genome.fa.s8036.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008036.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110523_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  266387

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1908--1937	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
7421--7450	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
13873--13940	35	1.9	36	90	3	111	32	35	2	29	1.73
17850--17897	19	2.5	20	86	3	62	43	4	14	37	1.65
33442--33491	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
33436--33491	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
38447--38526	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
47078--47120	20	2.2	20	95	4	79	46	4	11	37	1.61
47078--47128	19	2.6	20	90	3	68	45	7	13	33	1.73
75324--75353	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
79875--79947	24	3.2	24	64	18	66	21	23	28	26	1.99
79869--79954	43	2.0	43	97	0	163	22	20	29	27	1.99
80743--80799	16	3.6	16	75	18	57	14	15	0	70	1.18
86758--86870	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
86758--86856	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
86759--86885	36	3.6	33	85	9	112	31	37	3	28	1.73
87734--87784	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
91015--91057	21	2.0	22	86	8	63	2	20	0	76	0.89
91232--91297	16	4.1	16	73	21	50	66	0	18	15	1.25
99490--99531	11	4.1	11	82	14	54	78	0	21	0	0.75
99489--99527	20	2.0	20	94	0	69	79	0	20	0	0.73
100052--100120	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100106--100202	13	8.0	12	72	22	62	28	3	37	30	1.73
100091--100203	36	3.2	36	92	1	174	27	3	36	32	1.74
100543--100593	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
109136--109204	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
109190--109286	13	8.0	12	72	22	62	28	3	37	30	1.73
109175--109287	36	3.2	36	92	1	174	27	3	36	32	1.74
112149--112227	35	2.2	37	88	4	117	27	2	36	32	1.71
115410--115462	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
116077--116155	35	2.2	37	90	4	126	27	3	36	31	1.75
119342--119394	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
120009--120087	35	2.2	37	88	4	117	27	2	36	32	1.71
123273--123325	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
123940--124019	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
126808--126872	5	13.8	5	78	18	77	0	20	1	78	0.83
126801--126867	13	5.7	12	78	21	79	0	19	1	79	0.82
126800--126873	17	4.3	18	80	17	77	0	18	1	79	0.80
126801--126872	23	3.2	22	88	11	110	0	19	1	79	0.81
127124--127170	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
130025--130080	26	2.2	26	96	0	103	39	5	28	26	1.78
133360--133559	95	2.1	95	85	5	262	38	12	24	25	1.90
133935--134191	45	5.7	45	93	2	428	43	11	24	20	1.84
133935--134191	91	2.9	90	93	2	428	43	11	24	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133935--134191	136	1.9	134	92	3	435	43	11	24	20	1.84
137188--137223	14	2.4	15	90	9	56	77	2	13	5	1.05
139027--139065	19	2.1	19	85	9	53	20	17	0	61	1.34
144854--144902	19	2.7	19	87	6	66	4	16	4	75	1.11
144840--144903	19	3.4	19	81	12	62	3	17	3	76	1.04
144854--144904	18	2.9	16	81	18	57	3	15	5	74	1.16
150039--150081	15	2.8	16	78	3	52	34	6	4	53	1.49
152481--152521	5	8.2	5	100	0	82	80	0	19	0	0.71
167137--167287	35	4.3	35	90	0	221	26	36	3	33	1.73
167662--167703	14	2.9	14	82	6	57	80	4	14	0	0.86
167904--167944	16	2.6	16	84	0	55	14	14	0	70	1.16
177832--177982	35	4.3	35	81	0	167	27	34	2	35	1.71
177832--177982	70	2.1	71	87	1	214	27	34	2	35	1.71
195199--195249	24	2.1	24	88	0	75	11	15	13	58	1.63
199051--199095	24	2.0	22	82	8	54	33	15	20	31	1.93
208874--208942	33	2.1	33	83	5	86	33	1	34	30	1.67
208928--209024	13	8.0	12	72	22	62	28	3	37	30	1.73
208913--209025	36	3.2	36	91	1	165	28	3	35	32	1.74
213453--213549	13	8.0	12	72	22	62	28	3	37	30	1.73
213450--213550	36	2.8	36	93	1	168	28	3	36	30	1.76
219017--219059	15	2.8	16	80	16	54	32	6	4	55	1.47
221754--221791	13	3.0	13	84	3	51	23	0	36	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222148--222199	19	2.6	21	87	6	72	46	7	15	30	1.74
225465--225489	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
226220--226271	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
233270--233345	30	2.5	30	97	0	143	22	35	15	26	1.94
239620--239671	19	2.6	21	87	6	72	44	7	13	34	1.72
241414--241465	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
245473--245524	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
248239--248294	2	28.5	2	89	3	87	46	3	0	50	1.19
249485--249526	22	2.0	21	90	4	66	38	35	2	23	1.68
250831--250883	26	2.0	27	82	17	67	52	9	30	7	1.61
256079--256108	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
261156--261255	36	2.8	36	92	1	157	31	36	4	29	1.76
261189--261254	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
261239--261306	32	2.1	33	83	8	86	30	36	0	32	1.58
261654--261697	17	2.6	17	85	3	54	84	0	15	0	0.63
261654--261695	10	4.0	10	90	9	66	85	0	14	0	0.59

Tables:   1

The End!