genome.fa.s7977.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007977.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110414_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98082

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236--311	24	3.4	24	66	23	74	26	6	13	53	1.63
233--323	43	2.1	43	100	0	182	25	6	14	53	1.64
1720--1802	30	2.8	30	82	8	98	37	13	9	39	1.77
1714--1806	29	3.2	29	80	10	100	37	15	8	38	1.78
1720--1817	30	3.4	29	78	12	94	36	13	10	39	1.78
5795--6176	191	2.0	193	92	5	641	34	7	12	45	1.71
6389--6439	13	3.9	13	76	0	57	43	19	7	29	1.79
7727--7792	30	2.2	30	86	0	87	34	28	28	7	1.85
8401--8464	30	2.1	30	85	0	83	37	26	26	9	1.87
9070--9143	30	2.5	30	75	2	78	37	27	25	9	1.87
7654--9652	678	3.0	674	95	2	3597	32	19	18	28	1.96
10117--10254	2	70.0	2	80	5	156	2	49	1	46	1.25
11133--11170	20	1.9	20	88	0	58	34	28	21	15	1.94
11218--11261	18	2.4	18	88	0	61	25	27	13	34	1.93
15738--15888	20	7.9	20	74	14	115	34	18	13	33	1.90
17025--17081	25	2.3	25	76	11	71	22	3	17	56	1.56
21031--21083	24	2.2	24	90	9	83	18	3	3	73	1.14
21036--21081	12	3.8	12	80	13	58	19	4	4	71	1.20
21343--21631	140	2.1	140	96	0	533	35	12	19	32	1.90
25929--26307	55	6.9	55	89	3	525	28	26	14	30	1.95
26258--26895	54	12.0	52	88	5	786	21	26	20	32	1.97
26258--26883	162	3.9	162	90	4	932	21	26	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27265--27385	36	3.3	36	74	3	100	25	17	21	35	1.95
33176--33298	47	2.6	47	90	1	194	31	21	15	31	1.94
38082--38122	20	2.0	20	100	0	82	24	7	29	39	1.82
41585--41613	14	2.1	14	93	6	51	79	0	20	0	0.74
42198--42256	31	1.9	31	100	0	118	37	15	16	30	1.90
44760--44840	33	2.4	33	90	10	128	41	37	9	11	1.74
55989--56033	12	3.9	12	91	5	58	46	22	13	17	1.83
56261--56289	14	2.1	14	100	0	58	41	41	10	6	1.66
56874--56967	31	3.0	32	84	4	111	35	22	15	26	1.94
56873--56970	32	3.1	32	83	4	119	33	24	15	26	1.95
59092--59145	3	18.3	3	92	3	92	31	0	1	66	1.02
60122--60510	200	1.9	198	95	4	703	29	11	7	51	1.66
60549--60632	28	2.9	28	75	19	68	28	17	9	44	1.80
60558--60663	30	3.6	30	79	13	114	26	16	12	44	1.83
67565--67658	29	3.2	30	68	17	97	22	8	20	48	1.76
67533--67695	58	2.8	58	98	0	308	22	9	21	46	1.81
68523--68574	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
68630--68823	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
68626--68823	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
68630--68822	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
69204--69274	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
69394--69448	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69394--69464	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
69460--69557	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
69482--69571	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
69465--69579	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
71271--71728	92	5.0	92	95	4	829	22	13	18	45	1.84
71760--71888	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
71796--71888	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
71760--71888	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
71905--71961	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
71889--71980	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
71884--72017	19	7.6	19	76	16	119	11	19	23	45	1.82
73922--73958	14	2.6	14	95	0	65	35	0	21	43	1.53
74062--74163	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
74192--74507	19	18.4	19	76	20	324	13	21	18	46	1.84
74211--74507	32	8.9	31	73	18	201	13	21	18	46	1.84
74170--74479	51	6.0	52	88	8	394	14	21	17	45	1.84
76962--77008	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
77700--78045	20	17.5	20	84	6	420	20	19	26	34	1.96
77700--78026	79	4.1	80	86	5	427	20	19	26	33	1.96
78665--78738	20	3.7	20	72	3	76	37	18	24	18	1.94
78682--78757	21	3.7	21	73	3	73	39	17	26	17	1.91
78665--78757	41	2.3	41	92	0	159	38	17	25	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78749--78840	20	4.6	20	76	2	76	34	22	18	23	1.96
78743--78820	41	1.9	41	81	0	93	41	19	16	23	1.90
79025--79068	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
79331--79368	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
80682--80726	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
81208--81274	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
81227--81328	33	2.8	34	75	22	93	43	21	21	13	1.87
81208--81328	19	6.6	19	76	13	83	42	22	20	14	1.87
81340--81394	14	3.6	14	75	17	56	9	20	27	43	1.81
81335--81414	32	2.4	33	89	4	117	10	22	26	41	1.85
81354--81433	20	4.5	18	77	16	78	12	23	26	37	1.90
83438--83514	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
83448--83514	19	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
83533--83588	20	2.8	19	91	2	76	17	21	21	39	1.93
83539--83589	20	2.5	20	96	0	93	17	23	25	33	1.96
83814--83854	20	2.0	20	95	0	73	14	19	17	48	1.81
84636--84689	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
87178--87275	19	5.7	19	67	22	81	42	20	21	15	1.88
87179--87278	33	3.0	33	91	2	157	41	20	21	18	1.91
87271--87313	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
87299--87332	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
87454--87490	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88841--88907	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
88841--88963	42	2.9	41	79	7	104	23	17	35	22	1.95
90977--91075	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
90952--91136	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	11	1.85
91047--91136	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
91132--91176	19	2.4	19	88	0	63	8	13	26	51	1.70
91712--91764	20	2.7	21	85	11	76	26	18	28	26	1.98
91732--91827	41	2.4	40	75	6	95	21	18	22	36	1.95

Tables:   1

The End!