Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
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1 AATATATTATTATATT
936426 TATTTTATTT
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AATATATTATTATATT
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* * *
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1 TATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAT-GA
*
940227 TTGATTTATTTTAAAATAATTTATTTT-AAATAATTTATTAGTATGAAT-TG-
1 -T-ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTA-TA-AAATATGA
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TATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATATGA
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940123 TAATAAGGTT
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1 ATTTATTTTAAAATA
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1 ATTTATTTTAAAATA
*
940163 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
940178 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
940193 ATTTACTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
* *
940208 AATTATTATAAAATATGGA
1 ATTTATT-TTAAA-AT--A
940227 TTGATTTATTTTAAAATA
1 ---ATTTATTTTAAAATA
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1 ATTTATT
940266 AGTATGAATT
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ATTTATTTTAAAATA
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940258 AATTTATTAG
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1 TATGAATTGATTTATTTTAAAA
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1 TATGAATTGATTTATTTTAAA
940311 TAATTTATTA
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TATGAATTGATTTATTTTAAAA
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940235 TTTTAAAATA
*
940245 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
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*
940299 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
940331 ATTTA-TTT---TAA---A--A-TATGGATTG
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*
940353 ATTTATTTTAACTAATTTATTAGTATGGATTG
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1 ATTTATTTTAAA
940397 ATATGGATTG
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ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
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940235 TTTTAAAATA
*
940245 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTG
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1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
* *
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1 ATTTATT
940414 ATTGTAGTTG
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940312 AATTTATTAG
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1 TATGAATTGATTTATTTTAAAA
*
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940364 CTAATTTATT
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TATGAATTGATTTATTTTAAAA
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940357 ATTTTAACTA
*
940367 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
940385 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTA--TT--AATATGGATTG
940407 ATTTATTA
1 ATTTATTA
940415 TTGTAGTTGT
Statistics
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ATTTATTAATATGGATTG
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940334 TATTTTAAAA
*
940344 TATGGATTGATTTATTTTAACTAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
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66 TTATTATTGTAGTTG
940424 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
940489 TTATT
66 TTATT
940494 TTAAATAATT
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TTATTATTGTAGTTG
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940280 TATTTTAAAA
*
940290 TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
940355 TTATTTTAACTAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTATTGT
66 TTATTTTAA-TAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTATTTT
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130 A-TTG
*
940424 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
940489 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAAT
66 TTATTTT-AATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TTT--AT
940554 AATTTATTAG
127 --TTTATT-G
* * *
940564 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
* * * *
940629 TTA--TT-AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATT
66 TTATTTTAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-GGATTGATTTATT
***
940688 TATTTTAAAA
124 TATTTTATTG
* *
940698 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTTATTTATTTTAAAATATGAATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
940763 TTATTTTAA
66 TTATTTTAA
940772 AATATGGATT
Statistics
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137 3 0.01
138 6 0.02
139 6 0.02
140 78 0.25
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TTG
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940235 TTTTAAAATA
940245 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAA
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAA
*
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66 ATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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* *
940433 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAA
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAA
*
940498 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
66 ATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940563 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
131 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
940585 TAATTTATTT
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188 148 1.00
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ATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTG
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940413 TATTGTAGTT
940423 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940455 GTATGGATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940478 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940509 GTATGGATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940532 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
940563 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
940595 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
940617 ATATGGATCG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 1, Indels: 40
0.77 0.01 0.22
Matches are distributed among these distances:
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28 6 0.04
