genome.fa.s8178.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008178.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110775_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287176

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823--857	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
4783--4856	20	3.8	20	87	7	107	32	24	22	20	1.98
4873--4913	20	2.0	20	100	0	82	51	19	19	9	1.74
4918--5015	33	3.0	32	78	12	110	11	24	21	42	1.85
5104--5153	13	3.8	13	79	10	57	52	20	0	28	1.47
6531--6623	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
7096--7164	20	3.5	20	95	0	129	39	24	20	15	1.92
7180--7329	33	4.4	33	74	12	131	16	22	21	40	1.91
7202--7263	19	3.2	19	90	4	97	20	20	22	35	1.96
7301--7347	20	2.3	20	88	0	67	17	23	23	36	1.95
8340--8377	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
8381--8417	11	3.3	11	92	7	65	81	0	18	0	0.70
8380--8417	12	3.2	12	85	7	60	81	0	18	0	0.69
15090--15132	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
15207--15238	16	1.9	17	93	6	57	75	0	25	0	0.81
15200--15238	13	2.9	13	88	7	60	79	0	20	0	0.73
18133--18202	20	3.5	20	82	1	88	51	21	14	12	1.75
18548--18604	22	2.6	22	91	0	96	24	14	40	21	1.90
18808--18891	20	4.2	20	92	0	132	22	19	16	41	1.90
22800--22894	40	2.3	42	82	7	115	29	20	24	26	1.99
23006--23164	41	3.9	41	79	6	180	33	15	18	32	1.92
22987--23180	41	4.7	41	77	9	164	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24732--24854	41	3.0	41	79	5	133	26	14	21	36	1.93
32762--33143	43	8.9	42	82	4	289	36	23	17	23	1.95
32762--32979	85	2.6	85	83	4	269	38	22	19	19	1.93
35072--35105	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
35106--35171	3	23.3	3	75	14	52	69	1	3	25	1.11
35105--35208	45	2.3	43	78	15	113	68	1	4	25	1.20
35106--35208	48	2.1	48	82	7	120	67	1	4	25	1.20
36647--37438	76	10.4	76	96	0	1413	34	22	19	23	1.96
37441--37766	167	2.0	166	91	3	530	37	13	13	35	1.84
38286--38340	22	2.5	22	90	0	92	41	12	10	34	1.78
39645--39820	74	2.4	74	81	2	201	28	20	18	32	1.96
40774--40994	114	1.9	114	92	1	372	31	18	16	33	1.93
43232--43259	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
45522--45572	7	7.1	7	78	12	50	62	3	15	17	1.47
47883--47925	16	2.7	15	89	10	68	72	0	2	25	0.97
48703--48748	2	23.0	2	86	0	65	43	0	0	56	0.99
48749--48817	3	23.3	3	71	14	54	65	0	4	30	1.12
48752--48817	20	3.3	20	79	12	64	65	0	4	30	1.13
48771--48839	12	5.5	12	74	16	59	63	1	4	30	1.22
57113--57335	105	2.1	105	83	2	270	39	23	14	22	1.91
57475--57638	53	3.1	52	62	13	118	32	19	8	39	1.82
57476--57689	106	2.0	106	95	0	383	32	21	7	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58909--58989	22	3.7	22	81	3	92	23	28	18	29	1.98
58928--58987	21	2.8	21	85	7	68	26	28	18	26	1.98
75985--76046	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
86174--86212	16	2.5	15	84	15	53	30	20	7	41	1.80
86890--86940	23	2.2	23	85	0	75	25	19	29	25	1.99
94062--94112	23	2.2	23	85	0	66	29	31	21	17	1.96
94070--94120	23	2.2	23	85	0	75	27	27	25	19	1.99
102043--102073	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
110304--110447	64	2.2	66	84	7	179	29	15	20	34	1.94
114431--114639	64	3.3	63	76	6	197	27	16	20	35	1.94
122580--122609	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
123198--123250	25	2.1	25	86	13	74	71	0	15	13	1.14
124045--124069	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
124252--124515	3	87.3	3	69	23	98	64	1	4	29	1.23
124319--124505	10	19.8	9	68	15	60	65	1	4	28	1.21
