genome.fa.s8148.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008148.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110713_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172518

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10517--10544	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11934--12029	42	2.2	44	96	3	178	47	5	26	20	1.71
11934--12029	22	4.5	22	94	5	178	47	5	26	20	1.71
12361--12646	154	1.9	152	84	1	383	30	17	16	36	1.92
17274--17370	21	4.7	20	71	13	63	36	21	19	22	1.95
17338--17407	20	3.5	20	84	7	72	40	27	18	14	1.89
17376--17566	20	9.6	20	86	4	215	35	24	17	21	1.95
18258--18304	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
18479--18503	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
20784--21034	33	7.2	33	69	17	159	46	17	21	13	1.84
20798--21034	53	4.5	53	96	1	422	46	17	21	13	1.83
20798--21040	19	13.7	19	77	18	265	45	17	22	14	1.84
20784--20963	86	2.1	84	84	12	224	47	18	21	13	1.82
20798--21034	105	2.2	106	95	0	422	46	17	21	13	1.83
21011--21126	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
21049--21136	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
21227--21263	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
22444--22551	33	3.2	33	87	7	173	46	19	21	12	1.83
22458--22603	19	8.4	19	73	22	151	46	18	21	13	1.83
22486--22603	52	2.2	53	98	1	229	46	16	22	13	1.83
22544--22625	33	2.5	33	100	0	164	45	18	23	13	1.84
22563--22617	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22458--22625	86	2.0	86	94	3	295	45	18	22	13	1.84
22632--22747	53	2.2	53	96	1	216	14	23	18	43	1.86
22650--22747	19	5.4	19	84	13	143	15	21	17	45	1.84
22845--22902	14	4.4	13	77	10	55	50	20	0	29	1.49
24862--24918	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
24843--24934	33	2.8	33	93	1	159	46	21	20	10	1.81
24822--24939	19	6.8	19	77	17	114	46	22	20	10	1.80
24935--25033	19	5.5	19	78	11	127	8	17	27	47	1.75
24935--25034	38	2.9	33	89	8	146	9	17	27	47	1.77
25097--25563	185	2.5	185	97	1	893	46	19	13	21	1.83
25097--25563	92	5.1	93	98	1	895	46	19	13	21	1.83
27238--27320	20	4.2	20	81	6	114	46	16	24	12	1.81
27236--27319	41	2.1	41	88	2	125	47	16	25	10	1.79
27360--27416	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
27344--27423	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
27404--27477	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
27557--27627	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
28006--28157	20	7.6	20	88	2	207	19	19	27	33	1.96
28666--28707	22	2.0	22	86	13	61	69	2	0	28	1.01
30325--30360	14	2.4	16	82	17	51	47	27	0	25	1.52
39033--39110	39	2.0	40	87	2	113	57	7	11	23	1.59
43725--43772	12	4.0	12	80	0	60	47	18	18	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43754--43809	24	2.4	22	75	16	58	48	14	17	19	1.81
46188--46230	13	3.3	13	73	0	50	18	23	41	16	1.89
46212--46252	18	2.3	18	95	0	73	17	17	48	17	1.81
52464--52582	60	2.0	60	98	0	229	25	15	27	31	1.95
60450--60486	18	2.1	18	89	0	56	51	0	0	48	1.00
70817--70942	60	2.1	60	77	5	130	33	19	14	32	1.92
71496--71559	31	2.1	31	100	0	128	42	3	6	48	1.44
73860--73902	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
