATAT
770796 TATATTATATTATGTAA
1 TATATTATATTATGTAA
*
770813 TATATT-TATTATGTGAC
1 TATATTATATTATGT-AA
* *
770830 T-TATTTATATCATATAA
1 TATA-TTATATTATGTAA
770847 TATATTTATATT
1 TATA-TTATATT
770859 TGCATATTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 7
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.27
17 12 0.32
18 15 0.41
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TATATTATATTATGTAA
Found at i:770824 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 770796--770855 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 3.6 Consensus size: 16
770786 TATATGATAT
770796 TATATTATATTATGTAA
1 TATATT-TATTATGTAA
*
770813 TATATTTATTATGTGAC
1 TATATTTATTATGT-AA
*
770830 T-TATTTATATCATATAA
1 TATATTTAT-T-ATGTAA
770847 TATATTTAT
1 TATATTTAT
770856 ATTTGCATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 7
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.42
17 11 0.31
18 10 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
TATATTTATTATGTAA
Found at i:770930 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 770884--770945 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 4.3 Consensus size: 15
770874 TTATGTGACT
770884 TATATA-TTATATGGTA
1 TATATACTTATAT--TA
*
770900 TATACACATTATA-T-
1 TATATAC-TTATATTA
770914 TATATA-TT-TATTA
1 TATATACTTATATTA
770927 TATATACTTATATTA
1 TATATACTTATATTA
770942 TATA
1 TATA
770946 ATGAGTATAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 13
0.72 0.04 0.25
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.05
12 3 0.08
13 6 0.16
14 7 0.18
15 10 0.26
16 5 0.13
18 5 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (15 bp):
TATATACTTATATTA
Found at i:770991 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 770966--771038 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 39.0 Consensus size: 2
770956 ATTCTACTGT
* * *
770966 TA TA TA T- TA TT TA TA TT TA T- TA TA TA -A T- TT TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * *
771004 TA TG TG TA TT TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
771039 CACGCATGTC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 9, Indels: 10
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
1 5 0.09
2 52 0.91
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:772231 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 772222--780507 Score: 9877
Period size: 4 Copynumber: 2094.2 Consensus size: 4
772212 ATGTCTCAAC
772222 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772270 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772318 ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772365 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772413 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772461 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT
772510 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
772558 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGG ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772605 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
772652 ATGT ATGT ATGG ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772700 A-GT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATG- -TGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772742 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772790 A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT A-GT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772834 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772882 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
772928 ATGT ATG- -TGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
772972 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT AT-T ATGT GTAGT ATGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT
* *
773019 ATGT ACGT A-GT ATGT ATGT CTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
773065 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT AGGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
773112 A--T ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
773156 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGTT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT ATGT ATGT
*
773205 ATGT CTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
773253 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGG ATGT ATGT ATGT ATGTT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T
*
773302 ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT ATTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
773351 CTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
773398 -TGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
773442 ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
773490 ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
773538 AATGT ATGGAT ATAT AAGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT
1 -ATGT AT-G-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
773589 GTGT ATGT ATGT ATGT A-G- ATGT ATGT ACGT ACGT ACGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
773635 AT-T ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
773678 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
773725 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
773772 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT AGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
773819 ATGT ATGT AGGT ATGT A-GT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
773866 ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT AGGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* ** * * * * ** * *
773914 ATAT ACAT ACGT ACGT AGGT ACGT ATGT ACAT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
773962 GATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATAT
1 -ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
774010 ATGT ATGT ATAT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * *
774058 ATGT ACGT ATGT ACGT AAGT ACGT ATGT ACGT AGGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
774106 ATGT ATAT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
774154 A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
774201 ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
774247 ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
774291 ATGT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGT AAGT AGGT ATGT AGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
774339 ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
774387 ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATAT ATAT ATAT ATGT ATAT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
774433 ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT AT-T ATGT A--T ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
774478 ATGT AT-T ATGT ATTGT ATGT AT-T ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * *
774523 AGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGG ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
774571 ACGT ATGT ACGT ATAT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATAT ATGT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
774618 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
774666 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
774714 ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT A--T ATGT ACGT ATAT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
774760 AGTAT ATAT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
774807 ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * *
774855 CTGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT AGGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * *
774903 ACGT ATGT ACGG ATGT ACGT ACGT ACGT ACATAT ACGT AACGT ATGT A--T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT --ATGT ATGT -ATGT ATGT ATGT
774952 ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
774997 ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
775045 ACGT ATGT AGGT ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
** * * *
775093 ACAT ATGT ATGT ATGT ACGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * **
775141 ATGT ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ACAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * **
775189 ACGT ATAT ACGT ATAT ACGT ACAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
775237 ATGT ATAT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
775285 ACGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ACGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
775333 ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
775381 ATGT ATGT TTGT ATAT ATGT ATGT ATAT ATGT ATAT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
775429 ATGT AGGT ACGT AAGT ATGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ACGT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
** * *
775476 A-CC ATGT ACTTGT ATGT ATGT -CGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT A--TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
775524 ATGT A-GT ATGT ATGT ATG- ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
775568 ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ACGT -TGT ATGT TTGT ACGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
775615 ATACGT ACGT A-GT ATGT ATAT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 AT--GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
775664 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * **
775712 ATGT AGGT AGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ACAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * *
775760 ACGT ATGT ACGG ATGT ACGT ACGT ACGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
775808 ATGT A--T ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
775854 ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
775902 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT AGGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* ** * * * *
775950 ACGT ATGT ACAT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
775998 ATAT ATGT ACGT ACGT ACGT ACGT ACGT ATGT ATGT A--T ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
776043 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * **
776090 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATAT ACAT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* ** * * *