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GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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940235 TTTTAAAATA
940245 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAA
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGT-TGAATTGATTTATTTT-AAATATGAATTGATTTATTTTAA
*
940310 ATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAACTAATTTATTA
64 ATAATTTATTA-TATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
940375 GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATT
128 GTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATT
940440 TTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
193 TTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
* * * * * * *
940465 ATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA--TT-AGTATGGATTGATTTATTT
1 ATTTATTTT-AAATA---ATTTA-TTAGTTGAATTGATTTATTTTAAATATGAATTGATTTATTT
* * * * * *
940527 TAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGATTTATTTTAAATAA
61 T-AAATA---ATTTA-TTATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAA
*
940588 TTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTG
121 TTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTG
940653 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
186 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
** * *
940685 ATTTATTTT-AA-AA--TA-T-G--G-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATT-AGTATGAATTTA
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTGAATTGATTTATTTTAAAT-ATGAATTGA-T-TTATTTTA
** * **
940740 TTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
63 AATAATTTATTATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
**
940805 GTATATATTGATTTATTT
128 GTATGGATTGATTTATTT
940823 AAATAATTTA
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 40, Indels: 50
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
206 18 0.06
207 3 0.01
208 4 0.01
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210 57 0.19
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212 1 0.00
214 1 0.00
217 1 0.00
218 2 0.01
220 155 0.52
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Consensus pattern (217 bp):
ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTTGAATTGATTTATTTTAAATATGAATTGATTTATTTTAAAT
AATTTATTATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTA
TGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGATTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTA
AATAATTTATTAGTATGGATTG
Found at i:940481 original size:22 final size:22
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940446 AATTTATTAG
940456 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAAA
940478 TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
940499 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.14, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAAA
Found at i:940493 original size:54 final size:54
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Indices: 940424--940999 Score: 552
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940414 ATTGTAGTTG
940424 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
940478 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
940532 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
* * * ** * * * * ***
940585 TA---ATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATCGATTTATTATTGTAGTTG
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA--TT--AGTATGGATTGATTTA-T-TT-TA-AAA
940644 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
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* *
940698 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTTATTTATTTTAAAA
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* ** ** * ** * * *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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*
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* * ** *
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* * * *
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* * ** ** * ** *
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* *
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* * ** *
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* * * * * **
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* *
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* *
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ATGGATTG
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*
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* * * * ** *
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*
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* * **
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
944222 TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAA
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*
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* *
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* *
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*
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*
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**
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* *
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* *
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1 A
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* *
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*
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*
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* *
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** ** * ** * * *
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* *
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* *
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*
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* *
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* ** * ** * * * *
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*
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* *
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*
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* * *
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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* *
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** * *
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*
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*
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* ** *
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TAAAATATGGATTGATTTATTTAATATTTATTAG
