genome.fa.s8252.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008252.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2928487

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183--1282	52	1.9	51	80	15	116	71	3	8	18	1.24
1269--1307	16	2.4	16	91	8	62	84	2	5	7	0.84
1269--1315	15	3.1	15	87	9	60	78	4	6	10	1.06
2286--2328	16	2.5	17	88	7	61	72	9	6	11	1.29
2603--2686	2	43.0	2	75	13	59	55	2	2	39	1.26
2601--2691	45	2.0	45	85	8	123	57	2	2	38	1.23
2594--2693	8	11.6	8	75	16	69	57	2	2	39	1.22
2556--2694	18	8.4	17	66	20	71	58	2	2	35	1.25
8268--8452	75	2.5	75	91	4	293	29	23	20	25	1.99
8419--8479	20	2.8	23	78	14	76	27	29	18	24	1.98
15053--15082	15	1.9	16	93	6	53	80	6	0	13	0.91
15052--15095	22	2.0	22	90	0	70	79	6	0	13	0.92
17344--17368	8	3.1	8	100	0	50	0	36	0	64	0.94
19801--19839	17	2.3	17	86	0	51	41	7	17	33	1.79
19846--19942	17	5.6	18	71	11	67	45	14	11	28	1.79
19846--19942	34	2.8	35	81	9	108	45	14	11	28	1.79
23974--24034	30	2.0	30	93	0	104	27	21	19	31	1.97
25640--25683	18	2.4	18	81	7	54	77	2	2	18	0.98
25640--25697	29	2.0	29	80	12	66	75	3	3	17	1.07
26860--26933	37	1.9	38	86	5	105	17	12	22	47	1.81
28556--28774	123	1.8	122	84	9	308	42	5	5	47	1.48
32272--32301	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37360--37393	17	1.9	17	88	5	50	41	5	2	50	1.42
37383--37441	29	2.0	30	80	9	68	47	3	3	45	1.36
48139--48258	61	2.0	61	98	0	231	54	5	3	37	1.39
48310--48438	32	4.0	32	77	11	97	36	3	1	58	1.23
48310--48430	33	3.8	31	80	8	109	37	2	1	58	1.21
48458--48513	29	1.9	29	85	7	78	37	16	14	32	1.88
48973--49023	19	2.7	20	85	8	63	52	1	0	45	1.12
48973--49023	18	2.7	20	85	8	63	52	1	0	45	1.12
54608--54647	18	2.2	18	86	4	53	55	2	0	42	1.13
56081--56120	18	2.2	18	91	8	64	65	5	0	30	1.14
57406--57445	20	2.0	21	85	14	57	57	5	5	32	1.42
58368--58406	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
58366--58406	21	2.0	21	100	0	82	51	0	0	48	1.00
60181--60287	56	2.0	53	94	5	187	26	19	5	48	1.71
61001--61044	19	2.3	20	85	11	58	47	6	2	43	1.42
65463--65827	91	4.0	91	94	0	635	37	9	11	42	1.73
66600--66662	23	2.6	24	73	7	65	11	9	19	60	1.57
69247--69281	4	8.5	4	96	3	61	2	22	0	74	0.95
77419--77457	12	3.2	13	89	7	55	5	12	0	82	0.83
88008--88109	50	2.0	51	81	5	118	36	12	13	37	1.83
88313--88384	32	2.2	33	95	5	128	36	9	12	41	1.76
96052--96502	54	8.4	54	93	1	762	32	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96052--96502	161	2.8	162	93	1	780	32	21	19	26	1.97
96052--96502	215	2.1	215	93	0	760	32	21	19	26	1.97
96883--96953	20	3.5	20	88	3	99	19	28	15	36	1.92
97794--97881	27	3.3	26	70	28	76	40	6	4	47	1.50
97787--97921	54	2.5	55	90	2	200	42	6	5	45	1.52
97837--98036	13	14.3	13	67	18	73	42	5	5	47	1.48
97925--97997	15	5.1	15	83	6	82	41	5	6	46	1.54
97916--97997	41	2.0	41	90	0	128	41	4	7	46	1.53
97964--98026	18	3.7	18	74	16	53	44	3	3	49	1.34
97966--98108	55	2.6	57	75	12	147	40	4	4	49	1.46
98073--98155	2	43.0	2	79	11	93	46	3	2	46	1.33
98242--98277	18	1.9	18	94	5	63	47	0	5	47	1.25
98255--98288	13	2.6	13	95	0	59	44	0	5	50	1.26
98441--98500	2	30.0	2	75	12	52	45	6	0	48	1.29
98568--98628	2	31.0	2	96	3	115	49	0	0	50	1.00
102071--102215	32	4.5	32	83	8	170	20	10	28	40	1.85
106027--106056	14	2.1	14	93	0	51	43	0	16	40	1.48