75375--75639	144	1.8	147	87	6	405	43	14	11	30	1.80
75295--75633	72	4.6	73	80	11	306	44	12	10	31	1.77
75719--75957	111	2.2	110	87	4	338	43	12	13	30	1.81
95586--95677	29	3.1	29	65	13	71	47	6	11	33	1.66
96280--96537	129	2.0	129	96	1	482	37	22	9	30	1.86
97724--97775	15	3.4	14	75	12	50	26	9	11	51	1.68
98028--98075	22	2.1	23	84	3	62	33	31	14	20	1.93
100671--100746	25	3.0	25	96	0	134	46	10	10	32	1.73
100906--100957	24	2.2	24	96	0	95	11	9	21	57	1.62
101156--101229	23	3.2	23	76	3	67	12	6	18	62	1.51
103277--103352	25	3.0	25	98	0	143	47	11	9	31	1.72
103632--103699	14	5.4	14	74	25	71	16	13	16	54	1.71
103641--103686	10	4.2	10	80	20	56	17	13	13	56	1.67
103632--103699	24	2.8	24	95	0	127	16	13	16	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103878--103938	24	2.5	24	86	0	68	16	16	13	54	1.72
104021--104060	16	2.5	16	100	0	80	5	12	25	57	1.55
106026--106114	6	14.8	6	100	0	178	16	0	66	16	1.26
106603--106678	31	2.5	31	82	0	89	38	10	11	39	1.77
107655--107781	60	2.1	59	81	8	141	41	14	9	34	1.78
112350--112392	20	2.2	20	83	8	52	32	0	6	60	1.23
112654--112735	15	5.5	15	86	2	112	39	7	18	35	1.78
112650--112735	45	1.9	44	90	2	136	41	6	17	33	1.76
112654--112735	30	2.8	30	92	1	130	39	7	18	35	1.78
112718--112787	20	3.5	20	94	0	122	41	10	12	35	1.77
112953--113118	28	5.9	28	71	19	109	51	1	1	46	1.16
112970--113127	52	2.9	52	75	16	135	51	1	0	46	1.13
113047--113116	32	2.1	32	84	10	88	51	0	1	47	1.09
113066--113142	23	3.3	24	80	7	79	50	0	0	49	1.00
113011--113127	50	2.3	52	80	15	138	50	0	0	47	1.12
113316--113435	42	2.9	42	89	0	186	45	16	19	18	1.85
114085--114156	15	4.8	16	67	13	55	30	4	0	65	1.12
114077--114136	30	2.0	30	87	6	86	26	5	0	68	1.10
115492--115618	59	2.1	59	84	4	157	40	15	14	29	1.87
117115--117188	37	2.0	37	84	5	96	50	1	4	44	1.29
117334--117371	20	1.9	20	88	0	58	21	21	10	47	1.80
117729--117756	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118606--118637	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
130022--130054	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
132090--132133	19	2.2	20	84	8	54	54	6	4	34	1.47
132720--132752	16	2.1	16	88	5	50	57	9	0	33	1.30
137339--137405	31	2.2	31	94	0	116	34	10	11	43	1.76
138133--138199	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
143040--143094	16	3.4	16	78	11	60	49	18	16	16	1.81
144312--144384	32	2.3	32	85	4	94	30	2	20	46	1.65
148857--148920	24	2.7	24	73	2	67	17	14	14	54	1.71
150354--150398	24	1.9	23	86	4	63	15	22	13	48	1.79
164272--164331	8	7.9	8	85	9	54	86	0	8	5	0.69
164273--164345	31	2.3	32	85	4	103	86	0	9	4	0.70
164273--164315	1	43.0	1	88	0	59	93	0	4	2	0.43
164270--164331	6	9.3	7	87	5	69	87	0	8	4	0.68
164273--164345	7	9.1	8	80	12	71	86	0	9	4	0.70
165284--165529	51	4.9	52	75	15	207	32	16	25	25	1.96
165400--165758	47	7.3	51	75	16	233	33	16	24	25	1.96
165432--165818	51	7.8	51	78	14	334	32	18	23	25	1.97
165432--165810	98	3.8	100	81	13	364	32	17	23	26	1.97
165721--165869	53	2.8	53	85	7	162	32	19	24	22	1.97
170218--170351	45	3.0	45	80	7	148	23	16	18	41	1.89
171036--171527	160	3.0	161	82	6	571	37	19	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171036--171588	79	6.8	81	79	6	492	38	19	17	24	1.93

Tables:   1

The End!