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*
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*
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*
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* *
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*
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ATTTATTTTAAAATA
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*
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* *
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** * * * ** * * *
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* * *
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** * ** * * * * **
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* * * ** * * *
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*
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* * * * * * ***
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* *
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* *
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* *
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* * **
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** * ** * * * *
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* **
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* * * * * * **
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* * *
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*
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TGTAGATG
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*
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* *
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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Statistics
Matches: 354, Mismatches: 27, Indels: 34
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ATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTAATATGTATTAGTATGAATTGATTTAT
TTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
Found at i:947716 original size:22 final size:24
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947677 ATAATTTATT
947687 TGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 TGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
**
947711 T-T-TGGATTGATTTATTATTATAGT
1 TGTATGGATTGATTTATT-TTA-AAA
947735 TGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA
1 TGTATGGATTGATTTATTTT--A-AA---A
947765 TTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
1 -T-GTATGGATTGATTTATTTTAAAA
947791 --TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTA
1 TGTATGGATTGATTTATTTT--A-AA---A
*
947819 TTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAA
1 -T-GTATGGATTGATTTATTTTAAAA
*
947845 --TATGAATTGATTTATTTTAAAA
1 TGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
947867 --TATGGATTGATTTATTTTAAA
1 TGTATGGATTGATTTATTTTAAA
947888 TAATTTATTA
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Consensus pattern (24 bp):
TGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
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947726 TATTATAGTT
947736 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
947768 GTATGGATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
947791 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
947822 GTATGAATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
947848 G-A---ATTGATTTATTTTAAAA---------
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
947867 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
** *
947898 GTATATATTGATTTATTTTAAATAATTTATTT
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
*
947930 GTATAGATTGATTTATTTTAAA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
947952 ATATGGATTG
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GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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947866 ATATGGATTG
947876 ATTTATTTTAAATA
1 ATTTATTTTAAATA
* *
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1 ATTTATTTTAAATA
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947930 GTATAGATTG
Statistics
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ATTTATTTTAAATA
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947862 TAAAATATGG
947872 ATTGATTTATTTTAA
1 ATTGATTTATTTTAA
* *
947887 A-TAATTTATTAGTATAT
1 ATTGATTTATT--T-TAA
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*
947919 A-TAATTTATTTGTATA
1 ATTGATTTATTT-TA-A
947935 GATTGATTTATTTTAAA
1 -ATTGATTTATTTT-AA
*
947952 ATATGGATTGA-TTT--
1 AT-T-GATTTATTTTAA
**
947966 ATT-ATTGTAGTTGTATGG
1 ATTGATT-TA-TT-T-TAA
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* *
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1 ATTGATTTATTTTAA
* *
948031 A-TAATTTATTAGTATAG
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948063 A
1 A
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Statistics
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ATTGATTTATTTTAA
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947988 ATTTATTTTAAATA
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* *
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948041 AGTATAGATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 8
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ATTTATTTTAAATA
Found at i:948020 original size:32 final size:32
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947968 TATTGTAGTT
*
947978 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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1 GTATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
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1 GTATGA-ATTGATTTATTTTAAA
948064 ATATGAATTG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
31 1 0.02
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GTATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
Found at i:948071 original size:54 final size:54
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Indices: 947571--948095 Score: 459
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947561 ATTGTAGTTG
*
947571 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
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*
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* * * ** * * * * **
947677 -AT-AATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATTTGGATTGATTTATTATTATAGTTG
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*
947737 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
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* *
