genome.fa.s8190.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008190.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244330

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8989--9137	59	2.6	58	84	5	169	32	18	18	29	1.95
9043--9170	59	2.2	60	91	1	213	31	16	22	29	1.96
9622--9654	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
9625--9654	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
10967--12131	649	1.8	618	84	8	1561	39	10	13	36	1.79
12841--12909	19	3.7	18	77	9	75	34	7	2	55	1.43
19013--19062	23	2.2	23	96	0	91	44	0	14	42	1.44
19322--19384	30	2.1	31	93	3	110	47	17	7	26	1.75
20731--20762	15	2.0	17	88	11	50	28	3	6	62	1.34
21227--21474	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
21871--21946	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
22871--22922	2	26.0	2	96	0	95	48	0	1	50	1.12
23362--23685	64	5.0	64	93	2	533	39	8	5	46	1.57
24058--24121	23	2.8	23	80	0	83	26	17	15	40	1.89
30871--30910	20	2.0	20	100	0	80	30	40	10	20	1.85
32994--33029	19	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
34141--34194	19	3.1	19	65	29	55	14	29	33	22	1.94
34128--34194	34	1.9	35	93	6	118	17	28	32	20	1.96
40965--41033	35	1.9	36	88	2	104	21	33	23	21	1.97
44945--44982	17	2.4	16	86	8	51	50	10	13	26	1.73
44950--44982	17	1.9	17	93	0	57	45	12	15	27	1.81
50868--50898	15	2.1	15	100	0	62	19	19	41	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54287--54354	28	2.4	28	100	0	136	44	26	10	19	1.82
58130--58174	22	2.0	22	95	0	81	28	15	8	46	1.76
60597--61036	83	5.3	83	77	8	366	35	17	15	31	1.91
60597--60950	167	2.1	162	84	5	433	35	17	16	31	1.92
60597--60991	167	2.4	166	82	6	421	34	17	16	31	1.93
60690--61036	167	2.1	165	80	7	382	36	16	15	31	1.90
60973--61158	84	2.2	84	85	1	237	30	18	16	34	1.93
66521--66652	60	2.2	59	81	9	151	36	11	15	36	1.84
67407--67450	23	1.9	23	100	0	88	20	31	29	18	1.96
68403--68450	24	2.0	24	87	0	69	47	0	14	37	1.44
68936--68974	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
81952--81998	18	2.6	18	79	0	58	27	36	12	23	1.91
86060--86103	22	2.0	22	82	8	54	40	6	4	47	1.50
94709--94842	60	2.2	60	83	7	173	33	23	6	35	1.81
96085--96128	20	2.2	20	100	0	88	38	9	0	52	1.33
108489--108525	14	2.6	14	82	0	56	64	2	0	32	1.07
115658--115687	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
118351--118402	25	2.1	25	92	0	86	42	19	5	32	1.75
122463--122538	28	2.7	28	74	13	75	52	0	1	46	1.08
122500--122567	11	6.0	11	70	16	50	48	1	0	50	1.10
122513--122548	12	2.8	14	80	20	51	52	0	0	47	1.00
122513--122576	23	2.7	23	85	4	74	51	1	0	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122861--122933	30	2.5	30	86	6	105	31	13	5	49	1.65
122861--122912	15	3.5	15	78	5	70	30	13	7	48	1.71
127280--127318	14	2.9	14	80	3	53	48	17	0	33	1.48
127421--127460	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
130852--130913	24	2.6	24	78	14	65	30	9	3	56	1.47
133058--133231	23	7.0	23	87	10	204	39	0	39	21	1.54
133060--133235	27	6.8	27	83	13	235	39	0	39	21	1.53
133069--133233	25	6.5	25	88	8	219	39	0	40	20	1.52
135077--135103	8	3.4	8	100	0	54	37	14	11	37	1.82
135422--135469	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
144810--145796	396	2.5	398	92	1	1633	33	9	21	34	1.87
146576--146798	42	5.3	42	95	0	392	21	17	24	36	1.95
147672--147798	21	6.2	20	75	13	116	33	22	20	22	1.97
147672--147792	63	1.9	63	93	0	206	33	23	20	22	1.97
150518--150542	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
160200--160302	39	2.6	39	81	4	109	52	4	17	25	1.64
163681--163718	15	2.5	15	100	0	76	26	31	7	34	1.85
172650--172689	20	2.0	20	100	0	80	50	15	0	35	1.44
175340--175370	16	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
176188--176220	16	2.1	16	94	0	57	18	15	54	12	1.71
176340--176435	3	32.0	3	87	0	129	59	0	1	39	1.04
176765--177323	224	2.5	223	94	1	958	28	19	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176765--177311	112	4.9	112	90	3	841	28	19	14	37	1.91
178044--178841	83	9.6	83	96	0	1452	37	23	13	25	1.91
179994--180034	9	4.4	9	87	6	64	0	12	0	87	0.53
179999--180045	11	4.4	11	86	5	69	2	12	0	85	0.70
179994--180035	19	2.2	19	95	0	75	0	11	0	88	0.53
179994--180048	20	2.8	20	88	2	76	1	14	0	83	0.73
192613--192661	16	3.1	16	97	2	91	18	18	57	6	1.61
192789--192869	3	27.0	3	84	0	108	59	0	1	39	1.05
199226--199358	68	2.0	68	93	3	232	42	13	15	28	1.84
200562--200781	108	2.0	108	97	0	413	28	28	10	33	1.89
206824--206949	60	2.1	59	80	10	132	39	16	9	34	1.81
207342--207371	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
208978--209023	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
210118--210200	31	2.8	30	66	12	71	30	16	9	43	1.80
210118--210266	60	2.5	60	81	6	167	29	18	8	42	1.80
210395--210546	60	2.5	60	85	6	193	41	3	22	32	1.70
211846--212087	118	2.1	118	83	7	305	54	4	12	28	1.59
212463--212574	4	28.0	4	81	0	98	40	25	10	23	1.87
212463--212574	12	9.3	12	88	0	161	40	25	10	23	1.87
212475--212574	24	4.2	24	97	0	191	38	26	12	24	1.90
219116--219177	19	3.2	19	75	6	54	32	0	12	54	1.38
222442--222476	10	3.5	10	100	0	70	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224209--224246	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
226343--226431	34	2.7	32	77	10	90	39	0	2	58	1.11
228148--228195	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
228169--228305	63	2.2	63	80	7	154	20	36	21	21	1.95
228205--228307	21	4.9	21	95	2	163	18	36	24	20	1.94
229281--229318	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
229332--229389	23	2.6	23	94	5	102	44	12	3	39	1.58
232632--232663	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
232818--232858	7	5.9	7	100	0	82	26	14	14	43	1.84
234835--234994	61	2.8	57	86	10	225	31	13	13	40	1.84
235445--235494	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
238910--239012	2	56.5	2	71	18	64	53	0	0	46	1.00
238931--239007	31	2.5	30	81	6	84	55	0	0	44	0.99
238974--239014	15	2.5	17	76	11	50	46	0	0	53	1.00
239119--239169	25	2.0	25	85	7	68	27	11	33	27	1.92
239460--239504	14	2.9	16	77	16	58	22	13	24	40	1.90
239566--239599	9	3.7	9	96	4	59	50	17	8	23	1.74
239620--239962	174	1.9	177	89	7	529	44	9	3	42	1.53

Tables:   1

The End!