genome.fa.s8146.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008146.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110710_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  305896

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706--738	16	2.1	16	94	0	57	24	21	6	48	1.72
9119--9596	197	2.5	191	83	6	545	35	10	17	36	1.83
13006--13055	21	2.7	20	79	17	54	42	2	0	56	1.11
14989--15030	22	1.9	22	85	9	59	45	0	4	50	1.23
15418--15700	95	3.0	94	86	4	361	36	10	12	40	1.77
16953--17016	29	2.2	29	85	2	83	56	12	18	12	1.67
28397--28473	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
30047--30079	16	2.1	16	94	0	57	24	21	6	48	1.72
38504--38981	197	2.5	191	83	6	545	35	10	17	36	1.83
42392--42441	21	2.7	20	79	17	54	42	2	0	56	1.11
44382--44423	22	1.9	22	85	9	59	45	0	4	50	1.23
44813--45095	95	3.0	94	86	4	361	36	10	12	40	1.77
46348--46411	29	2.2	29	85	2	83	56	12	18	12	1.67
57780--57856	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
59430--59462	16	2.1	16	94	0	57	24	21	6	48	1.72
67946--68813	194	4.5	193	79	8	898	36	10	17	36	1.84
67940--68807	385	2.3	384	82	5	1108	36	10	16	36	1.84
70789--70833	21	2.1	21	100	0	90	22	4	0	73	1.01
70820--70974	83	1.8	85	86	2	224	43	5	10	40	1.62
76818--76859	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
76933--76964	15	2.1	15	94	0	55	40	28	15	15	1.88
77451--77539	3	29.7	3	93	0	151	32	2	1	64	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77535--77573	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
79619--79704	28	3.0	27	73	20	70	29	5	1	63	1.24
79694--79731	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
91433--91887	83	5.5	83	97	1	822	27	12	22	37	1.91
92631--93524	114	7.8	114	94	1	1305	38	12	18	29	1.89
93850--93938	3	30.7	3	85	6	103	37	2	1	59	1.17
93841--93938	23	4.4	22	79	7	108	38	2	1	58	1.17
93853--93938	26	3.3	26	90	3	120	37	2	1	59	1.18
93849--93938	20	4.8	19	79	9	78	37	2	1	58	1.17
93934--93972	11	3.8	10	86	10	53	56	2	0	41	1.13
111290--111314	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
112237--112262	3	8.7	3	100	0	52	34	30	34	0	1.58
114136--114172	15	2.5	15	95	0	65	29	24	29	16	1.96
122536--122588	3	18.0	3	77	11	56	62	1	0	35	1.06
122539--122583	23	2.0	23	86	8	65	60	2	0	37	1.09
122534--122586	26	2.0	26	89	7	81	58	1	0	39	1.09
122725--122903	21	8.7	21	63	9	73	20	21	22	35	1.96
122713--122871	41	3.9	40	87	4	185	23	20	22	33	1.97
122730--122903	41	4.2	41	90	1	242	20	21	22	35	1.96
122907--122933	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
123426--123471	5	8.5	6	92	7	57	0	17	52	30	1.45
146205--146260	28	2.0	28	85	0	76	33	23	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156520--156564	21	2.1	21	88	8	65	37	11	0	51	1.38
156938--157001	27	2.4	27	86	2	94	37	4	9	48	1.56
158297--158335	14	2.8	14	92	0	69	56	25	2	15	1.52
158473--158506	15	2.4	14	90	9	59	41	0	2	55	1.15
159826--159911	36	2.4	36	92	1	138	34	15	11	38	1.83
165912--165959	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
179086--179152	31	2.2	31	86	0	89	35	10	17	35	1.85
179172--179233	29	2.1	29	84	0	79	40	8	19	32	1.81
179256--179343	31	2.8	31	75	0	86	36	11	20	31	1.88
179323--179383	31	2.0	31	83	6	79	40	9	16	32	1.81
180625--180662	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
180887--180946	29	2.1	29	93	0	102	25	26	28	20	1.99
180958--181006	9	5.2	9	85	9	71	36	32	18	12	1.88
180968--181006	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
181073--181138	29	2.3	29	86	0	87	16	30	31	21	1.95
184986--185046	23	2.7	23	77	10	61	62	3	3	31	1.27