947791 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAA
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** ** * ** * * *
947845 TATGAATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATT-G-ATTTATTTTAAATAATTTATTAG
1 TATGAATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATGGA-TTGATTTATTTTA-AAA
* *
947899 TAT-ATATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATAGATTGATTTATTTTAAAA
1 TATGA-ATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
* *
947953 TATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTA-TTT---TAA---A--A
*
948010 GTATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAAA
1 -TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
948065 TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
948096 TGTACTTGTA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 52, Indels: 76
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TATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAA
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947481 TATTTTAAAA
* *
947491 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGCATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATA--GATTGAT
* ** * ** * * * *
947556 TTATTAT-TGTAGTTGTATGGAT-TG-ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTAT
64 TTAGTATAAATAATT-TATTAATATGAATTGA-TTT--AT--TTTA-AAATATGAATTGATTTAT
*
947618 TTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATT
122 TTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATT
* *
947683 TATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATTTGGATTGATTTATTATTATAGTTG
187 TATTTGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTATAGTTG
*
947737 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATA--GATTGAT
* * *
947802 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAAA
64 TTAGTATAAATAATTTATTAATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAAA
*
947867 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATATATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
129 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGT
*
947932 ATAGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTG
194 ATAGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTATAGTTG
*
947979 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTT-AAATA-ATTTA-TT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATAGATTGATTT
* *
948041 AGTATAGATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAA
66 AGTATA-AATAATTTA--TT--AATATGAATTGATTTATTTTAAA
948086 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 24, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
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238 11 0.03
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ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (240 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATAGATTGATTT
AGTATAAATAATTTATTAATATGAATTGATTTATTTTAAAATATGAATTGATTTATTTTAAAATA
TGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATAGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTAT
AGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTATAGTTG
Found at i:948090 original size:166 final size:164
Alignment explanation
Indices: 947491--948095 Score: 699
Period size: 166 Copynumber: 3.7 Consensus size: 164
947481 TATTTTAAAA
* * *
947491 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGCATGGATTGATTTATTTTAAAATA-TGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGGATAGA
* *
947555 TTTATTATTGTAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
66 TTTATTATTTTAGTTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
947620 TAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
131 TAAAATATGGATTGATTTA-TTT-AAT-ATTTATTAG
* * *
947657 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAAT-TTGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGGATAGA
* *
947721 TTTATTATTATAGTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
66 TTTATTATTTTAGTTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
947786 TAAAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
131 TAAAATATGGATTGATTTA-TTT-AAT-ATTTATTAG
* *
947823 TATGAATTGATTTA-TTT---TAA---A--A-TATGAATTGATTTATTTTAAAATA-TGGATTGA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGGATAGA
** * *
947877 TTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATATATTGATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATAGATTGA
66 TTTA--TT--AT--TTTAGTTA-TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGA
*
947941 TTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA-TT-AT-TGTAGTT-G
124 TTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTAATATTTA-TTAG
*
947979 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTT-AA-AA--TATT-GG
* ** *
948044 ATAGATTGATTTATTTTA-AAATATGAATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
61 ATAGATTTA-TTATTTTAGTTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
948096 TGTACTTGTA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 22, Indels: 52
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 51 0.13
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171 4 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (164 bp):
TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGAATTGATTTATTTTAAAATATTGGATAGA
TTTATTATTTTAGTTATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTT
TAAAATATGGATTGATTTATTTAATATTTATTAG
Found at i:957221 original size:19 final size:19
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Indices: 957197--957233 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
957187 ATGACCAACA
*
957197 AAATCGCAATGCGATCTCT
1 AAATCGCAACGCGATCTCT
957216 AAATCGCAACGCGATCTC
1 AAATCGCAACGCGATCTC
957234 CAGTATCACA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.16, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
AAATCGCAACGCGATCTCT
Found at i:957324 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 957278--957331 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
957268 GATTTTGACT
957278 ATCGCATTGCGATTTTCCAAA
1 ATCGCATTGCGATTTTCCAAA
* * **
957299 TTCGCGTTGCGATTTTGTAAA
1 ATCGCATTGCGATTTTCCAAA
*
957320 ATCGCAATGCGA
1 ATCGCATTGCGA
957332 ATATGTAAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 7, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
ATCGCATTGCGATTTTCCAAA
Found at i:957338 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 957314--957372 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
957304 GTTGCGATTT
957314 TGTAAAATCGCAATGCGAAT-A
1 TGTAAAATCGCAATGCGAATAA
*
957335 TGT-AAATCGCAACGCG-ATAA
1 TGTAAAATCGCAATGCGAATAA
