genome.fa.s8199.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008199.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110819_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2638622

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974--1008	16	2.2	16	89	0	52	17	11	5	65	1.43
1688--1717	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
6650--6736	24	3.7	24	74	9	79	50	18	11	19	1.77
6674--6750	24	3.3	23	74	15	68	49	18	14	18	1.80
8008--8043	15	2.4	15	100	0	72	47	19	8	25	1.77
8451--8523	36	2.0	36	94	0	128	30	19	8	42	1.80
11704--11740	19	2.0	19	94	5	67	32	21	18	27	1.97
24847--24892	22	2.1	22	87	0	65	34	2	21	41	1.66
27044--27081	17	2.2	18	85	4	51	31	10	18	39	1.85
34608--34642	15	2.3	15	100	0	70	48	0	5	45	1.26
38791--38903	56	2.0	56	98	0	217	20	11	21	46	1.81
43798--43907	56	2.0	56	98	0	211	19	10	21	48	1.79
49958--50338	190	2.0	190	90	0	600	34	24	9	31	1.88
69766--69840	31	2.5	32	77	20	81	50	6	0	42	1.28
73194--73227	8	4.2	8	100	0	68	0	61	0	38	0.96
85108--85168	31	2.0	31	96	0	113	45	11	9	32	1.73
97974--98017	21	2.1	21	86	0	61	29	2	15	52	1.55
97995--98102	44	2.3	49	81	9	127	40	1	9	48	1.46
98519--98579	17	3.4	17	72	16	59	40	0	11	47	1.40
98540--98583	23	2.0	23	81	4	54	40	0	9	50	1.34
100511--100544	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
101042--101099	26	2.3	26	87	3	82	10	32	12	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101268--101323	27	2.1	27	86	0	76	32	19	44	3	1.68
103649--103744	34	2.8	34	88	1	138	40	28	2	29	1.68
104222--104509	148	1.9	148	92	1	488	47	9	6	37	1.60
104669--104764	35	2.7	35	86	0	120	31	1	25	42	1.62
110232--111532	105	12.4	105	94	1	2133	33	24	18	23	1.97
110238--111532	211	6.2	211	94	1	2154	33	25	18	23	1.97
110238--111532	316	4.1	316	93	0	2139	33	25	18	23	1.97
111723--111892	83	2.0	83	84	5	218	31	26	18	23	1.98
114775--114911	70	2.0	68	87	5	195	31	16	25	26	1.97
114979--115359	6	66.5	6	74	11	228	2	58	0	39	1.10
114981--115333	14	24.8	14	73	18	250	1	59	0	39	1.06
118319--118464	60	2.4	61	78	11	149	31	19	4	44	1.70
124078--124104	6	4.5	6	100	0	54	33	18	0	48	1.49
124890--124926	18	2.0	19	89	5	58	43	35	13	8	1.74
130000--130092	45	2.1	45	100	0	186	49	23	6	20	1.72
140552--140738	93	2.0	93	100	0	374	31	13	20	34	1.92
141873--141942	35	1.9	38	88	8	110	21	10	21	47	1.80
147107--147155	23	2.1	23	88	0	71	26	0	6	67	1.14
154970--155165	97	2.0	99	97	2	378	44	5	10	40	1.60
165174--165238	31	2.1	31	85	5	87	46	3	0	50	1.17
165174--165295	34	3.9	32	75	15	112	42	4	0	53	1.20
165089--165271	100	1.8	100	81	6	228	41	5	1	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165172--165304	29	4.4	29	75	17	96	42	3	0	54	1.18
165173--165298	63	2.0	65	85	6	177	42	3	0	53	1.19
165282--165315	18	1.9	17	93	0	50	50	0	0	50	1.00
167117--167158	21	2.0	22	85	4	59	35	0	7	57	1.26
167694--167739	18	2.6	18	89	0	65	47	0	2	50	1.13
167693--167743	21	2.4	22	81	15	63	47	0	1	50	1.12
169939--169984	17	2.8	16	87	6	65	39	2	2	56	1.24
170390--170541	31	4.9	32	74	13	131	55	1	3	39	1.27
170377--170540	61	2.7	60	78	13	172	54	1	4	40	1.28
170390--170538	30	4.8	31	77	12	130	54	1	4	40	1.28
176968--177051	42	2.0	42	97	0	159	20	19	11	48	1.79
182914--182959	2	23.0	2	90	0	74	45	0	0	54	0.99
183004--183068	30	2.2	30	85	0	85	52	6	3	38	1.42
184726--184768	17	2.5	17	96	0	77	39	6	20	32	1.80
184859--184910	18	2.9	18	88	0	77	28	36	19	15	1.92
