Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008298.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1334650
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 7 of 7
Found at i:1322757 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1322713--1322757 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
1322703 ATTACATAAC
*
1322713 TTTAAAAAAAGTATCGATCCTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGAACCTT
*
1322735 TTTATAAAAAGTAT-GAACACTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGAAC-CTT
1322757 T
1 T
1322758 CAATATAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.15
22 17 0.85
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAAAAAAGTATCGAACCTT
Found at i:1322806 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1322775--1322847 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
1322765 ATAGGTAAAA
*
1322775 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
1322798 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
**
1322821 ATATAATGTAATAGGTAGTACTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
1322844 ATAT
1 ATAT
1322848 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 45 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:1323327 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1323264--1323336 Score: 101
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
1323254 ATAGGTAAAA
* * *
1323264 ATATGATGTAATAGGTAACACTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
1323287 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
1323310 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
1323333 ATAT
1 ATAT
1323337 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 44 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:1323533 original size:490 final size:488
Alignment explanation
Indices: 1322332--1323737 Score: 2521
Period size: 490 Copynumber: 2.9 Consensus size: 488
1322322 AACCCAAAAG
* * *
1322332 TATAATGTAATAGGTATTGCTTATATTGTAATGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
1 TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
*
1322397 TTTTAACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
66 TTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
1322462 AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAA
131 AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGA-ATATATTATTATTAAATTAAAAACAA
*
1322527 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
195 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
1322592 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
260 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
* *
1322657 TGTAGGTGGAAAACACGAAACACTATTAAAAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAA
325 TGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAA
* *
1322722 AGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGAACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAAT
389 AGTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAAT
* *
1322787 AGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTA
454 AGGTAACACTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTA
*
1322822 TATAATGTAATAGGTAGTACTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
1 TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
1322887 TTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
66 TTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
1322952 AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAA
131 AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGA-ATATATTATTATTAAATTAAAAACAA
1323017 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
195 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
1323082 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
260 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
*
1323147 TGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACAAAACTTTAAAAAAA
325 TGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAA
1323212 GTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATA
390 GTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATA
1323277 GGTAACACTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTA
455 GGTAACACTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTA
*
1323311 TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTGCATACTT
1 TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
* * *
1323376 ATTTCACTGTGAAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATCAATTTAGT
66 TTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
* ** * *
1323441 AATTATATGTATCTAATGATTTATTTTTTATGTTACG-GTATATTATCT-TTAAATTAAAAACAA
131 AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGAATATATTAT-TATTAAATTAAAAACAA
1323504 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
195 TAAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATA
1323569 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
260 TTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATAT
1323634 TGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATT-AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAA
325 TGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAA
* *
1323698 GTATCGATCTTTTTTTATAAAAAAGTATAGACACTTTCAA
390 GTATCGATC-ATTTTTAT-AAAAAGTATGGACACTTTCAA
1323738 CATATTATAA
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 26, Indels: 8
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
486 45 0.05
487 187 0.21
488 21 0.02
489 289 0.33
490 345 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (488 bp):
TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTT
TTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGT
AATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGAATATATTATTATTAAATTAAAAACAAT
AAACATATATATTACATATTTATTATTATATTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAT
TATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGCAAATGAAATTATTAAATTAATATT
GTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAG
TATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAG
GTAACACTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTA
Found at i:1326417 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1326397--1326440 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
1326387 AATCATTTTA
1326397 CTCGAACTCGCATTATG
1 CTCGAACTCGCATTATG
*
1326414 CTCGAACTCACATTATG
1 CTCGAACTCGCATTATG
*
1326431 CTCGATCTCG
1 CTCGAACTCG
1326441 AAACTTAGGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 24 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (17 bp):
CTCGAACTCGCATTATG
Done.