**
957355 TACAAAATCGCAATGCGA
1 TGTAAAATCGCAATGCGA
957373 TTTTCAAAGC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.06
20 14 0.45
21 15 0.48
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.19, T:0.20
Consensus pattern (22 bp):
TGTAAAATCGCAATGCGAATAA
Found at i:960889 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 960760--960891 Score: 135
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 59
960750 CACCATAATG
* * * *
960760 CAATCCCGAGTATGACACATAAGGTTGTGTCCACCATCAGTACTAGGTACCCTTAAGTA
1 CAATCCTGAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATCAGTACTAAGTACCCTTAAGTA
* * * *
960819 CAGT-CTCGAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCAT-A-TACACTAAGTATCCTTTAGTG
1 CAATCCT-GAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATCAGT--ACTAAGTACCCTTAAGTA
*
960878 TAATCCTGAATATG
1 CAATCCTGAATATG
960892 CAGCCTGCTG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 10, Indels: 8
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 1 0.02
58 2 0.03
59 54 0.92
60 2 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (59 bp):
CAATCCTGAATATGACACATAAGGTCGTGTCCACCATCAGTACTAAGTACCCTTAAGTA
Found at i:961209 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 961177--961249 Score: 128
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 24
961167 AGTCTTCCGG
*
961177 ATGATGTATAAAATATCTATGTAC
1 ATGATGTATAAAACATCTATGTAC
961201 ATGATGTATAAAACATCTATGTAC
1 ATGATGTATAAAACATCTATGTAC
*
961225 ATGATGTATAAAACATTTATGTAC
1 ATGATGTATAAAACATCTATGTAC
961249 A
1 A
961250 ATGTCATACA
Statistics
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24 47 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
ATGATGTATAAAACATCTATGTAC
Found at i:962470 original size:30 final size:29
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Indices: 962434--962498 Score: 78
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
962424 ATTTTAGTCC
* *
962434 CTAAACTTTTA-AAATTTTATACTTTGTTCA
1 CTAAAC-TTTACAAA-TTTATAATTTGGTCA
962464 CTAAACTTTACCAAATTTATAATTTGGTCA
1 CTAAACTTTA-CAAATTTATAATTTGGTCA
962494 CTAAA
1 CTAAA
962499 TAAATCCATT
Statistics
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29 4 0.13
30 24 0.77
31 3 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (29 bp):
CTAAACTTTACAAATTTATAATTTGGTCA
Found at i:966441 original size:15 final size:15
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Indices: 966421--966450 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
966411 ACACCTGCAT
966421 GAGATACATGCATAC
1 GAGATACATGCATAC
966436 GAGATACATGCATAC
1 GAGATACATGCATAC
966451 ATCATATACT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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15 15 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
GAGATACATGCATAC
Found at i:971716 original size:2 final size:2
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Indices: 971703--971734 Score: 55
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
971693 AAATGACAAA
*
971703 AT AT AC AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
971735 TTACGTTCAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:978646 original size:81 final size:81
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Period size: 81 Copynumber: 3.0 Consensus size: 81
978496 GAATAGAATG
* * * * * *
978506 CCTTCGAGTAAAAGATTAATTGTTTAATTGTGTATTTGGCAGAAATGTGTCAATATTGCAAGTTA
1 CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGTCTAGTTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTA
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66 GATGAAAGGCTAAATT
978587 CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGTCTAGTTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTA
1 CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGTCTAGTTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTA
978652 GATGAAAGGCTAAATT
66 GATGAAAGGCTAAATT
* * *
978668 CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGAAAGTTA
1 CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGTCTAGTTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTA
*
978733 GATGAAAGGTTAAAT
66 GATGAAAGGCTAAAT
978748 GCCTAACTGT
Statistics
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81 151 1.00
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Consensus pattern (81 bp):
CCTTTGAGTAAAAGATTAATTGTCTAGTTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTA
GATGAAAGGCTAAATT
Found at i:978806 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 978678--978807 Score: 185
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 59
978668 CCTTTGAGTA
* * * *
978678 AAAGATTAATTGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGAAAGTTAGATG
1 AAAGGTTAAATGCCTAGATGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATGAAAGTTAGATG
978737 AAAGGTTAAATGCCTA-ACTGTGCATTTGACAGAAAGGTG-CAATAAT-ACAAGTTAGATG
1 AAAGGTTAAATGCCTAGA-TGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATGA-AAGTTAGATG
978795 AAAGGTTAAATGC
1 AAAGGTTAAATGC
978808 TTTTGGGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (59 bp):
AAAGGTTAAATGCCTAGATGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATGAAAGTTAGATG
Found at i:978818 original size:81 final size:82
Alignment explanation
Indices: 978733--978921 Score: 281
Period size: 82 Copynumber: 2.3 Consensus size: 82
978723 TTGAAAGTTA
**
978733 GATGAAAGGTTAAATGCCTAACTGTGCATTTGACAGAAAGGTGC-AATAATACAAGTTAGATGAA
1 GATGAAAGAATAAATGCCTAACTGTGCATTTGACAGAAAGGTGCTAATAATACAAGTTAGATGAA
*
978797 AGGTTAAATGCTTTTGG
66 AGGTTAAATGCCTTTGG
* * * ** *
978814 GATGAAAGACTAAATGCCTAGCTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCTAATAATGTAAGTTTGATGAA
1 GATGAAAGAATAAATGCCTAACTGTGCATTTGACAGAAAGGTGCTAATAATACAAGTTAGATGAA
978879 AGGTTAAATGCCTTTGG
66 AGGTTAAATGCCTTTGG
*
978896 GATGAAAGAATAAATACCTAACTGTG
1 GATGAAAGAATAAATGCCTAACTGTG
978922 TGTTTTGGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
81 40 0.42
82 56 0.58
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (82 bp):
GATGAAAGAATAAATGCCTAACTGTGCATTTGACAGAAAGGTGCTAATAATACAAGTTAGATGAA
AGGTTAAATGCCTTTGG
Found at i:978871 original size:140 final size:140
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Indices: 978615--978891 Score: 403
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
978605 ATTGTCTAGT
* * * *
978615 TGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGCAAGTTAGATGAAAGGCTAAATTCCTTTGAGTAAA
1 TGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATACAAGTTAGATGAAAGGCTAAATGCCTTTGAGTAAA
* * *
978680 AGATTAATTGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATATTGAAAGTTAGATGAAAGGTTA
