genome.fa.s7972.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007972.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110409_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115004

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1156--1742	297	2.0	300	93	2	1013	34	16	14	34	1.89
1438--1919	182	2.7	182	92	4	788	33	16	15	34	1.90
1798--2036	117	2.1	114	90	4	372	37	15	14	33	1.87
1156--2312	476	2.4	478	94	3	2032	34	16	14	34	1.90
1616--2212	297	2.0	298	93	4	1021	34	16	14	34	1.89
1913--2312	182	2.2	177	91	4	624	33	16	14	35	1.89
3519--3570	6	8.7	6	89	0	68	21	32	7	38	1.82
3519--3570	12	4.3	12	92	0	77	21	32	7	38	1.82
5014--5766	197	3.8	199	92	2	1200	30	18	15	35	1.92
5707--5744	19	2.1	19	95	5	69	26	15	13	44	1.83
5988--6032	19	2.4	18	82	7	54	53	11	2	33	1.49
6000--6044	19	2.4	19	96	0	81	55	11	2	31	1.47
7596--7638	15	3.0	14	78	18	52	4	41	0	53	1.21
7833--7893	32	1.9	32	86	0	86	22	45	0	31	1.53
7972--8037	33	2.0	33	84	0	87	22	45	0	31	1.53
8071--8135	21	3.1	21	88	0	94	18	29	10	41	1.84
7823--8112	147	2.0	143	95	2	526	21	37	3	36	1.72
10522--10568	20	2.4	18	80	19	58	19	14	10	55	1.68
10308--10781	181	2.6	182	89	1	691	27	16	14	42	1.86
11685--11718	5	7.0	5	86	6	52	44	0	0	55	0.99
11685--11718	14	2.4	14	90	5	50	44	0	0	55	0.99
12790--12832	14	3.0	14	82	3	50	23	13	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13486--13527	17	2.3	18	88	8	59	54	0	4	40	1.21
13776--13825	20	2.5	20	93	0	82	32	26	16	26	1.96
14389--14440	19	2.7	19	88	5	70	44	25	19	11	1.84
14386--14451	18	3.5	19	81	6	80	46	25	16	10	1.79
14447--14497	19	2.7	19	90	0	84	11	19	21	47	1.81
14488--14547	14	3.9	14	72	19	57	10	28	23	38	1.87
14469--14564	33	2.9	33	84	1	120	11	22	21	43	1.85
14532--14570	20	2.0	20	89	0	60	12	20	15	51	1.76
16717--16867	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
16665--16867	42	4.8	42	80	2	203	22	36	18	22	1.95
16662--16837	84	2.1	84	100	0	352	21	38	17	23	1.93
16662--16867	84	2.5	84	92	1	297	21	36	18	22	1.95
18215--18250	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
18409--18559	19	8.7	19	63	21	71	15	21	20	42	1.89
18413--18539	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
18406--18538	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
20831--20855	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
21030--21083	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
21868--21919	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
21904--21995	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
22209--22276	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
22193--22296	40	2.9	34	77	15	109	40	22	22	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22308--22361	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
22290--22360	33	2.1	34	79	7	83	19	18	21	40	1.91
22488--22524	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
24426--24522	14	6.3	15	70	26	60	50	22	17	9	1.74
24441--24501	14	3.5	19	70	22	62	50	19	18	11	1.76
24411--24522	33	3.4	33	93	1	190	49	22	17	10	1.78
24551--24608	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
24538--24624	32	2.7	33	90	3	140	14	18	19	47	1.83
24609--24652	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
24621--24663	20	2.2	20	86	0	59	16	23	25	34	1.95
25139--25183	18	2.5	18	92	0	81	13	13	44	28	1.81
26503--26561	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
26816--26865	22	2.4	22	81	15	61	22	12	40	26	1.88
