genome.fa.s8128.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4987688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1580320--1580366	21	2.2	21	85	7	60	36	4	0	59	1.17
1584133--1584170	20	1.9	20	94	0	67	57	5	18	18	1.58
1584138--1584178	20	2.0	20	85	0	55	56	4	21	17	1.60
1591444--1591482	20	2.0	20	90	10	62	25	7	5	61	1.44
1592378--1592426	19	2.5	19	90	3	71	32	16	6	44	1.72
1593163--1593202	6	6.7	6	83	11	55	82	2	15	0	0.77
1596617--1596664	20	2.5	19	86	10	62	35	12	8	43	1.73
1600129--1600198	3	23.7	3	73	23	51	34	1	1	62	1.13
1600113--1600190	34	2.3	34	82	10	90	37	1	2	58	1.20
1612922--1612950	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
1614540--1614594	21	2.6	21	77	5	67	23	25	18	32	1.97
1614628--1614760	20	6.6	20	78	5	72	36	24	15	23	1.93
1614645--1614700	21	2.7	21	100	0	112	44	25	16	14	1.84
1615240--1615288	21	2.4	21	86	3	64	16	10	26	46	1.78
1615255--1615297	21	2.0	21	95	0	77	9	9	20	60	1.55
1615435--1615489	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
1617196--1617254	20	3.0	20	77	2	66	42	20	22	15	1.89
1617230--1617290	19	3.5	19	72	21	69	45	21	21	11	1.82
1617304--1617360	14	3.7	14	70	20	51	10	14	22	52	1.71
1617322--1617376	19	3.2	19	65	24	57	14	14	20	50	1.77
1617297--1617376	33	2.4	33	97	0	151	12	16	21	50	1.78
1617349--1617475	20	6.4	20	82	2	132	17	19	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617823--1617883	21	2.9	21	78	7	79	22	40	13	22	1.89
1617820--1617910	41	2.2	42	86	2	130	21	40	15	21	1.90
1617823--1617940	42	2.8	42	83	2	114	22	38	16	21	1.93
1619559--1619625	20	3.4	20	75	4	82	14	20	23	40	1.90
1619848--1619905	20	2.9	20	89	0	80	25	20	24	29	1.99
1619894--1619945	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
1620536--1620585	21	2.4	21	93	0	82	26	8	26	40	1.83
1620745--1620791	24	2.0	24	86	0	67	29	21	17	31	1.96
1623336--1623466	19	7.7	18	68	25	97	45	19	23	12	1.84
1623351--1623441	14	5.8	14	70	22	56	45	18	24	12	1.83
1623336--1623462	33	3.8	33	96	0	227	44	18	23	12	1.84
1623462--1623557	19	5.3	19	80	14	114	11	16	25	46	1.80
1623462--1623622	33	4.7	33	87	5	130	13	18	22	45	1.83
1623496--1623622	33	3.8	33	89	2	175	12	19	21	46	1.83
1623496--1623622	66	1.9	66	88	3	193	12	19	21	46	1.83
1623462--1623622	19	9.3	17	73	19	97	13	18	22	45	1.83
1623729--1623765	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1625076--1625142	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1625416--1625600	91	2.0	91	88	6	275	48	18	11	21	1.80
1627294--1627448	19	8.8	19	67	24	108	45	20	22	11	1.83
1627343--1627431	14	5.6	14	69	23	61	42	23	23	10	1.84
1627294--1627448	33	4.5	33	87	8	204	45	20	22	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1628031--1628265	20	11.6	20	72	10	129	26	18	20	34	1.95
1628138--1628204	21	3.2	21	82	4	82	38	14	22	23	1.92
1628023--1628183	61	2.7	60	73	10	157	28	18	19	34	1.95
1628028--1628280	41	6.2	42	72	9	141	28	17	20	33	1.95
1628255--1628307	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
1629282--1629318	13	2.8	13	91	0	56	0	18	35	45	1.50
1631728--1631771	23	1.9	23	95	0	79	47	15	2	34	1.58
1637898--1637938	21	1.9	21	85	5	55	78	4	0	17	0.93
1637897--1637978	27	3.2	23	71	17	56	75	6	4	13	1.15
1639194--1639245	18	2.9	17	85	8	68	71	0	0	28	0.87
1639196--1639239	23	1.9	23	86	9	63	70	0	0	29	0.88
1639267--1639550	37	7.7	37	84	8	278	43	7	3	45	1.50
1639267--1639537	76	3.7	74	84	7	338	43	7	4	45	1.50
1639561--1639591	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
1639246--1639580	74	4.5	73	79	13	269	44	7	3	44	1.50