188946--189038	18	4.9	18	82	10	114	26	32	21	19	1.97
191770--191884	23	5.3	20	79	12	97	33	26	17	22	1.96
191828--191884	21	2.8	21	83	2	71	36	26	14	22	1.92
192452--192502	19	2.5	20	81	9	59	25	31	15	27	1.96
192536--192588	21	2.6	21	90	3	81	26	28	13	32	1.93
193362--193396	16	2.1	17	89	5	54	34	2	17	45	1.63
193557--193611	23	2.4	23	84	0	74	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201242--201291	19	2.6	20	81	6	59	74	10	4	12	1.21
201556--201628	37	2.1	36	87	7	105	69	2	5	21	1.21
201570--201632	17	3.5	17	70	19	56	66	1	6	25	1.24
201531--201632	37	3.0	33	75	19	95	68	1	4	24	1.19
201666--201811	2	76.0	2	82	8	151	58	0	0	40	1.03
202848--203033	83	2.2	83	84	5	241	23	18	22	35	1.96
202815--203033	85	2.6	84	82	7	250	24	18	22	34	1.96
203265--203463	110	1.8	110	84	0	272	22	18	22	36	1.95
204190--204577	65	5.8	65	75	10	262	38	11	19	30	1.87
204259--204669	36	12.0	36	66	18	214	38	12	19	28	1.89
204259--204642	203	1.9	202	83	4	506	38	12	19	29	1.89
204534--204669	71	1.9	73	92	3	231	39	14	21	24	1.91
205249--205274	11	2.4	11	100	0	52	53	0	15	30	1.42
206000--206137	69	2.0	69	94	0	240	24	14	23	37	1.92
206210--206267	13	4.8	12	75	19	50	3	17	3	75	1.07
206215--206267	25	2.2	24	82	3	61	3	16	3	75	1.10
208353--208421	30	2.3	30	90	5	104	39	4	24	31	1.75
208632--208699	23	3.0	23	80	0	73	20	23	27	27	1.99
209423--209456	15	2.3	15	89	0	50	32	32	17	17	1.94
209541--209650	29	3.8	29	95	2	195	17	20	16	45	1.85
217618--217660	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
218204--218244	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228006--228048	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
233145--233280	29	4.7	29	93	1	211	17	19	14	47	1.82
241132--241200	30	2.3	30	90	5	104	39	4	24	31	1.75
241432--241486	23	2.4	23	84	0	74	23	25	23	27	2.00
244356--244381	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
244587--244616	15	2.1	15	93	6	53	76	0	6	16	0.99
244592--244649	25	2.4	24	80	5	62	72	0	3	24	1.00
244590--244647	30	1.9	30	82	6	73	72	0	3	24	1.00
244659--244741	40	2.1	39	82	6	96	60	1	9	28	1.36
244776--244842	21	3.2	20	77	10	53	71	0	4	23	1.04
256420--256487	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
258356--258409	21	2.6	21	100	0	108	24	16	29	29	1.97
258380--258491	41	2.8	40	80	9	113	20	18	23	37	1.94
258421--258535	21	5.6	21	75	11	94	20	17	22	39	1.93
259608--259700	43	2.2	42	90	3	143	39	23	16	20	1.91
259626--259721	22	4.4	22	82	2	131	38	25	15	20	1.92
261786--261841	2	29.0	2	92	7	98	50	0	0	50	1.00
270819--270843	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
271149--271253	2	57.0	2	66	16	57	47	0	0	52	1.00
271157--271244	46	1.9	46	90	0	140	46	0	0	53	1.00
276407--276482	30	2.6	30	91	2	118	43	10	11	34	1.76
277613--277665	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279440--279798	6	59.8	6	81	0	196	40	12	34	11	1.80
279440--279818	18	21.4	18	78	3	221	40	13	34	11	1.81
279434--279816	24	16.2	24	82	3	301	40	13	34	11	1.81
279433--279813	48	7.9	48	80	5	333	40	13	34	12	1.81
283885--283912	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
287854--287915	19	3.2	19	76	17	56	19	30	27	22	1.98
293817--293868	22	2.4	22	83	6	61	38	3	9	48	1.54
295250--295628	6	63.2	6	79	0	164	39	16	33	10	1.84
295250--295628	24	16.0	24	79	3	239	39	16	33	10	1.84
298036--298078	16	2.6	16	85	10	52	69	4	6	18	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11