66 AGACTAAATGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGAAAGTTAGATGAAAGGTTA
978745 AATGCCTAAC
131 AATGCCTAAC
* * * *
978755 TGTGCATTTGACAGAAAGGTG-CAATAATACAAGTTAGATGAAAGGTTAAATGCTTTTGGGATGA
1 TGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATACAAGTTAGATGAAAGGCTAAATGCCTTTGAG-TAA
* * * *
978819 AAGACTAAATGCCTAGCTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCTAATAATGTAAGTTTGATGAAAGGTT
65 AAGACTAAATGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGAAAGTTAGATGAAAGGTT
978884 AAATGCCT
130 AAATGCCT
978892 TTGGGATGAA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
139 33 0.27
140 88 0.73
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (140 bp):
TGTGCATTTGACAGAAAGGTGCCAATAATACAAGTTAGATGAAAGGCTAAATGCCTTTGAGTAAA
AGACTAAATGCCTAGATGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGAAAGTTAGATGAAAGGTTA
AATGCCTAAC
Found at i:983525 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 983386--983719 Score: 373
Period size: 81 Copynumber: 4.1 Consensus size: 81
983376 AAGTGATTAG
* * * * *
983386 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAATTGCCTAGCTGTGCATTTGGTAGAAATGTGCCAATATTGCAA
1 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAAATGCCTAACTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGCAA
983451 GTTAGATGAAAGGCTA
66 GTTAGATGAAAGGCTA
* * * * * *
983467 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAATTGCCTAGCTGTGTATTTAGCAGAAAGGTGACAATATTGCAA
1 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAAATGCCTAACTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGCAA
983532 GTTAGATGAAAGGCTA
66 GTTAGATGAAAGGCTA
*** * * * * *
983548 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAAATATATAACTGCGTATTTGTCAGAAAGGTTCCAATAAT-AAA
1 AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAAATGCCTAACTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGCAA
*
983612 GTTAGATGAAAGGTTA
66 GTTAGATGAAAGGCTA
* * * * * * *
983628 AATGACATTGGGATAAAAGACTAAATGCCTAAATGTGCATTTGGGAGAAAGGTGTCAATAATGCA
1 AATGCCTTTGAG-TAAAAGATTAAATGCCTAACTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGCA
* * *
983693 AGTTTGATGAATGGTTA
65 AGTTAGATGAAAGGCTA
*
983710 AATTCCTTTG
1 AATGCCTTTG
983720 GGGTGAAAGG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 38, Indels: 3
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
80 26 0.12
81 164 0.77
82 23 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (81 bp):
AATGCCTTTGAGTAAAAGATTAAATGCCTAACTGTGCATTTGGCAGAAAGGTGCCAATAATGCAA
GTTAGATGAAAGGCTA
Found at i:983870 original size:51 final size:46
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Indices: 983833--983924 Score: 130
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
983823 TGCAAGTTAG
983833 ATGAAGAACAATGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCACAAATGAAA
1 ATGAAGAACAATGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCACAAATGAAA
* * * * * *
983879 ATGTATATCATTGCATAATTGACATGAAAGGATGCCAAAAATGAAA
1 ATGAAGAACAATGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCACAAATGAAA
983925 TTACATAACT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 40 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (46 bp):
ATGAAGAACAATGCATAATTGGCATGAAAGGATGCCACAAATGAAA
Found at i:987911 original size:11 final size:11
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Indices: 987882--988041 Score: 106
Period size: 11 Copynumber: 14.8 Consensus size: 11
987872 GGGCTATATC
987882 ATATATATT-T
1 ATATATATTAT
*
987892 ATATGTATTAT
1 ATATATATTAT
987903 ATATATATTAT
1 ATATATATTAT
* *
987914 AT-TAGA-AAT
1 ATATATATTAT
987923 ATATTATATT-T
1 ATA-TATATTAT
987934 AGTATATATTATT
1 A-TATATATTA-T
987947 ATAGTATATT-T
1 ATA-TATATTAT
*
987958 ATATGTATTAT
1 ATATATATTAT
987969 ATGTATATATTAT
1 A--TATATATTAT
*
987982 ATTTATATT-T
1 ATATATATTAT
*
987992 -TATATATTGGT
1 ATATATATT-AT
*
988003 ATATGTATTAT
1 ATATATATTAT
*
988014 ATA-ATAATAT
1 ATATATATTAT
*
988024 -TAT-TATTTT
1 ATATATATTAT
988033 ATATATATT
1 ATATATATT
988042 TATTTATTTA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 33
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 17 0.15
10 25 0.21
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12 11 0.09
13 18 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.06, T:0.56
Consensus pattern (11 bp):
ATATATATTAT
Found at i:987982 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 987885--987996 Score: 83
Period size: 28 Copynumber: 4.2 Consensus size: 27
987875 CTATATCATA
* *
987885 TATATT-TATATGTAT-TATATATATAT
1 TATATTATATAT-TATATTTATATGTAT
* * *
987911 TATATTAGA-AATATA-TTATATTTAGT
1 TATATTATATATTATATTTATATGTA-T
*
987937 ATATATTATTATAGTATATTTATATGTAT
1 -TATATTA-TATATTATATTTATATGTAT
987966 TATATGTATATATTATATTTATAT-T-T
1 TATAT-TATATATTATATTTATATGTAT
987992 TATAT
1 TATAT
987997 ATTGGTATAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 8, Indels: 16
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.14
26 14 0.20
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30 8 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (27 bp):
TATATTATATATTATATTTATATGTAT
Found at i:987996 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 987951--987996 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 13
987941 ATTATTATAG
987951 TATATTTATATGTAT
1 TATATTTATAT-T-T
* *
987966 TATATGTATATAT
1 TATATTTATATTT
987979 TATATTTATATTT
1 TATATTTATATTT
987992 TATAT
1 TATAT
987997 ATTGGTATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 17 0.63
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ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.04, T:0.61
Consensus pattern (13 bp):
TATATTTATATTT
Found at i:988005 original size:66 final size:63
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Indices: 987885--988014 Score: 163
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
987875 CTATATCATA
*
987885 TATATTTATATGTATTATATATATATTATATTAGAAATATATTATATTTAGTATATATTATTATA
1 TATATTTATATGTATTATATATATATTATATT--AAATATATTATATTTAGTATAT-GTATTATA
987950 G
63 G
* * *
987951 TATATTTATATGTATTATATGTATATATTATATT-TATATTTTATATATTGGTATATGTATTATA
1 TATATTTATATGTATTATA--TATATATTATATTAAATATATTATAT-TTAGTATATGTATTATA
988015 TAATAATATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 7
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
65 17 0.30
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Consensus pattern (63 bp):
TATATTTATATGTATTATATATATATTATATTAAATATATTATATTTAGTATATGTATTATAG
