Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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File 3 of 14
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Indices: 432529--432760 Score: 241
Period size: 93 Copynumber: 2.5 Consensus size: 92
432519 CTTTATAGAC
** * * * *
432529 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATTGATTTTTGAATTGCGTTGCAATGTCTTAGCAA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGA-TGAAGTTTGAATAGCATTGCAATATCTTAACAA
* ** **
432594 AATACATTAATGTTTATGAACTAAAGAG
65 AACACATTAACATTTACAAACTAAAGAG
* *
432622 TTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAGCATTGTAATAT-TTAAACA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATG-AAGTTTGAATAGCATTGCAATATCTT-AACA
** * *
432686 AAACATTTTTACATTTACAAACTAAAGAT
64 AAACACATTAACATTTACAAACTAAAGAG
* * *
432715 TTTAACTTATCTAGGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTAAATAG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTGAATAG
432761 AATTTTATAA
Statistics
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0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
92 4 0.03
93 110 0.96
94 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (92 bp):
TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAGTTTGAATAGCATTGCAATATCTTAACAAA
ACACATTAACATTTACAAACTAAAGAG
Found at i:433404 original size:154 final size:154
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Indices: 433122--433404 Score: 352
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
433112 AGTTTAACTA
* * * * * *
433122 ATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGTAAGTTTTAATAACATTGTAATATTTAACTTATCCAAGTT
1 ATCCAAGTAATTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATAACATTGTAATATTTAACTTACCCAAGTT
** * * ** *
433187 GTTACATTAAAAAATGGATTTTTAAATATCGTGGTAATGTTCAACTTATTTAATTTGTAACATTG
66 GTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTGGTAATGTTCAAATTATGCAAGTTGTAACATTG
433252 AATAGCGTTGCAATGTATTAATAT
131 AATAGCGTTGCAATGTATTAATAT
* * * *
433276 ATCCATGTAATTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTT
1 ATCCAAGTAATTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATAACATTGTAATATTTAACTTACCCAAGTT
* * * * *
433341 GTTACATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-GTTGAAATTATGCAAGTTGTTACATT
66 GTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTGGTA-ATGTTCAAATTATGCAAGTTGTAACATT
433405 CAAAAATTGA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 22, Indels: 2
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 105 0.99
155 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (154 bp):
ATCCAAGTAATTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATAACATTGTAATATTTAACTTACCCAAGTT
GTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTGGTAATGTTCAAATTATGCAAGTTGTAACATTG
AATAGCGTTGCAATGTATTAATAT
Found at i:433575 original size:169 final size:167
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Indices: 433316--433633 Score: 396
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
433306 TTAAATAGCT
433316 TTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTGTTACATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGAGT
1 TTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTGTTACATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGAGT
** * * *
433381 TGAAATTATGCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTGGAATAATGTTTTAATGTCTTAA-ATT
66 TGAAAAAATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATCGAAGTTGGAATAACGTTTTAATGT-TTAACATT
*
433445 ATCTATGTTGTTACATTCAATGATGGATGTTTGATAACG
130 ATC-AAGTTGTTACATTCAATGATGGATGTTTGATAACG
* * *
433484 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATT-CAATAATGGAAGTTTGAATA-CGTTGTA-A
1 TTGTAATGT-TTAACTTACCCAAGTTGTTACATTAAAAT-ATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA
* * *
433546 TGTCT-AAACAAATCCAAGTT-TTCACATTCAAATATCGTAGTTTGAATAACGTTTTAATGTTTA
64 -GT-TGAAA-AAATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAAATCGAAGTTGGAATAACGTTTTAATGTTTA
*
433609 ACTATTTTCAAGTTGTTACATTCAA
125 AC-ATTATCAAGTTGTTACATTCAA
433634 GGATTGTAAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 13, Indels: 15
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 30 0.23
169 93 0.72
170 5 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
TTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTGTTACATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGAGT
TGAAAAAATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATCGAAGTTGGAATAACGTTTTAATGTTTAACATTA
TCAAGTTGTTACATTCAATGATGGATGTTTGATAACG
Found at i:433595 original size:113 final size:111
Alignment explanation
Indices: 433249--433633 Score: 320
Period size: 113 Copynumber: 3.4 Consensus size: 111
433239 ATTTGTAACA
* * * ** * *
433249 TTGAATAGCGTTGCAATGTATTAA-TATATCCATGTAATTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATA
1 TTGAATAACGTTGTAATGT-TTAACTATATCCAAGTTGTTACATTCAAA-ATGGAAGTTTGAATA
* * * *
433313 GCTTTGTAATGT-TTAACTTACCCAAGTTGTTACATTAAAATATGGAAGT
64 -CGTTGTAATGTCTAAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAATAT-GAAGT
* * * * * *
433362 TTGAATAGCGTTGTAGA-GTTGAAAT-TATGCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTGGAATA
1 TTGAATAACGTTGTA-ATGTTTAACTATATCCAAGTTGTTACATTC-AAAATGGAAGTTTGAAT-
* * * * *
433425 ATGTTTTAATGTCTTAAA-TTATCTATGTTGTTACATTC-AATGATGGATGT
63 ACGTTGTAATGTC-TAAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAT-AT-GAAGT
*
433475 TTG-ATAACGTTGTAATGTATTAACT-TATCCAAGTTGTTATATTCAATAATGGAAGTTTGAATA
1 TTGAATAACGTTGTAATGT-TTAACTATATCCAAGTTGTTACATTCAA-AATGGAAGTTTGAATA
** *
433538 CGTTGTAATGTCTAAACAAATCCAAGTT-TTCACATTCAAATATCGTAGT
64 CGTTGTAATGTCTAAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAATAT-GAAGT
* * *
433587 TTGAATAACGTTTTAATGTTTAACTATTTTCAAGTTGTTACATTCAA
1 TTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTATATCCAAGTTGTTACATTCAA
433634 GGATTGTAAT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 39, Indels: 30
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
111 7 0.03
112 91 0.42
113 116 0.53
114 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (111 bp):
TTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTATATCCAAGTTGTTACATTCAAAATGGAAGTTTGAATACG
TTGTAATGTCTAAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGAAGT
Found at i:433838 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 433286--433845 Score: 340
Period size: 56 Copynumber: 10.1 Consensus size: 56
433276 ATCCATGTAA
* * * * * *
433286 TTACATTCAAACAGGGAAGTTTAAATAGC-TTTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTG
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTT-TAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
* * * * * * * *
433342 TTACATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGAGTTGAAATTATGCAAGTTG
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
* * * * * * * *
433398 TTACATTCAAAAATTGAAGTTGGAATAATGTTTTAATGTCTTAAATTATCTATGTTG
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGT-TTAACTTATCCAAGTTG
* * * *
433455 TTACATTCAATGATGGATGTTTG-ATAACGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTG
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGT-TTAACTTATCCAAGTTG
* * * * **
433511 TTATATTCAATA-ATGGAAGTTTGAAT-ACGTTGTAATGTCTAAACAAATCCAAGTT-
1 TTACATTCAA-AGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGT-TTAACTTATCCAAGTTG
* * * * * *
433566 TTCACATTCAAATATCGTAGTTTGAATAACGTTTTAATGTTTAACTATTTTCAAGTTG
1 TT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACT-TATCCAAGTTG
* * * * * * * **
433624 TTACATTCAAGGATTGTAA-TTTGAATAGCGTTATAGAGGTTCACTTATCCTTGTTG
1 TTACATTCAAAGA-TGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
* * ** * *
433680 TTACATTTAAAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTTTAGAGTTTAATTTATCCAAGTT-
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
* * * * * *
433735 ATATTATTCAAAGAT-GAA----AAAGAGC-TTTGTAATA-TTCAACTTATCCAAGTCT-
1 TTA-CATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTT-TAA-AGTTTAACTTATCCAAGT-TG
* * * *
433787 TTATATTCAAAGATAGAAGTTTAAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAATTG
1 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
433843 TTA
1 TTA
433846 ATAGAAAAAT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 90, Indels: 46
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
50 3 0.01
51 32 0.08
52 7 0.02
55 14 0.04
56 246 0.63
57 85 0.22
58 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (56 bp):
TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTTTAAAGTTTAACTTATCCAAGTTG
Found at i:435204 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 435122--435565 Score: 562
Period size: 54 Copynumber: 8.3 Consensus size: 54
435112 GATTACCAAA
* *
435122 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAATCGTAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
** * *
435176 AGGCACTATGCATGCATTCCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
** * * *
435230 ATACACTAAGTGTACATTCCACGGAATTAATCATGAGTTGATGAAT-A-CGTAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
* * * *
435282 AAGCACTAAGTCTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
* * *
435336 AGGCACAAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCACGAGTTGATGAATAACCGTAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
*
435390 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAAT-A---TAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
* * * *
435440 ATGCACTATGTGTGTATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
1 AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
* *
435494 AGACACTATGTGTGCAAATT-CACGGAATTCATCATGAGTTGATGAACT-ACCGTAT
1 AGGCACTATGTGTGC--ATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAA-TAACCGTAC
**
435549 AGGCACTACATGTGCAT
1 AGGCACTATGTGTGCAT
435566 CTTAATAAAT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 43, Indels: 19
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
50 45 0.13
51 1 0.00
52 44 0.13
53 5 0.01
54 197 0.58
55 42 0.12
56 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (54 bp):
AGGCACTATGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAC
Found at i:435410 original size:160 final size:158
Alignment explanation
Indices: 435124--435565 Score: 611
Period size: 160 Copynumber: 2.8 Consensus size: 158
435114 TTACCAAAAG
* * **
435124 GCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAATCGTACAGGCACTATGCAT
1 GCACTAAGTGTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTATGTGT
* * ** * *
435189 GCATTCCACGAAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATACATACACTAAGTGTACATTCCACGG
66 GCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTAAGTGTGCATTCCACGA
435254 AATTAATCATGAGTTGATGAATACGTACAA
131 AATTAATCATGAGTTGATGAATA--TACAA
* * *
435284 GCACTAAGTCTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACAAAGTGT
1 GCACTAAGTGTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTATGTGT
* *
435349 GCATTCCACGGAATTCATCACGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTATGTGTGCATTCCACGA
66 GCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTAAGTGTGCATTCCACGA
* *
435414 AATTCATCATGAGTTGATGAATATACAT
131 AATTAATCATGAGTTGATGAATATACAA
* * * *
435442 GCACTATGTGTGTATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATACAGACACTATGTGT
1 GCACTAAGTGTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTATGTGT
*
435507 GCAAATT-CACGGAATTCATCATGAGTTGATGAACT-ACCGTATAGGCACTACA-TGTGCAT
66 GC--ATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAA-TAACCGTACAGGCACTA-AGTGTGCAT
435566 CTTAATAAAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 27, Indels: 9
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
158 64 0.25
159 46 0.18
160 141 0.56
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (158 bp):
GCACTAAGTGTGCATTCCATGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTATGTGT
GCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTACAGGCACTAAGTGTGCATTCCACGA
AATTAATCATGAGTTGATGAATATACAA
Found at i:435809 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 435710--436038 Score: 469
Period size: 81 Copynumber: 4.1 Consensus size: 81
435700 AAATAGAAGT
* * *
435710 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAATGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAATGGTTAAAA
1 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
435775 ACCGTTGAGTAAAAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
*
435791 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCTAGTTAGATGAACGGTTAAAT
1 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
*
435856 ACCGTTGAGTAAGAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
* * * *
435872 ATAATGGCCTAGCTATGCAATTGGCAGAAAGGTATCAATTATGCCAGTTAGATGAACGATTAAAT
1 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
* *
435937 ACCATTGAGCAAAAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
* * * * * * **
435953 ATAATGGCCTAACTGTGTAATTGGAAAAAATGTGTCAATTATGCCAGTTAGCTGAATGGTTAAGC
1 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
* *
436018 ACTGTTGAGTAAAAGA
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
436034 ATAAT
1 ATAAT
436039 AAACTAGCTA
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 29, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
81 219 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (81 bp):
ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
ACCGTTGAGTAAAAGG
Found at i:436063 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 435710--436083 Score: 435
Period size: 81 Copynumber: 4.6 Consensus size: 81
435700 AAATAGAAGT
* * * * *
435710 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAATGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAATGGTTAAAA
1 ATAATGGCCTAACTATGCAATTGGCAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
435775 ACCGTTGAGTAAAAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
* * *
435791 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAGGTGTCAATTATGCTAGTTAGATGAACGGTTAAAT
1 ATAATGGCCTAACTATGCAATTGGCAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
*
435856 ACCGTTGAGTAAGAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
* * * *
435872 ATAATGGCCTAGCTATGCAATTGGCAGAAAGGTATCAATTATGCCAGTTAGATGAACGATTAAAT
1 ATAATGGCCTAACTATGCAATTGGCAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
* *
435937 ACCATTGAGCAAAAGG
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
* * * * * * **
435953 ATAATGGCCTAACTGTGTAATTGGAAAAAATGTGTCAATTATGCCAGTTAGCTGAATGGTTAAGC
1 ATAATGGCCTAACTATGCAATTGGCAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
* *
436018 ACTGTTGAGTAAAAGA
66 ACCGTTGAGTAAAAGG
*** * * * * *
436034 ATAATAAACTAGCTATGC-CTTGGACAAAAAAGTGTCAAATATGCAAGTTA
1 ATAATGGCCTAACTATGCAATTGG-CAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTA
436084 AGTGAAAAGC
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 40, Indels: 2
0.86 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
80 4 0.02
81 248 0.98
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (81 bp):
ATAATGGCCTAACTATGCAATTGGCAAAAAGGTGTCAATTATGCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
ACCGTTGAGTAAAAGG
Found at i:439320 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 439281--439329 Score: 82
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
439271 AGAAATGACT
439281 TTTGTAATAAGATAGTTTATTGAAA
1 TTTGTAATAAGATAGTTTATTGAAA
*
439306 TTTGTAA-GAGATAGTTTATTGAAA
1 TTTGTAATAAGATAGTTTATTGAAA
439330 GGGCATTTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 16 0.70
25 7 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (25 bp):
TTTGTAATAAGATAGTTTATTGAAA
Found at i:448016 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 447899--448016 Score: 148
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 61
447889 AATGTGACTC
* * * * *
447899 TTAGGTAGGCCCCGTGGCCCCGAACTTTCTTGGCTAGGCTCTTAGGCCCTATGATGTGTTT
1 TTAGGTAGGCCCCATGACCCCGAACTTTCTTGGCTAGGCTCTAAGGCCATAAGATGTGTTT
* * *
447960 TTAGGTAGGCCCCATGACCCTGAACTTTCTTGGGTAGGCTCTCAAGG-TATAAGATGT
1 TTAGGTAGGCCCCATGACCCCGAACTTTCTTGGCTAGGCTCT-AAGGCCATAAGATGT
448017 TCCCTTAGGC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
61 45 0.94
62 3 0.06
ACGTcount: A:0.18, C:0.24, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (61 bp):
TTAGGTAGGCCCCATGACCCCGAACTTTCTTGGCTAGGCTCTAAGGCCATAAGATGTGTTT
Found at i:449253 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 449171--449540 Score: 443
Period size: 54 Copynumber: 6.8 Consensus size: 54
449161 GATTACCAAA
* *
449171 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACAGAATTCATCATGAGTTGATGACTAACCATAC
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
* * ***
449225 AGGCACTAAGTGCGCATTCCACGGAATTCATCACGAGTTGATGAATAATTGTAC
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
* * * * * *
449279 AAGCACAAAGTCTGCATTCCACAGAATTCATCATGATTTGATGAATAACCGTAC
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
* * * * *
449333 ATGTACTAAGTGTGCATACCGCGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACTATAC
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
** * * *
449387 AAACACTAAGTCTGCATTCCACGAAATTCATAATGAGTTGATGAATAACCATAC
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
* * *
449441 ATGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCGTAT
1 AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
* * * ** *
449495 AGACACTATGTATGCAAACTAACGGAATTCATCATGAGTTGATGAA
1 AGGCACTAAGTGTGCATTC-CACGGAATTCATCATGAGTTGATGAA
449541 CTACCGTATA
Statistics
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AGGCACTAAGTGTGCATTCCACGGAATTCATCATGAGTTGATGAATAACCATAC
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449701 AAATAAAAGT
* *
449711 ATAATGGCCTAACCGTGCAATTGGCAGAAAACTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACGGTTAAAT
1 ATAATGGCCTAACCGTGCAATTGGCAGAAAACTGTCAATTATGCCAGTTAAATGAACGGTTAAAT
*
449776 ACTGTTGAGTAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAG-AAA-TGTCAATTATTCCAGTT
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131 AGATGAACGGTTAAATACCGTTGAGTAAGTTG
* * ** *
449871 ATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGTAGAAAGGTGTCAATTATGCCTGTTAAATGAACGGTTAAAT
1 ATAATGGCCTAACCGTGCAATTGGCAGAAAACTGTCAATTATGCCAGTTAAATGAACGGTTAAAT
*
449936 ACCGTTGAGTAAAAGGATAATGGCTTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTT
66 ACCGTTGAGTAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTT
* *
450001 AGTTGAATGGTTAA
131 AGATGAACGGTTAA
450015 GCACTGTTGA
Statistics
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0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
160 99 0.76
161 3 0.02
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ATAATGGCCTAACCGTGCAATTGGCAGAAAACTGTCAATTATGCCAGTTAAATGAACGGTTAAAT
ACCGTTGAGTAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTT
AGATGAACGGTTAAATACCGTTGAGTAAGTTG
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Period size: 81 Copynumber: 4.2 Consensus size: 81
449694 TAGTCCAAAA
* * *
449704 TAAAAGTATAATGGCCTAACCGTGCAATTGGCAGAAAACTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
1 TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
*
449769 GTTAAATACTGTTGAG
66 GTTAAATACCGTTGAG
449785 TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAG-AAA-TGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
1 TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
449848 GTTAAATACCGTTGAG
66 GTTAAATACCGTTGAG
*** * * * * *
449864 TAAGTTGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGTAGAAAGGTGTCAATTATGCCTGTTAAATGAACG
1 TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
449929 GTTAAATACCGTTGAG
66 GTTAAATACCGTTGAG
* * *
449945 TAAAAGGATAATGGCTTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGTTGAATG
1 TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
** * *
450010 GTTAAGCACTGTTGAA
66 GTTAAATACCGTTGAG
*
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1 TAAAAGGATAATGG