201404--201443	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
201613--201819	65	3.2	63	83	7	229	31	24	16	27	1.97
201660--201823	65	2.5	65	86	1	231	30	26	15	27	1.96
210079--210125	24	1.9	25	91	4	78	40	4	19	36	1.71
211480--211580	20	5.0	20	80	7	105	32	24	17	24	1.97
211542--211594	20	2.7	20	90	0	79	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211477--211593	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
212188--212367	20	10.1	19	76	14	120	11	22	22	43	1.85
212193--212269	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
212282--212318	14	2.6	14	100	0	74	8	27	24	40	1.83
212231--212304	33	2.2	33	85	0	103	10	21	27	40	1.86
212249--212342	47	2.0	48	91	2	154	10	25	25	38	1.88
214393--214459	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
215815--215850	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
216029--216146	19	6.7	19	65	19	67	14	22	20	42	1.88
216033--216126	33	2.8	33	95	0	170	13	23	19	43	1.86
218416--218440	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
219725--219762	20	1.9	20	100	0	76	36	26	21	15	1.93
219781--219848	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
219965--220001	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
221866--221933	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
221981--222038	14	3.9	14	72	16	53	12	15	22	50	1.77
221964--222054	32	2.8	33	89	3	148	13	17	20	48	1.81
222039--222093	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
222568--222612	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
223932--223969	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
224233--224276	22	2.0	22	90	0	70	18	13	45	22	1.84
224464--224574	20	5.5	20	79	6	107	25	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224444--224579	41	3.3	41	78	6	159	25	16	24	33	1.96
224567--224659	41	2.3	41	96	0	132	18	23	17	40	1.90
224593--224659	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
224567--224659	20	4.6	20	74	4	78	18	23	17	40	1.90
227342--227377	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
229256--229289	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
232392--232417	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
236025--236085	30	2.0	29	81	15	70	57	3	0	39	1.15
236132--236168	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
236561--236597	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
237603--237631	15	2.0	15	93	6	51	58	6	0	34	1.25
239048--239118	21	3.2	21	75	11	79	42	12	2	42	1.57
247858--247898	20	2.0	20	95	0	73	36	0	2	60	1.10
252303--253253	478	2.0	472	96	1	1731	35	13	13	37	1.84
253556--253652	30	3.2	31	72	16	103	30	25	6	37	1.81
253560--253698	60	2.3	61	86	7	187	30	25	6	36	1.81
253838--254004	60	2.8	60	78	4	178	41	7	21	29	1.80
256815--256862	25	2.0	24	91	0	69	35	22	4	37	1.74
256967--257057	46	2.0	46	97	0	173	45	8	13	32	1.74
259521--259592	34	2.1	34	87	5	101	23	6	13	55	1.63
261203--261244	22	2.0	21	85	4	57	54	14	0	30	1.40
267373--267415	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287129--287183	26	2.1	27	82	3	67	36	9	0	54	1.32
287170--287209	21	2.0	20	85	14	55	30	0	0	70	0.88
287205--287270	29	2.3	29	91	0	105	37	7	1	53	1.39
287257--287313	28	2.0	29	83	10	73	38	3	1	56	1.27
291977--292062	43	2.0	43	100	0	172	39	27	4	27	1.76
295536--295641	44	2.4	44	83	1	131	28	17	16	36	1.93
300096--300151	21	2.7	21	94	0	94	39	14	14	32	1.86
305558--305628	29	2.4	29	81	9	83	16	23	28	30	1.97
305595--305664	18	3.8	18	83	12	81	18	27	30	24	1.98

Tables:   1

The End!