genome.fa.s7968.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007968.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110403_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1361854

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6683--6714	10	3.3	10	91	8	57	90	0	0	9	0.45
6683--6714	9	3.4	9	95	4	55	90	0	0	9	0.45
6677--6723	7	6.7	7	85	9	53	82	0	4	12	0.80
6677--6731	7	7.5	8	85	10	50	81	0	7	10	0.86
7658--8143	55	9.1	53	86	4	604	31	15	27	26	1.95
7650--8143	107	4.7	106	86	4	640	31	14	27	26	1.95
8670--8698	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
11130--12089	183	5.3	183	86	2	1286	45	11	14	28	1.80
11130--12588	182	8.1	181	82	6	1664	45	11	14	28	1.81
12976--13020	19	2.4	19	88	3	65	40	0	20	40	1.52
13271--13309	18	2.2	18	86	9	53	46	5	7	41	1.55
15154--15369	115	1.9	115	86	1	308	36	11	15	37	1.83
14972--16182	313	3.9	313	89	2	1802	37	13	15	33	1.86
15461--15682	115	1.9	115	83	5	288	35	10	17	36	1.84
15773--15988	115	1.9	115	80	7	260	37	9	15	38	1.79
16345--16389	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
22750--22810	7	8.4	7	87	12	88	14	27	27	29	1.95
24544--24605	23	2.8	22	75	2	61	12	29	16	41	1.85
27185--27250	33	2.0	33	96	0	123	18	22	21	37	1.94
37310--37339	13	2.2	14	94	5	53	0	30	3	66	1.07
37568--37603	7	5.1	7	100	0	72	58	0	41	0	0.98
41356--41504	76	1.9	77	97	1	282	22	10	22	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42384--42427	20	2.1	21	84	12	56	29	11	4	54	1.56
45589--45618	15	2.0	15	100	0	60	40	20	26	13	1.89
57994--58067	30	2.4	30	88	2	103	36	13	32	17	1.89
58461--58509	20	2.5	20	96	0	89	32	24	6	36	1.80
60735--60766	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
61883--61950	31	2.2	32	91	2	111	39	13	10	36	1.78
63700--63738	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
64765--64820	22	2.6	21	76	13	60	42	28	5	23	1.76
71948--71994	25	2.0	23	91	8	76	51	4	17	27	1.64
78719--78794	32	2.4	32	80	4	100	53	0	0	46	1.00
78812--78844	12	2.8	12	95	0	57	30	45	9	15	1.77
79102--79137	17	2.1	17	100	0	72	33	5	5	55	1.46
86674--86730	29	2.0	29	89	0	87	38	17	17	26	1.92
86863--86894	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
96317--96367	26	2.0	25	84	3	66	35	0	1	62	1.06
97718--97744	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
97769--97842	28	2.6	28	85	10	107	45	10	21	21	1.82
97961--97985	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
111507--111618	29	3.8	29	95	1	197	43	9	14	32	1.78
116305--116416	29	3.8	29	95	1	197	43	9	14	32	1.78
117503--117637	39	3.5	39	80	4	155	35	14	22	26	1.93
117503--117648	78	1.9	78	81	2	177	37	14	22	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125761--125835	23	3.3	23	76	0	78	26	13	13	46	1.80
128777--128816	9	4.4	9	87	0	53	27	0	0	72	0.85
129277--129378	15	6.9	15	81	6	109	42	6	17	33	1.76
129277--129378	30	3.4	30	82	6	136	42	6	17	33	1.76
129277--129378	45	2.3	44	88	5	143	42	6	17	33	1.76
129626--129701	33	2.3	33	100	0	152	47	0	7	44	1.32
129712--129772	26	2.3	27	81	13	74	44	0	1	54	1.10
129711--129777	22	3.0	22	79	16	75	46	0	1	52	1.09
129793--129855	27	2.2	28	83	10	76	53	1	0	44	1.10
129835--129880	24	2.0	23	82	4	56	56	2	0	41	1.11
129867--129941	23	3.4	22	75	15	66	44	2	1	52	1.23
129861--129945	25	3.5	23	67	25	59	47	2	1	49	1.22
131223--131259	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
131408--131480	36	2.0	36	84	10	96	47	2	1	47	1.24
142116--142477	197	1.8	195	98	1	706	25	13	11	50	1.75