450040 ACTAGCTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAGGATAATGGCCTAACTGTGCAATTGGCAGAAAAGTGTCAATTATTCCAGTTAGATGAACG
GTTAAATACCGTTGAG
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450954 TTAGCATAAC
* * * * * ***
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* * * *
451021 AATGTCTTAACTTGTCCAAGTTATTACATTTAAAGATGAAGTTTGAAT-A-A-TGT
1 AATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAGTTTAAATAACATTGT
** * * *
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1 AATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGA-AGTTTAAATAACATTGT
** * * *
451130 AATGTTTAACTTATTTACGTTATGACATTCAAAGATGGAAGTTTAAATAACATTGT
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* * * * * * *
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1 AATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAGTTTAAATAACATTGT
* ** *
451235 AATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTAAATGTCAGTGT
1 AATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAACATTGT
* * * * * * ** * * *
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1 AATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGA-TGAAGTTTAAATAACATTGT
* * * * * ** ** *
451348 AGA-GTTTAAGTTATCCAAGTTGTTACATGCAAAAATAAAAGCTTCTATAATGTTTT
1 A-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAACATTGT
* * * * * * ** *
451404 AATGTTTAACTTATCTAATTTGTTGCATTCTAAGGTGGAAGTTTGAATAATGTTAT
1 AATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAACATTGT
* * * * *
451460 AATGTTTAAGTTATTCAAGTT-TCTACATTCAAA-ATAGAAGTTTAATTAGCGTT-T
1 AATGTTTAACTTATCCAAGTTGT-TACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAACATTGT
* * * * * * * *
451514 CAATGTCTTAATTTATTCAAGTTATTATATTAAAATATGGAAGTTTGAATAGCATTGT
1 -AATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAACATTGT
*
451572 AGA-ATTTAACTTATCCAAGTT-TATACATT
1 A-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGT-TACATT
451601 AAAAAAATGT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 112, Indels: 55
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 15 0.03
50 21 0.05
51 5 0.01
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AATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAGTTTAAATAACATTGT
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451659 AGACTAATGA
* * * * **
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* **
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATATAAGTTTAAATAACGTTGTAAT
*
451781 GTTCAACTT
1 GTTTAACTT
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Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 55 1.00
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GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATATAAGTTTAAATAACGTTGTAAT
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Period size: 98 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
451706 GTTTTCATAA
* * * *
451716 CGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATATAAGTTTAAATAGTGTTGTAAT
1 CGTTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATAGAAGTTTAAATAGTGTTGTAAT
* ** *
451781 GTTCAACTTGTCAATTTTGTTAGATTGATTAG
66 GTTCAAATTCCCAATGTTGTTAGATTGATTAG
* * * *
451813 CGTTGTAATGTATTAACATATCCAAGTTATTATATTCAAATATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTA
1 CGTTGTAATGT-TTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATAGAAGTTTAAATAG-TGTTGTA
*
451877 ATGTTTAAATTACCCAA-GTTGTTA
64 ATGTTCAAATT-CCCAATGTTGTTA
451901 CATTCAGAGA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 13, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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CGTTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATAGAAGTTTAAATAGTGTTGTAAT
GTTCAAATTCCCAATGTTGTTAGATTGATTAG
Found at i:451906 original size:56 final size:56
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Indices: 451805--452878 Score: 414
Period size: 56 Copynumber: 19.3 Consensus size: 56
451795 TTTTGTTAGA
* * * *
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* * *
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1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * *
451918 TTGAATAGTGTTG-AA-GAGTTGAA--A--CAAGTTGTTACATTCAAA-ATAGAA-T
1 TTGAATAGCGTTGTAATG-TTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * * * * * *
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1 T-TGAATAGCGTTGTAATGT-TTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * *
452025 TTGAGTAACGTTATAATGTATTAAGTTAAT-CAAGTTGTTATATT-AAATACTAGAAGCT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGT-TTAAATT-ATCCAAGTTGTTACATTCAAAGA-TGGAAG-T
* ** * * *
452083 TT-AATAGCATTG-AAT-TTTCAAAACAGATCCAAGTT-TTCACACTCAAACATGGTAGT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTT--AAA-TTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGT
** * * *
452139 TTGAATAATGTTGTAATGTTTAACTATT-TTCAAGTTGTTACATTC-AAGAATTGTAGT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAA--ATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG-ATGGAAGT
* ** * * * * * ** *
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1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * ** *
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1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * ** * * * *
452307 ATTGAATAACGTTGCAATGTTTATCTCATCCAAGTTGTTACACTCGAAGATGGAAGA
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* * * * ** *
452364 ATGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATTTACGTTGTGT--ATTCAAAGATGGAAGT
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* * * * * *
452419 TTAAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAGGCTGTCACATT-AAA-A---AA--
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * *
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1 TTGAATAGCGTTGTAATGT-TTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * ** * * * * *
452525 TTAAAT-GTCGTTGT-ATGATTTAACTTATTAAATTTTTTATATTGAAAGATTGAAG-
1 TTGAATAG-CGTTGTAATG-TTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * *
452580 TTGATTTAGCGTTATAGA-GTTTAAGTTATCCAAGTTGTTACA-TGAGAAAATGAAACT
1 TTGA-ATAGCGTTGTA-ATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCA-AAGATGGAAGT
** * * * * * * *
452637 TCT--ATAATGTTTTAATGTTTAACTTATCTAA-TTTTTGCATTCTAAGATGAAAGT
1 T-TGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
** * * * *
452691 TTGAATAATGTTATAATGTTTAAGTTATTCAAGTT-TCTACATTCAAA-ATAGAAGT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGT-TACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * *
452746 TT-AATTAGCGTT-TCAATGTCTTAATTTATTCAAGTTATTATATTAAAATATGGATGT
1 TTGAA-TAGCGTTGT-AATGT-TTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * *
452803 TTGAATAGCGTTATAGA-ATTTAACTTATCCAAGTT-TATACATTAAAAAAAT-TATAGT
1 TTGAATAGCGTTGTA-ATGTTTAAATTATCCAAGTTGT-TACATT-CAAAGATGGA-AGT
452860 TTGAATAGCGTTGTAATGT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGT
452879 CTGAAAAAAA
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 185, Indels: 140
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
49 18 0.02
50 35 0.05
51 23 0.03
52 5 0.01
53 2 0.00
54 25 0.03
55 130 0.17
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.39
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TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
Found at i:453009 original size:56 final size:56
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Period size: 56 Copynumber: 2.2 Consensus size: 56
452904 GAACTAATGA
* * * * * *
452914 GTTTAAGTTATCCAAGTTTTTGCATTCAAATATGTAAGTTTTAATAAAGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAAAGTTGTAAT
* * **
452970 GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAAAGTTGTAAT
*
453026 GTTCAACTTAT
1 GTTTAACTTAT
453037 AGATTTTATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 11, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 56 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.15, T:0.44
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GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAAAGTTGTAAT
Found at i:453147 original size:98 final size:97
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Indices: 452962--453149 Score: 234
Period size: 98 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
452952 TTTTAATAAA
* * * *
452962 GTTGTAATGTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAATG
1 GTTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAATG
* * * *
453027 TTCAACTTATAGATTTTATTACATTGAATAGC
66 TTCAACCTACACATGTTATTACATTGAATAGC
* *
453059 GTTGTAATGTATTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTAA
1 GTTGTAATGT-TTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAG-TGTTGTAA
* * *
453123 TGTTTAACCTACCCATGTTGTTACATT
64 TGTTCAACCTACACATGTTATTACATT
453150 CAGAGATGGA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 13, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
97 10 0.13
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GTTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTATTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAATG
TTCAACCTACACATGTTATTACATTGAATAGC
Found at i:453157 original size:56 final size:57
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453040 TTTTATTACA
*
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** ** * * * *
453276 TTGAGTAATGTTATAATGTATTAAGTTAATCAAGTTGTTATATT-AAATAATGGAAGC
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* * * * * ** * * *
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** * *** * * * *
453390 TTGAATAATGTTGTAATGT-TTGACTATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGT
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* ** * * * * * * * * *
453447 TTAAATAGCGTTAAAAAG-CTTAACTTATCCAAGTTGTTACGTTTAAATATGCAAGT
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* * * * * * *
453503 TTGAATAACATTGTAATGTTATT---TTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAAT
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* * * * * * *
453557 ATTGAATAGCATTGCAATGT-TTATC-TCATCCAAGTTGTTACACTCAAAGATGGAAGA
1 -TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACAT-ACCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * *
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* ** * ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
453779 TTAAATAACATTTTAAAGT-TTAACTTATCCAAGTTCTTATATACAAA-AAGTGAA-T
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACATACCCAAGTTATTACATTCAAAGATG-GAAGT
* * * * * * * *
453834 ATAAATAGCATTGTAATGTCTTAA-ATTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAAT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACA-TACCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * ** * * * * **
453891 TTGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTGTCCAAGTTGTTACAATAAAAAACAGAAGT
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** * * * * * * *
453948 TTGAATAATGTTGT-ATGT-TTAACTTATCAAATTTGTTACATTAAAATAT-GAGAGT
1 TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACATACCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGA-AGT
* * * *
454003 TTGAATATCATTGTAATGT-TTAACATATCCAAGTCT-TGACATTCAAAGATGGAAGT
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* ** * * * * * * *
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1 TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACATACCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * * *
454114 TTAAATAGCTTTGTAATGTCTTAGCTTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAGT
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* * * * * * * * * * *
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1 TTGAATAGCGTTG
454240 CATTGTCTTA
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 242, Indels: 99
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.00
54 40 0.05
55 163 0.19
56 386 0.46
57 238 0.28
58 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (57 bp):
TTGAATAGCGTTGTAATGTATTAACATACCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGT
Found at i:453203 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 452922--453205 Score: 327
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
452912 GAGTTTAAGT
* * * * * * **
452922 TATCCAAGTTTTTGCATTCAAATATGTAAGTTTTAATAAAGTTGTAATGTTTAACTTATTCAAGT
1 TATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACCTACCCAAGT
* * * * **
452987 TGTTACATTTAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAATGTTCAACTTATAGATTTTATTACATT
66 TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAAAGTTCAAATTATACAAGTTATTACATT
453052 GAATAGCGTTGTAATGTATTAACA
131 GAATAGCGTTGTAATGTATTAACA
*** *
453076 TATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACCTACCCATGT
1 TATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACCTACCCAAGT
* * * * * * *
453141 TGTTACATTCAGAGATGGATGTTTGAATAGTGTTG-AAGAGTTGAAATTATCCAAGTTGTTACAT
66 TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAA-AGTTCAAATTATACAAGTTATTACAT
453205 T
130 T
453206 CAAAAATAGA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 25, Indels: 2
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.02
154 102 0.98
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
TATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACCTACCCAAGT
TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTGTAAAGTTCAAATTATACAAGTTATTACATT
GAATAGCGTTGTAATGTATTAACA
Found at i:453562 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 453470--454161 Score: 297
Period size: 56 Copynumber: 12.4 Consensus size: 56
453460 AAAAGCTTAA
* * * * *
453470 CTTATCCAAGTTGTTACGTTTAAATATGCAAGT-TTGAATAACATTGTAATG-TTAT
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * *
453525 TTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAGCATTGCAATGTTTAT
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * ** * * *
453581 CTCATCCAAGTTGTTACACTCAAAGATGGAAGAATGAATAACATTGTAATGTTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * * * * ** *
453637 CATATCCAAGTTTTTACAATCAAAGATAGAAGT-TAGAATAATGTTGTAGA-GCTTAAT
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATA-AAATATTGAATAACATTGTA-ATG-TTTAT
* * * * * * *** * *
453694 -TTATCCAACTTGTCATATT-TAAGGTGAAAGT-TTGAAGT-GTGTTGTAATGTTCAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAA-TAACATTGTAATGTTTAT
* * * ** * * * *
453748 CTTATCGATG-TGTTACATTCAAATATGGAAT-TTAAATAACATTTTAAAGTTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * * * * * * *
453802 CTTATCCAAGTTCTTATATACAAAAAGT-GAATA-TAAATAGCATTGTAATGTCTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGA-TAAAATATTGAATAACATTGTAATGT-TTAT
* * * * *
453858 ATTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAAT-TTGAATAACGTTGTAATGTCTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAATAACATTGTAATGT-TTAT
* * * * * * ** *
453915 CTTGTCCAAGTTGTTACAATAAAAAACAGAAGT-TTGAATAATGTTGT-ATGTTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATA-AAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * * * * * * *
453970 CTTATCAAATTTGTTACATTAAAATATGAGAGT-TTGAATATCATTGTAATGTTTAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * * * * ** *
454026 CATATCCAAGTCT-TGACATTCAAAGATGGAAGT-TTGAAAAATGTTGTAATGTTTAA
1 CTTATCCAAGT-TGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
* * * * ** * * * *
454082 CTTATCAAAATTGTAACATTCAAAAATGGAAT-TTAAATAGCTTTGTAATGTCTTAG
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAACATTGTAATGT-TTAT
454138 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
1 CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
454162 TATGGAAGTT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 127, Indels: 47
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.00
54 38 0.08
55 156 0.32
56 225 0.46
57 66 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
CTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAACATTGTAATGTTTAT
Found at i:454154 original size:168 final size:165
Alignment explanation
Indices: 453360--454201 Score: 489
Period size: 168 Copynumber: 5.0 Consensus size: 165
453350 TTCAAAACCG
* * * * * * * * *
453360 ATCCAAGTTTTCACACTCAAAGATGGTAGTTTGAATAATGTTGTAATGTTTGACTATTTTCAAGT
1 ATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGAAATTTGAAAAATGTTGTAATGTTTAAC--TTATCAAAT
* * * * * ** * * *
453425 TGTTACATTCAAGGATTGTAGTTTAAATAGCGTTAAAAAGCTTAACTTATCCAAGTTGTTACGTT
64 TGTTACATTCAA-AAATGGAATTTAAATA-CTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
* * ***
453490 TAAATATGCA-AGTTTGAATAACATTGTAATG-TTATTTT
127 AAAATATG-AGAGTTTGAATATCATTGTAATGTTTAACAT
* * * *** * * * *
453528 ATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-AAAATATTGAATAGCATTGCAATGTTTATCTCATCCAAGT
1 ATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGAAAT-TTGAAAAATGTTGTAATGTTTAACTTAT-CAAAT
* * ** * * * *
453592 TGTTACACTCAAAGATGGAAGAATGAATAACATTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTTTTACAAT
64 TGTTACATTCAAAAATGGAA-TTTAAAT-ACTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTAC-AT
* * * * **
453657 CAAAGATA-GA-AGTTAGAATAAT-GTTGTAGA-GCTTAATTT
126 TAAA-ATATGAGAGTTTGAAT-ATCATTGTA-ATGTTTAACAT
* * * * * *** * *
453696 ATCCAACTTGTCATATT-TAAGGT-GAAAGTTTGAAGTGTGTTGTAATGTTCAACTTATC-GATG
1 ATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGAAA-TTTGAAAAATGTTGTAATGTTTAACTTATCAAAT-
* * * *
453758 TGTTACATTCAAATATGGAATTTAAATAACATTT-TAAAGTTTAACTTATCCAAGTTCTTATA-T
64 TGTTACATTCAAAAATGGAATTTAAAT-AC-TTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
* * * *
453821 ACAAAAAGTGA-A-TATAAATAGCATTGTAATGTCTTAA-ATT
127 A-AAATA-TGAGAGTTTGAATATCATTGTAATGT-TTAACA-T
* * * * * *
453861 ATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAATTTGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTGTCCAAGT
1 ATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGAAATTTGAAAAATGTTGTAATGT-TTAACTTAT-CAAAT
* * ** * * * *
453926 TGTTACAATAAAAAACAGAAGTTTGAATAATGTTGT-ATGTTTAACTTATCAAATTTGTTACATT
64 TGTTACATTCAAAAATGGAA-TTTAAATACT-TTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
453990 AAAATATGAGAGTTTGAATATCATTGTAATGTTTAACAT
127 AAAATATGAGAGTTTGAATATCATTGTAATGTTTAACAT
*
454029 ATCCAAGTCT-TGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAAAAATGTTGTAATGTTTAACTTATCAAAAT
1 ATCCAAGT-TGTGACATTCAAAGATGGAAATTTGAAAAATGTTGTAATGTTTAACTTATC-AAAT
* *
454093 TGTAACATTCAAAAATGGAATTTAAATAGCTTTGTAATGTCTTAGCTTATCCAAGTTGTTACATT
64 TGTTACATTCAAAAATGGAATTTAAATA-CTTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
* * * *
454158 CAAATATG-GAAGTTTGAATATCTTTATAGA-GTTTAACTT
127 AAAATATGAG-AGTTTGAATATCATTGTA-ATGTTTAACAT
454197 ATCCA
1 ATCCA
454202 GGTAATTATA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 123, Indels: 76
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.01
164 13 0.03
165 53 0.10
166 57 0.11
167 136 0.27
168 216 0.42
169 33 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
ATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGAAATTTGAAAAATGTTGTAATGTTTAACTTATCAAATTG
TTACATTCAAAAATGGAATTTAAATACTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAA
TATGAGAGTTTGAATATCATTGTAATGTTTAACAT
Found at i:454192 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 453087--454199 Score: 425
Period size: 112 Copynumber: 9.9 Consensus size: 111
453077 ATCCAAGTTA
* * * * * *
453087 TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGT-TTAACCTACCCATGTTGTTACATTC
1 TTACATTCAAAAATGGAA-TTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC
* * * * * * * * *
453151 AGAGATGGATGTTTGAATAGTGTTGAAGAGTTGAAATTATCCAAGTTG
65 AAAAATGGAAGTTTGAATA-TGTTGTATAGTTTAACTTATCAAAATTG
* * * * * * ** *
453199 TTACATTCAAAAATAGAAGTCAT-AA-AAGAGTTCTAATGTCTTCACTTATCAAAAATGTTCCAT
1 TTACATTCAAAAATGGAA-T-TTGAATAACA-TTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACAT
**** * * * * * *
453262 TCATTGGTGCATGTTTGAGTAATGTTATA-ATGTATTAAGTTAATC-AAGTTG
63 TCAAAAATGGAAGTTTGAAT-ATGTTGTATA-GT-TTAACTT-ATCAAAATTG
* * * * ** ** *
453313 TTATATT-AAATAATGGAAGCTTGAATAACATTGAAATTTCAAAACCGATCCAAGTT-TTCACAC