1640350--1640758	85	4.8	85	84	2	444	26	17	20	35	1.95
1640350--1640757	171	2.4	172	83	2	491	26	17	19	35	1.94
1647442--1647495	21	2.6	21	96	0	99	25	11	29	33	1.91
1661286--1661320	18	1.9	18	94	0	61	28	25	14	31	1.95
1661363--1661414	18	2.7	20	79	8	63	28	28	7	34	1.85
1665612--1665664	24	2.2	25	80	10	65	18	1	35	43	1.62
1667641--1667676	18	2.0	18	88	0	54	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668542--1668718	90	2.0	89	92	1	291	38	11	6	43	1.67
1668991--1669039	18	2.7	18	93	0	80	38	16	22	22	1.92
1669132--1669618	243	2.0	243	94	0	859	34	18	14	32	1.92
1677551--1677601	27	1.9	27	88	4	77	35	9	19	35	1.85
1679199--1679407	36	5.8	36	85	4	296	36	20	24	19	1.95
1679190--1679407	72	3.0	72	94	0	373	37	19	24	18	1.94
1679457--1679508	27	2.0	27	88	3	79	34	13	19	32	1.90
1684113--1684174	21	2.9	21	87	2	88	22	17	24	35	1.95
1693973--1694001	10	2.7	11	89	10	51	51	17	0	31	1.45
1695116--1695146	12	2.6	12	100	0	62	58	0	22	19	1.40
1700581--1700792	102	2.1	102	83	0	282	31	17	20	30	1.96
1700805--1701508	137	5.1	136	85	1	879	27	15	27	29	1.96
1700805--1701508	273	2.6	273	85	1	962	27	15	27	29	1.96
1701755--1702036	62	4.6	62	81	5	322	34	15	22	28	1.94
1701755--1702035	121	2.3	122	85	4	370	34	15	22	28	1.94
1703038--1703145	39	2.8	40	82	2	139	30	22	13	33	1.93
1705978--1706018	21	2.0	21	90	0	64	21	4	7	65	1.37
1705952--1706037	30	2.9	30	80	0	100	22	10	8	59	1.56
1706009--1706100	21	4.3	21	70	15	62	18	13	6	61	1.52
1710014--1710078	2	32.5	2	100	0	130	0	0	49	50	1.00
1711004--1711066	27	2.3	27	91	0	99	52	9	22	15	1.72
1711424--1711512	37	2.4	38	81	9	121	35	12	7	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1711496--1711682	66	2.8	65	84	4	232	28	9	14	47	1.75
1711571--1711706	29	4.4	29	69	14	83	25	11	16	46	1.80
1711650--1711722	30	2.5	29	86	4	110	26	15	15	43	1.85
1711762--1712283	132	4.0	133	83	5	612	25	32	17	24	1.97
1711762--1712283	262	2.0	264	81	6	610	25	32	17	24	1.97
1713964--1714058	30	3.2	30	86	0	127	18	8	9	63	1.50
1713957--1714128	60	2.9	58	79	6	177	19	11	9	60	1.57
1713963--1714130	30	5.6	29	71	15	110	19	11	8	60	1.57
1720954--1720987	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
1722403--1722468	27	2.4	28	78	14	66	45	4	6	43	1.49
1722576--1722645	30	2.3	30	90	0	113	51	5	8	34	1.56
1727723--1727765	21	2.1	21	91	4	70	32	0	4	62	1.15
1727754--1727976	110	2.1	105	83	5	277	39	4	3	52	1.40
1731136--1731191	25	2.2	26	93	3	96	44	14	16	25	1.84
1749080--1749133	4	13.2	4	80	3	63	22	3	24	50	1.65
1749131--1749193	27	2.3	27	81	5	65	36	9	1	52	1.44
1756853--1756898	6	7.8	6	86	13	69	15	2	0	82	0.76
1763766--1763802	14	2.6	14	95	0	65	40	8	13	37	1.74
1779599--1779636	20	1.9	21	89	10	62	34	0	0	65	0.93
1801436--1801460	10	2.5	10	100	0	50	20	0	32	48	1.50
1802109--1802133	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
1803146--1803197	24	2.1	25	85	3	70	38	5	13	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1812965--1813035	20	3.5	19	78	12	61	32	16	22	28	1.96
1812981--1813043	22	3.2	20	78	10	58	34	14	23	26	1.93
1813700--1814577	68	12.8	68	86	3	1186	30	14	23	31	1.95
1813700--1814577	348	2.5	343	88	1	1274	30	14	23	31	1.95
1814529--1814903	79	4.7	81	83	4	483	34	12	21	31	1.90
1814529--1814921	158	2.5	161	86	3	535	34	11	21	31	1.90
1814889--1815036	29	5.1	29	88	0	197	44	8	21	25	1.81
1814914--1814961	15	3.3	15	70	5	53	50	6	20	22	1.71
1817769--1817809	18	2.4	18	88	8	59	70	0	9	19	1.14
1820376--1820421	25	1.9	23	86	8	65	6	21	0	71	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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