Found at i:988016 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 987876--987998 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 64.5 Consensus size: 2
987866 TACCTTGGGC
* *
987876 TA TA TCA TA TA TA TT TA TA TG TA T- TA TA TA TA TA T- TA TA T-
1 TA TA T-A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * * *
987916 TA GA AA TA TA T- TA TA TT TA GTA TA TA T- TA T- TA TA GTA TA TT
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA
* * * *
987957 TA TA TG TA T- TA TA TG TA TA TA T- TA TA TT TA TA T- TT TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
987996 TA T
1 TA T
987999 TGGTATATGT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 18, Indels: 24
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
1 9 0.10
2 76 0.84
3 6 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.01, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:988024 original size:68 final size:64
Alignment explanation
Indices: 987876--988044 Score: 161
Period size: 66 Copynumber: 2.6 Consensus size: 64
987866 TACCTTGGGC
*
987876 TATATCATATATATTTATATGTATTATATATATATTATATTAGAAATATATTATATTTAGTATAT
1 TATATAATA-ATATTTATATGTATTATATATATATTATATT--AAATATATTATATTTAGTATAT
987941 AT
63 AT
* * * *
987943 TATTATAGT-ATATTTATATGTATTATATGTATATATTATATT-TATATTTTATATATTGGTATA
1 TA-TATAATAATATTTATATGTATTATA--TATATATTATATTAAATATATTATAT-TTAGTATA
988006 TGTAT
62 --TAT
988011 TATATAATAATA-TTATTAT-T-TTATATATAT-TTAT
1 TATATAATAATATTTA-TATGTATTATATATATATTAT
988045 TTATTTAATC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 6, Indels: 20
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
63 4 0.05
64 5 0.06
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Consensus pattern (64 bp):
TATATAATAATATTTATATGTATTATATATATATTATATTAAATATATTATATTTAGTATATAT
Found at i:988031 original size:40 final size:36
Alignment explanation
Indices: 987966--988038 Score: 101
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
987956 TTATATGTAT
*
987966 TATATGTATATATTATATTTATATTTTATATATTGG
1 TATATGTATATATAATATTTATATTTTATATATTGG
988002 TATATGTATTATATAATAATATTATTATTTTATATAT
1 TATATGTA-TATATAAT-AT-TTA-TATTTTATATAT
988039 ATTTATTTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 8 0.25
37 7 0.22
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ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.05, T:0.58
Consensus pattern (36 bp):
TATATGTATATATAATATTTATATTTTATATATTGG
Found at i:989406 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 989388--989452 Score: 67
Period size: 13 Copynumber: 5.0 Consensus size: 13
989378 GTCATGAATC
*
989388 TATGACGCGCATT
1 TATGACGCACATT
* *
989401 TATGACACGCATT
1 TATGACGCACATT
* * *
989414 TAGGATGCATATT
1 TATGACGCACATT
989427 TATGACGCACATT
1 TATGACGCACATT
*
989440 TATGACGCTCATT
1 TATGACGCACATT
989453 GTGAGTCATT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 10, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 42 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (13 bp):
TATGACGCACATT
Found at i:989671 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 989457--989673 Score: 222
Period size: 85 Copynumber: 2.6 Consensus size: 85
989447 CTCATTGTGA
* * * * * *
989457 GTCATTGAAGC-CGCGTCATAAATTAAGACGACACACATTTGTGTGTCATAAATTTATGGCACGC
1 GTCATTGAAGCACACGTCATAAATAAAAATGACACACATTTGTGTGTCATAAATTTATGACAAGC
*
989521 ATGTATGACTTACATTTAGC
66 ATGTATGACTTACATTGAGC
* * ***** * *
989541 GTCATTGAAGCCCCCGTCATAAATCTGCTTGATATACATTTGTGTGTCATAAATTTATGACAAGC
1 GTCATTGAAGCACACGTCATAAATAAAAATGACACACATTTGTGTGTCATAAATTTATGACAAGC
* *
989606 ATGTATGACTTACATTGCGT
66 ATGTATGACTTACATTGAGC
* * *
989626 GTCATTGAAGCACATGTCATTAAA-AAAAATGACACACGTTCGTGTGTC
1 GTCATTGAAGCACACGTCA-TAAATAAAAATGACACACATTTGTGTGTC
989674 GTGATTGTAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 26, Indels: 3
0.78 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
84 11 0.10
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ATGTATGACTTACATTGAGC
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TA
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*
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*
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* * *
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* ** *
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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* * *
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* * ** **
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
1030980 ATTCTTGGATTCTCGTCTTGGAATATATGACGGAGTATTAGTAGGTGGGAATTAAAGTA
1 ATTCTTGGATTCTCGTCTTTGAATATATGACGGAGTATTAGTAGGTGGGAATTAAAGTA
1031039 CCATGGACCC
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*
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* * **
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AT
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* *
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* *
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* *
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** *
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* *
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* *
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1 AA
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Statistics
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Consensus pattern (24 bp):
AAATTATTAAAAATTAAAAAGATT
Found at i:1079533 original size:2 final size:2
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Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
1079516 AGTATTTTTA
1079526 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1079554 TAGTAATTTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1083599 original size:49 final size:49
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Period size: 49 Copynumber: 5.8 Consensus size: 49
1083501 GAATACCATG
* * * *
1083511 AGTGGCTCCTTTTATGCTGATAATGCACTATTATGCATTTAACTATCATT
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGA-AATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
* * * *
1083561 AATGGCACCTTTTATGCTGAAATGCACCATTATACATTTAAATTTCATT
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
*
1083610 AGTGGCACC-TTTATGCCGAAATGCAACATTATGCATTTAACTTTCATT
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
* * ***
1083658 AGTGGCACCTTTTATACTGAAATGCAATGTTATGCATTTAACTTTCATT
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
*** *
1083707 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCATTGTTATGCATTCAACTTTCATT
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
* * * * *
1083756 AGTGACACCATTTATGCCAAAATGCACCGTTGTGCATTTA