1 TTACATTCAAA-AATGGAA-TTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTT-ACAT
* * * * *
453376 TCAAAGATGGTAGTTTGAATAATGTTGTA-ATGTTTGACTATTTTC-AAGTTG
63 TCAAAAATGGAAGTTTGAAT-ATGTTGTATA-GTTTAAC--TTATCAAAATTG
* * * * * * * ** * * *
453427 TTACATTCAAGGATTGTAGTTTAAATAGCGTTAAAAAG-CTTAACTTATCCAAGTTGTTACGTTT
1 TTACATTCAA-AAATGGAATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC
* * ** ** * *
453491 AAATATGCAAGTTTGAATAACATTGTA-A-TGTTATTTTATCCAAGTTG
65 AAAAATGGAAGTTTGAAT-ATGTTGTATAGT-TTAACTTATCAAAATTG
* ** * * * * *
453538 TTACATTCAAAGATAAAATATTGAATAGCATTGCAATGT-TTATCTCATCCAAGTTGTTACACTC
1 TTACATTCAAAAATGGAAT-TTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC
* ** ** * * * *
453602 AAAGATGGAAGAATGAATAACATTGTA-ATGTTTAACATATCCAAGTTT
65 AAAAATGGAAGTTTGAAT-ATGTTGTATA-GTTTAACTTATCAAAATTG
* * * * ** * * * *
453650 TTACAATCAAAGATAGAAGTTAGAATAATGTTGTAGA-G-CTTAATTTATCCAACTTGTCATATT
1 TTACATTCAAAAATGGAA-TTTGAATAACATTGTA-ATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
* ** * * * *
453713 -TAAGGTGAAAGTTTGAAGTGTGTTGTA-ATGTTCAACTTATC--GATGTG
64 CAAAAATGGAAGTTTGAA-TATGTTGTATA-GTTTAACTTATCAAAAT-TG
* * * * * * *
453760 TTACATTCAAATATGGAATTTAAATAACATTTTAAAGT-TTAACTTATCCAAGTTCTTATATACA
1 TTACATTCAAAAATGGAATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCA
* * * * *
453824 AAAA-GTGAA-TATAAATA-GCATTGTA-ATGTCTTAAATTATCCAAGTTG
66 AAAATG-GAAGTTTGAATATG--TTGTATA-GT-TTAACTTATCAAAATTG
* * * * *
453871 TTACATTCAAATATGGAAATTTGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTGTCCAAGTTGTTACAATA
1 TTACATTCAAAAATGG-AATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC
** *
453936 AAAAACAGAAGTTTGAATAATGTTGTAT-GTTTAACTTATCAAATTTG
65 AAAAATGGAAGTTTGAAT-ATGTTGTATAGTTTAACTTATCAAAATTG
* * * *
453983 TTACATT-AAAATATGAGAGTTTGAATATCATTGTAATGT-TTAACATATCCAAGTCT-TGACAT
1 TTACATTCAAAA-ATG-GAATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGT-TGTTACAT
* *
454045 TCAAAGATGGAAGTTTGAAAAATGTTGTA-ATGTTTAACTTATCAAAATTG
63 TCAAAAATGGAAGTTTG-AATATGTTGTATA-GTTTAACTTATCAAAATTG
* * * * *
454095 TAACATTCAAAAATGGAATTTAAATAGCTTTGTAATGTCTTAGCTTATCCAAGTTGTTACATTCA
1 TTACATTCAAAAATGGAATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCA
* *
454160 AATATGGAAGTTTGAATATCTT-TATAGAGTTTAACTTATC
66 AAAATGGAAGTTTGAATATGTTGTAT--AGTTTAACTTATC
454200 CAGGTAATTA
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 197, Indels: 110
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
107 1 0.00
108 2 0.00
109 46 0.06
110 37 0.05
111 189 0.25
112 227 0.30
113 124 0.17
114 107 0.14
115 15 0.02
116 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (111 bp):
TTACATTCAAAAATGGAATTTGAATAACATTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCA
AAAATGGAAGTTTGAATATGTTGTATAGTTTAACTTATCAAAATTG
Found at i:454348 original size:93 final size:92
Alignment explanation
Indices: 454249--454419 Score: 234
Period size: 92 Copynumber: 1.8 Consensus size: 92
454239 GCATTGTCTT
* ** * * *
454249 AACAAAATACTTTGATTTTTGCGAACTAAAGAATTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGAC
1 AACAAAACACTTTGACATTTACGAACT-AAGAATTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTCAAAGAC
*
454314 GGAAGTTTAAATAGTGTTGTAATTTTTG
65 GGAAGATTAAATAGTGTTGTAATTTTTG
* * * *
454342 AACAAAACACTTTGACATTTATGAACTAAGAGTTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTCAAATATG
1 AACAAAACACTTTGACATTTACGAACTAAGAATTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTCAAAGACG
454407 GAAGATTAAATAG
66 GAAGATTAAATAG
454420 CGTTACAAAA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 11, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
92 45 0.67
93 22 0.33
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (92 bp):
AACAAAACACTTTGACATTTACGAACTAAGAATTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTCAAAGACG
GAAGATTAAATAGTGTTGTAATTTTTG
Found at i:454490 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 454372--454697 Score: 187
Period size: 56 Copynumber: 5.9 Consensus size: 55
454362 ATGAACTAAG
* * * * * * * *
454372 AGTTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTCAAATATGGAAGATTAAATAGCGTTACAA
1 AGTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTA-TA
* * * * * *
454428 AATTTAACTTTTTCAAGTTGTTTTATAGATAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTATA
1 AGTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTATA
* * * * *
454483 GAGTTTAAGTTGTCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAATGTTGTA
1 -AGTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTATA
* * * * * * * * *
454539 ATGTTTAACTTATCCAATTTTTTACATACTAATATGGTAGTATAAATAACGTGGTA-A
1 A-GTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAAT-A-GTGTTATA
* * * * *
454596 CGTTTAACTTATCCAAGTTGTTAT-TA-AAAAATTGAAGTTTAAATAGCT-TTAAA
1 AGTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAATAG-TGTTATA
* * * *
454649 ATGTTTCAATTTATCTAAGTT-TTA-ATACTAAAAGATGGAAGTTTGAATA
1 A-GTTT-AACTTGTCCAAGTTGTTATATAC--AAAGATGGAAGTTTAAATA
454698 TCATTGTATA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 54, Indels: 23
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
52 3 0.01
53 3 0.01
54 22 0.11
55 16 0.08
56 139 0.68
57 18 0.09
58 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (55 bp):
AGTTTAACTTGTCCAAGTTGTTATATACAAAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTATA
Found at i:454921 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 454805--454938 Score: 153
Period size: 56 Copynumber: 2.4 Consensus size: 55
454795 TAAAGAGTTT
* * * * * * *
454805 AACTTGTCCAAGTTGTAACATTCAAAGATGTAAGTTTTAACAACGTTGTGAAATTT
1 AACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACGTTGT-AAATTA
*
454861 AACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAGCGTTGT-AATGCTA
1 AACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACGTTGTAAAT--TA
*
454917 AACTTATCCAATTTGTTACATT
1 AACTTATCCAAGTTGTTACATT
454939 GAATAACATT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
54 3 0.04
56 64 0.96
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (55 bp):
AACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACGTTGTAAATTA
Found at i:454990 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 454859--455036 Score: 248
Period size: 98 Copynumber: 1.8 Consensus size: 98
454849 GTTGTGAAAT
* * * *
454859 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAGCGTTGTAATGCTAAACTTAT
1 TTAACATATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACATTGTAATGCTAAACTTAC
*
454924 CCAATTTGTTACATTGAATAACATTGTAATGCA
66 CCAAATTGTTACATTGAATAACATTGTAATGCA
* * * * * * *
454957 TTAACATATCCGAGTTTTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAACAACATTGTAATGTTTAACTTAC
1 TTAACATATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACATTGTAATGCTAAACTTAC
455022 CCAAATTGTTACATT
66 CCAAATTGTTACATT
455037 TAAAGATGGA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 68 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (98 bp):
TTAACATATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTAAACAACATTGTAATGCTAAACTTAC
CCAAATTGTTACATTGAATAACATTGTAATGCA
Found at i:455042 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 454937--456354 Score: 869
Period size: 56 Copynumber: 25.3 Consensus size: 56
454927 ATTTGTTACA
* * * *
454937 TTGAATAACATTGTAATGCATTAACATATCCGAGTTTTTACATTCAAAGATGGAAGT
1 TTGAATAACATTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * *
454994 TTGAACAACATTGTAATGTTTAACTTACCCAAATTGTTACATTTAAAGATGGAAGT
1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * * * *
455050 TTGAATAGCGTTGCAAAGTTGAAATTATTCAAGTTGTTACATTCAAA-ATTGATGT
1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * * *
455105 TGGAATAGCATTCTAATGTCTTAATTTATCTAATTTGTTACATTCAATGATCGATA-T
1 TTGAATAACATTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGA-AGT
* * *
455162 TTGAATAACATTGTAACT-TATTAACTTATCCAACTTTTTATATTCAATA-ATGGAAGT
1 TTGAATAACATTGTAA-TGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAA-AGATGGAAGT
* * * *** *
455219 TTGAATAGCGTTGTAATGTTTAAACATATCCAAGTT-TTCACATTCAAAGATTTTAGA
1 TTGAATAACATTGTAATGTTT-AACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGT
** * * * * * * *
455276 TTGTTTAATGA-TGTAATGTTTAACTATTTTCATGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGT
1 TTGAATAA-CATTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * ** * * * * *
455333 TTGAATATCGTTACAATGCTTAATTTATCCAAGTTGTTACATTGAAATATGCAAGT
1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* ** * * * *
455389 TTGAATTACATTGTAATGTTTAGTTTATCAAAGTTGTTACACTCAAAGATTGAAGA
1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * *
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*** * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * *
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1 TTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * * * * * **
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* * * * *
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*
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* * ** *** *
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* * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * *
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1 TTGA-ATAACATTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
* * * *** * *
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** * * * *
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* * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * * *
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*
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455566 TGCAATGTTC
* * * *
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** * *
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* * *
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*
455766 TCAAATATGAAAGTTT-GAATAACGTTGTATG-ATTT
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** **
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* * * * * * *
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* * * * *
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CATTAAAAAGAGAAGTTTAAATAGAGTTATAATGTCTTAACTTATCCAAGTTATTACATTCAAAG
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* * *
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*
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* *
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GTTTAACTTATCCAAGTTGTTATAATTCAAAATTGAAGTTTAAATAACATTGCAAT
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456556 AAGTTATTAC
* * * *
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* * * * *
456622 AGATGAAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-GTTGAAATTATCCAATTTGTTATATTCAGA
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* * * * * *
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** * * * ** **
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
456848 AGATGGAAGACTAAATAACGTTGTAATGTTTATCTTGTCCAAGTTATTGCACTGAA
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* * ** * * *
456904 ATATGAAAGAATGAATAACGTTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTGTTAAATTCAA
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* * *** *
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* * * * * * **
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AGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAA
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*
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*
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Statistics
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TTTACAGAATACTGATAAAT
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460589 AATAAGTGTC
* * * * * ***
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** * * * *
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* * * * ** *
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1 TA-ATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTG
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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1 TAATGTCTTAAC
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 TTTAACATATCCAAGTTTTTA-CATGCAAATATGGAAGTTTAAATAGCATTATAGAA
** * *
461464 TTTAAGTTATCCAAGTTTTTACATGCAAATATGTAAGTTTGAATA
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461509 ATGTTGTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * **
461464 TTTAAGTTATCCAAGTTTTTACATGCA-AA-TATGTAAGTTTGAATAATGTTGTAATA
1 TTTAACTTATCCAAGTTTTTACAT-CATAAGT-TGAAAGTTTCAATAACATTGTAATA
* * * *
461520 TTTAGCTTAT-CAAATTTATTACATTATAAGTTGAAAGTTTCAATAACATTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTT-TTACATCATAAGTTGAAAGTTTCAATAACATTGTAATA
*
461576 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACA
1 TTTAACTTATCCAAGTTTTTACA
461599 ATAAAAAAAT
Statistics
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TTTAACTTATCCAAGTTTTTACATCATAAGTTGAAAGTTTCAATAACATTGTAATA
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461859 TTTAATAGCG
* * * * * * * *
461869 TTGTAATGTATTAACATATCCAACTTATTACACTCATAGATGGAAAATTGAATATAT
1 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAAAGG-AAGTTGAATATAT
* * ***
461926 TTGTAATGT-TTAACTTATCTAAGTTGTTACATT-AAAAAGAGGAGGCTTGAATAGCG
1 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAA-AGGAAG-TTGAATATAT
* *
461982 ATGTAGA-GT-TTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAAATGGAAGTTGGAATAGTGA-
1 TTGTA-ATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAAA-GGAAGTT-GAATA-T-AT
* * ** ** * *
462040 -TGTATTGTCTTAACTTATCTTAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATA-ACT
1 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAAAGGAAG-TTGAATATA-T
* *
462096 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTTTTATATTCAAA
1 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
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Matches: 160, Mismatches: 34, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (56 bp):
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*
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* * ** * * * **
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* * *
462104 TATTAACTTATCCAAGTTTTTATATTCAAA
64 TATTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
462134 GTTTGAATAG
Statistics
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Found at i:462092 original size:57 final size:56
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* * *
461927 TGTAATGTTTAACTTATCTAAGTTGTTACATT-AAAAAGAGGAGGCTTGAATAGCGA
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* * * *
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* * ** * * **
462040 TGTATTGTCTTAACTTATCTTAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAACTT
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* * *
462097 TGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTTTTATATTCAAA
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462134 GTTTGAATAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 26, Indels: 9
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462527 GTCTGAAATA
* * * * *
462537 TTTAACTTATCCAAGTTGTGACATTCAAAGATAGAAGTTTGATTAACGTTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAACGTTATAATG
* * **
462593 TTTAACTTATCCAAGTTGTCACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTATAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAACGTTATAATG
* * * * * *
462649 -TCAGCCTATCCAAGTTATTACATTC-AAAATGGAAGTTTGAATATCTTTATAGA-G
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAACGTTATA-ATG
* * * * *
462703 TTTAACTTATCCAAATTGTTTCATTCAAATATTGATGTTTGAATAACGTTA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAACGTTA
462754 CAAAGTCTTA
Statistics
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TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAACGTTATAATG
Found at i:463429 original size:46 final size:46
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463367 ATATTCATTT
* * *
463377 ATGCATTTAAATTATGGCATCCTTTAATGCCTTAATGCATCTTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
* * *
463423 ATGCATTTTAGTTTATGGAACCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTA-ATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
*
463470 ATGCATTTTAATTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
* * *
463516 ATG-A-CTT-A--AT-GCATCCTTTCATGACTTAATGCATCATTTC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
*
463556 ATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
** *
463602 ATGCATTTTAATTATGAAATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
463648 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
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1 ATGCATTTTAATTATGG
463711 ATTCGGTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (46 bp):
ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
Found at i:463469 original size:20 final size:20
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463434 TTTATGGAAC
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1 CCTTTCATGCCTTAATGCAT
*
463464 CCTTTCATGCATTTTAATTATGACAT
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*
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*
463530 CCTTTCATGACTTAATGCAT
1 CCTTTCATGCCTTAATGCAT
* *
463550 CATTTCATGCATTTTAATTATGGCAT
1 CCTTTCATGC--CTT-A--AT-GCAT
*
463576 CATTTCATGCCTTAATGCAT
1 CCTTTCATGCCTTAATGCAT
* *
463596 CCTTTCATGCATTTTAATTATGAAAT
1 CCTTTCATGC--CTT-A--ATG-CAT
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1 CCTTTCATGCCTTAATGCAT
* *
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463698 ATTTTAATTA
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
CCTTTCATGCCTTAATGCAT
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Indices: 463371--463696 Score: 555
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
463361 ATTAACATAT
* * *
463371 TCATTTATGCATTTAAATTATGGCATCCTTTAATGCCTTAATGCATCTTTTCATGCATTTTAGTT
1 TCATTTATGCATTTAAATTATGGCATCATTTAATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGAT
* *
463436 TATGGAACCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAATTATGACATCCTTTCATGCC
66 TATGAAACCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAATTATGACATCCTTTCATGCC
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131 TTAATGCATCCTTTCATGACTTAATGCATCCTTTCATGACTTAATGCA
* *
463549 TCATTTCATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTA-A
1 TCATTT-ATGCATTTAAATTATGGCATCATTTAATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGA
* *
463613 TTATGAAATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGC
65 TTATGAAACCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAATTATGACATCCTTTCATGC
463678 CTTAATGCATCCTTTCATG
130 CTTAATGCATCCTTTCATG
463697 CATTTTAATT
Statistics
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TCATTTATGCATTTAAATTATGGCATCATTTAATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGAT
TATGAAACCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAATTATGACATCCTTTCATGCC
TTAATGCATCCTTTCATGACTTAATGCATCCTTTCATGACTTAATGCA
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Alignment explanation
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Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 20
464161 CGATGTTGTT
*
464171 TGGTATCGATACCCTTACCA
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* *
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*
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1 TGGTATCGATACCC
464227 CCTTCCAGTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
TGGTATCGATACCCATACCA
Found at i:464259 original size:95 final size:95
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Indices: 464096--464301 Score: 342
Period size: 95 Copynumber: 2.2 Consensus size: 95
464086 GTATTGATCC
* * *
464096 TGGTACCGATACTTCTATACTATGGTACCGATACCCCCTTCAGCTATCGAAACCAATTTTAGATT
1 TGGTATCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTCAGCTATCGAAACCAATTTTAGATT
*
464161 CGATGTTGTTTGGTATCGATACCCTTACCA
