genome.fa.s8115.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008115.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110654_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  308958

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700--1738	15	2.6	15	95	0	69	43	0	51	5	1.24
14390--14445	21	2.5	23	88	5	80	19	17	19	42	1.89
16245--16320	36	2.1	36	83	9	93	17	32	13	36	1.88
21275--21511	120	2.0	122	97	2	453	41	13	12	32	1.81
22683--22719	16	2.3	16	100	0	74	32	0	45	21	1.52
24711--24855	73	2.0	73	97	0	272	28	24	0	47	1.52
26224--26251	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
34011--34070	30	2.0	29	96	3	111	25	16	10	48	1.77
50931--51263	46	7.4	43	70	14	204	26	29	18	24	1.98
50933--51245	90	3.4	90	90	3	450	26	29	18	25	1.98
54214--54262	23	2.1	23	81	7	55	44	2	8	44	1.45
56618--56646	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
58723--59888	302	3.9	294	79	6	1175	27	15	21	35	1.94
66490--66599	29	3.8	29	93	1	184	50	13	16	20	1.78
70271--70305	16	2.2	16	100	0	70	31	37	17	14	1.89
70708--71266	291	1.9	291	87	2	811	33	22	16	27	1.95
71665--71713	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
74227--74384	53	3.0	53	99	0	309	35	24	1	37	1.67
78476--78546	16	4.8	16	76	16	73	59	1	0	39	1.06
79756--79941	85	2.2	85	97	1	345	39	15	4	39	1.69
80384--80461	31	2.5	31	89	0	120	32	11	16	39	1.85
83492--83546	22	2.5	22	84	3	65	36	0	7	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83669--83693	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
88408--88447	16	2.4	16	87	4	53	30	0	17	52	1.45
97931--97956	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
98491--98521	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
100728--100796	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
112539--112567	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
113335--113430	32	3.0	31	71	11	86	35	29	12	22	1.91
114328--114445	58	2.0	58	100	0	236	27	20	16	35	1.94
117771--117817	16	3.1	16	87	6	62	44	0	0	55	0.99
123708--124102	156	2.5	158	87	2	537	29	18	5	47	1.70
123720--124170	156	2.9	155	82	7	455	29	17	5	48	1.68
124355--124380	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127587--127648	3	21.0	3	86	3	90	32	3	1	62	1.20
134185--134237	27	2.0	27	85	7	72	41	1	0	56	1.10
137706--137731	6	4.3	6	100	0	52	19	65	0	15	1.27
138796--138844	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
139254--139294	17	2.4	17	87	0	55	34	0	2	63	1.08
141480--141537	30	2.0	29	83	16	75	8	8	3	79	1.04
141991--142034	24	2.0	23	86	13	65	47	0	2	50	1.13
142253--142580	177	1.9	175	90	2	523	33	14	10	41	1.79
147939--148107	84	2.0	84	90	0	266	30	17	21	31	1.96
148110--148205	40	2.4	40	92	0	156	20	17	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148110--148225	20	5.8	19	75	8	99	18	18	19	43	1.89
149565--149596	7	4.6	7	100	0	64	28	43	0	28	1.55
151105--151166	14	4.6	14	82	6	74	41	35	0	22	1.54
151105--151166	27	2.3	27	82	0	79	41	35	0	22	1.54
151105--151166	20	3.0	20	78	2	70	41	35	0	22	1.54
151587--151632	4	11.2	4	86	4	65	30	0	0	69	0.89
158606--158659	28	2.0	27	82	10	65	37	14	1	46	1.56
159418--159480	32	2.0	32	100	0	126	38	6	26	28	1.81
168068--168113	23	2.0	23	83	8	58	60	0	4	34	1.16
168077--168127	23	2.2	24	82	3	59	64	0	0	35	0.94
174966--175019	6	9.5	6	97	2	87	29	53	16	0	1.43
179092--179176	31	2.7	31	88	1	125	50	5	4	38	1.48
180101--180141	21	2.0	21	95	0	73	56	0	2	41	1.13
181177--181234	30	1.9	31	85	3	82	39	8	10	41	1.70