107130--107222	46	2.0	46	89	0	141	20	20	10	48	1.79
107506--107771	55	4.8	55	93	0	442	34	17	10	36	1.84
108199--108248	20	2.5	20	83	0	64	22	22	14	42	1.88
113327--113591	55	4.8	54	91	4	406	35	16	9	37	1.82
114950--114976	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115084--115192	32	3.4	32	83	1	110	12	11	30	44	1.79
115115--115192	33	2.4	32	84	2	102	14	12	33	39	1.84
115208--115245	16	2.4	16	90	0	58	7	10	36	44	1.68
115219--115258	16	2.5	16	91	0	62	12	7	27	52	1.66
116081--116127	3	16.0	3	95	4	87	68	0	0	31	0.90
116923--116974	25	2.1	25	96	0	95	40	13	11	34	1.81
119350--119435	3	29.0	3	92	2	147	33	2	0	63	1.07
123081--123164	31	2.7	31	79	3	98	35	16	19	28	1.93
123155--123280	67	1.9	67	83	0	162	42	20	13	23	1.87
125182--125220	20	2.0	20	100	0	78	41	25	0	33	1.56
126007--126037	16	1.9	16	93	0	53	51	6	12	29	1.65
127268--127381	52	2.2	52	81	12	126	43	19	15	21	1.87
127911--127950	18	2.2	18	100	0	80	0	17	45	37	1.49
128589--128654	31	2.1	31	88	0	96	37	16	21	24	1.93
132797--132875	21	3.6	21	67	16	54	43	7	46	2	1.45
132769--132884	45	2.5	46	81	6	137	43	6	43	6	1.53
133552--133620	36	2.1	32	84	15	88	43	20	23	13	1.86
139908--139955	23	2.1	23	84	0	60	64	12	8	14	1.49
139919--139955	12	3.2	12	88	7	58	64	8	8	18	1.45
141983--142011	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
145680--145727	23	2.1	23	84	0	60	64	12	8	14	1.49
145694--145750	12	4.8	12	82	4	62	52	10	10	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145694--145750	24	2.4	23	85	2	69	52	10	10	26	1.68
149201--149256	26	2.2	26	93	0	94	55	0	5	39	1.23
149219--149350	37	3.6	37	91	6	207	46	3	7	43	1.47
149332--149401	19	3.8	19	77	11	83	45	1	7	45	1.39
149384--149512	35	3.7	34	74	15	120	41	3	10	44	1.55
149361--149514	72	2.1	74	81	10	174	42	2	10	44	1.52
150821--150883	9	7.2	9	70	12	51	22	1	1	74	0.99
151421--151452	17	1.9	17	93	6	57	50	9	6	34	1.60
152222--152590	185	2.0	183	98	1	720	23	23	20	32	1.98
155057--155119	22	2.9	22	95	0	108	6	42	20	30	1.77
166077--166163	28	3.1	28	72	9	95	29	6	16	47	1.72
167305--167336	14	2.3	14	94	0	55	3	15	28	53	1.57
168439--168481	16	2.7	16	88	0	68	9	11	18	60	1.57
170993--171020	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
173346--173466	20	5.8	20	75	10	91	29	17	24	28	1.97
175383--175505	59	2.1	59	98	0	237	21	21	9	46	1.80
176545--176686	31	4.6	31	93	0	248	39	21	19	19	1.93
180198--180245	21	2.4	21	86	6	64	45	6	18	29	1.74
180998--181138	31	4.5	31	94	0	246	40	20	19	19	1.92
186471--186510	17	2.4	16	84	8	53	62	2	2	32	1.22
186697--186768	27	2.6	29	78	14	80	63	2	1	31	1.17
187728--187776	25	2.0	25	100	0	98	42	32	0	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188736--189034	150	2.0	153	97	2	577	34	12	12	41	1.80
197613--197693	42	1.9	42	89	0	126	27	17	23	32	1.97
198399--198440	19	2.3	19	87	4	59	52	0	2	45	1.13
199256--199562	44	7.1	43	70	10	180	52	7	14	24	1.68
199253--199590	87	3.9	85	77	10	271	52	7	14	25	1.68
199558--199619	29	2.1	30	84	3	81	59	11	9	19	1.58
199557--199628	29	2.5	27	72	12	63	54	12	13	19	1.71
200088--200128	20	2.0	20	100	0	82	34	29	12	24	1.91
214239--214278	19	2.1	19	90	0	62	45	35	5	15	1.68
215245--215305	19	3.0	20	83	9	79	29	0	1	68	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13