genome.fa.s8035.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008035.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110520_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  262018

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 119 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4760--4793	14	2.4	14	95	0	59	44	0	2	52	1.16
13307--13341	15	2.4	14	90	4	52	42	0	5	51	1.25
19087--19115	13	2.2	13	100	0	58	31	31	0	37	1.58
23416--23448	15	2.1	16	88	5	50	63	0	24	12	1.28
23384--23445	32	1.9	32	81	12	74	59	0	25	14	1.35
28687--28716	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
33063--33096	6	5.3	6	89	10	50	2	17	0	79	0.86
33063--33096	13	2.7	12	86	13	50	2	17	0	79	0.86
33271--33337	32	2.1	33	81	13	77	59	0	25	14	1.36
36437--36487	19	2.6	20	90	3	77	45	5	15	33	1.71
39783--39833	19	2.6	20	87	3	77	45	5	11	37	1.65
40272--40347	30	2.5	30	93	0	125	21	34	17	27	1.95
42910--42977	26	2.6	26	95	0	118	20	36	17	25	1.94
44935--45003	27	2.6	26	95	2	120	18	37	18	24	1.94
46957--47025	27	2.6	26	95	2	120	18	37	18	24	1.94
48982--49050	27	2.6	26	95	2	120	18	37	18	24	1.94
52734--52763	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
54614--54794	90	2.0	90	90	0	281	21	27	23	27	1.99
55931--55986	24	2.5	22	81	16	62	51	3	3	41	1.36
57864--57976	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
57864--57962	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
57876--58015	36	4.1	33	83	9	97	30	36	2	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60589--60618	13	2.3	13	100	0	60	80	6	13	0	0.91
60576--60645	23	3.2	21	80	13	70	78	11	10	0	0.96
60577--60627	21	2.4	20	84	15	59	82	9	7	0	0.85
60590--60645	21	2.6	22	85	5	78	76	10	12	0	1.01
67763--67875	36	3.2	36	91	1	165	32	35	3	28	1.74
67763--67862	13	8.4	11	72	23	69	31	36	3	30	1.73
67846--67914	33	2.1	33	83	5	86	30	34	1	33	1.67
70560--70598	19	2.1	19	85	4	53	56	17	15	10	1.66
70578--70697	64	1.9	62	85	10	163	61	12	17	8	1.54
77473--77515	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
80941--80987	24	2.0	22	84	15	60	29	0	34	36	1.58
80941--81008	35	1.9	36	90	3	111	29	1	36	32	1.67
82535--82647	36	3.2	36	89	1	156	32	34	3	29	1.75
82568--82633	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
83037--83095	12	4.6	12	77	20	57	81	1	15	1	0.86
83037--83093	13	4.2	13	79	16	62	82	1	14	1	0.83
83043--83081	16	2.3	17	86	8	53	84	2	12	0	0.72
83037--83088	19	2.8	18	77	11	52	82	1	15	0	0.75
83043--83083	17	2.6	16	88	7	57	82	2	14	0	0.76
83039--83095	29	2.0	27	90	6	87	80	1	15	1	0.87
86690--86802	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
86690--86788	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86702--86841	36	4.1	33	83	9	97	30	36	2	30	1.72
90423--90473	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
93074--93121	23	2.2	21	85	14	62	60	8	16	14	1.57
94340--94382	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
99808--100210	202	2.0	202	97	0	761	40	9	24	25	1.85
100263--100343	35	2.2	37	91	4	130	28	3	37	30	1.75
105927--106006	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
107684--107753	35	2.0	36	91	2	115	32	34	2	30	1.72
108200--108248	24	2.1	24	84	3	64	71	6	18	4	1.23
113553--113590	14	2.6	14	95	4	67	0	10	13	76	1.02
113526--113605	21	3.6	21	72	11	61	0	8	15	76	1.02
113565--113604	21	2.0	20	90	9	64	0	5	15	80	0.88
117822--117873	22	2.3	23	93	3	88	32	32	5	28	1.81
126300--126350	19	2.6	20	90	3	77	45	3	13	37	1.63