66 CGATGTTGTATGGTATCGATACCCTTACCA
* *
464191 TGGTATTGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTCCAG-TATCGATACCAATTTTAGAT
1 TGGTATCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTT-CAGCTATCGAAACCAATTTTAGAT
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1 TGGTATCGATACTACC
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Statistics
Matches: 103, Mismatches: 7, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (95 bp):
TGGTATCGATACTACCATACTATGGTACCGATACCCCCTTCAGCTATCGAAACCAATTTTAGATT
CGATGTTGTATGGTATCGATACCCTTACCA
Found at i:472128 original size:13 final size:13
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Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 13
472096 ACTAAACACC
472106 TTTC-ACATACCT
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472118 TTTCAACATACCT
1 TTTCAACATACCT
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1 TTTCA
472136 TCTTTGGCCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (13 bp):
TTTCAACATACCT
Found at i:477551 original size:26 final size:24
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Indices: 477522--477806 Score: 187
Period size: 26 Copynumber: 12.1 Consensus size: 24
477512 TCATTCCTTA
477522 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTT
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTA--TT
*
477548 ATGCCATCATTTCATGCATTTTAATT
1 ATG-CATCCTTTCATGCATTTT-ATT
*
477574 ATGGCATCCTTTCATGC--CTTA--
1 AT-GCATCCTTTCATGCATTTTATT
*
477595 ATGCATTCTTTCATGCATTTTAATT
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTT-ATT
* * *
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1 AT-GCATCCTTTCATGCATTTTATT
* *
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1 ATGCATCCTTTCATGCATTTT-ATT
*
477666 ATGGCATCCTTTCATGC--CTTA--
1 AT-GCATCCTTTCATGCATTTTATT
* *
477687 ATGCATCCTTTCATTC--CTTA--
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTATT
477707 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAATT
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTT-ATT
*
477732 ATGGCATCCTTTTATGCATTTTAATT
1 AT-GCATCCTTTCATGCATTTT-ATT
*
477758 ATGGCATCCTTTCATGC--CTTA--
1 AT-GCATCCTTTCATGCATTTTATT
477779 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAATT
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477807 GATTCAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (24 bp):
ATGCATCCTTTCATGCATTTTATT
Found at i:477555 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 477488--477806 Score: 179
Period size: 26 Copynumber: 13.6 Consensus size: 26
477478 ACGTCCATTT
*
477488 ATGCATTTAAATTATGCCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* *
477514 ATTC--CTT-A--ATG-CATCCTTTC
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* *
477534 ATGCATTTTAGTTTATGCCATCATTTC
1 ATGCATTTTA-ATTATGCCATCCTTTC
*
477561 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* *
477587 ATGC--CTT-A--ATG-CATTCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* * *
477607 ATGCATTTTAATTTTGGCATCATTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* * *
477633 ATGC--CTT-A--ATG-CATTCTTTT
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
*
477653 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
*
477679 ATGC--CTT-A--ATG-CATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* *
477699 ATTC--CTT-A--ATG-CATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
* *
477719 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTT
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
*
477745 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTC
1 ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
*
477771 ATGC--CTT-A--ATG-CATCCTTTC
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1 ATGCATTTTAATTATG
477807 GATTCAATTT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 32, Indels: 61
0.71 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (26 bp):
ATGCATTTTAATTATGCCATCCTTTC
Found at i:477605 original size:20 final size:20
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Indices: 477577--477794 Score: 130
Period size: 20 Copynumber: 9.7 Consensus size: 20
477567 TTTAATTATG
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1 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* *
477597 GCATTCTTTCATGCATTTTAATTTT
1 GCATCCTTTCATGC--CTTAA---T
*
477622 GGCATCATTTCATGCCTTAAT
1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* * *
477643 GCATTCTTTTATGCATTTTAATTAT
1 GCATCCTTTCATGC--CTT-A--AT
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1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
*
477689 GCATCCTTTCATTCCTTAAT
1 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
*
477709 GCATCCTTTCATGCATTTTAATTAT
1 GCATCCTTTCATGC--CTT-A--AT
* *
477734 GGCATCCTTTTATGCATTTTAATTAT
1 -GCATCCTTTCATGC--CTT-A--AT
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1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
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477795 ATTTTAATTA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 18, Indels: 36
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 70 0.43
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23 4 0.02
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ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAAT
Found at i:477608 original size:46 final size:46
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Indices: 477552--477807 Score: 326
Period size: 46 Copynumber: 5.6 Consensus size: 46
477542 TAGTTTATGC
*
477552 CATCATTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
* * *
477598 CATTCTTTCATGCATTTTAATTTTGGCATCATTTCATGCCTTAATG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
* *
477644 CATTCTTTTATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
* * *
477690 CATCCTTTCATTC--CTT-A--AT-GCATCCTTTCATGCATTTTAATTATGG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGC--CTT-A--AT-G
*
477736 CATCCTTTTATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
477782 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGG
1 CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGG
477808 ATTCAATTTA
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 17, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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CATCCTTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
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Indices: 477488--477794 Score: 271
Period size: 112 Copynumber: 2.7 Consensus size: 110
477478 ACGTCCATTT
* * * * * * *
477488 ATGCATTTAAATTATGCCATCCTTTCATTCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGCC
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCA-CTTA--ATATGGC
* * *
477553 ATCATTTCATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCTTTC
63 ATCCTTTCATGC--CTT-A--AT-GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
* * * *
477607 ATGCATTTTAATTTTGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATTCTTTTATGCATTTTAATTATGGCA
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCA-CTTAA-TATGGCA
*
477672 TCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATTCCTTAATGCATCCTTTC
64 TCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
* * *
477719 ATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTTATGCATTTTAATTATGGCATCCTTTCATGC-CTT-A-AT
1 ATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGC--CTT-A--AT-GCATCCTTTCATGCACTTAATAT
477781 -GCATCCTTTCATGC
60 GGCATCCTTTCATGC
477795 ATTTTAATTA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 20, Indels: 21
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
112 69 0.43
113 4 0.02
114 2 0.01
115 3 0.02
116 4 0.02
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ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (110 bp):
ATGCATTTTAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCACTTAATATGGCATC
CTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTC
Found at i:478356 original size:94 final size:95
Alignment explanation
Indices: 478194--478415 Score: 349
Period size: 94 Copynumber: 2.3 Consensus size: 95
478184 AAACTCAGTA
* * * * *
478194 GTATCGATACAAC-TACCCTGGTACCGATACTTCTATACTATGGTACCGATACCCCCTTCCGGTA
1 GTATCGATAC-CCTTACCATGGTATCGATACTACTATAATATGGTACCGATACCCCCTTCCGGTA
* *
478258 TCGATACCAATTTTAGATTTGATGTTGCCTG
65 TCGATACCAATTTTAGATTCGATGTTGCATG
478289 GTATCGATACCCTTACCATGGTATCGATACTACTATAATAT-GTACCGATACCCCCTTCCGGTAT
1 GTATCGATACCCTTACCATGGTATCGATACTACTATAATATGGTACCGATACCCCCTTCCGGTAT
478353 CGATACCAATTTTAGATTCGATGTTGCATG
66 CGATACCAATTTTAGATTCGATGTTGCATG
*
478383 GTATCAATACCCTTACCATGGTATCGATACTAC
1 GTATCGATACCCTTACCATGGTATCGATACTAC
478416 CTTGTCGGTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 8, Indels: 3
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 84 0.71
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ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (95 bp):
GTATCGATACCCTTACCATGGTATCGATACTACTATAATATGGTACCGATACCCCCTTCCGGTAT
CGATACCAATTTTAGATTCGATGTTGCATG
Found at i:479494 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 479233--479616 Score: 150
Period size: 56 Copynumber: 6.9 Consensus size: 56
479223 ACATAAAGTG
* * * * * ** *
479233 TTCAACTTATACAAATTGTTACATTCAAAGAT-GAAGTTTAAATAGAGTTGTAAAA
1 TTCAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGTCATAGAA
* * ** * * * * * * * * *
479288 TTTAACATATTAAAGTTTTTATACTGAAAGATGGAAGTTTAAATAGCATTATAGAG
1 TTCAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGTCATAGAA
* ** * * ** * **
479344 TTTAGGTTATCCAAGTTGTTACATGCAAATATGGAAGTTTGAATAATGTTATATTA
1 TTCAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGTCATAGAA
* * * * ** *
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1 TTCAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGTCATAGAA
* * * * * **
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* * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* *
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CAAAACACTTTATCGTATGAAATAAA
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* *
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* *
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** ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * **
481222 GTTCAACTTATCCATTTTGTTACATT
1 TTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
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Statistics
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* * *
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* * *
481306 AATAGCTTTGTAATG-ATTAACATACCCAAGTTGTTAAATTTAAAGATGGAAGTTT
1 AATAGCTTTGTAATGTATTAACAGACCCAAGTTATTAAATTCAAAGATGGAAGTTT
481361 GAATTGCATT
Statistics
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AATAGCTTTGTAATGTATTAACAGACCCAAGTTATTAAATTCAAAGATGGAAGTTTT
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481236 TTTTGTTACA
** * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * ** * * * * * *
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*
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1 TTGAATAGCATTGT
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481109 ATTTTAATTT
* * * ** * *
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* * * * **
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* * *
481273 ATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTTAATAGCTTTGTAATGATTAACATACCCAAGTT
1 ATCCAAGTTATTACATTCAAAGATGGAAGTTTTAATAACGTTGTAATGATTAACATACCCAAGTC
* * * *
481338 GTTAAATTTAAAGATGGAAGTTTGAATTGCATTG-AAGAGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATT
66 GTTAAATTTAAAAATGGAAGTTTAAATAGCATTGTAA-AGTTCAAATTATCCAAGTTGTTACATT
481402 AAAAAATAGA
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Matches: 108, Mismatches: 20, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAGTTTTGTAATGTATTAACAG
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490932 TTGTAATGTA
* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
491168 TTATTTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGATTGAATAACGTTGTAATGT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACATTGTAA-AT
* * * ** *
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* * * * * * ***
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1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACATTGTAAA-T
* * * * *
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1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACATTGTAAA-T
* * * * * * * *
491390 TTAACTTATTCAAGTTGTTACATACAAA-AAGTTAA-TATAAATAAGCATCGTAATGT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATG-AAAGTTTGAATAA-CATTGTAA-AT
* * * * * * * *
491446 CTTAAATTATCCACGTTGTTACATTTAAATATGGATGTTTGTATAGCATTGT-AAT
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* * * * ** **
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* * * * * * *
491560 TTAACATATCCAACTTGTTATATTCAAATATGAGAGTCTGAATAACATTGTAATGT
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* * *
491616 TTAACTTATCCAAGTT-TTCAAATTCAAAAAT-AGAAG-TT--A-AACAGTGCTATAATGTT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGA-AAGTTTGAATAACATTG-TA-AA---T
* *** *
491672 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAACATTG-AAGTTTGAAT-GGTTTTTATAGAGT
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491729 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT
491760 TGATGTTAGA
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 132, Indels: 80
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Matches are distributed among these distances:
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53 3 0.01
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490932 TTGTAATGTA
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490942 TTAAGTTATCCAAGTTGTTATATTTAAAAAATGG-AGATTTGAATAGCATTGTAATGTCTAAACA
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACA-TTCAAAGATGGAAG-TTTGAATAACGTTGTAATGT-TTAACT
* * * *
491006 TATCCAAATT-TTCACATTCAAAGATGGTAGTTTGAATAACGTTGT-AAT
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* * * * * * * **
491054 GTTGAACTATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGTTTGAATAGCGTTATAA-ACTTAACT
1 -TT-AACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACT
* * * *
491118 TATTCAAGTCGTTACATTTAAAGATGCAAGTTTGAATAACATTGTAACAT
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** *
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1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTAT
* * ** *
491233 CCAAGTTGTTATACTCAAAGT-TGAAAGTTTGAATAGTATTGTAGAGT
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1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTAT
* * * *
491344 CCAAGTTGTTATATTCAAATATGAACTTTAAATAACATTTTAAATT
66 CCAAGTTGTTACATTCAAATATGAAGTTTGAATAACATTGTAAA-T
* * * * * * * * *
491390 TTAACTTATTCAAGTTGTTACATACAAA-AAGTTAA-TATAAATAAGCATCGTAATGTCTTAAAT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATG-GAAGTTTGAATAA-CGTTGTAATGT-TTAACT
* * * * *
491453 TATCCACGTTGTTACATTTAAATATGGATGTTTGTATAGCATTGT-AAT
63 TATCCAAGTTGTTACATTCAAATAT-GAAGTTTGAATAACATTGTAAAT
* * * * ** *
491501 GCCTTAACTTGTCCAAGTTTTTACATTCAAAGATGGACGTTTGAATAATGTTGTAGGGTTTAACA
1 ---TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACT
* * * *
491566 TATCCAACTTGTTATATTCAAATATGAGAGTCTGAATAACATTGTAATGT
63 TATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGA-AGTTTGAATAACATTGTAA-AT
* * * * * ** * *
491616 TTAACTTATCCAAGTT-TTCAAATTCAAAAATAGAAG-TTAAACAGTGCTATAATGTTTTAACTT
1 TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATG-TTTAACTT
* *** *
491679 ATCCAAGTTGTTACATTCAAACATTGAAGTTTGAAT-GGTTTTTATAGAGT
64 ATCCAAGTTGTTACATTCAAATA-TGAAGTTTGAATAACATTGTA-A-A-T
* * * * *
491729 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATTGATGTTAGAATAGCGTTGCAATGTCTTAA
1 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGT-TTAA
491790 AAATACTTTG
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 145, Indels: 65
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
109 1 0.00
110 44 0.08
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114 76 0.14
115 25 0.04
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Consensus pattern (110 bp):
TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTAT
CCAAGTTGTTACATTCAAATATGAAGTTTGAATAACATTGTAAAT
Found at i:491500 original size:57 final size:57
Alignment explanation
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Period size: 57 Copynumber: 1.9 Consensus size: 57
491423 AATATAAATA
* * * * *
491433 AGCATCGTAATGTCTTAAATTATCCACGTTGTTACATTTAAATATGGATGTTTGTAT
1 AGCATCGTAATGCCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGACGTTTGTAT
* * * *
491490 AGCATTGTAATGCCTTAACTTGTCCAAGTTTTTACATTCAAAGATGGACGTTTG
1 AGCATCGTAATGCCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGACGTTTG
491544 AATAATGTTG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (57 bp):
AGCATCGTAATGCCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGACGTTTGTAT
Found at i:491735 original size:225 final size:223
Alignment explanation
Indices: 491218--491759 Score: 517
Period size: 225 Copynumber: 2.4 Consensus size: 223
491208 AATAACGTTG
* * * * * *
491218 TAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTATACTCAAAGTTGAAAGTTTGAATAGTATTGTAGAGTTT
1 TAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAATTG-AAGTTTGAATGGTTTTATAGAGTTT
* * * * * * *
491282 AATTTATCCAAGTTGTCATATTTAAAG-TGAAAGTTTTAAGAGTGTTGTAAAGTTTAACTTATCC
65 AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAATGTTGTAAAGTTTAACATATCC
* * * * *
491346 AAGTTGTTATATTCAAATATGAACTTTAAATAACATTTTAAATTTTAACTTATTCAAGTTGTTAC
130 AACTTGTTATATTCAAATATGAACTCTAAATAACATTGTAAATTTTAACTTATCCAAGTTGTTAA
* * *
491411 ATACAAAAAGTTAATATAAATAAGCATCG
195 ATACAAAAAGTGAATATAAACAAGCATCA
* * * * * * * * ** * *
491440 TAATGTCTTAAATTATCCACGTTGTTACATTTAAATATGGATGTTTGTATAGCATTGTA-ATGCC
1 TAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA-ATTGAAGTTTGAATGGTTTTATAGA-G-T
* * * * * **
491504 TTAACTTGTCCAAGTTTTTACATTCAAAGATGGACGTTTGAATAATGTTGTAGGGTTTAACATAT
63 TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAATGTTGTAAAGTTTAACATAT
* *
491569 CCAACTTGTTATATTCAAATATGAGAGTCTGAATAACATTGT-AATGTTTAACTTATCCAAGTT-
128 CCAACTTGTTATATTCAAATATGA-ACTCTAAATAACATTGTAAAT-TTTAACTTATCCAAGTTG
* *
491632 TTCAAATTCAAAAA-TAGAAGT-TAAACAGTGC-T-A
191 TT-AAATACAAAAAGT-GAA-TATAAACA-AGCATCA
491665 TAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAACATTGAAGTTTGAATGGTTTTTATAGAGTT
1 TAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA-ATTGAAGTTTGAATGG-TTTTATAGAGTT
491730 TAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT
64 TAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT
491760 TGATGTTAGA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 53, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
222 6 0.02
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227 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (223 bp):
TAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAATTGAAGTTTGAATGGTTTTATAGAGTTTA
ACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAATGTTGTAAAGTTTAACATATCCA
ACTTGTTATATTCAAATATGAACTCTAAATAACATTGTAAATTTTAACTTATCCAAGTTGTTAAA
TACAAAAAGTGAATATAAACAAGCATCA
Found at i:491923 original size:93 final size:91
Alignment explanation
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Period size: 93 Copynumber: 2.4 Consensus size: 91
491718 TTTTATAGAG
* * * * * *
491728 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATTGATGTTAGAATAGCGTTGCAATGTCTTAAAAA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAGAAGTTTGAAAAGCATTGCAATGTCTAAAAAA
* ** * *
491793 TACTTTGATTTTTGCAAACTAAAGAA
66 CACTTTGACGTTTACAAACTAAACAA
* * * * *
491819 TTTAATTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTTAAAAGCATTGTAATTTCTGAACAA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAGAAGTTTGAAAAGCATTGCAATGTCT-AA-AA
*
491884 AACACTTTGACGTTTACGAACTAAACAA