181468--181542	29	2.5	31	82	6	91	41	4	6	48	1.48
183961--184298	164	2.0	166	98	1	653	28	20	13	36	1.91
192585--192609	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
193826--193879	16	3.4	16	85	12	67	74	5	1	18	1.11
193915--194020	51	2.1	50	84	8	135	62	7	10	19	1.51
195148--195408	42	5.6	42	69	21	164	27	18	26	27	1.98
195184--195427	42	5.0	51	68	22	200	29	17	25	27	1.97
194998--195433	96	4.6	96	90	1	680	29	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195465--195771	91	3.4	90	87	2	445	24	20	16	38	1.93
195709--195849	76	1.9	76	87	3	212	31	18	14	35	1.91
196280--196483	66	3.1	68	77	8	213	38	13	19	28	1.89
196425--196494	36	1.9	37	88	2	106	42	11	18	27	1.84
197637--198048	96	4.3	96	89	2	603	30	16	25	28	1.96
197785--198023	42	5.1	42	66	23	120	29	17	25	27	1.97
198077--198526	91	4.9	91	88	1	677	25	22	15	36	1.93
199000--199643	36	17.8	36	80	6	463	37	15	20	25	1.92
198933--199125	67	2.9	69	80	6	202	39	13	19	27	1.89
199110--199362	21	13.9	19	64	26	68	39	17	21	21	1.92
199420--199654	39	6.0	39	89	0	353	35	17	17	29	1.93
199657--199819	75	2.1	77	86	5	233	42	14	15	27	1.86
201172--201210	18	2.2	19	90	9	64	10	2	5	82	0.93
204786--204822	15	2.4	16	90	4	58	75	5	0	18	0.99
204841--204968	51	2.5	51	82	9	140	61	7	10	21	1.51
204841--204983	51	2.8	51	78	11	127	63	6	9	20	1.45
207244--207286	18	2.4	18	100	0	86	23	55	9	11	1.64
207694--207727	3	11.7	3	87	6	52	64	2	0	32	1.08
207693--207722	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
210821--210850	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
211445--211484	21	1.9	21	94	0	71	57	0	2	40	1.12
211643--211720	31	2.5	31	91	0	129	35	12	26	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218486--218544	2	29.0	2	96	3	109	49	0	1	49	1.11
219130--219154	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
220049--220112	26	2.5	26	92	0	101	29	20	0	50	1.49
221217--221277	23	2.7	23	86	0	95	29	26	26	18	1.98
223810--223855	23	2.1	22	84	15	60	17	0	10	71	1.13
224718--224781	32	2.0	32	100	0	128	34	9	25	31	1.87
224725--224776	16	3.2	16	70	20	54	32	9	25	32	1.88
225890--225988	30	3.3	30	83	4	121	44	7	19	29	1.77
225866--225988	60	2.1	58	81	6	140	43	8	17	30	1.78
225866--225988	29	4.2	29	77	8	106	43	8	17	30	1.78
228866--228915	19	2.6	19	83	0	64	46	8	14	32	1.73
229897--229968	28	2.6	28	93	0	117	36	27	12	23	1.91
229897--229978	28	2.9	27	83	7	101	37	25	13	23	1.91
231133--231173	21	2.0	21	95	0	73	48	2	12	36	1.54
234706--234749	21	2.0	23	86	8	65	29	0	15	54	1.42
235168--235216	24	2.0	24	84	0	62	40	2	0	57	1.10
235668--235726	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
238762--238849	44	2.0	44	100	0	176	43	18	22	15	1.88
248661--248708	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
251814--252442	315	2.0	315	97	0	1186	21	23	17	37	1.94
253635--253682	21	2.3	21	92	0	87	29	18	10	41	1.84
256049--256093	22	2.0	22	83	8	56	44	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256052--256112	31	1.9	32	93	3	106	42	3	0	54	1.17
259865--259931	23	3.0	23	80	10	75	56	0	1	41	1.08
262427--262498	33	2.2	33	95	2	128	30	15	5	48	1.67
263025--263204	82	2.2	82	94	0	324	39	23	12	24	1.90
265203--265282	42	1.9	42	94	2	144	41	13	18	26	1.88
268827--268863	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
274381--274416	14	2.6	14	100	0	72	5	16	13	63	1.47
280513--280545	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
287440--287489	23	2.1	24	81	3	57	46	4	0	50	1.20
288144--288211	31	2.2	31	91	0	109	51	10	7	30	1.63

Tables:   1   2