145230--145559	17	20.4	17	69	16	136	31	1	9	56	1.41
145239--145548	16	19.4	16	69	18	118	31	1	9	58	1.39
145229--145393	79	2.0	81	85	6	219	32	1	10	54	1.46
150289--150328	14	2.8	15	85	14	50	30	7	22	40	1.81
151991--152042	3	17.3	3	100	0	104	0	65	0	34	0.93
158764--158841	23	3.3	23	78	1	75	50	11	20	17	1.77
161919--161980	30	2.0	31	84	12	83	24	9	3	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162409--162453	23	2.0	23	82	8	56	42	0	0	57	0.98
165515--165582	33	2.1	33	91	0	109	35	14	20	29	1.93
179646--179734	38	2.3	38	84	5	117	30	25	13	30	1.94
181306--181375	23	3.0	22	85	4	77	51	14	17	17	1.77
184898--184942	23	2.0	23	82	8	56	42	0	0	57	0.98
187265--187340	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
192254--192329	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
193679--193746	33	2.1	33	91	0	109	35	14	20	29	1.93
207825--207864	21	1.9	21	100	0	80	35	20	17	27	1.95
207845--207944	38	2.6	37	84	3	119	34	22	11	33	1.89
209499--209568	23	3.0	22	85	4	77	51	14	17	17	1.77
213099--213143	23	2.0	23	82	8	56	42	0	0	57	0.98
216207--216274	33	2.1	33	91	0	109	35	14	20	29	1.93
220929--220982	21	2.6	21	96	0	99	16	7	27	48	1.73
228250--228288	16	2.5	15	80	8	51	43	2	10	43	1.52
234226--234313	40	2.3	39	82	9	92	23	12	11	52	1.71
234954--235005	24	2.2	24	82	3	61	11	19	15	53	1.71
238644--238735	28	3.2	28	69	19	80	33	27	4	34	1.77
238874--239047	60	2.9	60	81	3	163	45	3	16	33	1.64
240328--240403	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
239350--240607	661	1.9	654	88	3	1873	35	15	10	38	1.82
241036--241061	11	2.4	11	100	0	52	0	26	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245971--246053	29	2.9	29	92	3	132	12	20	42	25	1.86
256491--256553	32	1.9	33	84	9	85	34	3	15	46	1.62
257369--257429	24	2.6	24	77	12	63	36	1	3	59	1.24
258599--258631	15	2.3	15	89	5	50	30	0	3	66	1.06
260464--260524	32	1.9	32	90	6	97	22	4	16	55	1.60
261615--261698	43	2.0	43	87	0	123	38	21	15	25	1.92
266273--266312	20	2.0	20	100	0	80	50	15	5	30	1.65
272362--272394	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
283052--283119	20	3.4	20	89	0	109	33	8	5	51	1.57
283040--283119	40	2.0	40	90	2	124	38	7	5	48	1.53
283052--283128	20	3.8	20	77	16	70	35	9	5	50	1.56
283835--283875	12	3.4	12	78	21	50	26	0	17	56	1.41
289413--289480	20	3.4	20	89	4	75	35	30	16	17	1.92
289471--289568	21	4.7	21	71	15	78	36	21	21	20	1.95
289536--289821	20	14.5	20	78	11	225	38	23	18	18	1.93
289597--289821	40	5.7	40	85	7	257	38	23	19	18	1.93
289636--289779	74	1.9	75	90	1	227	41	22	18	17	1.90
290681--290734	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
293294--293328	14	2.5	14	95	0	61	42	17	22	17	1.88
293336--293426	33	2.8	33	94	0	155	46	18	23	12	1.82
293430--293473	19	2.4	18	88	7	70	11	13	22	52	1.72
293443--293534	33	2.8	33	85	3	105	16	17	19	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293474--293534	19	3.5	19	70	21	60	18	19	18	44	1.87
293641--293677	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
297097--297204	20	5.8	19	73	14	100	47	18	21	12	1.82
297222--297326	20	5.6	19	76	16	96	12	18	19	50	1.77
297848--298020	20	8.6	20	78	5	159	21	19	21	36	1.95
297850--298020	40	4.2	41	87	3	229	22	19	21	36	1.95
298029--298083	20	2.8	20	86	5	76	14	18	21	45	1.85
297896--298062	81	2.1	80	80	5	185	22	19	22	36	1.95
302161--302401	120	2.0	120	100	0	482	41	13	21	23	1.88
303478--303518	3	13.7	3	94	0	73	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5