127825--127937	36	3.2	36	91	1	165	33	35	3	27	1.74
128327--128380	10	5.0	10	86	8	63	83	1	14	0	0.73
128327--128380	17	3.2	17	84	2	65	83	1	14	0	0.73
131105--131146	22	1.9	22	85	0	57	35	0	21	42	1.53
132176--132288	36	3.2	36	91	1	165	32	35	3	28	1.74
132176--132275	13	8.4	11	72	23	69	31	36	3	30	1.73
132259--132327	33	2.1	33	83	5	86	30	34	1	33	1.67
136668--136718	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139612--139667	25	2.3	25	81	6	62	12	14	14	58	1.63
142692--142756	33	2.0	32	82	8	78	33	1	32	32	1.67
142734--142846	36	3.2	36	88	1	156	28	2	36	32	1.71
142749--142845	13	8.0	12	73	22	62	29	2	37	30	1.69
148460--148572	36	3.2	35	89	3	156	30	3	34	31	1.75
150108--150211	36	2.9	36	94	1	174	30	37	3	27	1.75
150108--150207	13	8.4	11	72	23	69	32	36	3	29	1.73
150603--150646	22	2.0	22	86	8	63	81	4	13	0	0.83
150616--150648	6	5.8	6	86	13	52	84	0	15	0	0.61
150616--150648	17	1.9	17	93	0	57	84	0	15	0	0.61
150616--150648	11	3.0	11	95	0	57	84	0	15	0	0.61
154063--154158	13	7.9	12	68	18	56	31	36	2	30	1.69
154063--154175	36	3.2	36	89	1	165	32	36	2	28	1.71
154146--154214	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
156612--156652	15	2.7	15	84	3	55	53	0	29	17	1.44
159734--159842	36	3.1	36	90	1	157	32	36	3	27	1.74
159749--159864	36	3.3	36	83	10	116	30	36	3	30	1.74
164666--164708	20	2.2	20	95	4	79	46	4	11	37	1.61
169616--169659	6	7.2	6	87	12	63	0	20	0	79	0.73
169616--169659	13	3.6	12	88	11	63	0	20	0	79	0.73
169616--169659	19	2.4	17	88	11	61	0	20	0	79	0.73
169834--169893	15	3.9	15	74	20	52	60	0	23	16	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169834--169895	32	1.9	32	81	12	74	59	0	24	16	1.36
174988--175111	66	1.9	65	81	9	153	8	16	12	62	1.52
175135--175163	13	2.3	13	94	5	51	10	27	10	51	1.68
177264--177314	19	2.6	20	90	3	77	45	5	15	33	1.71
180607--180657	19	2.6	20	87	3	77	45	5	11	37	1.65
181095--181170	30	2.5	30	93	0	125	22	32	15	28	1.95
182965--183014	22	2.2	23	89	3	75	24	4	36	36	1.74
182982--183064	36	2.3	36	95	0	148	28	3	36	31	1.75
183404--183454	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
185924--185955	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
189390--189421	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
197468--197510	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
199037--199075	12	3.6	12	80	19	50	30	7	43	17	1.77
201455--201497	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
203000--203038	12	3.6	12	80	19	50	30	7	43	17	1.77
205426--205468	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
206975--207013	12	3.6	12	80	19	50	30	7	43	17	1.77
209403--209445	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
221493--221521	13	2.3	13	94	5	51	48	0	31	20	1.50
237535--237577	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
241147--241211	19	3.4	19	80	16	64	1	16	3	78	0.96
241146--241211	10	6.9	10	69	27	54	1	16	3	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241161--241212	18	2.8	18	83	13	61	1	15	5	76	1.05
241839--241889	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
245752--245794	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
252315--252394	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
256260--256334	35	2.1	37	87	5	109	32	36	4	28	1.76
257290--257357	35	1.9	36	90	3	111	32	36	2	27	1.72
257496--257531	16	2.2	16	90	9	56	11	27	0	61	1.30
257737--257778	18	2.2	20	91	8	70	83	7	7	2	0.89
257807--257855	24	2.1	24	84	3	64	71	6	18	4	1.23

Tables:   1

The End!