64 AACACTTTGACGTTTACAAACTAAACAA
*
491912 TTTAGCTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAGAAGTTT
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAGAAGTTT
491952 AAATTATTAC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 19, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
91 50 0.45
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TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATAGAAGTTTGAAAAGCATTGCAATGTCTAAAAAA
CACTTTGACGTTTACAAACTAAACAA
Found at i:492211 original size:61 final size:58
Alignment explanation
Indices: 491966--493510 Score: 582
Period size: 56 Copynumber: 27.4 Consensus size: 58
491956 TATTACAGGA
* * * * * ** *
491966 TTTAACTTTTTCAAGTTGTTATATT--GAATAATGGAAGTTAAAATAGCGTTATAGA-G
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-ATG
* * * * * ** *
492022 TTTAAGTTATCCAAGTTGTTATA-TGAAAA-CATGGAAGTTTTAATAATGTTGTAAAG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * ** * *
492078 TTTAACTTATCCAAATTATTACATT-CTAAT-ATGGTAGTTTGAATAACGTTGTAAT-
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
*
492133 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATCGAATGGAAGTTTGAATAGCATTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT-AAAAAT-G-ATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* *
492194 TTTAACTTACCCAAGTTGTTACATT-CAAA-GATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-G
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-ATG
* * * * * *
492250 TTGAATTTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAAT--T-GATGTTGGAATAGTGTTCTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACA-TTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * * ** **
492306 TCATAACTTATCTAATTTGTTACATT--CAATGATGGATGTTTGAATAACACTGTAACA
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * *** *
492363 TATTAACTTATCCAAGTTTTTATATT--CAATAATGGAAGTTTGAATATTATTGAAATG
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * * * *
492420 TCTAAACATATCCAAGATT-TCACATT-CAAA-GATGGTAGATTGTATAACGTTGTAATG
1 T-TTAACTTATCCAAG-TTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
** * * * * * * * * *
492477 TTTAAC-TATTTTAATGTTATTACATT--GAAGGATTGCATTTTGAATAGTGTTATAGTG
1 TTTAACTTA-TCCAA-GTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * *
492534 CTTAATTTATCCAAGTTGTTACACT-GAAA-CATGGAAGTTTGAATTA-CATTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAA-TAGCGTTGTAATG
** * * * ** * **
492590 TTTAGTTTAT--AAGTTGTTACACT-CAAA-GATTGAAGAATAAATA-TATAT-TCAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGT-TGT-AATG
* * * *
492644 TTTAACATATCCAAGTTGTTACATT-CAAA-GATGGAAGTTTGAATA-TGTTGTGGA-G
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGT-AATG
* * * * * * * *
492699 TTTAATTTATCCAAGTTGTCATATT-CAAA-GTTGAAAGTTTGAAGAGCGTTGCAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * * * * * *
492755 TTCAACTTAT-CAAGTTGTTATATT--CAACGATAGAAGTTTAAATAACATTTTAAAG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * * *
492810 TTTATCTTATCCAAATTGTTACA-TACAAAA--ATTGAA-TATAAATTAGC-ATATAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTA-AAAATGATGGAAGTTTGAA-TAGCGTTGTAATG
* * * * *
492865 TATTAAATTATCAAAGTTGTTAGATT-CAAAT-ATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTAATG
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * *
492922 TCTTAACTTATCCAAGTTATTACATT-TAAA-GACGAAAGTTTTAATAACGTTGTAATG
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * *
492979 TTTAA-TGTATCCAATTTGTTACATT-AAAAT-AT-GAGAGTCTGAATAACATTGTAATG
1 TTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGA-AGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* ** ** * * *
493035 TTTAAATTATTTAAGTTGAGACATT-CAAA-GATGGAAGTTTAAAATAACGTTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTT-GAATAGCGTTGTAATG
* * * * * *
493092 TTTAACTTATCTAAGTTGTCACATTCAAAAATG--GG-TGTTTAAATAGCCTTATAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT-AAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * ** * * * *
493148 TCTTAACTTATCCTATTTCTTACATT--CAGCGATGGAAGTTTAAATAGCATTCTAGA-A
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-ATG
* * * * * *
493205 TTTAACTTATTCAAGTTTTTATATTGAAAA--ATGGATGTTT-ATATAGCGTTATAGA-G
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGA-ATAGCGTTGTA-ATG
* * * ** ** *
493261 TTGAAGTTATCCAAGTTGCTACA-TGCAAATG-TGGAAGTTTGAATAATGTT-TCATTG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGT-AATG
* * * ** * *
493317 TTTAACTTATCCAATTTTTTGCATT-CTAA-GATGGAAGTTTGAATAACATTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * * *
493373 TTTAACTTATCCAGGTTTTTTACATGAAAAA--AT-GAAGTTTAAATAGAGTTTTAATG
1 TTTAACTTATCCAAG-TTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
* * * * *
493429 TCTCAATTTATTCAAGTTGTTATATT-AAAA-GATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-A
1 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-ATG
* *
493486 TTTAAGTTATCCAAGTTTTTACATT
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
493511 CATGGAAGTT
Statistics
Matches: 1125, Mismatches: 284, Indels: 160
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
53 5 0.00
54 44 0.04
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57 335 0.30
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59 6 0.01
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Consensus pattern (58 bp):
TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAATGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATG
Found at i:493193 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 492052--493512 Score: 418
Period size: 113 Copynumber: 13.0 Consensus size: 112
492042 ATATGAAAAC
* * * * * * *
492052 ATGGAAGTTTTAATAATGTTGTAAAGTTTAACTTATCCAAA-TTATTACATTCTAATATGGTAGT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAA-TTAT-CAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGT
* * * * *
492116 TTGAATAACGTTGTAAT-T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATCG
64 TTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATT--CAAA--G
* * * * * * *
492167 AATGGAAGTTTGAATAGCATTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
1 -ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGT
* * * * * * *
492232 TTGAATAGCGTTGTAGA-GT-TGAATTTATCCAAGTTGTTACATTTAAAA
64 TTGAATAGCATTGTA-ATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* * ** ** * * * * **
492280 ATTGATGTTGGAATAGTGTTCTAATGTCATAACTTATCTAATTTGTTACATTCAATGAT-GGATG
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGT-TTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGA-G
* * ** * * * *
492344 TTTGAATAACACTGTAACATATTAACTTATCCAAGTTTTTATATTCAATA-
63 TTTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAA-AG
* *** * * * * * * *
492394 ATGGAAGTTTGAATATTATTGAAATGTCTAAACATATCCAAGATT-TCACATTCAAAGATGGTAG
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGT-TTAA-TTATCAAAG-TTGTTACATTCAAAAATGGGAG
* * * * ** * *
492458 ATTGTATAACGTTGTAATGT-TTAAC-TATTTTAATGTTATTACATTGAAGG
63 TTTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCT-A-GTTATTACATTCAAAG
* * * * ** * * * * * * * *
492508 ATTGCATTTTGAATAGTGTTATAGTGCTTAATTTATCCAAGTTGTTACACTGAAACATGGAAGTT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGTT
** * * *
492573 TGAATTA-CATTGTAATGT-TTAGTTTAT--AAGTTGTTACACTCAAAG
65 TGAA-TAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* ** ** * * * * *
492618 ATTGAAGAATAAATATATATT-CAATGTTTAACATATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGT
1 ATGGAAGTTTAAATA-ACGTTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGT
* * * * * *
492682 TTGAATATG--TTGTGGA-GT-TTAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAG
64 TTGAATA-GCATTGT-AATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* * * * * * * * ** * *
492729 TTGAAAGTTTGAAGAGCGTTGCAATGTTCAACTTATC-AAGTTGTTATATTCAACGATAGAAGTT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGTT
* * * * * * * * * *
492793 TAAATAACATTTTAAAGT-TTATCTTATCCAAATTGTTACATACAAAA
65 TGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* * * * * * * *
492840 ATTGAA-TATAAATTA-GCATATAATGTATTAAATTATCAAAGTTGTTAGATTCAAATATGGAAG
1 ATGGAAGTTTAAATAACG-TTGTAATGT-TT-AATTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAG
* *
492903 TTTGAATAG-AGTTGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTATTACATTTAAAG
63 TTTGAATAGCA-TTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* * * * * *
492953 ACGAAAGTTTTAATAACGTTGTAATGTTTAATGTATCCAATTTGTTACATT-AAAATATGAGAGT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAAT-TATCAAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGGAGT
* * * * *
493017 CTGAATAACATTGTAATGT-TTAAATTAT-TTAAGTTGA-GACATTCAAAG
64 TTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCT-AGTT-ATTACATTCAAAG
* * *
493065 ATGGAAGTTTAAAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCTAAGTTGTCACATTCAAAAATGGGTGT
1 ATGGAAGTTT-AAATAACGTTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGT
* * * * * **
493130 TTAAATAGCCTTATAATGTCTTAACTTATCCTATTTCTTACATTCAGCG
64 TTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
* * * * * * *
493179 ATGGAAGTTTAAATAGCATTCTAGA-ATTTAACTTATTC-AAGTTTTTATATTGAAAAAT-GGAT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTA-ATGTTTAA-TTA-TCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGA-
* * * * * ** *
493241 GTTT-ATATAGCGTTATAGA-GT-TGAAGTTATCCAAGTTGCTACATGCAAATG
62 GTTTGA-ATAGCATTGTA-ATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAA-G
* * * * * * * * * *
493292 -TGGAAGTTTGAATAATGTT-TCATTGTTTAACTTATCCAATTTTTTGCATTCTAAGATGGAAGT
1 ATGGAAGTTTAAATAACGTTGT-AATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGT
* * ** *
493355 TTGAATAACATTGTAATGT-TTAACTTATCC-AGGTTTTTTACATGAAAAA
64 TTGAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTA-G-TTATTACATTCAAAG
* * * *
493404 AT-GAAGTTTAAATAGA-GTTTTAATGTCTCAATTTATTC-AAGTTGTTATATT-AAAAGATGGA
1 ATGGAAGTTTAAATA-ACGTTGTAATGT-TTAA-TTA-TCAAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGG
* * * * *
493465 AGTTTGAATAGCGTTGTAGA-AT-TTAAGTTATCCAAGTTTTTACATTCA
61 AGTTTGAATAGCATTGTA-ATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCA
493513 TGGAAGTTTG
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 262, Indels: 138
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
109 17 0.02
110 105 0.10
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112 216 0.21
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114 169 0.17
115 13 0.01
116 63 0.06
117 24 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (112 bp):
ATGGAAGTTTAAATAACGTTGTAATGTTTAATTATCAAAGTTGTTACATTCAAAAATGGGAGTTT
GAATAGCATTGTAATGTCTTAACTTATCCTAGTTATTACATTCAAAG
Found at i:493669 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 493575--493711 Score: 166
Period size: 56 Copynumber: 2.4 Consensus size: 56
493565 AAATAAAGAG
* * * * *
493575 TTTAACTTATACAATTTGTTACATTCAAAGATGTAAGTTTTAATAATGTTGTAATA
1 TTTAACTTATACAATTTGTTACATTCAAAAATGAAAGTTTAAATAACGTTGCAATA
* * * * *
493631 TTTAACTTATGCTAGTTGTTACATTCAAAAATGAAAGTTTAAATAGCGTTGCAATG
1 TTTAACTTATACAATTTGTTACATTCAAAAATGAAAGTTTAAATAACGTTGCAATA
* *
493687 TTCAACTTATCCAATTTGTTACATT
1 TTTAACTTATACAATTTGTTACATT
493712 GAATAGCGTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 14, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 67 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (56 bp):
TTTAACTTATACAATTTGTTACATTCAAAAATGAAAGTTTAAATAACGTTGCAATA
Found at i:493820 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 493753--494794 Score: 475
Period size: 56 Copynumber: 18.6 Consensus size: 56
493743 GCTATTAAAA
* * * *
493753 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTACCCAAGTTATTATATTCAAAT
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* ** * * * *
493809 ATGGAAGTTTGAATAACGCTGTAGA-GTTGAAATTATCCAAGTTGTTGCATTCAAAAA
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC-AAAG
* * * * * * *
493866 ATGGAAATTGGAATAGCGTTT-TAATGTCTTAAGTTGTCAAAGTT-CTACATTCAATG
1 ATGGAAGTTTGAATAGC-TTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * *
493922 ATGGATGTTTAAAT-GATGTTGTAATGTATAAACCTATCCAAGTTGTTATATTCAAA-
1 ATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * * * *
493978 AGTGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGTCTAAACATGTTC-A-TT-TCACATTAAAAA
1 A-TGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
** * * * * *
494033 ATGGTTGTTTGAAT-GATGTTGTAATGTTTAACTATTTTCAAGTTGTTATATTCAAGG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * * *
494090 AT-TATATTTTGAATAATGC--TATATTGCTTAACTTATCCAAGTTCTTACATTGAAAG
1 ATGGA-AGTTTGAAT-A-GCTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * ** * *
494146 ATGCAAGTTTCAATA-ATATTGT-ATATTCATTTTTATCCAACTTGTTATATTCAAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTAATGTTTA-ACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * * * * * *
494202 ATGGAAGATTGAATAACTTTGTAATGCTTATCTTGTCCATGTTATTGCACTCAAAT
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* ** ** *
494258 ATGAAAGAATGAA-AAATATTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * **
494314 AGGGAAGTTTGTATAG-TGTTGTAGA-GTTTAATTTATCCAAGTTGTTTTATGT-AAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCT-TTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACAT-TCAAAG
* * * * * * * * *
494370 ATGAAAGTTTTAAGAGC-GTGACAATGTTCAACTTATCCAAGTTGCTATATGCAAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTG-TAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * **
494426 ATGGAA-TTTAAATAACATTTG-AAAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTGTATAT-AAA-
1 ATGGAAGTTTGAATAGC-TTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACAT-TCAAAG
* * * * * * * * * *
494480 AAGTGAA-TATAAATAAGCATAGTAATGTCTTAAATTATCCTATTTGTTGCATTCAAAT
1 ATG-GAAGTTTGAAT-AGCTTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * *
494538 ATGGAAGTTTGAATAACATTG-AAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTAAAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAA-TGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * * *
494594 ACGAGAA-TCTGAATAGCATTGTAATGTTTAACATATCCAAGTTGTGACATTCAAAT
1 ATG-GAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * * *
494650 ATGAAAGTTTGAAAAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCATA-TTGTTACATTCAAAC
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTATCCA-AGTTGTTACATTCAAAG
* * ** * * *
494706 ATGGAAGTTTTAATATCCATATAGA-GTTTAACTTATCCAAGTTTTTACATTCGAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
* * * *
494762 ATTGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTAAC
1 ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGT-TTAAC
494795 AAAATACTTT
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 207, Indels: 107
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
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54 35 0.05
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.38
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ATGGAAGTTTGAATAGCTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG
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493832 GAGTTGAAAT
** * * **
493842 TATCCAAGTTGTTGCATTCAAAAAATGGAAATTGGAATAGCGTTTTAATGTCTTAAGTTGTCAAA
1 TATCCAAGTTGTTATATTC-AAAAATGGAAATTGGAATAGCGTTGTAATGTCTAAACATGTC-AA
* **
493907 GTTCTACATTCAATGATGGATGTTTAAATGATGTTGTAATGTATAAACC
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* * * *
493956 TATCCAAGTTGTTATATTCAAAAGTGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGTCTAAACATGTTC-AT
1 TATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAATTGGAATAGCGTTGTAATGTCTAAACATG-TCAAG
* * *
494020 TTC-ACATTAAAAAATGGTTGTTTGAATGATGTTGTAATGTTTAAC
65 TTCTACATTAAAAAATGGATGTTTAAATGATGTTGTAATGTTAAAC
*
494065 TATTTTCAAGTTGTTATATTCAA
1 TA--TCCAAGTTGTTATATTCAA
494088 GGATTATATT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
109 3 0.03
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TATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAATTGGAATAGCGTTGTAATGTCTAAACATGTCAAGT
TCTACATTAAAAAATGGATGTTTAAATGATGTTGTAATGTTAAAC
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494718 ATATCCATAT
* * *
494728 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTTTTACATTCGAAGATTGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTA
1 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTA
*
494793 ACAAAATACTTTGATGTTTAAAAACTAA
66 ACAAAATACTTTGATGTTTACAAACTAA
* * *
494821 AGAGTTTAA-ATATCCAAGTTGTTACATTCAAATATTGATGTTT-AATAGCGTTGCAATGTCTTA
1 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTA
* *
494884 ATAATATACTTTGATGTTTACAAACTAA
66 ACAAAATACTTTGATGTTTACAAACTAA
* * * * * * * *
494912 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACACTCAAATATGGA-ATTTGAATAGCATTGTAATTTATGA
1 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTA
* * *
494976 ACAAAACACTTTGACGTTTACAGACTAA
66 ACAAAATACTTTGATGTTTACAAACTAA
* * *
495004 AGAGTTTAACTTATCGAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTG
1 AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAGCGTTG
495059 TAGAATTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGAGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAGCGTTGCAATGTCTTA
ACAAAATACTTTGATGTTTACAAACTAA
Found at i:495080 original size:56 final size:56
Alignment explanation
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Period size: 56 Copynumber: 6.1 Consensus size: 56
494997 AGACTAAAGA
*
495007 GTTTAACTTA-TCGAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAGA-
1 GTTTAACTTATTC-AAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTA-AT
* * * * * * * * **
495063 ATTTAACTTATTAAAGTTTTTATACTGAAAGATGGAAGTTTAAATGGCATAATAGA-
1 GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTA-AT
* * * * * **
495119 GTTTAAGTTATTCAAGTTGTTACATGAAAATATGTAAGTTTGAATAATGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAAT
* * * * ** * * *
495175 GTTTAGCTTATCCAATTTATTACATTATGAGATGGAAGTTTGAATAACCTTGTAAT
1 GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAAT
* * * * *
495231 GTTTAACATA-TCAAGTTGTTACATTAAAAAATAGAAGTTTAAATAGCTTTTTAAT
1 GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * *
495286 GTCTCAATTTATCCAAGTTTTTATACTAAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
1 GT-TTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAAT
495343 GTCTTAAC
1 GT-TTAAC
495351 AAAACACTTT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 66, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTAACTTATTCAAGTTGTTACATTAAAAGATGGAAGTTTAAATAGCGTTGTAAT
Found at i:495443 original size:56 final size:55
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495371 AACTAAAGAG
* *
495381 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAACATGTATGATTT-AATAACATTGTAATA
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA-ATGGAAG-TTTAAATAACATTGTAATA
* * * * * *
495437 TTTAACTTTTCAAAGTTGTCACTTTCAAAATGGAAGTTTAAATAATATTGTAATG
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAATGGAAGTTTAAATAACATTGTAATA
*
495492 TTTAACTTATCCAATTTGTTACATT
1 TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATT
495517 TAATAGTGTT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 13, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
54 3 0.05
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TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAATGGAAGTTTAAATAACATTGTAATA
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495508 TGTTACATTT
* * * *
495518 AATAGTGTTGTAATGTATTAACATGAT-CAAGTTATTACATTCAAATATAGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAAC-TTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * *
495575 AATA-TCTTTGTAATG-TTAACTTATCCAAGTTTTTACATTGAAAAATGGAAGTTTG
1 AATAGT-GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * ** *
495630 AATAGCGATGTAGA-GTTGAAATTATCC-AG--GTTATATTCAAAAAATGGAACCTGG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC-AAAAATGGAAGTTTG
* ** *
495684 AATAGTGTTGTAATGTATTAACTTATCTAAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