124367--124498	56	2.3	57	84	7	171	65	1	3	29	1.19
124285--124504	80	2.8	78	75	13	211	65	1	5	27	1.23
124252--124518	28	9.2	29	68	24	72	64	1	4	29	1.23
124442--124520	25	3.0	25	81	18	99	64	1	0	34	1.02
130650--130695	18	2.6	18	86	6	58	23	26	19	30	1.98
131418--131463	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
135716--135744	6	5.0	6	91	8	51	17	17	0	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136289--136381	25	3.5	26	73	20	77	70	0	13	15	1.16
136408--136556	4	34.8	4	68	18	54	67	3	4	24	1.25
137159--137237	2	39.5	2	92	5	133	48	2	0	49	1.14
137410--137665	3	84.7	3	69	21	105	65	1	3	28	1.21
137469--137660	10	19.8	9	69	22	65	66	2	3	28	1.20
137432--137616	87	2.2	81	80	9	194	66	2	5	25	1.26
137469--137656	60	3.2	59	82	9	181	66	2	3	27	1.20
137518--137653	60	2.3	58	87	7	193	66	1	3	28	1.18
137518--137653	58	2.3	61	83	10	192	66	1	3	28	1.18
145122--145158	19	1.9	19	88	0	56	62	2	2	32	1.23
146845--146878	13	2.5	14	85	9	52	0	14	0	85	0.60
146846--146878	15	2.2	15	100	0	66	0	12	0	87	0.53
146851--146884	15	2.3	15	89	0	50	0	17	0	82	0.67
146923--146953	16	1.9	16	93	0	53	0	16	6	77	0.97
157287--157313	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
157386--157526	4	33.0	4	70	19	81	68	2	4	24	1.22
157339--157466	17	7.4	17	74	11	84	67	3	7	21	1.28
158379--158422	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
160101--160160	23	2.6	23	86	5	86	20	26	28	25	1.99
165143--165202	23	2.6	23	86	0	84	21	26	26	25	2.00
166383--166437	27	1.9	27	85	10	74	58	0	3	38	1.16
166596--166850	3	84.3	3	67	21	67	64	3	4	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166687--166808	21	5.8	20	72	17	86	67	3	4	24	1.26
166711--166845	63	2.1	64	89	5	211	65	1	4	28	1.21
166736--166823	19	4.2	21	68	25	69	65	1	5	27	1.22
167819--167857	19	2.1	19	90	0	60	61	2	2	33	1.23
174983--175023	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
175050--175086	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
183761--183855	33	2.9	32	85	6	127	18	8	28	44	1.79
186606--186694	38	2.3	38	92	3	144	11	10	39	39	1.75
187550--187614	31	2.1	31	85	5	87	35	23	20	21	1.96
189761--189930	44	3.9	44	93	1	297	35	25	14	24	1.94
189919--190000	18	4.7	18	86	4	114	29	26	8	35	1.86
190819--190925	29	3.7	29	87	3	146	42	18	5	32	1.74
190819--190938	29	4.2	29	83	3	127	43	20	5	30	1.75
190969--191020	19	2.7	19	72	0	50	19	25	32	23	1.97
193496--194357	430	2.0	430	99	0	1697	24	13	16	46	1.82
199013--199327	169	1.9	167	92	1	531	44	0	7	47	1.37
210587--210640	28	1.9	28	84	0	72	42	18	18	20	1.89
223033--223085	27	2.0	27	85	7	72	28	11	7	52	1.64
223648--223690	22	1.9	23	85	4	61	44	0	4	51	1.22
230771--230831	21	2.9	21	77	13	63	29	11	19	39	1.87
230887--230947	23	2.7	23	89	0	95	16	27	21	34	1.95
233962--234018	21	2.7	21	94	0	96	24	29	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246179--246242	23	2.8	23	75	0	74	17	25	20	37	1.93
247219--247260	22	1.9	22	90	0	66	54	2	0	42	1.13
250380--250430	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
268478--268531	20	2.7	21	80	5	67	38	18	20	22	1.93
270600--270635	13	2.8	13	91	4	56	16	52	13	16	1.74
270689--270728	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
270729--270757	12	2.4	12	100	0	58	27	41	13	17	1.87
274211--274265	27	2.0	27	100	0	110	32	14	18	34	1.91
275044--275195	77	2.0	77	81	2	180	35	8	20	35	1.83
277231--277277	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47

Tables:   1   2