26824--26867	22	2.0	22	91	8	72	18	13	43	25	1.86
27056--27104	20	2.5	20	93	0	80	24	20	28	26	1.99
27116--27169	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
27035--27172	61	2.3	61	83	0	186	23	16	23	35	1.95
27035--27190	61	2.6	61	79	2	152	23	18	23	33	1.97
27240--27280	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
27779--27817	19	2.0	18	85	14	51	46	5	23	25	1.73
28923--28972	21	2.3	21	83	10	57	48	0	0	52	1.00
28927--28982	24	2.4	24	79	8	62	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32016--32296	20	13.9	20	76	15	190	39	22	20	17	1.92
32077--32253	62	2.9	62	75	14	170	37	24	20	16	1.93
32419--32479	6	10.2	6	100	0	122	34	49	16	0	1.46
33228--33258	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
33369--33498	20	6.4	20	78	8	129	16	20	24	37	1.93
33369--33476	40	2.7	40	91	0	171	16	21	23	38	1.92
33386--33502	60	1.9	62	89	6	186	16	22	23	37	1.93
33386--33560	20	8.7	19	74	13	113	16	21	21	40	1.91
33896--33927	14	2.3	14	94	0	55	62	0	0	37	0.95
33959--34022	2	32.5	2	84	9	78	46	1	0	51	1.10
34866--35103	119	2.0	122	88	5	356	41	17	14	26	1.87
44798--44825	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
49155--49185	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
49428--50281	182	4.7	182	90	2	1227	41	14	16	27	1.87
49428--50281	361	2.4	362	88	1	1273	41	14	16	27	1.87
52649--52714	21	3.1	21	95	0	114	43	10	31	13	1.78
52965--53049	18	4.8	18	89	5	138	60	0	35	4	1.18
52967--53049	34	2.4	36	91	4	134	60	0	36	3	1.14
54610--54655	19	2.4	19	96	0	83	32	2	10	54	1.47
54920--56221	200	6.5	199	88	2	1814	39	12	14	33	1.83
58709--58769	23	2.7	23	92	0	104	24	27	27	19	1.99
60378--60422	21	2.1	21	87	0	63	20	24	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62052--62109	20	2.7	20	76	10	53	29	18	18	32	1.96
64529--64740	65	3.3	64	77	13	211	30	22	18	28	1.97
64722--64759	19	2.0	19	89	0	58	18	28	23	28	1.98
65091--65120	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
73194--73354	65	2.5	64	86	5	209	29	21	19	28	1.98
73325--73373	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
74161--74213	25	2.1	25	100	0	106	35	3	11	49	1.57
74469--74507	15	2.6	15	91	0	60	41	10	7	41	1.68
74511--75675	400	2.9	398	89	2	1696	38	14	16	31	1.88
74511--75675	199	5.8	199	79	5	1222	38	14	16	31	1.88
79016--79710	199	3.5	197	82	6	793	39	14	15	30	1.87
79742--79871	64	2.0	64	92	0	215	33	14	10	42	1.79
80213--80244	15	2.1	15	94	0	55	21	0	3	75	0.95
82345--82459	60	1.9	60	89	0	176	31	23	4	40	1.74
85650--85716	34	2.0	34	91	5	109	44	17	14	22	1.86
88223--88318	31	3.1	31	75	8	86	35	15	17	31	1.92
88316--88377	30	2.1	30	96	0	115	22	19	25	32	1.97
89274--89366	10	9.7	9	76	13	78	16	25	27	30	1.96
89274--89366	19	4.8	20	78	15	95	16	25	27	30	1.96
89273--89347	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
89274--89366	29	3.2	28	86	6	105	16	25	27	30	1.96
89367--89411	22	2.0	22	100	0	90	17	51	22	8	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89401--89438	7	5.4	7	100	0	76	15	28	28	26	1.96
96532--96624	10	9.7	9	76	13	78	16	25	27	30	1.96
96532--96624	19	4.8	20	78	15	95	16	25	27	30	1.96
96531--96605	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
96532--96624	29	3.2	28	86	6	105	16	25	27	30	1.96
96625--96679	5	10.2	5	77	14	56	18	52	21	7	1.69
96625--96686	22	3.0	22	84	15	89	17	50	22	9	1.75
96627--96674	17	2.8	17	100	0	96	18	50	22	8	1.74
96676--96720	7	6.4	7	100	0	90	15	28	28	26	1.96
100505--100538	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2