** * * * *
495741 AATAACGTTATAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTAAAAAATGCAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * * *
495798 AATAGCGTTTTAATGTCTAAACATATCCAA-TTTTTCACATCCAAAGATGGTAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* *** * * * * * * *
495855 AATAATGCAATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACTTTCAAAGATTGTA-TATTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGT-TTG
* * * * * **
495912 AATAGTGTTATAGA-GCTCAACTTATCCAAGTGGTTACATT-AAAAGATGCAAGTTCA
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGAAGTTTG
*** ** * *
495968 AATAACATTGTAATGTTTAACTTATTGAAGTTGTCACATTCAAAAAT-GATAGTTCG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGA-AGTTTG
* * * * * * *
496024 AATTGTGTTGTAGA-GTTCAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGATGAAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * * *
496080 AAGAGTGTTGTAATGTTCAACTTATCTAAGTTATTATATTCAAATATTGAAGTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
** * ** ** * * * * *
496136 AATAAAGTTTTAAAATTTAACTT-TAAAAAGTTGATACATACAAAAATTGAA-TATA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTAT-CCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * *
496191 AATTAGTGTCGTAATGTCTAAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAGTTTG
1 AA-TAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* ** * * * * *
496249 AATAGCGTTGTAATGCCCTAAGTTGTCCATGTTGTTACATTTAAAGATAT-AAAG-TTG
1 AATAGTGTTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA-A-ATGGAAGTTTG
*** ** * * ** *
496306 AATAACATTGTAGGGTTTAATTTATCCAATTTGTTACATTCAAATCT-GAGAGTCTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGA-AGTTTG
** * * * *
496362 AATA-CATTGTAATGTTTAACTTACCCAAGCTGTGACATTCAAATATGGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
*** * * ** *
496417 AATAACATTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * *
496472 AATAGTGTTATAATGTCTT-ACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAACTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * *
496528 AATAGCGATGTAGA-GTTGAAATTATCCAAGTTGCTACATTCAAAAATGAAAGTTAG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * ** ** *
496584 ATTTA-CGTTGTAATGTCTTAACTTATCTACGTCATTACATTCAATTATGGATGTTTG
1 A-ATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * *
496641 AATAATATTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTC---------A-TTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * **
496688 AATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTT-TTCACATCCAAAGAA-GTTAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAA-AATGGAAGTTTG
* * * * * * * * * *
496745 AATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTAAATTCAAGGACT-GTAGATTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAA-AAATGGAAGTTTG
* * * * * * * *
496802 AATAGCGTTATAGAT-CTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTTAAAGATGCAAGCTTG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
*** * ** * *
496858 AATAACATTGTAATGCTTATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAATGGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * * **
496914 AATAGTGTTGTAGA-ATTCAATTTATCCAAGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * *
496970 AAGAGTGTTGTAAT-TTTAAACTTATCCAAGTTATTA-TTTTAAAATATGGAACTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTT-AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGAAGTTTG
* * * * * * * * * *
497026 AATAATGTTTTAAAGTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACTAAAATTGAA-TATA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
** * * * * * * *
497081 AATTAGCATCGTAACGTCTTAAATTATCCAA--TGTTTCATTGAAATATTGAAGTTTG
1 AA-TAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * *
497137 AATA-TCGTTGTAATGTCTTAACTTTTCGAAGTTGTCT-CATTC-AAGACGGAAGTTTG
1 AATAGT-GTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGT-TACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * ** * * * *
497193 AAAAATATTGTAGGGTTTAACTTATCGAATTTGTTACATTCAAAGATGAGAA-TATG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATG-GAAGTTTG
* * * * *
497249 AATAACT-TTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTGACTTTCAAAGATGGAAGTTTG
1 AAT-AGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
** * * ** *
497305 AATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCTAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * *
497361 AATAGTGTTATAATGTTTTAACCTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAG
1 AATAGTGTTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* ** * * * *
497418 AAAAGCAATT-CAGA-GTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAG
1 AATAG-TGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
** * ** *
497474 AATAACGTTGTAATATCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * **
497531 AATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTAT-TTATATTCAAAAATGGTTGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGT-TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * ** * * * *
497588 AAGAGTGTTGTAATGTCTAAAGATAT-CAACGTT-TTCACGTCCAAAGATGGTAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAA-GTTGTT-ACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * ** *** *
497645 AA-AATGTTATAACGTTTAA-ATATTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTTTAGATTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTA-TCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * *
497700 AATAGTGTTATAGA-GCTTAACTTATACAAGTGGTTACGTT-AAAAGATGTAAGTTCG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGAAGTTTG
*** * * ** ** *
497756 AATAACATTGTATTATTTATTTTAGT-CAAGTTGTTACATTCAATGATTGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTA-TCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * ** *
497812 AATAGTGTTGTAGA-ATTCAATTTATCCAAGTTG-T-CATATCGAAAGTTGAAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACAT-TC-AAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * *
497868 AAGAGCGTTGTAAT-TTTCAACTTATGCAAGTTATTATATTCAAAGATGGAAGTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTT-AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * * *
497924 AATAATGTTTTAAAGTTTAAGTTAACCAAGTTGTTACATACAAAAATTGAA-TTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * ** * * ** *
497979 AATTAGTGTCGGAACATCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTGAAATGTTGAAGTTTG
1 AA-TAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * * * *
498037 AAAAGAGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAATTGTCACATTC-AAGATAGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * ** * * * * *
498093 AAAAATGTTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTATTACATTCAAATAT-CAGAGTCTG
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGA-AGTTTG
* * * * *
498149 AAT-TTCGTTGTAATGTTTAACTTATCAAAGATGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTG
1 AATAGT-GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
*** ** *
498205 AATAACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTCGCATTCAAAAATGGAAGTTTA
1 AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * ** **
498261 AATAGTGTTATAATGTCTGAGAC-CATCCAAGTTGCTACACACAATTATGGAAGTTTG
1 AATAGTGTTGTAATGT-TTA-ACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
* * * * * * *
498318 ATTA-TCTT-TACA-GACTTTAACTTATGCAAGTTCTAACATTCAAAAATTGATGTTTG
1 AATAGTGTTGTA-ATG--TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
498374 AATA
1 AATA
498378 ACATTGTGAA
Statistics
Matches: 2087, Mismatches: 590, Indels: 253
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
46 2 0.00
47 35 0.02
53 7 0.00
54 36 0.02
55 292 0.14
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58 40 0.02
59 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AATAGTGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTG
Found at i:497213 original size:167 final size:166
Alignment explanation
Indices: 497040--497347 Score: 361
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
497030 ATGTTTTAAA
* *
497040 GTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACTAAA-AT-TGAATATAAATTAGCATCGTAACGTCTTAA
1 GTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATAC-AAAGATGAGAATATAAA-TAACATCGTAACGT-TTAA
** * * * * *
497103 ATTATCCAA-TGTTTCATTGAAATATTGAAGTTTGAATATCGTTGTAATGTCTTAACTTTTCGAA
63 ATTATCCAACTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGT-TTAACTTATCGAA
*
497167 GTTGTCTCATTCAAGACGGAAGTTTGAAAAATATTGTAGG
127 GTTGTCACATTCAAGACGGAAGTTTGAAAAATATTGTAGG
* * * * * * * * *
497207 GTTTAACTTATCGAATTTGTTACATTCAAAGATGAGAATATGAATAACTTTGTAATGTTTAACTT
1 GTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACAAAGATGAGAATATAAATAACATCGTAACGTTTAAATT
* *
497272 ATCCAAGCTGTGACTTTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCTAAGTT
66 ATCCAA-CTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCGAAGTT
497337 GTCACATTCAA
130 GTCACATTCAA
497348 AAATTAAAGT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 21, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 15 0.13
167 59 0.51
168 42 0.36
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
GTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACAAAGATGAGAATATAAATAACATCGTAACGTTTAAATT
ATCCAACTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCGAAGTTG
TCACATTCAAGACGGAAGTTTGAAAAATATTGTAGG
Found at i:497263 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 497135--497562 Score: 290
Period size: 113 Copynumber: 3.8 Consensus size: 112
497125 TATTGAAGTT
* * * * * *
497135 TGAATATCGTTGTAATGTCTTAACTTTTCGAAGTTGTCTCATTC-AAGACGGAAGTTTGAAAAAT
1 TGAATAACGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGCTGTCACATTCAAAGACGGAAGTTTGAAAAAC
* * *
497199 ATTGTAGGGTTTAACTTATCGAATTTGTTACATTCAAAGATGAGAATA
65 ATTGTAAGGTTTAACTTATCGAAGTTGTCACATTCAAAGATGAGAATA
* * * * * *
497247 TGAATAACTTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTGACTTTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACG
1 TGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTCACATTCAAAGACGGAAGTTTGAAAAACA
* * * * *
497312 TTGTAATGTTTAACTTATCTAAGTTGTCACATTCAAAAATTA-AAGTT
66 TTGTAAGGTTTAACTTATCGAAGTTGTCACATTCAAAGATGAGAA-TA
* ** * * * * * * * * *
497359 TAAATAGTGTTATAATGTTTTAACCTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAGAAAAGC
1 TGAATAACGTTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGCTGTCACATTCAAAGACGGAAGTTTGAAAAAC
* * * * * * *
497424 AAT-TCAGAGTTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATG-GAAGT-
65 ATTGTAAG-GTTTAACTTATCGAAGTTGTCACATTCAAAGATGAGAA-TA
* * * ** * * *
497471 TAGAATAACGTTGTAATATCTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAA
1 T-GAATAACGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGCTGTCACATTCAAAGACGGAAGTTTGAAAAA
** * *
497536 TGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGT
64 CATTGTAAGGT-TTAACTTATCGAAGT
497563 ATTTATATTC
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 62, Indels: 16
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
111 21 0.09
112 85 0.35
113 123 0.50
114 16 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (112 bp):
TGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTCACATTCAAAGACGGAAGTTTGAAAAACA
TTGTAAGGTTTAACTTATCGAAGTTGTCACATTCAAAGATGAGAATA
Found at i:497514 original size:890 final size:891
Alignment explanation
Indices: 495590--498299 Score: 3667
Period size: 890 Copynumber: 3.0 Consensus size: 891
495580 CTTTGTAATG
* * *
495590 TTAACTTATCCAAGTTTTTACATTGAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAATTAT
1 TTAACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAATTAT
* ** * ** *
495655 CC-AG--GTTATATTCAAAAAATGGAACCTGGAATAGTGTTGTAATGTATTAACTTATCTAAGTT
66 CCAAGTTGTTACATT-AAAAAATGGAAGTTAGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTATCTAAGTT
* * *
495717 GTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAACGTTATAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATT
130 GTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATA-T
* * **
495782 AAAAAATGCAAGTTTGAATAGCGTTTTAATGTCTAAACATATCCAATTTTTCACATCCAAAGATG
194 ------T-CAAGTTTGAATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTTTTCACATCCAAAGATG
** * * *
495847 GTAGTTTGAATAATGCAATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACTTTCAAAGATTGTATATTG
252 GTAGTTTGAATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATTG
* *
495912 AATAGTGTTATAGAGCTCAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAGTTCAAATAACATT
317 AATAGTGTTATAGAGCTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAGTTCGAATAACATT
** * * * * * *
495977 GTAATGTTTAACTTATTGAAGTTGTCACATTCAAAAATGATAGTTCGAATTGTGTTGTAGAGTTC
382 GTAATGTTTATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAATGA-AGTTTGAATAGTGTTGTAGAATTC
* * * *
496042 AATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATGTTCAACTTATCT
446 AATTTATCCAAGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATTTTCAACTTATCC
* * * *
496107 AAGTTATTATATTCAAATATTGAAGTTTAAATAAAGTTTTAAAATTTAACTTTAA-AAAGTTGAT
511 AAGTTATTATATTCAAATATGGAAGTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAAC-TTAACAAAGTTGTT
* * *
496171 ACATACAAAAATTGAATATAAATTAGTGTCGTAATGTCTAAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAA
575 ACATACAAAAATTGAATATAAATTAGTGTCGTAACGTCTTAAATTATCCAAG-TGTTACATTGAA
* * * * * * * *
496236 ATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGCCCTAAGTTGTCCATGTTGT-TACATTTAAAGATATA
639 ATATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAGTTGTCT-CA-TTCAAGA-A-A
* * * *
496300 -AAG-TTGAATAACATTGTAGGGTTTAATTTATCCAATTTGTTACATTCAAATCTGAGAGTCTGA
700 GAAGTTTGAAAAATATTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAATATGAGAGTCTGA
* *
496363 ATACATTGTAATGTTTAACTTACCCAAGCTGTGACATTCAAATATGGAAGTTTGAATAACATTGT
765 ATACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGT
496428 AATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
830 AATGTTTAACTTATCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
*
496489 TT-ACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAACTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAATTAT
1 TTAACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAATTAT
* * * * * * **
496553 CCAAGTTGCTACATTCAAAAATGAAAGTTAGATTTACGTTGTAATGTCTTAACTTATCTACGTCA
66 CCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTAGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTATCTAAGTTG
*
496618 TTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATATTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTC
131 TTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTC
* *
496683 -A-TTTGAATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTTTTCACATCCAAAGAAGTTAGTTTGA
196 AAGTTTGAATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTTTTCACATCCAAAGATGGTAGTTTGA
* * *
496746 ATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTAAATTCAAGGACTGTAGATTGAATAGCGTT
261 ATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATTGAATAGTGTT
* * *
496811 ATAGATCTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTTAAAGATGCAAGCTT-GAATAACATTGTAATGCT
326 ATAGAGCTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAG-TTCGAATAACATTGTAATGTT
496875 TATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGAATTCAATTTATC
390 TATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAAT-GAAGTTTGAATAGTGTTGTAGAATTCAATTTATC
*
496940 CAAGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATTTTAAACTTATCCAAGTTATT
454 CAAGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATTTTCAACTTATCCAAGTTATT
* * * *
497005 ATTTTAAAATATGGAACTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACTAA
519 ATATTCAAATATGGAAGTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACAAA
** *
497070 AATTGAATATAAATTAGCATCGTAACGTCTTAAATTATCCAA-TGTTTCATTGAAATATTGAAGT
584 AATTGAATATAAATTAGTGTCGTAACGTCTTAAATTATCCAAGTGTTACATTGAAATATTGAAGT
* * * **
497134 TTGAATATCGTTGTAATGTCTTAACTTTTCGAAGTTGTCTCATTCAAGACGGAAGTTTGAAAAAT
649 TTGAATAGCGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAGTTGTCTCATTCAAGAAAGAAGTTTGAAAAAT
* * * * *
497199 ATTGTAGGGTTTAACTTATCGAATTTGTTACATTCAAAGATGAGAATATGAATAACTTTGTAATG
714 ATTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAATATGAGAGTCTGAAT-ACATTGTAATG
* *
497264 TTTAACTTATCCAAGCTGTGACTTTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTA
778 TTTAACTTATCCAAGCTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTA
* *
497329 TCTAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTT
843 TCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
* * * * *
497378 TTAACCTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAGAAAAGCAAT-TCAGAGTTTAAATTA
1 TTAACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGATGT-AGAGTTGAAATTA
* * *
497442 TCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAGAATAACGTTGTAATATCTTAACTTATCCAAGTT
65 TCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTAGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTATCTAAGTT
497507 GTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTAT-TTATAT
130 GTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGT-TGTTATAT
* * * *
497571 TCAAAAATGGTTGTTTGAAGAGTGTTGTAATGTCTAAAGATATCAACGTTTTCACGTCCAAAGAT
194 TC---AA-----GTTTGAATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTTTTCACATCCAAAGAT
* *
497636 GGTAGTTTGAA-AATGTTATAACGTTTAAATA-TTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTTTAGATT
251 GGTAGTTTGAATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATT
* * *
497699 GAATAGTGTTATAGAGCTTAACTTATACAAGTGGTTACGTTAAAAGATGTAAGTTCGAATAACAT
316 GAATAGTGTTATAGAGCTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAGTTCGAATAACAT
* * * *
497764 TGTATTATTTATTTTAGTCAAGTTGTTACATTCAATGATTGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGAATT
381 TGTAATGTTTATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAAT-AATGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGAATT
* *
497829 CAATTTATCCAAGTTGTCATATCGAAAG-TTGAAAGTTTGAAGAGCGTTGTAATTTTCAACTTAT
445 CAATTTATCCAAGTTGTCATATCCAAAGATT-AAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATTTTCAACTTAT
* * * *
497893 GCAAGTTATTATATTCAAAGATGGAAGTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAAGTTAACCAAGTTGT
509 CCAAGTTATTATATTCAAATATGGAAGTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAACTTAACAAAGTTGT
* * *
497958 TACATACAAAAATTGAATTTAAATTAGTGTCGGAACATCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTGA
574 TACATACAAAAATTGAATATAAATTAGTGTCGTAACGTCTTAAATTATCCAAG-TGTTACATTGA
* * * * * *
498023 AATGTTGAAGTTTGAAAAGAGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAATTGTCACATTCAAGATAGAA
638 AATATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAGTTGTCTCATTCAAGAAAGAA
* * *
498088 GTTTGAAAAATGTTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTATTACATTCAAATATCAGAGTCTGAATT
703 GTTTGAAAAATATTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAATATGAGAGTCTGAA-T
* * * *
498153 TCGTTGTAATGTTTAACTTATCAAAGATGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGTAA
767 ACATTGTAATGTTTAACTTATCCAAGCTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGTAA
* * **
498218 TGTTTAACTTATCCAAGTTGTCGCATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
832 TGTTTAACTTATCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
* *
498278 TGAGACC-ATCCAAGTTGCTACA
1 TTA-ACCTATCCAAGTTGTTACA
498300 CACAATTATG
Statistics
Matches: 1600, Mismatches: 180, Indels: 61
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
886 3 0.00
887 60 0.04
888 119 0.07
889 58 0.04
890 544 0.34
891 6 0.00
892 1 0.00
893 1 0.00
894 1 0.00
897 4 0.00
898 364 0.23
899 26 0.02
900 403 0.25
901 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (891 bp):
TTAACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAATTAT
CCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAAGTTAGAATAACGTTGTAATGTCTTAACTTATCTAAGTTG
TTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTC
AAGTTTGAATAGTGTTGTAATGTCTAAACATATCCACGTTTTCACATCCAAAGATGGTAGTTTGA
ATAATGTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATTGAATAGTGTT
ATAGAGCTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAGTTCGAATAACATTGTAATGTTT
ATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAATGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGAATTCAATTTATCCA
AGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTGAAGAGTGTTGTAATTTTCAACTTATCCAAGTTATTAT
ATTCAAATATGGAAGTTTAAATAATGTTTTAAAGTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACAAAAA
TTGAATATAAATTAGTGTCGTAACGTCTTAAATTATCCAAGTGTTACATTGAAATATTGAAGTTT
GAATAGCGTTGTAATGTCATAACTTTTCAAAGTTGTCTCATTCAAGAAAGAAGTTTGAAAAATAT
TGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAATATGAGAGTCTGAATACATTGTAATGTTT
AACTTATCCAAGCTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGTAATGTTTAACTTATCA
AAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATGTC
Found at i:498275 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 495524--498377 Score: 1438
Period size: 112 Copynumber: 25.5 Consensus size: 112
495514 ATTTAATAGT
* * * * *
495524 GTTGTAATGTATTAACATGAT-CAAGTTATTACATTCAAATATAGAAGTTTGAATA-TCTTTGTA
1 GTTGTAATGT-TTAAC-TTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGT-GTTGTA
* * * *
495587 ATG-TTAACTTATCCAAGTTTTTACATTGAAAAATGGAAGTTTGAATAGC
63 ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * ** *
495636 GATGTAGA-GTTGAAATTATCC-AG--GTTATATTCAAAAAATGGAACCTGGAATAGTGTTGTAA
1 GTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC-AAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAA
* ** *
495697 TGTATTAACTTATCTAAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAAC
64 TGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * * *
495747 GTTATAATGTTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTAAAAAATGCAAGTTTGAATAGCGTTTTAAT
1 GTTGTAATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAAT
* * * * * *
495812 GTCTAAACATATCCAA-TTTTTCACATCCAAAGATGGTAGTTTGAATAAT
65 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
*** * * * * * * * *
495861 GCAATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACTTTCAAAGATTGTA-TATTGAATAGTGTTATAG
1 GTTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGT-TTGAATAGTGTTGTA-
* * * * * **
495925 A-GCTCAACTTATCCAAGTGGTTACATTAAAAGATGCAAGTTCAAATAAC
63 ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* ** * * *
495974 ATTGTAATGTTTAACTTATTGAAGTTGTCACATTCAAAAAT-GATAGTTCGAATTGTGTTGTAGA
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGA-AGTTTGAATAGTGTTGTA-A
* * * * * * **
496038 -GTTCAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAGT
64 TGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * * * * ** * **
496086 GTTGTAATGTTCAACTTATCTAAGTTATTATATTCAAATATTGAAGTTTAAATAAAGTTTTAAAA
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAATG
** * * * * * * *
496151 TTTAACTT-TAAAAAGTTGATACATACAAAAATTGAA-TATAAATTA-
66 TTTAACTTAT-CCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * *
496196 GTGTCGTAATGTCTAAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA
1 GT-T-GTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTA
** * * * * **
496261 ATGCCCTAAGTTGTCCATGTTGTTACATTTAAAGATATAAAG-TTGAATAAC
63 ATG-TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGAT-GGAAGTTTGAATAAC
* ** * * ** * **
496312 ATTGTAGGGTTTAATTTATCCAATTTGTTACATTCAAATCT-GAGAGTCTGAATA-CATTGTAAT
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGA-AGTTTGAATAGTGTTGTAAT
* * * *
496375 GTTTAACTTACCCAAGCTGTGACATTCAAATATGGAAGTTTGAATAAC
65 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * ** * *
496423 ATTGTAATGTTTAA-TTATCAAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATG
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAATG
* * * * *
496487 TCTT-ACCTATCCAAGTTGTTACATTAAAAAATGGAACTTTGAATAGC
66 T-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * * * * *
496534 GATGTAGA-GTTGAAATTATCCAAGTTGCTACATTCAAAAATGAAAGTTAGATTTA-CGTTGTAA
1 GTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGA-ATAGTGTTGTAA
* * ** ** * *
496597 TGTCTTAACTTATCTACGTCATTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAAT
64 TGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* *
496647 ATTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTC---------A-TTTGAATAGTGTTGTAAT
1 GTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAAT
* * * * * ** *
496702 GTCTAAACATATCCACGTT-TTCACATCCAAAGAAGTTAGTTTGAATAAT
65 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * * * * * * * *
496751 GTTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTAAATTCAAGGACT-GTAGATTGAATAGCGTTATAG
1 GTTGTAATGTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAA-AAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTA-
* * * * *
496815 AT-CTTAACTTATCCAAGTGGTTACATTTAAAGATGCAAGCTTGAATAAC
63 ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * ** * *
496864 ATTGTAATGCTTATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAATAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGA-
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTA-AT
* * * * * * ** * **
496928 ATTCAATTTATCCAAGTTGTCATATCCAAAGATTAAAGTTTGAAGAGT
65 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * * * *
496976 GTTGTAAT-TTTAAACTTATCCAAGTTATTA-TTTTAAAATATGGAACTTTAAATAATGTTTTAA
1 GTTGTAATGTTT-AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAA
* * * * * * * *
497039 AGTTTAACTTAACAAAGTTGTTACATACTAAA-ATTGAA-TATAAATTAGC
64 TGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTC-AAAGATGGAAGTTTGAA-TAAC
* * * * * * * *
497088 ATCGTAACGTCTTAAATTATCCAA--TGTTTCATTGAAATATTGAAGTTTGAATA-TCGTTGTAA
1 GTTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGT-GTTGTAA
* * * * *
497150 TGTCTTAACTTTTCGAAGTTGTCT-CATTC-AAGACGGAAGTTTGAAAAAT
64 TGT-TTAACTTATCCAAGTTGT-TACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* ** * * * * *
497199 ATTGTAGGGTTTAACTTATCGAATTTGTTACATTCAAAGATGAGAA-TATGAATAACT-TTGTAA
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATG-GAAGTTTGAAT-AGTGTTGTAA
* * *
497262 TGTTTAACTTATCCAAGCTGTGACTTTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
64 TGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * ** * *
497311 GTTGTAATGTTTAACTTATCTAAGTTGTCACATTCAAAAATTAAAGTTTAAATAGTGTTATAATG
1 GTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTAATG
* * * *
497376 TTTTAACCTATCCAAGTTGTTACATTTAAAAATGGAAGTTAGAA-AAGC
66 -TTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAA-C
* * * * * **
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* ** * *
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* ** *
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* ** * * * *
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64 TGT-TTAACTTATCCAA-GTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAAC
* * * * ** *** * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * ** ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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*** *
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* * **
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* **
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* * * * * * *
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* * ** *
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1 TTTCTTTTTCT
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** * * *
516409 GTCTTAACCTGTCCAAGTCATTACATTCATAA-ATGGAACTTTGAATAGCGA-TGTAGA-
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * ** **
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* ** * * *
516544 ACATTCAATTATGGATGTTTGAATAACGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAA
1 ACATTCAATAATGGAACTTTGAATAACGATGTAATGTATGAAATTATCCAAGTTGTTATATTCAA
516609 AAATAGAAGTTTGAATAGC
66 AAAT-GAAGTTTGAATAGC
516628 GTTCTGATGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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113 109 0.69
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115 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (114 bp):
ACATTCAATAATGGAACTTTGAATAACGATGTAATGTATGAAATTATCCAAGTTGTTATATTCAA
AAATGAAGTTTGAATAGCAGTTATAATGTCTGAACCTATCCAAGTCATT
Found at i:516549 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 516236--517393 Score: 283
Period size: 56 Copynumber: 20.7 Consensus size: 56
516226 TTGAACAAAG
* * * * * *
516236 TTGTAGGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATT-AAAAGAT-GAGAGTCTAAATAACA
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAA-ATGGA-AGTTTGAATAGCA
* * * * * * *
516292 TTGTAATGTT-TACTTAT-CAAGTTGTGACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAACG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * *
516346 TTGTAATATTTAACTTATCCAAGTTGTCATATTCAATAATGGAAGTTTAAATAG-A
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * ** * *
516401 GTTATAATGTCTTAACCTGTCCAAGTCATTACATTCATAAATGGAACTTTGAATAGCGA
1 -TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGC-A
* * * *
516460 -TGTAGAGTTGAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGCAAGTTGGAATAGCA
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
** ** * * *
516515 TTGTAGTGTCTGAACTTATCTGAGTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATAACG
1 TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * *
516572 TTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATAGAAGTTTGAATAGCG
1 TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* ** * * ***
516629 TTCT-GATGTCT-AACACATCCACA-TT-TTCACA-TCTAAATATGGTAGTTTGAATAATG
1 TTGTAG-TGT-TGAACTTATCCA-AGTTGTT-ACATTC-AAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * ** * * *
516685 TTATAATGTTTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATTGAATAG--
1 TTGTAGTGTTGAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * * * *
516740 -TGT--TATAGAGCTTAATCCAAGTGGTTACATTGAAAGATGAAAATTCGAATAACA
1 TTGTAGTGTTGAACTT-ATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * ** * * ** * **
516794 TTCTAATGTTTATTTTATTCAAGTTGTTAGATTCAATGATGGATGTTTGAATAGTG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * * * * * * *
516850 TTGTAGAGATCAATTTATCAAATTTATCATATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAGCG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * *
516906 TTGTAATTTTTAACTTATCGAAGTT-AT-CATATGAAAAGATGGAAGTTTAAATAACA
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACAT-TCAAAA-ATGGAAGTTTGAATAGCA
* ** * * * * * * *
516962 TTTTAAAGTTTAACTTAACCAAATTGTTACATAT-AAAAATTGAA-TATAAATTAGCG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACAT-TCAAAAATGGAAGTTTGAA-TAGCA
* * * * * * * * *
517018 TCGCAATGTCTTAAATTATCCAAGTTGTTGCATTCAAATATGGAAGTTTGAATAACG
1 TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * ** * * * * * *
517075 TTATAATGTCTTAACTTTTTTAAGTTGTCATATTTAATAAA--GAAGTTTGAAAAACT
1 TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAA-AAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * ** ** * **
517131 TTGCAGGGTTTAACTTAACCAATTTGTTACATTCAAAGGTAAAAGTCTGAATATTA
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * *
517187 TTGTACTGTTTAACTTATCCAATTTGTGACATTCAAAGATAGAAGTTTGAATAACG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * * *
517243 TTATAATGTTTAACTTATCCATA-TTGTCACATTAAACAAATGGAAGTTTAAACATCG
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCA-AGTTGTTACATTCAA-AAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * * * * * * * * *
517300 TTATAATGTCTTAGCCTATCCATGTTGTTACATTCATATATGGATGTTTAAATATCT
1 TTGTAGTGT-TGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
* * * * *
517357 TTATAGAGTTTAACTTATTCAAGTTGTTAAATTCAAA
1 TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
517394 TATTGATTTT
Statistics
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0.70 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.00
52 30 0.04
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
TTGTAGTGTTGAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCA
Found at i:516596 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 516305--516628 Score: 371
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
516295 TAATGTTTAC
* * * * * *
516305 TTATCAAGTTGTGACATTCAAAGATGGATGTTTGAATAACGTTGTAATATTTAACTTATCCAAGT
1 TTATCAAGTTGTGACATTCAAAAATGCAAGTTGGAATAACATTGTAATATTGAACTTATCCAAGT
* * *
516370 TGTCATATTCAATAATGGAAGTTTAAATAGAGTTATAATGTCTTAACCTGTCCAAGTCATTACAT
66 TGTCACATTCAATAATGGAAGTTTAAATAGAGTTATAATGTATTAACCTATCCAAGTCATTACAT
* *
516435 TCATAAATGGAACTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAA
131 TCAAAAATAGAACTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAA
* * * * **
516473 TTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGCAAGTTGGAATAGCATTGTAGTGTCTGAACTTATCTGA
1 TTAT-CAAGTTGTGACATTCAAAAATGCAAGTTGGAATAACATTGTAATAT-TGAACTTATCCAA
* * * * * * **
516538 GTTGTTACATTCAATTATGGATGTTTGAATA-ACGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTA
64 GTTGTCACATTCAATAATGGAAGTTTAAATAGA-GTTATAATGTATTAACCTATCCAAGTCATTA
* *
516602 TATTCAAAAATAGAAGTTTGAATAGCG
128 CATTCAAAAATAGAACTTTGAATAGCG
516629 TTCTGATGTC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 27, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.03
169 38 0.30
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTATCAAGTTGTGACATTCAAAAATGCAAGTTGGAATAACATTGTAATATTGAACTTATCCAAGT
TGTCACATTCAATAATGGAAGTTTAAATAGAGTTATAATGTATTAACCTATCCAAGTCATTACAT
TCAAAAATAGAACTTTGAATAGCGATGTAGAGTTGAAA
Found at i:517601 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 517459--517618 Score: 128
Period size: 56 Copynumber: 2.9 Consensus size: 54
517449 ACTAAAGAGT
* * *
517459 TTAACTTATACAAATTGTTACATTCAAATATGGAAGTTTAAATATAGTTATAGAAC
1 TTAACTTAT-CAAGTTGTTACATGCAAAGATGGAAGTTTAAATAT-GTTATAGAAC
* * * *
517515 TTAACTTAGTCAAGTTTTTATTCTTG--AAGATGGAAGTTTAAATAGTGTTATGGAAT
1 TTAACTTA-TCAAGTTGTTA--CATGCAAAGATGGAAGTTTAAATA-TGTTATAGAAC
** * *
517571 TTATGTTATCCAAGTTGTTACATGCAAAGATAGAA-TTTGAATAATGTT
1 TTAACTTAT-CAAGTTGTTACATGCAAAGATGGAAGTTTAAAT-ATGTT
517619 GTAATGTTTA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 13, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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58 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (54 bp):
TTAACTTATCAAGTTGTTACATGCAAAGATGGAAGTTTAAATATGTTATAGAAC
Found at i:517644 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 517576--517704 Score: 154
Period size: 56 Copynumber: 2.3 Consensus size: 56
517566 GGAATTTATG
* * *
517576 TTATCCAAGTTGTTACATGCAAAGAT-AGAA-TTTGAATAATGTTGTAATGTTTAAC
1 TTATCCAAGTTGTTACATGCAAAGATGA-AAGTTTGAATAATATAGTAATATTTAAC
* * * * *
517631 TTATCCAATTTGTTGCATTCTATGATGAAAGTTTGAATAATATAGTAATATTTAAC
1 TTATCCAAGTTGTTACATGCAAAGATGAAAGTTTGAATAATATAGTAATATTTAAC
*
517687 TTAACCAAGTTGTTACAT
1 TTATCCAAGTTGTTACAT
517705 TAAAAATGGA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 3
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
55 23 0.38
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (56 bp):
TTATCCAAGTTGTTACATGCAAAGATGAAAGTTTGAATAATATAGTAATATTTAAC
Found at i:518168 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 517892--519071 Score: 283
Period size: 56 Copynumber: 21.0 Consensus size: 57
517882 GAATATAAAT
* * * * * *
517892 TAGCGTTGTAACGTCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTT-AAAGACGAAAGTTTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTAC-TTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * * * * * *
517949 CAACGTTGT-AGGTTTTAACTTATCCAATTTGTTACTTTGAAAGAT-GAGAGTTTAAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGA-AGTTTGAA
* * * * ** *
518005 TAAC-ATTGTAATGT-TTAACTTAT-TAAGTTGTGA-TATTCAAAGATGGATTTTTTAA
1 TAGCGA-TGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * * * * * *
518060 TAATGTTGTAATAT-TTAACTCATCCAAGTTGTCATA-TTT-AATAATGTAAGTTTAAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGT--TACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* *
518116 TAGCG-TGATAATGTCTTATCCTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
1 TAGCGATG-TAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * *
518173 TAGTGATGTAGA-GT-TGAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAA
1 TAGCGATGTA-ATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * ** * *
518229 TAGC-ATTGTAGTGTCTTAACTTAGCTAAGTTGTTACATTCAATTATGTATGTTTGAA
1 TAGCGA-TGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * *
518286 TAATGTTGTAATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTA-TATTCAAAAATGGAAGTTTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * ** * * * * *
518343 TAGTGTTCTAATGTC-TAACACATACACA-TT-TTCACATCCAAAGATGGTAGTTTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCA-AGTTGTT-ACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * ** * * * * ** * * *
518399 TAATGTTACAATGT-TTAAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAAGGATTGTAGATTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACT-TATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * * * * * *
518456 TAGTGTTATAGA-G-CTT-A---ATCCAAGTGGTTACATTGAAATATGCAAATTTGAA
1 TAGCGATGTA-ATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* ** * * * * ** *
518508 TAAC-ATTGTAATGT-TTATTTTTTTCAAGTTATTAGATTT-AATGATGGAAATTTGAA
1 TAGCGA-TGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTA-CTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * * * *
518564 TAGTGTTGTAGA-GATC--AATTTATCAAAGTTGTCA-TATTCAAAGATGAAAGTTTGAA
1 TAGCGATGTA-ATG-TCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * * * * * *
518620 GAGCGTTGTAAT-TTTTAACTTGTCCAAGTTATTA-TATTGAAAGATGTAAGTTTAAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * * * * * * * ** *
518676 TAATGTTTTAAAGT-TTAACTTAACCAAGTTGTTACATACAAAAATTGAA-CATAAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * *
518731 TTAGCG-TCGTAACGTCTTAAATTATCAAAGTTGTTA-TATTCAAATATGGAAGTTTGTA
1 -TAGCGAT-GTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * * * ** ** * * * *
518789 TAATGTTGAAATGTCTTAACTTTTTGAAGTTGTCGCATTC-AAGACGAAAGTTTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * ** * * *
518845 AAACGCTGTAGA-GT-TTAACTTATCCATTTTGTTACATTCAAAGAT-GAGATTTTGAA
1 TAGCGATGTA-ATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGA-AGTTTGAA
* * * * * * *
518901 TATC-ATTGTAATGT-TTAACTTATCCAAGATATGACATTCAAATATGGAAGCTTGAA
1 TAGCGA-TGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
** * * * * * *
518957 TAATGTTGCAATG-GTTAACTTATCCAAGTTGTCACATTCAAAAATGGAAGTTTAAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
* * * * ** *
519013 TAGCGTTATAATGTCTTAGCCTATCCAAGTTGTTA-TATTCAAATGTGGAAATTTGAA
1 TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACT-TTCAAAAATGGAAGTTTGAA
519070 TA
1 TA
519072 TATTTGTAGA
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 236, Indels: 132
0.69 0.20 0.11
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.00
52 32 0.04
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55 77 0.09
56 428 0.52
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ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (57 bp):
TAGCGATGTAATGTCTTAACTTATCCAAGTTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAA
Found at i:518224 original size:113 final size:114
Alignment explanation
Indices: 518081--518345 Score: 293
Period size: 113 Copynumber: 2.3 Consensus size: 114
518071 TATTTAACTC
* * * * * * *
518081 ATCCAAGTTGTCATATTTAATAATGTAAGTTTAAATAGC-GTGATAATGTCTTATCCTATCCAAG
1 ATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCAGTG-TAATGTCTTAACCTAGCCAAG
* *
518145 TTGTTACTTTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGATGTAGA-GT-TGAAATT
65 TTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAATGATGTA-ATGTATGAAATT
* * * * * *
518194 ATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCATTGTAGTGTCTTAACTTAGCTAAGT
1 ATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCAGTGTAATGTCTTAACCTAGCCAAGT
** * * * * *
518259 TGTTACATTCAATTATGTATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATTAACTT
