genome.fa.s8004.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008004.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110465_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  236824

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1180--1224	12	3.7	12	81	3	54	57	0	0	42	0.98
3040--3254	20	10.6	20	78	8	175	41	20	20	16	1.90
3342--3373	6	5.3	6	100	0	64	34	50	15	0	1.45
4033--4140	6	18.5	6	97	2	195	0	16	50	32	1.45
10002--10069	32	2.1	33	86	2	93	39	13	10	36	1.78
15075--15138	26	2.4	26	87	10	85	53	1	6	39	1.36
22143--22182	15	2.7	15	92	0	62	22	15	25	37	1.93
22262--22292	16	1.9	16	100	0	62	29	19	12	38	1.89
33386--33489	34	3.1	32	80	10	93	34	0	3	61	1.14
33410--33494	34	2.5	34	84	3	100	38	0	2	58	1.11
35212--35259	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
35250--35356	21	5.1	21	87	6	101	18	30	25	25	1.98
35263--35356	42	2.2	42	88	3	136	18	31	27	22	1.97
35873--35950	28	2.8	28	86	7	97	53	1	2	42	1.22
35873--35975	34	3.5	28	74	16	84	52	2	2	41	1.31
35892--35966	34	2.2	34	87	2	105	53	2	4	40	1.34
36366--37242	128	6.9	128	94	2	1468	32	19	24	22	1.97
37313--37353	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
46559--46611	18	3.3	18	65	29	55	45	1	5	47	1.37
46720--46777	28	2.2	25	81	9	62	37	1	17	43	1.59
46930--46978	25	2.0	25	87	0	71	36	2	16	44	1.59
46935--46989	25	2.2	25	83	0	65	34	3	18	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47224--47589	20	18.5	20	85	5	447	34	26	19	20	1.96
50451--50479	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
53682--53708	13	2.1	13	100	0	54	44	14	7	33	1.73
56515--56571	18	3.3	18	85	4	73	33	7	29	29	1.84
66747--66894	67	2.2	65	81	9	156	45	10	6	37	1.64
67028--67070	15	2.8	16	82	6	54	46	0	2	51	1.13
69510--69561	23	2.3	23	93	0	95	32	15	11	40	1.83
71575--71627	26	2.0	26	100	0	106	32	37	7	22	1.82
75039--75080	20	2.2	19	91	8	68	42	9	23	23	1.83
75232--75306	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
83721--83775	20	2.8	20	97	0	101	27	21	29	21	1.99
84204--84251	23	2.0	24	84	11	64	6	27	0	66	1.15
91719--91783	16	3.8	17	73	13	62	61	3	1	33	1.21
91719--91793	26	2.9	26	76	7	73	58	2	1	37	1.20
95150--95198	26	2.0	25	84	8	64	40	16	0	42	1.48
103682--103735	21	2.6	21	82	5	56	51	1	5	40	1.36
105344--105397	22	2.5	21	79	8	54	51	5	7	35	1.53
105351--105400	22	2.2	22	85	3	64	48	6	6	40	1.52
109481--109546	27	2.5	27	97	2	125	16	18	18	46	1.84
110623--110815	97	2.0	97	93	0	332	26	18	16	38	1.92
115462--115486	7	3.6	7	100	0	50	32	0	12	56	1.36
115791--115837	19	2.5	19	77	19	53	34	0	6	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119035--119081	18	2.5	20	79	6	53	29	10	2	57	1.44
129762--129792	4	7.8	4	100	0	62	0	25	0	74	0.82
131487--131530	18	2.4	19	88	7	65	18	4	4	72	1.19
135262--135305	18	2.4	18	84	3	52	61	9	15	13	1.56
136492--136523	16	2.0	16	100	0	64	37	6	43	12	1.68
136986--137028	18	2.4	19	84	7	54	18	6	4	69	1.29
138594--138642	18	2.8	17	93	3	80	65	0	0	34	0.93
138595--138650	17	3.2	17	92	2	85	64	0	0	35	0.94
149311--149353	20	2.0	22	86	8	63	51	0	0	48	1.00
149326--149410	38	2.3	36	84	9	111	57	0	2	40	1.11
149658--149731	23	3.2	23	90	0	112	39	21	24	14	1.91
156264--156357	21	4.5	21	90	5	136	18	32	27	21	1.96
176071--176123	26	2.0	26	96	0	97	43	3	5	47	1.45
176260--176357	20	4.8	20	75	3	79	37	23	17	21	1.94
176344--176517	20	8.6	20	79	5	109	34	24	20	20	1.96
176221--176376	61	2.5	62	76	6	149	37	25	16	20	1.93
176324--176518	40	4.8	40	78	3	185	35	24	20	20	1.95
176324--176517	60	3.2	60	82	0	235	35	24	20	20	1.96
176900--176970	33	2.2	33	92	0	115	11	22	16	49	1.78
177049--177126	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
177050--177125	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
177110--177166	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177105--177169	33	2.0	33	96	0	121	44	20	24	10	1.83
177108--177182	33	2.3	33	90	0	114	46	22	21	9	1.79
177178--177275	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
177200--177289	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
177183--177297	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
178995--179370	93	4.1	93	99	0	736	22	12	19	46	1.83
179435--179527	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
179418--179527	19	6.3	19	71	20	87	45	28	17	9	1.78
179523--179657	19	7.6	19	76	16	137	10	19	24	45	1.81
179545--179601	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
179528--179620	33	2.8	33	98	0	177	9	20	22	47	1.79
181582--181631	14	3.6	14	97	0	91	36	0	22	42	1.54
181738--181835	19	5.4	19	84	13	143	45	16	22	15	1.84
181740--181853	53	2.2	53	95	1	203	43	18	24	13	1.85
181860--182013	33	4.5	34	74	18	149	14	22	17	46	1.84
181882--182098	19	12.4	19	76	19	231	13	20	18	47	1.83
181860--182070	105	2.0	104	97	0	395	14	22	17	46	1.83
181901--182098	33	5.8	33	76	14	188	13	20	18	46	1.83
181860--182070	52	4.0	52	96	1	395	14	22	17	46	1.83
182856--183065	20	10.5	20	83	2	197	19	18	24	37	1.94
183032--183129	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
183032--183188	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183032--183188	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
185793--185853	23	2.7	23	92	0	104	26	27	27	18	1.98
186078--186136	31	1.9	31	86	10	86	33	25	3	37	1.73
187896--187947	21	2.5	21	84	3	79	32	30	15	21	1.94
187917--188153	99	2.4	99	87	0	341	32	24	14	27	1.94
188317--188497	91	2.0	91	91	0	290	27	14	24	33	1.94
207960--207993	6	5.7	6	100	0	68	0	14	50	35	1.44
214312--214389	6	13.0	6	100	0	156	16	16	33	33	1.92
216741--216793	27	2.0	26	85	7	72	62	0	3	33	1.13
216799--216850	18	2.8	18	83	13	61	17	5	5	71	1.26
216800--216846	10	4.8	10	76	2	51	14	4	6	74	1.17
223835--223869	16	2.2	16	89	0	52	0	8	17	74	1.06
224087--224127	20	2.0	20	86	9	57	48	0	2	48	1.14
224097--224144	20	2.4	20	79	6	53	50	6	0	43	1.27
226211--226255	19	2.4	19	88	3	65	20	24	42	13	1.87
226209--226255	10	5.0	10	77	12	55	19	23	42	14	1.88
233226--233275	14	3.6	14	77	20	52	62	0	2	36	1.07

Tables:   1

The End!