776138 ACGT ATGT ACAT ATAT ACGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
776186 ATGT ACGT ATGT ACGT ACGT ACGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
776234 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
776282 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT AGGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
776330 AGGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ACGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * ** * *
776378 ATGT ACGT ACGT AAAT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
776426 ACG- ATGT ATGT ATGT ATAT ATG- ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT AATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -ATGT
*
776473 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
776521 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
776566 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
776614 ATGT ATGT AT-T ATG- ATGT CTGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
776658 ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGTT ATGT ATGT A-GT -TG- CTGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
776703 ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
776750 ATGT ATGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * * *
776798 ATGT ACGT ACGT ACGT ATGT ACGT ACGT ACGT ATAT ACGT ACGT ATAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
776846 ACGT ACGT ATAT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATAT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
776894 ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
776942 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
776990 ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
777038 ATGT ATGT ATGT ACGT AGGT ATGT AGGT ATGT AGGT ATGT AGGG ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
777086 AGGT ACGT AGGT ACGT AGGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * * *
777134 AGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ACGT AGGT ACGT ATGT ACGG ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
777182 ACGT ACGT ACGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
777230 ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
777278 ACGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
777326 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATAT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
777372 ATGT ATGT ATGT TTGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
777420 ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * *
777468 ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATAT ACGT ACGT ATGT ATAT ACGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * **
777516 ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT CGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
777564 A-GAT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATG-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
777612 ATGT ATGT ATGT ATAG- ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
777659 ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT AT-T ATGT ATGTT ATGT ATGT AGGT AGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
777706 AAGT AGGT ATGT ACGT ACGT ATGT ACGTGT A-GT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
777755 ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
777803 ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
777851 ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
777899 ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * *
777947 ATGT ACGT AGGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT AGGT ACGT ATAT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * ** * *
777995 ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT CCGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * ** *
778043 ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATAT ACAT ATAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
778091 ACGT ATGT -TCGT ATGT ACGT ATAT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATAT
1 ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
778139 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
778187 ACGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT TTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
778235 ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ACGT ACGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * **
778283 ATGT ACGT AGGT ATGT AGGT ATGT AGGT ACGT AGGT ATGT AGGT ACAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
778331 AGGT ACGT ATGT ACGT AGGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * ** *
778379 ATAT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT AGGT ACGT ATAT ACAT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
778427 ACGT AGGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
778475 ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * ** *
778523 ATGT ACGT ATGT ACGT AAGT ACGT ATGT ACGT AGGT ACAT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
778571 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
778619 ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
778667 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGT AGGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
778715 AGGT ATGT ATGT ATGT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * ** *
778763 ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATAT ACGT ATGT ACGT ACGT ACAT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
778811 ATGT ACGT AGGT ACGT AGGT ACGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
778859 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * *
778907 ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGG ATGT ACGT ACGT ACGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
778955 ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ATAT ATGT AAGT ATGT ATGT ATAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
779003 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATTT AGGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
** * * * * *
779051 ACAT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
779099 ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
779147 ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT GTGT ATGT A-GT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
779194 ACGT A-GT -TGT ATGT A--T ATCT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
779238 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
779286 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT ATGT ATGT AGGT ATGT AGGT ATAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
779334 ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
779382 ATGT ATGT ATGT ACGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGTT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT ATGT
* * * *
779431 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATAT ATAT ATGT ATAT ACGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
779479 ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATAT ACT-T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
779527 ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
779575 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT AGGT AAGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * * *
779621 AGGT ATGT AGGT ACGT ACGT ACGT ATGT ACGG ATGT ACGT ACGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
779669 ATAT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
779717 ATGT ATGT ATAT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
779763 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
779811 ACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATAT ACGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
779859 ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
779907 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
** * * * * * *
779953 CGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ATGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
780001 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
780049 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AGGT AGGT AAGT AGGT ATGT AGGT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * ** *
780097 ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT ACGG ATGT ACGT ACGT ACGT ACAT ATAT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
780145 ACGT ATGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
780193 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
780241 AGGT ATACGT ATGT ACGT ATGT ACGT ATGT AGGT ATAT ACGT ATGT ACGT
1 ATGT AT--GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
780291 ATGT ACGT ATAT ACGT ATGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
780339 ATGT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * ** *
780387 ATAT ACGT ACGT ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ACAT ACGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
780435 ACGT ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* ** *
780483 ATGT TTGT ACAT ATGT ACGT ATGT A
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A
780508 CATACCTACA
Statistics
Matches: 7153, Mismatches: 976, Indels: 306
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 61 0.01
3 161 0.02
4 6850 0.96
5 61 0.01
6 20 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.04, G:0.25, T:0.44
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:784275 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 784252--784284 Score: 57
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
784242 ACTTTTTTAC
*
784252 TAACTTCTAACTTT
1 TAACTGCTAACTTT
784266 TAACTGCTAACTTT
1 TAACTGCTAACTTT
784280 TAACT
1 TAACT
784285 TACTAATTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
TAACTGCTAACTTT
Found at i:787226 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 787219--787285 Score: 125
Period size: 2 Copynumber: 33.5 Consensus size: 2
787209 TTTTTAAAAC
787219 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
*
787261 AT AT AT AT AT AT AT AT GT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
787286 CACCCATCTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 63 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.