66 TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAATGATGTAATGTATGAAATT
518308 ATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAG
1 ATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAG
518346 TGTTCTAATG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 24, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
112 1 0.01
113 81 0.65
114 43 0.34
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (114 bp):
ATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCAGTGTAATGTCTTAACCTAGCCAAGT
TGTTACATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAATGATGTAATGTATGAAATT
Found at i:518439 original size:113 final size:114
Alignment explanation
Indices: 518189--518440 Score: 273
Period size: 114 Copynumber: 2.2 Consensus size: 114
518179 TGTAGAGTTG
* * * *
518189 AAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCATTGTAGTGTCTTAACTTAGC
1 AAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCATTCTAATGTCTAAACATAGC
* ** **
518254 TAAGTTGTTACATTCAATTATGTATGTTTGAATAATGTTGTAATGTATT
66 TAAGTTGTTACATCCAAAGATGTATGTTTGAATAATGTTACAATGTATT
* * * **
518303 AACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGTGTTCTAATGTCTAACACATA-
1 AAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCATTCTAATGTCTAA-ACATAG
518367 C-ACA-TT-TTCACATCCAAAGATGGTA-GTTTGAATAATGTTACAATGT-TT
65 CTA-AGTTGTT-ACATCCAAAGAT-GTATGTTTGAATAATGTTACAATGTATT
* *
518415 AAATATTTTCAAGTTGTTACATTCAA
1 AAAT-TATCCAAGTTGTTACATTCAA
518441 GGATTGTAGA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
112 7 0.06
113 49 0.43
114 55 0.48
115 4 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (114 bp):
AAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCATTCTAATGTCTAAACATAGC
TAAGTTGTTACATCCAAAGATGTATGTTTGAATAATGTTACAATGTATT
Found at i:519271 original size:56 final size:56
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Indices: 519176--519333 Score: 153
Period size: 56 Copynumber: 2.8 Consensus size: 56
519166 GACTAAAGAG
* * * *
519176 TTTAACTTATACAAGTTGTTACAT-TCAAATATGGGAGTTTAAAT-ACAATTGTAGAA
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* * *
519232 TTTAACTTATTCAAGTTTTTATATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACATTATAGAG
1 TTTAACTTATACAAGTTTTTACATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACATTATAGAA
* * * *
519288 TTTAAGTTATCCAA-TTTGTTACATGC-AAAGATGTAAGTTTGAATAA
1 TTTAACTTATACAAGTTT-TTACAT-CTAAAGATGGAAGTTTAAATAA
519334 TGTTGTAATG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 12, Indels: 8
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
55 3 0.03
56 79 0.92
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.14, T:0.39
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TTTAACTTATACAAGTTTTTACATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACATTATAGAA
Found at i:519347 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 519287--519410 Score: 149
Period size: 56 Copynumber: 2.2 Consensus size: 56
519277 ACATTATAGA
* * * * * *
519287 GTTTAAGTTATCCAATTTGTTACATGCAAAGATGTAAGTTTGAATAATGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAATATATTACATGCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTCGTAAT
* * * * *
519343 GTTTAACTTACCCAATATATTGCATTCTATGATGAAAGTTTGAATAACGTCGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAATATATTACATGCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTCGTAAT
519399 GTTTAACTTATC
1 GTTTAACTTATC
519411 AATGGATACA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 12, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 56 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (56 bp):
GTTTAACTTATCCAATATATTACATGCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTCGTAAT
Found at i:519719 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 519602--520595 Score: 263
Period size: 56 Copynumber: 17.9 Consensus size: 55
519592 CAGACTAAAG
* ** * * *
519602 AGTTTAACTTATCCAGGTTGTTACGTTC-AAGTATGTG-AGTTTTAATA-ACGATGCA
1 AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAG-ATG-GAAGTTTGAATAGA-GTTGTA
* * * *
519657 ATGTTTAACTTATCCAAATCGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGTGTTGTA
1 A-GTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
* * * * * *
519713 GAGTTTAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGACGAAAGTTTGAAGAGCGTTGTA
1 -AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
* * * * * * *
519769 ATGTTCAACTTATCTAAGTTATTATATTCAAAGATTGAAGTTTAAATAAAGTTTTAA
1 A-GTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGT-A
* * * * * * * * * * *
519826 AGTTTAACTTAACCAAGTTGATACAATAAAAAAT-TATA-TATAAATTAGCGTCGTA
1 AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGA-AGTTTGAA-TAGAGTTGTA
* * * * *
519881 ATGTCTTAAAC-TGTCCAAGTTGTTACATTC-AAGTAAGGATGTTTGAATATCA-TTGTA
1 A-GT-TT-AACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAG-ATGGAAGTTTGAATA-GAGTTGTA
* * * * * *
519938 ATGTCCTAACATGTCCAAGTTGTTA-CTTC-TA-ATGGCGAATGTTTGAATAGCGTTAG-A
1 A-GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGAT-G-GAA-GTTTGAATAGAGTT-GTA
* * * * * ** * *
519995 GGGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAATGA-AGAGAGACTAAATA-ACATTGTA
1 -AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGA-AGTTTGAATAGA-GTTGTA
* * * * * * *
520051 ATGTTTAACTTACCCAA-TCTGTGACATTTAAATATGGATGTTTGAATA-ACATTGTA
1 A-GTTTAACTTATCCAAGT-TGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGA-GTTGTA
* ** * * * * *
520107 ATGTTTAACTTAACCAAGTT-TTCGATTCAAAAATTGAAGTTTAAATAGCGTTATA
1 A-GTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
* * * * * * * * * *
520162 ATGTCTTAACCTATCCAAGTTATTACATTAAAAAATTGAAGTATGAATAGCGATGTTG
1 A-GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTG-TA
* * * * * * *
520220 AGTTGAAATTATCCAAGTTTTTACATTCAAA-ATGGAAGTTGGAATGGCGTTGTA
1 AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
* * * * *
520274 ATGTCTTAACTTGTCTAAGTTGTTACATTC-AAGTATGGATGTTTGAATA-ACTGTGTA
1 A-GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAG-ATGGAAGTTTGAATAGAGT-TGTA
* *
520331 ATGTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAA-ACTTGAAGTTTGAATAGCG-T-T-
1 A-GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGA-TGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
* * * * * * *
520385 -G--TAA--TATCCATGTTTTTACATCCAACGATGGTAGTTTGAATA-ATGTTATA
1 AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGA-GTTGTA
* * * * * * * * *
520435 ATGTTTAAGTATTTTCAAGTTGTTACATT-AAAGGATTGTAGATTGAATAGCA-CTATA
1 A-GTTTAACT-TATCCAAGTTGTTATATTCAAA-GATGGAAGTTTGAATAG-AGTTGTA
* * * * * * * *
520492 GAGCTCAACTTATCCAAGTGGTTACATTGAAAGATGTAAGTTTGAA-AAACATTGTA
1 -AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGA-GTTGTA
** * *
520548 ATGTTTATTTTATTCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATA
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520596 TATCCAAGTT
Statistics
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Consensus pattern (55 bp):
AGTTTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGAGTTGTA
Found at i:519833 original size:428 final size:429
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518841 TGAAAAACGC
* * * * *
518851 TGTAGAGTTTAACTTATCCATTTTGTTACATTCAAAGATGAGATTTTGAATATCATTGTAATGTT
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* * * * * * * *
518916 TAACTTATCCAAGATATGACATTCAAATATGGAAGCTTGAATAATGTTGCAATGGTTAACTTATC
66 TAACTTATCCAAGTTATTACATTCAAAGATTGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACTTAT-
* * * * *
518981 CAAGTTG-TCACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTTATAATGTCTTAGCCTATCCAAGTTG
130 CAAGTTGAT-ACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTTATAATGACTCAACCTATCCAAATTG
* * ** *
519045 TTATATTCAAATGTGGAAATTTGAATATATTTGTAGAGTTTAAATTATCCAAGTTCTTACGTTCA
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** * * ***
519110 TTGATTGATGTTTGAATAACGTTGCAAAGTCTTAACAAACTAAGTTGATGCTTGTGGACTAAAGA
259 TAAATTGAAGTTTGAATAACGTTGCAAAGTCTTAAAAAACTAAGTTGATGCTTACAGACTAAAGA
*
519175 GTTTAACTTATACAAGTTGTTACATTCAAATATGGGAGTTTAAATACAATTGTAGAATTTAACTT
324 GTTTAACTTATACAAGTTGTTACATTCAAATATGGGAGTTTAAATACAATTGCAGAATTTAACTT
* * ** *
519240 ATTCAAGTTTTTATATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACAT
389 ATCCAAATCGTTACATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACAT
* * * * *
519281 TATAGAGTTTAAGTTATCCAATTTGTTACATGCAAAGATGTAAGTTTGAATAATGTTGTAATGTT
1 TGTAGAGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTT
* * * * * *
519346 TAACTTACCCAA-TATATTGCATTCTATGA-TGAAAGTTTGAATAACGTCGTAATGTTTAACTTA
66 TAACTTATCCAAGT-TATTACATTCAAAGATTG-AAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACTTA
* * ** *
519409 TCAA-TGGATACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGTGATT-TAATGACTCAATTTATTCAAATT
129 TCAAGTTGATACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCG-TTATAATGACTCAACCTATCCAAATT
* * *
519472 GTTATATT-AAAAGATGGAAGTTTGAATAGCA-TTGTAGAACTTAATTTATCCAAGTTTTTACAT
193 GTTATATTCAAAAG-TGGAAATTTGAATA-CATTTGTAGAACTTAAATTATCCAAGTTCTTACAT
* * * * ** *
519535 TCA-AAATTGGAAGTTTGTATAGCGTTGTAACGTCTTAAGAAAAC-ACTTTGATGTTTACAGACT
256 TCATAAATT-GAAGTTTGAATAACGTTGCAAAGTCTTAA-AAAACTAAGTTGATGCTTACAGACT
* * * * * * * *
519598 AAAGAGTTTAACTTATCCAGGTTGTTACGTTCAAGTATGTGAGTTTTAATAACGA-TGCA-ATGT
319 AAAGAGTTTAACTTATACAAGTTGTTACATTCAAATATGGGAGTTTAAAT-ACAATTGCAGA-AT
* ***
519661 TTAACTTATCCAAATCGTTACAT-TCAAAGATGGAAGTTTGAATAGTGT
382 TTAACTTATCCAAATCGTTACATCT-AAAGATGGAAGTTTAAATAACAT
* * * * * * *
519709 TGTAGAGTTTAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGACGAAAGTTTGAAGAGCGTTGTAATGTT
1 TGTAGAGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTT
* * * * * * *
519774 CAACTTATCTAAGTTATTATATTCAAAGATTGAAGTTTAAATAAAGTTTTAAAGTTTAACTTAAC
66 TAACTTATCCAAGTTATTACATTCAAAGATTGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACTT-AT
*
519839 CAAGTTGATACAATAAAAAAT
130 CAAGTTGATACATTAAAAAAT
519860 TATATATAAA
Statistics
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Consensus pattern (429 bp):
TGTAGAGTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAAAGATGAAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTT
TAACTTATCCAAGTTATTACATTCAAAGATTGAAGTTTGAATAAAGTTGTAATGTTTAACTTATC
AAGTTGATACATTAAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTTATAATGACTCAACCTATCCAAATTGTT
ATATTCAAAAGTGGAAATTTGAATACATTTGTAGAACTTAAATTATCCAAGTTCTTACATTCATA
AATTGAAGTTTGAATAACGTTGCAAAGTCTTAAAAAACTAAGTTGATGCTTACAGACTAAAGAGT
TTAACTTATACAAGTTGTTACATTCAAATATGGGAGTTTAAATACAATTGCAGAATTTAACTTAT
CCAAATCGTTACATCTAAAGATGGAAGTTTAAATAACAT
Found at i:520203 original size:57 final size:56
Alignment explanation
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519593 AGACTAAAGA
* * ** * * * *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAAT-TGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-AT
* * * * * *
519715 GTTTAATTTATCCAAGTTGTCATATTCAAAGA-CGAAAGTTTGAAGAGCGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTG-AAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * ** * *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * *
519827 GTTTAACTTAACCAAGTTGATACAATAAAAAATT-ATA-TATAAATTAGCGTCGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGA-AGTTTGAA-TAGCGTTGTAAT
* * * * * *
519883 GTCTTAAAC-TGTCCAAGTTGTTACATTCAAGTAA-GGATGTTTGAATATCATTGTAAT
1 GT-TT-AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAA-AAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * **** **
519940 GTCCTAACATGTCCAAGTTGTTAC-TTCTAATGGCGAATGTTTGAATAGCGTTAG-AGG
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAA-GTTTGAATAGCGTT-GTAAT
* * ** * * *
519997 GTTTAACTTATCCAATTTGTTACATTCAATGAA--GAGAGACTAAATAACATTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAA-AAATTGA-AGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * * *
520053 GTTTAACTTACCCAA-TCTGTGACATTTAAATATGGATGTTTGAATAACATTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGT-TGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * *
520109 GTTTAACTTAACCAAGTT-TT-CGATTCAAAAATTGAAGTTTAAATAGCGTTATAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTAC-ATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * *
520164 GTCTTAACCTATCCAAGTTATTACATTAAAAAATTGAAGTATGAATAGCGATGTTGA-
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTG-TAAT
* * * * * *
520221 GTTGAAATTATCCAAGTTTTTACATTC-AAAATGGAAGTTGGAATGGCGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * ** * * *
520276 GTCTTAACTTGTCTAAGTTGTTACATTCAAGTATGGATGTTTGAATAAC-TGTGTAAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGT-TGTAAT
* *
520333 GTATTAACTTATCCAAGTTGTTATATTCAAAACTTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
520390 ATCCATGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAAATTGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
Found at i:520993 original size:56 final size:57
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520831 TGTCACATTC
* * ** * ** * *
520841 AAGA-CAGAAGTTTGAAAAACGATGTAGGGTTTAACTTATCAAATTTGTTACATTCA
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* * *
520897 AAGATCAGAA-TTTGAATATCATTATAATGTTTAACTTATCCAAGATGTGACATACA
1 AAGATCAGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGATGTGACATACA
*
520953 AAGAT-GGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAG
1 AAGATCAGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAG
520997 TTGTCACGTT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 16, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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AAGATCAGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGATGTGACATACA
Found at i:521724 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 521611--522928 Score: 843
Period size: 56 Copynumber: 23.5 Consensus size: 56
521601 GAACTAAAGA
* * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* ** * * * * * ** *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * *** * * *
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* * * * *
521888 GTCTTAAATTATCCAAGTTGTTACATTCAAATATGGAAGTTTGGATAGTGTTTTAAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * **
521945 GTCCTAACTTGTCCAAGTTGTTACATTTAAAGACGGAAGTTTGAATAACGTTGTAGG
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * *
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1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGA-AGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * *
522058 GTTTAACTTATCCAAGCTGTGACATTCAAAGATGGAAGTTTGCATAACATTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * *
522114 GTTTAACTTATCCAAGTTGTCACATTCAAAAATGGAAGTTTAAATAGCGTTATAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * *
522170 GTCTTAACATATACAACTTGTTACATTCAAA-AAGGAAGTTTGAATATCGATGTAGA-
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-AT
* * * *
522226 GTTGAAATTATCCAAGTTGTTACA-TCAAAAATGGAAGTTGGAATAGCGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * ** * * *
522281 GTCTTAACTTATCTAAGTTGTTATATTCAATTATTGATGTCTGAATAAG-GTTGTAAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAAT-AGCGTTGTAAT
* * * *
522338 GTATTAACTTATCCAAGTTATTATATTCAAAAATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTGAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * * ** *
522395 GTCTAAACATAACCACGTT-TTCACATCCAAAGATTGTAGTTTGAATAATGTTATAAT
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTT-ACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * ** * * ** *
522452 GTTTAAATATTTTTAAGTTGTTACATTCAAGGATTGAAGACTGAATAGCGTTATAGA-
1 GTTTAACT-TATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-AT
* * * * * * * *
522509 GCTTAAC----CCAAGTGGTTACATTGAAAGATGCATGTTCGAATAACATTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
** * * * * * **
522561 GTTTATTTTATTCAAGTTATTACGTTCAATGATGGAAGCTTGAATAGTATTGTAGA-
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA-AT
* * * * * * *
522617 GTTCAATTTATCAAAGTTGTCATATTCAAAGATGAAAGTTTGAAGAGCGTTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * ** * *
522673 -TTTCAACTTATCAAAGTTATTAAATTCAAATATAGAAGTTT-ATATAATGTTTTAAA
1 GTTT-AACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGA-ATAGCGTTGTAAT
* * *
522729 GTTTAACTTAACCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAACATTGTAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * * *
522785 ATTTAACTTATCCAAGTCATCGTTTA-A--AAAAAATGTAAGTTTAAATAGAGTTATAAT
1 GTTTAACTTATCCAAGT--T-G-TTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
* * * * * *
522842 GTCTTAACCTATCCAAGTTGTTACATTC-AAGCCTGGAAGTTTTAATATCTTTATGAA-
1 GT-TTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAG-ATGGAAGTTTGAATAGCGTTGT-AAT
522899 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
1 GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAA
522929 TATTGATATT
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 257, Indels: 92
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.00
52 33 0.03
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59 2 0.00
60 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
GTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATTCAAAGATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAAT
Found at i:523120 original size:93 final size:93
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522946 CATTGCCTTG
* * * *
522956 TCTTAACAAAATACATTGATGTTTACAAACTAAATAGTTTAACTGGTCCATGTTCTTACATTCGA
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* *
523021 AGATGGATGTTCGAATAGTGTTGTAATT
66 AGATGGAAGTTCGAATAGCGTTGTAATT
* * * * * *
523049 TCTTAACAAAATAC-TTTATCGTTTACGAACTAAAGAGTATAACTTATCTAAGTTTTTATATT-G
1 TCTTAACAAAATACATTGAT-GTTTACAAACTAAAGAGTATAACTGATCCAAGTTCTTACATTCG
* *
523112 ATATATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTA
65 A-AGATGGAAGTTCGAATAGCGTTGTA
523139 GAGTTTAAGT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
92 6 0.08
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TCTTAACAAAATACATTGATGTTTACAAACTAAAGAGTATAACTGATCCAAGTTCTTACATTCGA
AGATGGAAGTTCGAATAGCGTTGTAATT
Found at i:523179 original size:56 final size:56
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523106 ATATTGATAT
* * *
523116 ATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-GTTTAAGTTATCCAAGTTGTTATATGAAAAG
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATGAAAAG
* * * * * * *** *
523172 ATTGAAGTTTGAATAATGTTGTAATGTTTAATTTATTCAATTTGTTGCATTCTATG
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATGAAAAG
* * *
523228 ATGGAAGTTTGAATAACGTCGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTTACACTAAAAAA
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTG-TTACA-TGAAAAG
* * * * * * * * * *
523286 ATGGAAGTTTAAATAGCCTTTTGATGTCTCAATTTAT-TAATGTTGTTACATTAAAAA
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGT-TTAACTTATCCAA-GTTGTTACATGAAAAG
* *
523343 ATGAAAGTTTGAATAACGTGGTAATGTCTTAAC
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGT-TTAAC
523376 AAAACACTTT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 43, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ATGGAAGTTTGAATAACGTTGTAATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATGAAAAG
Found at i:523330 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 523116--523375 Score: 240
Period size: 112 Copynumber: 2.3 Consensus size: 112
523106 ATATTGATAT
* * * * * * *
523116 ATGGAAGTTTGAATAGCGTTGTAGA-GTTTAAGTTATCCAAGTTGTTATATGAAAAGATTGAAGT
1 ATGGAAGTTTGAATAACGTCGTA-ATGTTTAACTTATCCAAGTTGTTACATAAAAAAATGGAAGT
* ** * ** **
523180 TTGAATAATGTTGTAATGTTTAATTTATTCAATTTGTTG-CATTCTATG
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** *
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* * *
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*
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*
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* *
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* *
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**
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Done.