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTA
1083796 TTTTTGCAAC
Statistics
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AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCACCATTATGCATTTAACTTTCATT
Found at i:1083641 original size:97 final size:98
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Indices: 1083511--1083783 Score: 352
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1083501 GAATACCATG
* * * *
1083511 AGTGGCTCCTTTTATGCTGATAATGC-ACTATTATGCATTTAACTATCATTAATGGCACCTTTTA
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGA-AATGCAAC-ATTATGCATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTA
1083575 TGCTGAAATGCACCATTATACATTTAAATTTCATT
64 TGCTGAAATGCACCATTATACATTTAAATTTCATT
*
1083610 AGTGGCACC-TTTATGCCGAAATGCAACATTATGCATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTATA
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCAACATTATGCATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTATG
*** * *
1083674 CTGAAATGCAATGTTATGCATTTAACTTTCATT
66 CTGAAATGCACCATTATACATTTAAATTTCATT
*** * * *
1083707 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCATTGTTATGCATTCAACTTTCATTAGTGACACCATTTATG
1 AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCAACATTATGCATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTATG
**
1083772 CCAAAATGCACC
66 CTGAAATGCACC
1083784 GTTGTGCATT
Statistics
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AGTGGCACCTTTTATGCCGAAATGCAACATTATGCATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTATG
CTGAAATGCACCATTATACATTTAAATTTCATT
Found at i:1090086 original size:21 final size:21
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1090052 TTAAATTTTG
1090062 TTTTGAAAATAA-AACAAAACA
1 TTTT-AAAATAATAACAAAACA
* *
1090083 TTTTAATATAATAATAAAACA
1 TTTTAAAATAATAACAAAACA
1090104 TT
1 TT
1090106 CTTTGCAACA
Statistics
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Consensus pattern (21 bp):
TTTTAAAATAATAACAAAACA
Found at i:1090296 original size:50 final size:49
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1090210 AGGTTACTGA
** * * *
1090220 TGAAATGCACCGTTACACATTTAACTTTCATTAGTGGCACCTTTTTTTAC
1 TGAAATGCACCGTTATGCATTCAACTTTCATTAGTGGC-CCGTTTTATAC
* *
1090270 TGAAATGTACCGTTATGCATTCAACTTTCATTAGTGGCTCGTTTTATAC
1 TGAAATGCACCGTTATGCATTCAACTTTCATTAGTGGCCCGTTTTATAC
* *
1090319 CGAAATGCACCATTATGCATT
1 TGAAATGCACCGTTATGCATT
1090340 TATTTTGGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
49 26 0.43
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TGAAATGCACCGTTATGCATTCAACTTTCATTAGTGGCCCGTTTTATAC
Found at i:1092418 original size:30 final size:30
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Indices: 1092350--1092438 Score: 126
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1092340 AATTGGTTTT
* * * *
1092350 CTAAAAAATAATTTACGT-AAATTAATTGC
1 CTAAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
1092379 CTAAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
1 CTAAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
*
1092409 CTGAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
1 CTAAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
1092439 ATTTGCTAGA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
29 16 0.30
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CTAAAAACTATTTTACGTAAAATGAATTAC
Found at i:1095368 original size:42 final size:42
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Indices: 1095305--1095389 Score: 125
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
1095295 TATTGGTTAA
* *
1095305 TAGCTTAGCTTGGTCACTCTAATAGGATTAGATACCTAGAGG
1 TAGCTTAGCTAGGTCACTCTAATAGGATTAGATACATAGAGG
* * *
1095347 TAGCTTAGCTAGGTTAGTCTAATAGGATTAGATGCATAGAGG
1 TAGCTTAGCTAGGTCACTCTAATAGGATTAGATACATAGAGG
1095389 T
1 T
1095390 TAGTTATTTG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TAGCTTAGCTAGGTCACTCTAATAGGATTAGATACATAGAGG
Found at i:1104643 original size:20 final size:21
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Indices: 1104603--1104648 Score: 53
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1104593 ATTGTCTCCT
*
1104603 TGTG-ATAAAGGTTTTCAATG
1 TGTGAATAAAGGTTTTAAATG
1104623 T-TGAATAAAGG-TTTAATATG
1 TGTGAATAAAGGTTTTAA-ATG
1104643 TGTGAA
1 TGTGAA
1104649 CTTTAATTCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 5
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19 6 0.27
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TGTGAATAAAGGTTTTAAATG
Found at i:1105450 original size:7 final size:7
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Indices: 1105438--1105463 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
1105428 GCTTTGAATA
1105438 TTATATT
1 TTATATT
1105445 TTATATT
1 TTATATT
1105452 TTATATT
1 TTATATT
1105459 TTATA
1 TTATA
1105464 CATTTATTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (7 bp):
TTATATT
Found at i:1124654 original size:19 final size:19
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Indices: 1124626--1124667 Score: 59
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1124616 ACGATTTTTT
*
1124626 AAAACAAAAT-AGACTTTG
1 AAAACAAAATGAAACTTTG
1124644 AAAATCAAAATGAAACTTTG
1 AAAA-CAAAATGAAACTTTG
1124664 AAAA
1 AAAA
1124668 ATGATTTAGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.19
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AAAACAAAATGAAACTTTG
Found at i:1125796 original size:20 final size:20
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Indices: 1125771--1125815 Score: 90
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1125761 AATGTGTAAA
1125771 AGTTTTGAAACTATCTCAAG
1 AGTTTTGAAACTATCTCAAG
1125791 AGTTTTGAAACTATCTCAAG
1 AGTTTTGAAACTATCTCAAG
1125811 AGTTT
1 AGTTT
1125816 CCCTAAAGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 1125843--1125899 Score: 89
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1125833 TTTGGCAACT
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1 CTTTCGAGAGTTTTGAAA
* *
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1 CTTTCGAGAGTTTTGAAA
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Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 1
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Indices: 1144774--1144812 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1144764 GTTGTTGGAA
1144774 ATTAAGACAAT-GAAACAAAG
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1144794 ATTAAGACAATGGAAACAA
1 ATTAAGACAATGGAAACAA
1144813 GGGTAATAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
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Done.